目的:鉴定分子遗传学水平上与葡萄膜黑色素瘤(UM)转移和预后相关的潜在标志物。方法:收集肿瘤基因组图谱数据库中2007—2019年80例UM样本的信息，根据是否发生转移分为转移组18例和非转移组62例。采用R软件中的maftools函数包分析UM样本中的基因突变种类、变异类型、单核苷酸变异(SNV)类型和基因突变比例，计算肿瘤突变负荷；采用R软件中的edgeR软件包分析转移组和非转移组间的差异表达基因(DEGs)；采用KOBAS工具对DEGs的京都基因与基因组百科全书通路进行富集，筛选出预后相关基因。采用survival函数包建立Cox回归模型验证基因突变情况和DEGs的预后评价。结果:UM基因突变中以错义突变为主，主要变异类型为SNV，UM基因突变负荷低。与非转移组相比，转移组中存在562个DEGs，在基因集富集分析中，3条与眼部疾病和癌症相关的通路显著富集，分别为玻璃体视网膜变性、癌症相关蛋白多糖和PI3K-Akt信号通路。转移组 BAP1、 FOXO3和 ITPR2基因表达量分别为2 982.50(1 251.50，5 637.00)、1 223.00(914.75，2 706.25)和2 201.50(570.75，4 814.00)，与非转移组的5 225.00(2 281.25，8 784.00)、2 293.50(1 254.25，3 693.75)和474.00(153.00，1 437.75)比较，转移组 BAP1和 FOXO3表达量显著下调， ITPR2表达量显著上调，差异均有统计学意义( Z＝-1.786、-1.982、-3.065，均 P<0.10)。采用Cox模型单因素分析显示， BAP1基因突变、 FOXO3基因表达下调和 ITPR2基因表达上调与不良预后显著相关(均 P<0.10)。 结论:BAP1基因突变、 FOXO3基因下调和 ITPR2基因上调可作为UM转移和预后的潜在生物标志物。

目的:评估基于 18F-FDG PET的影像组学模型在术前预测肺腺癌(LAC)脉管浸润(LVI)及脏层胸膜侵犯(VPI)的价值。 方法:对2018年8月至2022年8月期间在南京医科大学附属泰州人民医院经手术病理确诊的87例LAC患者[男42例、女45例，年龄为(64.6±9.0)岁；共90个病灶]进行回顾性分析，基于PET图像提取、筛选影像组学特征，使用支持向量机(SVM)、逻辑回归(LR)、决策树(DT)和K-最近邻(KNN)算法构建机器学习模型；采用分层抽样法(Python中的StratifiedkFold函数)将数据按8∶2分成训练集和测试集，使用5折交叉验证法验证模型性能的稳定性并绘制ROC曲线，计算并比较AUC(Delong检验)，评价影像组学模型预测LAC LVI及VPI的价值。结果:SVM、LR、DT、KNN模型预测LAC患者LVI的训练集AUC分别为0.91、0.90、0.91、0.91，测试集AUC为0.85、0.87、0.77、0.78；在预测VPI时，训练集AUC分别为0.86、0.86、0.84、0.81，测试集分别为0.82、0.80、0.69、0.78；SVM模型F1分数最佳，预测LVI和VPI时分别为0.59和0.66。4种模型间AUC差异无统计学意义( z值：－1.46～1.71，均 P>0.05)。 结论:基于 18F-FDG PET影像组学特征构建的机器学习模型对于术前预测LAC患者LVI及VPI均表现出良好的效能，有助于对LAC的风险分层及临床决策的制定。SVM模型在预测LVI和VPI中性能最佳。

