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MicroRNA-145靶向沉默PLK1基因对肾小管上皮细胞增殖、凋亡的影响
编辑人员丨3天前
目的:探讨microRNA-145(miR-145)靶向沉默PLK1基因对肾小管上皮细胞增殖、凋亡的影响及相关机制。方法:采用lipofectamine 2000试剂将miR-145转染肾小管上皮细胞,按不同转染结果分为对照组、阴性对照组及miR-145转染组,采用RT-PCR法检测肾小管上皮细胞中miR-145水平,采用CCK-8实验检测细胞增殖能力,采用流式细胞术检测细胞转染miR-145后细胞周期的分布,采用Western blot实验检测胃癌细胞Bax、Cyclin B1、PCNA及Bcl-2的表达水平,采用荧光素酶报告实验检测miR-145与PLK1基因的靶向关系。结果:RT-PCR实验显示miR-145转染组肾小管上皮细胞miR-362表达水平(4.1±0.6)显著高于对照组(1.2±0.2)和阴性对照组(1.3±0.3)( P<0.05)。CCK-8实验显示肾小管细胞转染miR-145后,肾小管细胞的增殖水平低于对照组及阴性对照组( P<0.05)。采用流式细胞术显示各组肾小管细胞G0/G1期比例比较,差异无统计学意义( P>0.05)。miR-145转染组肾小管细胞S期比例为(14.16±2.82)%,显著低于对照组[(21.22±3.81)%]及阴性对照组[(22.56±2.69)%]( P<0.05);miR-145转染组肾小管细胞G2/M期比例为(26.37±4.51)%,显著高于对照组[(24.57±2.02)%]及阴性对照组[(22.46±2.74)%]( P<0.05)。miR-145组Bax相对水平为(0.36±0.04),显著高于对照组(0.25±0.03)及阴性对照组(0.24±0.04)( P<0.05)。miR-145组Cyclin B1、PCNA、Bcl-2相对水平分别为(0.18±0.03)、(0.27±0.03)、(0.16±0.02),显著低于对照组[(0.28±0.02)、(0.36±0.04)、(0.32±0.03)]及阴性对照组[(0.30±0.03)、(0.40±0.03)、(0.33±0.03)]( P<0.05)。通过生物信息学预测结果显示miR-145可与PLK1基因的3'-UTR结合,经荧光素酶报告基因实验进行验证,显示肾小管细胞在共转染miR-145及PLK1野生型载体后,荧光素酶相对活性显著下降( P<0.05),其他各实验组的肾小管上皮细胞的荧光素酶相对活性无明显下降( P<0.05)。RT-PCR实验显示miR-145转染组肾小管上皮细胞PLK1基因表达水平(0.31±0.13)显著低于对照组(1.03±0.15)及阴性对照组(1.04±0.17)( P<0.05)。 结论:miR-145可靶向抑制肾小管上皮细胞中PLK1基因表达水平,抑制细胞的增殖能力,诱发细胞发生凋亡,为肾纤维化治疗提供实验依据。
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编辑人员丨3天前
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埃可病毒11型感染RD细胞的转录组学分析及PLK1对其感染影响的初步探究
编辑人员丨3天前
目的:探究埃可病毒11型(echovirus 11, E11)感染人横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomyosarcoma cells, RD)后细胞内宿主因子在转录水平上的变化,初步了解Polo样激酶1(polo-like kinase 1, PLK1)对E11复制的影响及可能的分子机制。方法:利用转录组测序(RNA-Seq技术)对E11感染RD细胞组和RD细胞对照组进行差异表达基因分析。使用基因本体论(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析显著差异表达基因,利用实时荧光定量聚合酶链式反应(quantitative real-time PCR, qPCR)对代表性差异基因的表达水平进行验证,并初步探究抑制PLK1对E11复制的影响。结果:E11感染RD细胞后,共鉴定出3 726个差异表达基因,感染组(感染后12 h、24 h和48 h)共同显著差异表达基因484个,这些显著差异表达基因主要富集在免疫反应、细胞内信号转导、转录因子活性、序列特异性DNA结合、蛋白激酶活性、核、膜的组成成分、PI3K-Akt信号通路等。使用qPCR对6个靶基因(CXCL14、IFITM1、OAS1、SAMD9、MX1和PLK1)的表达情况进行验证,均与RNA-Seq结果一致,其中CXCL14、IFITM1、OAS1、SAMD9、MX1表达上调倍数在1.2~104.97倍之间,PLK1表达下调倍数在0.99~5.79倍之间。抑制PLK1后,E11复制能力增加。结论:炎症反应、PI3K-Akt、MAPK等通路可能在E11感染抗病毒免疫过程中发挥重要作用,此外,宿主因子PLK1可能通过调节细胞周期在E11感染中起到关键作用。
