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基于蛋白激酶NEK9/MTA2信号通路泛素化修饰探讨胃癌的转移机制
编辑人员丨2天前
目的:基于永离有丝分裂基因A相关激酶9(NEK9)/转移相关肿瘤基因家族2(MTA2)信号通路泛素化修饰探讨胃癌(GC)的转移机制.方法:使用癌症基因组图谱(TCGA)和Kaplan-Meier Plotter数据库分析NEK9表达与GC分期、预后之间的关联.体外实验中,将GC细胞分为:对照组、shNC 组、shNEK9 组、shNC+NC-OE 组、shNEK9+NC-OE 组和 shNEK9+MTA2-OE 组.分别采用 MTT 和Transwell法测定细胞的增殖、迁移和侵袭,并通过 Western blot检测 NEK9、MTA2、上皮间充质转化(EMT)标记和PI3K/AKT信号通路蛋白表达.结果:TCGA数据库分析显示,NEK9 mRNA在肿瘤组织中的表达明显上调,并且与TNM分期较晚和NEK9高表达者的预后较差密切相关.此外,NEK9在7个GC细胞系中的表达明显高于正常胃上皮GES-1细胞(P<0.05).与对照组相比,shNEK9组细胞活力、相对集落形成、EdU阳性细胞数、侵袭和迁移细胞数均显著降低(P<0.05).此外,在shNEK9组细胞中,E-钙粘蛋白水平上调(P<0.05),波形蛋白水平下调(P<0.05).通过免疫共沉淀试验证明NEK9与MTA2有相互作用.NEK9敲低加速了 HGC-27细胞中MTA2的降解,并且 MTA2泛素化在NEK9沉默的细胞中增加.与shNEK9+NC-OE组组相比,shNEK9+MTA2-OE组相对集落形成、EdU阳性细胞数和迁移和侵袭数均显著增加(P<0.05).结论:NEK9在GC中明显上调,其敲低在体外抑制GC细胞的生长和转移.NEK9可能通过去泛素化途径稳定 MTA2进而激活PI3K-AKT信号通路来对GC细胞产生促癌影响.
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编辑人员丨2天前
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癌基因YAP和TAZ与胰腺恶性肿瘤生物学行为及其预后的关系
编辑人员丨2天前
目的 探索胰腺导管腺癌(PDAC)组织中YAP/TAZ表达与临床病理指标的关系,分析YAP/TAZ与根治术后患者预后的关系.方法 分析178例公开数据癌症基因组图谱(TCGA)队列PDAC患者有关YAP/TAZ转录组学数据,并回顾性分析2015-12-25-2018-07-02于山东省立医院行胰腺肿瘤切除术的86例PDAC患者临床信息,通过YAP/TAZ免疫组化染色对术后病理标本进行评分.采用Kaplan-Meier方法和Cox比例风险模型分析YAP/TAZ与根治术后患者预后的关系.结果 86例患者中26例(30.23%)患者YAP强阳性,40例(46.51%)患者TAZ强阳性.YAP强阳性患者与YAP弱阳性患者1年生存率分别为30.8%和48.3%,2年生存率分别为11.5%和20.0%,P=0.021,YAP强阳性与较差的生存率有关(P=0.021),且YAP阳性综合评分为影响PDAC患者预后生存的危险因素(P=0.029,HR=1.707,95%CI:1.056~2.759);YAP强阳性表达与患者远处转移(P=0.020)和神经侵犯(P=0.036)有关联.结论 YAP是PDAC中有价值的预后生物标志物,与根治术后PDAC患者的生存期有关,且YAP表达水平与PDAC患者是否发生远处转移和神经侵犯有关联.
