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基于加权基因共表达网络分析筛选儿童神经母细胞瘤中MYCN扩增相关基因
编辑人员丨2天前
目的:通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法:下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例,WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块;针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路;以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例,行差异表达基因分析;筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验),筛选预后相关基因,Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果:WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强( R=0.46, P<0.05),为共表达基因,包含基因1 216个,富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰,RNA相关酶的活性等过程);差异表达基因分析显示,MYCN扩增组相较于非扩增组,基因表达上调47个,表达下调123个;WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因,行生存分析显示同预后相关的基因( P<0.05)有12个,其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱,或为神经母细胞瘤独立预后因素。 结论:LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP +依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因,与较差的预后相关,是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。
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编辑人员丨2天前
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原发性肉碱缺乏症合并心肌病一例报道
编辑人员丨2天前
目的:强化对原发性肉碱缺乏症(PCD)合并心肌病的临床诊断、治疗和预后的认识。方法:回顾性分析2018年5月吉林大学第一医院儿科诊治的1例PCD患儿的临床及随访资料,采用串联质谱和基因检测进行病因分析。结果:患儿,男,4岁10个月,因发现心影增大入院。超声心动图提示左室舒张末内径(LVDd)47 cm、左室射血分数(LVEF)40%,左室壁不均匀增厚。外周血游离肉碱水平(0.76 μmol/L)及多种酰基肉碱显著降低。采用左旋肉碱治疗14 d复查,游离肉碱升高至正常(14.00 μmol/L),LVDd明显缩小(39 cm),LVEF恢复至正常(68%);1年后仅有左室后壁增厚。同时检测到SLC22A5基因突变。结论:提高临床医生重视PCD能够引起心肌病,扩展临床思维,必要时采用更多的检查手段明确诊断,如串联质谱、基因检测等。
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编辑人员丨2天前
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9q34重复综合征合并10q26缺失综合征1例
编辑人员丨2天前
患儿 女,4个月15天,因发育异常于2021年6月15日郑州大学附属儿童医院就诊。患儿系G 3P 2,经剖宫产出生,出生体重2.35 kg,头围34 cm,身长47 cm。入院查体:体重4.6 kg,身高55 cm,神清,长斜头畸形、圆脸、长人中、小嘴、尖下巴、小下颌、手指及脚趾细长、大拇趾宽大等(图1)。心肺腹查体均未见异常,四肢肌力偏低,双侧膝腱反射可对称引出。患儿有一2岁的姐姐,体健。本研究通过本院伦理委员会的审查(2023-K-002),在征得患儿监护人知情同意后,采集外周血样进行高分辨染色体核型分析,结果显示患儿核型为46,XX,der(10)t(9;10)(q34.11;q26.3)pat,其父亲核型为46,XY,t(9;10)(q34.1;q26.3),母亲核型未见异常(图2)。全外显子组测序结果显示患儿染色体9q34.11-9q34.3区存在约10.13 Mb的重复(chr9: ?_130 883 368-141 016 486_?)×3(精确断裂点未知),涉及 DNM1、COQ4、SLC27A4、GLE1、SPTAN1等基因,10q26.3区存在约3.30 Mb的缺失(chr10: ?_132 079 185-135 379 055_?)×1(精确断裂点未知),涉及 NKX6-2、TUBGCP2、ECHS1、SYCE1等基因。
