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2009—2019年深圳市南山区食源性单核细胞增多性李斯特菌基因组特征分析
编辑人员丨2天前
目的:分析深圳市南山区食源性单核细胞增多性李斯特菌(Lm)基因组遗传家系、耐药基因、毒力基因和进化关系的特征性基线信息。方法:对2009—2019年南山区食品中分离的46株Lm进行全基因组提取和二代测序(PE-150,100×),运用CLC Genomics Workbench 12.0软件组装、比对基因组及分析其管家基因、耐药基因、毒力基因和k-mer系统进化关系等特征。结果:46个Lm基因组组装后均满足分析条件(contigs N50>20 kb),平均GC含量为38.3%、预测基因数为5 960个、基因组大小为2 952 608 bp;南山区Lm全基因组k-mer系统发生树可见14簇,总体遗传距离较大,其遗传家系包括21株Lineage 1、23株Lineage 2和2株Lineage 3,Lineage 1以ST87为主,其余为ST3、ST59、ST224和ST429,Lineage 2以ST8和ST9为主,其余为ST121、ST155、ST199、ST204和ST321,Lineage 3只见ST299;发现本地区Lm携带fosX(17株)、tetM(6株)、dfrG(4株)、catB3(1株)和mefA(1株)5种耐药基因,均携带flaA、iap、actA、hly、mpl、prfA、plcA、plcB和inlB 九种毒力基因,同时有6株inlA与3株inlJ发生变异和2株inlC缺失。结论:深圳市南山区分离的食源性Lm呈现遗传进化多样性,携带耐药基因情况较为严重,特别是来源于生禽肉和金针菇的分离株,且功能明确的毒力基因丰富齐全。
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编辑人员丨2天前
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上海地区支气管扩张症患者铜绿假单胞菌耐药机制和分子流行病学特征
编辑人员丨2024/2/3
目的 了解上海地区支气管扩张症患者铜绿假单胞菌(PA)耐药性和分子流行病学特征.方法 收集分离自上海地区6家医院支气管扩张症患者痰样本的PA 73株.采用微量肉汤稀释法检测菌株对抗菌药物的敏感性.采用高通量测序(NGS)检测分离菌株的耐药基因,并进行多位点序列分型(MLST).结果 73株PA中,黏液型PA 43株(58.9%).对左氧氟沙星、环丙沙星、亚胺培南的耐药率分别为41.1%、34.2%、12.3%,对其他类抗菌药物的耐药率均<6%.对氟喹诺酮类抗菌药物耐药的PA最主要的突变位点为GyrA的83位和87位、GyrB的466位、ParC的646位和262位、ParE的533位;对亚胺培南耐药的PA膜孔蛋白OprD全部存在突变或缺失.检测到多种获得性耐药基因,包括β-内酰胺类(blaIMP-45、blaPAO、blaOXA-1、blaOXA-50等)、氨基糖苷类[aph(3')-Iib、aac(6')-Ib3、aac(6')-Ib-cr、aadA2b]、磷霉素类(fosA)、氯霉素类(catB7、catB3)、磺胺类(sul1、qacE)和喹诺酮类(crpP).MLST共检测出53个ST型别,最常见的是ST277(5.5%,4/73).结论 上海地区支气管扩张症患者携带的PA大部分为黏液型,总体耐药率较低,但对氟喹诺酮类药物耐药性较高,不存在菌株的克隆传播.
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编辑人员丨2024/2/3
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伤寒沙门菌hns基因缺失株的构建及其对毒力基因表达的影响
编辑人员丨2023/10/28
目的 敲除伤寒沙门菌hns基因,分析其对伤寒沙门菌主要毒力基因转录的影响.方法 本研究利用 自杀质粒法与RED重组法敲除伤寒沙门菌hns基因;RED重组法先构建phoPQ基因缺失株(△phoPQ),再敲除hns基因(△phoPQ-hns);提取△phioPQ 与 △phoPQ-hns 的总 RNA,实时定量 RT-PCR 检测毒力基因 hilA、invF、ssrB、ssaB、catB、pltB 的 mR-NA水平,分析HNS对以上毒力基因的调控作用.结果 自杀质粒法与RED重组法均无法直接敲除伤寒沙门菌hns基因;伤寒沙门菌缺失phoPQ基因后,可成功敲除hns基因;△phoPQ-hns中毒力基因hilA、invF、ssrB、ssaB、catB和pltB的mR-NA水平明显高于△phoPQ(均P<0.01).结论 hns为伤寒沙门菌的毒力负向调控基因,可抑制伤寒沙门菌多个毒力基因的表达.
