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支气管肺发育不良中新型miRNA-TF-mRNA共调控网络的鉴定
编辑人员丨23小时前
目的:筛选与新生儿支气管肺发育不良(BPD)发病相关的关键转录因子(TF)、微小核糖核酸(miRNA)和信使核糖核酸(mRNA),并构建了调控网络。方法:从高通量基因表达数据库GEO获取mRNA芯片数据集GSE108756,筛选出的差异表达基因(DEGs)进行京都基因和基因百科全书(KEGG)、基因本体注释(GO)功能富集分析;参照HumanTFDB数据库获取与DEGs对应的TF后利用cytoHubba插件筛选出degree值前10的Hub TF;通过hTFtarget数据库找出Hub TF中7个TF所对应的靶基因;在GSE108756中获取7个TF及其靶基因所对应的探针表达量后做相关性分析,筛选出最终纳入研究的6个Hub TF及所对应的正相关TF-mRNA关系队;利用Targetscan Human数据库获取靶向调控6个Hub TF的miRNAs,并与miRNA芯片数据集GSE166762差异miRNAs取交集后匹配出负向调节的miRNA-TF关系队,最后构建BPD患儿潜在miRNA-TF-mRNA调控网络,进一步筛选出关键miRNA、mRNA。结果:共筛选出201个差异表达基因,KEGG富集结果主要涉及B细胞受体信号通路、造血系统、原发免疫缺陷等作用,GO功能富集分析主要富集在B细胞增殖活化及免疫应答调节细胞表面受体等生物学过程中。与Hub TF(EBF1、TCF4、JUN、BCL11A、SPIB、E2F1)表达谱强关联的正相关下游靶基因有159个,负相关的上游miRNA有120个。BPD患儿发病潜在的关键miRNA-TF-mRNA网络包括has-miR-217-TCF4-Pou2AF1、has-miR-150-5p-E2F1-ADM。结论:本研究构建了新生儿BPD的miRNA-TF-mRNA共调控网络,从转录调控的崭新视角为揭示BPD发病机制奠定理论基础。
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编辑人员丨23小时前
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高危型人乳头状瘤病毒E6和E7基因在细胞学为意义不明的不典型鳞状细胞人群分流中的临床效果评价
编辑人员丨23小时前
目的:评价高危型人乳头状瘤病毒E6和E7(HR-HPV E6/E7)mRNA对意义不明的不典型鳞状细胞(ASCUS)人群的分流效果。方法:选取2017年河南省信阳市罗山县312例宫颈癌筛查队列中液基细胞学检测结果为ASCUS的人群,所有ASCUS人群均行阴道镜活检和病理学检查,行HPV16或18(HPV16/18)、HR-HPV DNA和HPV E6/E7 mRNA检测,以病理学诊断为金标准,分别计算HPV E6/E7 mRNA、HR-HPV DNA、HPV16/18检测的灵敏度、特异度、阳性预测值(PPV)、阴性预测值(NPV)、转诊率及其95% CI。 结果:312例ASCUS人群的年龄为(52.6±7.3)岁。病理学诊断为正常的290例人群中,HPV E6/E7 mRNA检测出阳性例数为64例(22.1%),HR-HPV DNA检测出阳性例数为86(29.7%),HPV16/18检测阳性例数为19(6.6%);病理诊断为CIN 2(3例)和CIN 3级(6例)患者中,HPV E6/E7 mRNA和HR-HPV DNA检测的阳性例数均为3和6例。以CIN2+作为疾病终点指标时,HPV E6/E7 mRNA分流ASCUS人群的灵敏度、特异度、PPV、NPV、转诊率分别为100% (95% CI: 72.3~100.0)、77.8% (95% CI: 72.8~82.1)、13.0%(95% CI: 7.2~22.3)、100%(95% CI: 98.4~100.0)、24.7%。与HPV E6/E7 mRNA相比,HR-HPV DNA分流效果的灵敏度与HPV E6/E7 mRNA一致,但特异度低[70.2%(95% CI: 64.8~75.1)],转诊率较高(32.1%),差异均有统计学意义(均 P<0.05)。HPV16/18检测的特异度较高(93.4%,95% CI: 90.0~95.7),但灵敏度低(30.0%,95% CI:10.8~60.3)。HPV E6/E7 mRNA检测在≥45岁年龄组和<45岁年龄组中分流的灵敏度均为100%,在≥45岁年龄组中分流的特异度为79.0%(95% CI: 73.7~83.5),比<45岁年龄组的特异度(68.3%,95% CI: 53.0~80.4)高,差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:HPV E6/E7 mRNA检测对ASCUS人群的分流效果优于HR-HPV DNA和HPV16/18,其用于ASCUS人群的分流管理可以避免不必要的阴道镜转诊,同时降低宫颈病变的漏诊。
