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子宫内膜异位症患者异位内膜组织中差异表达microRNA的筛选
编辑人员丨5天前
目的:探讨微小 RNA(microRNA,miRNA)在子宫内膜异位症(endometriosis,EMS)患者异位内膜组织中的表达特征。方法:收集2018年4月至2019年10月期间于厦门大学附属第一医院妇产科就诊EMS 患者异位内膜组织和对照组在位内膜组织开展实验。利用Illumina平台的miRNA测序检测内膜组织中 miRNA的表达情况。通过生物信息学分析差异表达的miRNAs及其潜在靶基因在EMS发生、发展中的作用。结合文献挑选6个具有显著差异的miRNAs(miR-98-5p、let-7c-5p、miR-495-3p、miR-200b-3p、miR-200c-3p、miR-148b-3p),应用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)进行验证,并在构建miRNA-基因调控网络后初步验证其潜在靶基因。结果:测序结果显示,相比对照组,EMS患者异位内膜组织中有69个miRNAs出现差异表达(差异倍数>1.5, P<0.05),其中表达上调22个,表达下调47个。基因本体分析显示,差异表达的miRNAs所调控的靶基因在生物学过程中集中在与蛋白质修饰、发育调控、细胞代谢和形态结构等相关。KEGG pathway分析显示,靶基因富集于蛋白质功能、自噬、AGE-RAGE及MAPK信号通路中。qRT-PCR结果显示miR-98-5p、let-7c-5p、miR-200b-3p、miR-200c-3p的表达情况与测序结果一致。miRNA-基因共表达网络显示 miRNAs与所预测的靶基因间的相互关系。miRNAs潜在靶基因的qRT-PCR验证结果显示,miR-200b-3p、miR-200c-3p与 ZEB2呈负相关,miR-98-5p与 PGRMC1呈负相关,miR-98-5p、let-7c-5p与 ADIPOR2呈正相关。 结论:miR-98-5p、let-7c-5p、miR-200b-3p和miR-200c-3p在EMS患者异位内膜组织中存在显著差异表达,可能参与EMS的发生、发展。
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编辑人员丨5天前
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MiR-let-7在细胞凋亡过程中作用的研究进展
编辑人员丨5天前
细胞凋亡是一种由基因严格调控的、自发的、有序的细胞死亡方式,在参与生物体内组织胚胎发育、维持内环境稳态以及调节免疫系统和神经系统功能等方面具有重要作用。MiR-let-7(microRNA-let-7)是一类长度约为22个核苷酸的非编码RNA(non-coding RNAs,ncRNAs),其功能十分广泛,通过介导细胞增殖、分化和凋亡等细胞表型变化,参与体内诸多生理以及病理过程。越来越多的研究表明miR-let-7与细胞凋亡关系极为密切,因此阐明MiR-let-7在细胞凋亡过程中的调控作用,为进一步研究细胞凋亡的分子机制提供新的视角。
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编辑人员丨5天前
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强直性脊柱炎患者外周血环状RNA的表达谱研究
编辑人员丨5天前
目的:筛选AS患者PBMCs中差异表达的环状RNA(circRNA),分析其表达谱以探讨circRNAs在AS发病中的作用。方法:采用circRNA微阵列芯片技术检测3例AS活动期(ASA)患者,3例AS稳定期(ASS)患者和3名健康对照者(HC)PBMCs中circRNAs的表达并通过倍数变化(FC)和 P值进行筛选,找到差异表达的circRNAs;从差异表达靠前的circRNAs中随机选择4个circRNAs,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证芯片结果;对差异表达的circRNAs进行基因本体论(GO)分析,京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,并通过微RNA(miRNA)靶标预测软件对circRNA/miRNA相互作用关系进行预测。采用 t检验和Mann-Whitney U检验等方法对数据进行统计分析。 结果:芯片结果显示,ASA组较HC组共有800个显著差异表达的circRNAs(FC>1.5, P<0.05),其中466种上调,334种下调;ASS组较HC组共有1 149个显著差异表达的circRNAs(FC>1.5, P<0.05),其中589种上调,560种下调;ASA组较ASS组间共有233个显著差异表达的circRNAs(FC>1.5, P<0.05),其中145种上调,88种下调。RT-qPCR验证结果提示,4个差异表达的circRNAs表达趋势与芯片结果一致。GO分析结果提示,这些差异表达的circRNAs主要参与无义介导的mRNA衰变、Rho GTPase酶结合等过程;KEGG分析结果在辅助性T细胞(Th)17细胞分化、趋化因子信号通路等处得到富集;miRNA靶标预测软件结果提示差异表达的circRNAs可能靶向结合miR-650、let-7b-5p等miRNAs发挥作用。 结论:和HC组相比AS患者PBMCs中存在差异表达的circRNAs,推测这些circRNAs可能参与AS的发病。