目的:利用临床基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪Clin-Tof-II构建多肽模型，研究地中海贫血胎儿羊水的多肽质谱变化规律。方法:选取2015年6月-2016年6月来深圳市龙岗区妇幼保健院进行介入性产前诊断的同型地中海贫血基因携带孕妇83例为研究对象，留取羊水标本5 mL并分组。根据 α、 β基因缺失情况分为轻型地中海贫血(地贫1组)50例，重型地中海贫血(地贫2组)33例，同时以50例正常羊水标本为对照组，进行多肽组学测序分析。 结果:通过对正常对照与地贫1和地贫2羊水多肽质谱数据分析，得到134( P<0.05)个差异多肽峰，其中显著性差异多肽峰( P<0.01)32个，极显著性差异多肽峰( P<0.001)102个。其中89号(M/Z 3239.9)和14号(M/Z 1173.9)差异峰的重现性较好。根据极显著差异多肽峰14号(M/Z 1172.4)和89号(M/Z 3239.9)，建立K-近邻模型KNN和径向基函数网络RBF，为评估高危地贫胎儿提供临床价值。 结论:羊水多肽质谱模型能够准确区分正常对照与地中海贫血患者，但尚需更进一步研究证实。

目的:构建长链非编码RNA(long non-coding RNA，LncRNA)表达特征的乳腺癌患者预后的预测模型。方法:分析癌症基因组图谱(the cancer genome atlas，TCGA)数据库1 081例乳腺癌患者的转录组测序数据中LncRNA表达图谱及临床特征，对TCGA数据库中112对配对的乳腺癌及正常乳腺组织的转录组测序数据进行差异表达分析和单因素分析筛选得到差异表达且与乳腺癌患者预后显著相关的LncRNA(DELncRNA)，利用DEseq2包进行差异表达分析(为减弱批次效应，测序数据已用DESeq函数标准化)。1 081例乳腺癌患者被分成两组：训练集(541例)和验证集(540例)。将DELncRNA纳入Cox比例风险回归模型，在训练集中筛选和建立多LncRNA预后模型并对模型进行比例风险假定检验(proportional hazards assumption，PH假定检验)，计算多基因风险评分，并基于此将患者分为高风险组和低风险组，采用Kaplan-Meier方法进行生存分析，并用验证集540例患者的数据进行验证。评价该模型在TCGA数据库肺鳞癌和肝细胞肝癌等患者中的预后评估价值。基因集富集分析(gene set enrichment analysis，GSEA)分析LncRNA影响患者生存的具体机制。结果:转录组测序分析筛选得到2 815个差异表达基因，其中与乳腺癌患者预后显著相关的LncRNA共91个( P<0.05)。利用541例训练集乳腺癌患者的91个DELncRNA表达数据进行Cox回归分析，构建了基于5个LncRNA的Cox比例风险回归模型(训练集AUC＝0.746，验证集AUC＝0.650)：AC004551.1、MTOR-AS1、KCNAB1-AS2、FAM230G和LINC01283，并进行PH假定检验( P＝0.388)。K-M生存分析发现，训练集中高风险组的生存明显差于低风险组(中位生存时间：7.049年与12.21年， HR 0.367，95% CI 0.228～0.597， P<0.001)，在验证集中高风险组患者生存时间也明显短于低风险组(中位生存时间：7.57年与10.85年， HR 0.412，95% CI 0.214～0.793， P<0.001)。在TCGA其他癌种中也得到相似的预测结果：肺鳞癌( HR 0.604，95% CI 0.383～0.951， P＝0.007)及肝细胞肝癌( HR 0.551，95% CI 0.307～0.987， P＝0.011)。GSEA结果提示，上述5个LncRNA的表达模式与肿瘤细胞的细胞周期调控有关。 结论:基于AC004551.1、MTOR-AS1、KCNAB1-AS2、FAM230G和LINC01283表达谱构建的预后模型可用于预测乳腺癌患者的预后，有利于进一步指导临床治疗。

