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乳腺癌超声征象与关键基因表达状态的相关性研究
编辑人员丨3周前
目的:探讨乳腺癌超声成像特征与关键基因表达状态的相关性.方法:在美国国家医学图书网PubMed数据库检索乳腺癌关键基因相关文献,汇总乳腺癌相关基因.利用基因与蛋白相互作用检索搜查工具(STRING)和Cytoscape软件对相关基因构建蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出关键基因,利用基于基因表达水平值的交互式分析平台(GEPIA)和Kaplan-Meier Plotter数据库对潜在关键基因进行表达验证和患者的预后分析.回顾性分析2022年9月至2023年9月于山西医科大学第一医院就诊的36例经手术病理证实为乳腺癌患者,采用转录组测序技术检测乳腺癌关键基因的表达,收集乳腺癌患者的超声声像图特征,分析其与关键基因的相关性.结果:从筛选的57个基因中共鉴定出排名前10的潜在的关键基因,分别为透明质酸介导的运动受体(HMMR)、苯并咪唑出芽抑制解除同源物(BUB1)有丝分裂检查点丝氨酸与苏氨酸激酶B(BUB1B)、纺锤体微管的装配因子(ASPM)、周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(BUB1)、驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)、TPX2微管成核因子(TPX2)、母体胚胎亮氨酸拉链激酶(MELK)、着丝粒蛋白F(CENPF)和拓扑异构酶2A(TOP2A).10个潜在的关键基因在乳腺癌样本中高表达且预后不良.最大径>2 cm乳腺癌患者关键基因TPX2水平高于病灶最大径≤2 cm的乳腺癌患者,有微小钙化乳腺癌患者关键基因MELK水平高于无微小钙化乳腺癌患者,差异均有统计学意义(Z=-2.483、-2.888,P<0.05).剪切波弹性成像参数弹性最大值(Emax)与关键基因BUB1、KIF2C、TPX2、CENPF、TOP2A的表达水平呈正相关(r=0.411、0.399、0.447、0.446、0.337,P<0.05).结论:乳腺癌超声特征可用于预测关键基因的表达状态,可为乳腺癌的早期诊断、治疗方案选择及预后评估等提供更多的依据.
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编辑人员丨3周前
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腹泻型肠易激综合征关键基因及通路的生物信息学研究
编辑人员丨3周前
目的 基于生物信息学分析探索腹泻型肠易激综合征(IBS-D)的关键基因及通路,为其诊断与治疗提供潜在的分子靶标.方法 分析基因表达综合数据库中GSE212719数据集,使用GEO2R识别差异表达基因(DEGs);通过DAVID数据库进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;使用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,Cytoscape 3.10.1软件筛选IBS-D的功能模块和关键基因;使用基于R语言的微生信平台进行基因集富集分析(GSEA)并分析最显著基因集中前10个基因的转录水平,最后建立核心通路.结果 共182个DEGs,包括94个上调基因和88个下调基因;排序前三位的上调基因是MT-ATP6、FSIP2、FABP2,下调基因是LOC112268284、COL13A1、RNA5-8SN1.GO富集分析结果显示,主要集中在黏膜的先天免疫反应、核小体和核糖体组装等.KEGG通路分析结果显示,以核糖体、真核生物中的核糖体生物发生、系统性红斑狼疮为主要通路.PPI网络图由44个节点和336条边共同构建,发现10个核心Hub基因分别是 CDK1、TOP2A、CCNB1、KIF23、NDC80、CENPE、KNL1、ANLN、DEPDC1、HMMR.GSEA 发现,IBS-D 的致病通路可能与酸碱平衡异常、血清乳酸增加、乳酸酸中毒、线粒体异常和线粒体呼吸链活动异常等密切相关;最显著基因集中前 10 个基因是 NDUFA12、SLC26A3、PIGA、UQCRB、NDUFAF4、TRMT10C、ACAT1、GFM2、PNPLA8 和NDUFA4.关键信号通路以TOP2A和MT-ATP6为核心.结论 TOP2A和MT-ATP6基因上调可能与线粒体功能障碍导致血清乳酸增加相关,而COL13A1基因下调可能使肠道肌肉组织的结构受损和炎症增加,这些都可能与IBS-D的发生、发展有关.这一综合分析提供了 IBS-D的关键基因和通路信息,为进一步研究提供了新方向.
