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蛛网膜下腔出血细胞模型应用p38抑制剂后的蛋白组学分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨在蛛网膜下腔出血(SAH)早期阶段运用p38抑制剂后神经细胞线粒体蛋白表达的差异。方法:采用氧合血红蛋白(OxyHb)刺激Neuro-2a细胞(小鼠来源神经瘤母细胞,购买自中国科学院上海细胞库),模拟SAH后血液中氧合血红蛋白对于神经细胞的刺激状态,建立体外SAH细胞模型,设立对照组(Con)、蛛网膜下腔出血组(SAH)及p38抑制剂组治疗组(p38+SAH组),提取线粒体蛋白进行质谱分析,Maxquant软件和Perseus软件进行查库和非标记定量分析,两组间蛋白差异比较应用 t检验。对差异蛋白(p38+SAH/SAH组)进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路的富集分析;应用Multiple Experiment Viewer软件进行分层聚类热图分析;STRING在线工具构建出蛋白与蛋白互作网络(PPI);通过蛋白质印迹法(Western blot)和实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)验证差异蛋白。 结果:3组中共筛出239个差异蛋白,上调差异蛋白105个,下调差异蛋白134个(符合差异倍数(FC)>1.5或<0.667, P<0.05)。GO富集分析表明,差异蛋白富集在调节丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)的级联正调控、内吞作用、凋亡过程负调控等细胞生物学功能。在KEGG中:差异蛋白主要在p53信号通路、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路、轴突导向信号等通路富集。通过PPI分析:以Rab7a、Cox5a、Cacybp等蛋白为核心的9个蛋白互作网络SAH组Rab7a的表达低于CON组(蛋白:0.345±0.014比0.226±0.045, t=13.920, P<0.05;mRNA:1.00比0.76±0.04, t=9.813, P<0.05);P38+SAH组中Rab7a的表达高于SAH组(蛋白:0.226±0.045比0.282±0.023, t=-4.768, P<0.05;mRNA:0.76±0.04比0.95±0.02, t=-6.802, P<0.05),与蛋白组学结果一致。 结论:p38抑制剂并不是通过单一途径改善SAH后神经细胞线粒体功能障碍,而与多种蛋白及信号通路的调控有关。
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编辑人员丨1周前
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肾上腺皮质癌肿瘤微环境相关基因预后模型的建立与验证
编辑人员丨1周前
目的:对利用生物信息学方法筛选的肾上腺皮质癌(ACC)肿瘤微环境(TME)相关基因构建的预后模型进行验证,为ACC的诊疗提供临床指导和相关生物标志物。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中收集79例ACC患者的转录组数据和临床病理数据。采用ESTIMATE算法计算免疫评分、基质评分(二者即反映TME)和ESTIMATE评分,应用VennDiagram包对免疫评分及基质评分高、低评分组(以中位值进行分组)间差异表达基因进行选择,采用基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对选择的基因进行功能富集分析,探索基因潜在功能与通路。采用单因素Cox回归、lasso回归和多因素Cox回归分析筛选与ACC TME相关的基因,并建立ACC患者预后的风险评分(RS)模型,用受试者工作特征(ROC)曲线评价构建的模型预测ACC患者预后的价值。以基因表达综合(GEO)数据库的数据集GSE33371和GSE19750作为外部验证集,对建立的预后模型进行验证。从TCGA数据库中提取79例ACC患者资料,将临床病理因素与所构建预后模型的RS纳入Cox回归分析,获得ACC患者预后影响因素。结果:根据免疫评分和基质评分,用VennDiagram包筛选得到1 205个二者交集的差异表达基因,其中上调833个,下调372个。对差异表达基因进行各回归分析筛选后,最终构建成功包含9个TME相关基因(GREB1、POU4F1、HIC1、HOXC9、CACNB2、RAB27B、ZIC2、C3、CYP2D6)的ACC预后模型,即RS=GREB1×0.223 6+POU4F1×0.671 7+HIC1×0.167 5+HOXC9×0.211 3+CACNB2×0.156 0+RAB27B×0.956 5+ZIC2×0.582 7+C3×(-0.003 1)+CYP2D6×0.819 3。