目的:探讨全基因组测序筛选非小细胞肺癌(NSCLC)敏感甲基化位点的肺癌早期预警体系的构建。方法:本研究选择2014年3月至2016年11月在江南大学附属医院肿瘤科接受NSCLC手术切除的患者。实验分为两组：正常组织、非小细胞肺癌组织，通过实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测NSCLC细胞中切除修复交叉互补基因1(ERCC1)、β-微管蛋白Ⅲ(TUBB3)和核糖核苷还原酶调节因子1(RRM1) mRNA的表达；通过全基因组测序检测NSCLC细胞甲基化在基因上分布，使用测序数据进行胞嘧啶(C)-磷酸(p)-鸟嘌呤(G)甲基化图谱分析(CpG甲基化分析)，组蛋白修饰数据分析组蛋白修饰和DNA甲基化之间的关系，通过蛋白质免疫检测正常组织和非小细胞肺癌组织中组蛋白甲基化蛋和甲基化相关酶的表达。 t检验(或Wilcoxon秩和检验)和 χ2检验(或Fisher精确检验)分别用于分析连续和分类变量。Pearson(或Spearman)的秩相关系数用于分析两个连续变量之间的相关性。使用R软件(版本3.1.1)进行统计分析。 结果:与对照细胞比较，NSCLC细胞中ERCC1[(0.78±0.14)比(0.12±0.04)， χ2＝6.370， P<0.05]、TUBB3[(0.48±0.11)比(0.08±0.02)， χ2＝1.240， P<0.05]和RRM1 mRNA[(0.52±0.07)比(0.05±0.01)， χ2＝5.360， P<0.05]的表达下调表达；NSCLC组甲基化水平在转录起始位点升高，在基因间区降低( χ2＝3.140， P<0.05)；NSCLC组发现9个CpG的甲基化敏感位点(RUNX3、MIR196A1、HOXA11、OTP、GATA4、PTPRU、SLC15A3、ZIC1和TFAP2B)；NSCLC组与对照组比较，组蛋白乙酰化(H3K9ac[(43.57±8.84)比(10.64±4.35)， χ2＝8.730， P<0.05]和H3K27ac[ (40.52±8.64)比(9.67±3.58)， χ2＝5.470， P<0.05])和组蛋白甲基化(H2az[(42.56±9.74)比(12.47±6.05)， χ2＝7.420， P<0.05]，H3K4me1[(37.47±6.42)比(15.46±7.34)， χ2＝5.380， P<0.05]，H3K4me2[(50.37±10.24)比(9.47±6.54)， χ2＝9.270， P<0.05]，H3K4me3[(52.37±6.49)比(10.58±5.88)， χ2＝1.690， P<0.05]和H3K79me2[(34.55±6.42)比(11.23±6.94)， χ2＝3.450， P<0.05])降低；NSCLC组DNMT1(1.88±0.24)比(0.12±0.01)， χ2＝5.430， P<0.05]、DNMT3a(1.75±0.36)比(0.49±0.11)， χ2＝7.890， P<0.05]、DNMT3b(0.88±0.14)比(0.13±0.05)， χ2＝1.360， P<0.05]、H3K4me3(2.53±0.35)比(0.35±0.08)， χ2＝5.440， P<0.05]和H3K9me2(0.55±0.07)比(0.05±0.01)， χ2＝3.270， P<0.05]下调表达( P<0.05)。 结论:组蛋白修饰和DNA甲基化密切相关，组蛋白甲基化和甲基化相关酶的表达也受到影响，甲基化敏感位点可以作为早期检测NSCLC的生物标志物。

