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基于机器学习的利用药物标签信息定量预测药物-药物相互作用
编辑人员丨1周前
目的 用现有药代动力学(PK)药物相互作用(DDI)信息的数据库,构建出可用于预测AUC倍数变化(FC)的机器学习模型,用于探究对现有DDI预测的可能,为临床用药提供一定的合理建议.方法 从美国食品药品监督管理局(FDA)认证的药品标签中提取DDI的PK数据和AUC倍数变化的数据.通过DrugBank检索出DDI有关的多肽和药效学(PD)信息,用蛋白质资源(UniProt)对相关多肽ID进行药物类型(PPDT)标识,用矩阵归一化的代码生成便于分析的多维向量数据.PPDT对AUC的影响和所产生的倍数变化作为因变量,进行机器学习模型构建.用均方根误差(RMES)值最小的模型进行模型构建,训练出袋装决策树(Bagged)预测模型.利用训练好的模型对部分药物检验,检测模型的预测性别.通过查阅现有的有关检测DDI对的文献研究结果,对预测值进行分析比较,对模型进行评价.结果 检验模型药物对共16对,分别为16种药物对他克莫司的影响,发现对DDI的有无预测准确率为81.25%;预测结果根据FDA标准分类强弱,结果表明,DDI强弱预测,偏离较大的预测较少.结论 模型预测DDI的有无评价一般;但对DDI的强弱分类后,对DDI的预测结果较好,预测结果说明模型预测性能对于在临床试验之前进行潜在的DDI评估具有一定的参考价值.
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编辑人员丨1周前
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鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系的构建及验证
编辑人员丨1周前
目的 建立一种快速、准确、灵敏的多重PCR检测方法,用于同时鉴别6种常见食用肉类(牛、羊、鸡、猪、鹅、鸭),并评估其在肉类食品掺假鉴定中的应用价值.方法 基于GenBank数据库中6个物种的线粒体全基因组序列,筛选具有种内保守性、种间特异性的DNA序列(牛16S rRNA、羊COX-1、鸡Cytb、猪COX-1、鹅NADH2、鸭16S rRNA),并设计物种特异性引物,以此构建一个可同时鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系.对该体系进行种属特异性、灵敏度和重复性研究,并进行模拟混合样品检测.结果 成功构建了一个可同时鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系,该体系在非目标物种的DNA中均未有效扩增;在DNA模板量为0.0625~2 ng/μL时,6个物种的扩增产物均能检见.在鸭肉和牛肉混合比例低至0.5%时,仍能检测到鸭肉成分.结论 本研究构建了一个特异性强、灵敏度高、重复性好的多重PCR检测体系,可准确鉴别6种常见食用肉类食品中的动物源性成分,为我国常见食用肉类及肉制品的掺假鉴定提供了一种简单、实用的检测技术.
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编辑人员丨1周前
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表面等离子共振传感器在生物分子检测中的应用进展
编辑人员丨1周前
生物传感器是一种对生物物质敏感并将可观察的生化反应转变为可测量的物理量的仪器.生物传感器由分子识别元件(抗体、适配体、蛋白质等)、转换元件(氧电极、光敏管等)和信号放大装置组成.待测物质经扩散作用进入分子识别元件,由其识别并发生生物学反应,产生的信息由转换元件转换成可量化和可处理的声、光、电等信号,再经信号放大装置放大并输出,从而得到待测物浓度.生物传感器由传感器检测原理可分为热敏生物传感器、压电生物传感器、光学生物传感器、介体生物传感器等,在食品检测、环境污染、临床诊断、药物发现等方面有广泛的应用.表面离子共振(surface plasmon resonance,SPR)物传感器是一种光学生物传感器,具有无需标记、高选择性、高灵敏度、简易、可靠、低成本、实时响应等优点,广泛应用于抗生素、细菌、病毒、生物毒素、重金属、蛋白、核酸等快速检测.本综述作者对SPR的原理、检测形式和近年来快速检测的应用进行总结,期望能为相关研究提供参考.
