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KRT5基因新生突变致重度型单纯型大疱性表皮松解症一家系
编辑人员丨4天前
目的:报道1例重度型单纯型大疱性表皮松解症,并检测其基因突变。方法:收集患者及其父母资料和外周血,提取基因组DNA,全外显子组测序筛查患儿致病基因,随后采用Sanger测序对家系成员进行验证。结果:患者KRT5基因第7号外显子第1 429位碱基发生G→A(c.1429G>A)杂合突变,导致KRT5基因所编码的蛋白第477位谷氨酸转换成赖氨酸(p.Glu477Lys),其父母未发现该突变。结论:该例重度型单纯型大疱性表皮松解症患者存在KRT5基因c.1429G>A(p.Glu477Lys)致病突变,属新生突变。
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编辑人员丨4天前
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CRISPR-Cas9诱导KRT5基因突变的HaCaT细胞对共培养人黑素细胞的影响研究
编辑人员丨4天前
目的:探究敲减角质形成细胞KRT5基因对共培养黑素细胞黑素含量的影响,以解释屈侧网状色素沉着症(DDD)的色素增加性皮损形成的机制。方法:通过成簇的规律间隔的短回文重复序列-相关蛋白9(CRISPR-Cas9)技术获得KRT5基因杂合突变的HaCaT细胞,将转染非靶向单向导RNA:Cas9蛋白复合物的HaCaT细胞设为对照组,分别与人原代黑素细胞HEMn体外共培养。免疫荧光观察共培养细胞中细胞角蛋白及黑素小体表达;差异胰酶消化获得不同共培养组中黑素细胞,检测细胞内黑素含量。免疫组化检测1例KRT5突变DDD患者皮损和正常对照皮肤中黑素细胞特异性前黑素小体蛋白17(Pmel17)的表达改变。结果:Sanger测序显示,实验组HaCaT细胞KRT5基因第1外显子起始密码子发生杂合突变(c.1delA),对照组HaCaT细胞KRT5基因未发生突变。Western印迹显示,实验组HaCaT细胞KRT5蛋白表达水平(0.60 ± 0.05)显著低于对照组(1.00 ± 0.00, t = 32.38, P = 0.001)。HEMn细胞与实验组HaCaT细胞共培养体系中Pmel17标记的黑素小体较与对照组共培养体系增多,且细胞内黑素含量增加52.5%,差异具有统计学意义( t = -3.48, P = 0.025)。KRT5突变DDD患者皮损组织中Pmel17表达量较正常对照皮肤增加。 结论:本研究通过CRISPR-Cas9诱导KRT5基因突变的HaCaT细胞,与黑素细胞在体外建立共培养细胞模型,验证了其对共培养黑素细胞的影响,为进一步研究角质形成细胞与黑素细胞相互作用机制以及皮肤色素异常的发病机制提供了初级研究模型。
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编辑人员丨4天前
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肝细胞生长因子促进人毛囊生长的作用研究
编辑人员丨4天前
目的:观察肝细胞生长因子(HGF)对人毛囊生长的影响,并探讨其促进毛发生长的作用机制。方法:毛囊来源于中国医学科学院整形外科医院4例除皱术后患者废弃的正常头皮组织,分离单根毛囊进行体外器官培养。以常规培养为对照组,培养液中添加浓度为10 ng/ml的HGF作为实验组,显微镜下测量不同培养天数毛囊的生长长度;通过观察培养毛囊毛球部毛基质与毛乳头的形态,评价HGF对毛囊生长周期的影响。分离培养人毛囊上皮细胞,应用流式细胞术对其表面标志进行鉴定;以常规培养的毛囊上皮细胞为对照组,以培养基添加10 ng/ml的HGF处理48 h后的毛囊上皮细胞为实验组,收集细胞提取RNA,转录组测序分析HGF对毛囊上皮细胞基因表达的影响,应用real-time PCR对测序分析结果进行验证。各项定量数据以均值±标准差表示,2组间比较应用独立样本 t检验, P<0.05为差异具有统计学意义。 