目的:分析2例着色性干皮病患儿基因突变。方法:收集2例着色性干皮病患儿临床资料，提取患儿及其父母外周血DNA，采用高通量全外显子组测序方法对患儿进行全外显子组测序，确定致病基因突变位点，再用Sanger测序法对患儿及其父母的DNA进行双向验证，重点关注着色性干皮病相关候选基因XPA、ERCC3、XPC、ERCC2、DDB2、ERCC4、ERCC5及POLH的变异。结果:例1为3岁男孩，面、耳、颈、双手背散发褐色斑点伴色素减退斑2年，步态不稳1年，皮疹夏季加重，以光暴露部位为主。例2为1岁5月龄男孩，面部散发褐色斑点伴少许色素减退斑1年。基因检测显示，例1 ERCC2基因发生复合杂合突变，即父源c.1805G>A（p.Gly602Asp）和母源c.586C>T（p.Arg196Ter）突变，为XPD型。例2 ERCC5基因发生复合杂合突变，即父源c.2533+2T>C和母源c.2453C>T（p.Ala818Val）突变，为XPG型。c.586C>T（p.Arg196Ter）和c.2533+2T>C既往未见报道。嘱防晒、避光，随访2年，患儿皮损较前有所增多，未出现恶性肿瘤。结论:ERCC2基因复合杂合突变可导致XPD型着色性干皮病，表现出皮肤和神经症状；ERCC5基因复合杂合突变可导致XPG型着色性干皮病，表现为轻症表型。早期临床特点结合基因检测有助于着色性干皮病患者的准确诊断及分型。

患儿，男，8月26天，以"腹部进行性增大1月，呼吸困难1天"入西安市儿童医院。入院1月前患儿无明显诱因出现腹部进行性增大，腹壁张力逐渐增高，不伴发热，无呕吐、腹泻，就诊于当地医院并给予输注白蛋白、保肝等对症支持治疗。经治疗后效果不佳，1天前患儿腹胀较前明显加重，同时出现呼吸困难伴呻吟，精神状态差，拒乳，口唇发绀，当地医院予吸氧对症支持治疗后，无好转，意识障碍及发绀进行性加重后转诊至医院。

目的:探讨转录起始前复合物中通用转录因子IIH（TFIIH）在前列腺癌（PCa）中的遗传、表达特征及其与PCa预后的关系。方法:通过分析癌症基因图谱-PCa数据库（TCGA-PRAD）中495例PCa组织及52例癌旁组织TFIIH亚基的表达特征及临床意义。再通过PCa微阵列芯片验证TFIIH中的关键因子通用转录因子IIH亚基4（GTF2H4）与临床特征［病理分期、生化复发（BCR）以及格里森评分］的相关性。结果:495例PCa患者年龄为（61.01±6.82）岁。ERCC3、GTF2H4、MNAT1在格里森评分≥8的PCa组织中mRNA表达量较高（ P<0.05）。GTF2H4、MNAT1的表达量与病理分期相关（ P<0.05）。高表达GTF2H4 的PCa患者的BCR率较高（ HR=2.47，95 %CI：1.62~3.77， P<0.001），同时其对PCa患者BCR预测效果在各亚基中最好［3、5、7年受试者工作特征曲线下面积（AUC）均>0.7］，并在额外4个数据库中得到验证。480例PCa样本中，9例发生了TFIIH亚基的突变，占比1.87%。其中3例为ERCC2亚基突变，2例为GTF2H3亚基突变，GTF2H1、GTF2H4、CCNH、CDK7亚基突变各1例。单因素Cox回归分析显示GTF2H4为BCR的危险因素（ HR=2.470，95% CI：1.620~3.767， P<0.001），GTF2H5为保护因素（ HR=0.506，95% CI：0.336~0.762， P=0.001）。免疫组织化学染色评分结果显示GTF2H4的蛋白表达量与患者临床特征相关，差异均有统计学意义。 结论:TFIIH中的关键因子GTF2H4在PCa中高表达并提示预后欠佳。

