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口腔鳞状细胞癌免疫相关预后风险模型的构建与验证
编辑人员丨5天前
目的:分析口腔鳞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)中差异表达的免疫相关核心基因,构建OSCC患者的免疫相关预后风险模型.方法:对癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库内的OSCC患者RNA测序数据进行加权基因共表达网络分析,识别免疫相关模块和关键基因.采用单因素Cox回归分析和生存分析,筛选与免疫预后相关的核心基因,构建OSCC的免疫相关预后风险模型;进一步采用Kaplan-Meier分析、受试者工作特征曲线和来自外部GSE41613数据集评估该预后风险模型的预测能力.应用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测OSCC患者肿瘤组织样本中8个免疫预后核心基因的表达,计算风险评分,评估该评分与肿瘤浸润深度间的相关性.采用SPSS 21.0软件包对数据进行统计学分析.结果:成功构建基于8个免疫预后核心基因(CSF2RA、CLEC4C、COL5A3、CTSG、EDNRA、GPC4、GUCY1A2和ANGPT2)的口腔鳞癌预后风险模型.Kaplan-Meier分析、受试者工作特征曲线和外部GSE41613数据集验证显示,该模型具有良好的预后预测效能.基于该模型计算的OSCC患者的风险评分与肿瘤浸润深度呈正相关,表明该模型同时具有预测OSCC潜在风险的能力.结论:基于8个免疫预后核心基因构建的预后风险模型具有预测OSCC患者预后的能力,有望成为口腔鳞癌免疫防治的重要参考.
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编辑人员丨5天前
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MiR-146a-5p对脂多糖诱导的小鼠胚胎吸收和胎鼠发育不良的改善作用及其机制初探
编辑人员丨5天前
目的:观察外源性miR-146a-5p对脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导的小鼠胚胎吸收和胎鼠发育不良的改善作用,并初步探讨其作用机制。方法:①将36只成年雌鼠与雄鼠交配,分别于交配前(D0/未孕)、孕第0.5天(day 0.5,D0.5,即见栓当日)、孕第4.5天(day 4.5,D4.5)、孕第7.5天(day 7.5,D7.5)、孕第9.5天(day 9.5,D9.5)和孕第13.5天(day 13.5,D13.5)收集小鼠子宫组织,通过实时荧光定量PCR(quantitative PCR,qPCR)和Western blotting检测不同妊娠期小鼠子宫组织中miR-146a-5p及其靶基因TRAF6蛋白的表达水平;②对孕D7.5小鼠腹腔分别注射生理盐水(对照,记为COL组)、LPS 250 μg/kg(记为LPS250组)、LPS合并尾静脉注射10 nmol miR-146a-5p无关序列(negative control,NC,记为LPS250+NC组)、LPS合并尾静脉注射10 nmol miR-146a-5p激动剂(miR-146a-5p agomir,记为LPS250+miR-146a-5p agomir组),孕第8.5天(day 8.5,D8.5)对小鼠宫内总胚胎数和吸收胚胎数进行计量分析,通过qPCR和Western blotting分别检测子宫组织中肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor α,TNFα)mRNA和TRAF6蛋白表达水平;③将LPS剂量减为50 μg/kg后,将孕D7.5小鼠分为2组,每组3只:一组腹腔注射100 μL LPS(50 μg/kg),同时鼠尾静脉注射10 nmol 的无关序列,记为LPS50+NC组;另一组行腹腔注射100 μL LPS(50 μg/kg),同时鼠尾静脉注射10 nmol 的miR-146a-5p agomir,记为 LPS50+miR-146a-5p agomir组,孕第16.5天(day 16.5,D16.5)对小鼠宫内总胎数/胚胎数、吸收胚胎数、存活胎数及存活胎鼠重量和胎盘重量进行计量分析;④分离培养原代小鼠骨髓源性巨噬细胞(bone marrow-derived macrophages,BMDM),利用LPS刺激诱导其M1极化,再瞬时转染miR-146a-5p模拟物(miR-146a-5p mimics)或其NC片段后,通过qPCR和Western blotting分别检测细胞中 TNFα mRNA和pSTAT1蛋白表达水平。 