目的:通过TCGA数据库中膀胱尿路上皮癌(BLCA)中炎症反应相关基因(IRRGS)的表达数据和临床数据，构建BLCA分子亚型和预后分子标签，探索其在BLCA中的预后作用。方法:检索TCGA数据库中412例BLCA患者的转录组数据及临床预后数据，利用R语言中NMF包对BLCA中的IRRGS表达进行无监督聚类分析，构建基于IRRGS的BLCA分子亚型，探索不同亚型的预后情况和肿瘤微环境情况；采用LASSO-Cox回归进行BLCA预后相关甲基化标志物筛选，并构建预后分子标签，进一步分析其在BLCA中的预后作用。结果:基于BLCA转录组数据和生存数据，发现200种IRRGS中有33种基因与BLCA预后相关(均 P<0.05)，基于33种IRRGS构建BLCA分子亚型，将412例BLCA患者分为3个亚组，不同亚型具有不同预后，且不同亚型具有不同肿瘤微环境；基于33种IRRGS采用LASSO-Cox回归分析从中筛选出9种与BLCA预后相关IRRGS(DCBLD2、IL-10、IRAK2、IRF1、LDLR、PVR、RIPK2、SEMA4D、TLR2)，并联合9种IRRGS构建预后分子标签，结果显示，该分子标签可以很好地判断BLCA患者预后。 结论:基于IRRGS构建的BLCA分子亚型，不同亚型间预后不同；不同亚型间肿瘤微环境不同。基于9种IRRGS构建的BLCA预后分子标签可以很好地判断BLCA预后，提示IRRGS在BLCA中可发挥重要作用。

目的:总结儿童白细胞介素1受体相关激酶4（IRAK4）缺陷症的临床特点。方法:回顾性分析2019年6月至2020年8月多次入住深圳市儿童医院神经内科的1例确诊IRAK4缺陷症患儿的临床资料及诊治经过，并分别以“IRAK4基因变异”“白细胞介素1受体相关激酶4缺陷症”“IRAK4 gene variation”“IRAK4 deficiency”为检索词分别在中国知网、万方、维普及PubMed数据库查询建库至2021年1月的相关文献，总结分析该病的临床特点。结果:患儿 男，6岁，易反复患呼吸道感染性疾病，予抗菌药物治疗后好转，临床表现有严重的肺炎链球菌脑膜脑炎、多发性硬化、侵袭性椎间盘炎、炎性骨质破坏。家系全外显子测序显示其IRAK4基因存在1个纯合移码变异：NM_016123. 3：c.540del（p.Phe180Leufs*26），父母均为杂合子。10篇英文文献共详细报道23例，加上本例，合计24例患儿，其中男13例、女11例，起病年龄8日龄至7岁，主要表现为复发性侵袭性细菌感染23例，肺炎链球菌脑膜炎11例，肺炎链球菌和（或）金黄色葡萄球菌败血症9例，铜绿假单胞菌脑膜炎、沙门菌感染、金黄色葡萄球菌皮肤脓肿、复发性病毒感染各1例。有2例合并自身免疫性疾病，1例为自身免疫性脑炎，1例为幼年特发性关节炎。24例患儿中10例死亡，其中9例在婴儿期死亡。存活患儿中多确诊早且预防性使用抗菌药物和静脉注射用人免疫球蛋白，但易感性逐年降低，14岁可接近正常儿童。24例患儿中IRAK4基因纯合变异21例，复合杂合变异3例。共有15种变异，移码变异9种、无义变异4种、错义变异2种。有一个备选变异热点：c.877 C>T，有3例。结论:IRAK4缺陷症主要表现为复发侵袭性细菌感染，以肺炎链球菌脑膜炎或败血症多见，少数伴自身免疫性疾病。婴儿期病死率高，早期确诊并治疗可避免重症或病死。