为揭示盐胁迫下不同核桃基因型的适应机制及耐盐性差异,筛选耐盐性较强的种资资源,研究了盐胁迫下3种不同基因型核桃幼苗叶、根解剖结构和营养元素的变化.以北加州黑核桃(J1)、杂种核桃'中宁异'(J2)、'新新2号'核桃(J3)一年生实生幼苗为材料,在盆栽条件下进行NaCl胁迫(0、50、100、200 mmol/L),研究幼苗叶、根解剖结构和Na、K、Ca、Mg、Fe、Cu、Zn含量的变化及其吸收、运输和分配特征.结果表明:盐胁迫下,J1的叶片、上表皮、下表皮、栅栏组织和海绵组织的厚度、根维管束直径下降;J2的叶片、上表皮、下表皮、栅栏组织、海绵组织和皮层的厚度、栅海比、组织紧密度、维管束和导管的直径、皮层厚度占径比随盐浓度的增加呈先增加后降低趋势;盐处理下,J3的叶片、下表皮、栅栏组织的厚度、栅海比、皮层厚度占径比下降.随盐浓度的增加,Na含量呈上升趋势,在200 mmol/L下大幅度增加,J1、J2、J3叶中Na增幅为412.00％、130.05％、577.08％;K、Ca、Mg、Fe、Cu、Zn的吸收受到盐胁迫影响,K/Na、Ca/Na、Mg/Na降低,其中J2叶的K/Na、Mg/Na降幅最小,营养元素转运能力高于J1和J3.核桃幼苗通过加强根输导组织对K、Ca、Mg的选择性吸收和运输能力,维持叶片的基本结构与功能,从而抵御盐胁迫.主成分分析与隶属函数相结合得出耐盐强弱依次为杂种核桃'中宁异'＞'新新2号'核桃＞北加州黑核桃.

污染型企业作为黄河流域生态保护和高质量发展间的矛盾集合体,优化调控其空间布局是促进黄河流域生态和经济协同发展的重要举措.构建污染型企业空间点数据库,利用标准差椭圆、核密度分析、Ripley's K函数及空间自相关等多种空间分析方法刻画1979-2020年黄河流域污染型企业空间分布特征,采用地理探测器分析其与自然环境、经济环境等地理环境关系.结果表明:①污染型企业紧密围绕黄河干支流分布,且存在向黄河源头扩张的趋势.②污染型企业在黄河流域具有显著空间集聚性,总体呈现出"中心集聚""中心集聚-多点分散""中心集聚连片-多点分散"和"中心集聚连片"四种空间集聚形态,且集聚程度随距离尺度增加先增强后减弱.当污染型企业集聚程度最高时,其空间分布范围呈扩张趋势.③经济因素为黄河流域污染型企业空间分布的主导因素,但社会因素和其他因素的交互作用对其空间分布的影响力更强,污染型企业空间关联类型同流域经济社会发展差异呈现显著俱乐部趋同效应.研究为污染型企业在黄河流域的空间布局优化调控提供支撑.