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编辑人员丨2023/10/28
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一种大量提取红豆杉中总RNA的方法研究
编辑人员丨2023/8/6
旨在确定高质量红豆杉中总RNA的提取和纯化工艺条件.以湖南长沙红豆杉叶为材料,以Trizol和CATB两种植物RNA通用提取方法为基础,以RNA的浓度、OD260/OD瑚及OD260/OD230的比值为标准,考察提取方法、提取试剂、提取时间等因素对RNA提取率的影响,优化了红豆杉叶中总RNA的提取方法;通过对比PVP法、p-巯基乙醇法、高盐沉淀法、低浓度乙醇沉淀法、凝胶柱层析法五种不同纯化方法来探讨对红豆杉RNA的影响.考虑到成本的问题,选择使用Trizol法提取红豆杉总RNA,确定了较优的提取条件:红豆杉叶与Trizol提取液的作用体积确定为3:40;裂解时间确定为5 min;氯仿与水液的作用体积确定为1:5.实验表明凝胶柱层析法能显著的提高红豆杉总RNA的纯度并能得到富含miRNA的小分子RNA.最终可得到浓度约为1 000 μg/mL,OD260/OD280在2.00-2.20之间及OD26/OD230大于1.7的高质量RNA样品.与现有的提取方法相比,本方法提取的红豆杉总RNA具有很高的质量和纯度,且大大降低了提取成本,并首次实现了植物总RNA的大量提取.
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编辑人员丨2023/8/6
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孕妇亚甲基四氢叶酸还原酶基因C677T多态性与子痫前期的相关性研究
编辑人员丨2023/8/6
目的:研孕妇亚甲基四氢叶酸还原酶(M T HFR)基因C677T 多态性与子痫前期的相关性.方法:选择2O14年7月~2O17年3月期间在建始县人民医院诊断为子痫前期的孕妇作为研究的PE组,同期在建始县人民医院产检并分娩的健康孕妇作为研究的对照组.测定外周血中 M T HFR 基因C677T位点的多态性以及同型半胱氨酸(Hcy)代谢指标的含量、凋亡基因及侵袭基因的表达量.结果:PE组孕妇外周血中M T HFR基因C677T位点T T基因型的比例显著高于对照组,CT 及CC基因型的比例均均显著低于对照组;T T 基因型PE孕妇血清及胎盘中Hcy的含量以及胎盘中FasL、Caspase-8、Bax、Caspase-9、Caspase-3的m RN A表达量显著高于C T基因型及CC基因型,血清及胎盘中叶酸的含量以及胎盘中Notch-1、N-cadherin、Vimentin、CatL、CatB的mRNA表达量显著低于CT 基因型及CC基因型PE孕妇.结论:M T HFR基因C677T 位点突变能够通过影响 Hcy代谢以及凋亡基因、侵袭基因表达的方式参与子痫前期的发生.
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编辑人员丨2023/8/6
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子痫前期患者母体-胎盘循环超声参数与胎盘缺氧及氧化应激程度的相关性
编辑人员丨2023/8/6
目的:研究子痫前期患者母体-胎盘循环超声参数与胎盘缺氧及氧化应激程度的相关性.方法:选择在本院进行分娩的子痫前期患者作为研究的 PE组,同期本院分娩的健康孕产妇作为研究的对照组.孕23-26周时行彩色多普勒超声测定子宫螺旋动脉的PI、RI、S/D水平;分娩后收集胎盘并测定缺氧所致细胞凋亡指标、细胞侵袭分子、氧化应激分子的表达量.结果:PE组患者子宫螺旋动脉的PI、RI、S/D水平均显著高于对照组;PE 组胎盘组织中 TXNIP、NLRP3、ASC、Caspase-1、Nrf-2、HO-1、NQO-1的mRNA表达量显著高于对照组且与子宫螺旋动脉PI、RI、S/D的水平呈正相关,CatL、CatB、uPA、LA M A4的m RNA表达量显著低于对照组且与子宫螺旋动脉PI、RI、S/D的水平呈负相关.结论:子痫前期患者母体-胎盘循环血流阻力增加会造成胎盘缺氧、加剧细胞凋亡及氧化应激.
