目的:探究血清微小核糖核酸-125(microRNA-125，miR-125)联合RSAD2 mRNA表达水平检测在预测弥漫性大B细胞淋巴瘤患者预后中的价值。方法:选取2016年4月至2019年4月苏州大学附属第一医院收治的弥漫性大B细胞淋巴瘤92例进行前瞻性研究，采用荧光PCR法分别检测血清miR-125相对表达量和外周血RSAD2mRNA相对表达量，并根据3年随访结局分为死亡组(70例)和生存组(19例)。分析弥漫性大B细胞淋巴瘤预后的影响因素，评估血清miR-125、外周血RSAD2 mRNA相对表达水平对弥漫性大B细胞淋巴瘤预后的预测效能。结果:92例弥漫性大B细胞淋巴瘤中失访3例，随访率96.74%；死亡19例，死亡率为21.35%；生存70例，生存率为78.65%。死亡组血清miR-125、外周血RSAD2 mRNA相对表达量均显著高于生存组，差异有统计学意义[(3.05±0.470比(1.14±0.29)，(7.59±1.12)比(1.81±0.32)， t值分别为22.02、38.28， P值均<0.05)。Logistic分析显示，病理分期Ⅲ~Ⅳ期( OR＝3.63，95% CI：1.24~10.62)、免疫组化ABC型( OR＝3.88，95% CI：1.33~11.34)、血清miR-125( OR＝3.05，95% CI：1.20~10.25)及外周血RSAD2 mRNA相对表达水平升高( OR＝3.69，95% CI：1.26~10.80)均是弥漫性大B细胞淋巴瘤预后死亡的危险因素( P<0.05)。受试者工作特性曲线(receiver operating characteristic curve，ROC)分析显示，血清miR-125、外周血RSAD2 mRNA相对表达水平单一及联合预测弥漫性大B细胞淋巴瘤预后死亡的曲线下面积(area under the curve，AUC)分别为0.71(95% CI：0.60~0.82)、0.72(95% CI：0.61~0.84)和0.77(95% CI：0.64~0.90)。 结论:血清miR-125、外周血RSAD2 mRNA相对表达水平预测弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的预后效能良好。

目的:探究人体中与结核分枝杆菌( Mycobacterium tuberculosis， Mtb)Rv1705c蛋白相互作用的蛋白质。 方法:原核表达Rv1705c蛋白基因，收集包涵体，裂解后透析纯化Rv1705c并测定其浓度，ELISA法检测细菌Rv1705c刺激巨噬细胞后细胞因子IFN-γ的分泌量，使用纯化并带有生物素标记的Rv1705c孵育人蛋白质组芯片HuProt?，筛选与Rv1705c相互作用的人类蛋白质，使用GenePix Pro 6.0软件对蛋白质芯片的信号图像进行数据提取，使用GO、KEGG等多个数据库进行生物信息学分析，GST pulldown验证Rv1705c与PSMA3、RSAD2的相互作用。结果:纯化结果显示，Rv1705c在包涵体中表达，Rv1705c刺激巨噬细胞后IFN-γ分泌量显著上升。芯片结果显示共筛选出了29个与Rv1705c相互作用的潜在阳性蛋白质，其中PSMA3、NLN、THOP1、UPF3A、RSAD2、OMG、PNKD、STEAP3、MED8共9个蛋白质的信噪比(signal-to-noise ratio，SNR)>1.6。进一步的生物信息学分析发现候选蛋白PSMA3、RSAD2、C1QBP参与固有免疫应答激活信号转导，并且PSMA3、RSAD2与干扰素存在交互作用，GST pulldown验证PSMA3、RSAD2与Rv1705c确有相互作用。结论:发现并验证PSMA3、RSAD2与Rv1705c存在相互作用，为 Mtb感染机制的研究提供参考。

