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基于加权基因共表达网络分析挖掘脑胶质瘤预后标志
编辑人员丨1周前
目的:为胶质瘤患者识别有效的生物标志物。方法:从中国脑胶质瘤基因计划谱(CGGA)下载附有完整临床随访信息的464例胶质瘤患者mRNA表达谱。加权基因共表达网络分析(WGCNA)用于识别出与胶质瘤WHO分级相关的基因模块,并同时进行单因素及多因素Cox回归分析鉴别出与胶质瘤患者生存相关的基因。结果:在加权基因共表达分析中,Brown模块与脑胶质瘤WHO分级呈正相关( r=0.55, P<0.01)。选择单因素分析中与患者临床预后最显著相关的5个基因(TAGLN2,IGFBP2,METTL7B,ARAP3,PLAT)进行多因素生存分析并建立预后模型,计算风险评分。受试者工作特征曲线证实该风险评分在预测胶质瘤患者1、3、5年生存率上具有高精准度。上述生存分析结果均在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中得到验证。 结论:本研究确定了五个独立的脑胶质瘤预后因素(TAGLN2,IGFBP2,METTL7B,ARAP3及PLAT)并建立了预后模型,为临床判断胶质瘤患者预后提供新的思路。
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编辑人员丨1周前
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基于Needs甲基化法枸杞多糖指纹图谱的建立
编辑人员丨1个月前
目的 多糖是枸杞中主要的活性成分,各产地间枸杞多糖的结构和含量均有差异.目前枸杞多糖的质量控制方法大多都通过单糖组成构建指纹图谱,但仅通过单糖指纹图谱对枸杞多糖进行质量控制,并不能系统地对不同产地的枸杞多糖进行质量控制.因此,我们在单糖指纹图谱的基础上,利用Needs甲基化法确定枸杞多糖的糖残基连接方式,建立Needs甲基化法枸杞多糖指纹图谱,实现对不同产地枸杞的质量控制.方法 通过水提醇沉法获得枸杞多糖,并采用Needs甲基化、完全酸水解、硼氢化钠还原及乙酰化等方法结合GC-MS测定枸杞多糖的糖残基连接方式.结果 将18批枸杞多糖的糖残基连接方式色谱图导入《中药色谱指纹图谱相似度评价系统》(2004版)构建出指纹图谱,并结合多种化学计量法评价不同产地间枸杞多糖的差异.相似度计算结果发现,除西藏自治区三批枸杞多糖相似度0.551-0.569,其余15批样品相似度均0.929以上.糖残基连接方式色谱图共标定了16个共有峰,指认了其中10个共有峰,分别为T-Arap、T-Araf、T-Xylp、1,2-Arap、1,3-Rhap、1,5-Araf、T-Glcp、T-Galp、1,4-Glcp、1,6-Galp.HCA、PCA和PLS-DA分析结果将18批次不同产地的枸杞多糖分为3类,并筛选出了3个标志性成分,分别为T-Araf、1,5-Araf和T-Glcp,以此来判断不同产地间枸杞多糖的差异性.结论 首次建立了18批枸杞多糖的Needs甲基化法指纹图谱,为枸杞多糖质量控制提供实验数据参考,进一步证明了多糖在中药质量控制中的作用.
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编辑人员丨1个月前
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miR-761通过抑制γ-氨基丁酸受体相关蛋白的表达促进主动脉瓣膜钙化
编辑人员丨2023/9/23
目的 探讨miR-761对钙化性主动脉瓣膜疾病(calcified aortic valve disease,CAVD)的影响及其潜在机制.方法 于2022年1月至2023年1月从重庆医科大学附属第一医院心胸外科收集正常(6例)和钙化(8例)的瓣膜组织,采用Western blot、免疫组织化学染色和RT-qPCR检测钙化瓣膜组织中自噬基因、成骨基因、γ-氨基丁酸受体相关蛋白(Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein,GAB ARAP)或miR-761表达的变化;双荧光素酶实验验证miR-761与GABARAP 3'-UTR区的结合;通过细胞免疫荧光实验对分离的猪主动脉瓣膜间质细胞(porcine aortic valve interstitial cells,pVICs)进行表型鉴定;在pVICs中转染miR-761 mimic、inhibitor以及相应的对照构建过表达或敲低miR-761的pVICs细胞系,加入GFP-LC3腺病毒后观察自噬小体数量的变化.成骨培养基(osteogenic medium,0M)处理pVICs前后分别采用Western blot、碱性磷酸酶染色和茜素红S染色检测pVICs的成骨分化能力.结果 与正常组织比较,钙化瓣膜组织中α-SMA、RUNX2、Beclin 1、ULK1和GABARAP蛋白表达上调,p62蛋白、miR-761表达下调(P<0.05);双荧光素酶实验验证了 miR-761与GABARAP 3'-UTR区的结合(P<0.05);分离出的pVICs表达间质细胞标记物α-SMA、Vimentin,不表达内皮细胞标记物CD31;共聚焦显微镜结果显示,敲低miR-761使pVICs的自噬小体生成增多;此外,蛋白、碱性磷酸酶染色、茜素红S染色结果均显示,敲低miR-761显著增加pVICs中的GABARAP的表达,显著降低OPN、α-SMA、RUNX2、Collagen Ⅰ的表达(P<0.05),抑制OM诱导的细胞钙盐沉积.结论 miR-761可能通过抑制GABARAP的表达抑制自噬,促进心脏瓣膜钙化.