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编辑人员丨5天前
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糖尿病患者血清let-7、miR-26b表达水平及与胰岛素抵抗的关系
编辑人员丨5天前
目的:探讨2型糖尿病(T2DM)患者血清let-7、微小RNA-26b(miR-26b)表达水平及与胰岛素抵抗(IR)的关系。方法:选取2018年3月至2019年3月本院内分泌科收治的60例初诊T2DM患者作为T2DM组,及同期本院70例健康体检者作为对照组。收集两组受试者临床资料,使用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法测定血清let-7、miR-26b表达水平;观察T2DM患者血清let-7、miR-26b表达水平及其与其他临床指标相关性,并采用ROC曲线分析血清let-7、miR-26b表达水平对T2DM患者发生IR的预测价值。结果:T2DM组患者总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、糖化血红蛋白(HbA1c)、空腹血糖(FPG)、空腹胰岛素(FINS)及稳态模型评估的胰岛素抵抗指数(HOMA-IR)均显著高于对照组( P<0.05),胰岛素敏感性指数(ISI)、稳态模型评估的胰岛素β细胞功能指数(HOMA-β)均明显低于对照组( P<0.05)。T2DM组患者血清let-7、miR-26b表达水平均明显低于对照组( P<0.05)。T2DM组患者血清let-7、miR-26b表达水平与TC、TG、HbA1c、FPG、FINS及HOMA-IR均呈负相关( P<0.05),与ISI、HOMA-β均呈正相关( P<0.05)。ISI、HOMA-IR及血清let-7、miR-26b表达水平均是影响T2DM患者发生IR的独立危险因子( P<0.05)。血清let-7表达水平预测T2DM患者发生IR的曲线下面积(AUC)为0.858,最佳截断值为0.73,灵敏度和特异度分别为77.50%、80.00%;血清miR-26b表达水平预测T2DM患者发生IR的AUC为0.908,最佳截断值为0.60,灵敏度为80.00%,特异度高达92.50%。 结论:T2DM患者血清let-7、miR-26b表达水平均显著下调,两者可能共同参与IR发生、发展,对T2DM患者发生IR均具有一定预测价值,且miR-26b预测效果更优。
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编辑人员丨5天前
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葡萄膜黑色素瘤生存预后相关lncRNA的初步筛选及相关性分析
编辑人员丨5天前
目的::通过构建lncRNA-miRNA-mRNA的内源竞争RNA(ceRNA)网络,筛选与葡萄膜黑色素瘤(UM)生存预后相关的长链非编码RNA(lncRNA),并进行相关性分析。方法::以生物信息学为手段,通过疾病预后相关分析,LncRNA亚细胞定位检索,从肿瘤基因组图谱数据库中筛选lncRNA表达数据集。通过mircode数据库和targetscan数据库找到lncRNAs对应的靶microRNA(miRNA),Venn分析筛选出共同的与UM预后相关的miRNA。在多个数据库中同时检索,筛选出共同的miRNA-mRNA。通过KEGG富集与lncRNA-miRNA-mRNA网络可视化,最终确定出与UM生存预后相关的候选lncRNA。结果::在对lncRNA的下游靶miRNA及功能基因的预测中,鉴定出了630对候选miRNA-mRNA。通过ceRNA调控基因表达的机制,筛选出了9个可能发挥ceRNA功能的lncRNA。KEGG分析得到lncRNA的下游调控基因主要富集在参与肿瘤病理进程的信号通路中。SHNG6可能通过调控has-miR-214-5p、has-miR-214-3p、has-miR-let-7b-5p、has-miR-let-7c-3p等miRNAs,调节下游的功能基因 BAX、 IGF1R、 KRAS、 PIK3R1、 PDGFD等。 结论::lncRNAs通过ceRNAs机制,调控一系列参与肿瘤发生发展的致癌基因的表达,影响UM的预后及治疗,SHNG6、LINC01278等lncRNAs可能在其发生发展、迁移及侵袭等方面扮演着重要角色。
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编辑人员丨5天前
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基于微小RNA测序技术的儿童扩张型心肌病的诊断学研究
编辑人员丨5天前
