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基于生物信息学分析糖尿病心肌病潜在生物标志物
编辑人员丨2天前
目的:基于生物信息学分析糖尿病心肌病的潜在生物标志物.方法:糖尿病组及对照组小鼠心肌组织表达谱从基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)下载.应用基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析差异表达基因的功能和通路.通过基因/蛋白质相互作用检索工具(search tool for the retrieval of interacting genes/proteins,STRING)和Cytoscape软件用于构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并筛选关键差异表达基因,通过人类蛋白质谱(human protein atlas,HPA)数据库筛选差异表达且在血液中可通过免疫法检测的细胞外蛋白基因.结果:共筛选出857个差异表达基因,主要富集的细胞过程为小鸟苷三磷酸(guanosine triphosphate,GTP)酶介导的信号调节、大鼠肉瘤蛋白(Rat Sarcoma,Ras)信号调节、蛋白质乙酰化.最终筛选出7个差异表达基因:CXC趋化因子配体10(CXC chemokine ligand 10,Cxcl10)、间质表皮转化因子(mesenchymal to epithelial transition factor,Met)、巨噬细胞集落刺激因子受体(feline mcDonough sarcoma receptor,Fms)样酪氨酸激酶 1(FMS-like tyrosine kinase 1,Flt1)、促红细胞生成素(erythropoietin,Epo)、白细胞介素 15(interleukin-15,Il15)、转铁蛋白受体(transferrin receptor,Tfrc)、β2 微球蛋白(beta-2 Microglobulin,B2m),编码可在血液中通过免疫法检测的细胞外蛋白.结论:Cxcl10、Met、Flt1、Epo、Il15、Tfrc、B2m或许可作为糖尿病心肌病筛查的潜在的生物标志物.
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编辑人员丨2天前
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去铁胺对新生大鼠坏死性结肠炎的保护作用
编辑人员丨2天前
目的:探讨去铁胺对新生大鼠坏死性结肠炎保护作用及其机制。方法:30只SD新生大鼠按照随机数字表法分为对照组、模型组和去铁胺组,每组10只,模型组和去铁胺组大鼠采用常规配方乳灌胃建立坏死性结肠炎模型,对照组新生大鼠给予鼠乳。去铁胺组新生大鼠灌胃给予30 mg/(kg·d)去铁胺,对照组和模型组新生大鼠给予等体积生理盐水。治疗4 d后,观察3组大鼠的一般情况;采用苏木精-伊红(HE)染色分析3组大鼠的肠道病理学变化;采用酶联免疫吸附实验分析3组大鼠肠道组织炎性因子肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素(IL)-12和IL-18表达水平;采放免法分析3组大鼠肠道组织氧化应激指标水平;采用蛋白质免疫印迹分析肠道组织谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)和胱氨酸/谷氨酸反向转运体(SLC7A11)表达水平。荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析肠道组织CXC型趋化因子配体1(CXCL1)和CXC趋化因子受体2(CXCR2) mRNA表达水平。组间比较采用单因素方差分析。结果:去铁胺组大鼠体重变化[(1.11±0.11) g]明显高于模型组新生大鼠[(0.55±0.11) g],差异有统计学意义( t=11.220, P<0.05)。去铁胺组新生大鼠疾病活动指数评分(1.80±0.79)明显低于模型组大鼠(3.70±1.06),差异有统计学意义( t=4.549, P<0.05)。去铁胺组新生大鼠肠道组织TNF-α、IL-12和IL-18炎性因子水平[(45.63±11.32)、(40.03±5.97)、(67.62±7.27) pg/ml]明显低于模型组[(84.60±12.20)、(73.89±13.48)、(107.59±12.22) pg/ml],差异有统计学意义( t=7.025、6.890、8.437, P<0.05)。