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焦亡相关基因在膀胱癌中的作用鉴定与预后分析研究
编辑人员丨2天前
目的:通过生物信息学的方法分析并确定膀胱癌患者的关键焦亡相关基因(PRGs)表达谱,并阐明其潜在功能.方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载了对应膀胱样本的mRNA表达谱和临床数据,进行功能富集分析,包括基因本体论分析(GO)和京都基因与基因组百科全书的分析(KEGG).构建评估预后的基因模型,计算风险评分,分高、低风险组评估膀胱癌的预后.评估PRGs与肿瘤免疫浸润的相关性,并构建基于它们的共表达和预测目标的竞争性内源性RNA(ceRNA)调控轴.结果:我们选择了 33个PRGs,功能富集分析显示,它们主要参与细胞因子产生、炎症小体复合物、凋亡过程和NOD样受体信号通路的正调控.我们用LAS-SO Cox回归分析筛选6个基因(CASP9、PRKACA、CASP6、TNF、AIM2、GSDMB)构建PRGs模型,KM曲线提示高风险评分的膀胱癌患者的总生存时间概率低于低风险评分患者,差异有统计学意义(P<0.001),列线图表明该模型对预后预测较准确.AIM2、CASP6与免疫细胞浸润显著相关(P<0.05).通过构建ceRNA网络,确定了膀胱癌中的CASP6/hsa-let-7c-5p/MIR29B2CHG调控轴.结论:预后相关的PRGs与膀胱癌患者免疫细胞浸润显著相关.膀胱癌的CeRNA调控轴尚需进一步验证.
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编辑人员丨2天前
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长链非编码RNA PRMT5-AS1调控电离辐射诱导肝癌细胞铁死亡机制的研究
编辑人员丨2天前
目的:探讨长链非编码RNA PRMT5-AS1对电离辐射诱导的肝癌细胞铁死亡的影响。方法:在MHCC-97H细胞中构建PRMT5-AS1过表达模型,在HepG2细胞中构建PRMT5-AS1敲低模型。使用X射线照射,吸收剂量为10 Gy,剂量率为3 Gy/min。采用Western blot和qRT-PCR实验检测基因表达水平。采用台盼蓝染色流式细胞术检测PRMT5-AS1表达对受照肝癌细胞脂质过氧化以及铁死亡的影响。采用CCK-8实验检测PRMT5-AS1表达水平对电离辐射照射后肝癌细胞死亡的影响。双荧光素酶报告实验检测let-7c-5p与PRMT5-AS1和SLC7A11之间结合作用。结果:MHCC-97H细胞中过表达PRMT5-AS1能够显著降低电离辐射引起的细胞死亡(对照组 vs. PRMT5-AS1过表达组:27.57% vs.18.30%, t=14.94, P<0.05)。HepG2细胞中敲低PRMT5-AS1可显著增加电离辐射引起的细胞死亡(对照组 vs. PRMT5-AS1敲低组:17.26% vs.28.26%, t=13.63, P<0.05)。过表达PRMT5-AS1能够明显抑制由电离辐射诱导的细胞内脂质活性氧(ROS)水平增加(对照组 vs. PRMT5-AS1过表达组:17.01% vs.12.52%, t=12.80, P<0.05),敲低PRMT5-AS1可显著增加电离辐射诱导的脂质ROS水平增加(对照组 vs. PRMT5-AS1敲低组:14.54% vs.17.72%, t=5.93, P<0.05)。CCK-8实验结果表明,过表达PRMT5-AS1能够显著抑制Erastin诱导的细胞活性降低(对照组 vs. PRMT5-AS1过表达组:87.92% vs.109.06%, t=2.87, P<0.05),敲低PRMT5-AS1则促进Erastin抑制细胞活性(对照组 vs. PRMT5-AS1敲低组:82.56% vs.60.58%, t=38.35, P<0.05)。Western blot和荧光定量PCR结果表明,过表达PRMT5-AS1能够明显提高SLC7A11的蛋白和mRNA水平( t=26.24, P<0.05),敲低PRMT5-AS1后SLC7A11的蛋白和mRNA水平均显著降低( t=5.60, P<0.05)。荧光素酶报告基因实验表明PRMT5-AS1与let-7c-5p之间存在相互作用( t=9.74, P<0.05)。PRMT5-AS1可以与let-7c-5p形成ceRNA网络,靶向调节SLC7A11。let-7c-5p能够逆转由过表达PRMT5-AS1引起的SLC7A11表达水平增加、脂质ROS水平和细胞死亡减少( t=3.01、4.11, P<0.05),而敲低SLC7A11能够逆转PRMT5-AS1引起的脂质ROS抑制和细胞死亡减少( t=21.35、7.15, P<0.05)。 结论:长链非编码RNA PRMT5-AS1通过PRMT5-AS1/let-7c-5p/SLC7A11轴抑制电离辐射诱导肝癌细胞铁死亡的发生。
