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根皮素调节CCL2-CCR2信号轴对肺癌细胞恶性进展的影响
编辑人员丨6天前
目的:探讨根皮素调节CC趋化因子配体2(CCL2)-CC趋化因子受体2(CCR2)信号轴对肺癌细胞恶性进展的影响.方法:将A549细胞分为对照组(未进行任何处理的A549细胞)、低剂量根皮素组(500μmoL/L根皮素处理A549细胞)、中剂量根皮素组(750μmoL/L根皮素处理A549细胞)、高剂量根皮素组(1000μmoL/L根皮素处理A549细胞)、高剂量根皮素+GW0742组(1000μmoL/L根皮素与1.OμmoL/L CCL2-CCR2信号通路激活剂GW0742处理 A549细胞).CCK-8法和流式细胞术分别检测A549细胞增殖及凋亡;Transwell法检测细胞迁移和侵袭;Western blot测定CCL2-CCR2信号轴相关蛋白表达.结果:低、中、高剂量根皮素组细胞OD450值、迁移及侵袭数量、CCL2、CCR2蛋白表达均低于对照组(P<0.05),细胞凋亡率高于对照组(P<0.05),且呈剂量依赖性.高剂量根皮素+GW0742组细胞OD450值、迁移及侵袭数量、CCL2、CCR2蛋白表达均 高于高剂量根皮素组(P<0.05),细胞凋亡率低于对照组(P<0.05).结论:根皮素可能通过调节CCL2-CCR2信号轴介导的免疫反应进而抑制肺癌细胞的恶性进展.
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编辑人员丨6天前
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基于GEO数据库呼吸机相关性肺损伤小鼠基因芯片数据的生物信息学分析及关键基因验证
编辑人员丨6天前
目的:利用生物信息学方法挖掘呼吸机相关性肺损伤(VILI)小鼠的差异表达基因(DEG),并通过构建VILI小鼠模型对关键基因进行验证。方法:①实验1(生物信息学分析):从基因表达数据库(GEO)下载VILI与自主呼吸对照组小鼠的肺组织基因芯片数据GSE9368和GSE11662,通过统计分析获得DEG,运用韦恩图获得两个数据的共同DEG,然后使用DAVID在线数据库对共同DEG进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科(KEGG)通路富集分析,最后利用基因与蛋白质相互作用检索在线数据库(STRING)对共同DEG进行基因编码蛋白相互作用(PPI)分析,并运用CytoScape软件、分子复合物检测分析插件(MCODE),以及CytoHubba插件中最大团中心性(MCC)、最大邻居连通度(MNC)与度(degree)算法进行拓扑分析,筛选出关键基因。②实验2(相关基因编码蛋白验证):构建C57BL/6小鼠大潮气量(20 mL/kg)VILI模型,并设自主呼吸对照组。取小鼠肺组织进行苏木素-伊红(HE)染色,观察肺组织病理学改变;并对实验1中筛选出的关键基因编码蛋白进行免疫组化验证。结果:①实验1结果:GSE9368数据中筛选出114个DEG,其中上调99个,下调15个;GSE11662数据中筛选出258个DEG,其中上调188个,下调70个;获得共同DEG 66个,其中上调61个,下调5个。GO功能注释结果表明,共同DEG参与炎症反应、免疫应答、白细胞及中性粒细胞趋化浸润等过程;KEGG通路富集分析提示共同DEG主要富集于细胞黏附、细胞因子-细胞因子受体相互作用及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。通过STRING及CytoScape构建差异基因PPI网络图和重要子模块,并获得拓扑分析MCC、MNC及degree算法得出的交集基因,分别为细胞因子信号转导抑制因子3(SOCS3)、白细胞介素-1β(IL-1β)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、整合素Itgam、CXC型趋化因子配体2(CXCL2)、CXC型趋化因子受体2(CXCR2)、L-选择素Sell及CC型趋化因子受体1(CCR1)。