该模型在TCGA数据库中预测79例ACC患者1、3、5年总生存的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.876、0.919、0.917,在GEO验证集中预测45例ACC患者1、3、5年总生存的AUC分别为0.689、0.704、0.708,表明模型对ACC患者生存具有较高的预测准确性。对TCGA数据库中79例ACC患者资料进行Cox回归分析显示,TME相关基因预后模型RS是ACC患者预后的独立影响因素( HR=1.011,95% CI 1.005~1.016, P<0.01)。 结论:构建的ACC TME相关基因预后模型可用于预测ACC患者的预后。模型中包含的9个基因有可能作为研究ACC发病机制和免疫治疗的新靶点,值得进一步研究。
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编辑人员丨1周前
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微小RNA-597靶向Rab23对肝癌细胞增殖、周期和凋亡的影响
编辑人员丨1周前
目的:探讨微小RNA(miRNA,miR)-597靶向Rab23对肝癌细胞增殖、凋亡和周期的影响及其分子机制。方法:选取南阳市中心医院2017年5月到2019年5月收集的126例肝癌和癌旁组织作为研究对象,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析正常肝细胞LO2、肝癌细胞系HepG2、SMMC-7721和Huh7中miR-597表达水平;采用慢病毒在肝癌细胞系HepG2构建对照miRNA和miR-597过表达细胞系,分别为对照组和观察组,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)、克隆形成实验和异体移植瘤实验分析肿瘤细胞的增殖能力;采用流式细胞术分析细胞周期和凋亡水平;采用生物信息学和双荧光素酶报告基因分析miR-597的靶基因;采用蛋白质印迹法(Western blot)检测靶蛋白表达水平。组间计量资料比较采用 t检验。 结果:肝细胞LO2中miR-597表达水平(1.09±0.15)明显高于肝癌细胞HepG2、SMMC-7721和Huh7 (0.37±0.14、0.45±0.16、0.58±0.14),差异有统计学意义( t=4.011、3.714、3.281, P<0.05)。对照组细胞吸光度值(2.87±0.26)明显高于观察组(1.53±0.22),差异有统计学意义( t=3.091, P<0.05)。对照组细胞克隆形成率[(71.23±8.29)%]明显高于观察组[(38.54±4.98)%],差异有统计学意义( t=5.220, P<0.05)。对照组小鼠体内肿瘤体积[(1 284.59±209.32) mm 3]明显高于观察组[(799.58±109.43) mm 3],差异有统计学意义( t=5.530, P<0.05)。对照组小鼠肿瘤重量[(3.98±0.29) g]明显高于观察组[(1.42±0.19) g],差异有统计学意义( t=3.218, P<0.05)。对照组细胞S期比例[(34.21±4.58)%]明显高于观察组[(44.58±5.87)%],差异有统计学意义( t=4.719, P<0.05)。对照组细胞G 2期比例[(32.14±4.28)%]低于观察组[(20.37±4.29)%],差异有统计学意义( t=3.612, P<0.05)。对照组细胞凋亡率[(3.76±1.09)%]明显低于观察组[(24.54±3.68)%],差异有统计学意义( t=4.006, P<0.05)。生物信息学和双荧光素酶报告基因结果显示,Rab23是miR-597的靶基因。对照组细胞Rab23蛋白表达水平(1.48±0.18)明显高于观察组(0.79±0.15),差异有统计学意义( t=2.976, P<0.05)。 结论:miR-597通过Rab23调控肝癌细胞的增殖、周期和凋亡。
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编辑人员丨1周前
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Antibody prevalence and immunotherapy response in Chinese patients with epilepsy and encephalopathy scores for patients with different neuronal surface antibodies
编辑人员丨1周前
