目的:了解1株人流感H3N2毒株的全基因组序列特征、遗传进化及生物学特性。方法:对浙江省丽水市分离的1株H3N2流感毒株进行全基因组测序，从美国国立生物信息中心(NCBI)和全球倡议分享流感数据库(GISAD)获取其他流感毒株基因组全序列，通过BioEdit7.0.9将该毒株8节段基因与其他序列比对，MEGA7.0软件邻接法构建进化树，并全面分析该毒株的进化、致病力和抗原性等特征。结果:测序得到该毒株为人流感分离株A/Homo sapien/China/LS340/2019（H3N2）株（LS340），LS340为典型的季节性人流感病毒，血凝素基因属于3C.2a1进化分支，具备人际传播能力，部分位点呈现高传播性和高致病性特征，对金刚烷胺耐药。与当季推荐疫苗株相比，抗原区出现涉及A、B两个表位3个位点突变。结论:LS340未出现重组、缺失等较大变异，但与当季推荐疫苗株相比已经发生抗原漂变，应及时更新疫苗，同时加强此类病毒变异监测，防止流感大流行发生。

目的:了解江苏省淮安市H3N2亚型流感病毒的生物学特性和变异情况，为流感疫情防控与疫苗研发提供参考依据。方法:选取4株2022年淮安市流感监测网络实验室分离的流感毒株，通过全基因组核酸提取、文库构建，应用Nanopore三代测序平台对H3N2亚型毒株进行全基因组序列测定，利用生物信息学软件比对基因组序列相似性、构建系统发育树，解析氨基酸变异特征。结果:8个基因节段之间的核苷酸相似性为97.1%～100.0%，相似性差异最大的是HA基因(97.1%～99.9%)，差异最小的是MP基因(98.6%～99.9%)。核苷酸位点变异频率最高和最低的节段分别是HA基因(3.06%)和MP基因(1.43%)，不同基因节段核苷酸变异率有统计学意义( χ2＝14.293， P＝0.046)。HA和NA基因发育树拓扑结构基本一致，3株隶属3C.2a1b.2a.1a进化簇，1株独立属于3C.2a1b.1b进化分支且糖基化位点相较于另外3株在HA1蛋白142NWT、149NGT和NA蛋白436NLS位点发生丢失。4株淮安株均对NA抑制剂和金刚烷胺类药物敏感。 结论:1株淮安株抗原性发生了改变，与当年疫苗株匹配性较低，建议持续加强H3N2流感病毒的基因监测，为流感防控及流感疫苗筛选提供科学依据。

目的:分析陕西省首例人感染G4基因型欧亚类禽H1N1猪流感病毒（EA H1N1 SIV）的基因特征。方法:采集患者咽拭子标本，接种MDCK细胞进行病毒分离获得毒株，采用全基因组深度测序方法获得分离株的8个基因节段序列，通过GenBank数据库中Blast程序进行核苷酸同源性分析，构建系统进化树，分析病毒基因特征。结果:病例咽拭子标本经实验室确诊为EA H1N1 SIV，后分离毒株命名为A/Shaanxi-Weicheng/1351/2022（H1N1v）。同源性分析显示，该分离株的PB2、NP、HA、NA和M基因均与A/swine/Beijing/0301/2018（H1N1）核苷酸同源性最高，分别为98.29%、98.73%、97.41%、97.52%和99.08%。进化树显示，该分离株属于G4基因型EA H1N1 SIV，其中PB2、PB1、PA、NP和M基因来自pdm/09 H1N1，HA和NA基因来自EA H1N1，NS基因来自三源重配H1N1。其HA蛋白裂解位点为IPSIQSR↓G，为低致病性流感病毒的分子特征。NA蛋白未出现与神经氨酸酶抑制剂相关的氨基酸突变。PB2蛋白701N、PA蛋白P224S突变、NP蛋白Q357K突变、M蛋白P41A突变和NS蛋白92D均说明其对哺乳动物的适应性增强。结论:该患者为陕西省首例人感染G4基因型EA H1N1 SIV病例，该病毒为低致病性，但其对哺乳动物的适应性增强，需要加强对此类SIVs的监测。

弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）在形态学、免疫表型、分子病理、临床表型及预后都有明显异质性。基因组及转录组测序技术的发展，将DLBCL分为EZB、BN2、MCD、N1四个亚型或C1~C5五个亚型。新的分子病理分型从基因和分子层面对DLBCL进行了更深入的认识，使预后的判断更为准确，有利于临床筛选更精准的靶向治疗。