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编辑人员丨2天前
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卵巢癌中血管生成相关免疫基因预后模型的构建和肿瘤微环境分析
编辑人员丨2天前
目的:采用生物信息学方法探索卵巢癌中与血管生成相关的免疫基因(ARIG),探讨其与卵巢癌患者预后的关系,并说明不同预后患者肿瘤微环境和免疫治疗的潜在差异,为卵巢癌患者提供新的治疗靶点.方法:分别从TCGA和GEO数据库下载卵巢癌的转录组数据和生存数据.利用R软件分析差异表达基因,利用Pearson相关系数鉴定血管生成相关基因与免疫相关基因之间的相关性,筛选出差异表达的ARIG.通过Lasso回归分析构建预后模型,通过Cox分析临床特征和风险评分,将样本分为高风险组和低风险组.通过单样本基因集富集分析(ssGSEA)、肿瘤免疫功能障碍和排斥(TIDE)分析预后风险模型与免疫浸润、免疫治疗反应的相关性.最后,收集河北医科大学第四医院2015年5月至2016年5月手术的卵巢癌患者的肿瘤组织和输卵管组织85对,通过qPCR和WB法验证五个差异表达的ARIG在卵巢癌组织中的表达情况,分析其与卵巢癌患者临床病理特征的关系,并初步探索其在卵巢癌细胞的生物学功能.结果:通过生信分析筛选出142个差异表达的ARIG,通过Lasso和Cox回归分析,得到5个基因作为预后基因(PTGER3、SCTR、IGHG1、HSPA8、IGF2),构建了预后风险模型,高风险组患者的预后更差;此外,不同风险评分的患者在免疫细胞浸润和免疫治疗反应方面存在显著差异(均P<0.05).通过qPCR和WB法验证这5个基因在卵巢癌组织中均为高表达(均P<0.01),其中HSPA8表达量最高,且高表达HSPA8与卵巢癌患者FIGO分期晚、组织分级差、淋巴结转移及腹膜转移呈显著正相关(P<0.001).细胞功能实验证实,HSPA8可促进卵巢癌细胞的增殖、迁移和侵袭(P<0.01).结论:差异表达的5种ARIG能有效预测卵巢癌患者的预后,并且与免疫细胞浸润和免疫治疗疗效有关,初步证实其在卵巢中发挥促癌作用.
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编辑人员丨2天前
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手术插图绘制在微创泌尿外科教学中的应用浅析
编辑人员丨2天前
目的:评价基于术式绘制手术技术插图的教学方法在肾癌伴下腔静脉癌栓微创手术教学中发挥的作用.方法:选取2023年1月至2023年12月在解放军总医院第三医学中心泌尿外科医学部进行进修和规培的40名医师,将其随机分为实验组和对照组,每组20例,进行肾癌合并下腔静脉癌栓手术策略及技术讲解.实验组采用针对手术绘制的技术插图进行教学;对照组采用传统解剖图谱进行教学.比较两组学员的基线资料、教学后个人评价指标、教师对学员评价指标及教学前后客观测试分数.结果:两组学员基线资料比较差异无统计学意义(P>0.05).经培训,实验组学员手术理解程度、疾病诊疗思路、主动学习意愿、与以往学习比较、个人评价总分均优于对照组,差异有统计学意义(均P<0.05).教师对学员评价方面,实验组学习积极性、临床诊疗思维、治疗方法决策及评价总分均优于对照组,差异有统计学意义(均P<0.05).授课前,两组学员测试分数比较差异无统计学意义(P=0.856);授课后,两组成绩均较授课前提升(均P<0.001),实验组授课后成绩优于对照组(P=0.007).结论:基于术式绘制手术技术插图的教学效果优于传统解剖图谱教学,适合在泌尿外科手术技术教学及推广中应用.
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编辑人员丨2天前
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口腔鳞状细胞癌免疫相关预后风险模型的构建与验证
编辑人员丨2天前
目的:分析口腔鳞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)中差异表达的免疫相关核心基因,构建OSCC患者的免疫相关预后风险模型.方法:对癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库内的OSCC患者RNA测序数据进行加权基因共表达网络分析,识别免疫相关模块和关键基因.采用单因素Cox回归分析和生存分析,筛选与免疫预后相关的核心基因,构建OSCC的免疫相关预后风险模型;进一步采用Kaplan-Meier分析、受试者工作特征曲线和来自外部GSE41613数据集评估该预后风险模型的预测能力.应用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测OSCC患者肿瘤组织样本中8个免疫预后核心基因的表达,计算风险评分,评估该评分与肿瘤浸润深度间的相关性.采用SPSS 21.0软件包对数据进行统计学分析.结果:成功构建基于8个免疫预后核心基因(CSF2RA、CLEC4C、COL5A3、CTSG、EDNRA、GPC4、GUCY1A2和ANGPT2)的口腔鳞癌预后风险模型.Kaplan-Meier分析、受试者工作特征曲线和外部GSE41613数据集验证显示,该模型具有良好的预后预测效能.基于该模型计算的OSCC患者的风险评分与肿瘤浸润深度呈正相关,表明该模型同时具有预测OSCC潜在风险的能力.结论:基于8个免疫预后核心基因构建的预后风险模型具有预测OSCC患者预后的能力,有望成为口腔鳞癌免疫防治的重要参考.