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编辑人员丨3周前
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从GEO数据库筛选结肠癌差异关键基因及验证
编辑人员丨2023/11/25
目的 通过基因表达综合(GEO)数据库分析筛选出结肠癌(CC)组织差异表达基因,同时通过体外实验进行验证,挖掘潜在的结肠癌差异关键基因.方法 从 GEO 数据库获取人 CC 数据集 GSE10950 和 GSE74602,利用GEO2R和韦恩(Venn)图在线分析工具筛选CC和正常结肠组织的差异表达基因(DEGs).通过DAVID在线工具对差异表达基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,然后利用Cytoscape软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并选出核心基因.使用GEPIA数据库进行生存分析,将与预后显著相关的核心基因视为关键基因.用细胞转染及 CCK8 法进一步验证关键基因的功能.结果 从 2 个数据集中获得了515 个DEGs,其中 223 个表达上调和 292 个表达下调.GO富集分析显示上调DEGs参与细胞周期负调控、转录调控等生物学过程,KEGG信号通路分析上调DEGs主要富集于细胞周期和DNA复制等信号通路.PPI网络筛选出33 个核心基因.经UCLCAN分析发现,CCNB1、CCNA2、CDC20、CDKN3、DLGAP5、HMMR和NCAPG高表达的CC患者生存期较短(P<0.05).通过 GEPIA 数据库验证,CC 患者中 7 个基因的表达水平升高,差异有统计学意义(P<0.05).KEGG 通路分析表明 CCNB1、CDC20 和 CCNA2 在细胞周期中高度富集.敲低 CCNB1、CDC20 和CCNA2 表达可显著抑制结肠癌细胞增殖.结论 筛选出可能参与结肠癌发展的 7 个关键基因,其中CCNB1、CDC20和CCNA2 可能成为CC的诊断分子标志物和治疗靶点.
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编辑人员丨2023/11/25
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HMMR基因与肺腺癌患者预后及浸润性免疫细胞关系的生物信息学分析
编辑人员丨2023/10/14
目的:透明质酸介导的运动受体(HMMR)基因在多种肿瘤中异常表达,然而,其在肺腺癌(LUAD)中的预后价值及与浸润性淋巴细胞的关系未知,因此,本文着重研究HMMR在LUAD中的预后价值及与浸润性免疫细胞的关系.方法:从TCGA数据库下载LUAD组织和正常组织间的转录表达谱及相应临床信息.通过RT-PCR反应评估LUAD细胞系及正常支气管上皮细胞系HMMR的表达水平.通过临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(CPTAC)评估HMMR蛋白表达情况.受试者工作特征(ROC)曲线用于区分LUAD组织与邻近正常组织.通过单因素及多因素Cox分析及Kaplan-Meier方法评估HMMR对患者预后的影响.通过STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络.采用R语言"ClusterProfiler"包进行功能富集分析.通过TIMER评估HMMR在不同肿瘤中的表达情况及与LUAD浸润性免疫细胞浸润丰度间的关系.结果:HMMR在肺腺癌组织及细胞系中的表达较邻近正常组织或正常支气管上皮细胞系中显著上调.HMMR表达增加与吸烟超过40年、R1或R2残留肿瘤、高T分期、淋巴结转移、远处转移和高TNM分期相关.Kaplan-Meier生存分析显示,HMMR高表达组的LUAD患者预后较低表达组患者差(41.9个月 vs 59.9个月,P<0.001),各亚组分析也显示相似的结果.ROC曲线分析表明,在截断水平为2.103的情况下,HMMR区分LUAD与相邻对照的敏感性和特异性分别为98.3%和86.2%.相关分析表明,HMMR的表达水平与肿瘤浸润性免疫细胞的浸润丰度相关.结论:HMMR表达上调与LUAD预后不良和免疫浸润显著相关,可以作为LUAD预后不良的生物标志物及免疫治疗靶点.