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编辑人员丨2023/9/23
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ARAP3-VAV2新结合方式鉴定与功能分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 探索腺苷二磷酸糖基化因子6的鸟苷三磷酸酶激活蛋白3(ARAP3)与VAV鸟苷交换因子2(VAV2)新的作用方式及可能的生理功能.方法 通过构建VAV2和ARAP3的突变体,在人子宫颈癌细胞(He La细胞)中共转VAV2的野生型和APAP3的突变体或者在人胚胎肾细胞(HEK-293T细胞)中共转ARAP3的野生型和VAV2的突变体,免疫共沉淀揭示二者的相互作用方式;在He La细胞中分别过表达VAV2和ARAP3野生型或突变体,荧光标记实验观察它们对纤维状肌动蛋白(F-actin)的调控作用.结果 除了肉瘤基因同源2(SH2)结构域以外,VAV2的N端(1-660氨基酸)区域亦能介导其与ARAP3的相互作用,He La细胞中过表达VAV2和ARAP3均能影响细胞内F-actin的形成.结论 VAV2多个结构域均能介导其与ARAP3相互作用,两者之间的相互作用可能是促进大鼠肉瘤同源癌基因A(Rho A)活性的动态变化或循环,从而调节细胞内F-actin动态性以及肿瘤细胞的迁移和侵染能力.
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编辑人员丨2023/8/6
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微小RNA-186靶向调控ARAP2表达及对口腔鳞癌细胞侵袭迁移的影响
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨微小RNA-186(miR-186)靶向调控A型激酶锚定蛋白2( ARAP2)表达及对口腔鳞癌( OSCC)细胞侵袭迁移的影响.方法 采用实时定量PCR( QPCR)检测OSCC细胞HN13和人口腔黏膜正常上皮细胞HOK的miR-186水平;脂质体法向HN13细胞分别转染miR-186模拟物(Mimics组)、抑制物(Inhibitor组)和对照随机序列(对照组),QPCR检测miR-186水平,活细胞计数CCK-8试剂盒检测增殖能力,Transwell侵袭和迁移实验检测穿膜细胞数,双荧光素酶报告基因实验验证miR-186与ARAP2的靶向关系,Western blotting检测ARAP2的蛋白水平.结果 HN13细胞的miR-186水平高于HOK细胞(3. 945±0. 712 vs. 1. 049±0. 268,P<0. 05);与对照组(1. 074±0. 192)相比,Mimics组的miR-186水平(4. 142±0. 348)升高,而Inhibitor组(0. 124±0. 039)降低,差异有统计学意义(P<0. 05).与对照组相比,Mimics组在24、48 h的细胞增殖活力升高,而Inhibitor组24、48 h的细胞增殖活力降低(P<0. 05). Transwell侵袭实验中对照组、Mimics组和Inhibitor组的穿膜细胞数依次为(22. 9±3. 1)、(71. 5±9. 6)和(15. 4±2. 4)个,迁移实验中依次为(51. 2±6. 1)、(106. 7±12. 5)和(36. 8±5. 6)个,与对照组相比,Mimics组的穿膜细胞数增多,而Inhibitor组减少,差异有统计学意义( P<0. 05). miR-186可抑制ARAP2野生型3′端非翻译区的相对荧光素酶活性( P<0. 05),但对突变型无影响( P>0. 05).与对照组( 0. 436 ± 0. 026)相比,Mimics 组的ARAP2水平(0. 024±0. 013)降低,而Inhibitor组(0. 657±0. 019)升高,差异有统计学意义( P<0. 05).结论 miR-186在OSCC细胞中表达上调,对OSCC细胞的侵袭与迁移起促进作用,可能通过靶向ARAP2来发挥促癌基因,有可能成为OSCC诊断标记物和新型生物治疗的靶点.