目的:探讨切除修复交叉互补基因(ERCC)1(rs3212986)和ERCC2(rs13181)基因单核苷酸多态性与中国人群膀胱癌易感性的关系。方法:选取2015年3月至2019年3月驻马店市中心医院194例膀胱癌患者(实验组)和240例健康人群(对照组)作为研究对象。病例组男143例，女51例；<50岁85例，≥50岁109例；体重指数(BMI)<25 kg/m 2 154例，BMI≥25 kg/m 2 40例；对照组中男145例，女95例；<50岁121例，≥50岁119例；BMI<25 kg/m 2 201例，BMI≥25 kg/m 2 39例。采用聚合酶链式反应限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术检测ERCC1 rs3212986和ERCC2 rs13181位点的基因型，探讨各基因型与膀胱癌发病风险的关系，应用SPSS 22.0统计软件分析。 结果:两组间ERCC1 rs3212986基因型分布差异有统计学意义( χ2＝6.010， P<0.05)，无条件Logistic回归分析显示，ERCC1 rs3212986的CC基因型携带者发生膀胱癌的风险是携带AA基因型携带者的2.05倍[校正比值比( OR) ＝2.05，95%可信区间( CI)：1.10～3.83， P<0.05]，差异有统计学意义；ERCC1 rs3212986的CC基因型携带者发生膀胱癌的风险是AA ＋ AC基因型携带者的1.8倍(校正 OR＝1.80，95% CI：1.01～3.21， P<0.05)，差异有统计学意义，ERCC2 rs13181单核苷酸多态性与膀胱癌易感性之间无明显相关( χ2＝0.230， P>0.05)。 结论:ERCC1 rs3212986基因多态性影响共显性和隐性模型中膀胱癌的发生，ERCC2 rs13181基因多态性与膀胱癌的发生风险无明显相关。

目的 探讨程序性死亡配体1(PD-L1)、切除修复交叉互补基因1(ERCC1)与骨桥蛋白(OPN)在三阴性乳腺癌组织中的表达及与患者临床病理参数和预后的相关性.方法 选取2017年2月—2019年2月湖州市中心医院收治的86例乳腺癌患者为研究对象,采用免疫组化法检测乳腺癌组织及癌旁组织中PD-L1、ERCC1及OPN表达,分析乳腺癌组织中PD-L1、ERCC1及OPN表达与患者临床病理参数的关系及各指标间的相关性,随访3年,应用生存曲线分析不同乳腺癌组织PD-L1、ERCC1及OPN表达患者3年总生存率的差异,应用Cox法分析患者预后的影响因素.结果 乳腺癌组织中PD-L1、ERCC1及OPN阳性率分别为56.98％、29.07％、31.40％,均高于癌旁组织(0.00％、10.47％、2.33％),差异均有统计学意义(均P＜0.05).有淋巴结转移三阴性乳腺癌患者乳腺癌组织中PD-L1、ERCC1及OPN阳性率高于未转移患者,且临床分期为Ⅲ期患者乳腺癌组织中PD-L1阳性率高于Ⅰ～Ⅱ期患者(均P＜0.05).Spearman相关性分析显示:乳腺癌组织PD-L1、ERCC1及OPN表达之间均呈显著正相关(均P＜0.05).乳腺癌组织PD-L1、ERCC1及OPN阴性表达患者3年总生存率分别为88.57％、78.95％、80.00％,均高于阳性表达患者(59.09％、54.55％、54.17％),差异均有统计学意义(均P＜0.05).Cox分析结果显示:有淋巴结转移(OR=1.829),乳腺癌组织PD-L1表达阳性(OR=2.673)、ERCC1表达阳性(OR=2.227)、OPN表达阳性(OR=2.033)均为患者预后不良的独立危险因素(均P＜0.05).结论 PD-L1、ERCC1及OPN可能协同参与三阴性乳腺癌的发生、进展、转移,检测其表达可为三阴性乳腺癌患者病情进展与预后评价提供参考.

