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基于网络药理学和实验验证探讨通关藤治疗乳腺癌作用机制
编辑人员丨3天前
目的 基于网络药理学和实验验证探讨通关藤治疗乳腺癌的作用机制.方法 通过文献检索获得通关藤的活性成分,并利用SwissTargetPrediction数据库获得活性成分对应的靶点,通过GeneCards、GEPIA2、OMIM、PharmGKB、TTD数据库获得乳腺癌的靶点,将药物靶点与疾病靶点取交集后,用Cytoscape3.9.0软件构建通关藤活性成分-乳腺癌-靶点网络,通过蛋白相互作用(PPI)网络筛选关键靶点,进行GO和KEGG通路富集分析,并筛选相关信号通路.对前10个关键靶点和主要活性成分进行分子对接验证.利用通关藤注射液体外干预人乳腺癌细胞株MDA-MB-231,CCK-8法和集落形成实验检测细胞增殖能力,Calcein-AM/PI染色和流式细胞术检测细胞凋亡,Transwell实验检测细胞迁移能力,Western blot对PI3K-AKT信号通路进行验证.结果 从通关藤中筛选出11α-O-苯甲酰-12β-O-乙酰通关藤苷元B、咖啡酸、苦绳苷元A、山柰酚等 37 个活性成分和治疗乳腺癌的 276 个潜在作用靶点,PPI网络筛选出AKT1、EGFR、TNF、CTNNB1、IL-6等25个关键靶点,主要影响雌激素信号通路、ErbB信号通路、HIF-1信号通路和PI3K-AKT信号通路等.分子对接结果显示,通关藤的主要活性成分与核心靶点AKT1、ALB、CASP3、ESR1和TNF均有较好的结合活性.体外实验结果显示,通关藤注射液可抑制MDA-MB-231细胞增殖和迁移能力(P<0.01,P<0.001),诱导细胞凋亡(P<0.001),同时抑制PI3K-AKT信号通路激活(P<0.05,P<0.01).结论 通关藤可能通过多靶点和多途径发挥抗乳腺癌作用,其机制可能与抑制PI3K-AKT信号通路有关.
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编辑人员丨3天前
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微小RNA-486-5p通过调控缺氧诱导因子-1α/人第10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源基因/磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶A信号通路影响结肠癌的发生发展
编辑人员丨3天前
目的:探讨微小RNA-486-5p(miR-486-5p)通过调控缺氧诱导因子-1α(HIF-1α)/人第10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源基因(PTEN)/磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶A(Akt)信号通路影响结肠癌的发生发展。方法:脂质体Lipofectamine? 3000将miR-486-5p模拟物NC(对照),miR-486-5p模拟物转入SW480结肠癌细胞中,细胞购自上海细胞库。反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测miR-486-5p表达,噻唑蓝(MTT)法检测细胞活力,流式细胞术检测细胞凋亡及细胞周期,Transwell实验检测细胞侵袭,蛋白质印迹法(Western blot)检测B淋巴细胞瘤-2基因(bcl-2)、bcl-2相关蛋白X(bax)、细胞周期蛋白D1(Cyclin D1)、p27、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、HIF-1α、PTEN、PI3K及磷酸化Akt(p-Akt)蛋白表达。组间比较采用 t检验进行分析。 结果:miR-486-5p模拟物组细胞miR-486-5p表达量(1.87±0.09比1.00±0.10, t=5.589, P<0.05)、细胞早期凋亡率[(15.48±0.97)%比(1.47±0.09)%, t=4.327, P<0.05],细胞晚期凋亡率[(27.46±1.54)%比(3.24±0.13)%, t=5.652, P<0.05],细胞周期G 1期[(60.32±4.43)%比(24.08±1.96)%, t=4.578, P<0.05]、bax(0.96±0.08比0.18±0.01, t=5.373, P<0.05)、p27(0.86±0.06比0.32±0.01, t=5.762, P<0.05)及PTEN(1.64±0.09比0.46±0.02, t=4.874, P<0.05)蛋白表达量高于对照组,miR-486-5p模拟物组细胞活力(0.33±0.01比0.54±0.03, t=4.582, P<0.05)、细胞侵袭数目[(37.59±2.64)个比(179.93±6.96)个, t=4.147, P<0.05],bcl-2(0.21±0.01比1.04±0.09, t=5.287, P<0.05)、Cyclin D1 (0.14±0.00比0.85±0.07, t=4.642, P<0.05)、MMP-9(0.28±0.02比0.84±0.06, t=4.643, P<0.05)、HIF-1α(0.45±0.03比1.53±0.09, t=5.562, P<0.05)、PI3K(0.38±0.01比1.78±0.10, t=5.468, P<0.05)及p-Akt(0.38±0.02比1.10±0.08, t=4.129, P<0.05)蛋白表达量低于对照组。 结论:上调miR-486-5p表达量可诱导结肠癌细胞SW480凋亡、抑制细胞侵袭、使细胞周期发生阻滞,可能与抑制HIF-1α/PTEN/PI3K/Akt信号通路有关。