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编辑人员丨2天前
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Exploring the connection between BRCA2 and thyroid cancer
编辑人员丨2天前
Background:This study investigated the multifaceted role of BRCA2 (breast cancer 2) in various cancer types,with a specific focus on thyroid carcinoma (THCA).Methods:Data sets were obtained from the University of California Santa Cruz database to analyze BRCA2 expression,genetic alter-ations,and clinical implications.Sample filtering criteria were applied,and immunohistochemistry from the Human Protein Atlas was used to validate protein expression.Correlation analyses were used to explore associations between immune-related genes,and immunological signatures were assessed using various tools.Genetic alterations in BRCA2 were analyzed using cBioPortal,and prognostic analysis in-volved evaluating gene expression differences at different clinical stages of THCA.Results:In patients with THCA,differences in BRCA2 expression were observed at both the mRNA and protein levels when comparing tumor and normal tissues.Correlation studies revealed associations between BRCA2 and immune-related genes,emphasizing its poten-tial role in modulating the tumor microenvironment.Immunological signature analyses indicated distinct frequencies of tumor-infiltrating immune cell subsets in BRCA2 high versus low tumors.Moreover,genetic alterations in BRCA2,particularly the A2738S mutation in exon 18,have been identified in patients with THCA.The prognostic analysis demonstrated a significant correlation between altered BRCA2 levels and improved overall survival in patients with THCA.Additionally,BRCA2 expression was associated with prognostic factors such as stage and N.Conclusions:This study provides a holistic exploration of BRCA2 in cancer and highlights its diverse roles in expression,immune modulation,genetic alterations,and clinical prognosis.These findings underscore the potential significance of BRCA2 as a diagnos-tic and prognostic marker and offer valuable insights for future research and potential clinical applications in cancer management.
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编辑人员丨2天前
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基于连接组学技术的额叶胶质瘤患者脑网络结构与认知功能的关系
编辑人员丨2天前
目的 利用连接组学技术探讨额叶胶质瘤对脑网络的累及模式,分析额叶胶质瘤患者脑网络和认知功能的关系.方法 回顾性分析南京医科大学第一附属医院(江苏省人民医院)接受诊疗的45例额叶胶质瘤患者,运用连接组学技术创建患者个性化大脑网络图谱,分析额叶胶质瘤对传统功能结构和非传统功能网络的累及模式.前瞻性收集10例患者影像学和神经心理学资料,分析额叶胶质瘤脑网络与认知功能间的关系.结果 回顾性研究中,45例患者中33例(73.33%)肿瘤累及传统的大脑功能结构(皮质脊髓束和语言区等);43例(95.56%)肿瘤累及非传统的大脑功能网络,最常累及中央执行网络(51.11%)和突显网络(44.44%).前瞻性研究中,10例患者中有7例累及中央执行网络(70%),6例累及突显网络(60%);10例患者术前简易精神状态检查平均(19.63±8.51)分,蒙特利尔认知评估平均(14.34±7.62)分,均出现不同程度的认知功能减退.结论 额叶胶质瘤不仅会累及大脑传统功能结构,还会累及非传统的功能脑网络.非传统功能网络的损伤常常导致患者出现认知功能障碍.