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编辑人员丨23小时前
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肌球蛋白重链11对肿瘤Hela细胞凋亡、迁移和侵袭的影响
编辑人员丨1天前
目的:探讨肌球蛋白重链11(MYH11)对人宫颈癌Hela细胞凋亡、迁移和侵袭作用的影响。方法:应用实时荧光定量聚合酶联反应法(qRT-PCR)检测宫颈癌Hela细胞与正常宫颈上皮细胞Ect1/E6E7中MYH11的信使RNA(mRNA)表达水平,通过流式细胞术、噻唑蓝(MTT)实验及Transwell实验测定过表达MYH11对宫颈癌细胞凋亡、增殖、迁移和侵袭的影响,两组间比较采用 t检验。 结果:qRT-PCR法检测mRNA表达,结果显示,宫颈癌Hela细胞中MYH11表达(0.52±0.04)明显低于正常宫颈上皮细胞(1.00±0.03),差异有统计学意义( t=10.56, P<0.01)。细胞凋亡实验结果显示,过表达MYH11组Hela细胞抗凋亡能力较ctrl组以及NC组表达显著降低。ctrl组、NC组、过表达MYH11组为(20.27±1.48)%、(19.83±1.85)%、(34.21±2.75)%,差异有统计学意义( F=45.69, P<0.01)。MTT增殖实验结果显示,Hela细胞中ctrl组、NC组以及过表达MYH11组24、48、72 h细胞增殖率分别为(54.28±2.89)%、(53.47±4.01)%、(40.25±2.87)%;(72.58±4.57)%、(72.78±4.06)%、(61.45±3.88)%;(87.56±5.69)%、(86.96±4.80)%、(72.52±4.83)%。过表达MYH11组增殖能力较ctrl组以及NC组表达显著降低,差异有统计学意义( F=17.09、7.22、8.29, P<0.05)。Transwell细胞迁移实验结果显示,过表达MYH11组细胞迁移能力[(52.48±5.01)个]明显低于ctrl组[(89.38±7.03)个]、NC组[(88.75±6.02)个],差异有统计学意义( F=36.26, P<0.01)。Transwell细胞侵袭实验结果显示,过表达MYH11组细胞侵袭能力[(18.56±2.41)个]明显低于ctrl组[(38.41±3.05)个]、NC组[(36.74±2.89)个],差异有统计学意义( F=46.50, P<0.01)。 结论:MYH11基因抑制宫颈癌Hela细胞的迁移和侵袭能力,促进细胞凋亡。
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编辑人员丨1天前
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基于在线数据库分析E2F转录因子家族成员信使RNA在胰腺癌组织中表达水平及其在胰腺癌患者中的预后意义
编辑人员丨1天前
目的:基于在线数据库分析阐明E2F转录因子家族成员mRNA在胰腺癌组织中的表达水平及其在胰腺癌患者中的预后意义。方法:利用基因表达谱交互式分析(GEPIA)在线分析数据库,采用Mann-Whitney U检验及Kaplan-Meier生存分析的统计学方法分别分析E2F转录因子家族成员mRNA在179例胰腺癌与171例癌旁组织的差异性表达,分析其每百万转录本(TPM)表达差异,并分析E2F转录因子家族成员mRNA表达与胰腺癌病理分期之间的关系。基于Kaplan-Meier Plotter数据库分析E2F转录因子家族成员mRNA表达水平与胰腺癌患者预后的关系,及其在胰腺癌患者亚组中的预后价值。采用Mann-Whitney U检验比较胰腺癌与癌旁组织E2F转录因子家族成员的表达水平;并采用Log-rank检验及Kaplan-Meier法对数据库中的纳入患者进行预后分析。 结果:GEPIA数据库分析结果表明,胰腺癌组织中E2F转录因子家族成员mRNA表达均高于癌旁组织。其中,胰腺癌组织中E2F1、E2F3和E2F8 mRNA表达水平均显著高于癌旁组织,差异有统计学意义( P<0.01)。此外,TPM表达分析结果也提示胰腺癌组织中较高的E2F1、E2F3和E2F8 TPM水平,差异有统计学意义( P<0.05)。GEPIA数据库分析结果还提示E2F2、E2F3、E2F6以及E2F8 mRNA表达与胰腺癌患者肿瘤病理分期显著相关,差异有统计学意义( P<0.05)。