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三例22号染色体异常胎儿的产前遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:应用超声以及多种遗传学检测技术对3例产前筛查提示染色体可能异常的胎儿进行分析,为遗传咨询提供依据。方法:对3例孕妇进行胎儿超声检查、核型分析、单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism-based microarray,SNP-Array)检测,并通过荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)对结果进行验证。 结果:三例胎儿均发现22号染色体存在异常。例1在22q13.2q13.33区存在7.1 Mb的杂合缺失,涉及SHANK3、FBLN1等54个OMIM基因;例2为嵌合体核型,约12%的细胞22q13.31q13.33区存在6.6 Mb的杂合缺失,覆盖SHANK3、PPARA等48个OMIM基因,另有5%的细胞22q11.1q13.2区存在26.1 Mb的拷贝重复,覆盖285个OMIM基因;例3在22q11.1q11.21区存在1.7 Mb的二次重复,涉及CECR1、CECR2、ATP6V1E1等10个OMIM基因。三例胎儿父母的核型及SNP-Array检测结果均未见异常,提示胎儿为新发变异。结论:22号染色体微缺失/微重复所致疾病的严重性不仅与其范围有关,还与染色体结构、基因剂量及环境等密切相关。在产前诊断中综合运用超声和多种遗传学检测技术可以显著提高表型变异较大的遗传学异常的检出率。
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编辑人员丨1周前
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Phelan-McDermid综合征4例患儿的临床表型与遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨4例Phelan-McDermid综合征(PMS)患儿的临床特征与遗传学病因。方法:选取2022年6月2日至2023年5月8日在宁波大学附属妇女儿童医院就诊的4例PMS患儿为研究对象。收集患儿的临床资料,采集患儿及其父母的外周血样,提取DNA,进行全外显子组测序(WES),并通过Sanger测序和荧光定量PCR(q-PCR)技术对候选变异进行验证。本研究通过宁波大学附属妇女儿童医院医学伦理委员会的审查(伦理号:EC2020-048)。结果:4例患儿均表现为语言发育迟缓和智力障碍,患儿3和4具有自闭症表现。患儿1和2分别携带 SHANK3基因c.731T>C(p.Leu244Pro)和c.2782_2851del(p.Gly928ArgfsTer4)杂合变异,经Sanger测序验证其父母均未携带上述变异,提示为新发变异。患儿3和4在22q13.33区分别存在121 kb和52.02 kb的杂合缺失,均涉及 SHANK3和 ACR基因,经q-PCR验证,2例患儿均存在 SHANK3和 ACR基因杂合缺失,其父母均无缺失,提示为新发变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南, SHANK3基因c.731T>C和c.2782_2851del分别被评定为可能致病性变异(PS2+PM2_Supporting+PP3)和致病性变异(PVS1+PM2_Supporting+PS2_Supporting);染色体22q13.33区段52.02 kb和121 kb的杂合缺失均被评定为致病性变异(2D+4C,赋值1.05分;2D+4C,赋值1分)。 结论:本研究通过基因检测确诊了4例PMS患儿,丰富了PMS的变异谱和表型谱,为患儿的临床诊断和遗传咨询提供了依据。
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编辑人员丨1周前
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支持向量机递归特征消除算法和人工神经网络算法筛选构建基于mRNA基因表达的鼻咽癌诊断预测模型
编辑人员丨1周前
目的:通过支持向量机递归特征消除算法和人工神经网络算法筛选构建一种基于mRNA基因表达的鼻咽癌诊断预测模型,为临床早期筛查、干预以及分子机制的研究提供参考。方法:从GEO、国际癌症基因组联盟(ICGC)和GTEx公共数据库中获取了鼻咽癌患者( n=216)和正常对照者( n=248)的微阵列与转录组测序基因表达谱数据。首先通过差异表达分析确定了与鼻咽癌相关的差异表达基因,再利用支持向量机递归特征消除算法筛选出重要的基因特征。最后利用人工神经网络算法构建了鼻咽癌诊断预测模型,并通过内部和外部验证集的分析评估了模型的准确性和预测性能。 结果:本研究共鉴定了457个差异表达基因。随后通过支持向量机递归特征消除算法筛选出了6个重要基因特征,分别为尿激酶型纤溶酶原激活物(PLAU)、SHISA3、基质金属蛋白酶1(MMP1)、富含脯氨酸突触相关蛋白SHANK2、含卷曲结构域的蛋白(CCDC)39和MEX3A。基于这些特征,利用人工神经网络算法构建诊断预测模型。该模型在训练集上的受试者工作特征曲线(ROC)下的面积(AUC)为0.970,内部验证集的AUC为0.907。外部验证结果显示,模型在转录组测序数据集、微阵列数据集以及包含转录组和微阵列的独立数据集上的AUC分别为0.851、0.842和0.791。结论:本研究鉴定了几个潜在的鼻咽癌重要基因特征,基于重要基因特征构建了诊断预测模型,该模型在不同数据来源的外部验证集中展现出了良好的泛化能力,有望为临床早期筛查和治疗干预以及分子机制的研究提供新的思路和参考。