目的:基于空间转录组、单细胞转录组和RNA转录组测序数据探讨BICD1基因促进脑胶质瘤恶性进展的分子机制。方法:基于空间转录组公共数据集分析BICD1基因在正常脑组织(样本"248_C")和胶质母细胞瘤组织(样本"275_T")中的空间分布特征。采用R语言软件包分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库中单细胞测序数据(来源于14例患者的6 148个细胞)，明确BICD1基因在胶质瘤不同细胞类型中的表达差异。基于CGGA数据库中693例脑胶质瘤患者的RNA测序数据，采用京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及基因本体论分析BICD1基因相关基因的生物学功能。结果:BICD1基因在正常脑组织中表达广泛，在胶质母细胞瘤组织中特异性地表达于肿瘤干细胞与肿瘤细胞的分界处。根据单细胞测序数据进行的细胞分群分析表明，BICD1基因主要在星形胶质细胞中高表达。在Neftel分型中，BICD1基因高表达细胞主要分布在星形胶质细胞样细胞群和神经前体样细胞群中。BICD1基因表达水平相关差异基因的KEGG通路富集分析显示，BICD1基因高表达与细胞衰老( P＝0.003)、癌症中的蛋白聚糖( P＝0.004)等癌症相关生物学功能的聚集相关，与肌动蛋白细胞骨架的调节( P＝0.010)等胞内运输过程的功能聚集相关；BICD1基因低表达与核糖体相关功能( P<0.001)及氧化磷酸化( P<0.001)等生物学过程的聚集相关。BICD1基因表达水平相关差异基因的生物学功能聚类分析显示，与BICD1基因表达水平相关性较强的生物学功能有细胞质翻译( P<0.001)、核糖体亚单位装配( P＝0.001)、染色体分离调控( P＝0.004)及染色体分离( P＝0.004)等。BICD1基因的表达水平与多泛素修饰依赖性蛋白结合( P＝0.046)、泛素－泛素连接酶活性( P＝0.033)、蛋白质解聚负调控( P＝0.010)、单泛素化蛋白质去泛素化( P＝0.026)、肌动蛋白丝加帽( P＝0.007)、肌动蛋白丝解聚( P＝0.013)等生物学过程相关。 结论:BICD1蛋白可能在脑胶质瘤前体肿瘤细胞中参与蛋白泛素化降解及细胞骨架相关的胞内运输，调控细胞衰老和细胞分裂等生物学过程，在这些细胞的恶性转变过程中起到关键作用。

目的:探讨转移性儿童及青少年分化型甲状腺癌（caDTC）基因与临床特征的关系。方法:横断面研究，纳入2020年12月至2022年12月就诊于北京协和医院存在淋巴结或远处转移性的caDTC患者，根据纳排标准共入组67例患者。比较不同基因组间临床病理特征及摄碘差异，并以12岁为界行亚组分析。结果:67例caDTC中，确诊年龄［ M（ Q1， Q3）］为13.2（9.7，16.9）岁，男23例，女44例。68.7%（46/67）的患者存在远处转移（M1期）。68.7%（46/67）检测出致病性或可能致病性基因突变，RET或NTRK融合（简称RET/NTRK）最多［43.3%（29/67）］，BRAF V600E突变次之［19.4%（13/67）］，仅1例为NRAS Q61R突变。将患者分为RET/NTRK融合组（ n=29）、BRAF突变组（ n=12）、其他突变组（ n=4）及无突变组（ n=21）（1例患者因合并NRAS Q61R突变和BRAF V600E突变未纳入基因突变亚型分组比较）。基因特征分组比较显示，相较于BRAF突变组，RET/NTRK融合组的中位确诊年龄较小［12.6（9.3，15.9）比17.2（15.5，18.1）岁， P<0.001］，突变负荷≥2的比例更高（10.4%比8.3%， P=0.027），差异均有统计学意义。46例M1期患者中，71.7%（33/46）初始摄碘，30.4%（14/46）发展为碘难治性（RAIR）。年龄分组比较中，相较≥12岁组，<12岁组男性比例更高（51.9%比22.5%， P=0.013）和BRAF V600E突变发生率更低（0比32.5%， P<0.001）。 结论:RET/NTRK在转移性caDTC中发生率最高，并呈现低龄化和高远处转移率的特征，尽管转移性病灶多数初始摄碘，但易发生RAIR。应重视RET/NTRK融合在低龄caDTC侵袭性及碘抵抗发生中的潜在作用。

