-
基于转录组构建n7-甲基鸟苷相关长链非编码RNA的胶质瘤预后模型
编辑人员丨2天前
目的:探讨n7-甲基鸟苷(m7G)相关长链非编码RNA(lncRNA)的表达与胶质瘤预后的关系,并建立m7G相关lncRNA评估胶质瘤患者预后的模型。方法:从癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)数据库和中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库下载测试集和验证集相关数据。对数据进行LASSO回归分析和随机森林算法,建立与m7G相关lncRNA胶质瘤预后模型。利用提取后的12个lncRNA系数加权表达水平计算出个体化的风险评分,根据中位风险评分将测试集和验证集胶质瘤患者分为高风险组和低风险组。绘制Kaplan-Meier生存曲线,比较采用log-rank检验。绘制受试者工作特征(ROC)曲线,评估风险评分预测胶质瘤患者1、3和5年生存率的效能。结果:共获得12个与m7G相关的lncRNA,风险评分= 1.026 × AC002454.1 + 1.086 × AC131097.4 + 1.039 × AC147651.3 + 1.01 × AGAP2-AS1 + 1.036 × CRNDE + 0.733 × GDNF-AS1 + 1.321 × HOXD-AS2 + 0.934 × LINC00641 + 1.183 × PAXIP1-AS2 + 1.258 × PVT1 + 0.909 × SOX21-AS1 + 0.754 × TTC28-AS1,中位风险评分为- 0.45分。Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示,高风险组中位生存时间明显短于低风险组(1.98年比9.51年,log-rank χ2 = 131.78, P<0.01)。ROC曲线分析结果显示,风险评分预测胶质瘤患者1、3和5年生存率的曲线下面积(AUC)分别为0.891、0.923和0.912。验证集胶质瘤患者Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示,高风险组中位生存时间明显短于低风险组(1.29年比6.88年,log-rank χ2 = 103.27, P<0.01);ROC曲线分析结果显示,风险评分预测1、3和5年生存率的AUC分别为0.724、0.795和0.762。测试集和验证集多因素Cox回归分析结果显示,风险评分均是影响胶质瘤患者预后的独立危险因素( HR = 1.992和1.247, P<0.01或<0.05)。 结论:基于转录组构建的m7G相关lncRNA的风险评分模型是预测胶质瘤患者预后的一种新方法。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
基于NMDAR1/cGMP通路探究"三法三穴"对轻度慢性压迫性神经损伤大鼠脊髓背角的镇痛启动机制
编辑人员丨1个月前
目的 探究"三法三穴"推拿手法对轻度慢性压迫性神经损伤(minor CCI)模型大鼠的镇痛启动机制.方法 35只SD大鼠按照随机数字表法分为5组,即正常组、假手术组、模型组、推拿组、推拿+MK-801组.模型组、推拿组和推拿+MK-801组结扎右侧坐骨神经干建立minor CCI大鼠模型;假手术组仅暴露右侧坐骨神经,不予结扎;正常组不予任何操作.正常组不予任何干预措施;模型组、假手术组造模后第7天予抓握束缚9 min;推拿组造模后第7天进行1次三法(点法、拨法、揉法)三穴(右侧"殷门""承山""阳陵泉")干预,每法每穴干预1 min,共9 min;推拿+MK-801组造模后第5~7天鞘内注射MK-801,每次6 μg(10 μL),每日1次,最后一次鞘内注射30 min后再进行推拿干预,推拿具体操作同推拿组.