目的 探讨切除修复交叉互补基因1(ERCC1)rs11615、rs2013521和rs3212930位点基因多态性与煤工尘肺(CWP)发病风险的相关性.方法 选取2020年1-2021年10月在贵阳市公共卫生救治中心进行职业健康体检和确诊CWP的人群为研究对象,共522例,将其分为健康对照组(120例)、接尘对照组(131例)、CWP壹期组(137例)和CWP贰期组(134例).分析各组人群肺功能和血常规的变化情况,采用质谱仪对ERCC1 rs11615、rs2013521和rs3212930进行基因分型,比较ERCC1基因各位点基因型与肺功能的关系,应用非条件logistic回归模型对ERCC1基因多态性与CWP发病风险的相关性进行分析.结果 各组研究对象的FVC(x2=34.092,P=0.005)、FEV1(x2=36.642,P＜0.001)、FEV1/FVC(x2=41.145,P＜0.001)、红细胞(H=47.820,P＜0.001)、血红蛋白(H=27.934,P＜0.001)、血小板计数(H=11.684,P=0.009)、红细胞压积(H=29.965,P＜0.001)和血小板压积(H=14.058,P=0.003)差异有统计学意义.与rs11615 GG和GA基因型相比,携带 AA 基因型的 CWP 患者 FVC(x2=7.810,P=0.020)和 FEV1/FVC(x2=9.256,P=0.010)更易出现异常;与 rs2013521 TT 和AA基因型相比,携带TA基因型的CWP患者FEV1/FVC(x2=6.313,P=0.043)更易出现异常.遗传模型结果显示,ERCC1基因rs3212930位点显性模型中,(AG+GG)基因型(OR=0.56,95％CI:0.37～0.83)携带者患CWP的风险显著低于AA基因型携带者;rs3212930位点隐性模型中,GG基因型(OR=0.15,95％CI:0.03～0.74)携带者患CWP的风险显著低于(AA+AG)基因型携带者.结论 CWP可能与机体肺功能异常和血常规水平改变有关;ERCC1基因rs1 1615和rs2013521多态性可能与CWP肺功能异常有关,rs3212930多态性可能会降低CWP的发病风险.

目的 基于miRNA-mRNA网络探讨肝细胞癌和抑郁症的共病机制.方法 (1)在GEO数据库中获取与肝细胞癌和抑郁症相关的miRNA微阵列数据;利用在线工具GEO2R分别分析两个数据集的差异表达miRNA(DE-miRNA),然后取交集.在 TargetScan、miRDB、miRPathDB 和 miRWalk 数据库中预测各个DE-miRNA的靶基因,然后取交集.(2)利用DAVID数据库对DE-miRNA靶基因进行功能富集分析及通路富集分析,并筛选出风险通路.(3)利用STRING 数据库和Cytoscape 3.9.1 软件构建DE-miRNA 靶基因的蛋白-蛋白相互作用网络,然后筛选中枢基因及关键基因.(4)利用Microsoft Excel软件及Cytoscape 3.9.1 软件构建DE-miRNA-mRNA-风险通路可视化网络.(5)利用GEPIA2 数据库进行中枢基因在肝细胞癌中的表达分析及生存分析.结果 (1)肝细胞癌和抑郁症共同表达的上调 DE-miRNA 为 miR-1290、miR-3156-5p,下调DE-miRNA为miR-575、miR-6737-3p,四者对789 个靶基因进行调控.(2)DE-miRNA靶基因参与的生物功能与免疫、炎症、血管生成、神经元信号传导等相关.共筛选出15 条风险通路,包括丝裂原活化蛋白激酶信号通路、磷脂酰基醇3-激酶/蛋白激酶B信号通路、轴突引导、催产素信号通路、神经营养素信号通路等.(3)共获得10个中枢基因,分别为BRCA1、NOTCH1、PTEN、EGFR、ATRX、ERCC4、RAD51B、EME1、RMI1、XRCC2.将富集在风险通路上的3 个中枢基因作为关键基因.(4)构建的DE-miRNA-mRNA-风险通路网络包含了10 对DE-miRNA-中枢基因组合,以及 13 个DE-miRNA-关键基因-风险通路组合.(5)与正常组相比,BRCA1、PTEN、ATRX、ERCC4、RAD51B、EME1、RMI1、XRCC2 在肝细胞癌组中呈高表达,NOTCH1、EGFR在肝细胞癌组中呈低表达(P<0.01).BRCA1、EME1、RMI1、XRCC2 与肝细胞癌患者的生存率有关(P<0.05).结论 miR-1290、miR-3156-5p、miR-575、miR-6737-3p可能是肝细胞癌和抑郁症共同的调控因子,其通过作用于多个靶基因从而调控炎症反应、肿瘤免疫反应、神经传导等途径,进一步参与肝细胞癌和抑郁症的发生、发展.此外,BACR1、EME1、RMI1、XRCC2 这4个靶基因与肝细胞癌患者的预后密切相关.

