目的:探讨长链非编码RNA（lncRNA）C10orf25对前列腺癌细胞增殖和侵袭能力的影响及miRNA-671-5p（miR-671-5p）在其中可能的作用。方法:利用基因表达综合（GEO）数据库中数据（数据更新时间2023年1月），分析C10orf25在137例前列腺癌组织和癌旁组织中表达水平的差异。选择前列腺癌C4-2B、DU-145、22Rv1、PC-3、LNCaP细胞株和永生化前列腺上皮RWPE-1细胞株，应用实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）检测各细胞株C10orf25的相对表达量。选取C10orf25相对表达量最低的22Rv1细胞，分为对照组（转染阴性质粒）和C10orf25组（转染载有C10orf25序列质粒）；CCK-8法检测两组22Rv1细胞第1、2、3、4、5天增殖能力（以吸光度值表示）；Transwell法检测两组22Rv1细胞的侵袭能力。利用Linc2GO软件预测miR-671-5p与C10orf25具有结合位点，双荧光素酶报告基因实验验证C10orf25与miR-671-5p的靶向关系。qRT-PCR检测两组22Rv1细胞C10orf25和miR-671-5p相对表达量。蛋白质印迹法检测两组22Rv1细胞NF-κB信号通路相关蛋白的表达。结果:GEO数据库中，C10orf25在前列腺癌组织中的相对表达量低于癌旁组织（ P<0.01）。C10orf25在永生化前列腺上皮细胞株RWPE-1和前列腺癌细胞株C4-2B、DU-145、22Rv1、PC-3、LNCaP中的相对表达量分别为1.00±0.05、0.63±0.04、0.42±0.03、0.18±0.04、0.81±0.02、0.50±0.07，差异有统计学意义（ F=43.29， P<0.05）。C10orf25组22Rv1细胞的增殖能力从第2天开始均低于对照组，差异均有统计学意义（均 P<0.05）。对照组和C10orf25组侵袭细胞数分别为（97±11）个和（36±9）个，差异有统计学意义（ t=4.15， P<0.01）。Linc2GO软件预测结果显示，C10orf25与miR-671-5p具有结合位点。双荧光素酶报告基因实验结果显示，miR-671-5p和C10orf25野生型质粒共转染22Rv1细胞的相对荧光活性低于miR-NC和C10orf25野生型质粒共转染细胞，差异有统计学意义（ P<0.01），而miR-671-5p或miR-NC与C10orf25突变型质粒共转染时，22Rv1细胞的相对荧光活性差异无统计学意义（ P>0.05）。对照组和C10orf25组22Rv1细胞miR-671-5p相对表达量分别为7.33±0.99和0.98±0.16，差异有统计学意义（ t=6.32， P<0.01）。蛋白质印迹法检测结果显示，C10orf25组22Rv1细胞中NF-κB信号通路蛋白p50、基质金属蛋白酶9、c-myc、血管内皮生长因子蛋白表达水平均低于对照组。 结论:过表达C10orf25可能通过miR-671-5p-NF-κB轴抑制前列腺癌细胞的增殖和侵袭能力。

目的 通过比较不同来源的 H5N1甲型流感病毒 H5血凝素蛋白生物信息学,分析 H5N1甲型流感病毒H5血凝素蛋白的分子特征.方法 从Gene Bank基因数据库中获取15株H5N1甲型流感病毒H5血凝素蛋白的核苷酸和氨基酸序列,采用在线软件SignalP4.1预测信号肽,运用Clustal X,Bioedit等国际通用软件进行氨基酸和核苷酸的序列比对,计算核苷酸及氨基酸的同源性.在线软件 Antheprot分析二级结构.结果 15株 H5血凝素蛋白编码框架长约1707 bp(8株)/1704 bp(7株),编码含568个/567个氨基酸组成的多肽.H5血凝素氨基酸同源性为86.7%~99.2%,核苷酸同源性为85.6%~99.5%,H5血凝素蛋白富含潜在α螺旋(29%~35%)、β折叠(22%~25%)和卷曲结构(22%~25%)等二级结构.H5血凝素蛋白 aa1-aa16区域为潜在信号肽,血凝素蛋白 A1和 A2裂解序列为 aa323-aa333之间的 RERRRKKR↓GLF 序列,切割位点位于 R330和 G331之间;H5血凝素蛋白 A1亚单位存在4个高变区,分别是aa115-aa140(52.0%)、aa151-aa170(57.9%)、aa183-aa200(64.7%)和aa263-aa280(47.4%).但参与二硫键形成的10个半胱氨酸位点均未发生变异;构成受体结合域的 E186、K212、S217-K218、G221-Q222-S223-G224等位点较保守;构成T细胞和B细胞表位 aa141-155、aa206-223和 aa302-316等区域较保守.结论 H5N1甲型流感病毒 H5血凝素蛋白的受体结合域和免疫表位等重要功能结构域的序列比较保守稳定,在 A1和 A2裂解位点含高致病禽流感病毒分子特征相关的连续6个碱性氨基酸(R/K)序列.