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编辑人员丨3天前
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影响脑胶质瘤预后的关键信号通路调控机制研究进展
编辑人员丨4天前
脑胶质瘤恶性程度高,复发率高,预后差,对此分析了脑胶质瘤中Hippo/YAP、PI3K/AKT/mTOR、miRNA、WNT/β-catenin、Notch、Hedgehog及TGF-β等信号通路及关键酶的作用机制,得出 YAP1抑制剂可能成为未来治疗脑胶质瘤有效的靶点,抑制PI3K/AKT/mTOR、Shh、WNT/β-catenin及HIF-1α可降低肿瘤细胞的迁移能力及耐药性,进而改善脑胶质瘤的预后。分析得出Notch1与Sox2呈正反馈调控机制,Notch4预示脑胶质瘤的恶性程度,这样不仅在临床上可针对脑胶质瘤干细胞进行治疗,也能将Notch作为判断预后的一个指标,为治疗脑胶质瘤的方向提供探索性的尝试。miRNA在诊断中具有重要意义,而在治疗脑胶质瘤中可借助纳米颗粒的运载协同替莫唑胺发挥进一步的作用。相信这些研究会让大家对脑胶质瘤有更深入的认识,以期更好的寻找新的治疗方案来逐步攻克脑胶质瘤这道难题。
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编辑人员丨4天前
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基于网络药理学及实验验证探讨半枝莲-党参药对治疗膀胱癌的作用机制
编辑人员丨4天前
目的:通过网络药理学研究半枝莲-党参药对治疗膀胱癌的作用机制。方法:查询中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)筛选半枝莲-党参药对的药物成分,使用Swiss Target Prediction预测药物成分的作用靶点;运用GeneCards获取膀胱癌的疾病靶点,利用venny 2.1获取交集靶点。使用STRING进行蛋白-蛋白相互作用分析并使用Cytoscape构建"药物-靶点-通路"网络,利用Metascape进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。将裸鼠随机分为模型组和治疗组,建立膀胱癌小鼠模型。模型组小鼠灌胃等剂量溶剂,治疗组建模后第8天灌胃半枝莲-党参药对0.2 ml,剂量为342.86 mg/kg,2次/d。建模后第28天,测量裸鼠瘤体大小,并采用酶联免疫吸附试验法检测前列腺素G/H合成酶2(PTGS2)、PTGS1、核受体辅活化子2(NCOA2)、维甲酸X受体α(RXRA)、孕酮受体(PGR)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、网状内皮增生病毒癌基因同源物A(RELA)、蛋白激酶B1(Akt1)水平。结果:半枝莲-党参药对的45个药物成分通过多条通路直接作用于187个疾病靶点治疗膀胱癌,主要核心成分为槲皮素、木犀草素、汉黄芩素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、黄芩素、β-谷甾醇和豆甾醇等,关键靶点为PTGS2、PTGS1、NCOA2、RXRA、PGR、MAPK1、RELA和Akt1等。GO富集分析显示,生物过程主要涉及对激素的反应、细胞对脂质的反应、对外来刺激的反应、对细菌分子的反应等,细胞组分主要涉及转录调控复合体、膜筏、膜微区、RNA聚合酶Ⅱ转录调控复合物等,分子功能主要涉及转录因子结合、DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、核受体活性、配体激活的转录因子活性等。KEGG通路富集分析显示半枝莲-党参药对治疗膀胱癌的主要信号通路为晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)、白细胞介素-17(IL-17)、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)、肿瘤坏死因子(TNF)、MAPK、缺氧诱导因子-1(HIF-1)、细胞凋亡、p53、Toll样受体等。动物实验验证显示,半枝莲-党参药对能够明显改善裸鼠的瘤体大小,同时也能改善PTGS2、PTGS1、NCOA2、RXRA、PGR、MAPK1、RELA、Akt1表达水平。结论:半枝莲-党参药对主要通过调节AGE-RAGE、IL-17、PI3K-Akt、TNF、MAPK、HIF-1、细胞凋亡、p53、Toll样受体等信号通路的PTGS2、PTGS1、NCOA2、RXRA、PGR、MAPK1、RELA、Akt1等靶点治疗膀胱癌。