结果:随着体外培养时间的延长,毛囊生长趋于停止;毛囊体外培养7、10、14 d时,对照组毛囊生长长度(单位0.1 mm)分别为12.210±4.191、13.710±3.518、14.000±4.057,实验组HGF促进毛发生长,生长长度分别为16.700±5.143、18.800±4.917、23.000±7.196,差异具有统计学意义( t=2.353, P<0.05; t=2.962, P<0.01; t=3.910, P<0.01);分离培养的毛囊上皮细胞呈典型的铺路石样形态,表达上皮细胞表面标志分子CD49f;转录组测序结果显示,毛囊上皮细胞高表达上皮细胞标志基因KRT14、KRT5、KRT6A、CDH1、SOX9、CD49f,FPKM值分别为6 012±2 141、4 072±1 369、3 896±1 991、95.06±21.48、101.30±38.52、162.00±47.83;不表达或极低表达间质细胞标志基因THY1、DPP4、CDH2 (N-cadherin)、ACTA2、PDGFRA、COL1A1、COL3A1,FPKM值分别为0.740±0.825、0.632±0.765、0.000±0.034、1.674±1.235、0.000±0.014、2.526±3.531、0.000±0.015;与对照组相比,实验组经HGF处理后毛囊上皮细胞中改变的基因显著富集于细胞周期及细胞分裂相关生物学过程,相关基因的表达下调;Real-Time PCR验证显示CENPA、CDC20、UBE2C、CDK1、AURKB、NDC80分别降为对照组的0.689±0.053 ( t=10.170, P<0.001)、0.676±0.121 ( t=4.652, P<0.01)、0.761±0.148 ( t=2.785, P<0.05)、0.599±0.153 ( t=4.530, P<0.05)、0.706±0.113 ( t=4.507, P<0.05)、0.579±0.092 ( t=7.931, P<0.01)倍,差异具有统计学意义。 结论:HGF促进毛囊体外器官培养的生长并延长其生长时间;但在细胞水平上抑制毛囊上皮细胞增殖相关基因表达。
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编辑人员丨4天前
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罕见亚型大疱性表皮松解症3例及家系调查
编辑人员丨4天前
目的:报道3例罕见亚型遗传性大疱性表皮松解症(EB)。方法:收集先证者及其亲属的临床资料,全外显子测序筛查先证者致病基因,采用Sanger或qPCR测序对患者及其亲属进行突变验证。结果:例1表现为背部线状红色瘢痕,患者及有相似临床表现的母亲、无症状女儿均携带COL7A1基因c.4573G>A(p.Gly1525Arg)突变。例2表现为全身网状色素沉着,偶伴手足水疱,携带KRT5基因c.74C>T(p.Pro25Leu)新发突变。例3表现为曝光部位为主的色素异常伴左手不完全并指,先证者携带FERMT1基因2-6号外显子纯合缺失突变,分别来自无症状父母。例1诊断为显性痒疹型营养不良型EB,例2诊断为斑驳色素型单纯型EB,例3诊断为Kindler EB。结论:EB临床异质性高,基因检测对于罕见亚型EB的明确诊断非常重要。
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编辑人员丨4天前
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KRT5基因突变致单纯型大疱性表皮松解症伴斑点状色素沉着1家系
编辑人员丨4天前
患儿女,10个月,以受压部位张力性水疱、皱褶部色素沉着9个月余就诊。患儿生后1个月于足缘、肘关节伸侧等受压部位出现张力性水疱,约黄豆大小,水疱可自行消退吸收,不留瘢痕;其后双侧腹股沟、臀部及腋窝渐出现片状色素沉着。患儿系第2胎第2产,足月顺产,母乳喂养,父母非近亲结婚。家系中3代有6例患者(图1)。先证者父亲,30岁,自幼年起背部、肘关节伸侧皮肤受压后出现水疱,愈后不留瘢痕,全身泛发斑点状色素沉着与色素减退,呈皮肤异色改变;随年龄增长,水疱表现减轻,色素沉着及色素减退加重;无自觉症状,伴有甲损害。患儿体检:一般情况良好,骨骼发育正常,各系统检查未见异常。皮肤科检查:双侧腹股沟(图2A)、臀部及腋窝可见弥漫性淡褐色斑片状色素沉着,间有斑点状色素减退,其他部位未见明显色素异常。