-
基于TCGA数据库筛选膀胱尿路上皮癌预后分子标签
编辑人员丨2天前
目的:通过对癌症基因组图片(TCGA)数据库中转录组数据进行分析,筛选与膀胱尿路上皮癌相关的预后分子标签。方法:提取TCGA数据库中膀胱尿路上皮癌患者的临床数据以及膀胱尿路上皮癌和癌旁组织中的转录组数据,采用LASSO-Cox回归分析筛选膀胱尿路上皮癌预后相关的mRNA,并构建膀胱尿路上皮癌的预后分子标签。结果:首先筛选出膀胱尿路上皮癌和膀胱正常组织中差异表达基因8738个,经过单因素Cox分析得到2824个与膀胱尿路上皮癌预后相关的基因( P<0.05),选取 P<0.0001的mRNA 225个,进一步采用LASSO-Cox回归分析筛选出11个与膀胱尿路上皮癌预后相关的基因,分别为TPST1、ANXA1、LINC01138、AMIGO2、HOOK1、AC005730.2、KANK4、PEX5L、AL353572.1、CATSPER4、AL645939.1,最后联合这11个基因构建出膀胱尿路上皮癌的预后分子标签。利用分子标签基因构建的模型能将膀胱尿路上皮癌划分为高表达组和低表达组,绘制分子标签生存曲线及受试者工作特征(ROC)曲线,结果显示:分子标签表达水平与膀胱尿路上皮癌患者的预后有显著性关联,分子标签值越高,患者预后越差。 结论:通过对TCGA数据库的分析,发现TPST1、ANXA1、LINC01138、AMIGO2、HOOK1、AC005730.2、KANK4、PEX5L、AL353572.1、CATSPER4、AL645939.1和AL645939.1对膀胱尿路上皮癌的预后有影响,且构建的分子标签表达水平与膀胱尿路上皮癌的预后有显著性关联。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
血栓性血小板减少性紫癜83例临床分析
编辑人员丨2天前
目的:分析血栓性血小板减少性紫癜(TTP)患者的临床特征、治疗方案及转归。方法:回顾性分析1998年5月至2019年5月83例TTP患者的临床资料。结果:83例TTP患者中,男27例、女56例,中位年龄39(10~68)岁。41例(49.4%)表现为五联征,79例(95.2%)表现为三联征。78.0%(46/59)患者PLASMIC评分≥6分。10例行TTP基因检测,5例TTP基因突变。10例在血浆置换(PEX)前行血管性血友病因子裂解蛋白酶(ADAMTS13)活性检测,9例ADAMTS13活性<10%。83例患者均接受PEX/血浆输注(PI)+糖皮质激素治疗,其中35例联合利妥昔单抗和(或)免疫抑制剂。中位随访34(1~167)个月,总体有效率为81.9%,缓解率为63.9%,复发率为(35.7±7.1)%,3年总生存(OS)率为(78.6±4.6)%。单用PEX/PI+糖皮质激素组有效率(72.9%对94.3%, P=0.019)、OS率[(63.8±7.5)%对(94.3±3.9)%, χ2=8.450, P=0.004]低于联合利妥昔单抗和(或)免疫抑制剂组。多因素COX分析显示高龄( HR=1.111,95% CI 1.044~1.184, P=0.001)、高ALT/AST比值( HR=1.353,95% CI 1.072~1.708, P=0.011)是影响OS的独立危险因素。 结论:TTP患者多以三联征起病,可伴ADAMTS13活性下降。PEX/PI+糖皮质激素联合利妥昔单抗和(或)免疫抑制剂治疗可提高OS率。高龄和高ALT/AST比值患者预后欠佳。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
基于生物信息学分析的自噬相关基因构建肺鳞状细胞癌预后模型及验证
编辑人员丨2天前