目的:筛选T-2毒素致大鼠关节软骨细胞损伤的差异表达环状RNA（circular RNA，circRNA），探索软骨损伤机制。方法:将24只SD大鼠（雄性，体重为60 ~ 80 g）按随机数字表法分为T-2毒素组和对照组，每组12只，分别给予100 ng·g -1·d -1 T-2毒素和等量去离子水灌胃处理，干预4周后，收集关节软骨进行转录组学测序。采用Deseq2软件[ P < 0.05且|log 2（fold change）| > 1，fold change为差异表达倍数]筛选大鼠差异表达circRNA。基于内源竞争RNA（competing endogenous RNAs，ceRNA）假说，采用miRanda软件预测差异表达circRNA的微小RNA（microRNA，miRNA，miR）靶点，Cytoscape 3.10.0软件绘制circRNA-miRNA相互作用网络。采用MiRWalk 3.0、MiRDB、miRTarBase软件预测下游靶基因，Cytoscape 3.10.0软件绘制circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络图。采用基因本体论（Gene Ontology，GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）通路分析靶基因的生物学功能及富集通路。 结果:共筛选出19个差异表达circRNAs（10个上调、9个下调）。预测得到1 320个miRNAs靶点和16个靶基因。靶基因富集分析发现，丝裂原活化蛋白激酶（mitogen-activated protein kinase，MAPK）和核因子κB（nuclear factor-kappa B，NF-κB）信号通路显著富集（均 P < 0.05）；肿瘤坏死因子受体相关因子6（tumour necrosis factor receptor-associated factor 6，Traf6）和白细胞介素-1受体相关激酶1（interleukin-1 receptor-associated kinase 1，Irak1）富集在MAPK和NF-κB信号通路中，其对应的miRNA和circRNA分别为miR-146a-5p和chr2：94716330|94720889。 结论:成功筛选出19个大鼠关节软骨细胞损伤差异表达circRNAs，其中chr2：94716330|94720889可通过miR-146a-5p/Traf6/Irak1轴调控MAPK和NF-κB信号通路，诱导关节软骨细胞损伤。

目的 基于生物信息学技术和机器学习算法筛选急性心肌梗死(AMI)核心基因,并采用细胞实验进行验证.方法 本实验时间为2021-2022年.从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的高通量基因表达(GEO)数据库下载与AMI相关的3个mRNA基因芯片数据集(GSE34198、GSE66360和GSE83500),其中GSE66360和GSE83500为测试集,GSE34198为验证集.运用R 4.2.0软件中的"limma包"筛选GSE66360和GSE83500中差异表达基因.使用LASSO回归方法缩小差异表达基因的范围,然后使用支持向量机-递归特征消除(SVM-RFE)方法在差异表达基因中寻找特征基因,取两种机器学习算法的交集,即为核心基因.比较测试集中AMI组和对照组核心基因表达水平,绘制ROC曲线以评估核心基因表达水平对测试集、验证集受试者发生AMI的预测价值.将衰老心肌细胞随机分为正常氧组和缺氧/复氧组,其中正常氧组心肌细胞常规培养;缺氧/复氧组心肌细胞缺氧3 h后复氧2 h,以制备AMI细胞模型.采用qPCR法检测心肌细胞IL1R2、NR4A2、TREM1 mRNA相对表达量.结果 从GSE66360和GSE83500中筛选出145个AMI差异表达基因.在差异表达基因中,通过LASSO回归分析筛选出10个特征基因,通过SVM-RFE方法筛选出10个特征基因,取交集得到9个核心基因,分别为NFIL3、IL1R2、NR4A2、IRAK3、VCAN、CCL20、TREM1、LYZ、ITLN1.在测试集中,AMI组仅IL1R2、NR4A2、TREM1表达水平高于对照组(P＜0.05).ROC曲线分析结果显示,IL1R2、NR4A2、TREM1表达水平预测测试集受试者发生AMI的AUC分别为0.648[95%CI(0.534～0.756)]、0.623[95%CI(0.511～0.728)]、0.622[95%CI(0.502～0.730)];IL1R2、NR4A2、TREM1表达水平预测验证集受试者发生AMI的AUC分别为0.834[95%CI(0.761～0.898)]、0.866[95%CI(0.802～0.923)]、0.808[95%CI(0.729～0.880)].缺氧/复氧组心肌细胞IL1R2、NR4A2、TREM1 mRNA相对表达量高于正常氧组(P＜0.05).结论 IL1R2、NR4A2、TREM1是AMI核心基因,三者有望成为AMI潜在的生物标志物.