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编辑人员丨3天前
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结肠癌转移相关基因1和Polo样激酶1在结直肠癌组织的表达及其临床意义
编辑人员丨3天前
目的:探讨结直肠癌组织中结肠癌转移相关基因1(MACC1)和Polo样激酶1(PLK1)表达的临床意义。方法:收集2016年4月至2021年3月大庆油田总医院资料完整的结104例结直肠癌组织标本及癌旁正常组织标本,采用免疫组织化学法检测各组织中MACC1蛋白和PLK1蛋白表达,采用 χ2检验分析评估MACC1和PLK1的表达水平与结直肠癌临床病理因素之间的关系。 结果:MACC1蛋白在结直肠癌组织中表达率为73.08%(76/104),明显高于癌旁组织中表达率15.39%(16/104),两者差异有统计学意义( χ2=70.165, P<0.01);PLK1蛋白在结直肠癌组织中表达率为57.70%(60/104),明显高于癌旁组织中表达率24.04%(25/104),两者差异有统计学意义( χ2=24.371, P<0.01)。MACC1表达水平与结直肠癌淋巴结转移、浸润深度、TNM分期明显相关( χ2=4.697、6.307、6.899, P<0.05),PLK1表达水平与结直肠癌淋巴结转移、组织学分化程度、TNM分期明显相关( χ2=5.446、5.5076、6.307, P<0.05)。 结论:MACC1蛋白和PLK1蛋白表达与结直肠癌侵袭和转移密切相关,检测上述两种指标,并与临床指标结合,将能更准确判断结直肠癌生物学行为及预后、并指导临床治疗。
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编辑人员丨3天前
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Plk4在脑胶质瘤中的功能及其分子机制研究
编辑人员丨3天前
目的:探讨Polo样激酶4(Plk4)在脑胶质瘤中的表达特征、生物学功能及其相关分子机制。方法:纳入癌症基因组图谱(TCGA)数据库(689例)、中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库(693例)中脑胶质瘤患者的胶质瘤样本的转录组和临床数据,纳入基因型和基因表达量关联(GTEx)数据库中正常脑组织标本的转录组数据(255例)。比较脑胶质瘤标本与正常脑组织中,以及不同病理学分级脑胶质瘤标本中Plk4 mRNA表达量的差异;采用log-rank检验法比较Plk4 mRNA低表达组与高表达组患者总生存期的差异。取人星形胶质细胞、U87、LN229、U251及A172细胞株行相关研究。采用小干扰RNA(siRNA)转染法敲低U87和LN229细胞中Plk4的表达;采用实时荧光定量聚合酶链反应法检测Plk4 mRNA的表达;采用蛋白质免疫印迹法检测Plk4蛋白的表达;采用EdU实验和Transwell实验观察Plk4对胶质瘤细胞增殖、迁移及侵袭能力的影响。取4周龄雌性BALB/c-nu裸鼠20只,将U87细胞注射于小鼠腹部制备胶质瘤异种荷瘤模型,观察Plk4敲低组(肿瘤内注射siRNA-Plk4, n=10)与无义序列组(肿瘤内注射无序列Plk4, n=10)治疗21 d(7次)后肿瘤体积和重量的差异。取敲低Plk4的U87细胞,采用蛋白组学和磷酸化组学的关联分析方法探讨Plk4在胶质瘤中的生物学功能及其分子机制。 结果:与星形胶质细胞相比,U87、LN229、U251及A172细胞株中Plk4 mRNA的表达水平均升高;TCGA联合GTEx数据库数据分析显示,低级别胶质瘤及胶质母细胞瘤标本中Plk4 mRNA的表达量均高于正常脑组织;对CGGA数据库中标本的分析显示,Plk4 mRNA的表达量随世界卫生组织(WHO)病理学分级的升高而升高;2个数据库中Plk4 mRNA高表达组患者的总生存期均短于低表达组患者。EdU实验显示,敲低Plk4表达的U87和LN229细胞的EdU阳性率均低于其无义序列细胞。Transwell实验显示,敲低Plk4表达的U87和LN229细胞的穿胶数和迁移数均低于其无义序列细胞。