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编辑人员丨4天前
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低氧促进人脐带间充质干细胞外囊泡生成
编辑人员丨4天前
目的:探讨低氧对人脐带间充质干细胞(hUCMSCs)及其细胞外囊泡(EVs)生成的影响,初步阐述其调控机制。方法:分离培养原代hUCMSCs,将其分为常氧组和低氧组,分别在常氧(21%O 2)和低氧(5%O 2)培养箱中培养,用细胞计数试剂盒(CCK-8)检测细胞增殖,提取hUCMSCs生成的EVs,利用透射电子显微镜(TEM)和纳米颗粒示踪分析(NTA)进行鉴定,蛋白质印迹法(Western blot)检测EVs膜标志蛋白CD9和CD63表达,转录组高通量测序分析低氧对hUCMSCs表达谱的影响,Western blot分析细胞内缺氧诱导因子-1α(HIF-1α)、丝氨酸/苏氨酸激酶(Akt)和磷酸化丝氨酸/苏氨酸激酶(p-Akt)、以及磷酸化40×10 3大小的富含脯氨酸的Akt底物(p-PRAS40)的表达水平。两组间采用 t检验进行统计分析。 结果:低氧处理hUCMSCs 24 h后,CCK-8结果显示低氧组吸光度值(2.151±0.116)高于常氧组(1.929±0.145),差异有统计学意义( t=2.659, P<0.05);NTA检测结果显示低氧组EVs颗粒浓度[(13.714±1.704)×10 9/ml]高于常氧组[(1.271±0.573)×10 9/ml],差异有统计学意义( t=18.310, P<0.05);低氧组EVs蛋白浓度(2.743±1.013)高于常氧组(0.403±0.303),差异有统计学意义( t=3.831, P<0.05);Western blot结果显示低氧组EVs的CD9、CD63表达水平(4.092±1.711、1 162.225±573.901)高于常氧组(1±0, t=3.005、3.505, P<0.05)。转录组高通量测序分析显示有1 429个基因存在显著表达差异,且主要富集于细胞因子相关通路。Western blot结果显示低氧组HIF-1α、Akt、p-Akt、p-Akt/Akt,以及p-PRAS40的表达水平(2.593±0.556、1.395±0.044、2.586±0.130、1.953±0.104、2.131±0.572)均高于常氧组(1±0),差异有统计学意义( t=3.098、4.246、4.059、3.149、2.799, P<0.05)。 结论:低氧可通过激活HIF-1α和磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/Akt信号通路促进hUCMSCs增殖和EVs生成。
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编辑人员丨4天前
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基于动物实验文献探析慢性萎缩性胃炎用药规律及作用通路、分子靶标
编辑人员丨4天前
目的:探讨中医治疗慢性萎缩性胃炎(CAG)的用药规律及作用的信号通路、分子靶标分布。方法:检索2010年1月1日-2022年5月31日中国学术期刊全文数据库(CNKI)、中国生物医学文献数据库(CBM)、中文科技期刊数据库(重庆维普)、中国学术期刊数据库(万方数据)、PubMed及Web of Science数据库中有关中医药治疗CAG模型大鼠的基础研究文献。根据纳入与排除标准对文献进行筛选和评价,对最终纳入文献中实验方药的药物组成、选用的信号通路及分子靶标等信息进行整理并统计分析。结果:共纳入文献304篇,涉及复方118个,包含中药174味,其中高频药物有白术、甘草、莪术等;常用药对有白芍-甘草、白花蛇舌草-莪术、白术-甘草等;高置信度关联规则有黄连-党参-半夏、黄连-甘草-半夏、党参-白花蛇舌草-莪术等。信号通路共涉及16条,研究频次较高的有PI3K/Akt、刺猬(hedgehog)、Wnt及TLR4信号通路等。分子靶标共包含198个,包括炎症及免疫相关分子如IL-6、NF-κB、TNF-α;增殖凋亡等相关分子如Bcl-2、增殖细胞核抗原(PCNA)、Bax;氧化损伤指标如SOD、MDA;胃黏膜分泌相关指标如胃泌素(GAS)、胃蛋白酶原(PG),以及缺氧、血管新生相关分子如HIF-1α、VEGF等。结论:总结了CAG实验方药的药物分布规律及其作用机制途径,为整体了解中医药干预CAG的基础研究概况提供一定参考。
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编辑人员丨4天前
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基于网络药理学研究黄龙合剂治疗小儿咳嗽变异性哮喘的机制及实验验证