目的 探讨MYD88基因过表达对人弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B cell lymphoma,DLBCL)细胞增殖、凋亡的影响及其作用机制.方法 采用质粒转染法将过表达MYD88 L265P基因的pEGFP-C2-MYD88转染DLBCL细胞;实验分为空白对照组、阴性对照组和MYD88 L265P过表达组.倒置荧光显微镜下观察MYD88 L265P过表达后荧光表达;运用RT-PCR、West-ern blot法检测MYD88 L265P过表达前后DLBCL细胞的MYD88 L265P、IRAK4、NF-κB和BCL2的mRNA及蛋白表达水平;应用CCK-8法检测DLBCL细胞增殖;采用Hoechst染色法检测DLBCL细胞凋亡情况.结果 MYD88 L265P过表达后,与空白对照组(0.670 4±0.017 5)和阴性对照组(0.715 3±0.019 6)相比,MYD88 L265P过表达组(1.157 2±0.010 2)的增殖率显著增高,均有统计学意义(P均＜0.05).MYD88 L265P过表达后,与空白对照组(0.69±0.04)和阴性对照组(0.81±0.07)相比,MYD88 L265P过表达组(0.48±0.05)的凋亡率明显降低,均有统计学意义(P均＜0.05).MYD88 L265P过表达后,与空白对照组(mRNA:1.015 8±0.011 5、0.987 3±0.010 2、1.007 6±0.015 3;蛋白:0.183 4±0.058 9、0.096 8±0.015 7、0.147 5 ±0.041 8)和阴性对照组(mRNA:0.913 2±0.009 8、1.003 2±0.015 6、0.932 7±0.011 2;蛋白:0.187 9±0.042 3、0.088 9± 0.051 3、0.134 8±0.050 1)相比,MYD88 L265P过表达组IRAK4、NF-κB和抗凋亡蛋白BCL2的mRNA(3.243 2±0.013 6、2.976 6±0.021 3、1.585 9±0.019 8)及蛋白表达(0.452 7±0.052 4、0.218 9±0.047 5、0.301 4±0.059 8)明显增高,均有统计意义(P均＜0.05).结论 MYD88 L265P过表达后,DLBCL细胞的凋亡率下降,细胞增殖率上升,其机制可能与MYD88 L265P基因突变激活和放大了NF-κB通路,促进抗凋亡蛋白BCL2的过表达有关.

目的 探讨微小RNA-146a(miR-146a)在小鼠肾脏缺血再灌注损伤(IRI)中的表达和具体作用机制.方法 取8～10周龄的雄性C57BL/6小鼠,随机分为3组:假手术对照组;miR-146a的反义核苷酸联合缺血再灌注(I/R)干预组(anti-miR-146a+ I/R组)于小鼠尾静脉注射锁核苷酸(LNA)修饰的miR-146a的反义核苷酸(anti-miR-146a),继之行I/R手术;阴性对照寡核苷酸(anti-scrambled)联合I/R干预组(anti-scrambled+I/R组)于小鼠尾静脉注射LNA修饰的anti-scrambled反义核苷酸,继之行I/R手术.恢复灌注后每组分别于6、24、48 h各处死6只小鼠并留取血液和肾组织标本.为观察I/R小鼠肾脏miR-146a表达的时相变化,分为假手术组和I/R手术组(I/R组),分别于恢复灌注后1、3、5和7d每组各处死4只小鼠取肾组织标本.使用QuantichromTM肌酐测定试剂盒测定小鼠血清肌酐(sCr)浓度;采用过碘酸-雪夫(PAS)染色和Jablonski评分法评估肾组织的病理改变;TUNEL法检测细胞凋亡情况;通过实时PCR检测miR-146a及其靶基因TNF受体相关因子6(TRAF6)和IL-1受体相关激酶1(IRAK-1)和细胞因子[TNF-α、IL-1β、IL-6、IL-10、单核细胞趋化因子(MCP-1)]表达;Western印迹法检测miR-146a靶基因TRAF6和IRAK-1蛋白的表达.结果 与假手术组比较,I/R组小鼠肾组织miR-146a的表达随时间延长而上调,7d到达高峰.与假手术对照组、anti-scrambled+I/R组比较,6、24、48 h时miR-146a在anti-miR146a+I/R组的表达显著下降(P值均＜0.05).但抑制miR-146a的表达并没有使anti-miR-146a+ I/R组小鼠sCr水平明显上升,在24 h时,anti-miR-146a+ I/R组与anti-scrambled+ I/R组sCr水平的差异无统计学意义(P＞0.05),这两组小鼠TRAF6和IRAK-1合成、肾脏细胞凋亡和炎性细胞因子表达的差异均无统计学意义(P值均＞0.05).结论 IRI可以上调miR 146a表达,但在再灌注早期(6～48 h)抑制miR-146a并不会进一步加重肾脏IRI.