去铁胺组新生大鼠肠道组织CXCL1和CXCR2 mRNA表达水平(1.36±0.12、1.35±0.09)明显低于模型组(1.80±0.14、1.85±0.08),差异有统计学意义( t=6.968、11.970, P<0.05)。去铁胺组新生大鼠肠道组织SOD和GSH-PX活性水平[(45.65±9.27)、(47.53±6.78) U/mg]明显高于模型组[(26.86±4.51)、(22.74±3.79) U/mg],差异有统计学意义( t=5.468、9.571, P<0.05)。去铁胺组新生大鼠肠道组织GPX4和SLC7A11蛋白表达水平(0.89±0.04、0.64±0.06)明显高于模型组(0.51±0.19、0.38±0.11),差异有统计学意义( t=5.571、6.174, P<0.05)。 结论:去铁胺可显著抑制铁死亡,降低肠道组织炎性反应,进而保护结肠组织。
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编辑人员丨2天前
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微小RNA-1246靶向CXC趋化因子受体4非小细胞肺癌转移特性的机制
编辑人员丨2天前
目的:探讨微小RNA(miR)-1246靶向CXC趋化因子受体4(CXCR4)非小细胞肺癌转移特性的分子机制。方法:选取2019年7月到2021年7月河南省人民医院收集的72例非小细胞肺癌和对应癌旁组织作为研究对象,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)方法分析肿瘤组织和癌旁组织中miR-1246的表达水平。人非小细胞肺癌H1299细胞系随机分为miRNA对照组和miR-1246组,采用miRNA对照和miR-1246慢病毒感染,建立稳定细胞系。采用细胞计数试剂盒(CCK-8)、划痕实验、Transwell和上皮间质转化分析miR-1246对非小细胞肺癌增殖、迁移、侵袭和上皮间质转化的影响。采用生物信息学和双荧光素酶报告基因分析miR-1246的靶基因。采用蛋白质免疫印迹(Western blot)分析靶蛋白表达水平。组间比较采用 t检验。 结果:癌旁组织中miR-1246表达水平(1.07±0.19)明显高于miR-1246组(0.66±0.13),差异有统计学意义( t=15.860, P<0.05)。miRNA对照组吸光度值(1.95±0.06)明显高于miR-1246组(1.58±0.07),差异有统计学意义( t=10.090, P<0.05)。miRNA对照组划痕愈合率[(90.20±6.57)%]明显高于miR-1246组[(74.56±9.36)%],差异有统计学意义( t=3.351, P<0.05)。miRNA对照组细胞侵袭数量[(131.00±16.37)个]明显高于miR-1246组[(94.17±5.19)个],差异有统计学意义( t=5.177, P<0.05)。miRNA对照组细胞上皮细胞标志物E-钙黏素(E-cadherin)和细胞角蛋白(cytokeratins)表达水平(0.87±0.06、0.71±0.06)明显低于miR-1246组(1.27±0.04、1.23±0.15),差异有统计学意义( t=14.240、7.839, P<0.05)。miRNA对照组细胞间质细胞标志物N-钙黏素(N-cadherin)和TWIST1表达水平(1.14±0.14、1.25±0.05)明显高于miR-1246组(0.81±0.05、0.92±0.03),差异有统计学意义( t=5.574、14.270, P<0.05)。CXCR4是miR-1246的靶基因。癌旁组织CXCR4蛋白表达水平(1.03±0.13)明显低于非小细胞肺癌组织(2.12±0.17),差异有统计学意义( t=15.860, P<0.05)。miRNA对照组细胞CXCR4蛋白表达水平(1.17±0.11)明显低于miR-1246组(0.80±0.07),差异有统计学意义( t=6.789, P<0.05)。 结论:miR-1246通过靶向调节CXCR4蛋白表达水平,进而参与非小细胞肺癌的迁移、侵袭和上皮间质转化过程。
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编辑人员丨2天前
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CXCR4拮抗剂AMD3100通过增强抑制性神经传递减弱大鼠痫性活动
编辑人员丨2天前