②实验2结果:构建大潮气量VILI小鼠模型结果显示,与自主呼吸对照组相比,机械通气结束后0 h小鼠肺组织有所损伤;通气结束后6 h肺组织结构受损明显,肺泡腔可见不同程度出血和塌陷,肺泡壁明显增厚,肺泡腔及间质还可见炎症细胞浸润。对拓扑分析交集前3位基因IL-1β、SOCS3、MMP-9的编码蛋白进行免疫组化染色,结果显示,随通气时间延长,小鼠肺组织中IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白表达逐渐上调,6 h时与自主呼吸对照组比较差异均有统计学意义〔IL-1β(积分 A值):8.40±2.67比5.10±0.94,SOCS3(积分 A值):9.74±1.80比5.95±1.31,MMP-9(积分 A值):11.45±6.20比5.36±1.28,均 P<0.05〕。 结论:基于GSE9368和GSE11662数据的生物信息学分析发现,VILI与炎症损伤、细胞因子及免疫细胞浸润相关;IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白可能为VILI生物标志物。
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编辑人员丨6天前
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活化蛋白C对系统性红斑狼疮患者表达CC趋化因子配体2的影响
编辑人员丨6天前
目的:探讨活化蛋白C(APC)及其可溶性内皮细胞蛋白C受体(sEPCR)是否通过调控CC趋化因子配体2(CCL2)表达而对SLE的病情活动程度产生影响。方法:采用ELISA法检测94例SLE患者及35名健康对照者血浆中APC、sEPCR和CCL2水平,并对APC、sEPCR与SLEDAI及CCL2表达水平的相关性进行分析。同时采用细胞体外培养方法观察重组APC对CCL2表达和对NF-κB信号通路的作用。正态分布的2组计量资料采用 t检验,非正态分布的2组计量资料采用Mann-whitney U检验,2组计量资料的相关性采用Pearson相关性分析。 结果:血浆APC水平在SLE患者虽有升高,但与对照组比较差异无统计学意义[475.55(205.03,964.90)ng/ml和398.50(216.60,835.32)ng/ml, Z=0.221, P=0.825],而sEPCR水平则明显升高[(215±104)ng/ml和(127±73)ng/ml, t=4.734, P<0.01],导致SLE患者的APC/sEPCR比率明显下降[2.4(0.9,4.7)和4.2(2.2,8.5), Z=3.212, P=0.001];CCL2水平在SLE患者为[543.45(285.48,1 216.25)pg/ml],明显高于健康对照组[173.5(109.825,300.30)pg/ml, Z=5.801, P<0.01]。相关性分析结果显示:SLE患者APC/sEPCR比率下降的程度与SLEDAI( r=-0.245, P=0.016)及CCL2表达水平( r=-0.262, P=0.012)呈负相关。体外实验结果表明APC以剂量依赖性方式抑制脂多糖刺激的单核细胞株人外周血的单核细胞系(THP)-1表达CCL2,并伴随NF-κB DNA结合活性水平的受抑,这一作用可被蛋白C抑制剂拮抗。 结论:APC/sEPCR比率与SLEDAI相关性联系,提示其可作为SLE病情活动的判断指标。APC可通过抑制NF-κB的活性来下调CCL2的表达,而sEPCR在SLE中的过度表达,使得APC这一抗炎作用减弱,可能与蛋白C系统对SLE病情活动程度的影响有关。
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编辑人员丨6天前
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脓毒症外源性ARDS关键基因及信号通路的转录组学分析
编辑人员丨6天前