目的:筛选并分析唾液酸结合Ig样凝集素15(Siglec-15)在胃癌细胞中的候选靶基因及其下游信号通路并进行患者预后相关性分析。方法:构建干扰Siglec-15基因的最佳慢病毒转染至人胃腺癌AGS细胞株获得沉默组(AGS-shSiglec-15)，以及空载体慢病毒转染获得的AGS细胞对照组(AGS-NC)，各取三个样本进行转录组测序。根据测序数据筛选差异表达基因，通过GO分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析和GESA分析进行基因的功能注释和信号通路的鉴定。构建蛋白与蛋白相互作用网络图(PPI)，进行可视化分析并获取关键互作蛋白，并对靶蛋白进行生存期分析。结果:共鉴定出符合筛选标准的255个差异表达蛋白编码基因，包括119个上调基因和136个下调基因。经GO、KEGG和GSEA分析表明，差异表达基因(DEGs)主要参与甲型流感、Toll样受体信号传导途径、钙信号传导途径、NOD样受体信号传导途径、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用等进程。同时筛选出10个Siglec-15相关基因的靶蛋白，其中钙黏蛋白23(CDH23)[ HR＝1.31(1.05~1.63)， P<0.05]、蛋白网络成分协调蛋白(USH1C)[ HR＝1.25(1.05~1.48)， P<0.05]、干扰素调节因子7(IRF7)[ HR＝1.7(1.41~2.05)， P<0.001]、MX2[ HR＝1.63(1.33~2.00)， P<0.01]、干扰素调节因子9(IRF9)[ HR＝1.30(1.09~1.54)， P<0.01]高表达的胃癌患者总生存率(OS)较差。而RSAD2(RSAD2)[ HR＝0.78(0.61~1.00)， P<0.05]、CC基序趋化因子配体5(CCL5)[ HR＝0.66(0.55~0.78)， P<0.01]、CXC趋化因子配体(CXCL8)[ HR＝0.65(0.53~0.79)， P<0.01]、XIAP相关因子1(XAF1)[ HR＝0.77(0.65~0.92)， P<0.01]、干扰素调节因子6(IRF6)[ HR＝0.51(0.41~0.63)， P<0.01]高表达的患者具有较好的OS。 结论:沉默Siglec-15基因在胃癌细胞中有明显差异表达基因并参与多种生物学进程和信号通路调节，可能作为胃癌的潜在新免疫检查点标志物及治疗靶点。

目的:建立儿童干扰素刺激基因（ISG）表达检测方法，确立参考值范围，初步探讨其临床应用价值。方法:纳入2017年11月至2021年9月就诊于北京协和医院儿科的Ⅰ型干扰素病患者作为疾病组，同时纳入健康儿童作为对照组。疾病组共纳入18例患儿，其中男性8例，女性10例，共采集血液样本25份，首次检测的中位年龄为8.5岁。对照组共纳入28名健康儿童，年龄1~18岁，中位年龄10.5岁，其中男性15名，女性13名。分别提取疾病组和对照组外周血总RNA并逆转录为互补DNA（cDNA）。以β肌动蛋白基因（β-Actin）和鸟氨酸脱羧酶抗酶基因（OAZ）为内参，采用实时荧光定量聚合酶链反应（qPCR）检测干扰素诱导的四肽重复蛋白1基因（IFIT1）、干扰素α诱导蛋白27基因（IFI27）、干扰素诱导蛋白44样基因（IFI44L）、干扰素刺激基因15（ISG15）、唾液酸结合的免疫球蛋白样凝集素1基因（SIGLEC1）、含有S-腺苷甲硫氨酸结构域2基因（RSAD2）的相对表达量，以6个ISG的中值为干扰素评分（IS）。去除正常对照中表达明显异常的样本，将其他样本的cDNA混合作为参照，重新检测各样本并计算IS，将大于对照 xˉ+2 s的IS结果判断为异常。用独立样本 t检验或Mann-Whitney U检验比较组内和组间IS的差异。 结果:对照组IS均值为1.046，标准差0.755，IS截断值为2.556。18例Ⅰ型干扰素病患者组IS异常的有15例（15/18），IS均值为27.010。与对照组相比，干扰素疾病患者组IS明显升高（ t=4.247， P=0.000 1）。该检测方法的准确度为91.30%（42/46），精密度为7.47%（0.084/1.124），敏感度为15/18，特异度为96.43%（27/28）。 结论:本研究通过ISG表达的检测并计算IS，为临床筛查以及动态监测Ⅰ型干扰素疾病变化提供了新的可靠的手段。

