遗传性痉挛性截瘫58型是由KIF1C基因突变所致的罕见遗传病。本文报道1例我院收治的病例，以提高临床医师对该病的认识。患者为15岁女性，以震颤、小脑性共济失调、痉挛性截瘫为主要临床表现，颅脑磁共振成像可见双侧对称性锥体束受累，全外显子测序发现KIF1C基因未曾报道过的c.425_426delTG（p.V142Gfs*10）纯合突变，经预测为致病性变异。

目的:探讨1例遗传性痉挛性截瘫30型(HSP30)家系的遗传学病因。方法:以2021年8月就诊于山西医科大学第二医院的1例先证者以及家系成员为研究对象，对其进行全外显子组测序，并对候选变异进行Sanger测序家系验证。结果:先证者携带 KIF1A基因第3外显子c.110T>C(p.I37T)杂合变异，造成第37位的异亮氨酸替换为苏氨酸，可能影响其蛋白质产物的功能。先证者的父母、哥哥和姐姐均未携带相同的变异，提示其为新发变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南，判断该变异为可能致病性变异(PM2_Supporting+PP3+PS2)。 结论:KIF1A基因c.110T>C变异可能是该先证者的遗传学病因。

目的:探讨甲胎蛋白(AFP)高表达和低表达肝细胞肝癌(HCC)中的差异表达基因表达谱，为HCC的分子机制研究及预后判断提供理论依据。方法:从肿瘤基因图谱计划(TCGA)公共数据库获得368例包含完整临床信息的HCC转录组数据，根据组织AFP mRNA表达四分位数将样本分为AFP高表达组和AFP低表达组，每组各92例。应用R软件中的DEseq2包进行差异表达基因分析，应用ClusterProfiler包对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析，应用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络，筛选关键基因。采用单样本基因集富集分析方法，通过R软件GSVA包对特征基因进行富集评分，根据得分定义特征基因集表达情况。利用RNAseq数据和实时荧光定量聚合酶链反应(RT－qPCR)进行独立数据集验证和组织验证。结果:TCGA数据分析显示，AFP高表达与HCC低分化、患者人种有关(均 P<0.05)。生物信息学分析共获得1 382个差异表达基因，其中931个基因在AFP高表达组织中表达上调，451个基因表达下调。GO功能分析显示，AFP高表达组织中高表达的基因主要与附属肢体发育、肢体发育、骨架系统发育等过程有关，而低表达基因则与异源物代谢、类固醇代谢、细胞对异生物刺激反应等代谢相关过程有关。KEGG通路分析显示，AFP高表达组织中高表达的基因主要参与原发性免疫缺陷、神经活性配体－受体相互作用、细胞因子－细胞因子受体相互作用通路，而低表达基因主要与视黄醇代谢、化学致癌作用、类固醇激素的生物合成等通路相关。鉴定出1个预后相关特征基因集，该基因集包括AURKB、TTK、CENPA、UBE2C、HJURP、KIF15，其高表达与HCC患者的无复发生存和总生存有关，且特征基因集富集分数与AFP表达呈正相关( r＝0.475， P<0.001)。RNAseq数据验证结果与TCGA数据分析结果基本一致。RT－qPCR检测结果显示，特征基因集中AURKB、KIF15和UBE2C在AFP高表达HCC组织中显著高表达，其表达虽然与HCC患者的无病生存、总生存无关，但AFP低表达组患者的无病生存曲线和总生存曲线均在AFP高表达组患者之上。 结论:AFP高表达和AFP低表达HCC在基因表达谱上存在较大差异。筛选出的特征基因集可能协同AFP共同促进HCC的发生发展，其对解释不同水平AFP HCC的作用机制有一定作用，并为HCC的预后判断提供了新的思路和依据。

目的:构建与膀胱癌预后相关基于内质网应激基因的临床基因模型。方法:在分子特征数据库(MSigDB)中筛选到9 165个与内质网应激相关的基因集，运用生物信息学技术对癌症基因图谱(TCGA)数据库中405个膀胱癌样本和25个正常膀胱组织样本的基因表达序列进行差异基因表达分析得到5 689个膀胱癌差异表达基因，两者取交集得到1 556个基因，然后进行WGCNA分析、STRING数据库及Cytoscape软件cytoHubba插件进行蛋白互作网络分析、LASSO回归分析、多因素Cox回归分析获取5个关键基因并构建风险模型预测膀胱癌患者的总生存期。后进行Kaplan-Meier生存分析及ROC分析以研究该模型的预测准确性。结果:两者取交集后共得到1 556个与内质网应激相关膀胱癌差异表达基因，WGCNA分析得到158个与膀胱癌预后相关的差异表达基因。Cytoscape软件CytoHubba插件计算每个基因的Degree评分，提取Top50的差异表达基因并进行LASSO回归分析、多因素Cox回归分析得到5个关键基因：KIF2C、TEAD4、DARS2、VEGFA、CTHRC1，并构建预后风险模型，根据模型表达式计算各样本的风险评分。以风险评分中位数将膀胱癌患者分为高、低两组。进一步Kaplan-Meier生存分析显示不同亚组间的总生存期差异有统计学意义( P<0.05)。且ROC分析显示该模型对膀胱癌患者总生存期预测准确性较高。 结论:KIF2C、TEAD4、DARS2、VEGFA、CTHRC1是与膀胱癌预后相关的内质网应激基因，且构建的预后风险模型在对膀胱癌患者总生存期的预测方面表现出较为优异的准确性。