造模前、造模后、干预后检测各组大鼠冷敏阈值(CST)和机械缩足反射阈值(MWT);干预后,免疫组织化学法检测腰4~6节段脊髓背角中环磷酸鸟苷(cGMP)蛋白阳性表达,蛋白质印迹法检测腰4~6节段脊髓背角中N-甲基-D-天冬氨酸受体1(NMDAR1)、神经源型一氧化氮合酶(nNOS)、可溶性鸟苷酸环化酶β(sGCβ)、蛋白激酶G1(PKG1)蛋白表达,实时荧光PCR法检测腰4~6节段脊髓背角中NMDAR1、nNOS、sGCβ、cGMP、PKG1mRNA表达.结果 与正常组、假手术组比较,造模后模型组、推拿组和推拿+MK-801组CST升高,MWT降低(均P<0.05);干预后模型组腰4~6节段脊髓背角中cGMP蛋白阳性表达增多,NMDAR1、nNOS、sGC β、PKG1 蛋白表达增多,NMDAR1、nNOS、sGC β、cGMP、PKG 1 mRNA 表达增多(均P<0.05).与模型组比较,干预后推拿组和推拿+MK-801组CST降低,MWT升高(均P<0.05);推拿组、推拿+MK-801组腰4~6节段脊髓背角中cGMP蛋白阳性表达减少,NMDAR 1、nNOS、sGCβ、PKG1 蛋白表达减少,NMDAR1、nNOS、sGCβ、cGMP、PKG1 mRNA 表达减少(均 P<0.05).结论 推拿干预1次后即可有效改善周围神经病理性疼痛引起的温度觉、机械痛觉过敏症状,可能是通过NMDAR1/cGMP/蛋白激酶G信号通路启动镇痛,从而发挥即刻镇痛作用.
...不再出现此类内容
编辑人员丨1个月前
-
RNA m7G甲基化修饰在消化系统肿瘤中的研究
编辑人员丨1个月前
N7-甲基鸟嘌呤(N7-methylguanosine,m7G)修饰是转录后调控中常见的碱基修饰形式之一,也是近年来表观遗传修饰研究的热点.m7G修饰广泛存在于真核生物中,参与调控多种生物学功能.越来越多的证据表明,m7G修饰与多种恶性肿瘤的进展密切相关,本文主要概述了 RNA m7G修饰及其调控分子在消化系统肿瘤中的作用.
...不再出现此类内容
编辑人员丨1个月前
-
疏肝解郁安神方干预冠心病合并抑郁状态的代谢组学研究
编辑人员丨2024/7/20
目的:探究疏肝解郁安神方治疗冠心病合并抑郁状态的作用机制.方法:纳入 2021 年 10 月—2022 年 1 月于河南中医药大学第一附属医院心内科住院治疗的冠心病合并抑郁状态病人,采用随机数字表法分为治疗组 9 例(疏肝解郁安神方+西医常规治疗+心理疏导治疗),对照组 8例(西医常规治疗+心理疏导治疗),疗程为 1周.利用高效液相色谱-质谱联用技术(HPLC-MS)检测两组病人治疗前后的血清代谢物,筛选潜在的差异代谢物,预测与疏肝解郁安神方治疗冠心病合并抑郁状态相关的代谢通路.结果:冠心病合并抑郁状态病人具有相似的代谢谱特征;通过二级质谱分析,最终共得到 26个二级差异代谢物.与干预前冠心病合并抑郁状态病人代谢谱相比,疏肝解郁安神方干预后,黄芩苷、漆黄素、N5-L-1-羧乙基-L-鸟氨酸、5-羟色胺、乌头酸盐、半胱氨酸硫酸酯、5-2-羟乙基-4-甲基噻唑 7个代谢物在中药干预后表达水平上调;N-[(3a,5b,7a)-3-羟基-24-氧代-7-(亚砜基)胆聚糖-24-基]-甘氨酸、L-赤霉素、十一烷酸、瓜氨酸、壬酸、氧化苯乙烯 6个代谢物在中药干预后表达水平下调;同时对获得的 26 个二级差异代谢物进行京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最终富集到 46 条代谢通路,富集度最为显著的 4 条通路分别为环磷酸腺苷信号通路、柠檬酸循环、胆汁分泌、5-羟色胺能突触通路.结论:本研究利用代谢组学技术揭示了疾病和中药复方干预后机体内代谢产物变化,从代谢终端产物层面阐述了疏肝解郁安神方治疗冠心病合并抑郁状态的作用机制,为后续试验的开展和新药的研发提供了一定的参考依据.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2024/7/20
-
一种基于m7G RNA修饰相关基因的乳腺癌预后预测模型的构建和验证