右足拇趾见一破溃水疱,表面结痂(图2B)。患儿父亲体检示骨骼发育正常,肝脾肋下未触及,其他系统检查未见明显异常;皮肤科检查:颈部、胸背部及四肢可见弥漫淡褐色点状色素沉着,直径0.5 ~ 1.0 cm,背部(图2C)及四肢(图2D)形成广泛的不规则网状色素减退斑,双足散在分布已破溃绿豆大小水疱,可见甲板增厚、变黄,牙齿及毛发发育良好。实验室检查:先证者及其父亲血尿常规、血生化、肝肾功能均未见异常。先证者父亲乙型肝炎、丙型肝炎、梅毒、艾滋病等传染病筛查均为阴性,双足皮肤及趾甲真菌镜检阳性。先证者父亲背部皮损皮肤镜示淡褐色色素沉着斑与色素减退斑并存,且边界不规则,呈斑驳状。患儿父亲上肢皮损组织病理检查:表皮大致正常,基底层可见色素颗粒增加或减少,真皮基本正常(图3A);免疫组化染色示细胞角蛋白5(cytokin 5,CK5)在表皮全层阳性表达(图3B),呈棕黄色,胞质着色,数量及分布与对照组(健康人包皮环切组织)无明显差异;黑素瘤抗原-A阳性黑素细胞在基底层分布不均,可见密度增高和降低区域,个别黑素细胞上移至棘层下部,胞质突起明显(图3C),而正常对照组基底层黑素瘤抗原-A阳性细胞与基底细胞之比约为1∶10。
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编辑人员丨4天前
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结直肠癌患者错配修复缺陷相关预后基因的筛选
编辑人员丨4天前
目的:探索结直肠癌患者中高微卫星不稳定性(MSI-H)相关的关键预后基因。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库纳入377例结直肠癌患者,筛选MSI-H和错配修复稳定(MSS)患者的差异表达基因(阈值为错误发现率<0.05且倍数差异>2),并对其进行富集分析(错误发现率<0.05)。利用Pearson相关分析构建基因共表达网络(R>0.4且 P<0.05),并筛选枢纽基因。通过Cox回归进一步筛选出肿瘤组织中高表达的关键预后基因( P<0.05),采用单细胞测序分析验证关键基因表达及与MSI-H的关系。不同患者组间的基因表达差异采用 t检验。 结果:共筛选出558个MSI-H相关基因,811个MSS相关基因。富集分析显示MSI-H相关基因主要参与炎症及免疫应答。通过网络分析及Cox回归,鉴定出3个MSI-H显著相关的预后关键基因,即GJB5、TNNT1和KRT16。其在结直肠癌肿瘤组织中高表达,且在转移性患者中对总生存期的风险比分别为1.4( P<0.05),1.5( P<0.01)和1.7( P<0.01)。在单细胞测序数据中,同样发现GJB5、TNNT1和KRT16在肿瘤细胞和MSI-H患者细胞中高表达。 结论:GJB5、TNNT1、KRT16为MSI-H结直肠癌患者高表达的显著不良预后关键基因。
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编辑人员丨4天前
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整合全基因组关联研究和大脑表达数量性状位点探究精神分裂症重要风险基因
编辑人员丨4天前
目的:探究精神分裂症表达异常的致病风险基因。方法:选取56 418例精神分裂症患者与78 818名健康对照者的全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)数据和大脑表达数量性状位点(expression quantitative trait loci,eQTLs),采用基于汇总数据的孟德尔随机化(summary data-based mendelian randomization analysis,SMR)整合分析精神分裂症的重要风险致病基因,并采用精神分裂症患者尸脑背外侧前额叶皮质第3层和第5层锥体神经元、人诱导多能干细胞(human induced pluripotent stem cell,hiPSC)和全血表达数据集进行差异表达分析,以验证风险基因表达失调情况。结果:基于SMR共发现16个精神分裂症风险基因( PSMR<5×10 -6),分别为C4A、HLA-C、EMB、SLC9B1、PCDHA7、BTN3A2、KRT8P46、PCDHA8、SFMBT1、PCCB、WBP1L、BTN3A3、MUSTN1、PPM1M、TYW5和SF3B1。