目的:分析2021年8月北京市一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组特征及变异情况，为疫情防控和风险评估提供参考。方法:收集此次疫情全部50例关联病例的呼吸道标本，使用数字PCR方法对病毒载量进行测定，使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析，对基因组数据拼接整理后进行变异位点分析及系统发生分析。结果:全部50例样本中病毒载量中位数为5.57×10 4拷贝/ml(ORF1ab基因)和5.85×10 4拷贝/ml(N基因)。共测定获得SARS-CoV-2病毒全基因组序列46份，均为Omicron变异株BA.5分支。其中21例与7例形成两个进化簇，内部全基因组核苷酸相似度高于99.993%和99.997%。 结论:该起聚集性疫情可能由两个传播链和其他散在感染共同构成，疫情病毒为境外流行的Omicron变异株BA.5分支。

目的:分析泉州2018—2019年人呼吸道合胞病毒（HRSV）流行情况和基因特征。方法:样本来自2018年11月至2019年5月福建省泉州市儿童医院送检的下呼吸道感染患儿咽拭子样本，共141份。采用RT-PCR法进行HRSVG基因3′末端靶基因扩增，使用sequencher 5.0以及MEGA5.05软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果:HRSV阳性样本25份，17份样本成功获得靶基因序列，其中HRSVA 13份，HRSVB 4份；共鉴定出两个基因型：ON1基因型（13份，HRSVA）和BA9基因型（4份，HRSVB）。5条ON1基因型靶基因序列与2012—2015年北京、长春和浙江流行的ON1基因型序列汇聚为一簇（Cluster1）；1条（FJ19-02）与2012—2015年我国多个地区流行的ON1基因型序列汇聚为一簇（Cluster2）；其余7条为独立的一簇（Cluster-FJ）。HRSVB亚型中FJ18-02、FJ19-14、FJ19-15与2015年在吉林长春流行的BA9基因型序列汇聚在一起；FJ19-13则与2013年在广州和浙江两地流行的BA9基因型序列具有较近的亲缘性。ON1基因型和BA9基因型均在重复插入的72和60个碱基片段区出现了核苷酸和氨基酸变异。Cluster-FJ分支靶基因序列出现了特征性氨基酸突变（H266L）；FJ19-13出现了H261Q和Q265L的独立突变。结论:2018—2019年福建泉州流行的HRSV基因型为BA9和ON1，Cluster-FJ为新发现的独立传播链，有可能在泉州建立了本土循环流行。

全球新型冠状病毒肺炎疫情仍处于大流行状态，Omicron变异株BA.5进化分支具有更高的传播性和一定的免疫逃逸能力，已导致大量再感染和突破性感染，在2022年4月成为全球优势株。本文就Omicron变异株BA.5进化分支的流行病学特征、基因突变特征及免疫逃避等方面的研究进展进行综述，以期为Omicron变异株BA.5进化分支所致疫情的防控工作提供参考。

目的:制备新型冠状病毒野生株(WT)、Beta变异株、Delta变异株、Omicron变异株(BA.2、BA.5、BQ.1和XBB.1分支)等7株单克隆病毒株，用于申请国家标准株。方法:利用蚀斑纯化技术感染Vero细胞后筛选单克隆毒株，通过观察细胞病变特性与病毒形态学特征、病毒滴度与全基因组序列测定、支原体检测等方法，以评价单克隆毒株的基础生物学特征。结果:WT株、Beta变异株、Delta变异株、Omicron变异株(BA.2、BA.5、BQ.1和XBB.1)7株病毒感染细胞后，细胞病变表现为细胞圆缩脱落；蚀斑纯化后的病毒支原体检测均为阴性，2代至5代的病毒滴度在10 5～10 8 TCID 50/ml之间；电镜下病毒颗粒呈圆形或者椭圆形，直径在60～140 nm之间；全基因组测序与系统进化分析明确了7种毒株的变异株类别，证实了单克隆毒株连续传代5代基因组特征稳定。 结论:制备7种代表性新型冠状病毒变异株的克隆株，具有典型冠状病毒细胞病变效应、形态结构清晰、病毒活性良好、遗传稳定等特性，可作为候选毒株用于申请国家标准株。