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编辑人员丨2天前
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强直性脊柱炎患者外周血环状RNA的表达谱研究
编辑人员丨2天前
目的:筛选AS患者PBMCs中差异表达的环状RNA(circRNA),分析其表达谱以探讨circRNAs在AS发病中的作用。方法:采用circRNA微阵列芯片技术检测3例AS活动期(ASA)患者,3例AS稳定期(ASS)患者和3名健康对照者(HC)PBMCs中circRNAs的表达并通过倍数变化(FC)和 P值进行筛选,找到差异表达的circRNAs;从差异表达靠前的circRNAs中随机选择4个circRNAs,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证芯片结果;对差异表达的circRNAs进行基因本体论(GO)分析,京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,并通过微RNA(miRNA)靶标预测软件对circRNA/miRNA相互作用关系进行预测。采用 t检验和Mann-Whitney U检验等方法对数据进行统计分析。 结果:芯片结果显示,ASA组较HC组共有800个显著差异表达的circRNAs(FC>1.5, P<0.05),其中466种上调,334种下调;ASS组较HC组共有1 149个显著差异表达的circRNAs(FC>1.5, P<0.05),其中589种上调,560种下调;ASA组较ASS组间共有233个显著差异表达的circRNAs(FC>1.5, P<0.05),其中145种上调,88种下调。RT-qPCR验证结果提示,4个差异表达的circRNAs表达趋势与芯片结果一致。GO分析结果提示,这些差异表达的circRNAs主要参与无义介导的mRNA衰变、Rho GTPase酶结合等过程;KEGG分析结果在辅助性T细胞(Th)17细胞分化、趋化因子信号通路等处得到富集;miRNA靶标预测软件结果提示差异表达的circRNAs可能靶向结合miR-650、let-7b-5p等miRNAs发挥作用。 结论:和HC组相比AS患者PBMCs中存在差异表达的circRNAs,推测这些circRNAs可能参与AS的发病。
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编辑人员丨2天前
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MiR-let-7在细胞凋亡过程中作用的研究进展
编辑人员丨2天前
细胞凋亡是一种由基因严格调控的、自发的、有序的细胞死亡方式,在参与生物体内组织胚胎发育、维持内环境稳态以及调节免疫系统和神经系统功能等方面具有重要作用。MiR-let-7(microRNA-let-7)是一类长度约为22个核苷酸的非编码RNA(non-coding RNAs,ncRNAs),其功能十分广泛,通过介导细胞增殖、分化和凋亡等细胞表型变化,参与体内诸多生理以及病理过程。越来越多的研究表明miR-let-7与细胞凋亡关系极为密切,因此阐明MiR-let-7在细胞凋亡过程中的调控作用,为进一步研究细胞凋亡的分子机制提供新的视角。
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编辑人员丨2天前
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微小核糖核酸let-7c对肝癌细胞增殖的影响及其靶基因分析
编辑人员丨2天前