差异表达分析结果进一步验证显示,SF3B1在大脑背外侧前额叶皮质第3层和第5层锥体神经元( Padjust=5.22×10 -3)和hiPSC( Padjust=1.41×10 -4)中表达水平均显著下调。WBP1L在hiPSC( Padjust=1.28×10 -8)和全血( Padjust=1.17×10 -4)中表达水平均显著上调。TYW5( Padjust=3.06×10 -6)在hiPSC中表达水平显著上调,PCCB( Padjust=1.34×10 -4)、BTN3A2( Padjust=1.48×10 -3)、PPM1M( Padjust=5.13×10 -6)和PCDHA8( Padjust=4.31×10 -2)在hiPSC中表达水平显著下调。BTN3A3( Padjust=2.18×10 -2)在全血中表达水平显著下调。 结论:精神分裂症风险基因SF3B1、TYW5、PCCB、BTN3A2、PPM1M、PCDHA8、WBP1L和BTN3A3异常表达可增加发病风险。
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编辑人员丨4天前
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采用生物信息学方法筛选和分析白癜风差异表达基因
编辑人员丨4天前
目的:通过生物信息学方法探索与白癜风进展相关的信号通路和基因。方法:从GEO数据库中下载白癜风芯片检测数据集GSE75819,利用R语言软件中limma包的LMFit和eBayes函数筛选15例印度白癜风患者皮损与非皮损组织间的差异表达基因(DEG)。通过京都基因与基因组数据库(KEGG)、基因本体论(GO)分析和基因集富集分析(GSEA)评估DEG的富集途径和功能。通过蛋白-蛋白相互作用网络从DEG中筛选中心基因。2019年1 - 6月于新疆维吾尔自治区维吾尔医医院收集8例汉族寻常型白癜风患者皮损及非皮损皮肤组织标本,采用实时定量PCR法验证上述上调及下调差异最大的10个DEG的表达。结果:与15例非皮损组织相比,在15例白癜风皮损组织中共发现148个DEG,其中KRT9、CXCL10、C8ORF59、TPSAB1、RPL26为前5位上调基因,SILV、RPPH1、TYRP1、MLANA、LOC401115为前5位下调基因,且经实时定量PCR在8例汉族白癜风患者皮损及非皮损组织中验证。GO分析显示,DEG主要富集于翻译起始、细胞对脂多糖的反应、核糖体、核糖体亚基和核糖体的结构组成等。KEGG通路分析显示,DEG主要富集于酪氨酸代谢、PPAR信号通路、氧化磷酸化和Toll样受体信号通路。蛋白-蛋白相互作用分析筛选出UPF3B、SNRPG、MRPL13和RPL26L1 4个中心基因。结论:KRT9、CXCL10、C8ORF59、TPSAB1、RPL26、SILV、RPPH1、TYRP1、MLANA及LOC401115可能作为白癜风潜在的诊断标记分子和治疗靶点。
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编辑人员丨4天前
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Dowling-Degos病1家系KRT5基因新突变分析
编辑人员丨4天前
目的:分析Dowling-Degos病1家系KRT5基因突变情况。方法:收集先证者临床资料,调查先证者家族3代共12人信息,采集先证者和8例家系成员以及家系以外50例无亲缘关系的健康人外周血,提取基因组DNA行全外显子测序后与人类基因组KRT5、POFUT1及POGLUT1序列进行比对。结果:本家系有3例患者,分别为先证者及其父亲和祖母(去世)。先证者及其父亲临床表现为皱褶部网状色素沉着,以胸腹皱褶部位为重,且KRT5基因第一外显子均存在c.165T>A杂合无义突变,其他家系成员及健康对照均未发现此突变,所有受试者POFUT1及POGLUT1基因检测未见异常。结论:本研究新发现1处KRT5基因c.165T>A突变,导致先证者及其父Dowling-Degos病。