目的:比较维卡格雷和氯吡格雷在不同细胞色素P450（CYP）2C19基因型患者中的抗血小板作用。方法:本研究为维卡格雷Ⅱ期临床研究的事后分析。维卡格雷的Ⅱ期临床研究于2018年8月至2019年6月在国内18家中心纳入接受经皮冠状动脉介入治疗的冠心病患者。按照是否携带CYP 2C19 *2或*3功能缺失（LOF）等位基因将患者分为LOF携带组（111例）和非LOF携带组（90例）；以上两组中，按治疗方案又分别分为维卡格雷5 mg组、维卡格雷6 mg组、维卡格雷7.5 mg组及氯吡格雷组。在基线、负荷量服药后6~8 h、随机后7~10 d及随机后第28天分别采用VerifyNow测定P2Y 12反应单位（PRU），并计算血小板聚集抑制百分比（%IPA）。主要研究终点为第28天的%IPA。在北部战区总医院入选的患者中，每组选取8~12例作为预设的亚组进行药代动力学检测，测量参数包括最大血浆浓度时间点（T max）、最大血浆浓度（C max）及血药浓度-时间曲线下面积（AUC）。 结果:最终入选201例患者，年龄（58.8±8.5）岁，其中男性139例（69.2%）。非LOF携带患者中，维卡格雷5、6、7.5 mg组与氯吡格雷组在各检测点的PRU和%IPA值的差异均无统计学意义（ P均>0.05）。LOF携带患者中，负荷量服药后6~8 h维卡格雷5、6、7.5 mg组与氯吡格雷组的%IPA差异有统计学意义［22.9（14.2，31.5）%比19.8（11.0，28.6）%比29.5（20.9，38.0）%比12.9（3.9，21.9）%， P=0.038］，随机后7~10 d 4组的%IPA差异亦有统计学意义［22.4（14.2，30.5）%比34.4（26.1，42.6）%比39.8（31.8，47.9）%比24.7（16.3，33.2）%， P=0.001］，随机后第28天维卡格雷各治疗组的%IPA有高于氯吡格雷组的趋势［30.4（21.3，39.6）%比36.5（27.2，45.7）%比40.8（31.8，49.8）%比30.7（21.2，40.2）%， P=0.056］。共35例患者接受了药代动力学检测，结果显示，在非LOF携带者中，不同剂量维卡格雷组与氯吡格雷组的代谢产物M15-2的C max值和AUC差异均无统计学意义（ P均>0.05）；而在LOF携带者中，维卡格雷5、6、7.5 mg组与氯吡格雷组的AUC差异有统计学意义［（5.6±0.6）h·μg -1·L -1比（6.8±2.7）h·μg -1·L -1比（9.2±3.3）h·μg -1·L -1比（4.2±1.9）h·μg -1·L -1， P=0.020］。 结论:在CYP 2C19基因非LOF携带者中，维卡格雷和氯吡格雷具有相同的抗血小板作用，但在LOF携带者中，维卡格雷的抗血小板作用优于氯吡格雷。

目的:筛选原发胶质母细胞瘤放化疗敏感性相关基因，基于相关基因构建原发胶质母细胞瘤患者的预后预测模型并验证。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)2019数据库(102例，试验组)和CGGA数据库(54例，验证组)中术后接受规范放化疗的原发胶质母细胞瘤患者的临床资料及转录组测序数据。在试验组中筛选长生存期亚组(≥18个月，49例)与短生存期亚组(≤9个月，22例)患者的差异基因，进一步将患者的年龄、肿瘤异柠檬酸脱氢酶( IDH)突变状态、染色体1p/19q共缺失状态、O 6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶( MGMT)启动子区甲基化状态以及差异基因均纳入多因素Cox回归分析，筛选其中为独立预后因素的目标差异基因，取其风险比的自然对数作为各基因相应的系数，计算预后风险评分。采用单因素和多因素Cox回归分析法评估预后风险评分是否为独立预后因素；采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线，log-rank检验比较高风险组(预后风险评分>0分)与低风险组(预后风险评分≤0分)患者生存期的差异。通过Pearson相关性分析筛选与风险评分呈正相关的基因，并对其进行功能富集分析。 结果:试验组中，长生存期亚组与短生存期亚组患者的性别、年龄、肿瘤切除程度、 IDH突变状态、染色体1p/19q缺失状态以及 MGMT启动子甲基化状态的差异均无统计学意义(均 P>0.05)。长生存期亚组与短生存期亚组比较，9个基因表达量显著升高(均 P<0.05)，28个基因表达量显著降低(均 P<0.05)。采用多因素Cox回归分析法筛选出4个目标差异基因，分别为 AKR1 C1( HR＝0.910，95% CI：0.850～0.974， P＝0.006)、 CPZ( HR＝0.947，95% CI：0.898～0.999， P＝0.044)、 HIST1 H3 H( HR＝1.299，95% CI：1.025～1.647， P＝0.031)以及 TBX5( HR＝1.104，95% CI：1.034～1.179， P＝0.003)，其对应的预测模型中的系数分别为-0.0947、-0.0547、0.2624、0.0994。试验组和验证组中，预后风险评分(高风险)均为预后的独立危险因素(试验组中， HR＝2.407，95% CI：1.470～3.939， P<0.001；验证组中， HR＝2.054，95% CI：1.101～3.830， P＝0.024)。试验组和验证组中，高风险亚组(分别为51、22例)患者的总生存期均比低风险亚组(分别为51例、32例)短，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。功能富集分析结果显示，在试验组与验证组中，与预后风险评分正相关的基因更多地富集在细胞增殖、基因表观遗传学调控、DNA修复及核因子κB信号通路的激活等生物学功能上。 结论:基于放化疗敏感性相关基因 AKR1 C1、 CPZ、 HIST1 H3 H以及 TBX5构建的预后预测模型或可用于预测原发胶质母细胞瘤患者的预后。