目的 探讨环状RNA HIPK3(circHIPK3)在鼻咽癌(NPC)细胞迁移和侵袭中的作用及其分子机制.方法 检索公共数据库,运用高通量基因表达数据库(GEO)分析NPC组织及非癌组织中circHIPK3表达水平;合成cir-cHIPK3-siRNA转染NPC 5-8F细胞;采用RT-qPCR、Western blot、细胞划痕、CCK-8和Transwell等实验方法,研究确定circHIPK3-siRNA干扰效果后,检测它对细胞增殖、迁移和侵袭及潜在下游基因CDH1、CDH2、MMP2、MMP9、IL-6/STAT3表达的影响.运用转录组测序技术分析5-8F细胞cir-cHIPK3-siRNA干扰后显著差异表达的基因,以期找到介导circHIPK3促癌作用的关键基因.结果 与非癌组织相比,NPC组织中circHIPK3表达明显增加(P<0.05).使用siR-NA特异性敲低5-8F细胞中circHIPK3的表达后,与对照组相比,si-circHIPK3组细胞增殖速率降低(P<0.05),si-cir-cHIPK3组细胞划痕闭合率降低(P<0.01),同时si-cir-cHIPK3组细胞迁移和侵袭的细胞数目减少(P<0.05).此外,与对照组相比,si-circHIPK3组下游基因CDH1 mRNA和蛋白的表达量升高(P<0.001),CDH2、MMP2、MMP9、IL-6/STAT3 mRNA和蛋白的表达量减少(P<0.05).进一步测序分析显示,circHIPK3-siRNA转染的5-8F细胞中AL645922.1、SCO2、AL136295.1和ISY1-RAB43表达上调(P<0.05),BIVM-ERCC5、FAM47E-STBD1、INO80B-WBP1、NAIP、C15orf38-AP3S2、BCL2L2-PABPN1和SMIM11B表达下调(P<0.05).结论 NPC组织中circHIPK3表达显著升高.circHIPK3通过调节E-Cadherin、N-Cadherin、MMP2、MMP9和IL-6/STAT3的表达,促进NPC细胞5-8F的增殖、迁移和侵袭.AL645922.1和BIVM-ERCC5等基因可能在circHIPK3介导的促进NPC 5-8F细胞迁移和侵袭中发挥关键作用.

该研究目的在于利用网络药理学方法探究黄芪-莪术药对治疗胃癌的作用机制,并通过胃癌细胞SGC7901 体外模型对黄芪-莪术的药效和关键靶点进行实验验证.首先,采用CCK-8法证明黄芪-莪术对胃癌细胞SGC7901 增殖的直接影响.然后,使用网络药理学的方法探究黄芪-莪术药对治疗胃癌的关键活性成分、关键靶点和关键信号通路.结果显示,黄芪-莪术药对包含 18 个潜在活性成分,例如槲皮素、山柰酚和姜黄素等.基因本体论功能富集及京都基因和基因组百科全书通路富集分析提示,黄芪-莪术药对治疗胃癌的主要靶点涉及蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性的调节、MAPK活性的激活、半胱氨酸型内肽酶活性和蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性的负调节等.HIF-1信号通路、ABC转运蛋白、细胞色素P450 对异生素的代谢、p53 信号通路和细胞凋亡等信号通路是黄芪-莪术作用于胃癌的关键通路.随后,在体外实验中证明,黄芪-莪术药对能够显著下调多药耐药基因(ABCB1)、表皮生长因子受体(EGFR)、磷酸化蛋白激酶B(p-AKT)、低氧诱导因子-1(HIF1A)、B-细胞淋巴瘤因子2(BCL2)、乳腺癌易感基因 1(BRCA1)、DNA聚合酶θ(POLH)、核苷酸还原酶M1(RRM1)、切除修复交叉互补基因 1(ERCC1)的表达,并上调肿瘤蛋白p53(TP53)和半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶 3(CAPS3)表达.最后,利用癌症基因组图谱计划(TCGA)数据库中的胃癌患者基因表达和临床信息数据,应用多变量COX回归模型证明了黄芪-莪术作用的关键靶点与胃癌患者不良预后的相关性,并通过LASSO算法进行特征选择.结果显示,EGFR、HIF1A、TP53、POLH、RRM1 和ERCC1 与胃癌患者的生存期密切相关.黄芪-莪术对上述多个靶点及通路的作用,通过影响胃癌细胞的DNA修复、生存和凋亡等相关基因的表达,从而在胃癌辅助治疗中发挥重要的作用.