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编辑人员丨1周前
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一起由空肠弯曲菌引起的食源性疾病事件调查
编辑人员丨1周前
目的:调查2019年舟山市某学校发生的一起食源性疾病事件原因,为今后预防控制食源性疾病事件提供参考。方法:开展病例搜索、个案调查和现场卫生学调查,采集10份病例、5份食堂工作人员和4份食物市场来源样本开展空肠弯曲菌及其他病原体检测,采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法进行细菌分子分型。开展病例-对照研究,分析可疑餐次和可疑食物。结果:本次疫情共搜索到疑似病例41例,其中男生27例(30.34%),女生14例(29.79%),年龄为(14.56±2.48)岁。临床症状主要表现为腹泻39例(95.12%)和腹痛32例(78.05%)和发热29例(70.73%)。实验室检测结果显示,5份病例粪便样本、1份食堂工作人员肛拭子样本、2份市售三黄鸡食物原材料样本均培养出空肠弯曲菌。PFGE结果显示,5份病例样本中的空肠弯曲菌具有同源性,与1份食堂人员和2份市售三黄鸡样本中的空肠弯曲菌不具有同源性。病例对照分析显示7日午餐E套餐( OR=3.275,95% CI:1.043~10.285)和9日午餐F套餐( OR=12.804,95% CI:4.224~38.812)为可疑暴露餐次。 结论:这是一起因空肠弯曲菌污染食物引起的食源性疾病事件,今后应加强对空肠弯曲菌的食品安全风险监测。
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编辑人员丨1周前
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食品与环境中豚鼠气单胞菌系统发育分析以及毒力和耐药性研究
编辑人员丨1周前
目的:食品与环境中49株豚鼠气单胞菌菌种鉴定、毒力与耐药性检测。方法:VITEK、API 20NE生化鉴定, gyrB、 rpoD系统发育分析;PCR检测 act、 alt、 ast、 lip、 ahp、 aerA、 hlyA、 ompA1、 fla基因;AST-GN16药敏试验。 结果:生化鉴定为豚鼠/嗜水气单胞菌株54株,经系统发育分析豚鼠气单胞菌49株,嗜水气单胞菌4株,中国台湾省气单胞菌1株。毒力基因 alt、 lip、 ompA1、 fla、 act、 aerA、 hlyA检出率依次为100.00%、100.00%、79.59%、14.29%、2.04%、2.04%、2.04%,未检出 ast、 ahp;存在4种毒力基因组合,优势组合为 alt/ lip/ ompA1(32/49)。豚鼠气单胞菌氨苄西林、头孢唑林、头孢西丁、阿莫西林/克拉维酸、头孢曲松、复方新诺明、安曲南耐药率依次为79.59%、14.29%、10.20%、6.12%、4.08%、4.08%、2.04%,哌拉西林/他唑巴坦、亚胺培南、阿米卡星、庆大霉素、左氧氟沙星、替加环素、呋喃妥英均敏感;2株多重耐药菌株。 结论:gyrB、 rpoD可有效鉴定豚鼠/嗜水气单胞菌, rpoD可区分近亲缘关系豚鼠与中国台湾省气单胞菌;所有豚鼠气单胞菌均携带2种以上毒力基因,1株环境源菌携带7种毒力基因;青霉素类普遍耐药,产生β-内酰胺酶是最主要耐药机制;未发现碳青霉烯类、氨基糖苷类、氟喹诺酮类、四环素类、呋喃类耐药菌株;食品和生活饮用水存在多重耐药菌。
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编辑人员丨1周前
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通过高通量药物库筛选挖掘针对金黄色葡萄球菌的新型抗菌药物的研究
编辑人员丨1周前