目的:分析脓毒症外源性急性呼吸窘迫综合征(ARDS)大鼠的差异表达基因(DEG),从转录组水平探讨脓毒症ARDS的早期诊断及防护机制。方法:将12只6~8周龄雄性SD大鼠按随机数字表法分为脂多糖(LPS)致脓毒症ARDS模型组(模型组,腹腔注射LPS 15 mg/kg)与对照组(腹腔注射等量生理盐水),每组6只。分别提取两组大鼠左肺组织RNA,采用illumina Hiseq测序平台的双端测序模式进行高通量测序。采用DESeq2软件以| log 2差异倍数(FC)|≥3且 P<0.001筛选DEG。对DEG进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)通路富集分析。使用STRING在线数据库和CytoScape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选关键基因。分离并提取2021年3月至11月连云港市第一人民医院急危重症医学部收治的20例脓毒症患者及20例年龄匹配的同期健康体检者的外周血单个核细胞(PBMC),采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)对关键基因进行验证。 结果:共筛选出DEG 286个,其中上调基因202个,下调基因84个。GO富集分析表明,DEG主要参与了中性粒细胞趋化迁移、抗菌体液反应、宿主免疫应答及体液免疫反应等生物学过程;KEGG富集分析显示,DEG主要通过参与白细胞介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路及趋化因子信号通路发挥生物学作用。PPI分析共筛选出节点蛋白262个,相互作用关系852条边;筛选出前15位关键基因,分别为IL-6、TNF、IL-10、IL-1β、CXC趋化因子配体1(CXCL1)、CXCL10、CXC趋化因子受体3(CXCR3)、CXCR2、CXCL9、CC趋化因子配体7(CCL7)、CXCL11、CCL1、CXCL13、CCL12、CCL22。采用RT-qPCR对脓毒症ARDS患者与健康对照者PBMC进行差异基因测序验证,结果显示,脓毒症患者5个代表性关键基因表达明显高于健康对照者〔IL-6 mRNA(2 -ΔΔCt):2.803±1.081比0.951±0.359,TNF mRNA(2 -ΔΔCt):2.376±0.799比1.150±0.504,CXCL10 mRNA(2 -ΔΔCt):2.500±0.815比1.107±0.515,CXCR3 mRNA(2 -ΔΔCt):1.655±0.628比0.720±0.388,CCL22 mRNA(2 -ΔΔCt):1.804±0.878比1.010±0.850,均 P<0.05〕,与RNA测序结果一致。 结论:炎症细胞趋化迁移脱颗粒、细胞因子免疫应答反应等生物学过程和CXCL10/CXCR3、IL-17等信号通路在脓毒症外源性ARDS发生发展过程中起着重要的作用,可作为进一步研究肺损伤机制和临床防治的新思路及新靶点。
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编辑人员丨6天前
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基于转录组测序分析唾液酸结合免疫球蛋白样凝集素-15在胃癌细胞中的作用机制
编辑人员丨6天前
目的:筛选并分析唾液酸结合Ig样凝集素15(Siglec-15)在胃癌细胞中的候选靶基因及其下游信号通路并进行患者预后相关性分析。方法:构建干扰Siglec-15基因的最佳慢病毒转染至人胃腺癌AGS细胞株获得沉默组(AGS-shSiglec-15),以及空载体慢病毒转染获得的AGS细胞对照组(AGS-NC),各取三个样本进行转录组测序。根据测序数据筛选差异表达基因,通过GO分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析和GESA分析进行基因的功能注释和信号通路的鉴定。构建蛋白与蛋白相互作用网络图(PPI),进行可视化分析并获取关键互作蛋白,并对靶蛋白进行生存期分析。结果:共鉴定出符合筛选标准的255个差异表达蛋白编码基因,包括119个上调基因和136个下调基因。经GO、KEGG和GSEA分析表明,差异表达基因(DEGs)主要参与甲型流感、Toll样受体信号传导途径、钙信号传导途径、NOD样受体信号传导途径、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用等进程。