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编辑人员丨4天前
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高通量测序分析高血压伴或不伴牙周炎大鼠牙龈mRNA差异
编辑人员丨3周前
目的 基于高通量测序(next generation sequencing,NGS)技术分析高血压大鼠伴或不伴牙周炎状态下牙龈组织中的差异mRNA,旨在为高血压伴牙周炎的防治提供实验基础.方法 获得动物实验伦理委员会批准,通过给予含8%(w/w)NaCl的高盐饲料建立高血压大鼠模型,使用3-0的无菌丝线结扎大鼠下颌第一磨牙建立牙周炎大鼠模型,分为正常对照组(N组)、高血压组(H组)和高血压伴牙周炎组(PH组),测量血压、心率、牙槽骨吸收量和牙槽骨中破骨细胞数量;取3组牙龈组织进行NGS,分析组间差异基因表达;H组和PH组间所有差异基因行基因功能(gene ontology,GO)富集分析,行京都基因与基因百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,行蛋白相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)筛选关键基因;免疫组织化学验证关键通路中的关键基因在各组的表达,酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbent as-say,ELISA)分析关键基因在各组全身循环中的表达.结果 实验终点(第11周)时,H组和PH组的血压均高于N组(P<0.001),但PH组的血压与H组比较无统计学意义,3组心率无统计学差异.Micro-CT显示PH组下颌第一磨牙的釉牙骨质界(cemento-enamel junction,CEJ)到牙槽骨嵴顶(alveolar bone crest,ABC)距离较N组和H组增加,牙槽骨中破骨细胞数量多于N组和H组(均P<0.016 7).3组的共同差异基因为0个,H组和PH组牙龈组织共 235 个差异基因,相较于H组,在PH组有P-选择素(P-selectin,SELP)、角蛋白 16(keratin 16,KRT16)和S100钙结合蛋白A9(S100 calcium binding protein A9,S100A9)等137个上调基因,以及FK506结合蛋白 5(FK506 binding protein 5,FKBP5)、介体复合体亚基 22(mediator complex subunit 22,MED22)和含锌指和BTB域16(zinc finger and BTB domain containing 16,ZBTB16)等98个下调基因.H组和PH组差异基因的GO分析结果提示,主要富集的生物学过程(biological processes,BP)为白细胞迁移,主要的细胞成分(cellular compo-nent,CC)为胶原三聚体复合物,主要的分子功能(molecular functions,MF)为细胞外基质结构的构建;H组和PH组差异基因的KEGG信号通路主要富集于细胞因子之间受体相互作用、白细胞介素-17(interleukin-17,IL-17)和肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)信号通路中.通过PPI分析筛选出4个作用于高血压状态下牙周炎的关键基因,包括白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)、基质金属蛋白酶9(matrix metallopro-teinase-9,MMP-9)、Ⅰ型胶原α1(collagen type Ⅰ alpha 1,COL1α1)、趋化因子配体 1(chemokine ligand 1,CX-CL1).与N组和H组比较,IL-1β和TNF-α在PH组牙龈组织及全身血清中的表达均上调(P<0.016 7).结论 高血压伴牙周炎或不伴牙周炎时的差异mRNA为IL-1β和MMP-9以及差异信号通路为IL-17和TNF-α信号通路,为今后进一步研究高血压伴牙周炎的分子调控机制提供了实验基础.
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编辑人员丨3周前