结果:miR-146a-5p在孕D7.5、D9.5和D13.5小鼠子宫植入部位的表达水平显著高于非植入部位( P=0.013、 P=0.012、 P=0.003),TRAF6蛋白在D13.5植入部位的表达水平显著低于非植入部位( P=0.012)。对孕D7.5小鼠腹腔注射250 μg/kg LPS后,孕D8.5时LPS250组的胚胎吸收率为43.13%±3.31%,显著高于COL组(0%, P=0.002),而LPS250+miR-146a-5p agomir组的胚胎吸收率(13.50%±0.87%)显著低于LPS250+NC组(59.33%±4.04%, P=0.001)。当对孕D7.5小鼠腹腔注射低剂量LPS(50 μg/kg)后,D16.5时LPS50+miR-146a-5p agomir组存活胎鼠重量[(0.29±0.09)g]及胎盘重量[(0.06±0.02)g]均显著高于LPS50+NC组[(0.46±0.06)g, P<0.001;(0.07±0.02)g, P=0.021],两组间吸收胚胎数及胚胎吸收率差异均无统计学意义(均 P>0.05)。与转染NC的BMDM细胞相比,转染miR-146a-5p mimics的BMDM细胞中,pSTAT1蛋白和 TNFα mRNA的表达水平都显著下调( P=0.012、 P=0.039)。 结论:miR-146a-5p在小鼠胚胎植入后期及胎盘发育期母-胎界面的表达水平显著增高,外源性miR-146a-5p能有效改善LPS诱导的小鼠胚胎吸收和胎鼠发育不良,miR-146a-5p能抑制小鼠巨噬细胞的M1极化活性,提示miR-146a-5p可能通过抑制小鼠母-胎界面巨噬细胞的M1极化而保障妊娠的正常建立和维持。
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编辑人员丨5天前
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基于生物信息学方法分析氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制
编辑人员丨5天前
目的:探讨氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制。方法:取小鼠成釉细胞株(LS8细胞),根据氟化钠(NaF)终浓度分为对照组(0.0 mmol/L NaF)和染氟组(1.6 mmol/L NaF)。对两组细胞进行转录组测序,筛选差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体(GO)分析及基因集富集分析(GSEA)。采用STRING数据库构建DEGs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.8.0软件对PPI网络进行可视化,筛选关键模块和关键基因。同时,使用实时荧光定量PCR检测关键基因mRNA表达水平,并通过基因表达数据库(GEO数据库)对关键基因进行验证。结果:染氟组与对照组比较,共有709个DEGs,其中上调基因223个,下调基因486个。DEGs的GO分析主要涉及受体配体活性、细胞黏附分子结合、细胞外基质结构成分等分子功能,细胞外基质胶原蛋白、受体复合物、膜筏等细胞组分,外部封装结构组织、细胞外结构组织、细胞外基质组织等生物学过程。全基因集的GSEA发现,白细胞介素-17(IL-17)信号通路、真核生物中的核糖体生物发生、核因子κB(NF-κB)信号通路处于激活状态,脂肪酸降解、丙酮酸代谢、脂肪酸代谢处于抑制状态。构建PPI网络后,得到3个关键模块和4个关键基因[Ⅰ型胶原α1(Col1a1)、Ⅰ型胶原α2(Col1a2)、Ⅴ型胶原α1(Col5a1)和纤维蛋白原-1(Fbn1)]。与对照组比较,染氟组LS8细胞Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1 mRNA表达水平均较低( P均< 0.05),与GEO数据库中基因表达变化趋势一致。 结论:利用生物信息学方法筛选得到的关键基因Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1及IL-17、NF-κB信号通路可能与氟化物对成釉细胞的毒性作用密切相关。
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编辑人员丨5天前
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X连锁Alport综合征 COL4A5剪接突变的致病性分析及剪接纠正
编辑人员丨5天前