目的:基于生物信息学分析的自噬相关基因构建肺鳞状细胞癌(SqCLC)预后模型并验证。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载268例SqCLC患者的表达谱数据和临床信息,从基因型组织表达(GTEx)数据库下载336名健康人正常肺组织的数据集;从人类自噬数据库(HADb)及分子特征数据库(MSigDB)6.2中的GO_AUTOPHAGY基因组中获得自噬相关基因组。应用R 4.0.3软件分析TCGA数据库中SqCLC组织与GTEx数据库中正常肺组织间差异表达基因。使用R 4.0.3软件筛选TCGA数据库SqCLC组织和正常肺组织间差异表达的自噬相关基因(简称:差异表达自噬基因)。应用Cox比例风险模型分析TCGA数据库SqCLC患者差异表达自噬基因与预后的关系,构建预后模型。依据预后模型风险评分中位数将TCGA数据库SqCLC患者分为高风险组和低风险组,采用Kaplan-Meier法比较两组总生存;绘制应用预后模型预测的TCGA数据库268例患者3、5、10年总生存率的时间相关受试者工作特征(ROC)曲线。采用Cox回归分析TCGA数据库SqCLC患者总生存的独立影响因素,建立预后指数公式,根据一致性指数和受限平均生存(RMS)曲线,比较单独预后模型风险评分的预后指数与风险评分联合独立影响因素的预后指数预测TCGA数据库患者生存效果;采用R 4.0.3软件构建预测患者3、5、10年总生存率的列线图。结果:筛选出6个预后相关差异表达自噬基因,并构建预后模型为:风险评分=PEX14×0.337+CASPASE-8×(-0.280)+TM9SF1×0.292+UBB×0.472+P4HB×0.163+CTSA×0.173。TCGA数据库中高风险组总生存较低风险组差( P<0.001)。时间依赖性ROC曲线分析显示,预后模型风险评分预测TCGA数据库中268例患者3、5、10年总生存率的曲线下面积(AUC)分别为0.715、0.715、0.831。多因素Cox回归分析显示,年龄、分期和预后模型风险评分为TCGA数据库SqCLC患者总生存的独立影响因素,预后指数=0.998 ×风险评分+0.725 ×分期+ 0.559 ×年龄。RMS曲线显示,相对于预后模型风险评分预测总生存,3个独立预后影响因素相结合的预后指数预测总生存效果更佳(一致性指数:0.68比0.65, P=0.045)。采用年龄、分期和预后模型风险评分构建了预测SqCLC患者生存的列线图,其校正曲线接近理想曲线。 结论:成功建立了基于6个特征性差异表达自噬相关基因的SqCLC预后模型,内部验证显示该模型结合其他临床病理因素可对SqCLC患者生存的预测提供一定帮助。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
PEX6基因变异致Zellweger综合征患儿2例并文献复习
编辑人员丨2天前
目的:总结PEX6基因变异致Zellweger谱系障碍患儿的临床表型和遗传学特点。方法:病例系列研究,回顾性分析2021年7月至2022年7月华中科技大学同济医学院附属武汉儿童医院和广东医科大学附属医院诊治的2例因PEX6基因变异致Zellweger综合征新生儿的临床资料和遗传学检测结果。并分别以“Zellweger综合征”“Zellweger谱系障碍”“PEX6基因”或“Zellweger syndrome”“Zellweger spectrum disorder”“PEX6 gene”为关键词检索中国知网、万方数据库和PubMed数据库自建库至2023年8月的中英文文献。对PEX6基因变异致Zellweger谱系障碍患儿的主要临床表现和基因型特点进行描述和总结。结果:2例患儿均为男性,均为新生儿,均出生后出现呼吸困难、肌张力低下、喂养困难、前囟增大、高腭弓等临床表现,实验室结果均提示胆汁酸升高,颅脑彩色超声检查均提示双侧脑室增宽、室管膜下囊肿。全外显子测序分析发现2例患儿均为PEX6基因变异,分别为复合杂合变异(c.315G>A和c.2095-3T>G)、纯合变异(c.506_507del),均诊断为PEX6基因变异致Zellweger综合征。2例患儿分别于住院第5天和第32天因家长要求出院,出院后不久(具体时间不详)均死亡。文献复习符合检索条件中文文献1篇、英文文献11篇,包括本研究2例共26例患儿。主要临床表现为听力损伤(19例)、发育迟滞(19例)、视力异常(19例)、极长链脂肪酸升高(17例)、颅脑结构畸形(15例)、肌张力低下(12例)、肝脏异常(12例)、特殊面容(10例)、牙齿损伤(9例)。变异类型中以复合杂合变异(15例)为主,致病性变异以错义变异为主(16例)。结论:当新生儿存在肌张力低下、喂养困难、特殊面容、颅脑结构畸形以及听力筛查未通过或年长儿存在视网膜色素变性、感音性耳聋、牙釉质损伤、发育迟滞时,需考虑Zellweger谱系障碍。基因检测发现PEX基因变异可明确诊断。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