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编辑人员丨1周前
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一例生长发育迟缓和智力障碍患儿的遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:明确1例生长发育迟缓、智力障碍患儿的遗传学病因。方法:应用常规G、C和N显带分析患儿外周血染色体,然后用单核苷酸微阵列芯片(single nucleotide polymorphisms array, SNP array)技术进行识别和定位,并应用荧光定量PCR技术验证。结果:患儿染色体核型为46, XX, r(22)(p12q13);SNP array拷贝数变异分析结果提示患儿染色体22q13.33区存在约1.4 Mb片段的拷贝数缺失:arr 22q13.33 (49 802 963~51 197 766)×1,缺失片段中包含已知致病性明确、影响神经系统发育的 SHANK3等基因。荧光定量PCR结果提示患儿 SHANK3基因第7、19和22外显子的拷贝数约为正常对照的1/2,提示患儿携带该片段的杂合性缺失。 结论:22号染色体q13.33区域的微缺失与患儿生长发育迟缓、智障等临床特征相关,遗传学分析为临床诊断提供了依据。
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编辑人员丨1周前
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孤独症谱系障碍儿童共患睡眠障碍的机制研究进展
编辑人员丨1周前
孤独症谱系障碍(autism spectrum disorder,ASD)是一组异质性的神经发育障碍性疾病,发病率逐年上升,共患睡眠障碍比率高,其发病机制未明。中枢神经系统的兴奋/抑制(excitation/inhibition,E/I)失衡、神经可塑性改变是ASD的可能发病机制,儿童早期的睡眠则是影响E/I平衡和神经可塑性的重要因素,儿童ASD与睡眠可能存在共同的发病机制。多种基因变异(如Shank3、SynGAP等)及相关染色体疾病(如16p11.2缺失),及其所致的综合征如Rett综合征、Smith-Magenis综合征、Angelman综合征等均同时具有ASD和睡眠障碍的表型。另外,褪黑激素、催产素、下丘脑泌素和血清素等均参与了睡眠异常、ASD病理和神经可塑性的神经环路,促进了ASD共患睡眠障碍的发生。一些治疗如补充褪黑素、催产素、锌、铁及膳食补充剂在治疗ASD儿童睡眠障碍的同时能改善ASD临床症状。该文就ASD儿童共患睡眠障碍的机制进行综述,以期为临床诊疗提供更多依据和思路。
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编辑人员丨1周前
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散发孤独症谱系障碍核心家系神经-突触发育相关共有变异基因分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨散发孤独症谱系障碍(autism spectrum disorders, ASD)核心家系患儿的疾病易感基因。方法:对60例散发ASD核心家系患儿及父母进行全外显子测序。选取总体样本10%以上患者共存的变异基因,应用Phenolyzer数据库进行基因-表型关联评分,进一步利用metascape数据库进行基因功能通路富集分析,重点关注与神经-突触发育相关的通路或过程基因,结合基因-表型得分筛选ASD易感基因。结果:共发现170个共有基因与ASD表型相关,其中高置信基因(high-confidence gene)1个: SHANK2(0.8146分);中置信基因(medium-confidence gene)4个: ERBB2(0.1322分)、 LAMC3(0.1117分)、 PPFIA4(0.1059分)、 DISC1(0.1002分)。通过基因功能通路富集分析发现20条通路及生物学过程达到统计学意义,其中投射神经元形态发生(GO:0048812)、神经母细胞增殖的调控(GO:1902692)、兴奋性突触后电位的调节(GO:0098815)、树突形态发生(GO:0048813)等4个生物学过程,共计21个基因与神经-突触发育相关,其中 SHANK2、ERBB2、DISC1基因为中度以上置信基因。 结论:投射神经元形态发生(GO:0048812)过程异常可能与ASD的发生密切相关, SHANK2、ERBB2、DISC1基因可能是ASD的遗传易感基因。