目的 探讨脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)对奶牛乳腺成纤维细胞(bovine mammary fibroblast,BMFB)增殖速率、胞内Toll样受体(Toll-like receptor,TLR)及其信号通路相关基因rnRNA表达水平的影响.方法 原代培养BMFB,用LPS(终浓度10 μg/mL)刺激BMFB不同时间后,经CCK-8法检测BMFB的增殖速率,实时荧光定量PCR法检测BMFB胞内TLR及其信号通路相关分子mRNA的表达水平.结果 LPS刺激BMFB 0、1、3h后,BMFB增殖速率差异无统计学意义(P＞0.05),LPS刺激BMFB 6 h开始,试验组BMFB的增殖速率明显快于对照组(P＜0.05).与对照组比较,LPS刺激BMFB 12 h后,TLR2、TLR4、信号转导通路激活核转录因子κB(nuclear factor of kappa B,NF-κB)、肿瘤坏死因子受体相关因子6(TNF receptor associated factor 6,TRAF6)、白介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)、IL-6、IL-8、肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor alpha-α,TNF-α)和白细胞介素-1受体相关激酶1(interleukin-1 receptor associated kinase 1,IRAKl)基因mRNA表达水平显著升高(P＜0.05),髓样分化因子88(myeloid differentiation factor 88,MyD88)基因mRNA的表达水平差异无统计学意义(P＞0.05).结论 BMFB可能通过TLR2和TLR4识别LPS,并与NF-κB信号通路级联诱导炎性细胞因子和趋化因子的释放,参与奶牛乳腺先天性免疫应答.

目的·扩增干扰素调节因子3(interferon regulator factor 3,IRF3)短发夹RNA(short hairpin RNA,shRNA)腺病毒,并研究该病毒对脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)刺激诱导Raw264.7细胞核内白介素受体相关激酶1结合蛋白1(interleukin-1 receptor associated kinase 1 binding protein 1,Irak1bp1)表达的影响.方法·IRF3 shRNA腺病毒的扩增在人胚肾293 T(HEK293T)细胞中进行,并采用TCID 50法测定病毒滴度.Raw 264.7细胞随机分为4组,1组为腺病毒(-)LPS(-),2组为腺病毒(-)LPS(+),3组为腺病毒(+)LPS(-),4组为腺病毒(+)LPS(+).细胞IRF3基因表达采用real-time PCR方法检测;核内IRF3及Irak1bp1的表达采用Western blotting方法检测.结果·经计算扩增腺病毒滴度为2.2×1011PFU/mL,最佳MOI为300.LPS刺激后Raw 264.7细胞内IRF3 mRNA较对照组明显增加,核内IRF3 蛋白及Irak1bp1表达也明显增加;IRF3 shRNA腺病毒应用后,细胞对IRF3 mRNA的组成性表达及LPS刺激诱导的IRF3 mRNA和核内蛋白质表达均明显受抑,但未刺激状态下IRF3蛋白核内组成性表达无明显影响;IRF3 shRNA 腺病毒应用对细胞静息及LPS刺激诱导的核内Irak1bp1表达并无影响.结论·IRF3 shRNA腺病毒能够有效抑制LPS刺激诱导的核内IRF3的表达,但并不影响核内Irak1bp1的表达.