PEX10基因突变导致Zellweger谱系疾病一家系研究并文献复习
编辑人员丨2天前
目的:报道 PEX10基因突变所致Zellweger谱系疾病一家系,提高临床医师对该疾病的认识水平。 方法:收集2022年7月山东大学齐鲁医院神经内科收治的确诊为 PEX10基因突变所致Zellweger谱系疾病一姐弟共患病家系的临床及遗传学资料,并进行文献复习。 结果:该家系先证者为24岁女性,因“行走不稳8年,加重伴蹲起费力1年”就诊,头颅磁共振成像(MRI)显示小脑萎缩,肌电图提示运动、感觉均受累的周围神经病,纯音听阈测定示神经性耳聋。先证者弟弟15岁,表现为“行走不稳及蹲起费力2年”,头颅MRI及肌电图与先证者类似,二者均伴有肝功能异常。先证者全外显子测序结果提示 PEX10基因复合杂合变异,突变位点为c. 992G>A(p. R331Q)和c. 988T>C(p.C330R),均为疑似致病性变异,且分别来自父母。先证者弟弟亦携带上述两处变异。从国内外主要数据库共检索到 PEX10基因突变导致Zellweger谱系疾病病例报道英文文献9篇(其中1篇为国内学者发表),累计15例患者,大多数患者为儿童及青少年期起病,首发症状多为共济失调且进展缓慢,绝大多数患者颅脑MRI显示小脑萎缩,多数进行肌电图检查的患者发现周围神经病变。对姐弟二人给予限制植酸饮食及服用精氨酸和熊脱氧胆酸,3个月后行走不稳症状及肝功能均有所好转。 结论:对于不明原因的共济失调,如合并周围神经病及肝功能异常,应当考虑Zellweger谱系疾病的可能。限制植酸饮食,同时口服左旋精氨酸及熊脱氧胆酸可能会使患者获益。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
PEX13基因变异致儿童Zellweger综合征1例
编辑人员丨2天前
患儿 男,11月龄,因“抬头不稳、反应差8个月”入院,表现为抬头不稳、反应能力差、发育停滞、抽搐发作,患儿肝功能异常,父母为近亲婚配,基因检查示c.493G>C纯合变异,分别来源于表型正常父亲和母亲,临床确诊“Zellweger综合征”,予护肝、抗癫痫等治疗,好转出院。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
首诊为Usher综合征的轻型Zellweger谱系障碍1例
编辑人员丨2天前
患儿女性,5岁,因“夜盲、听力差1年”就诊,因视网膜色素变性合并感音神经性耳聋,首诊为Usher综合征。目标区域捕获测序分析发现患儿携带Zellweger谱系障碍致病基因PEX1复合杂合变异c.5G>A,p.W2*/c.3022C>T,p.P1008S。后期随访发现患儿恒牙釉质发育不良,指甲白斑,过氧化物酶体功能生化异常,诊断为轻型Zellweger谱系障碍。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
PEX7基因致病性新突变致肢根型点状软骨发育不良Ⅰ型胎儿一例
编辑人员丨2天前
本文报道了1例肢根型点状软骨发育不良Ⅰ型胎儿。孕23周超声检查提示胎儿双侧股骨多处骨折,干骺端粗大,双侧肱骨严重短小、增粗、弯曲,且有多处骨折声像,部分表现为骨折后骨痂形成。孕23周 +2终止妊娠,取引产胎儿皮肤组织样本及父母双方外周血样本行全外显子组高通量测序,结果发现,胎儿6号染色体 PEX7基因移码突变c.179delT(p.F61Lfs*13),且该染色体137105182-137245871区间内杂合缺失,大小约141 kb,该缺失片段内包括 PEX7基因。上述突变属于复合杂合突变,且均尚未报道,判定为致病性突变。此例胎儿临床表型严重可能是由于胎儿存在移码突变和大片段缺失突变共同作用造成 PEX7基因严重损伤所致。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
卡格列净通过抑制长链非编码RNA CO9缓解高糖环境下肾小管上皮细胞凋亡
编辑人员丨2天前