目的:探讨CXCR4特异性拮抗剂AMD3100影响癫痫发作的分子机制。方法:(1)动物实验:36只成年雄性SD大鼠按随机数字表法分为对照组、癫痫组和AMD3100处理组,每组12只。癫痫组大鼠腹腔注射戊四氮(PTZ)构建癫痫模型,剂量为40 mg/kg;AMD3100处理组大鼠侧脑室注射5 μL(5 mg/mL) AMD3100 20 min后腹腔注射同等剂量PTZ;对照组大鼠腹腔注射等量生理盐水。采用Racine分级评估各组大鼠癫痫发作等级并记录其癫痫发作潜伏期,采用脑电图(EEG)记录各组大鼠脑神经元异常放电情况,采用ELISA试剂盒检测各组大鼠海马组织 γ-氨基丁酸(GABA)含量。应用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测各组大鼠海马组织神经元γ-氨基丁酸A受体α1亚单位( GABAAR α1) mRNA水平。(2)细胞实验:另取SD大鼠鼠婴(1日龄)培养原代海马神经元,培养7 d后将细胞分为对照组、癫痫组和AMD3100处理组。癫痫组神经元采用无镁外液诱导的方法构建癫痫细胞模型;AMD3100处理组神经元在含有10 nmol/L AMD3100的无镁外液中培养3 h,随后换为Neurobasal继续培养;对照组采用Neurobasal培养基常规培养。采用全细胞膜片钳技术检测各组神经元灌流AMD3100(10 nmol/L)后自发性抑制性突触后电流(sIPSC)。 结果:(1)动物实验:AMD3100处理组大鼠发作潜伏期较癫痫组大鼠明显缩短[分别为(663.30±74.84) s、(164.40±17.20) s],差异有统计学意义( t=6.490, P<0.001);AMD3100处理组大鼠4级以上发作次数较癫痫组大鼠明显减少[分别为(3.75±0.39)次、(9.00±0.73)次],差异有统计学意义( t=4.680, P<0.001)。ELISA实验结果显示,3组大鼠GABA含量差异有统计学意义( F=17.850, P<0.001),其中癫痫组明显低于对照组,AMD3100处理组大鼠明显高于癫痫组,差异均有统计学意义( P<0.05)。qRT-PCR实验结果显示,3组大鼠 GABAAR α1 mRNA含量差异有统计学意义( F=14.400, P<0.001),其中癫痫组明显低于对照组,AMD3100处理组大鼠明显高于癫痫组,差异均有统计学意义( P<0.05)。EEG结果显示,与癫痫组大鼠比较,AMD3100处理组大鼠放电频率有所降低。3组大鼠EEG功率差异无统计学意义( F=3.220, P=0.062),但与癫痫组、对照组大鼠比较,AMD3100处理组大鼠EEG功率有所降低。(2)细胞实验:膜片钳技术检测结果显示,3组神经元sIPSCs的频率和波幅差异均有统计学意义( F=13.670, P<0.001; F=10.920, P<0.001)。与对照组、癫痫组比较,AMD3100处理组神经元sIPSCs的频率和波幅均显著增加,差异均有统计学意义( P<0.05)。 结论:CXCR4拮抗剂AMD3100可通过增强抑制性神经传递降低癫痫发作频率。
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编辑人员丨2天前
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CXCR1与恶性肿瘤的相关性
编辑人员丨2天前
作为G蛋白偶联受体超家族的重要成员,CXC趋化因子受体1(CXCR1)是CXC趋化因子白细胞介素-8最重要且颇具亲和力的受体之一。CXCR1常表达于中性粒细胞、单核细胞、T细胞等细胞表面,并且可与CXC趋化因子配体(CXCL)6、CXCL7、CXCL8相结合。研究发现CXCR1在促进恶性肿瘤转移、化疗耐药以及维持肿瘤干细胞特性中发挥至关重要的作用,下调CXCR1表达能显著抑制恶性肿瘤的生物学特性。目前学术界将CXCR1视为恶性肿瘤的原癌基因,CXCR1有望成为恶性肿瘤诊断和治疗的潜在靶点。
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编辑人员丨2天前
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八聚体结合转录因子4和CXC趋化因子受体7在非小细胞肺癌组织的表达
编辑人员丨2天前
目的:探讨非小细胞肺癌(NSCLC)组织中八聚体结合转录因子4(OCT4)和CXC趋化因子受体7(CXCR7)的表达及临床意义。方法:收集2017年6月至2022年10月浙江大学医学院附属金华医院病历资料和临床病理完整的NSCLC组织标本112例NSCLC患者癌组织标本和对应癌旁组织标本,采用免疫组织化学法检测OCT4和CXCR7在上述组织中的表达,并结合临床资料采用 χ2检验。 结果:OCT4在NSCLC患者癌组织和对应癌旁组织中阳性表达率分别为63.39%(71/112)、7.14%(8/112),两者差异有统计学意义( χ2=77.613, P<0.01)。