目的 基于细胞焦亡基因构建前列腺癌(PCa)预后模型并分析其肿瘤微环境.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取502例PCa患者和51例健康者的基因转录组数据、基因突变数据,提取差异表达的细胞焦亡基因.从基因表达综合(GEO)数据库中获取96例PCa患者的临床特征及细胞焦亡基因表达数据,筛选出与预后相关的细胞焦亡基因.从ImmPort数据库中下载免疫细胞数据.采用聚类分析确定PCa患者的最佳亚型分组并采用主成分分析(PCA)进行验证.对不同亚型PCa患者的差异交集基因进行基因本位(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.将单因素Cox分析获得的显著差异表达基因纳入Lasso回归模型,获取与预后相关的基因.将PCa患者随机均等分为训练集和测试集,分别进行Lasso回归分析,根据训练集风险评分的中位值将训练集、测试集分为高风险组和低风险组.采用多因素Cox回归模型分析PCa患者预后的独立影响因素并构建预后模型.应用R语言包分析细胞焦亡基因与免疫细胞含量、干细胞含量与风险评分的相关性及高低风险组患者的肿瘤突变负荷差异.结果 差异分析获得37个显著差异表达的细胞焦亡基因.根据细胞焦亡基因的表达量及临床数据分析,获得10个与PCa预后相关的细胞焦亡基因.根据累积分布函数图的K值将PCa分为A、B、C三个亚型,且经PCA分析验证分型结果可靠.GO及KEGG富集分析结果显示,109个差异交集基因主要通过细胞外基质组织(EMO)、细胞外结构组织(ESO)、肽基酪氨酸磷酸化(PTP)、肽基酪氨酸修饰(PTM)等通路激活蛋白酪氨酸激酶(PTK)、跨膜受体蛋白激酶(TRPK)等分子功能.Lasso回归模型筛选出B细胞淋巴瘤/白血病3(BCL3)、骨形成蛋白2(BMP2)、C-C趋化因子受体5(CCR5)、几丁质酶3样蛋白2(CHI3L2)、肝癌缺失蛋白1(DLC1)、主要组织相容性复合体Ⅱ类DQ alpha2(HLA-DQA2)、分泌球蛋白家族3A成员1(SC-GB3Al)、serpin家族E成员1(SERPINE1)、溶质载体家族14成员1(SLC14A1)9个与预后相关的基因.差异分析显示,训练集与测试集预后情况大致相同,且随着风险评分的升高,患者死亡人数增加.多因素Cox分析结果显示,年龄、肿瘤分期(T分期、N分期)、风险程度均是PCa患者预后的独立影响因素.预后模型预测PCa患者第6、9、12年的生存情况与患者的实际生存情况比较相符.相关性分析显示,免疫细胞与细胞焦亡基因存在相关性(P＜0.01).对高风险组(n=376)与低风险组(n=126)进行差异分析,结果显示,高风险组患者的基质细胞评分和肿瘤突变负荷均明显高于低风险组,差异均有统计学意义(P＜0.01).干细胞含量与风险评分呈正相关(P＜0.01).结论 本文成功构建了基于细胞焦亡基因的PCa预后模型,并进行了肿瘤微环境分析,发现了 BCL3、BMP2、CCR5、CHI3L2、DLC1、HLA-DQA2、SCGB3A1、SERPINE1、SLC14A 1 9 个细胞焦亡基因,可预测 PCa 患者的预后和免疫治疗反应,有利于进一步指导临床实践.

目的 分析2型糖尿病(T2DM)发生与多溴联苯醚(PBDEs)暴露的关系,通过机器学习方法构建T2DM发生的预测模型并进行评价.方法 在NHANES数据库筛选出1 425例研究对象,其中非T2DM患者1 132例、T2DM患者293例.比较非T2DM患者与T2DM患者的临床资料,取有统计学差异的临床资料进一步进行boruta特征筛选,以明确T2DM发生与PBDEs的关系及其影响因素.将筛选出的T2DM发生影响因素输入R软件,并使用R软件creatDataPartition函数将数据按照80%训练集及20%验证集随机划分.使用逻辑回归、极致梯度提升(XGBoost)、轻量梯度提升、自适应增强、K近邻、朴素贝叶斯及支持向量机等7种算法构建机器学习模型,将训练集输入模型进行训练,将验证集输入模型使用十折交叉验证对进行模型进行内部验证.结合ROC曲线以及曲线下面积(AUC)对模型进行评价,选择新疆医科大学一附院内分泌科就诊的成人T2DM患者71例及健康体检者100例对效能最好的预测模型进行外部验证.使用SHAP工具分析高效能预测模型的可解释性,判断模型在决策过程中各个特征的重要性.结果 T2DM患者BMI、腰围、受教育程度、有糖尿病家族史比例、血清高密度脂蛋白及血清BDE-28、BDE-47、BDE-99、BDE-183、BDE-209浓度均高于非T2DM患者(P均<0.05),Boruta特征筛选出腰围、BMI、糖尿病家族史及血清BDE-47、BDE-99、BDE-28、BDE-209、BDE-183作为T2DM发生的影响因素纳入机器学习算法建立T2DM发生的预测模型.在训练集及验证集的内部验证中,XGBoost模型AUC值均最高,且准确度、Kappa值、灵敏度及特异度均位于前列,故选择XGBoost模型作为高效能预测模型.外部验证结果显示,XGBoost模型的准确度为0.702、灵敏度为0.549、特异度为0.787、AUC(95%CI)为0.674(0.575～0.773).SHAP工具对XGBoost模型的预测情况进行解释性分析结果显示,腰围、血清BDE-47为最重要的预测特征,同时血清BDE-99、BDE-209及BMI、糖尿病家族史在模型中具有较高的重要性,而血清BDE-28、BDE-183在模型中重要性相对较低.结论 血清BDE-47、BDE-99、BDE-28、BDE-209、BDE-183为T2DM发生的独立影响因素,基于血清PBDEs及腰围、BMI、糖尿病家族史建立的XGBoost模型对T2DM发生的预测效能较高,在T2DM发生的预测方面具有一定价值.