目的:分析一个X连锁显性遗传Alport综合征家系 COL4A5基因的剪接突变位点,探索外显子特异性U1核小RNA(small nuclear RNA,snRNA)基因治疗的可能性。 方法:收集Alport综合征先证者及其家族成员临床资料,高通量测序技术检测先证者肾病系列基因全外显子组基因突变。用在线软件分析 COL4A5 c.546+5G>A变异引起的剪接位点改变及其致病性。用minigene实验验证和分析Alport综合征家系先证者 COL4A5基因突变位点c.546+5G>A及瞬时转染导入修饰过的U1 snRNA纠正剪接突变的效果。 结果:基因测序结果显示,先证者和其同母异父的兄长均存在 COL4A5基因半合子变异,变异位点为c.546+5G>A。在线软件分析剪接变异致病性的结果显示,突变后原有的Donor剪切位点检测不到,提示影响剪切可能性很大。杂交小基因检测结果验证了 COL4A5基因c.546+5G>A突变的异常剪接模式——外显子9缺失。经过修饰的U1 snRNA可部分纠正该异常的剪接突变,ExSpeU1(MT)、ExSpeU1(E9+1)、ExSpeU1(E9+9)、ExSpeU1(E9+11)对c.546+5G>A引发的外显子9缺失的纠正比例分别为0、43.81%、52.09%、48.12%。 结论:COL4A5新发剪接突变具有致病性,修饰过的U1 snRNA可部分纠正异常剪接。
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编辑人员丨5天前
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T-2毒素、DON诱导人软骨细胞差异表达基因与大骨节病的关系分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨T-2毒素、脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)诱导人软骨细胞差异表达基因与大骨节病(KBD)之间的关系,寻找KBD的潜在分子标志物。方法:采用基因表达谱芯片对T-2毒素(0.01 μg/ml)、DON(1.0 μg/ml)诱导正常人软骨细胞的差异表达基因进行分析,比较其与KBD软骨细胞差异表达基因的异同;并对各组差异表达基因进行KEGG通路富集分析;进一步比较分析T-2毒素、DON诱导人软骨细胞后KBD易感基因的表达情况。结果:基因表达谱芯片分析结果显示,T-2毒素、DON诱导人软骨细胞与正常对照细胞比较分别有882(上调基因349个、下调基因533个)和2 118个差异表达基因(上调基因1 124个、下调基因994个);与KBD软骨细胞差异表达基因比较,表达趋势一致的基因包括B细胞易位基因1(BTG1)、G蛋白信号调节蛋白5(RGS5)、脂肪酸结合蛋白4(FABP4)和衰老关键蛋白1(FBLN1),相同的KEGG通路包括p53、细胞外基质受体相互作用和磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路。T-2毒素、DON诱导人软骨细胞均可引起KBD易感基因生长分化因子5(GDF5)表达上调、Ⅸ型胶原A1(COL9A1)表达下调。结论:BTG1、RGS5、FABP4、FBLN1、GDF5及COL9A1基因在KBD发病中有重要作用,可作为KBD病因机制的潜在分子标志物。
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编辑人员丨5天前
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X连锁显性遗传型Alport肾病综合征患儿1例的临床及遗传学分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨1例X连锁显性遗传Alport综合征(XLAS)患儿的临床特征及基因变异特点。方法:选取2019年5月至郑州大学第一附属医院肾内科就诊的1例XLAS患儿为研究对象。收集患儿的临床资料。应用二代测序(NGS)对患者进行基因检测,针对候选致病变异,进行Sanger测序家系验证。结果:患为12岁男性,儿主要临床表现为肉眼血尿、蛋白尿、肾病综合征,呈渐进性肾损害,伴听力下降,肾穿刺病理活组织检查提示肾小球基底膜弥散厚薄不均。基因检测结果提示患儿及其母亲携带 COL4A5基因c.2632G>A(p.G878R)半合子变异,其父亲及弟弟该位点为野生型。该变异既往未见报道,根据美国医学遗传学和基因组学学会相关指南评估为致病性变异(PS1+PM1+PM2_Supporting+PP3) 结论:母源性 COL4A5基因c.2632G>A(p.G878R)变异可能为该XLAS患儿的遗传学病因。本研究丰富了 COL4A5基因的变异谱。
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编辑人员丨5天前