编辑人员丨4天前
目的:利用网络药理学方法、分子对接技术及体外细胞实验研究黄龙合剂基于IL-4/信号转导和转录激活因子6(STAT6)信号通路治疗小儿咳嗽变异性哮喘(CVA)的作用机制。方法:通过TCMSP、HERB数据库及文献检索获得黄龙合剂组方中药的活性成分及作用靶点,检索GeneCards数据库、OMIM数据库、DrugBank数据库、PharmGKB数据库中CVA相关靶点。对药物-疾病靶点取交集,使用STRING数据库构建交集靶点PPI网络,采用Cytoscape 3.9.1进行网络拓扑分析,筛选核心靶点,并构建“疾病-药物-成分-靶点”网络,筛选核心成分。使用Metascape数据库对交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。使用PDB蛋白数据库、PubChem、AutoDock及R语言对核心靶点及核心成分进行分子对接验证。培养大鼠原代气道平滑肌细胞,采用Western blot检测细胞质和细胞核中p-STAT6表达。结果:得到黄龙合剂治疗CVA的活性成分122个,核心成分包括槲皮素、山柰酚、木犀草素等,核心靶点有JUN、ESR1、TP53、MYC、HIF1α等。GO功能富集分析涉及对外来刺激的反应、对氧气水平的反应、蛋白质磷酸化的正向调控、细胞应激反应的调节等生物过程。KEGG通路富集分析显示,黄龙合剂治疗CVA靶点主要富集于AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、JAK-STAT信号通路等。分子对接结果显示,核心靶点及药物核心成分有较好的结合活性。细胞实验表明,黄龙合剂可抑制IL-4介导的p-STAT6进入细胞核。结论:预测了黄龙合剂治疗CVA的有效成分及靶点,其治疗小儿CVA的作用机制可能与抑制IL-4/STAT6信号通路有关。
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编辑人员丨4天前
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长链非编码RNA LOC107987438在抑郁障碍调控网络中的生物信息学分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨差异表达长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)LOC107987438在抑郁障碍发病机制中的调控作用,为其在抑郁障碍的临床应用提供理论依据。方法:采用实时荧光定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)在60例抑郁障碍患者和60例健康对照的外周血单核细胞(peripheral blood monocular cells,PBMCs)中验证LOC107987438的差异表达,并通过受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估其诊断价值。基于lncRNA的竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)机制,应用miRDB数据库预测LOC107987438的靶miRNA,选取其中目标评分数≥80的miRNA。再将筛选出的miRNA通过TargetScan 8.0、miRTarBase、mirDIP和miRPathDB 2.0数据库预测其潜在靶mRNA。随后,将预测的靶mRNA通过R 4.1.1的ClusterProfiler 4.0.5软件包进行基因本体论(gene ontology,GO)功能注释和京都基因和基因组百科全书(tokoyo encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。最后利用STRING 11.5平台构建蛋白质相互作用网络并筛选出关键基因。结果:qRT-PCR结果表明抑郁患者PBMCs中归一化的LOC107987438表达水平高于健康对照(抑郁障碍组:2.084±1.357;健康对照组:1.000±0.660, P<0.001)。ROC曲线结果显示LOC107987438的曲线下面积(area under curves,AUC)为0.759(95% CI:0.675~0.842, P<0.05),表明其具有较高的诊断价值。生物信息学分析发现hsa-miR-4670-3p、hsa-miR-619-3p、hsa-miR-6721-5p和hsa-miR-297是与LOC107987438结合度较高的miRNA。KEGG富集分析出的缺氧诱导因子-1(hypoxia-inducible factor 1,HIF-1)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白质丝氨酸苏氨酸激酶(phosphatidylinositol 3-kinase-AKT,PI3K-Akt)信号通路、酪氨酸激酶受体(erythroblastic oncogene B,ErbB)信号通路与抑郁障碍密切相关。