体内实验结果表明,Plk4敲低组的裸鼠皮下肿瘤的生长速度明显慢于无义序列组。上述数据比较差异均有统计学意义(均 P<0.01或0.05)。在蛋白组学分析中,共鉴定到428个差异表达蛋白。在磷酸化组学分析中,共鉴定到1 180个差异表达的磷酸化肽段,对应于728个磷酸化蛋白。将蛋白组学和磷酸化组学的结果进行关联分析后发现,蛋白组学和磷酸化组学关联上2 197个蛋白,其中66个只在蛋白水平有改变,590个只在磷酸化水平有改变,25个在蛋白和磷酸化水平均有改变。对只在磷酸化水平有改变的590个蛋白进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析发现,590个蛋白的功能主要为细胞进程和生物学调控等,主要富集的通路是志贺菌病和神经退行性变途径等。 结论:Plk4 mRNA在脑胶质瘤中呈高表达,可能与患者的预后有关;其机制可能通过细胞进程等信号通路促进胶质瘤细胞的增殖、迁移和侵袭有关。Plk4可能是脑胶质瘤诊断和预后的分子标志物和药物治疗潜在的靶点。
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编辑人员丨3天前
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垂体瘤转化基因1在胃腺癌组织中的表达及其与患者预后的关系
编辑人员丨3天前
目的:鉴定胃腺癌新的预后标志物和治疗靶点。方法:通过Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载GSE33335和GSE63089基因表达数据集,共含有70例胃腺癌组织和配对的胃正常组织基因芯片数据,使用R语言分析胃癌组织和胃正常组织间差异表达基因。通过String在线分析工具构建差异表达基因的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络。使用Cytoscape软件和分子复合物检测(MCODE)插件分离出关键基因集。使用在线数据库鉴定分离出与预后相关的关键基因,分别用数据库信息和南通大学附属医院2019年7—9月收治的32例胃腺癌组织和癌旁正常组织从mRNA和蛋白水平进行验证。结果:使用R语言分析显示,2个数据集中有128个共同差异表达基因,其中85个基因在胃腺癌组织中表达上调,43个基因在胃腺癌组织中表达下调。通过String在线工具和Cytoscape软件建立了PPI网络和MCODE模型,获得27个关键基因,其中有25个基因与胃腺癌患者的预后有关( P<0.05)。25个与预后相关的基因中,有14个基因在胃腺癌组织中表达显著,其中有3个基因[垂体瘤转化基因1(PTTG1)、细胞周期蛋白B1(CCNB1)和polo样激酶1(PLK1)]在细胞周期途径中显著富集。PTTG1在胃腺癌和胃正常组织中的阳性表达率分别为68.8%(22/32)和18.8%(6/32),差异有统计学意义( P<0.05)。 结论:PTTG1在胃腺癌组织和胃正常组织中存在表达差异,是胃腺癌形成的关键基因。过表达PTTG1的胃腺癌患者预后更差。PTTG1可能通过调控细胞周期参与胃腺癌的发生发展。
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编辑人员丨3天前
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Polo样激酶1和鼠双微体基因2在胃癌组织的表达及其临床意义
编辑人员丨3天前
目的:探讨Polo样激酶1(PLK1)以及鼠双微体基因2(MDM2)在胃癌组织的表达及其与临床病理因素之间的关系。方法:选取长治医学院附属和济医院和长治市人民医院2017年4月至2021年3月病理确诊的99例胃癌组织和癌旁组织,应用免疫组织化学方法检测组织中PLK1蛋白以及MDM2蛋白表达水平,采用 χ2检验并结合临床资料分析PLK1蛋白和MDM2蛋白与胃癌临床病理特征之间的关系。 结果:胃癌组织PLK1蛋白表达率为79.80%(79/99)、对应癌旁组织PLK1蛋白表达率为12.12%(12/99),两者差异有统计学意义( χ2=91.283, P<0.01),胃癌组织MDM2蛋白表达率为66.67%(66/99)、对应癌旁组织MDM2蛋白表达率为26.26%(26/99),两者差异有统计学意义( χ2=32.486, P<0.01)。PLK1表达水平与胃癌TNM分期、淋巴结转移明显相关( χ2=5.602、6.550, P<0.05);MDM2表达水平与胃癌TNM分期、组织学分化程度、淋巴结转移明显相关( χ2=5.263、9.949、4.583, P<0.05)。 结论:PLK1蛋白和MDM2蛋白过度表达可能促进胃癌恶性增殖及转移,联合检测上述两项指标有助于判断胃癌恶性程度、转移潜能和预后。