目的:研究血清中微小核糖核酸(miRNA)的特异性表达与儿童扩张型心肌病(DCM)发生的相关性。方法:收集2013年11月至2016年3月就诊于北京安贞医院小儿心脏中心且被确诊为DCM的儿童血清(DCM组,16例)及同期于北京安贞医院体检的年龄性别匹配的健康儿童血清(健康对照组,12例),并进行miRNA测序。后期扩大样本量(DCM组扩大为30例,对照组扩大为16例),对测序结果中有统计学意义的11种miRNAs行实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)验证。结果:血清miRNA测序结果,DCM组患儿较健康对照组儿童有172个miRNAs上调(fold change>2, P<0.001),未发现下调的miRNAs。选择显著上调的top11miRNAs进行qRT-PCR试验验证,发现DCM组患儿血清中8个miRNAs(let-7f、let-7g、miR142-5p、miR143-3p、miR26a、miR27a-3p、miR27b-3p、miR126-3p)显著上调,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。在诊断DCM的受试者工作特征(ROC)曲线中,血清miR142-5p、miR143-3p、miR27b-3p、miR126-3p的曲线下面积分别为0.983、0.992、0.915、0.950,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:本研究发现4个血清miRNAs(miR-142-5p、miR-126-3p、miR-143-3p和miR-27b-3p)可用来区分DCM患儿和健康儿童。循环miRNAs可作为有效的儿童DCM筛查工具。
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编辑人员丨5天前
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三阴性乳腺癌中受c-Myc调节的微小RNA表达谱分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨c-Myc调控的微小RNA(miRNA,miR)表达及其在三阴性乳腺癌(TNBC)转移中的作用机制。方法:采用慢病毒构建c-Myc低表达的人乳腺癌细胞系MDA-MB-231,分为c-Myc沉默组、阴性对照组和空白对照组,分别对不同MDA-MB-231细胞进行miRNA测序,实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)验证具有显著差异的hsa-let-7a、hsa-let-7c、hsa-let-7d、hsa-miR-34c和hsa-miR-98在细胞中的表达,及20例三阴性乳腺癌组织和癌旁组织中c-Myc和hsa-let-7a的表达水平。采用方差分析、Sidak方法比较多组差异分析。结果:与对照组比较,c-Myc沉默组中有126个miRNA存在显著差异,其中84个显著上调,42个显著下调。RT-qPCR验证发现与对照组比较(1.007±0.128,1.003±0.084,1.008±0.138,1.013±0.184,1.009±0.148),在c-Myc沉默组中,hsa-miR-34c(0.693±0.167, F=6.825, P<0.05)、hsa-miR-98下调(0.737±0.145, F=5.260, P<0.05),hsa-let-7a(1.474±0.349, F=7.081, P<0.05)、hsa-let-7c(1.630±0.485, F=7.387, P<0.05)、hsa-let-7d上调(2.104±0.636, F=11.370, P<0.05)。 结论:c-Myc调控let-7a、let-7c、let-7d、miR-34c和miR-98影响三阴性乳腺癌侵袭转移。
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编辑人员丨5天前
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小核仁RNA宿主基因4在胃癌中的预后价值及潜在作用机制
编辑人员丨5天前
目的:旨在探讨小核仁RNA宿主基因4(SNHG4)在胃癌组织中的表达、预后价值及可能作用机制。方法:运用UALCAN数据库分析SNHG4在胃癌中的表达情况;Kaplan-Meier Plotter数据库分析SNHG4与胃癌预后的关系;StarBase、Targetscan、microT-CDS数据库及Cytoscape软件构建SNHG4-miRNA-mRNA调控网络;DAVID数据库对SNHG4相关miRNA的靶基因进行生物学功能及通路分析。结果:SNHG4在胃癌组织中的表达明显高于正常组织( P=8.882E-16)。生存分析发现SNHG4高表达的胃癌患者总体生存时间少于低表达组( P=8.900E-05)。通过RNA调控网络的构建,发现在胃癌中hsa-let-7a-5p( P=1.02E-03)、hsa-miR-152-3p( P=4.51E-06)、hsa-miR-204-5p( P=6.68E-04)和hsa-miR-363-3p( P=8.06E-03)可作为SNHG4的结合位点。SNHG4作用于这4种miRNA进一步调控250个靶基因。对靶基因的GO注释及KEGG富集分析,发现这些靶基因在蛋白质磷酸化的调节、转录负调控、RNA聚合酶II启动子的转录等生物过程中发挥作用,且通过阻断或激活Wnt等信号通路参与胃癌的发生及发展。 结论:SNHG4可作为胃癌潜在的诊断性肿瘤标志物,判断胃癌预后情况,通过构建SNHG4-miRNA-mRNA调控网络,从分子水平研究胃癌的发病机制,为实验研究及临床研究提供明确方向。
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编辑人员丨5天前