目的:分析霍乱弧菌O1血清群El Tor产毒株基因组的重组特征。方法:在美国国立生物技术信息中心数据库中，选取分离时间从1937—2015年的292株霍乱弧菌O1血清群El Tor菌株完成图序列或草图序列，以菌株N16961的基因组序列为参照，使用snippy软件获得菌株的全基因组比对信息，利用ClonalFrameML软件对数据进行重组分析，比较大小染色体间重组数目及重组区域总长度的差异，以及不同分离地区菌株的基因组重组片段数目和总长度的差异。使用KOBAS分析工具对重组热点基因进行基因本体富集分析。结果:292株霍乱弧菌菌株中，发生基因重组163株（55.8%）；其中，归一化处理的小染色体重组片段数目 M（ P 25， P 75）为4.7×10 -6（9.3×10 -7，2.0×10 -5），大于大染色体[2.4×10 -6（3.4×10 -7，5.7×10 -6）]（ P<0.001）；小染色体重组区域占小染色体长度的比例 M（ P 25， P 75）7.1%×10 -5（3.7%×10 -6，4.8%×10 -4），大于大染色体[2.2%×10 -5（2.4%×10 -6，8.4%×10 -5）]（ P<0.001）。分离自非洲、亚洲、欧洲、北美洲和南美洲的菌株重组片段数目 M（ P25， P75）分别为23（1.0，33.0）、1.0（0.0，34.0）、6.0（2.0，13.0）、0.0（0.0，1.0）和29.5（6.8，56.8）（ P<0.001）；分离自各大洲的菌株重组区域总长度 M（ P25， P75）分别为233.0（4.0，461.0）、11.0（0.0，695.5）、56.0（4.0，111.0）、0.0（0.0，9.0）和347.5（132.8，1 323.5）bp（ P<0.001）。富集分析结果显示，62个重组热点编码基因的功能主要集中在趋化、趋性、对外界刺激的反应、受体活性和分子转导活性。 结论:霍乱弧菌El Tor大小染色体的重组片段数目及区域长度存在差别，不同大洲菌株重组片段数目及重组区域总长度不同。

目的:分析淮南市2016年度外环境标本中H7N9禽流感病毒基因组特征。方法:采集活禽市场禽类粪便、笼具、台面或砧板、脱毛机、禽类饮水、污水等标本，选取H7N9、H9亚型PCR检测阳性标本( Ct值≤30)，鸡胚分离培养后提取RNA，扩增8个基因节段进行基因序列测定、分子特征与进化分析。 结果:2016年150份淮南市外环境标本检出H7N9亚型46份、H9亚型71份、H5亚型38份；2份H7N9亚型分离成功。基因进化分析显示，淮南市2株H7N9禽流感毒株血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因均处于长三角分支内，其余6个内部基因无明显地域分布聚类；HA氨基酸受体位点出现G186V、Q226L位点变异，NA茎区缺失了"QISNT"序列，R294K、E119V耐药位点没有发生突变；聚合酶发生PA基因I550L，PB1基因I368V，PB2基因I504V突变；NS1基因出现增强致病力的位点N205S、P42S改变；耐药相关位点出现M1基因N30D、T215A，M2基因S31N突变。结论:2016年淮南市活禽市场禽流感病毒高度流行，H7N9亚型感染人类的能力有所增强，M2离子通道抑制剂耐药，NA抑制剂仍为敏感有效药物。