Kaplan-Meier Plotter在线数据库分析结果提示,高表达的E2F1、E2F2、E2F3、E2F7以及E2F8 mRNA与胰腺癌患者较低的总体生存率显著相关( P<0.05),而高表达的E2F6则与胰腺癌患者较好的总体生存率显著相关( P<0.05)。此外,高表达的E2F1、E2F2、E2F3、E2F7以及E2F8 mRNA与胰腺癌患者较差的无复发生存率显著相关( P<0.05),而E2F4高表达则与胰腺癌患者无复发生存率较好显著相关( P<0.05)。亚组分析结果则表明E2F1、E2F2、E2F3、E2F7及E2F8在不同肿瘤阶段、不同性别以及不同突变负荷的胰腺癌患者中均具有一定的预后价值。 结论:E2F转录因子家族成员在胰腺癌中高表达且与胰腺癌患者预后较差显著相关,尤其在早期胰腺癌中,提示其可能成为早期胰腺癌预后预测及治疗的新靶点。
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编辑人员丨1天前
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2,3,7,8-四氯二苯二噁英诱导的胎鼠腭裂腭突组织细胞周期相关分子的表达变化
编辑人员丨2023/8/6
目的 检测2,3,7,8-四氯二苯二噁英(2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin,TCDD)诱导的胎鼠腭裂模型中腭突组织细胞周期相关分子的表达变化,初步探讨细胞周期相关分子在腭裂发生中的作用机制.方法 使用随机数字表法将48只C57BL/6 J孕鼠随机分为TCDD处理组与对照组,每组24只.TCDD处理组在胚胎日第10天(the embryonic day 10.5,E10.5),按28μg/kg的量(含5μg/ml TCDD的玉米油)给予孕鼠一次性灌胃,对照组等量玉米油灌胃.分别在E13.5、E14.5及E15.5取出各组胎鼠腭突组织,提取总核糖核酸和总蛋白,分别用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)和蛋白质印迹法检测细胞周期相关分子的信使核糖核酸(mRNA)和蛋白表达水平.以不同浓度TCDD(0.01、0.1、0.5和1 nmol/L)处理人肾胚293t细胞(HEK293t),并用噻唑蓝(MTT)检测其细胞增殖活力.以IBM SPSS 24.0进行统计分析,两样本间均值比较均采用独立样本t检验,所有结果作K-S检验均符合正态分布,方差不齐者采用校正t检验,P<0.05表示差异有统计学意义.结果E13.5、E14.5和E15.5,干扰素调节因子6(Irf6)蛋白在对照组(1.26±0.13、1.67±0.14、1.42±0.15)较TCDD组(0.81±0.08、1.04±0.02、0.86±0.12)表达水平高,差异有统计学意义(t=2.836、3.662、2.867,P=0.0471、0.0146、0.0241);E14.5和E15.5时细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子1 A(P21)蛋白在对照组(2.26±0.21、1.99±0.21)较TCDD组(1.43±0.12、0.93±0.22)表达水平高,差异有统计学意义(t值为3.398、3.378,P值为0.8726、0.0273).细胞周期相关分子的mRNA表达水平:各个时间点,细胞周期蛋白D1(cyclin D1)对照组(1.00±0.02、0.94±0.03、1.11±0.09)表达水平较TCDD组(0.28±0.01、0.33±0.06、0.88±0.01)高(t=22.53、22.35、14.27,均P<0.001);TCDD组cyclin E1、cyclin A2、cyclin B1、细胞周期蛋白依赖性激酶6(Cdk6)、Cdk2、Cdk1表达均较对照组高,差异有统计学意义(均P<0.05),其中E13.5 cyclin B1和E15.5 Cdk2在2组间差异无统计学意义(均P>0.05).0.1 nmol/L TCDD处理1、2、3 d,HEK293t细胞增殖活力(0.70±0.05、1.05±0.03、1.39±0.04)均较对照组(0.49±0.04、0.98±0.03、1.55±0.02)增加,差异有统计学意义(t=2.829、1.395、2.692,P=0.0198、0.1320、0.0247).结论 TCDD下调Irf6和P21蛋白的表达水平,并干扰细胞周期相关分子正常表达,可能干扰了腭中缝上皮细胞退出细胞周期及增殖活力,细胞周期相关分子在腭发育过程中时空表达的紊乱可能与TCDD诱导腭裂的发生机制有关.