同时筛选出10个Siglec-15相关基因的靶蛋白,其中钙黏蛋白23(CDH23)[ HR=1.31(1.05~1.63), P<0.05]、蛋白网络成分协调蛋白(USH1C)[ HR=1.25(1.05~1.48), P<0.05]、干扰素调节因子7(IRF7)[ HR=1.7(1.41~2.05), P<0.001]、MX2[ HR=1.63(1.33~2.00), P<0.01]、干扰素调节因子9(IRF9)[ HR=1.30(1.09~1.54), P<0.01]高表达的胃癌患者总生存率(OS)较差。而RSAD2(RSAD2)[ HR=0.78(0.61~1.00), P<0.05]、CC基序趋化因子配体5(CCL5)[ HR=0.66(0.55~0.78), P<0.01]、CXC趋化因子配体(CXCL8)[ HR=0.65(0.53~0.79), P<0.01]、XIAP相关因子1(XAF1)[ HR=0.77(0.65~0.92), P<0.01]、干扰素调节因子6(IRF6)[ HR=0.51(0.41~0.63), P<0.01]高表达的患者具有较好的OS。 结论:沉默Siglec-15基因在胃癌细胞中有明显差异表达基因并参与多种生物学进程和信号通路调节,可能作为胃癌的潜在新免疫检查点标志物及治疗靶点。
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编辑人员丨6天前
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支气管哮喘差异表达基因的筛选和生物信息学分析
编辑人员丨6天前
目的:筛选支气管哮喘核心差异表达基因并对其进行生物信息学分析。方法:从基因表达数据库(GEO)下载哮喘患者巨噬细胞基因芯片数据GSE22528,该数据集包括了10份人肺泡灌洗液的转录组信息,其中哮喘患者和对照个体各5份。采用R 4.0.4软件筛选差异表达基因(DEGs)。利用DAVID 6.8数据库对筛选出的DEGs进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用STRING在线数据库对DEGs编码蛋白构建蛋白互作网络(PPI),采用Cytoscape软件构建核心模块并确定核心DEGs。结果:肺泡灌洗液标本均来自加拿大白种人,哮喘患者和对照个体年龄范围分别为20~37和18~36岁,各组男性均为3例。哮喘患者上调基因449个,下调基因47个。GO分析显示:哮喘患者上调基因主要涉及对未折叠蛋白的反应等生物过程,分子功能集中于未折叠蛋白和生长因子的绑定;下调基因主要涉及组蛋白脱乙酰作用和泛素介导的蛋白质降解等生物过程,分子功能集中于组蛋白脱乙酰酶活性。KEGG通路富集分析显示:通路主要由上调基因富集,涉及Hippo信号通路、肥厚型心肌病、雌激素信号通路、致心律失常性右心室心肌病、基底细胞癌、神经活化的受体配体相互作用、扩张型心肌病和黏附连接等信号通路。PPI分析共得到两个核心模块,筛选出14个核心DEGs,分别为促黑色素聚集激素(PMCH)、孤啡肽前体(PNOC)、鞘氨醇-1-磷酸受体2(S1PR2)、鞘氨醇-1-磷酸受体5(S1PR5)、CC型趋化因子配体21(CCL21)、Kelch样蛋白25(KLHL25)、泛素结合酶E2V2(UBE2V2)、F-box蛋白17(FBXO17)、味觉受体2型成员3(TAS2R3)、生长抑素受体2(SSTR2)、代谢型谷氨酸受体2(GRM2)、李斯特E3泛素蛋白连接酶1(LTN1)、LIM域特有蛋白7(LMO7)和环指蛋白19A基因(RNF19A),其中LTN1和UBE2V2下调,其余均上调。结论:哮喘患者与对照个体存在DEGs、PMCH、PNOC、S1PR2、S1PR5和CCL21基因等可能为哮喘发病机制中的核心基因。
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编辑人员丨6天前
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动脉粥样硬化患者外周血单核细胞差异表达基因分析及生物标志物筛选
编辑人员丨1周前