目的:通过生物信息学方法筛选银屑病合并重度抑郁障碍的关键基因与信号通路,分析两者可能的共病机制,探究具有诊断价值的关键基因,并预测具有潜在疗效的中药.方法:从公共基因芯片数据库(GEO)中分别下载包含银屑病和重度抑郁障碍患者的基因数据集,分别应用Limma筛选出差异表达基因(DEGs),合并两种疾病的DEGs得到共同差异基因(co-DEGs),将交集基因导入metascape数据库进行GO和KEGG富集分析;基于STRING数据库和Cytoscape 3.9.0软件构建的蛋白相互作用网络筛选出关键基因,并使用OmicStudio在线工具对核心基因的诊断价值进行验证,最后通过Coremine Medical平台预测具有潜在疗效的中药.结果:共纳入1个银屑病数据集(GSE30999)、2个重度抑郁数据集(GSE19738和GSE76826)和2个验证数据集(GSE13355和GSE38206),得到1 554个银屑病DEGs和475个重度抑郁障碍DEGs,取交集后获得87个co-DEGs.GO和KEGG分析提示,co-DEGs主要富集在226个生物过程、18个细胞结构、34个分子功能及19条信号通路上.基于蛋白相互作用网络锁定了 9个可能的关键基因,经验证其中7个具有一定的诊断价值,并预测出46味具有潜在疗效的中药.结论:银屑病合并重度抑郁障碍的机制可能与NOD样受体信号通路及RIG-Ⅰ样受体信号通路相关,STAT1、DDX58、MX1、GBP1、IRF7、IFIT3、IFI44、RSAD2、ISG15可能是诊断和治疗的关键基因,生地黄、大青叶、黄芩、莪术、郁金、当归、人参等中药可能成为治疗的潜在药物.

通过生物信息学方法分析IFN-γ(Interferon-gamma,干扰素-γ)诱导银屑病皮损的关键基因及可能的作用机制.从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库的GPL571 平台下载GSE32407 mRNA基因芯片数据集进行基因转录谱分析.设定阈值为|Log2(FC)|(差异表达倍数 2 倍的绝对值)≥1 且P＜0.05,筛选出差异基因.绘制火山图、韦恩图、蛋白质互作网络图、GO(Gene Ontology,基因本体论)/KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书)富集分析图.健康人组和银屑病病人组共筛选出1 321个DEGs(Differentially expressed genes,差异表达基因),PPI(Protein-Protein Interac-tion,蛋白质互相作用)网络筛选出ISG15、IFIT1、RSAD2、MX1、IFIT3、IFIT2、IRF7、STAT2、MX2、OASL等十个关键作用基因,国内外已有研究对IFIT3、IFIT2、OASL等 3 个基因与银屑病的关系关注较少,这 3 个基因可能成为导致银屑病的重要基因,但尚需实验验证.基于本文生信分析的预测结果,推导出IFN-γ可能通过关键基因的表达,促进角质形成细胞增殖、树突状细胞成熟和中性粒细胞浸润,导致局部炎症反应,从而导致银屑病,可为治疗银屑病的靶向药物研究和IFN-γ诱导银屑病动物模型提供一定的理论依据,但这个推论仅是通过生信分析推导的,因此还需要进一步的实验验证.

目的 探讨皮肌炎(DM)可能的发病机制、潜在治疗靶点及药物.方法 从基因表达综合(GEO)数据库下载符合筛选标准的健康人群和DM患者的芯片信息.利用R语言相关软件包筛选差异表达基因(DEGs);分析DEGs的基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集情况.利用STRING在线数据库及Cytoscape软件构建蛋白质互作网络,并筛选出关键基因加以验证.基于CIBERSORT算法分析免疫细胞浸润情况,分析核心基因表达量与免疫细胞丰度的相关性.利用DREIMT在线分析工具和Coremine Medical数据库预测潜在治疗DM疾病的药物.结果 与健康人群相比,DM患者肌肉组织中上调的DEGs为402个,下调的DEGs为150个,皮肤组织中上调的DEGs为686个,下调的DEGs为284个,肌肉和皮肤共有的DEGs为170个.GO、KEGG富集分析结果显示,上述DEGs主要富集于固有免疫应答、对病毒的防御反应、细胞质、细胞质膜等条目,富集于新型冠状病毒感染疾病、甲型流感、麻疹、丙型肝炎等通路.共筛选出10个核心基因,分别为STAT1、MX1、IFIT3、OAS2、IFI35、RSAD2、IFIT1、OAS1、ISG15和IRF7e22种免疫细胞浸润中,浆细胞浸润在肌肉组织中占主导地位,而M2巨噬细胞在皮肤组织中大量渗透.核心基因分析分别预测出排名前10的小分子化学药物和9种中药.结论 本研究利用生物信息学方法筛选的关键基因及药物可能在治疗DM疾病中具有重要作用.