Background::The scale assessment was helpful in predicting the presence of antibodies to autoimmune encephalitis. This study aimed to evaluate the application of antibody prevalence in Chinese patients with epilepsy and encephalopathy (APE2-CHN) and response to immunotherapy in Chinese patients with epilepsy and encephalopathy (RITE2-CHN) for patients with different neuronal surface antibodies.Methods::A total of 1365 patients with epileptic seizures as the prominent feature in Xuanwu Hospital, Capital Medical University, from June 2016 to June 2020 were enrolled in our study. Of these, 915 patients with epilepsy of unknown etiology whose serum and/or cerebrospinal fluid samples were examined for autoimmune antibodies were selected. All patients were scored with antibody prevalence in patients with epilepsy and encephalopathy (APE2), response to immunotherapy with epilepsy and encephalopathy (RITE2), APE2-CHN, and RITE2-CHN scores.Results::Of the 915 patients, 191 patients were positive for neural-surface specific antibodies (115 N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR) Ab, 47 leucine-rich glioma-inactivated protein 1 (LGI1) Ab, 8 contactin-associated protein 2 (CASPR2) Ab, 4 AMPA2RAb, and 11 GABAR-B-Ab; 3 CASPR2-Ab and LGI1-Ab, 2 NMDAR-Ab and CASPR2-Ab, and 1 NMDAR-Ab and myelinoligodendrocyte glycoprotein [MOG] Ab). The sensitivity and specificity of APE2 ≥4 in predicting the presence of neural-surface specific antibodies in our study were 74.35% and 81.77%, respectively, and the sensitivity and specificity of APE2-CHN ≥4 were 75.92% and 84.53%, respectively. Eight cases had an APE2 score <4 and APE2-CHN score ≥5; all these patients had memory decline as the prominent manifestation. We divided the patients into six groups according to the different antibodies. APE2-CHN scores showed higher sensitivity for the prediction of NMDAR-Ab, but lower sensitivity for LGI1-Ab. A total of 187/191 (97.91%) patients received immunotherapy and 142/191 (74.35%) patients benefited from the treatments. The patients who were positive for LGI1-Ab with RITE2-CHN ≥8 responded well to immunotherapy.Conclusions::APE2-CHN had the highest value for predicting the positivity of NMDAR-Ab and RITE2-CHN evaluated the response of immunotherapy for anti-LGI1 encephalitis appropriately. However, RITE2 and RITE2-CHN do not appear to be good predictors of immunotherapy outcomes for patients with specific neuronal-surface antibodies and high APE2-CHN scores are often indicative of a poor response to immunotherapy.