目的:研究及分析动脉粥样硬化患者外周血单核细胞差异表达基因,筛选动脉粥样硬化潜在的分子标志物。方法:通过GEO数据库获取GSE23746和GSE9820基因芯片数据集。GSE23746包含了76例就诊于华盛顿大学附属医院的颈动脉粥样硬化患者及19例对照者的单核细胞样本。GSE9820包含了18例就诊于荷兰阿姆斯特丹自由大学医学中心的重度病变的冠心病患者及13例对照者的单核细胞样本。分别筛选颈动脉粥样硬化患者及冠状动脉粥样硬化患者相对于对照组的差异表达基因,并确定两个数据集的共同差异表达基因。然后对差异表达基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。再对差异表达基因进行蛋白相互作用网络(PPI)分析,并选出关键基因。结果:在颈动脉粥样硬化和冠状动脉粥样硬化患者的外周血单核细胞中分别筛选出16个和153个下调的差异表达基因。颈动脉粥样硬化的差异表达基因主要参与炎症反应、中性粒细胞趋化、免疫应答等生物过程;富集到的KEGG通路包括Toll样受体信号通路、NF-κB信号通路、NOD样受体信号通路。冠状动脉粥样硬化的差异表达基因主要参与的生物过程包括核小体装配、凝血、基因表达的调控;富集到的KEGG通路包括系统性红斑狼疮以及细胞因子趋化通路。通过构建PPI网络,在颈动脉粥样硬化患者中识别出5个枢纽基因TNF、IL1B、趋化因子(C-X-C基序)配体8(CXCL8)、趋化因子(C-C基序)配体4(CCL4)、B细胞κ轻肽基因增强子核因子抑制因子(NFKBIA),在冠状动脉粥样硬化患者中识别出5个枢纽基因(组蛋白HIST1H2AC、HIST1H2BJ、HIST1H2BH、HIST2H2AC、HIST2H2BE),这些基因主要参与炎症反应及炎症信号分子的转录和表达。同时还筛选出两个数据集的共同差异表达基因早期生长反应基因1(EGR1)和趋化性细胞因子配体CCL3样蛋白1(CCL3L1)。结论:基于GEO数据库的生物信息学分析,动脉粥样硬化患者外周血单核细胞的炎症信号被抑制;共同差异表达基因EGR1和CCL3L1可作为潜在的生物标志物用于动脉粥样硬化的筛查。这为动脉粥样硬化的机制研究和临床诊疗提供新的思路。
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编辑人员丨1周前
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三黄益肾胶囊调控NF-κB信号通路减轻糖尿病肾病大鼠炎症反应的机制研究
编辑人员丨1个月前
目的:旨在探究三黄益肾胶囊治疗糖尿病肾病(DN)可能的炎症反应机制.方法:按照随机数字表法将60只大鼠分为正常组、模型组、厄贝沙坦组及三黄益肾低、中、高剂量组,每组10只.除正常组外,其余各组大鼠用高糖高脂饲料联合链脲佐菌素(STZ)注射建立DN模型.正常组和模型组给予生理盐水2 mL灌胃;厄贝沙坦组给予厄贝沙坦11.51 mg/kg灌胃;三黄益肾低、中、高剂量组分别给予三黄益肾胶囊0.41、0.81、1.62 g/kg灌胃.各组大鼠均1次/d,连续给药4周.比较各组大鼠空腹血糖(FBG)、体质量、24 h尿白蛋白、肾功能指标、肾组织病理学变化、肾组织抗氧化相关指标(SOD、GSH-Px活性及MDA水平)、肾组织炎症介质[白细胞介素6(IL-6)、白细胞介素1β(IL-1β)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)]、肾组织诱导型一氧化氮合酶(iNOS)、肾组织CD68、CC趋化因子受体2(CCR2)表达、肾组织CC趋化因子配体2(CCL2)、NF-κB P65、p-NF-κB P65、IκB、p-IκB表达.结果:与模型组比较,各三黄益肾胶囊组大鼠体质量高,FBG、血清肌酐(Cr)、尿素氮(BUN)及24 h尿蛋白水平低,肾脏组织病理变化减轻,三肾组织中SOD、GSH-Px活性高,MDA水平低,IL-6、IL-1β、TNF-α水平低,肾组织中iNOS水平低,肾组织CCR2与CD68共定位水平低,CCL2、p-NF-κB P65、p-IκB蛋白表达低.结论:三黄益肾胶囊治疗DN的机制可能与抑制肾组织中NF-κB信号通路激活,减轻肾脏氧化应激及炎症反应有关.