目的:分析微小核糖核酸(mi RNA)let-7c通过靶定细胞周期蛋白依赖激酶6(CDK6)抑制肝癌细胞增殖的临床意义,并探讨其对肝癌细胞增殖的影响以及靶基因。方法:选取人低转移肝癌细胞-97L(MHCC-97L)、人高转移肝癌细胞(HCCLM3)、人肝癌组织(HepG2)、人肝癌细胞-7721(SMMC-7721)、人肝细胞LO2、小鼠抗人细胞周期蛋白依赖激酶抗体等进行细胞培养,利用Western blot检测转染后小鼠CDK6表达情况,转染48 h后应用细胞裂解液对三组蛋白进行提取,将材料分为观察组、对照组、空白组,观察组转染let-7c,对照组转染阴性对照miRNA,空白组未进行转染处理;应用二喹啉甲酸法对各孔细胞蛋白浓度进行测定。结果:let-7c对肝癌细胞HCCLM3增殖结果显示,于450 nm处观察组、对照组转染后24 h吸光度值差异无统计学意义( P>0.05);转染48 h后观察组、对照组HCCLM3细胞中CDK6蛋白含量发生较大变化,观察组的CDK6蛋白表达量为(0.58±0.05),均低于对照组的(0.81±0.08)与空白组(0.85±0.09)( t=10.107、13.876,均 P<0.05);转染后72 h,观察组细胞处于G1期比例为(56.21±3.25)%,明显高于对照组的(45.21±1.56)%与空白组的(46.24±1.98)%,差异均有统计学意义( t=16.146、13.862,均 P=0.000)。 结论:肝癌细胞中let-7c呈低表达,将let-7c上调可有效调控CDK6,从而抑制癌细胞生长,对肝癌细胞增殖具有明显的抑制作用。
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编辑人员丨2天前
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硼中子俘获治疗头颈部肿瘤临床试验进展
编辑人员丨2天前
硼中子俘获治疗(boron neutron capture therapy,BNCT)是结合靶向治疗和重离子治疗的先进二元放疗技术。其原理是利用含有 10B同位素的硼药在肿瘤细胞中靶向聚集,随后中子束流外部照射肿瘤部位,发生 10B(n,α) 7Li核反应,释放出杀伤范围为一个细胞大小(5~9 μm)的高传能线密度α粒子和 7Li粒子杀死肿瘤细胞。BNCT具有精准的肿瘤靶向性,对正常组织损伤小,分割次数(1~3次)少于传统放疗(30次)等优点。BNCT使用的中子由反应堆或加速器产生,临床使用的硼药包括BPA和BSH两种。本文介绍国内外开展的头颈部肿瘤BNCT临床试验及取得的重要进展。BNCT对于头颈部肿瘤治疗具有良好疗效。随着加速器中子源的推广应用和新型硼药的研发,BNCT将会在临床放射治疗领域发挥更大的作用。
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编辑人员丨2天前
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新生儿急性呼吸窘迫综合征与Let-7家族相关性研究进展
编辑人员丨2天前
新生儿急性呼吸窘迫综合征(neonatal acute respiratory distress syndrome,NARDS)是新生儿常见的危急重症之一,有较高的病死率和致残率,其发生机制涉及复杂的炎症反应过程,存活患儿常伴多种并发症,远期预后不良。微小RNA(microRNA,miRNA)是一类短小的非编码单链RNA,通过负性基因表达调控细胞的病理生理过程,进而影响疾病进程。Let-7家族是继Lin-4家族之后第二个被发现的miRNA家族,在生物体内有着至关重要的调节作用。大量研究表明,Let-7家族参与肺的生理发育及部分肺部炎症性疾病的病理过程,进而参与NARDS的发生发展。该文就Let-7家族与NARDS相关性的研究进展进行综述,以期为NARDS早期诊断及治疗提供新的思路。
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编辑人员丨2天前
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敏感域的形状选取对微剂量动力学模型参数的影响
编辑人员丨2天前