[目的]海藻糖酶(trehalase,Tre) 作为昆虫体内海藻糖代谢的关键性酶,在昆虫能量调节和生长发育中具有重要作用.本研究旨在克隆获得沙葱萤叶甲Galeruca daurica 海藻糖酶基因,并对其表达模式进行定量分析,以期探究海藻糖酶在沙葱萤叶甲生长发育和成虫夏滞育中的作用.[方法]根据沙葱萤叶甲转录组数据,采用RACE 技术,克隆得到Tre 基因的cDNA 全长,并进行生物信息学分析; 应用实时荧光定量PCR(RT-qPCR) 技术检测其在沙葱萤叶甲不同发育阶段[卵、 1 - 3龄幼虫、预蛹、蛹、成虫(羽化后3,7,10,15,25,40,60,80 和100 d) ]、成虫不同组织(头、胸和腹) 以及3 日龄成虫在不同温度(15,20,25,30,35 和40℃) 胁迫下的表达水平; 采用3,5-二硝基水杨酸法测定不同日龄成虫体内海藻糖酶活性.[结果]克隆获得了沙葱萤叶甲可溶性海藻糖酶基因,并命名为GdTre1(GenBank 登录号: KY697913),该基因全长1 933 bp,开放阅读框1 704 bp,编码567 个氨基酸; 蛋白预测分子量为66. 56 kD,等电点为6. 62; 编码蛋白具有海藻糖酶超基因家族典型的功能结构域,包含1 条信号肽,不具有跨膜结构.同源序列比对和系统发育分析表明,GdTre1 与马铃薯甲虫Leptinotarsa decemlineata Tre1b 的同源性最高,氨基酸序列一致性达 70. 25％.RT-qPCR 检测结果表明,GdTre1 在沙葱萤叶甲各发育阶段均有表达,其中在卵期和成虫滞育期间高表达,而在幼虫、预蛹、蛹及成虫滞育前低表达; 在成虫不同组织中,通常在腹部中表达量最高,其次为胸部,最低为头部; GdTre1 表达量随着温度升高而上升,30℃达最高值,而后随温度升高略有下降.沙葱萤叶甲不同日龄成虫体内GdTre1 表达量及Tre 活性存在显著差异,且GdTre1表达量与Tre 活性变化趋势一致.[结论]海藻糖酶与沙葱萤叶甲生长发育和成虫夏滞育有密切的关系.该结果为进一步揭示该虫的夏滞育分子机理提供了必要的基础.

为研究卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)组织蛋白酶B(Cathepsin B,CatB)基因的表达特征和功能,应用RT-PCR和RACE技术获得卵形鲳鲹CatB(TroCatB)基因的全长cDNA.TroCatB cDNA全长为2181 bp.其中5′UTR和3′UTR分别为391和797 bp,ORF为993 bp,推定编码330个氨基酸残基,推定分子质量和理论等电点分别为36.37 kD和5.73.蛋白结构预测TroCatB蛋白具有信号肽(1Met-18Ala)、前体肽(25Leu-64Gly)和一个典型木瓜蛋白酶家族半胱氨酸结构域,含107Cys、277His、297Asn 3个蛋白酶催化活性位点.同源性分析显示TroCatB蛋白与其他脊椎动物的同源性为67.0％—90.9％,成熟肽区与其他脊椎动物的同源性为73.7％—92.4％.NJ系统发育树显示卵形鲳鲹和其他鱼类聚为一支,与髙体鰤距离最近.实时荧光定量PCR检测TroCatB基因mRNA在健康卵形鲳鲹各组织中均有表达,在脾脏中表达最高;在溶藻弧菌感染后,TroCatB基因在脾脏、头肾组织中的mRNA表达水平显著上调(P<0.05),脾脏在感染6h后,其表达量达到峰值,头肾则是在12h达到峰值.以上结果表明,TroCatB蛋白的结构域和催化活性位点在遗传进化过程中保守,TroCatB基因参与了机体对细菌免疫的相关生理活动,在卵形鲳鲹先天性免疫防御中发挥重要作用,为进一步阐明TroCatB在免疫过程中的功能以及其对病原的抗病机理提供参考.