通过高通量药物库筛选挖掘针对金黄色葡萄球菌( S. aureus,简称:金葡)的新型抗菌药物。本研究的类型为实验性研究。金葡临床菌株均于2017年1月至2019年1月分离自中南大学湘雅三医院呼吸科住院患者的痰液标本;通过摇菌培养浮游菌,检测美国食品药品监督管理局(FDA)认证药物库(包含1573种小分子)对金葡浮游菌增殖抑制作用;通过96孔板结合结晶紫染色,检测FDA认证药物库分子对金葡生物被膜形成的抑制作用;通过微量肉汤稀释实验,检测纳入小分子的最低抑菌浓度(MIC);最后,通过CCK-8实验检测小分子药物的细胞毒性。结果显示,通过将FDA认证药物库中的小分子浓度设置为100 μmol/L,初步筛选出218种对金葡浮游菌具有生长抑制作用的小分子。这些小分子以抗感染药物为主,占118种。其次为抗肿瘤药物、抗炎/免疫类药物、神经系统药物、心血管系统药物、内分泌系统药物和代谢疾病药物,分别占40、19、12、9、8和3种,未分类药物占9种。排除抗感染药物后,针对具有金葡浮游菌生长抑制作用排名前十的小分子主要为抗肿瘤药物,其次为神经系统药物和未分类药物维生素K3,其抑制率均达99.65%~100%。针对具有金葡生物被膜抑制作用的排名前十小分子也以抗肿瘤药物占比最高,其次为神经系统药物和抗炎/免疫类药物,其抑制率为50.22%~92.95%。通过微量肉汤稀释实验检测了第二轮筛选得到的51个小分子的MIC。其中,主要包括抗肿瘤药物、心血管系统药物、内分泌系统药物、抗炎/免疫药物、代谢疾病药物、神经系统药物和其他未分类药物,分别占22、5、3、9、2、5和5种,其MIC分布分别为1.56~50 μmol/L、6.25~25 μmol/L、6.25~25 μmol/L、0.2~50 μmol/L、25~50 μmol/L、1.56~50 μmol/L和0.1~12.5 μmol/L。综上,通过高通量药物库筛选出的小分子最低抑菌浓度值均为微摩尔级别,成药能力强且可改造性高。其高效的浮游菌和生物被膜抗菌作用有望为针对金葡的新药研发提供新的思路。
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编辑人员丨1周前
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基于美国FDA不良事件报告系统数据库CAR-T细胞疗法brexucabtagene autoleucel神经系统不良事件风险分析
编辑人员丨1周前
目的:了解brexucabtagene autoleucel(brexu-cel)相关的神经系统不良事件(AE)及其发生风险。方法:收集美国食品药品管理局不良事件报告系统(FAERS)数据库中2020年7月1日至2022年9月31日报告的有关brexu-cel的神经系统AE报告,采用国际医学用语词典(MedDRA)24.1版的系统器官分类(SOC)和首选术语(PT)对AE进行分类统计,采用信息成分( IC)法及报告比值比( ROR)法进行信号挖掘。报告数≥3, IC的95%置信区间( CI)下限>0或 ROR的95% CI下限>1的AE被定义为阳性风险信号。统计分析发生brexu-cel相关神经系统AE后出现死亡不良结局的患者比例。 结果:共收集到1 960例brexu-cel相关神经系统AE报告,涉及559例患者,22个PT。采用 IC法和 ROR法进行信号挖掘,共检测出15个阳性信号(PT)。AE报告数排前5位的PT为免疫效应细胞相关性神经毒性综合征(153例)、意识模糊状态(32例)、脑病(29例)、震颤(27例)、失语(25例);信号强度居前5位的为免疫效应细胞相关性神经毒性综合征( IC=7.81, ROR=235.74)、脑病( IC=4.74, ROR=26.96)、失语( IC=4.28, ROR=19.58)、脑水肿( IC=3.35, ROR=10.24)、失禁( IC=3.04, ROR=8.22)。失禁(报告数6, IC=3.04, ROR=8.22)在说明书中未见记载。22个PT中有17个PT所涉及的患者出现死亡不良结局,其中,免疫效应细胞相关性神经毒性综合征的死亡比例为18%(28/153);死亡结局患者比例>50%的PT为刺激反应消失(80%,4/5)、脑水肿(75%,6/8)、脑血管意外(67%,2/3)、困倦(60%,3/5)、惊厥发作(57%,4/7)。 结论:CAR-T细胞疗法brexu-cel相关的神经系统AE较常见,其中失禁尚未被说明书记载;部分AE(刺激反应消失,脑水肿,困倦)临床结局较差,应提高警惕,并采取早期干预措施。
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编辑人员丨1周前
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上海地区即时检测应用现状和质量管理模式
编辑人员丨1周前