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编辑人员丨2天前
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联合氧化磷酸化缺乏症28型基因突变的识别及功能分析
编辑人员丨2天前
目的:明确1例联合氧化磷酸化缺乏症28型(COXPD28)患者的致病基因突变,初步探索其致病机制。方法:回顾性分析2019年8月就诊于山东省立医院集团东营市人民医院1例COXPD28患者的临床特征。通过线粒体基因测序与全外显子组测序明确其致病基因突变,构建致病基因野生型及突变型质粒,通过实时荧光定量PCR与免疫印迹实验评估突变基因对蛋白表达的影响。统计学方法主要采用单因素方差分析及LSD检验。结果:患者女性,21岁,因自幼反复胸闷、憋喘就诊,主要表现为乳酸酸中毒。全外显子组基因测序发现溶质载体家族25成员26(SLC25A26)基因存在复合杂合突变(c.34G>C,p.A12P;c.197C>A,p.A66E),查询HGMD数据库,为国内首次报道。体外功能试验证实:与转染野生型质粒相比,细胞转染SLC25A26基因突变质粒后SLC25A26 mRNA及S-腺苷甲硫氨酸载体(SAMC)蛋白表达水平均显著降低,其中p.A66E突变质粒可使SLC25A26 mRNA及SAMC蛋白表达水平分别降为野生型质粒的6%与26%( P值均<0.001),而p.A12P突变质粒则分别降为野生型质粒的62%与82%( P<0.001, P=0.044);双突变(p.A66E+p.A12P)质粒共转染时,SLC25A26 mRNA与SAMC蛋白表达水平分别降低为野生型质粒的47%与57%( P<0.001, P=0.001)。 结论:本例COXPD28患者的致病突变基因为SLC25A26基因突变(p.A66E、p.A12P),该突变导致SLC25A26表达水平降低,造成线粒体氧化磷酸化功能障碍,诱发COXPD28。
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编辑人员丨2天前
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肿瘤相关巨噬细胞外泌体lnc-SLC2A12-10:1调节miR-296-5p促进乳腺癌细胞增殖、侵袭
编辑人员丨2天前
目的:探讨肿瘤相关巨噬细胞(tumor associated macrophages, TAMs)外泌体中lnc-SLC2A12-10:1对乳腺癌(breast cancer,BC)细胞增殖、侵袭的影响及其机制。方法:GEO芯片分析BC中差异表达的lnc-SLC2A12-10:1,qRT-PCR测定lnc-SLC2A12-10:1、miR-296-5p在组织和细胞中的表达。分离TAMs及外泌体。干预外泌体中lnc-SLC2A12-10:1及细胞中的miR-296-5p的表达后借助MTT、Transwell试验检测细胞增殖及侵袭情况。结果:相对于癌旁组织,lnc-SLC2A12-10:1在BC组织中显著上调( t=7.09, P<0.001)。与正常乳腺细胞比较,T47D、MDA-MB-468细胞中lnc-SLC2A12-10:1的表达均明显上调( t=9.90, P<0.001)( t=12.18, P<0.001)。lnc-SLC2A12-10:1能作为miR-296-5p的ceRNA。敲减lnc-SLC2A12-10:1能够抑制BC细胞增殖、侵袭,miR-296-5p-inhibitor能促进BC细胞增殖、侵袭,但该作用能被si-lnc-SLC2A12-10:1-Exo部分挽救(均 P<0.05)。 结论:TAMs外泌体中携带的lnc-SLC2A12-10:1能促进BC细胞增殖、侵袭,从而推进BC的进展。
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编辑人员丨2天前
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二甲双胍治疗系统性红斑狼疮疗效与SLC47A1基因多态性的相关性研究
编辑人员丨2天前
目的:探索二甲双胍治疗SLE疗效及安全性与SLC47A1 rs2289669位点基因多态性的相关性。方法:盲态纳入二甲双胍治疗SLE的多中心、随机、双盲、安慰剂对照临床研究中完成试验并自愿捐献外周静脉血样本的受试者,检测SLC47A1基因多态性位点突变情况。分析记录随访12个月内二甲双胍组和安慰剂组受试者SLE疾病活动情况及不良事件发生情况,分析疗效/安全性和不同基因型的相关性。分别使用 t检验、 χ2检验对计量资料和计数资料进行统计分析。 结果:2016年5月24日至2017年12月13日,共盲态纳入二甲双胍组受试者31例,安慰剂组35例。纳入的受试者基线期临床表现(SELENA)-SLEDAI及治疗方案差异无统计学意义。经检测,受试者SLC47A1 rs2289669基因分型(AA型、GA型、GG型)在二甲双胍组与安慰剂组分布频率差异无统计学意义。