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编辑人员丨1周前
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中国人群非综合征型颅缝早闭的致病基因研究
编辑人员丨1周前
目的:挖掘中国人群非综合征型颅缝早闭患者的常见致病基因。方法:收集2018年3月至2020年12月复旦大学附属华山医院面向全国招募并入组的非综合征型颅缝早闭患者,设计临床问卷收集患者一般情况信息。在PubMed中输入关键词craniosynostosis、gene panel,提取1995年1月至2017年5月所有相关文献并设计基因面板。基因文库在Illumina HiSeq X平台上进行测序,并进行生物信息学分析及致病分析。结果:在PubMed和Ovid数据库中共查阅得到文献237篇,样本总量为3 375例患者,其中1 822例(54%)检测到相应突变,涉及21个致病基因。以突变检出率不低于0.4%为界,本研究挑选了12个热点基因:FGFR2、TWIST1、FGFR3、EFNB1、FGFR1、SKI、POR、RAB23、TCF12、MSX2、SMAD3和ERF构成基因面板,进行了二代测序。本研究共招募非综合征型颅缝早闭患者109例,其中男性62例,女性47例;入组平均年龄2.1岁;均无家族史;父亲平均生育年龄28.3岁;母亲平均生育年龄26.7岁。在19例患者的基因序列中发现了14个不同的致病或可能致病的突变位点,突变率为17.4%(19/109)。这14个突变位点分布在5个基因上,分别是FGFR2、TWIST1、TCF12、EFNB1、FGFR3。而这14个突变可以被分类为5个错义突变、3个无义突变、1个剪接突变、1个移码突变和4个框内缺失突变,其中有11个位点未见报道。这11个位点,主要集中于TWIST1和TCF12两个基因,突变类型包括:3个功能缺失、4个移码缺失、3个错义突变、1个移码插入,其中7个为新发突变。结论:TWIST1和TCF12两大基因是中国人群非综合征型颅缝早闭患者的常见致病基因。
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编辑人员丨1周前
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三个原发性噬血细胞性淋巴组织细胞增生症家系的临床特征和基因突变分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨原发性噬血细胞性淋巴组织细胞增生症(pHLH)患儿的临床特点及其家系的基因突变特征。方法:选择2016年11月至2017年1月于郑州大学第一附属医院儿内科确诊的3例pHLH患儿为先证者,并且以先证者及其16例家系成员为研究对象。对先证者进行血常规、凝血功能、血清铁蛋白、自然杀伤(NK)细胞、可溶性CD25,以及骨髓细胞形态学检查。对先证者及家系成员进行HLH相关基因突变检查。根据HLH-94方案和HLH-2004方案对先证者进行治疗。回顾性分析3例先证者的病史和相关检查结果、诊断、治疗及转归。本研究符合2013年修订的《世界医学协会赫尔辛基宣言》要求。结果:①患儿1,女性,4个月,因"发热7 d,发现血小板减少6 d"于2016年11月4日至本院就诊,临床表现为发热,肝、脾大。血常规结果示三系明显降低。骨髓检查示镜下可见噬血细胞现象。NK细胞活性降低,血清铁蛋白值增高,可溶性CD25水平增高。头颅MRI示桥脑右后份、左侧桥小脑结合臂、双侧基底节区、左侧丘脑、双侧额顶枕叶多发异常信号,脑实质发育欠饱满,双侧额颞部蛛网膜下腔增宽。脑脊液检查结果示:总蛋白、白蛋白值均增高。HLH相关基因检测及家系分析结果示:患儿1的RAB27A基因第5外显子c.272delA(p.Asp91ValfsTer11)(杂合),第3外显子c.121delA(p.Thr41GlnfsTer44)(杂合),分别来源于其父母,为双重杂合突变。患儿1确诊为Griscelli综合征(GS)-2相关HLH合并中枢神经系统病变。按照HLH-2004方案规律治疗1 +个月后,病情未缓解,经患儿监护人放弃治疗后出院。②患儿2,男性,8岁,因"发热27 d"于2016年11月14日至本院就诊。临床表现为发热,肝、脾和颈部淋巴结大。血常规结果示三系明显降低。