目的 了解某院雷氏普罗威登斯菌耐药情况,分析耐碳青霉烯类雷氏普罗威登斯菌耐药基因遗传特征,为临床预防和感染治疗提供理论依据.方法 收集2017年1月—2019年12月该院分离的雷氏普罗威登斯菌的药敏结果,采用高通量测序技术测定3株耐碳青霉烯类雷氏普罗威登斯菌全基因组,利用生物信息学分析方法挖掘其遗传特征.结果 共分离雷氏普罗威登斯菌25株,其中对碳青霉烯类药物耐药株10株,占40.00％.神经外科检出最多(7株,占28.00％),标本来源以尿为主(13株,52.00％).25株菌对氨苄西林、阿莫西林均耐药,耐药率为100.00％.对亚胺培南、厄他培南、美洛培南的耐药率分别为36.00％、40.00％、28.00％.3株耐碳青霉烯雷氏普罗威登斯菌全基因组测序,结果分析显示均携带β-内酰胺类(blaNDM-1、blaOXA-10和blaTEM-1B)、大环内酯类[mph(A)、mph(E)、msr(E)]、甲氧苄啶(dfrA1)、氨基糖苷类[aadA1、aadA5、aph(3″)-Ib、aph(4)-Ia、acc(6′)-Ib3、aadB]、磺胺类(sul1)和氯霉素类(catB8)6类耐药基因型,所携带耐药基因型blaNDM-1、blaOXA-10的遗传结构分别为:IS30-blaNDM-1-bleMBL-trpF-dsbC-orf-groES-groEL-IS91、aac(6')-Ib3-dfrA1-aadA1-blaOXA-10-catB8-aadB.结论 雷氏普罗威登菌多重耐药现象严重,携带耐药基因种类多,应加强医院感染防控,减少耐药菌株的传播.

[目的]鲤疱疹病毒Ⅱ型(Cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2)感染养殖鲫引起的鲫造血器官坏死病,给鲫养殖业造成了重大的经济损失.揭示CyHV-2感染宿主细胞的机制,是建立鲫造血器官坏死病有效防治技术的重要基础.[方法]本研究针对CyHV-2富含抗原表位的ORF25B区域设计引物,扩增ORF25B基因截短序列.将扩增产物克隆至酵母双杂交诱饵载体pGBKT7,构建诱饵载体pGBKT7-tORF25B,转化至酵母菌株Y2H Gold中.在营养缺陷型培养基上,验证诱饵表达载体pGBKT7-tORF25B对酵母菌Y2H Gold自激活现象和毒性作用.利用酵母双杂交技术,将诱饵菌株pGBKT7-tORF25B/Y2H Gold与鲫脑组织细胞系(GiCB) cDNA文库杂交.[结果]ORF25B基因截短序列扩增大小约为981 bp,成功构建了诱饵菌株pGBKT7-tORF25B/Y2H Gold,自激活和毒性验证结果表明,诱饵表达载体对酵母菌株无自激活现象,也无毒性作用,初步筛选出4种与tORF25B基因编码蛋白互作的宿主蛋白.[结论]本研究结果为深入开展CyHV-2 ORF25B编码蛋白功能及病毒入侵宿主细胞的机制研究奠定了重要基础.

目的:利用生物信息学技术筛选慢性自发性荨麻疹(CSU)的关键差异表达基因,为研究CSU的生物学机制与治疗靶点提供新的思路.方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载GSE72541数据集,使用R语言limma包筛选CSU组与健康对照组间的差异表达基因,并通过cluster-Profiler R包、STRING在线软件、Cytoscape3.8.2软件的MCODE插件分别对差异表达基因的功能、通路富集与蛋白相互作用进行分析.结果:研究发现CSU组与健康对照组共有86个差异表达基因,其中上调基因64个,下调基因22个(|logFC|>1&P.Val<0.05),GO分析显示,差异表达基因主要富集在血小板活化、血液凝固、中性粒细胞脱颗粒等生物过程;KEGG分析显示,主要与造血细胞系、移植物抗宿主病、金黄色葡萄球菌等相关.此外,建立的PPI网络筛选出62个节点及15个关键基因(CXCL10,MMP9,SELP,MME,ITGA2B,ITGB3,CLU,GP6,C5AR1,C6orf25,GP1BB,VWF,CR1,GP9,PLAU).结论:ITGB3,ITGA2B,MMP9及CR1等基因可能与CSU的发病密切相关.