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编辑人员丨1个月前
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基于CCL2/CCR2/NF-κB通路探讨活膝汤含药血清对软骨细胞焦亡的影响
编辑人员丨1个月前
目的:探讨活膝汤含药血清对脂多糖诱导的软骨细胞焦亡的保护作用.方法:构建CCL2过表达质粒,制备活膝汤含药血清,CCK8法检测血清干预软骨细胞的最佳浓度及最佳时间.将培养的软骨细胞分为:空白对照组、模型对照组、12.81 g/kg活膝汤20%含药血清组、核因子κB(NF-κB)抑制组、CCL2过表达组、CCL2过表达+NF-κB抑制组、CCL2过表达+12.81 g/kg活膝汤20%含药血清组;应用ELISA法检测细胞上清中白介素-18(IL-18)、IL-1β的含量;RT-PCR法检测半胱天冬酶-1(Caspase-1)、削皮素D(Gsdmd)、NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3(Nlrp3)mRNA的表达;Western blot法检测半胱天冬酶剪切体-1(Cleaved-Caspase-1)、GSDMD、NLRP3、磷酸化P65(Ser536)(p-P65(Ser536))蛋白的表达;免疫荧光双染检测Caspase-1介导的软骨细胞焦亡水平.结果:与空白对照组比较,模型对照组软骨细胞IL-18、IL-1β含量显著升高,NLRP3、GSDMD、Caspase-1、Cleaved-Caspase-1、p-P65(Ser536)表达显著上调(P<0.01),软骨细胞焦亡增多;与模型对照组比较,12.81 g/kg活膝汤20%含药血清组及NF-κB抑制组软骨细胞 IL-18、IL-1β 含量显著降低,NLRP3、GSDMD、Caspase-1、Cleaved-Caspase-1、p-P65(Ser536)表达显著下调(P<0.01),软骨细胞焦亡减少;CCL2 过表达组软骨细胞 IL-18、IL-1β含量显著升高,NLRP3、GSDMD、Caspase-1、Cleaved-Caspase-1、p-P65(Ser536)表达显著上调(P<0.01),软骨细胞焦亡增多.结论:活膝汤含药血清可能通过抑制CCL2/CCR2/NF-κB信号轴下调Caspase-1介导的软骨细胞焦亡.
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编辑人员丨1个月前
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甲基莲心碱通过调节CCL2-CCR2信号通路对缺血性脑卒中大鼠血脑屏障的影响
编辑人员丨2024/7/20
目的:探究甲基莲心碱(NEF)调节CC趋化因子配体2(CCL2)-趋化因子受体2(CCR2)信号通路对缺血性脑卒中(IS)大鼠血脑屏障的影响.方法:将雄性SD大鼠随机分为模型组(Model组)、低剂量NEF组(NEF-L组,25 mg/kg NEF)、高剂量NEF组(NEF-H组,50 mg/kg NEF)和高剂量NEF+CCR2 拮抗剂组(NEF-H+RS102895 组,50 mg/kg NEF+10 mg/kg RS102895)和假手术组(Sham组),每组15只.比较各组大鼠神经功能评分.伊文思蓝(EB)渗透法评价各组大鼠血脑屏障通透性.采用干湿重法测定各组大鼠脑组织含水量.实时荧光定量PCR(RT-qPCR)测定大鼠脑组织CCL2、CCR2 mRNA表达.Western blot检测大鼠脑组织CCL2、CCR2、ZO-1、Claudin-5蛋白表达.结果:与Sham组相比,Model组大鼠神经功能评分、右脑组织EB含量、含水量、脑组织CCL2、CCR2 mRNA和蛋白表达显著增加(P<0.05),ZO-1、Claudin-5水平显著降低(P<0.05).相较于Model组,NEF-H组神经功能评分、脑含水量、EB含量、CCL2、CCR2 mRNA和蛋白水平显著降低(P<0.05),ZO-1、Claudin-5表达水平显著升高(P<0.05).RS102895增强了NEF对IS大鼠血脑屏障的保护作用.结论:NEF可能通过抑制CCL2-CCR2信号通路对IS大鼠血脑屏障起保护作用.
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编辑人员丨2024/7/20