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重组Ⅰ型胶原蛋白水凝胶促进光老化损伤修复的研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨构建自交联重组胶原蛋白水凝胶的可行性及其对紫外线诱导的光老化模型修复作用。方法:2023年3—12月,于西北大学陕西省可降解生物医学材料重点实验室,使用不同浓度的重组胶原蛋白通过自交联制备重组胶原蛋白水凝胶,表征了水凝胶材料的物理机械性能,用MTT法、溶血试验检测水凝胶生物相容性;建立人皮肤成纤维细胞光老化模型,通过RT-qPCR检测炎症因子及ECM生成、降解相关基因表达量探究水凝胶分子水平改善光老化效果。建立紫外照射小鼠光老化模型,通过大体观察以评估水凝胶改善光老化效果,通过HE染色观察水凝胶的组织兼容性和降解性,通过RT-qPCR及免疫荧光染色探讨水凝胶作用机制。结果:4 mg/ml、20 mg/ml和40 mg/ml的GEL-Ⅰ水凝胶均表现出良好的物理机械性能。生物相容性研究显示不同浓度的水凝胶细胞存活率>100%,具有促细胞增殖作用,且与重组Ⅰ型胶原蛋白的浓度呈正相关;3组水凝胶溶血率均<5%。qPCR显示HSF光老化模型中,与模型组相比,3个浓度的水凝胶组细胞中Bcl-2和TGF-β1显著升高( P<0.05),Caspase-3和Caspase-9显著下调( P<0.05),细胞凋亡程度显著降低。MMP-9基因水平下调( P<0.05),Col-Ⅰ、Col-Ⅲ和Vimentin基因显著上调( P<0.05)。光老化小鼠模型中,与模型组相比,水凝胶组的小鼠皮肤形成的皱纹更少。HE染色显示胶原蛋白纤维表达量丰富且紧密、角质层更加光滑;与模型组相比,GEL-Ⅰ能更好地降低活性氧含量,提高SOD活性,降低MDA表达( P<0.05),且呈浓度依赖性趋势,40 mg/ml组与对照组相比活性氧、SOD水平差异有统计学意义( P<0.05);天狼猩红染色显示水凝胶组组织中胶原蛋白含量显著增加( P<0.05),40 mg/ml组与对照组相比胶原含量显著增加( P<0.05);免疫荧光染色显示肿瘤坏死因子α、白细胞介素6、基质金属蛋白酶-9含量呈显著下降( P<0.05),且呈浓度依赖性。 结论:重组Ⅰ型胶原水凝胶可改善氧化应激和炎症微环境,降低皮肤组织活性氧,下调促HSF凋亡细胞因子和基质金属肽酶9,促进皮肤光老化细胞的功能恢复,提升细胞外基质成分表达,可有效改善光损伤皮肤。
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编辑人员丨5天前
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间质干细胞成骨过程中外泌体内miRNA-222-5p对肌腱细胞损伤的修复作用及其机制
编辑人员丨5天前
目的:探讨间质干细胞成骨过程中外泌体转运的miRNA-222-5p对肌腱细胞损伤的修复作用及其机制。方法:收集、分离和鉴定间质干细胞外泌体。小鼠跟腱切断后1周安乐死后取其肌腱,分离培养肌腱细胞,得到肌腱细胞损伤模型(损伤组);将成骨分化过程中的间质干细胞与肌腱细胞共培养(共培养组);将miRNA-222-5p模拟物转染进间质干细胞,成骨分化过程中的间质干细胞与肌腱细胞共培养(miRNA-222-5p组)。通过克隆形成、Transwell观察间质干细胞分泌外泌体及外泌体转运的miRNA-222-5p对肌腱细胞损伤修复的能力;qPCR、Western-blot和荧光染色检测成软骨和成骨相关蛋白的相对mRNA和相对蛋白表达水平;通过Western-blot检测信号通路因子的表达。结果:电镜观察外泌体直径为40~100 nm,形态为典型的杯口状结构。外泌体标志蛋白热休克蛋白70、多配体聚糖结合蛋白1、肿瘤转移抑制因子9、肿瘤转移抑制因子63和肿瘤易感基因101的相对表达量分别为2.56±0.22、2.06±0.42、1.96±0.32、1.94±0.38、1.86±0.33,与正常对照组比较差异均有统计学意义( P<0.05)。克隆形成试验后细胞群落数量:损伤组(4.00±0.58)个、共培养组(7.25±0.48)个、miRNA-222-5p组(16.00±1.35)个,差异有统计学意义( F=46.550, P<0.001)。Transwell试验后细胞数量:损伤组(37±4)个、共培养组(78±3)个、miRNA-222-5p组(168±8)个,差异有统计学意义( F=454.100, P<0.001)。qPCR、Western-blot和荧光染色检测结果显示,与损伤组相比,共培养组细胞中Sry相关HMG盒9、Ⅱ型胶原纤维α1基因、蛋白聚糖、骨形态发生蛋白2、Runt相关转运因子2和骨桥蛋白的mRNA和蛋白质表达量增加;与共培养组相比,miRNA-222-5p组细胞mRNA和蛋白质表达量均增加( P<0.05)。Western-blot结果显示,与损伤组相比,共培养组核因子κB、细胞外调节蛋白激酶2、信号传导与转录激活因子3、信号传导与转录激活因子5和细胞信号转导分子2的表达水平升高;与共培养组相比,miRNA-222-5p组的表达升高( P<0.05)。 结论:间质干细胞与跟腱细胞共培养可促进跟腱细胞成骨分化,同时间质干细胞来源的外泌体可通过转运miRNA-222-5p进一步促进跟腱细胞成骨分化。其机制可能与损伤肌腱中信号通路因子核因子κB、细胞外调节蛋白激酶2、信号传导与转录激活因子3、信号传导与转录激活因子5和细胞信号转导分子2的表达上调有关。