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编辑人员丨1周前
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Phelan-McDermid综合征的神经精神表现及其诊治研究进展
编辑人员丨1周前
Phelan-McDermid综合征是由SHANK3基因单倍体功能不足引起的临床表现多样的罕见病,主要症状包括肌张力低下、智力障碍、语言发育迟缓、孤独症谱系障碍表现等,目前尚无有效的治疗方法。本文综述了该病可能的发病机制、药物研究进展,并重点描述了神经精神失代偿的表现及治疗措施。
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编辑人员丨1周前
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发育迟缓伴智力障碍患儿2例的遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:明确2例发育迟缓/智力障碍(DD/ID)患儿的遗传学病因。方法:选取分别于2021年8月29日以及2019年8月5日就诊于河南省人民医院的2例DD/ID患儿作为研究对象,收集患儿的临床资料,并应用微阵列比较基因组杂交技术(aCGH)对患儿及其父母的外周血样进行染色体拷贝数变异(CNV)分析。结果:2例患儿分别为2岁10个月和3岁,均具有发育迟缓、智力障碍、头颅MRI异常等表现。aCGH检测患儿1结果为arr[hg19]6q14.2q15(84621837_90815662)×1,提示存在6.19 Mb缺失,所涉及的 ZNF292基因的杂合变异可能导致常染色体显性智力发育障碍64。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南评判为致病性CNV;患儿2的检测结果为arr[hg19]22q13.31q13.33(46294326_51178264)×1,提示存在4.88 Mb缺失,所涉及的 SHANK3基因单倍剂量不足可能导致Phelan-McDermid综合征,评判为致病性CNV。2例患儿的父母检测结果均未见异常。 结论:染色体6q14.2q15缺失和22q13.31q13.33缺失可能分别是2例患儿发育迟缓和智力障碍的遗传学病因, ZNF292基因单倍剂量不足可能是导致6q14.2q15缺失患儿临床表型的关键因素。
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编辑人员丨1周前
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Phelan-McDermid综合征的研究进展
编辑人员丨1周前
Phelan-McDermid综合征(Phelan-McDermid syndrome,PMS)(OMIM#606232)是由22号染色体长臂末端缺失引起的较为罕见遗传性疾病,其临床表现复杂多样,主要包括全面发育落后、智力障碍、肌张力降低、语言发育迟缓、轻度畸形及自闭症等,但缺乏特异性,容易被误诊。SHANK3被认为是引起该病神经系统障碍的关键基因,但有研究表明22q13区的其他基因可能也会对PMS的表型产生重要的影响。近年来关于PMS的研究取得了新的进展,尤其在其诊断及治疗进展方面,本文就该病在病因、临床表现、诊断和治疗等方面的研究进展做一综述。
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编辑人员丨1周前
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SHANK3新突变导致Phelan-McDermid综合征4例临床及遗传学特点分析
编辑人员丨1周前
收集2014年1月至2019年10月北京大学第一医院儿科门诊收治的4例Phelan-McDermid综合征(PMS)患儿基本信息、临床资料,采用全外显子测序技术对患儿家系进行检测,总结分析患儿的临床及遗传学特点,并进行基因型-表型分析。4例患儿均表现为发育迟缓,尤其是语言发育落后,例2有孤独症样表现。基因检测结果发现4种 SHANK3变异:c.2861delC p.(S955Pfs*109)、c.3166delC p.(A1039Afs*39)、c.3711_3723delGCCCAGCCCCCGG p.(L1241Lfs*29)和c.2223+1G>A,经美国医学遗传学与基因组学学会致病性评级均为致病性,为未报道的新变异。本研究扩展了 SHANK3突变谱,为PMS准确的遗传咨询及产前诊断提供了实验依据。
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编辑人员丨1周前