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编辑人员丨2023/8/6
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中国四省份禽肉中耶尔森菌的耐药性及其耐药基因研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 了解我国4省份禽肉中分离小肠结肠炎耶尔森菌、中间型耶尔森菌和弗氏耶尔森菌的耐药特征和耐药基因的携带情况.方法 本研究采用的22株小肠结肠炎耶尔森菌、2株中间型耶尔森菌和1株弗氏耶尔森菌来源于2016年全国污染物监测网,其中1株分离自宁夏回族自治区, 3株分离自山东省,16株分离自河北省,5株分离自黑龙江省.采用肉汤稀释法测定25株分离菌对14类25种临床常用抗生素的药物敏感性,将菌株的全基因组序列与抗生素抗性基因数据库(ARDB)比对,对基因组中的耐药基因进行预测.结果25株耶尔森菌对氨苄西林、阿莫西林/克拉维酸和头孢唑啉全部耐药,其中22株小肠结肠炎耶尔森菌中对头孢西丁、氨苄西林/舒巴坦、呋喃妥因和甲氧苄啶/磺胺甲噁唑的耐药率分别为63.7%(14株)、22.8%(5株)、4.6%和4.6%(1株).25株菌全部耐3类及以上抗生素(多重耐药株),耐4类及以上抗生素的比例为64.0%(16株),且4株分离自鸡肉的小肠结肠炎耶尔森菌对头孢曲松、环丙沙星出现了中介耐药.25株菌株中有20株携带有相同的6种耐药基因(簇),分别为mdtG、ksgA、bacA、blaA、rosAB和acrB,有5株分离自新鲜鸡肉的小肠结肠炎耶尔森菌还携带有耐药基因dfrA1、catB2和ant3ia.结论 我国部分地区生禽肉中耶尔森菌的耐药性严重,携带有多种耐药基因.
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编辑人员丨2023/8/6
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组织蛋白酶D调控皮肤成纤维细胞降解晚期糖基化终末产物的研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 探究组织蛋白酶D(CatD)对皮肤成纤维细胞降解吞入胞内的晚期糖基化终末产物(AGE)的调控作用.方法 分别以CatB+CatL、CatD以及20S蛋白酶体的酶活性抑制剂CA074Me、天冬氨酸酶抑制剂(pepstatin A)、MG-132处理皮肤成纤维细胞,CCK8和荧光法检测细胞活性及蛋白酶活性.CA074Me、pepstatin A、MG-132组分别加入AGE-BSA孵育8h,而对照组加入磷酸盐缓冲液(PBS).孵育8h后,置换含相应抑制剂的新鲜培养基继续培养24 h,流式细胞仪检测各时间点胞内AGE-BSA平均荧光强度.以不同浓度pepstatin A(37.5、75、150 μmol/L)或PBS处理皮肤成纤维细胞,加入AGE-BSA孵育,方法同前,ELISA检测各时间点胞内AGE-BSA平均浓度,计算降解率.慢病毒转染皮肤成纤维细胞,设空白对照组、空载病毒转染组、CatD高表达慢病毒转染组,荧光显微镜观察,RT-PCR、Western印迹法和荧光法检测各组CatD mRNA和蛋白表达及酶活性.分别加入AGE-BSA孵育,处理及检测方法同前,计算降解率.结果 1μmol/L CA074Me组、75 μmol/L pepstatinA组及1μmol/L MG-132组细胞增殖活性均在90%以上,与对照组(100%)差异无统计学意义(F=1.525,P>0.05).