目的:结合高通量测序技术和生物信息学技术，从新冠肺炎感染者咽拭子标本中直接测定病毒基因组序列，并从基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(novel coronavirus 2019，2019-nCoV)的全基因组特征和变异情况，从而进行病毒的分型和溯源。方法:选取1例威海市境外输入性2019-nCoV感染病例的咽拭子标本，采用2019-nCoV全基因组序列捕获结合NGS高通量测序技术进行全基因组测序。所得测序数据使用病毒变异分析软件，进行序列拼接和变异位点分析；对病毒进行分型，并构建进化树，追踪病毒的潜在来源。结果:成功获得2019-nCoV的全基因组序列，基因组全长29 808 bp，平均测序深度达5 013.11×；全基因组共发生51处核苷酸突变，分布于8个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、E、M、ORF6、ORF7a和N)；病毒分型结果显示病毒属于奥密克戎BA.2型；进化分析显示，该病毒序列与来自日本的参考株共同处于同一分支。结论:本研究构建的测序方法和分析结果可用于2019-nCoV的变异分析和病例溯源，对COVID-19疫情防控具有重要意义。

目的:追溯新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)病例的感染来源及病毒传播路径，证实经长途货车司机跨省远距离传播COVID-19事件。方法:采用全基因组靶向扩增结合二代测序技术，对2022年3月福建省泉州市本土疫情暴发期间漳州市报告的5例货车司机COVID-19病例鼻咽拭子标本进行新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)全基因组测序，应用在线分析平台判定病毒型别及突变位点，利用进化分析软件构建系统发育树，结合流行病学调查数据，综合分析病例的感染来源及传播路径。结果:成功从5例病例中获得2019-nCoV全基因组序列，序列长度为29 770~29 839 bp，基因组平均覆盖度为99.53%；病毒分型结果显示5株病毒均为Omicron变异株，但分属3种BA.2亚分支；序列分析结果显示3例病毒与2022年3月福建省泉州市本土疫情流行的两种进化分支病毒高度相似，另2例病毒则与该起疫情流行的病毒存在差异较大(核苷酸突变位点差异7~14个、氨基酸突变位点差异5~7个)；进化分析结果表明3例病毒与福建省泉州市本土疫情病毒高度同源，2例病毒因亲缘关系较远可排除其与泉州市疫情关联；结合病例的个案调查资料，可以推断至少有2例长途货车司机病例系福建省外感染后返回的散发病例。结论:2019-nCoV全基因组序列分析提示5例COVID-19货车司机病例至少存在3个感染来源，并推测部分病例系省外感染并跨省长距离传播。

目的:分析北京市海淀区一起新型冠状病毒肺炎聚集性疫情流行病学特征及传播链。方法:采用描述性流行病学方法分析疫情流行病学特征，应用现场调查和大数据技术分析传播链。结果:2022年4月27日至5月13日，海淀区发生一起新型冠状病毒肺炎聚集性疫情，全基因组测序系Omicron变异株（BA.2.2进化分支）；涉及感染者38例，确诊病例34例，无症状感染者4例；临床分型以轻型（88.2%）为主，无重型、危重型和死亡病例；早期临床症状以咽部不适（50.0%）、咳嗽（29.4%）为主；17 d内传播7代，涉及3起社区聚集、2起单位聚集和8个家庭内传播；暴露方式以同住（47.6%）、同时空暴露（31.6%）为主；代间距 M（ Q1，Q3）为3（1，6）d；总续发率为1.5%（37/2 482），其中家庭续发率为36.7%（18/49）。 结论:本起Omicron变异株疫情临床症状轻，家庭、社区聚集性明显，疫情传播速度较快，同时空暴露感染风险较高，需利用信息化技术全面摸排密切接触者，以快制快，有效阻断疫情传播。