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编辑人员丨3天前
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增生型糖尿病视网膜病变患者外周血差异基因转录组学与基因表达总库的联合分析与验证研究
编辑人员丨3天前
目的:筛选增生型糖尿病视网膜病变(DR)患者差异表达基因(DEG ),为增生型DR(PDR)治疗提供新的生物学治疗靶点。方法:基础研究。2020年10月于天津医科大学眼科医院检查确诊的PDR患者3例(PDR组)及非糖尿病患者3例(对照组)纳入研究。另外分别选取同期PDR、非糖尿病患者各40例并据此分为PDR验证组、对照验证组。PDR验证组、对照验证组行外周血验证试验;PDR组、对照组进行RNA测序。采用转录组学(RNAseq)测序技术筛选PDR组、对照组DEG。对筛选得到的DEG进行基因注释(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)的信号通路富集分析和蛋白-蛋白互作网络(PPI)分析。应用基因表达总集数据库查找与PDR相关高通量数据行多队列比对分析,通过Targetscan平台对差异表达的miRNA进行靶基因预测,明确筛选所得DEG与PDR的相关性。采用逆转录聚合酶链反应、蛋白免疫印迹法对与PDR相关的DEG mRNA、蛋白表达进行验证。PDR验证组、对照验证组之间PDR相关的DEG mRNA、蛋白相对表达量比较行配对 t检验。 结果:RNAseq测序共筛选出1 337个DEG,上调基因419个,下调基因918个。具有低等电点的直接凋亡抑制蛋白结合蛋白( DIABLO)、锌指和含BTB域10 ( ZBTB10 )、polo样激酶3 ( PLK3 )、调节亚单位1 ( PIK3R1)、B细胞易位基因3 ( BTG3)等基因在PDR组患者中差异表达。GO功能富集分析结果显示, DIABLO、 ZBTB10、 PLK3、 PIK3R1、 BTG3等基因参与了与PDR相关的病理过程。KEGG富集分析结果显示,细胞外基质受体作用、细胞因子调控通路、p53信号通路、半乳糖代谢等糖代谢途径可能参与了DEG涉及过程。PPI分析结果提示,DEG关联蛋白节点越大,关联的节点数量越多,其中 DIABLO、 ZBTB10、 PLK3、 PIK3R1、 BTG3等基因对该作用网络形成作用显著。Targetscan平台预测发现,DR患者房水、玻璃体、血浆中显著差异miRNA与本研究所发现的DEG具有调控关系。与对照验证组比较,PDR验证组患者外周血中 DIABLO、 ZBTB10、 PLK3、 PIK3R1 mRNA、蛋白相对表达量上调, BTG3 mRNA、蛋白相对表达量下调。 结论:PDR患者的DEG为 DIABLO、 ZBTB10、 PLK3、 PIK3R1、 BTG3,其通过调控细胞增生、纤维化及氧化应激等生物学过程参与疾病进程。
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编辑人员丨3天前
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纺锤体检测点蛋白BUB1B在三阴型乳腺癌中的表达及意义
编辑人员丨3天前
目的:高通量筛选三阴型乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)预后相关的重要分子标志物,探讨纺锤体检测点蛋白BUB1B表达与TNBC临床病理特征及预后相关性。方法:收集2009—2017年四川大学华西医院诊断TNBC的临床病理资料和预后信息。选取符合纳入标准的新鲜样本47例,肿瘤原发灶石蜡样本139例。对新鲜肿瘤样本进行转录组测序(RNA-seq)与基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)数据集GSE38959和GSE65194差异分析并取交集,进行富集分析和蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析。利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析目的基因的表达水平与TNBC预后的关系。采用免疫组织化学染色验证其在TNBC中的表达情况及与临床病理特征和预后的相关性。结果:利用edgeR对47例TNBC肿瘤组织与其中12例正常组织进行差异分析得到1 559个上调基因和1 376个下调基因,与GEO2R对GSE38959和GSE65194差异分析后的差异基因取交集后得到131个基因。