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编辑人员丨5天前
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两个Alport综合征家系的 COL4A5基因变异分析
编辑人员丨5天前
目的:分析两例X连锁显性遗传Alport综合征家系的 COL4A5基因变异谱,为该病的基因诊断和遗传咨询提供依据。 方法:应用二代测序技术并结合PCR-Sanger测序法进行基因检测,确定基因疑似致病变异后,对家系中的其他人员进行相应位点的验证,并以100名健康人样本作为对照。采用ClustalX-2.1-win软件分析氨基酸变异位点的保守性,应用SWISS-MODEL评估位点变异对蛋白质结构的影响。结果:二代测序和Sanger测序显示家系1先证者及其母亲均存在 COL4A5第28外显子c.2210G>A(p.Gly737Asp)杂合变异。家系2先证者及其母亲均存在 COL4A5基因第44外显子c.3799G>A(p.Gly1267Ser)纯合变异。检索文献发现,两种变异均为未见报道的新变异,且100名健康对照中未发生相应变异。 COL4A5基因编码的第737位和第1267位氨基酸在同源物种间高度保守。Swiss-Model预测两种变异均明显影响COL4A5蛋白的三级结构。 结论:COL4A5基因c.2210G>A (p.Gly737Asp)和c.3799G>A(p.Gly1267Ser)变异可能为Alport家系的遗传学病因。该结果丰富了 COL4A5基因变异谱,对于Alport综合征基因型与临床表型之间的相关性和产前筛查的进一步研究具有较大意义。
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编辑人员丨5天前
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Wnt3a促进牙周膜干细胞成骨分化及实验性牙周炎牙槽骨再生的研究
编辑人员丨5天前
目的:探究Wnt3a对人牙周膜干细胞(periodontal ligament stem cell,PDLSC)增殖、迁移和成骨分化的影响,确定Wnt3a对小鼠实验性牙周炎牙槽骨再生的作用。方法:分别用不同质量浓度的Wnt3a(0、20、100、200、500 μg/L)刺激PDLSC(计为5组),培养2、4、7或10 d后通过细胞计数检测细胞增殖,通过Transwell实验检测细胞迁移;培养21 d时通过实时荧光定量PCR检测成骨相关基因Ⅰ型胶原、runt 相关转录因子2(runt-related transcription factor 2,Runx2)的表达情况。将Wnt3a蛋白包裹在聚乳酸-羟基乙酸共聚物微球复合透明质酸水凝胶中,注入牙周炎小鼠的龈沟中。在1、2、4和8周取上颌牙槽骨样本,用显微计算机断层扫描、HE染色及骨形成标志物碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,ALP)、Runx2和骨钙蛋白免疫组化染色评估牙槽骨再生情况。结果:培养10 d后,与0 μg/L Wnt3a组相比,Wnt3a在20~500 μg/L时均可显著促进PDLSC增殖( P<0.01)。培养21 d时,0、20、100、200及500 μg/L组Ⅰ型胶原mRNA的表达量分别为0.96±0.27、1.90±0.47、2.18±0.24、2.32±0.15、1.99±0.43,Runx2 mRNA的表达量分别为1.08±0.15、3.19±0.17、6.19±0.28、9.19±0.41、5.55±0.06,Ⅰ型胶原和Runx2 mRNA的表达与0 μg/L Wnt3a组相比差异均有统计学意义( P<0.05)。在注射水凝胶第1、2、4、8周后,包裹Wnt3a的水凝胶组小鼠上颌第二磨牙颊侧釉质牙骨质界至牙槽嵴顶的距离[分别为(497.3±18.2)、(455.7±12.5)、(401.0±8.5)、(362.3±15.5) μm]与牙周炎组小鼠[分别为(710.3±10.2)、(614.0±16.4)、(564.3±12.5)、(502.3±6.8) μm]相比均显著减少( P<0.01),牙周炎症减轻。注射水凝胶4周后免疫组化结果显示,与牙周炎组相比,Wnt3a水凝胶组成骨相关基因ALP(0.72±0.01)、Runx2(0.77±0.03)及骨钙蛋白(0.72±0.07)的表达水平均显著升高( P<0.01)。 结论:Wnt3a可以促进PDLSC的增殖、迁移和成骨分化以及实验性牙周炎小鼠的牙槽骨再生。
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编辑人员丨5天前