目的:通过生物信息学方法研究去势抵抗性前列腺癌发展成为神经内分泌性前列腺癌的关键基因。方法:从cBioPortal数据库下载前列腺癌的转录本测序数据，使用R语言和加权基因共表达网络分析(WGCNA)软件包进行数据分析，明确癌症类型相关性最高的基因集。对该基因集进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析，明确该群基因和细胞周期及细胞分裂的相关性。再利用STRING数据库计算该基因集内基因的相关性，导入Cytoscape软件中构建基因网络，并计算出处于网络核心的前10个基因。然后在GSE105416数据集中验证这10个基因的表达。最后选择关键基因UBE2C和NUF2做GSEA分析。结果:鉴定了10个在前列腺癌神经内分泌转化中的关键基因，分别是BUB1、CDCA8、CENPF、HJURP、KIF23、KIF2C、NUF2、PTTG1、TPX2和UBE2C。结论:本研究对前列腺癌的神经内分泌转化提供了新视角，鉴定出关键基因可作用于影响前列腺癌细胞的细胞周期和AR信号通路来影响其神经内分泌转化。

目的:探讨N6-甲基腺苷(m6A)修饰在脂多糖(LPS)诱导的小鼠急性肺损伤(ALI)的变化，并探讨其机制。方法:将12只8~10周龄的C57BL/6雄性小鼠按照随机数字表法分为对照组和LPS组。LPS组给予LPS(5 mg/kg)气管内滴注，对照组给予同等剂量生理盐水气管内滴注，12 h后取材，比较两组小鼠肺组织湿干重比。比较两组小鼠肺组织病理变化。应用实时定量聚合酶链反应(PCR)检测炎性因子和相关基因表达水平。运用m6A甲基化免疫共沉淀测序(meRIP-seq)和RNA测序(RNA-seq)技术检测两组小鼠肺组织的m6A修饰水平和RNA水平，并采用生物信息学对结果综合分析。组间比较采用 t检验。 结果:LPS组小鼠肺湿干重比(7.56±0.34)高于对照组(3.99±0.54)，差异有统计学意义( t＝13.749， P<0.05)，且苏木精-伊红(HE)染色提示炎性细胞浸润和肺间质水肿程度加剧。LPS刺激增加小鼠肺组织炎性因子IL-1β(1.00±0.27比11.76±6.78)、IL-6(1.00±0.16比2.16±0.70)、TNF-α(1.01±0.09比1.93±0.73)的mRNA水平，差异有统计学意义( t＝3.447、3.692、2.843， P<0.05)。meRIP-seq共筛选出772个有表达差异的m6A甲基化位点，其中40.93%的位点显著上调。meRIP-seq和RNA-seq联合分析发现50个差异表达基因，包括B细胞易位基因1(BTG1)、心室区表达PH结构域1(VEPH1)、Toll样受体5(TLR5)和驱动蛋白超家族蛋白26A(KIF26A)等。 结论:m6A修饰在LPS诱导的ALI中发生变化，m6A修饰可能作用于BTG1、VEPH1、TLR5、KIF26A等基因，并在ALI中发挥作用。