目的 对一起感染奥密克戎变异株输入病例引起的新型冠状病毒肺炎(以下简称新冠肺炎)暴发疫情调查处置情况进行复盘分析,为新冠肺炎暴发疫情处置提供依据.方法 采用描述流行病学方法对三亚市2022年3月31日-4月15日暴发的新冠肺炎疫情进行描述,绘制传播链,并分析应急处置的经验及不足.结果 本次疫情报告本地新型冠状病毒感染者95例,潜伏期M(P25,P75)为4(3,5)d.95例感染者发现方式中密接筛查、集中隔离、社区筛查、封控区筛查、管控区筛查、主动就诊(检)、重点人群筛查所占比例分别为33.68％、22.11％、18.95％、12.63％、6.32％、4.21％和2.11％.疫情共传播6代,引起聚集性疫情5起,聚集性发病12起.疫情波及三亚市2个区的12个村/居委会、1个酒吧、1家医院、1个小型诊所、1家农贸市场、1家大型商场、1家餐厅.基因测序结果为奥密克戎变异株BA.1.1进化分支.通过第一时间启动应急预案、开展核酸与抗原检测、管控感染者及密切接触者与密接的密接、暂停室内经营场所、中心城区管控、暂时停课等措施,在16d内控制住新冠肺炎疫情.结论 本次疫情传播链条清晰,为输入病例引起的暴发疫情,通过加强关口管理,做好信息共享、对接,及时搜索病例,及时排查、推送、管控风险人群,落实综合控制措施,能有效防范疫情的蔓延,为相关场景疫情控制提供参考.

目的 对四川省首起由新型冠状病毒奥密克戎变异株BA.2.12.1引起的本土聚集性疫情进行系统分析,对于了解新变异株的特性具有重要意义;对其感染来源及传播链进行调查分析,为新型冠状病毒肺炎及其他传染病疫情的溯源调查和防控提供参考.方法 收集、录入、整理四川省2022年7月15日至7月25日新型冠状病毒肺炎本土病例的流行病学调查报告、实验室检测结果、大数据追踪的轨迹信息及其他疫情相关数据,进行统计和图表绘制,分析其流行特征、实时再生数Rt值及其趋势、感染途径、病例间传播关系等,判定首例病例及其感染来源.结果 本次疫情共报告本土病例149例,涉及3市16区县,50～59岁组最多(42/149,28.19％),离退人员(34/149,22.82％)居多.确诊病例中87.5％为轻症病例,多数表现为咽痛/咽痒、发热、咳嗽/咳痰、乏力和头痛等症状.病毒基因测序结果属于奥密克戎变异株BA.2.12.1(即BG.2进化分支),是一起新毒株引入引发的本土疫情.平均潜伏期为3 d,共5代病例,平均代间距为2 d;病例呈现家庭、工作场所、公共场所聚集性.推测的首例病例有境外人员密切接触史,发病时间最早,是引发后续疫情传播的第1例病例.结论 本次疫情中新型冠状病毒奥密克戎变异株BA.2.12.1表现出传染性强、传播速度快、引发症状相对较轻、隐匿性强、易呈现聚集性等特征.溯源调查可通过流行病学调查、大数据技术、基因测序、专项调查、血清抗体检测等方面进行,溯源存在不能明确感染源头的情况,疫情处置后期溯源重在过程及方法.

人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)是引起婴幼儿下呼吸道感染的主要病原体之一.HRSV粘附蛋白(Attachment glycoprotein,G)是病毒膜表面糖蛋白,介导保护性免疫,是抗HRSV抗体和疫苗等的研究热点之一.为研究2008～2014年中国HRSV B亚型G蛋白编码基因的基因特征,于2008～2014年收集的363份HRSV阳性临床标本或病毒株中挑选89份代表株进行G蛋白编码基因全长核苷酸序列的扩增和测序,使用Sequencher 5.0进行序列的编辑,使用MEGA 5.0进行序列比对和亲缘关系进化树构建以及氨基酸变异分析.89份代表株分别挑选自中国北京、吉林、广东、河北、湖南、陕西6省市发热呼吸道感染患者鼻咽拭子或病毒分离株,基因型包括BA9、BA10、BAc、BA、CB1及SAB4,覆盖我国近年流行的优势基因型.亲缘关系分析显示,89株代表株可以分为6个分支,同一基因型G蛋白编码基因核苷酸序列荟聚为一个分支;89份代表株之间的核苷酸(氨基酸)遗传距离为0.03(0.04),与原型株CH-18537株的核苷酸(氨基酸)遗传距离为0.08～0.10(0.14～0.18),其中B5分支与原型株的核苷酸(氨基酸)遗传距离最远为0.10(0.18);氨基酸变异主要在第二高变区,其次为第一高变区.在中心保守区(aa164～176)以及CX3C模序区,89条HRSV B亚型G蛋白编码基因氨基酸序列与原型株CH-18537株一致.本研究表明2008～2014年中国HRSV B亚型G蛋白编码基因变异较多,但在中心保守区和CX3C模序区保守,本研究为我国HRSV的病毒学研究提供了基础科学数据.