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编辑人员丨2023/8/6
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绿藻硫酸多糖SHW及其低分子量片段的结构及抗凝活性研究
编辑人员丨2023/8/5
目的 对绿藻多糖SHW及其低分子量片段的结构及抗凝活性进行研究.方法 通过热水提取、强阴离子交换色谱和凝胶渗透色谱,从绿藻硬毛藻中提取分离得到硫酸多糖SHW;通过可控酸解方法制备SHW低分子量片段;采用高效凝胶渗透色谱、高效液相色谱、红外光谱及甲基化方法对多糖结构进行表征;通过活化部分凝血活酶时间、凝血酶时间、凝血酶原时间研究多糖SHW及其低分子量片段体外抗凝血活性.结果 多糖SHW及其低分子量片段主要由阿拉伯糖组成,含有少量半乳糖和氨基葡萄糖;糖链中阿拉伯糖主要以→4)-Arap-(1→和→3,4)Arap-(1→的形式存在,半乳糖以→4)-Ga1p-(1→形式存在,硫酸根主要位于→4)-Arap-(1→的C-3位.SHW及其低分子量片段A1~A6的分子量分别为492、200、170、100、26、14和10 kDa.SHW具有较高的抗凝血活性,且其抗凝活性随着其分子量的减少而降低.结论 海藻多糖SHW是1种具有抗凝活性的新颖硫酸多糖,其抗凝活性与分子量密切相关.
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编辑人员丨2023/8/5
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lncRNA ARAP1-AS2通过JAK2/STAT3信号通路对小鼠糖尿病肾病的影响
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨lncRNA锚蛋白重复和pH结构域/反义RNA(ARAP1-AS)2通过酪氨酸激酶(JAK)2/信号转导和转录激活因子(STAT)3信号通路对糖尿病肾病的影响及其机制.方法 将MPC-5细胞分为对照组、高糖组、高糖+pcDNA3.1组、高糖+pcDNA3.1-ARAP1-AS2组、高糖+AG490组、高糖+pcDNA3.1-ARAP1-AS2+AG490组.四甲基偶氮唑蓝比色法(MTT)检测细胞存活率;流式细胞术检测MPC-5细胞凋亡率;Western印迹检测细胞增殖核抗原KI67、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶(Caspase)3、酪氨酸激酶(JAK)2、磷酸化(p)-JAK2、信号转导和转录激活因子(STAT)3、磷酸化STAT3(p-STAT3)蛋白表达;实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测ARAP1-AS2和突触孔蛋白(Synaptopodin)、结蛋白(Desmin)、波形蛋白(Vimentin)mRNA的表达水平.结果 与对照组比较,高糖诱导的MPC-5细胞的存活率及KI67表达水平明显降低,细胞凋亡率及Caspase3表达水平明显升高,Synaptopodin mRNA表达水平明显降低,Desmin mRNA、Vimentin mRNA表达水平明显升高,p-JAK2、JAK2、p-STAT3、STAT3表达水平明显升高,ARAP1-AS2表达水平明显降低(P<0.05);过表达ARAP1-AS2后,高糖诱导的MPC-5细胞的存活率及KI67表达水平明显升高,细胞凋亡率及Caspase3表达水平明显降低,Synaptopodin mRNA表达水平明显升高,Desmin mRNA、Vimentin mRNA表达水平明显降低,p-JAK2、JAK2、p-STAT3、STAT3表达水平明显降低(P<0.05).JAK2/STAT3信J号通路抑制剂AG490增强了ARAP1-AS2对高糖诱导的足细胞增殖、凋亡及Synaptopodin、Desmin、Vimentin表达的影响.结论 过表达lncRNA ARAP1-AS2可能通过抑制JAK2/STAT3信号通路促进MPC-5细胞存活,抑制高糖诱导的足细胞损伤.
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编辑人员丨2023/8/5