OCT4表达水平与NSCLC淋巴结转移、TNM分期明显相关( χ2=7.058、5.635, P<0.05),OCT4表达水平与NSCLC性别、组织学分化程度、年龄无相关( χ2=0.044、0.003、0.504, P>0.05)。CXCR7在NSCLC患者癌组织和对应癌旁组织中阳性表达率分别为58.04%(65/112)、10.71%(12/112),两者差异有统计学意义( χ2=55.589, P<0.01)。CXCR7表达水平与NSCLC淋巴结转移、组织学分化程度、TNM分期明显相关( χ2=7.060、6.514、6.859, P<0.05),CXCR7表达水平与NSCLC年龄、性别无相关( χ2=0.002、0.001, P>0.05)。 结论:NSCLC癌组织中OCT4和CXCR7表达水平升高,OCT4和CXCR7的表达与NSCLC转移密切相关。
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编辑人员丨2天前
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CXCL12-CXCR4/CXCR7信号轴在肝再生和肝纤维化中的作用
编辑人员丨2天前
趋化因子CXC配体12(CXCL12)-趋化因子CXC受体4(CXCR4)信号轴参与调控肝损伤修复和肝纤维化的发生与发展。急慢性肝损伤时,CXCL12表达上调,募集CXCR4阳性免疫细胞向肝脏迁移。CXCL12-CXCR4通路通过促进肝星状细胞的活化和增殖参与肝纤维化的发生。CXCR4小分子抑制剂的出现使该受体成为抗纤维化治疗的一个有吸引力的靶点。目前,CXCR4已经被尝试用于多种脏器纤维化包括肺纤维化、慢性胰腺炎等抗纤维化治疗的靶点。但是部分研究显示单纯阻断CXCL12/CXCR4轴并不能改善肝纤维化,甚至加重肝损伤。近年来随着CXCR12另一受体CXCR7的发现和认识,CXCR4促纤维化通路和CXCR7促再生通路在肝再生和肝纤维化中的相互制衡作用得以阐释。充分认识CXCL12-CXCR4/CXCR7通路在肝病中的调控机制,并据此开展靶向治疗研究,实现CXCR4和CXCR7的再平衡,有望成为肝纤维化治疗的新策略。
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编辑人员丨2天前
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脓毒症外源性ARDS关键基因及信号通路的转录组学分析
编辑人员丨2天前
目的:分析脓毒症外源性急性呼吸窘迫综合征(ARDS)大鼠的差异表达基因(DEG),从转录组水平探讨脓毒症ARDS的早期诊断及防护机制。方法:将12只6~8周龄雄性SD大鼠按随机数字表法分为脂多糖(LPS)致脓毒症ARDS模型组(模型组,腹腔注射LPS 15 mg/kg)与对照组(腹腔注射等量生理盐水),每组6只。分别提取两组大鼠左肺组织RNA,采用illumina Hiseq测序平台的双端测序模式进行高通量测序。采用DESeq2软件以| log 2差异倍数(FC)|≥3且 P<0.001筛选DEG。对DEG进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)通路富集分析。使用STRING在线数据库和CytoScape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选关键基因。分离并提取2021年3月至11月连云港市第一人民医院急危重症医学部收治的20例脓毒症患者及20例年龄匹配的同期健康体检者的外周血单个核细胞(PBMC),采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)对关键基因进行验证。 结果:共筛选出DEG 286个,其中上调基因202个,下调基因84个。GO富集分析表明,DEG主要参与了中性粒细胞趋化迁移、抗菌体液反应、宿主免疫应答及体液免疫反应等生物学过程;KEGG富集分析显示,DEG主要通过参与白细胞介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路及趋化因子信号通路发挥生物学作用。PPI分析共筛选出节点蛋白262个,相互作用关系852条边;筛选出前15位关键基因,分别为IL-6、TNF、IL-10、IL-1β、CXC趋化因子配体1(CXCL1)、CXCL10、CXC趋化因子受体3(CXCR3)、CXCR2、CXCL9、CC趋化因子配体7(CCL7)、CXCL11、CCL1、CXCL13、CCL12、CCL22。