目的:探究橙皮苷对人舌鳞状细胞癌Tca-8113细胞的抑制作用并探索其作用机制.方法:用不同浓度橙皮苷体外培养人舌鳞状细胞癌Tca-8113细胞.MTT实验检测细胞增殖活性;流式细胞术检测细胞凋亡.网络药理学预测橙皮苷作用于Tca-8113细胞的潜在靶点;构建蛋白质蛋白质互作网络(PPI);进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.Q-PCR检测不同浓度橙皮苷对Tca-8113细胞相关mRNA表达水平的影响;分子对接预测橙皮苷与核心靶点的结合能,评分函数来判断结合能强弱.结果:橙皮苷对Tca-8113细胞显示浓度依赖性增殖抑制和促凋亡作用(P＜0.05);KEGG富集分析橙皮苷调控口腔鳞状细胞癌涉及的关键基因靶点可能与PI3K-Akt、MAPK和Ras等信号通路有关;Q-PCR结果显示MAPK8、HSP90AA1和MAPK1(ERK2)的mRNA表达水平差异具有统计学意义(P＜0.05);分子对接结果显示橙皮苷与MAPK1(ERK2)结合力最强.结论:橙皮苷可能通过调控Ras/Raf/MEK/ERK信号通路抑制Tca-8113细胞增殖并促进凋亡.

林分空间格局研究对认识和理解森林群落结构的生态学过程具有重要作用.适宜的样地尺度不仅可以有效降低工作和时间成本,也可以提高林分属性的精确估计.同时,抽样尺度的适宜程度对科学评价林分空间结构调整也具有重要的现实意义.以关帝山庞泉沟4 hm2云杉次生林固定监测样地为研究对象,运用样地划分法和空间点格局的K2函数,评估了林分主要树种空间格局随样地面积变化的规律.结果表明:通过重要值排序,选取云杉(青杆+白杆)、华北落叶松、桦树(白桦+红桦)+其它阔叶树(花楸+辽东栎+山杨+山楂)作为主要树种(组).随着样地尺度的减小(从4 hm2到0.25 hm2),空间分布格局主要表现为较小尺度(≤4m)的聚集分布过度为随机分布与均匀分布,以及聚集和随机分布交替出现.所有树种的次级样地与参考样地的一致性指数差异显著,云杉和华北落叶松组合1 hm2样地一致性指数最高,而桦树和其它阔叶树完整1 hm2样地一致性指数最高;此外,云杉、华北落叶松和桦树0.25 hm2样地与组合1 hm2样地空间格局一致性指数组间差异显著.研究认为1 hm2样地尺度可以作为该地区云杉次生林空间分布格局的最小尺度.研究为探索云杉次生林空间格局的变化规律及样地抽样尺度的选取方面,提供了一定的理论基础和技术依据.