纤维蛋白原值降低,NK细胞活性降低,血清铁蛋白值增高,可溶性CD25水平增高。EB病毒(EBV)-DNA为1.42×10 6 copies/mL。颈部淋巴结活检病理及免疫组化结果符合霍奇金淋巴瘤(HL)(混合细胞型)诊断。HLH相关基因突变及家系分析结果示:患儿2的PRF1基因第2外显子c.65delC(p.Pro22ArgfsX29)(杂合)和错义突变c.503G>A(p.Ser168Asn)(杂合),分别来源于其父母,为双重杂合突变。患儿2确诊为家族性pHLH(FHL)、HL(混合细胞型)、EBV感染。患儿2接受HLH-94方案治疗后,病情获得初步控制,此后采用HL方案化疗,病程2 +个月时,病情加重后死亡。③患儿3,男性,13岁,因"当地医院初诊确诊HLH,间断发热4 +个月"于2017年1月5日至本院就诊。临床表现为发热,肝、脾大。生化检测结果示甘油三酯水平增高,纤维蛋白原值降低。骨髓检查结果示偶见噬血细胞现象。NK细胞活性降低,血清铁蛋白值增高,CD107a脱颗粒功能降低。颈部淋巴结活检病理结果示淋巴结反应性增生。HLH相关基因突变家系分析结果示:患儿3的PRF1基因第2外显子c.503G>A(p.Ser168Asn)(杂合),来源于其父亲。患儿3确诊为FHL。患儿3于外院治疗效果不佳,于本院接受HLH-2004方案治疗27 d,病情控制后出院,建议行造血干细胞移植(HSCT)。此后,患儿未再返院复查,总病程7个月时FHL复发后死亡。 结论:对初诊淋巴结大伴EBV感染的pHLH患儿,应及早行淋巴结活检。对淋巴结大伴NK细胞活性和CD107a脱颗粒功能检测结果异常者,应进行HLH相关基因突变检测,以尽早确诊及治疗,提高pHLH患儿生存率。在此基础上,对pHLH患儿进行家系相关基因突变分析,可为遗传咨询提供依据。
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编辑人员丨1周前
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外周血单个核细胞中mRNA表达与类风湿关节炎活动度的相关性研究
编辑人员丨1周前
目的:以28个关节疾病活动度评分(disease activity score in 28 joints,DAS28)为基础对不同活动度群组的类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)病人和健康人群进行分析,挑选出RA活动度相关基因,为RA的诊断治疗提供新思路与线索。方法:收集苏州大学附属第一医院风湿免疫科门诊28个不同活动度的RA病人和18个健康人的基本信息并对它们外周血单个核细胞中mRNA水平进行检测,通过生物信息学分析寻找活动度相关基因。结果:筛选出80个单纯与RA活动度相关的基因,36个与RA活动度和发病都有关系的基因。在这些基因中,12个单纯与活动度相关的基因( SOCS3、 C12 orf44、 KIFC1、 MRPS18 A、 GYG1、 RAB35、 B4 GALT5、 LRRC41、 LILRB4、 LILRA5、 CR1、 PDIA6)与DAS28显著相关( r值分别为0.55、0.53、0.52、0.49、0.44、0.42、0.42、0.41、0.41、0.41、0.40、0.39, P值均<0.05)且呈趋势性下降,与发病和活动度都与相关基因 PPIH与DAS28显著相关( r=-0.38, P<0.05)且呈趋势性上升。生物功能聚类发现有四项功能和甲基化相关,一项功能和应激反应相关。蛋白质关联分析显示 HIST1 H3 E、 HIST1 H4 I、 HIST1 H4 F、 HIST1 H3 D和 HIST1 H3 F这五个基因不仅出现在与甲基化相关的功能中,而且在实验、文本挖掘和共表达三个方面都存在相互关系。 结论:以DAS28为基础挑选出80个单纯与RA活动度相关的基因,功能分析表明他们大多受到甲基化调控作用,部分与免疫应激反应有关。
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编辑人员丨1周前
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miRNA-372-3p在胃癌组织中的表达及其对胃癌细胞生物学功能的影响
编辑人员丨1周前