采用RT-qPCR对脓毒症ARDS患者与健康对照者PBMC进行差异基因测序验证,结果显示,脓毒症患者5个代表性关键基因表达明显高于健康对照者〔IL-6 mRNA(2 -ΔΔCt):2.803±1.081比0.951±0.359,TNF mRNA(2 -ΔΔCt):2.376±0.799比1.150±0.504,CXCL10 mRNA(2 -ΔΔCt):2.500±0.815比1.107±0.515,CXCR3 mRNA(2 -ΔΔCt):1.655±0.628比0.720±0.388,CCL22 mRNA(2 -ΔΔCt):1.804±0.878比1.010±0.850,均 P<0.05〕,与RNA测序结果一致。 结论:炎症细胞趋化迁移脱颗粒、细胞因子免疫应答反应等生物学过程和CXCL10/CXCR3、IL-17等信号通路在脓毒症外源性ARDS发生发展过程中起着重要的作用,可作为进一步研究肺损伤机制和临床防治的新思路及新靶点。
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编辑人员丨2天前
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基于转录组测序分析唾液酸结合免疫球蛋白样凝集素-15在胃癌细胞中的作用机制
编辑人员丨2天前
目的:筛选并分析唾液酸结合Ig样凝集素15(Siglec-15)在胃癌细胞中的候选靶基因及其下游信号通路并进行患者预后相关性分析。方法:构建干扰Siglec-15基因的最佳慢病毒转染至人胃腺癌AGS细胞株获得沉默组(AGS-shSiglec-15),以及空载体慢病毒转染获得的AGS细胞对照组(AGS-NC),各取三个样本进行转录组测序。根据测序数据筛选差异表达基因,通过GO分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析和GESA分析进行基因的功能注释和信号通路的鉴定。构建蛋白与蛋白相互作用网络图(PPI),进行可视化分析并获取关键互作蛋白,并对靶蛋白进行生存期分析。结果:共鉴定出符合筛选标准的255个差异表达蛋白编码基因,包括119个上调基因和136个下调基因。经GO、KEGG和GSEA分析表明,差异表达基因(DEGs)主要参与甲型流感、Toll样受体信号传导途径、钙信号传导途径、NOD样受体信号传导途径、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用等进程。同时筛选出10个Siglec-15相关基因的靶蛋白,其中钙黏蛋白23(CDH23)[ HR=1.31(1.05~1.63), P<0.05]、蛋白网络成分协调蛋白(USH1C)[ HR=1.25(1.05~1.48), P<0.05]、干扰素调节因子7(IRF7)[ HR=1.7(1.41~2.05), P<0.001]、MX2[ HR=1.63(1.33~2.00), P<0.01]、干扰素调节因子9(IRF9)[ HR=1.30(1.09~1.54), P<0.01]高表达的胃癌患者总生存率(OS)较差。而RSAD2(RSAD2)[ HR=0.78(0.61~1.00), P<0.05]、CC基序趋化因子配体5(CCL5)[ HR=0.66(0.55~0.78), P<0.01]、CXC趋化因子配体(CXCL8)[ HR=0.65(0.53~0.79), P<0.01]、XIAP相关因子1(XAF1)[ HR=0.77(0.65~0.92), P<0.01]、干扰素调节因子6(IRF6)[ HR=0.51(0.41~0.63), P<0.01]高表达的患者具有较好的OS。 结论:沉默Siglec-15基因在胃癌细胞中有明显差异表达基因并参与多种生物学进程和信号通路调节,可能作为胃癌的潜在新免疫检查点标志物及治疗靶点。
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编辑人员丨2天前
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CXC趋化因子配体12及其受体信号轴调控肺纤维化的研究进展
编辑人员丨2天前
肺纤维化是一种以肺实质重塑和胶原沉积为特征的不可逆性间质性肺病。近年来,不明原因导致的肺纤维化发病率和病死率呈上升趋势,其发病机制目前尚不完全清楚。CXC趋化因子配体12 (C-X-C motif chemokine ligand 12, CXCL12)/CXC趋化因子受体(C-X-C chemokine receptor,CXCR) 4/CXCR7信号轴在肺纤维化疾病中起关键调控作用,可募集循环纤维细胞、间充质干细胞向受损肺组织的迁移,介导内皮细胞的迁移,以及调控成纤维细胞、内皮细胞的增殖与分化,进而影响肺纤维化的发生与进展。本文就CXCL12及其受体CXCR4/CXCR7在肺纤维化中的机制和治疗研究进展予以综述。
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编辑人员丨2天前