目的 探讨芍药苷( PF)对高糖刺激的小鼠骨髓来源的巨噬细胞( BMDMs) Toll 样受体4 ( TLR4)信号通路的影响.方法 分离骨髓来源的巨噬细胞作为研究对象,高糖作为刺激因素,芍药苷作为干预因素分组.将BMDMs分为7组:正常糖对照组( LG 组)、正常糖对照 +PF 组( LG +PF组)、高糖刺激组(HG组)、高糖刺激+PF组( HG+PF组)、TLR4 -/ -对照组(TLR4 -/-组)、TLR4 -/ -对照+高糖刺激组(TLR4 -/ -+ HG 组)、 TLR4 -/ -对照 + 高糖刺激 + PF 组(TLR4-/ -+HG+PF组).流式细胞术鉴定巨噬细胞的纯度及成熟度;CCK-8 检测 PF对 BMDMs活力的影响;Transwell检测各组BMDMs 的趋化功能;激光共聚焦法检测各组的TLR4和诱生型一氧化氮合酶( iNOS)的协同表达;qRT-PCR测定各组细胞中的肿瘤坏死因子α(TNF-α)、白细胞介素1β (IL-1β)、单核细胞趋化因子-1(MCP-1)及iNOS mRNA的转录表达;Western blot法检测各组总蛋白中iNOS、TLR4、髓样分化因子88( MyD88)、TIR结构域衔接蛋白( Trif)、磷酸化白介素-1受体相关激酶(p-IRAK1)、磷酸化干扰素调节因子3(p-IRF3)、核因子κB(NF-κB)p65和NF-κBp-p65蛋白的表达;ELISA法检测各组细胞培养上清液中促炎因子TNF-α、IL-1β和MCP-1的分泌情况.结果 与LG组比较,高糖刺激可以增加巨噬细胞的趋化功能;明显上调细胞TNF-α、IL-1β、MCP-1及iNOS mRNA的转录表达(P＜0. 01);同时HG组的iNOS 及 TLR4、MyD88、Trif、p-IRF3、NF-κBp65 和 NF-κBp-p65等信号通路蛋白表达水平明显增强(P＜0. 01);细胞培养上清液中分泌的 TNF-α、 IL-1β 及 MCP-1 水平增高( P ＜0. 01). PF和敲除TLR4基因均可以抑制高糖刺激导致的巨噬细胞的激活效应.结论 高糖可以诱导BMDMs细胞内的TLR4及下游信号传导通路表达上调,同时使巨噬细胞激活导致促炎因子表达上调;PF和敲除TLR4基因均可抑制TLR4信号通路的激活,并且使巨噬细胞促炎因子的表达下调.

目的 探讨沉默白细胞介素1受体相关激酶4(IRAK4)基因对高糖诱导的心肌细胞炎症因子分泌及凋亡的影响.方法 分别将siRNA阴性对照和siRNA IRAK4转染H9C2心肌细胞,并进行高糖干预.实验分为正常对照组(采用含5.5 mmol/L D-葡糖糖的正常培养基培养细胞)、高糖对照组(正常培养基培养24 h后更换为含33 mmol/L D-葡糖糖的高糖培养基培养72 h)、高糖+siRNA-NC组(转染siRNA阴性对照24 h后更换为高糖培养基)、高糖+siR-NA-IRAK4组(转染siRNA IRAK424 h后更换为高糖培养基).细胞计数试剂盒(CCK-8)检测细胞的活力,流式细胞术检测细胞的凋亡率,酶联免疫吸附测定法(ELISA)测定细胞中白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平,蛋白质印迹法(Western Blot)检测细胞中IRAK4蛋白、磷酸化p38丝裂原活化蛋白激酶(p-p38MAPK)、核转录因子 κB(NF-κB)蛋白水平.结果 与正常对照组相比,高糖条件显著上调心肌细胞中IRAK4蛋白(P<0.05),抑制细胞的活力、促进其凋亡(P<0.05),提高炎症因子IL-6、TNF-α水平(P<0.05),上调p-p38MAPK、NF-κB蛋白水平(P<0.05);沉默高糖诱导的心肌细胞中IRAK4的表达量显著提高心肌细胞活力(P<0.05)、降低其凋亡率(P<0.05),抑制炎症因子IL-6、TNF-α水平(P<0.05),下调p-p38MAPK、NF-κB蛋白水平(P<0.05).结论 沉默IRAK4显著抑制高糖诱导的心肌细胞的凋亡,提高细胞的活力,可能通过调节p38MAPK、NF-κB活性及其下游炎症介质的表达调控.