目的:基于粒子径迹结构模型,利用三重积分计算粒子在球状敏感域(domain)内的单次事件剂量加权平均比能,并探讨敏感域的形状对微剂量动力学模型(MKM)参数带来的影响及其对应的物理意义。方法:分别假定敏感域为圆柱状和球状。α 0、域半径 rd和细胞核半径 Rn为待定系数,3种带电粒子( 3He、 12C、 20Ne)的核电荷数、动能及其对应的传能线密度(LET)为自变量, D10为因变量。以 D10计算值与实验值的残差均方值 J2为优化目标,采用稳健最小二乘法分别得到人类唾液腺肿瘤(HSG)细胞和中国仓鼠肺(V79)细胞对应待定系数的最优拟合值即为MKM最优模型参数值。 结果:对于HSG细胞,圆柱状敏感域:α 0=0.073/Gy, rd=0.29 μm, Rn=4.1 μm, J2=0.039 7 Gy 2;球状敏感域:α 0=0.023/Gy, rd=0.29 μm, Rn=4.4 μm, J2=0.039 3 Gy 2;对于V79细胞,圆柱状敏感域:α 0=0.114/Gy, rd=0.25 μm, Rn=3.8 μm, J2=0.097 4 Gy 2,球状敏感域:α 0=0.095/Gy, rd=0.26 μm, Rn=4.1 μm, J2= 0.096 9 Gy 2。 结论:对于同一种细胞,分别选取圆柱状和球状的敏感域,最终计算拟合得到的MKM参数存在明显差异,其中两种形状的敏感域半径拟合值 rd相差不大,而球状敏感域拟合得到的α 0更小,细胞核半径 Rn更大,更接近于荧光显微镜观察的细胞核尺寸。在低LET(<20 keV/μm)区域,根据两种形状敏感域所得参数计算的 D10存在明显差异,所以敏感域形状选取会对质子放疗在布拉格峰附近区域的相对生物效应(RBE)计算造成影响。
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编辑人员丨2天前
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Role of let-7 family in the invasion and metastasis of osteosarcoma
编辑人员丨2天前
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编辑人员丨2天前
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子宫内膜异位症患者异位内膜组织中差异表达microRNA的筛选
编辑人员丨2天前
目的:探讨微小 RNA(microRNA,miRNA)在子宫内膜异位症(endometriosis,EMS)患者异位内膜组织中的表达特征。方法:收集2018年4月至2019年10月期间于厦门大学附属第一医院妇产科就诊EMS 患者异位内膜组织和对照组在位内膜组织开展实验。利用Illumina平台的miRNA测序检测内膜组织中 miRNA的表达情况。通过生物信息学分析差异表达的miRNAs及其潜在靶基因在EMS发生、发展中的作用。结合文献挑选6个具有显著差异的miRNAs(miR-98-5p、let-7c-5p、miR-495-3p、miR-200b-3p、miR-200c-3p、miR-148b-3p),应用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)进行验证,并在构建miRNA-基因调控网络后初步验证其潜在靶基因。结果:测序结果显示,相比对照组,EMS患者异位内膜组织中有69个miRNAs出现差异表达(差异倍数>1.5, P<0.05),其中表达上调22个,表达下调47个。基因本体分析显示,差异表达的miRNAs所调控的靶基因在生物学过程中集中在与蛋白质修饰、发育调控、细胞代谢和形态结构等相关。KEGG pathway分析显示,靶基因富集于蛋白质功能、自噬、AGE-RAGE及MAPK信号通路中。qRT-PCR结果显示miR-98-5p、let-7c-5p、miR-200b-3p、miR-200c-3p的表达情况与测序结果一致。miRNA-基因共表达网络显示 miRNAs与所预测的靶基因间的相互关系。miRNAs潜在靶基因的qRT-PCR验证结果显示,miR-200b-3p、miR-200c-3p与 ZEB2呈负相关,miR-98-5p与 PGRMC1呈负相关,miR-98-5p、let-7c-5p与 ADIPOR2呈正相关。 结论:miR-98-5p、let-7c-5p、miR-200b-3p和miR-200c-3p在EMS患者异位内膜组织中存在显著差异表达,可能参与EMS的发生、发展。
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编辑人员丨2天前