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某矿井下作业人员外周血血浆miRNAs表达研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨氡对矿井下作业人员外周血血浆miR-16、miR-106b、miR-449a、let-7g、miR-21、miR-221、miR-34a表达的影响。方法:采用简单随机抽样法分别选取矿井下作业人员(井下组)46名和矿井上作业人员(对照组)38名。采用实时荧光定量PCR(qPCR)方法,检测研究对象外周血血浆中miRNAs的相对表达水平。比较miRNAs在井下组和对照组外周血血浆中的差异表达,分析miRNAs的差异性表达与累积剂量等因素的关系。结果:井下组外周血血浆miR-106b、miR-21、miR-221明显高于对照组( Z=-2.32、-2.47、-2.79, P<0.05),其倍数变化(Fc)分别为1.61、1.75、1.30;miR-16、miR-449a、let-7g、miR-34a高于对照组,但差异无统计学意义( P>0.05)。控制年龄、体质量指数(BMI)、吸烟等因素后,miR-16、miR-106b、let-7g、miR-21、miR-221的差异性表达和氡暴露累积剂量呈正相关( t=2.50、3.31、2.60、2.95、3.25, P<0.05),而miR-449a、miR-34a的表达改变与氡暴露累积剂量无显著相关( P>0.05)。 结论:miR-106b、miR-21、miR-221可能具有作为氡致辐射损伤的早期标志物的潜在价值。
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编辑人员丨5天前
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外泌体微小RNA-let-7c靶向结合AGO1调控多发性骨髓瘤血管生成
编辑人员丨5天前
目的:探究多发性骨髓瘤外泌体中微小RNA(miR)-let-7c对血管内皮细胞生物学功能的影响及机制。方法:从多发性骨髓瘤初治患者的骨髓活检标本中原代培养出骨髓瘤内皮细胞,慢病毒感染后建立miR-let-7c过表达或抑制内皮细胞稳染株,使用细胞计数试剂盒(CCK-8)、Transwell迁移实验及小管形成实验检测感染后内皮细胞的生物学行为改变,并采用生物学信息技术预测miR-let-7c与argonaute1(AGO1)蛋白的靶向调控区,双荧光素酶报告基因实验论证两者之间的靶向调控作用。构建多发性骨髓瘤移植瘤小鼠模型,采用实时定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测各组移植瘤组织中miR-let-7c的表达水平,免疫组织化学标记内皮细胞表面CD31来计算各组肿瘤微血管密度(MVD);采用蛋白印迹法检测各组移植瘤组织中缺氧诱导因子1α (HIF-1α)、AGO1及血管内皮生长因子(VEGF)的蛋白表达;采用qRT-PCR检测各组移植瘤组织中HIF-1α、AGO1及VEGF的mRNA表达。两组均数间用独立样本t检验,两组以上均数的比较用方差分析。结果:用CCK-8试剂盒检测发现,接种后2 d LV3-miR-let-7c mimics组细胞增殖能力较NC组出现明显增强( t=25.185, P<0.05),而LV3-miR-let-7c inhibitor组细胞增殖能力较NC组明显减慢( t=8.708, P<0.05)。通过Transwell迁移实验证实,Mimics组细胞迁移能力较NC组明显增强( t=30.261, P<0.001),Inhibitor组则较对照组明显下降( t=9.459, P<0.01),小管形成实验结果显示,Mimics组细胞体外成管长度较NC组明显增强[(17.861±0.550) mm比(13.632±0.500) mm, t=5.685, P<0.01],而Inhibitor组体外成管长度则较NC组明显下降[(7.180±0.144) mm比(13.632±0.500) mm, t=12.514, P<0.001]。采用蛋白印迹法及qRT-PCR发现,Mimics组VEGF蛋白及mRNA相对水平较NC组明显增加(VEGF蛋白: t=12.720, P<0.001;mRNA: t=12.493, P<0.01),而AGO1蛋白及mRNA水平则较NC组降低(AGO1蛋白: t=6.544, P<0.001;mRNA: t=5.433, P<0.05),Inhibitor组中AGO1蛋白及mRNA水平明显升高(AGO1蛋白: t=7.251, P<0.01;mRNA: t=31.260, P<0.001),而VEGF蛋白及mRNA相对水平则明显降低(VEGF蛋白: t=6.286, P<0.05;mRNA: t=9.221, P<0.05)。双荧光素酶报告基因实验结果显示,miR-let-7c mimics+ AGO1 WT组细胞中荧光素酶活性较LV3-NC+ AGO1 WT组明显降低(0.639±0.046比1.012±0.078, t=3.483, P<0.05)。体内实验中,外泌体组中MVD值较对照组明显增加[(11.6±2.51)个/每400倍视野比(5.4±1.67)个/每400倍视野, t=11.513, P<0.01]。外泌体组内HIF-1α、VEGF的mRNA及蛋白水平较对照组明显增加(HIF-1α: t=24.662、19.172, P<0.01;VEGF: t=19.830, P<0.01, t=7.762, P<0.01),而AGO1的mRNA及蛋白水平则相对降低( t=29.154、12.883, P<0.01)。 结论:骨髓间充质干细胞来源外泌体中miR-let-7c可靶向结合AGO1,促进多发性骨髓瘤血管生成。
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编辑人员丨5天前