编辑人员丨2024/2/3
目的:建立并验证一种基于N7甲基鸟苷(m7G)RNA甲基化修饰相关基因的乳腺癌预后预测模型.方法:检测31种m7G RNA甲基化相关的关键调控因子在乳腺癌组织中的表达模式.下载癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)中的乳腺癌患者的mRNA基因表达和临床预后数据.通过单变量Cox回归分析评估每个m7G相关基因对生存的预后价值.应用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归方法,构建基于m7G甲基化调节基因的乳腺癌预后风险模型.通过基因集富集分析(GSEA)阐述BC高危人群的主要作用机制.基于m7G建立预后列线图,分别在TCGA和GEO队列中进行验证.结果:构建基于7个m7G甲基化调节基因的预后风险模型.高危组总生存率(OS)明显低于低危组(P<0.001).GSEA分析表明,在高危人群中"细胞周期"是最重要的致癌通路.利用训练集TCGA队列的风险评分及临床特征,构建了预后列线图,校准曲线和决策曲线分析(DCA)表明其一致性和预测效能很好,并于GEO队列中进行了验证.结论:基于m7G相关基因的预后模型对乳腺癌的预后具有预测作用,可用于指导乳腺癌患者的个体化治疗.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2024/2/3
-
RNA N7-甲基鸟苷甲基化修饰在肿瘤发生发展中的作用
编辑人员丨2024/2/3
N7-甲基鸟苷(m7G)是表观遗传学调控过程中最常见的RNA修饰之一,在mRNA、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)、miRNA等多种RNA分子的加工和代谢中起着重要作用,进而参与细胞增殖、分化、凋亡和迁移等多种功能.越来越多的证据表明,m7G甲基化修饰参与肿瘤的发生发展.异常的m7G甲基化修饰通过调控癌基因和抑制基因的表达促进或抑制多种肿瘤的进展,m7G甲基化修饰及其调控因子可能是肿瘤诊断和治疗的潜在靶点.本文就m7G甲基化修饰的最新研究进展、检测方法及其在肿瘤发生发展中作用的分子机制进行评述.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2024/2/3
-
RNA甲基化修饰在肺动脉高压中作用机制研究进展
编辑人员丨2023/10/28
肺动脉高压(PAH)是一类多病因引起的以肺血管重构为主要特征,并最终引起右心衰竭和过早死亡的临床综合征.尽管PAH临床诊治取得明显进展,但疗效仍不能令人满意,患者5年生存率较低,且其发病机制复杂,目前仍未完全阐明.RNA甲基化修饰作为表观遗传学修饰中的第三大研究领域,其主要通过甲基转移酶(Writers)、去甲基化酶(Erasers)和甲基识别蛋白(Readers)三类蛋白可逆地写入、移除和读取甲基,在不改变基因序列的情况下对细胞增殖、凋亡、代谢等细胞生物学行为发挥重要作用.RNA甲基化修饰在肿瘤、心血管疾病、免疫与代谢性疾病等的发生发展中起着关键的调节作用,此外,其也参与了PAH的发生发展,并给PAH的治疗带来了新的希望.本研究综述了RNA甲基化修饰的种类及作用,N6-甲基腺嘌呤(m6A)、5-甲基胞嘧啶(m5C)和7-甲基鸟苷(m7G)修饰在PAH中的作用机制,以期为研究者提供新思路.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/10/28
-
生物信息学揭示m7G甲基化修饰相关基因在腹主动脉瘤中的作用
编辑人员丨2023/10/21