即时检测(POCT)在医学健康、海关检疫、农牧业、林业、消防、环境和食品检测等多个领域得到高速发展,对传统检验模式形成巨大挑战,同时在技术水平、质量控制、组织管理及产学研合作等方面仍然存在诸多问题亟待解决。该项工作需要卫生行政部门、生产厂家以及医院共同合作建立相应的质量管理体系,落实保障制度,更需要针对POCT的特殊性建立独立的评价体系和应用先进的质量控制技术。本文结合上海市临床检验中心开展的POCT 项目的一系列质量管理措施,对上海地区 POCT质量管理的特点和应用现状进行分析,并针对存在的问题提出一些思考和建议。
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编辑人员丨1周前
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2017年中国即食食品中单核细胞增生李斯特菌的分子流行病学特征
编辑人员丨1周前
目的:分析我国即食食品中单核细胞增生李斯特菌的分子流行病学特征。方法:将2017年食品安全风险监测即食食品中分离的单核细胞增生李斯特菌作为研究菌株,共239株,分离自27个省份。对菌株进行全基因组测序,分析其谱系、克隆群(CC)、序列分型(ST)和血清群;通过VFDB和BIGSdb-Lm数据库获得其毒力基因分布;采用微量肉汤稀释法检测菌株对8种抗生素的敏感性;采用核心基因组多位点序列分型方法(cgMLST)进行分子分型。结果:实验菌株分属在3个谱系,以谱系Ⅱ为主,共155株(64.9%);血清群以Ⅱa为主,共133株(55.6%);分为23个CC型,以及1个未分CC型的ST619,其中CC8、CC101和CC87为优势CC型,共占49.4%(118株);仅4.6%(11株)的菌株携带耐药基因,主要为甲氧苄啶耐药基因(7株,2.9%)。所有菌株均携带单核细胞增生李斯特菌毒力岛(LIPI)1,携带LIPI-3和LIPI-4的菌株分别占13.8%(33株)和14.2%(34株),ST619同时携带LIPI-3和LIPI-4。51.5%(123株)的菌株携带应激生存岛(SSI)1,10株CC121菌株均携带SSI-2。核心基因组多位点序列分型方法能将不同谱系、血清群和CC型的菌株明显分开,共分为24个亚群,与CC型基本保持一致。结论:我国即食食品中菌株以Ⅱa型血清群为主,CC8、CC101和CC87为优势CC型,其中,CC87为流行性高毒菌株。基于全基因组测序的分型方法cgMLST分辨力高,可用于我国食源性疾病的监测和暴发识别。
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编辑人员丨1周前
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多系分化持续应激细胞保护肠上皮细胞间紧密连接蛋白研究
编辑人员丨1周前
目的:观察大鼠多系分化持续应激(Muse)细胞对肠上皮细胞间紧密连接结构的保护作用。方法:贴壁筛选法自大鼠(6只,购自中国食品药品检定院)股骨内分离大骨髓间充质干细胞(BMMSCs),长时间胰蛋白酶孵育法(LTi)自BMMSCs中分离大鼠Muse细胞,流式细胞术标记如白细胞分化抗原(CD)29、CD34、CD90等及特异阶段胚胎抗原-3(SSEA-3)抗体;免疫组织化学法标记Nanog同框蛋白(NANOG)等抗体,定向诱导分化后标记α-甲胎蛋白(AFP)等鉴定其多能分化能力;重组肿瘤坏死因子-α(TNF-α)建立体外肠上皮细胞损伤损伤模型;与Muse细胞共培养后检测细胞增殖能力及桥接蛋白-1(ZO-1)的表达水平及形态,组间比较采用 t检验。 结果:LTi后,大鼠BMMSCs中(2.57±0.57)%能够形成特征性的Muse细胞簇;流式细胞术结果表明,Muse细胞保留了BMMSCs表面分子特征,SSEA-3的阳性细胞比例[(73.2±1.4)%]显著高于BMMSCs[(2.3±0.3)%];免疫荧光实验表明,培养的Muse细胞阳性表达NANOG等多能分化标记,定向诱导分化后分别能够表达AFP等分化标记;Muse细胞与TNF-α炎症损伤的肠上皮细胞共培养后,其增殖细胞比例[(40.06±1.04)%]高于损伤[(23.10±2.05)%]组的细胞( t=12.79, P<0.05)及ZO-1蛋白的相对表达水平(0.55±0.03、0.27±0.01, t=13.03, P<0.05)。 结论:大鼠Muse细胞具有更加理想的保护炎症损伤肠上皮细胞紧密连接结构的作用。
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编辑人员丨1周前