富集分析主要富集在细胞周期、JAK-STAT信号通路、p53信号通路。利用Cytoscape分析得到Degree最高的10个基因:TOP2A、BUB1B、MKI67、PLK1、RRM2、PCNA、KPNA2、SMC4、PBK、IGF1。Kaplan-Meier Plotter数据库中分析发现BUB1B表达与TNBC预后显著相关[总生存期,HR=0.52,95% CI(0.35~0.77), P=0.001;无远处转移生存期,HR=0.72,95% CI(0.52~0.98), P=0.038]。139例肿瘤原发灶石蜡样本免疫组织化学的结果显示BUB1B低表达与TNBC预后不良具有显著相关性[HR=0.41,95% CI(0.18~0.95), P=0.024]。 结论:BUB1B蛋白低表达与TNBC预后不良相关,其预后相关分子机制和潜在治疗靶点有待进一步研究。
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编辑人员丨3天前
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PLK1靶向抑制剂在恶性肿瘤治疗中的研究进展
编辑人员丨3天前
Polo-like kinase1(PLK1)是一种保守的丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶,属于polo-like蛋白激酶家族,在调节细胞有丝分裂、DNA损伤反应及维持基因组稳定性中发挥重要作用。PLK1在多种肿瘤组织中表达水平明显升高,并且在恶性肿瘤的发生发展过程中发挥重要作用,与多种癌症患者的不良预后密切相关。尽管PLK1的小分子抑制剂在细胞及动物模型中显示出强烈的抑瘤作用,但是单独应用PLK1靶向药物在多数临床试验中并未取得令人满意的疗效,因此将靶向抑制PLK1与放化疗或其他靶向治疗药物联合应用的恶性肿瘤治疗策略成为新的研究方向和热点。本文将在介绍PLK1异常表达与肿瘤发生发展关系的基础上,重点介绍以PLK1为靶点的单药及联合治疗在恶性肿瘤治疗中的最新进展和面临的挑战。
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编辑人员丨3天前
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基于加权基因共表达网络分析并验证胰腺癌增殖相关关键基因
编辑人员丨3天前
目的:基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选与胰腺癌细胞增殖相关的关键基因并进行验证。方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因型-组织表达(GTEx)数据库生成的胰腺癌以及正常组织数据集产生差异表达基因(DEGs)。采用R软件包的limma算法识别DEGs,校正后 P<0.01且表达变化大于2倍的基因被鉴定为DEGs。采用Metascape数据库对DEGs的功能进行富集分析。使用R软件包进行WGCNA分析。使用R软件包的Survival功能进行生存分析;取30例就诊于河北医科大学第四医院胰腺癌患者的新鲜胰腺癌临床样本及癌旁组织,应用荧光实时定量反转录聚合酶链式反应(RT-qPCR)检测部分筛目标基因mRNA表达水平。数据分析使用R软件及SPSS 25.0统计分析软件进行处理。 结果:DEGs分析结果显示,在胰腺癌组织中有12 044个基因表达上调,有694个基因表达下调( P<0.01)。生存分析结果显示,其中855个与患者预后显著相关的基因( P<0.01)。对影响预后的DEGs进行富集分析,发现与DNA损伤修复、细胞周期转化、蛋白激酶活性调控等多种功能有关。WGCNA分析发现3个重要网络模块,对模块中基因功能进行富集分析,发现涉及细胞周期相关的生物学过程。通过分析筛选出CCNB1、CCNB2、CDC25C、DBF4、E2F1、MAD2L1、MCM2、ORC6、PLK1、PTTG1、TTK等与肿瘤增殖关系密切的基因。采用30例临床样本对其中的DBF4、E2F1、MCM2进行了验证,结果显示这3种基因的mRNA在胰腺癌组织的表达水平(2.625±0.936、3.289±0.921、1.214±0.465)均明显高于癌旁组织(0.604±0.225、0.940±0.367、0.312±0.121),差异有统计学意义( t=11.404、12.657、11.169, P<0.01)。 结论:WGCNA分析鉴定得到了促进胰腺癌增殖的关键基因,可能为胰腺癌治疗提供新的靶点。
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编辑人员丨3天前