目的:探讨高糖环境下卡格列净通过抑制lncRNA CO9缓解肾小管上皮细胞凋亡的作用及其机制。 方法:体外培养人近端肾小管上皮细胞系(HK-2),将其分为正常葡萄糖(NG)组、高渗(HO)组、高糖(HG)组、高糖+二甲基亚砜组(DMSO组)、高糖+卡格列净组(CANA组)、高糖+阴性对照小干扰RNA组(si-NC组)、高糖+lncRNA CO9小干扰RNA组(si-CO9组)、高糖+空载质粒组(PEX-NC组)、高糖+lncRNA CO9过表达质粒组(PEX-CO9组)、高糖+卡格列净+lncRNA CO9过表达质粒组(CANA+PEX-CO9组)。采用细胞计数试剂-8(CCK-8)法与四唑盐(MTT)比色法检测细胞增殖率;Western blotting检测凋亡相关蛋白[B细胞淋巴瘤 2相关X蛋白(Bax)、B细胞淋巴瘤 2(Bcl-2)、半胱氨酸蛋白酶-3(Caspase-3)、活化型Caspase-3]与核因子(NF)-κB p50亚基及其前体p105蛋白的相对表达量,计算Bax/Bcl2蛋白相对表达量比值;流式细胞术检测细胞凋亡率;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测lncRNA CO9与 NF-κB1 mRNA的相对表达量。采用荧光原位杂交检测lncRNA CO9亚细胞定位,基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析预测其功能。收集临床正常对照组(NC组,5例)与糖尿病肾脏病组患者(DKD组,5例)肾脏样本,检测其近端肾小管上皮细胞lncRNA CO9的表达。两组间比较采用独立样本 t检验,多组间比较采用单因素方差分析。 结果:与NG组相比,HG组细胞增殖率降低,Bax/Bcl2蛋白相对表达量比值、Caspase-3与活化型Caspase-3蛋白相对表达量、细胞凋亡率、lncRNA CO9均显著上调;而与HG组相比,CANA组细胞凋亡率下降,lncRNA CO9表达下调( P<0.05)。lncRNA CO9定位于细胞质。GO与KEGG分析显示,lncRNA CO9与细胞凋亡通路相关。在DKD组肾脏组织近端肾小管上皮细胞lncRNA CO9表达较NC组上调( P<0.05)。相较于HG组,si-CO9组凋亡蛋白相对表达量、凋亡率及 NF-κB1 mRNA、NF-κB p50亚基及其前体p105蛋白相对表达量下降,PEX-CO9组则增高( P<0.05)。与CANA组相比,CANA+PEX-CO9组的凋亡蛋白相对表达量、凋亡率与 NF-κB1 mRNA、NF-κB p50亚基及其前体p105蛋白相对表达量上升( P<0.05)。 结论:卡格列净可通过抑制lncRNA CO9的表达缓解高糖诱导的肾小管上皮细胞凋亡。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
PEX1基因突变致新生儿Zellweger综合征一例并文献复习
编辑人员丨2天前
目的:探讨peroxin 1(PEX1)基因变异导致新生儿Zellweger综合征的临床及基因特征。方法:对深圳市龙华区中心医院收治的1例新生儿Zellweger综合征患儿临床资料进行回顾分析,并检索相关文献。结果:患儿生后50 min入院,主要表现为特殊面容(眼距过宽、鼻梁塌陷、囟门增大)、呼吸困难、喂养困难、肌张力低下、肝功能异常、肾囊肿等。基因检测发现该患儿PXE1基因存在纯合突变,c.782_783delAA(p.Q261Rfs*8),诊断为Zellweger综合征。复习文献共发现17例PEX1基因变异导致的新生儿Zellweger谱系疾病,其中14例为新生儿Zellweger综合征,93%(13/14)合并有特殊面容及神经系统异常表现;14例患儿PEX1基因变异位点及表型不同,本病例中基因突变位点与2013年国内首次报道PEX1基因c.782_783delAA移码突变位点一致。结论:Zellweger综合征为常染色体隐形遗传病,主要由PXE1基因变异所致,临床表现缺乏特异性,大脑、肝脏、骨骼及肾脏等脏器功能损伤多见,基因检测可确诊,一般预后不良。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