目的:评估A、B、C、D4种新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测试剂盒的分析性能,以便选择性能佳、性价比高的试剂用于临床检测.方法:①将国家卫生健康委临床检验中心和湖北省临床检验中心2021年2019-nCoV(含变异株)核酸检测室间质量评价样本36例(27例阳性和9例阴性),磁珠法提取核酸后分别应用4种试剂扩增以评价其符合率;②应用2019-nCoV阴性混合鼻咽拭子样本将商品化2019-nCoV RNA液体室内质控品(以ORF1ab浓度赋值17 300 copies/mL)稀释12倍到1 441.7 copies/mL,连续5 d每天做5个复孔,共计25孔,磁珠法提取核酸后分别应用4种试剂扩增以评价其重复性和实验室内精密度;③应用2019-nCoV阴性混合鼻咽拭子样本将2019-nCoV RNA液体室内质控品(以ORF1ab浓度赋值17 300 copies/mL)梯度稀释成567.7、216.3和108.2 copies/mL 3种浓度,连续3 d每种浓度每天做7～8个复孔,共计23个复孔,磁珠法提取核酸后分别应用4种试剂扩增以评价其分析灵敏度.结果:①对36例2019-nCoV核酸检测室间质量评价(EQA)样本,试剂A、B和D的符合率均为100％(36/36),试剂C的符合率为97.2％(35/36),但试剂A、B和C分别有2、6和10个样本需要复查后才能判定结果.②4种试剂检测1 441.7 copies/mL 2019-nCoV RNA质控品稀释液的靶基因循环阈值(Ct)重复性和实验室内精密度均小于5％.③4种试剂A、B、C、D对576.7 copies/mL 2019-nCoV RNA质控品稀释液的检出率分别为95.7％、34.8％、8.7％和100％,对216.3 copies/mL稀释液的检出率则分别为95.7％、13.0％、17.4％和91.3％,A和D的分析灵敏度明显优于B和C.结论:4种新型冠状病毒核酸检测试剂的分析性能存在差异,D最优,A次之,明显优于B和C.

目的 利用生物信息学的方法预测、分析细粒棘球绦虫EGR_09314蛋白的结构、功能和生物学特性等,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础.方法 从NCBI数据库中下载EGR_09314基因的核苷酸序列及其所编码的氨基酸序列,利用ORF Finder在线工具分析该基因的开放阅读框;利用Prot-Param预测蛋白的理化性质,PotScale预测其亲水性和疏水性,NetPhos 3.1 Server预测其磷酸化位点,NetNGlyc预测其糖基化位点,GPS-SUMO2.0预测其棕榈酰化修饰位点;利用SOPMA预测蛋白的二级结构,SWISS-MODEL预测蛋白的三级结构;利用Euk-mPLoc 2.0分析其亚细胞定位,SignalP 4.1Server分析其信号肽位置,TMHMM分析跨膜区域,SMART预测其结构域位置;应用ABCpred和IEDB预测EGR_09314蛋白的B细胞抗原表位,应用SYFPEITHI和IEDB预测其T细胞抗原表位.结果 细粒棘球绦虫EGR_09314蛋白是由491个氨基酸组成的亲水性蛋白,其分子式为C2446 H3895 N719O733 S33.该蛋白含有信号肽,且含有1个跨膜区域,位于第3-25位氨基酸,该蛋白定位于细胞膜及细胞外.二级结构中α螺旋结构占35.03％,延伸链结构占13.85％,β折叠结构占5.30％,无规则卷曲结构占45.82％.EGR_09314蛋白存在45个磷酸化位点,3个糖基化位点,6个棕榈酰化修饰位点.EGR_09314蛋白有8个B细胞优势表位,8个细胞毒性T细胞(CTL)优势表位和8个辅助性T细胞(Th)优势表位.结论 生物信息学预测EGR_09314蛋白可能是一种跨膜蛋白,也具有分泌性蛋白的特点,存在多个B、T细胞表位,为该蛋白的基因克隆表达及细粒棘球蚴病的诊断或疫苗候选抗原筛选提供了理论基础.