去除AGE-BSA 24 h后,CA074Me+ AGE-BSA组和MG-132+ AGE-BSA组胞内AGE-BSA荧光强度(275.00±10.15、259.00±11.14)均较其相应8h点荧光强度(295.00±6.56、285.67±8.74)显著下降(配对t值分别为4.778、6.154,均P<0.05),而pepstatin A+AGE-BSA组8h和32 h点细胞内AGE-BSA荧光强度差异无统计学意义(均P>0.05).37.5、75和150 μmol/LpepstatinA组24 h内对吞人胞内AGE-BSA的降解率分别为9.64%±1.27%、5.62%±0.47%和3.21%±0.73%,各组间差异有统计学意义(F=45.876,P<0.05),且该降解率随pepstatin A浓度增加而降低(P<0.05).荧光显微镜下观察,空白对照组细胞未见荧光,空载病毒转染组和CatD高表达慢病毒转染组细胞荧光阳性率均在80%以上.CatD高表达慢病毒转染组CatD mRNA、蛋白表达及活性均较另2组显著上调(均P< 0.05).CatD高表达慢病毒转染+AGE-BSA组24 h内AGE-BSA的降解率显著高于AGE-BSA组和空载病毒转染+AGE-BSA组(均P<0.05).结论 CatD可促进皮肤成纤维细胞降解吞入胞内的AGE-BSA.
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编辑人员丨2023/8/6
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术前消癌平联合TEC新辅助化疗对乳腺癌细胞恶性生物学行为的影响
编辑人员丨2023/8/6
目的:研究术前消癌平联合TEC新辅助化疗对乳腺癌细胞恶性生物学行为的影响.方法:选择在本院接受新辅助化疗的乳腺癌患者作为研究对象,随机分为接受术前消癌平联合TEC新辅助化疗的联合组以及接受TEC新辅助化疗的对照组.手术切除后,取乳腺癌病灶并测定增殖基因 、侵袭基因的mRNA表达量以及血管新生分子的蛋白含量.结果:手术切除后,联合组患者乳腺癌病灶内USP39、CyclinD1、c-myc、Sema4D、CatB、ADAM17、uPA的mRNA表达量以及VEGF、Ang-2、bFGF的蛋白含量显著低于对照组,TCEAL17、M FN2、TIM P1、E-cadherin的mRNA表达量以及MMRN2、PEDF的蛋白含量显著高于对照组.结论:乳腺癌术前消癌平联合TEC新辅助化疗能够较单用TEC新辅助化疗能够有效地抑制癌细胞增殖 、侵袭及血管新生.
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编辑人员丨2023/8/6
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老年病房耐亚胺培南鲍曼不动杆菌整合子及分子流行病学研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 了解老年病房耐亚胺培南鲍曼不动杆菌携带整合子的情况,分析菌株同源性,为防治院内感染提供依据.方法 收集我院老年科2014年3月至2017年3月临床分离的非重复耐亚胺培南鲍曼不动杆菌28株,采用纸片扩散法确定其耐药率,运用聚合酶链式反应(PCR)法检测整合酶基因(intl)Ⅰ、intlⅡ、intlⅢ及可变区,并用多位点序列分型(MLST)法对其进行分子分型.结果 耐亚胺培南鲍曼不动杆菌intlⅠ的携带率为35.7%,未扩增出Ⅱ类和Ⅲ类intl.整合子阳性菌扩增出两类可变区,分别含有aacC1-orfx′-aadA1及aacA4-catB8-aadA1基因盒.MLST分型提示ST1415型14株(50.0%)、ST1417型5株(17.9%)、ST195型4株(14.3%)、ST540型3株(10.7%),未分型2株.MLST优势基因型为ST1415.结论 耐亚胺培南鲍曼不动杆菌主要携带Ⅰ类整合子,介导对氨基糖苷类、氯霉素耐药.老年病房存在耐亚胺培南鲍曼不动杆菌,尤其是ST1415型的院内感染流行,必须加强感染隔离及控制.
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编辑人员丨2023/8/6