目的 明确N7-甲基鸟苷(7-methylguanosine,m7G)相关基因对腹主动脉瘤(abdominal aortic aneurysm,AAA)的作用.方法 从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中获取人类AAA和正常组织中m7G相关基因的表达数据,并进行差异分析.通过LASSO回归筛选与发病相关的基因并进行免疫浸润分析,根据其表达模式对AAA患者进行共识聚类分型,对两种亚型的差异基因进行基因本体论(gene ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析.最后通过数据库预测筛选出的m7G相关基因的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、微小RNA(microRNA,miRNA).结果 筛选出6个具有显著差异的m7G相关基因,其中IFIT5、NUDT10和NUDT4与AAA发病密切相关.这三者其可能影响CD4幼稚T细胞,自然杀伤(natural killer,NK)细胞,Tregs细胞的免疫浸润程度,根据其表达模式聚类的亚型与AAA的异质性密切相关,并构建了相关竞争性內源RNA(competing endogenouse RNA,ceRNA)网络.结论 m7G相关基因IFIT5、NUDT10和NUDT4可能是治疗人类AAA的潜在靶点.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/10/21
-
基于m7G相关lncRNA识别胃癌的预后及免疫特征
编辑人员丨2023/10/21
目的 探讨N7-甲基鸟苷(m7G)修饰相关长链非编码RNA(lncRNA)与胃癌的预后及免疫特征间的关系.方法 通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取胃癌和癌旁组织的转录组数据和临床数据.采用皮尔森相关分析识别m7G相关的lncRNA.通过单因素Cox回归、最小绝对收缩和运算符选择(LASSO)回归算法和多因素Cox回归构建m7G相关lncRNA的风险预测模型,并通过Kaplan-Meier生存曲线和受试者操作特征(ROC)曲线验证.构建列线图用于预测胃癌患者的预后.通过基因本体(GO)、京都基因和基因组数据库(KEGG)和免疫功能分析m7G高、低风险组生物功能的差异.通过肿瘤免疫逃逸(TIE)、免疫治疗药物敏感性和肿瘤突变负荷(TMB)评估免疫治疗反应.结果 由6个m7G相关lncRNA(AC090425.3,AC004817.3,AC023590.1,C3orf36,AC012055.1,LINC01854)构建的预后模型被证明具有良好的预测能力.GO和KEGG富集分析表明,肌肉相关生物学功能与m7G相关lncRNA显著相关.m7G低评分患者TMB高,肿瘤免疫功能障碍和排除评分低,化疗药物敏感性高.结论 m7G相关lncRNA可能与肌肉减少症和免疫反应有关,是m7G高风险患者预后较差的原因之一.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/10/21
-
磷酰胺吗啉代寡核苷酸关键中间产物的合成方法探索与工艺优化
编辑人员丨2023/8/6
目的 探索与优化磷酰胺吗啉代寡核苷酸(PMO)关键中间产物7'-羟基-N-三苯甲基吗啉代核苷单体合成工艺路线和方法,使其合成更加高效与便捷,为以PMO为结构基础的反义寡核苷酸类药物研究奠定基础.方法 以N4-苯甲酰基胞苷,鸟苷与5-甲基尿苷作为起始原料,经过将核糖环结构改造为吗啉环并对关键化学基团保护等步骤合成7'-羟基-N-三苯甲基吗啉代核苷单体.结果 分别得到N4-苯甲酰基-7'-羟基-N-三苯甲基吗啉代胞苷、N2-苯甲酰基-7'-羟基-N-三苯甲基吗啉代鸟苷和7'-羟基-N-三苯甲基吗啉代胸苷,并对三者合成的工艺方法进行了优化,对所合成的中间体和目标物进行了结构确证.结论优化后的7'-羟基-N-三苯甲基吗啉代核苷单体合成工艺高效、便捷且适合放大制备.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/8/6