通过蛋白质相互作用网络筛出前十的关键基因中,大鼠肉瘤病毒癌基因同源物(kirsten rats arcomaviral oncogene homolog,KRAS)、雄激素受体(androgen receptor,AR) 、环腺苷酸反应元件结合蛋白1(cyclic-AMP response binding protein1,CREB1)、胰岛素样生长因子(insulin-like growth factor 1,IGF1)、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子1B(cyclin-dependent kinase inhibitor 1B,CDKN1B)、钙/钙调素蛋白依赖性蛋白激酶Ⅱα(calcium/calmodulin-dependent protein kinase type Ⅱ alpha,CAMK2A)与抑郁障碍密切相关。 结论:抑郁障碍差异表达LOC107987438的ceRNA调控网络的建立为探索抑郁障碍的病理生理学机制提供理论基础。
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编辑人员丨4天前
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糖尿病减弱七氟醚后处理心肌保护作用及其机制研究进展
编辑人员丨4天前
糖尿病状态下,七氟醚后处理(sevoflurane postconditioning, SPostC)的心肌保护作用减弱。文章就近年来SPostC在心肌缺血再灌注损伤(myocardial ischemia reperfusion injury, MIRI)中作用的最新研究进展进行综述,着重讨论糖尿病减弱SPostC心肌保护作用的分子机制,其中包括磷脂酰肌醇-3-激酶(phosphoinositide 3-kinase, PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B, Akt)、缺氧诱导因子-1α(hypoxia-inducible factor-1α, HIF-1α)和酪氨酸蛋白激酶2(janus kinase 2, JAK2)/信号转导因子和转录激活因子3(signal transducer and activator of transcriptions 3, STAT3)等多条信号通路的受损及氧化应激和动力相关蛋白1(dynamin related protein 1, DRP1)等诱导的线粒体损伤,讨论了恢复SPostC对糖尿病心肌保护作用的策略,以期为恢复糖尿病心肌对SPostC的敏感性提供新的治疗靶点。
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编辑人员丨4天前
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基于网络药理学探索梅花草提取物抑制脑胶质瘤的作用机制
编辑人员丨1周前
目的 运用网络药理学技术结合细胞及动物实验探讨梅花草提取物抑制脑胶质瘤恶性增殖的作用机制.方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选梅花草的有效化合物,使用OMIM、Genecards、Pubchem等数据库预测梅花草有效化合物对脑胶质瘤的潜在作用靶点,应用Cytoscape 3.9.1和STRING 11.5数据库构建化合物-靶点网络、蛋白质互作(PPI),筛选出核心基因,运用DAVID 6.8数据库对靶点进行基因本体(GO)的富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)的通路富集分析,并在细胞和动物水平评价相关信号通路和表型变化.结果 梅花草含有14个靶点活性成分,包括Celahin B、Isoboonein、槲皮素(Quercetin)、山奈酚(Kaempferol)、没食子酸、Mussaenin A、金丝桃苷、山奈酚-3-O-β-芸香糖苷(Nicotiflorin)、山奈酚3-O-葡萄糖苷(Astragalin)、槲皮素3-O-葡萄糖苷(Isoquercitrin)、槲皮素 7-O-葡萄糖苷(Quercimeritrin)、山奈酚-7-O-葡萄糖苷(Kaempferol 7-O-glucoside)、槲皮素-3,7-二-O-葡萄糖苷(Quercetin 3,7-diglucoside)、皂苷(Saponin),化合物对应的靶点338个;通过韦恩图将梅花草有效化合物与肿瘤相关的334个关键靶点基因利用DAVID在线分析工具进行肿瘤相关靶点的GO与KEGG分析.GO分析结果表明,梅花草提取物抗脑肿瘤的作用机制可能与炎症状态、缺氧反应、细胞增殖与凋亡等有关;KEGG分析结果发现梅花草有效化合物作用的靶点基因与PI3K/AKT、MAPK、TNF、HIF-1α等抗肿瘤信号通路息息相关,并在细胞及动物水平获得肿瘤的抑制表型和线粒体相关PI3K/AKT关键信号通路的验证.结论 梅花草提取物显著抑制脑胶质瘤细胞的恶性生长,呈现浓度依赖性,其发挥作用可能与PI3K/AKT、线粒体代谢等信号通路有关.
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编辑人员丨1周前