目的:检测类风湿关节炎(RA)患者和正常对照组Ⅰ类干扰素(IFN)效应基因mRNA的表达,探讨IFN在RA发病过程中的意义.方法:收集32例RA患者和健康体检人群,分为治疗前RA组、治疗后RA组和正常对照组,患者均为首次就诊或未使用改变病情抗风湿药,留取全血,采用qPCR方法检测MXA、MXB、IFIT1、IFIT2、ISG15、HERC5、Ly6E、RSAD2、EPSTRI1、IFI44L、IFI35和IFI6基因mRNA的表达,检测血清抗CCP抗体和RF,比较mRNA组间基因表达差异及与自身抗体水平相关性.结果:IFIT1、ISG15、HERC5、MXA、MXB、Ly6E和RSAD2在治疗前RA患者组中的mRNA表达水平高于治疗后RA组(P<0.05),IFIT2、ISG15、HERC5、MXA、MXB、Ly6E、RSAD2、EPSTRLI1和IFI35在治疗前RA组中mRNA的表达水平均高于正常对照组(P<0.05),ISG15、HERC5、RSAD2在治疗后RA组中mRNA的表达水平均高于正常对照组(P<0.05).IFI6、IFIT2、IFI35、ISG15、MXB、Ly6E、EPSTRI1和MXA的mRNA的表达水平与抗CCP抗体呈正相关性(r=0.354~0.667,P<0.05),IFI6、IFIT2、IFI35、MXB、Ly6E、和MXA的mRNA的表达水平与RF呈正相关(r=0.362~0.579,P<0.05).结论:RA患者炎症细胞IFN效应基因mRNA表达升高,表明IFN可能是RA自身免疫反应的诱发因素.

目的 探讨系统性红斑狼疮(SLE)患者外周血单个核细胞(PBMCs)中干扰素诱导基因S-腺苷甲硫氨酸基区域蛋白2(RSAD2)的表达及其临床意义.方法 选择SLE患者46例作为SLE组,根据SLEDAI积分分为高疾病活动度(SLEDAI积分≥6分)25例、低疾病活动度(SLEDAI积分<6分)21例.另选同期健康对照者33例作为对照组.抽取两组晨起空腹静脉血2 mL,分离PBMCs,采用RT-PCR法检测PBMCs内RSAD2 mRNA表达水平.收集SLE组外周血血清抗核抗体(ANA)、抗小核糖核蛋白(nRNP)抗体、抗Sm抗体、抗核小体抗体及抗Ro-52抗体、抗双链DNA(dsDNA)抗体、补体C3、补体C4资料.比较不同RSAD2 mRNA表达程度的SLE患者的免疫指标,分析SLE患者RSAD2表达水平与免疫指标的相关性.结果 SLE组RSAD2mRNA表达水平高于对照组,SLE组高疾病活动度者RSAD2 mRNA表达水平高于低疾病活动度者(P均<0.05).SLE患者中,RSAD2高表达者ANA、抗nRNP抗体阳性率均高于RSAD2低表达者(P均<0.05),且RSAD2 mRNA表达水平与ANA(r=0.39,P<0.01)、抗nRNP抗体(r=0.31,P<0.05)均呈正相关.结论 SLE患者RSAD2mRNA的表达水平显著增高,并与疾病程度及免疫功能密切相关,对于疾病诊断及病情判断有一定临床意义.

目的 利用基因表达谱筛选与原发性干燥综合征(pSS)相关基因和潜在小分子治疗药物.方法 在GEO数据库获取并分析3个pSS相关基因表达谱,获得差异表达基因,并对差异基因进行GO与KEGG富集分析,通过蛋白互作网络(PPI)筛选pSS的hub基因并验证.最后,利用Cmap数据库预测pSS的潜在治疗药物,并结合药物靶点和药物途径探讨潜在药物在pSS治疗中的作用.结果 共鉴定出90个pSS相关差异基因,其中79个上调基因,11个下调基因,它们主要参与NOD样受体信号通路、甲型流感和细胞因子-细胞因子受体相互作用通路.此外,通过筛选、验证,鉴定出19个hub基因(STAT1、MX1、ISG15、IFIH1、GBP1、IFIT1、XAF1、RSAD2、IFIT2、SAMD9L、TRIM22、IFIT3、IFI44L、HERC5、IFIT5、IFI44、IFI6、RTP4和ISG20),多个是干扰素诱导基因.干扰素可能在pSS发病中起重要作用.最后,通过CMAP数据库筛选出氟替卡松、氯唑西林等15种候选药物,并对其作用通路与靶点分析.结论 本研究通过对pSS hub基因和候选药物的筛选,可以进一步了解pSS的发病机制,为pSS的进一步研究提供线索.