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编辑人员丨2023/10/14
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ANLN、CYP2C9、HMMR在乙型肝炎病毒相关肝细胞癌中的表达及其对预后的影响
编辑人员丨2023/9/16
目的 研究肌动蛋白结合蛋白(ANLN)、细胞色素P450(Cytochromes P 450,CYPs)亚家族成员CYP2C9、透明质酸介导运动因子受体(HMMR)在乙型肝炎病毒相关肝细胞癌(HBV-HCC)组织中的表达及对其预后的影响.方法 收集手术切除的 25 份HCC标本.采用免疫组织化学方法分析ANLN、CYP2C9、HMMR蛋白表达水平在癌组织及癌旁组织的差别,采用Log-Rank检验评估三者对 HCC患者术后复发及远期存活的影响.结果 HCC患者癌组织的ANLN、CYP2C9 免疫反应性评分(IRS)低于癌旁组织分别为(2.4±2.5)分比(3.7±2.7)分(t= 2.18,P= 0.039)和(4.2±2.8)分比(8.6±1.4)分(t= 6.21,P<0.01),癌组织中的HMMR IRS高于癌旁组织为 8.0(4.0,8.0)分比 4.0(2.5,4.0)分(Z= 3.94,P<0.01).但不同ANLN、CYP2C9、HMMR蛋白表达水平对HCC患者术后复发时间及 5 年存活率影响差异无统计学意义(中位复发时间高水平比低水平:ANLN 38.6 月比 33.3 月,CYP2C9 36.5 月比 35.5 月,HMMR 33.1 月比 41.3月;中位生存时间高水平比低水平:ANLN 56.3 月比 51.1 月,CYP2C9 55.1 月比 51.5 月,HMMR 53.0 月比55.2月;均P>0.05).多因素Cox回归分析提示,BCLC、家族史对术后复发时间的影响差异有统计学意义(HR= 2.435,P= 0.025;HR= 0.165,P= 0.009),AFP、家族史与术后 5年存活率独立相关(HR= 229.488,P= 0.041;HR= 0.054,P= 0.014).结论 ANLN、CYP2C9、HMMR蛋白表达水平在 HCC患者癌组织及癌旁组织存在差异,但对预后未产生影响,提示其可作为HCC诊断的潜在标志物.
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编辑人员丨2023/9/16
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肿瘤高甲基化基因1重要下游基因HMMR对乳腺癌细胞株MDA-MB-231迁移和侵袭能力影响的体外实验
编辑人员丨2023/8/6
目的:探讨肿瘤高甲基化基因1(hypermethylated in cancer 1,HIC-1)与透明质酸介导的细胞游走受体(hyaluronan-mediated motility receptor,HMMR)基因之间的调控关系,观察HMMR产物对MDA-MB-231乳腺癌细胞株的迁移和侵袭能力的影响.方法:MDA-MB-231细胞分别转染双链小激活RNA (small activating RNA,saRNA) HIC-1和双链小干扰RNA (small interfering RNA,siRNA) HMMR,通过反转录聚合酶链反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)和蛋白印迹法检测观察转染后HIC-1、HMMR的mRNA和蛋白的表达情况,用CCK-8细胞增殖实验检测HIC-1和HMMR表达改变对乳腺癌细胞增殖能力的影响,再用Transwell小室观察其改变对乳腺癌细胞迁移和侵袭能力的影响.结果:转染saRNA HIC-1时MDA-MB-231细胞中HIC-1上调,同时HMMR表达下调,细胞的迁移和侵袭能力受抑制,细胞增殖能力未发生改变;转染siRNA HMMR时,MDA-MB-231细胞中HMMR表达下调,细胞的迁移和侵袭能力受抑制,细胞增殖能力未受影响.结论:HIC-1可调控HMMR的表达,HIC-1表达上调可下调HMMR,乳腺癌细胞的迁移和侵袭能力受抑制;乳腺癌细胞中因HIC-1失活,导致HMMR呈高表达,促进乳腺癌细胞的迁移和侵袭.