目的:探索人乳头状瘤病毒（human papilloma virus，HPV）阳性和阴性头颈部鳞状细胞癌（head and neck squamous cell carcinoma，HNSCC）的差异表达基因及关键通路，为HPV相关HNSCC的诊断和治疗提供候选基因靶点。方法:从美国国立生物技术信息中心(Gene Expression Omnibus,GEO）数据库中检索获得序号为GSE3292的HPV相关HNSCC表达谱芯片研究系列（其中HPV 阳性癌组织8例、阴性28例，含口腔癌15例、口咽癌9例、喉癌9例、下咽癌3例），通过Gene-Cloud of Biotechnology Information（GCBI）分析平台筛选得到差异表达基因，运用DAVID数据库进行基因本体分析和信号通路富集分析。通过STRING数据库构建蛋白相互作用网络后，利用Cytoscape软件筛选关键基因并进一步行信号通路富集分析，最后使用UALCAN数据分析工具检验关键基因在癌症基因组图谱（the cancer genome atlas，TCGA）数据库中的表达差异性。结果:从芯片检测的25 000多个基因中筛选得到573个差异表达基因，其中上调基因539个，下调基因34个，经Cytoscape两轮筛选确定细胞周期蛋白依赖性激酶1（cyclin-dependent kinases 1，CDK1）、增殖细胞核抗原（proliferating cell nuclear antigen，PCNA）、微小染色体维持蛋白（minichromosome maintenance proteins，MCM）家族（MCM2、MCM3、MCM6、MCM7）、复制因子C4（replication factor C subunit 4，RFC4）、驱动蛋白家族成员11（kinesin family member 11，KIF11）等27个基因为关键基因。基因本体分析和信号通路富集分析显示差异表达基因主要分布于染色体及核质、核内腔、膜包围内腔等部位，并参与DNA复制、DNA代谢、细胞周期、细胞分裂等生物学过程以及以p53信号通路为核心的6个主要信号通路（ P<0.01）。经TCGA数据库检验证实27个关键基因在HPV阳性及阴性HNSCC中的表达差异均有统计学意义（ P<0.01）。 结论:CDK1、PCNA、MCM家族等关键基因在HPV诱发HNSCC的过程中发挥重要作用，而p53通路是此过程的核心通路，且在HNSCC两个亚型中的调控作用存在差异。CDK1、MCM7、RFC4有望成为治疗HPV阳性HNSCC的潜在靶点，而MCM2、MCM3、PCNA、KIF11可能作为HPV阳性HNSCC诊断及预后的标志物。

目的:通过生物信息学寻找经肝动脉化疗栓塞(TACE)治疗肝细胞癌患者疗效的差异基因(DEGs)并深入分析其功能。方法:从基因表达数据库(GEO)中下载微阵列数据集GSE104580；利用在线工具GEO2R筛选DEGs；运用R语言"ClusterProfiler"数据包对筛选得到的TACE疗效的DEGs进行GO功能和KEGG通路富集分析；使用STRING数据库构建关键差异基因的蛋白质互作网络，应用Cytoscape软件筛选出TACE疗效差异的关键DEGs。利用UALCAN和GEPIA数据库分别对TACE疗效差异关键DEGs的表达和生存进行分析，使用Log-rank检验方法。结果:439个基因在TACE治疗肝细胞癌中表达有明显差异，其中上调基因228个，下调基因217个；差异基因的富集及其通路主要包括白细胞介素17 (IL-17)信号通路、肿瘤转录失调和视黄醇代谢等生物过程；Cytoscape共筛选出10个TACE疗效差异的关键DEGs。最后通过多数据库综合分析发现，筛选出的10个TACE疗效差异的关键DEGs均与肝细胞癌患者预后密切相关。高表达组CDK1、TOP2A、CDC20、BUB1、KIF2C、DLGAP5、CENPF、TPX2、BIRC5和TTK肝癌患者总体生存率均显著低于低表达组患者，其结果具有统计学意义( P<0.05)。 结论:筛选出的10个基因对TACE治疗肝细胞癌患者的耐药分子机制以及进行个体化精准治疗提供依据。

1例因自幼双眼上睑抬起困难伴眼球运动受限患者就诊。检查发现双眼上睑下垂，眼球向各个方向转动受限。诊断为双眼先天性眼外肌纤维化。基因检测出1个致病基因突变位点KIF21A-ex20 c.2821C>T（p.Arg941Trp），为杂合错义突变。

目的:探讨临床1例复杂性皮质发育不良伴脑畸形3型(cortical dysplasia, complex, with other brain malformations 3，CDCBM3)患儿的基因型与表型关系。方法:收集先证者及其父母外周血，提取基因组DNA，采用全外显子测序对先证者进行检测，并应用Sanger测序对先证者及父母进行验证。结果:先证者为1例1岁2个月男性患儿，表现为运动发育迟缓，巨脑回，严重认知障碍，语言缺失，先天性喉骨软化等多发性先天异常。全外显子测序检测到患儿 KIF2A基因发生了c.952G>A( p．Gly318Arg)杂合错义变异(GRCh37/hg19)，该变异位于驱动蛋白运动结构域中的ATP核苷酸结合区，高度保守(PM1)；在正常人群数据库频率为0(PM2)；多种计算机软件预测有害(PP3)；该变异在以往的文献中未有报道，Sanger测序验证显示患儿父母均未检测到该变异，因此患儿的变异为新发(PS2)。根据ACMG指南评估为临床可能致病性变异(PS2+PM1+PM2+PP3)。与已报道的CDCBM3患儿的临床表型进行比较，本例患儿的先天性喉骨软化在以往的文献中未见描述。 结论:本文研究扩展了 KIF2A基因变异谱并丰富了CDCBM3临床表型谱。