目的:探讨miRNA-372-3p(miR-372-3p)在胃癌组织及细胞中的表达及其对RAB22A表达的调控,并探讨其对胃癌细胞生物学功能的影响。方法:使用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)检测山西省肿瘤医院2018年12月至2019年12月70例胃癌确诊患者癌组织和癌旁组织中miR-372-3p的表达水平。在胃癌MGC-803和SGC-7901细胞中转染miR-372-3p抑制剂,并以miR-372-3p NC(空载体)作为对照;分别使用克隆形成实验、CCK-8法和流式细胞术检测细胞克隆形成能力、细胞增殖能力和凋亡水平。采用双荧光素酶报告基因实验检测MGC-803细胞miR-372-3p和RAB22A表达的相关性。以miRNA-21(miR-21)作为阴性对照,采用蛋白质印迹法检测MGC-803、SGC-7901细胞RAB22A蛋白的表达。结果:RT-PCR结果显示,与癌旁组织比较,胃癌组织中miR-372-3p相对表达量上调,差异具有统计学意义(0.51±0.37比0.77±0.48, t=1.98, P=0.005)。不同肿瘤长径和病理分级的胃癌组织中miR-372-3p表达水平差异均有统计学意义(均 P<0.05)。体外实验表明,低表达miR-372-3p能抑制MGC-803细胞和SGC-7901细胞克隆的形成[(211±4)个比(410±5)个, t=2.78, P=0.001;(244±8)个比(423±7)个, t=2.76, P=0.001],降低MGC-803和SGC-7901细胞增殖活性(MGC-803细胞48 h吸光度值0.39±0.06比0.57±0.03, t=3.18, P=0.01;MGC-803细胞72 h吸光度值0.50±0.05比0.81±0.06, t=2.78, P<0.01;SGC-7901细胞72 h吸光度值:0.50±0.09比0.79±0.09, t=2.77, P=0.01),提高MGC-803细胞早期凋亡率[(25.19±0.26)%比(20.02±0.04)%, t=4.30, P<0.05]。双荧光素酶报告基因实验发现,同miR-372-3p NC与RAB22A野生型基因共转染相比,miR-372-3p抑制剂与RAB22A野生型基因共转染后,MGC-803细胞荧光素酶活性下降,差异有统计学意义(1.00±0.04比0.53±0.06, t=3.18, P=0.01);蛋白质印迹法结果显示,敲低miR-372-3p能抑制MGC-803、SGC-7901细胞RAB22A蛋白表达。 结论:胃癌组织miR-372-3p表达上调,miR-372-3p可能促进RAB22A的表达并调控胃癌的发生发展,可作为潜在的治疗靶标。
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编辑人员丨1周前
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直肠癌新辅助放化疗抵抗性的基因组学预测研究
编辑人员丨1周前
目的:基于加权基因共表达网络(WGCNA)从分子水平寻找影响直肠癌放化疗抵抗的枢纽基因。方法:于基因表达数据库获得接受放化疗患者的全基因组表达数据GSE119409,分别构建放化疗病理完全缓解组与未获得病理完全缓解组的加权基因共表达网络。利用NetRep保守性评估方法综合分析网络模块各个节点基因连接度、基因显著性与网络位置属性,确定与直肠癌放化疗抵抗性密切相关的枢纽基因。结果:通过WGCNA方法共获得5个(black、blue、green、yellow、purple)与放化疗抵抗性密切相关的网络模块,筛选出5个(SLC22A14、SIDT2、CABP4、EPHB6、RAB11B)与直肠癌放化疗抵抗性相关的枢纽基因。结论:通过加权基因共表达网络分析方法共筛选出与直肠癌放化疗抵抗性相关的5个基因共表达网络模块及相应的5个枢纽基因,为寻找术前放化疗抵抗性评估分子标志物及潜在的治疗靶点提供了线索。
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编辑人员丨1周前
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微小RNA-21-5p靶基因调控自噬的相关研究进展
编辑人员丨1周前
自噬是降解细胞内蛋白质和受损细胞器的一个动态过程,维持着细胞内的环境稳定,并为细胞的存活提供良好条件。高氧性急性肺损伤(HALI)是临床氧疗的严重并发症之一。HALI的发病机制尚不明确,已有研究表明自噬参与了HALI的发生过程。调控自噬的通路机制众多,包括磷脂酰肌醇-3-激酶/丝氨酸苏氨酸蛋白激酶/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(PI3K/Akt/mTOR)信号通路、丝裂素活化蛋白激酶/细胞外信号调节激酶(MAPK/ERK)信号通路、磷酸腺苷依赖性蛋白激酶/unc-51类自噬激活激酶1(AMPK/ULK1)信号通路以及转化生长因子-β(TGF-β)、叉头转录因子O1(FoxO1)和Ras三磷酸腺苷酶超家族成员Rab11a参与的信号通路,上述信号通路相关基因作为微小RNA-21-5p(miR-21-5p)靶基因在众多疾病中具有调控自噬活性的作用。本文就miR-21-5p靶基因调控自噬的各信号通路进行综述,以期寻找到有关HALI中miR-21-5p靶基因调控自噬发挥肺保护作用机制的线索,也为后续基础研究提供相关理论依据。
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编辑人员丨1周前