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编辑人员丨2023/8/6
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非小细胞肺癌相关差异基因的生物信息学及预后分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 利用生物信息学方法分析非小细胞肺癌(NSCLC)基因表达谱芯片,筛选相关差异基因,探讨NSCLC潜在的生物标志物.方法 美国国立生物信息技术信息中心的GEO数据库下载相关芯片数据(研究号GSE33532),利用R软件及affy、limma、pheatmap、ggplot2等软件包进行差异基因筛选;使用基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)对差异基因进行相关功能及通路富集分析,并用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,筛选出核心基因.然后,以研究号GSE33745数据集为测试数据集,以PROGgenesV2在线工具对核心基因进行预后分析.结果 共筛选出591个差异基因,其中上调197个,下调394个.同时差异基因GO分析,主要富集为核分裂、有丝分裂、有丝分裂细胞周期M期、细胞周期等生物学过程,而KEGG分析主要涉及细胞外基质受体相互作用、细胞黏附分子、细胞周期、p53信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路等相关通路.且通过STRING数据库及Cytoscape软件行差异基因PPI网络分析,计算节点的连接度,以连接度前10位为本研究的核心基因,生存分析提示:细胞周期蛋白B1(CCNB1)、透明质酸介导的运动受体(HMMR)、微小染色体维持蛋白10(MCM10)、母系胚胎亮氨酸拉链激酶(MELK)为NSCLC预后的危险因素.结论 CCNB1、HMMR、MCM10、MELK可作为NSCLC预后的潜在生物标志物,为进一步研究NSCLC提供新思路.
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编辑人员丨2023/8/6
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HMMR-AS1介导EMT在上皮性卵巢癌顺铂获得性耐药中的作用
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨上皮性卵巢癌(EOC)患者组织中HMMR?AS1表达对细胞侵袭、迁移能力及药物敏感性的影响,分析其与患者预后的关系.方法 采用实时荧光定量PCR(qRT?PCR)、Western blot法检测人卵巢癌细胞株SKOV3、A2780和顺铂耐药细胞株SKOV3/DDP中HMMR?AS1及上皮?间质转化(EMT)标志物E?cadherin、vimentin的表达情况,Transwell实验检测SKOV3和耐药株SKOV3/DDP的侵袭、迁移能力.收集40例EOC患者的肿瘤组织石蜡标本,qRT?PCR检测标本中HMMR?AS1表达情况,同时电话随访患者5年,采用Kaplan?Meier(KM)法、Cox风险回归模型进行生存分析,探讨HMMR?AS1表达与EOC临床病理特征的关系.结果 (1)HMMR?AS1和vimentin在SKOV3细胞中的表达显著高于A2780细胞(P<0.01),而E?cadherin的表达显著低于A2780细胞(P<0.01);(2)HMMR?AS1在耐药株SKOV3/DDP中的表达明显高于SKOV3,且耐药株SKOV3/DDP的侵袭、迁移能力显著增强;(3)HMMR?AS1高表达、中/低分化、临床分期Ⅲ/Ⅳ期、淋巴结转移阳性是EOC患者预后的独立危险预测因素.结论 HMMR?AS1可能通过介导EMT发生,提高EOC细胞的侵袭、迁移能力,并降低其对化疗药物的敏感性.