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编辑人员丨2023/8/6
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HPV DNA和HPV E6/E7 mRNA检测在宫颈病变诊治中应用价值的比较
编辑人员丨2023/8/5
目的:比较人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)E6/E7 mRNA检测和HPV DNA检测在宫颈病变诊治中的应用价值.方法:选取2018年1月—2019年9月在石家庄市妇幼保健院行宫颈液基薄层细胞学检查(thin-prep cytology test,TCT)的患者共33496例,其中符合纳入标准的诊断意义不明的非典型鳞状上皮细胞(atypical squamous cells of undetermined significance,ASCUS)患者共3190例,将其随机分为2组,各1595例,分别进行HPV DNA检测(对照组)及HPV E6/E7 mRNA检测(观察组),再对每组的阳性患者进行阴道镜下活检及病理组织学检测,比较2种方法对宫颈病变的检出率.从对照组和观察组阳性的患者中随机各抽取184例,共368例,分别进行HPV E6/E7 mRNA和HPV DNA检测,比较2种方法的诊断效能.结果:对照组高级别宫颈上皮内病变患者的检出率为4.8%(77/1595),观察组为4.1%(66/1595),差异无统计学意义(χ2=0.886,P=0.347).但与HPV DNA检测相比,HPV E6/E7 mRNA检测具有较高的敏感度(87.50%)、特异度(71.79%)、阳性预测值(49.36%)、阴性预测值(94.81%)、约登指数(0.593)和较低的阴道镜转诊率(42.4%,P<0.05).结论:对于高级别宫颈上皮内病变,HPV E6/E7 mRNA检测比HPV DNA检测具有更高的诊断效能,可以作为ASCUS患者分流的新方法.
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编辑人员丨2023/8/5
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头颈部鳞癌患者HPV DNA、E6/E7 mRNA的分布及其在预后中的作用
编辑人员丨2023/8/5
[目的]检测头颈部鳞癌组织标本人乳头瘤病毒(HPV)DNA、E6/E7 mRNA感染情况,并分析HPV感染对预后的影响.[方法]收集2016-2018年头颈部鳞癌手术标本121例,采用MassARRAY? HPV基因分型技术和RT-qPCR方法分别进行HPV DNA和HPV E6/E7 mRNA检测,比较不同肿瘤部位检出率差异.采用多因素Cox比例风险回归模型分析HPV E6/E7 mRNA对头颈部鳞癌预后的影响,计算HR值及其95%可信区间.[结果]121例头颈部鳞癌患者HPV阳性率为66.94%(81/121),其中口腔癌阳性率为70.37%(19/27),喉癌为65.79%(50/76),口咽癌为66.67%(12/18),HPV DNA阳性率在不同肿瘤部位无统计学差异(P>0.05).HPV16阳性率为4.13%(5/121),HPV18阳性率为6.61%(8/121).头颈部鳞癌 HPV E6/E7 mRNA 阳性率为 28.93%(35/121),HPV E6/E7 mRNA阳性率在不同肿瘤部位中无统计学差异(P>0.05).多因素分析结果显示,与HPV E6/E7 mRNA阴性组相比,HPV E6/E7 mRNA阳性组预后较好(HR=0.13,95%CI:0.04~0.46).[结论]头颈部鳞癌患者HPV DNA阳性率高,但HPV E6/E7 mRNA阳性率明显降低.HPV感染为头颈部鳞癌独立的预后因素.
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编辑人员丨2023/8/5