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编辑人员丨2天前
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内凝集蛋白1在卵巢癌中的生物信息学分析及体外抗增殖作用研究
编辑人员丨2天前
目的 分析内凝集蛋白1(ITLN1)在卵巢癌中的生物信息学信息及其体外抗增殖作用.方法 2021年3月至2022年3月,采用基因表达数据库(GEO)来分析筛选卵巢癌组织中的差异基因.利用基因表达谱交互分析工具(GEPIA)来分析ITLN1在卵巢癌肿瘤组织与正常组织中的表达水平.利用癌症基因组图谱-基因型组织表达(TCGA-GTEx)数据制作受试者操作特征曲线(ROC曲线),利用Kaplan Meier-plotter分析ITLN1低表达或高与卵巢癌病人总生存率的曲线关系.利用LinkedOmics筛选ITLN1在卵巢癌中的相关基因,然后采用京都基因与基因组数据库(KEGG)进行通路富集分析.细胞实验分组:空载体对照组(vector),TLN1过表达载体组(TLN1),ITLN1+740 Y-P组.通过蛋白质印迹法检测ITLN1、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)、磷酸化PI3K(p-PI3K)、蛋白激酶B(Akt)以及磷酸化Akt(p-Akt)在卵巢癌细胞中蛋白表达水平.通过5-乙炔基-2'-脱氧尿苷(EdU)法与细胞计数试剂盒(CCK-8)法检测细胞增殖.结果 ITLN1在卵巢癌组织(0.45±0.17)和人卵巢癌细胞株A2780(0.72±0.08)、CAOV3(0.57±0.05)、SKOV3(0.44±0.08)中的表达量均显著降低(P<0.05).并且,ITLN1在卵巢癌中具有诊断价值(ROC曲线下面积为0.88),ITLN1高表达组的卵巢癌病人总生存率高于ITLN1低表达组(风险比0.74,P<0.05).ITLN1通过抑制PI3K/Akt信号通路从而降低卵巢癌细胞的增殖能力(0.55±0.02).结论 ITLN1表达水平可以成为卵巢癌病人的预后判断标志物,是潜在的卵巢癌治疗的靶点.这为卵巢癌的分子靶向治疗提供了新的理论基础.
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编辑人员丨2天前
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CXCL8预测胃癌进展的潜在基因
编辑人员丨2天前
背景 与目的目前已有多种免疫组织化学标志物用于临床诊断和胃癌(gastric cancer,GC)患者的预后预测,但仅有少数胃癌患者从中获益,仍有大量患者需要更高特异性和敏感性的标志物.本研究旨在探索预测胃癌疾病进展的潜在生物标志物.方法 基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)进行生物信息学分析,以确定胃癌的潜在生物标志物.回顾性分析本中心接受胃癌根治术后患者的临床病理学数据,并随访患者总生存时间(overall survival,OS)及无病生存时间(disease-free survival,DFS).收集患者肿瘤病理切片,评估肿瘤组织中C-X-C基序趋化因子配体8(C-X-C motif chemokine ligand 8,CXCL8)的表达情况,比较不同CXCL8表达水平患者的人口学和临床病理特征差异.使用Kaplan-Meier法比较患者的OS及DFS,并通过单因素和多因素COX回归分析评估影响OS及DFS的预后因子.结果 鉴定出10个差异表达的基因作为核心基因,CXCL8在胃癌组织中相对于癌旁组织显著上调,其高表达预示着更差的预后.本研究共纳入198例患者,其中133例患者存在CXCL8阳性表达,这些患者具有更高的体重指数.Kaplan-Meier分析结果显示,CXCL8阳性表达的胃癌患者具有更短的OS(P<0.001)及DFS(P=0.013).Cox回归分析结果显示,CXCL8表达是影响OS(HR=3.214,95%CI:1.560-6.620,P=0.008)和DFS(HR=1.875,95%CI:1.098-3.202,P=0.043)的独立预后因素.结论 CXCL8是预测胃癌进展的潜在生物标志物.
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编辑人员丨2天前
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DIRAS3可能是一种新的胶质瘤生物标志物且与免疫浸润相关
编辑人员丨2天前
目的 探索DIRAS3对胶质瘤患者预后的影响及其潜在机制.方法 通过TCGA和CGGA数据库提取DIRAS3表达谱和临床数据,分析DIRAS3在不同临床病理特征胶质瘤患者中mRNA的表达水平,及其对总生存期和临床病理特征的影响.收集32例包括正常脑及胶质瘤组织标本,并采用Western blotting、免疫组织化学等方法比较DIRAS3蛋白在不同等级胶质瘤和正常组织中的表达差异.通过基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)、基因集富集分析(GSEA)和基因集变异分析(GSVA)等方法,对DIRAS3及其共表达基因可能的生物学功能和信号传导通路进行分析.并分析DIRAS3与免疫细胞浸润程度以及免疫相关分子表达之间的关系.结果 DIRAS3在胶质瘤中的过表达现象明显,且其表达水平随WHO分级升高而增加,并与患者的总生存率呈负相关.生物信息学分析显示,DIRAS3的高表达与患者年龄、肿瘤分级、IDH状态以及1p/19q编码缺失有关.此外,DIRAS3相关表达基因富集在多种免疫相关通路中,参与调节免疫反应的多个过程.结论 DIRAS3不仅是胶质瘤的诊断和预后生物标志物,更是胶质瘤免疫疗法的关键靶点.
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编辑人员丨2天前