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编辑人员丨2023/8/6
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长链非编码RNA HMMR-AS1促进肺腺癌的恶性进展
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)HMMR-AS1对肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)增殖转移的影响.方法 采用实时荧光定量聚合酶链反应技术(RT-qPCR)检测LUAD细胞系中HMMR-AS1及其正义链HMMR的表达水平;通过小干扰RNA敲减HMMR-AS1的水平,并利用RT-qPCR检测转染效率及其对HMMR水平的影响;采用CCK-8法、克隆形成实验、细胞凋亡实验、划痕实验、Transwell侵袭实验等表型实验检测干扰HMMR-AS1的表达对A549和H1299细胞生物学功能的影响;western blot检测该两种细胞中HMMR-AS1水平降低对HMMR蛋白表达水平的影响.结果 与正常肺上皮细胞BEAS-2A相比,LUAD细胞系A549和H1299中HMMR-AS1的表达水平分别上调了3.06倍和5.02倍(P<0.05);转染小干扰RNA后A549和H1299细胞中HMMR-AS1的表达水平明显下降(P<0.05),并且明显抑制HMMR的转录和蛋白质表达水平(P<0.05);表型实验结果显示,与阴性对照组比较,敲减HMMR-AS1能够抑制LUAD细胞的生长、迁移和侵袭能力,并促进凋亡.结论 LncRNA HMMR-AS1能够促进LUAD细胞的生长、迁移和侵袭能力,影响肺腺癌的恶性进展.
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编辑人员丨2023/8/6
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基于TCGA数据库信息分析肝细胞癌组织miR-3607-3p表达及其临床意义
编辑人员丨2023/8/6
目的 既往研究发现,miR-3607-3p在乳腺癌和前列腺癌等肿瘤中异常低表达且涉及肿瘤的发生与发展,但miR-3607-3p在原发性肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及意义尚不清楚.本研究利用癌症基因图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库信息分析HCC组织中miR-3607-3p的表达情况及其临床意义,并对miR-3607-3p靶基因进行有关的生物信息学综合分析.方法 基于TCGA数据库,比较HCC组织和癌旁组织中miR-3607-3p表达量,并分析rniR-3607-3p表达量与HCC患者临床病理特征及预后的相关性.采用生物信息学方法对miR-3607-3p的靶基因进行预测及功能富集分析,并结合蛋白互作网络及预后分析结果筛选miR-3607-3p关键靶基因.结果 HCC组织miR-3607-3p表达量较癌旁组织下调,差异有统计学意义,t=9.910,P<0.001;且miR-3607-3p表达量对于HCC组织具有良好的诊断效能,AUC=0.853,P<0.001.HCC组织miR-3607-3p表达量与患者TNM分期(t=2.366,P=0.019)和血清甲胎蛋白(t=3.275,P=0.001)等指标相关.生存分析表明,HCC组织中低表达miR-3607-3p是影响HCC患者总生存率[HR=2.171(95% CI:1.435~3.286),P<0.001]和无复发生存率[HR=1.566(95%CI:1.050~2.335),P=0.028]的独立预后因素.富集分析提示,miR-3607-3p靶基因主要富集于上皮间质转化、细胞分化、细胞周期及增殖调控等生物学功能,以及Ras信号通路等通路,均P<0.05.此外,ANLN、CENPF、HMMR和KIF15等为本研究所筛选出的miR-3607-3p关键靶基因,其在HCC组织中均呈现表达上调(均P<0.001),且与miR-3607-3p表达量呈负相关(ANLN:r=-0.272,P<0.001;CENPF:r=-0.273,P<0.001;HMMR:r=-0.104,P=0.048;KIF15:r=-0.252,P<0.001).预后分析提示,HCC组织中ANLN、CENPF、HMMR和KIF15相对高表达者均与不良总生存率(ANLN:x2 =19.92,P<0.001;CENPF:x2 =23.13,P<0.001;HMMR:x2 =27.22,P<0.001;KIF15:x2 =24.24,P<0.001)和无复发生存率(ANLN:x2=29.14,P<0.001;CENPF:x2=19.21,P<0.001;HMMR:x2=18.82,P<0.001;KIF15:x2=16.24,P<0.001)存在统计学意义的关联.结论 miR-3607-3p可作为一种抑癌基因参与HCC发生、发展,并具有成为HCC诊断标志物、预后指标及治疗靶点的潜在应用价值.
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编辑人员丨2023/8/6