二甲双胍组中,出现疾病复发的受试者较未复发的受试者具有更低频率的A等位基因[25%(4/16)与61%(28/46), χ2=6.116, P=0.019 8];AA型患者疾病复发率低于GG型[0(0/8)与57%(4/7), χ2=6.234, P=0.012 5]。二甲双胍组受试者感染发生率较安慰剂组更低[38%(12/31)与69%(24/35), χ2=5.913, P=0.015 0],但二甲双胍组中不同基因型受试者感染发生率差异无统计学意义,AA型受试者较GG型受试者呈现感染发生率降低的趋势[38%(3/8)与72%(5/7), χ2=1.727, P=0.188 8]。 结论:二甲双胍具有良好安全性,可能降低SLE疾病复发风险。二甲双胍治疗SLE的疗效与SLC47A1基因多态性具有相关性,AA基因型患者使用二甲双胍较GG型及GA型可在降低疾病复发率方面得到更优获益。
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编辑人员丨2天前
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SLC40A1基因c.430A>G杂合突变的Ⅳ型遗传性血色病一家系的临床研究
编辑人员丨2天前
目的:研究SLC40A1基因c.430A>G杂合突变的Ⅳ型遗传性血色病的临床表型,以及基因型与表型的相关性,探索筛查该基因型血色病的铁蛋白截断值。方法:2020年7月在南京医科大学第一附属医院就诊的1例SLC40A1基因c.430A>G杂合突变的Ⅳ型遗传性血色病患者及其家系5代成员共47人,对其进行系统的临床调查,检测现存39人铁蛋白、肝功能、空腹血糖和性激素,Sanger测序验证突变位点,绘制家系图。铁蛋白与其他指标间的相关分析采用 Spearman相关分析,用受试者工作特征曲线计算铁蛋白,筛查该基因型血色病的截断值。 结果:39名家系成员中,SLC40A1基因c.430A>G杂合突变患者10例,其中5例确诊为血色病,外显率不全。以是否发生SLC40A1基因c.430A>G杂合突变分层,2组间铁蛋白和天冬氨酸转氨酶(AST;均 P<0.01)、空腹血糖以及低促性腺激素性性腺功能减退发生率和关节炎发生率(均 P<0.05)差异有统计学意义,丙氨酸转氨酶(ALT)差异无统计学意义。 Spearman相关分析显示,在SLC40A1基因c.430A>G杂合突变者中,铁蛋白水平与ALT( r=0.903)、AST( r=0.879)、空腹血糖( r=0.782)、低促性腺激素性性腺功能减退发生率( r=0.798)及关节炎发生率( r=0.798)显著相关(均 P<0.01)。铁蛋白筛查SLC40A1基因c.430A>G杂合突变遗传性血色病的截断值为1 036.7 μg/L,灵敏度和特异度分别为100%和94.3%。 结论:SLC40A1基因c.430A>G杂合突变与AST和空腹血糖水平升高、低促性腺激素性性腺功能减退和关节炎发生率升高密切相关,铁蛋白截断值有助于筛查该基因型血色病。
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编辑人员丨2天前
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LPIN1/PPARA通过抑制SLC47A1介导的神经元铁死亡缓解帕金森病模型大鼠病情进展的机制研究
编辑人员丨3周前
目的 探究脂蛋白1(lipin1,LPIN1)对帕金森病(Parkinson's disease,PD)模型大鼠病情进展的影响及其调控的可能分子机制.方法 采用6-羟基多巴胺(6-hydroxydopamine hydrobromide,6-OHDA)注射大鼠单侧的内侧前脑束构建PD大鼠模型,并稳定转染LPIN1过表达腺病毒,评估大鼠行为学变化;检测大鼠脑组织中Fe2+和还原型谷胱甘肽(glutathione,GSH)含量及酪氨酸羟化酶(tyrosine hydroxylase,TH)蛋白水平;HE染色观察大鼠脑组织病理变化.构建体外PD细胞模型,检测细胞中TH,α-突触核蛋白(α-synuclein,α-syn),LPIN1蛋白水平及细胞活力;转染LPIN1小干扰siRNA序列和过表达载体及过氧化物酶增殖物激活受体A(peroxisome proliferator-activated receptor A,PPARA)小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)和过表达载体,或用铁死亡诱导剂Erastin处理细胞24 h,后用6-OHDA 处理细胞 48 h.检测各组细胞中 Fe2+含量、活性氧(reactive oxygen species,ROS)、丙二醛(malondialdehyde,MDA)、GSH和炎症因子水平以评估铁死亡;CCK-8检测细胞增殖活力,Western blot法检测铁死亡相关蛋白表达.通过STRING数据库预测LPIN1的互作蛋白PPARA,利用Co-IP分析进行验证;JASPAR生物信息学网站预测PPARA与溶质载体蛋白家族47成员A1(solute carrier family 47 member 1,SLC47A1)启动子的结合位点,利用Ch-IP分析进行验证.结果 模型组大鼠皮毛悚立,表现出身体持续震颤、动作迟缓、活动能力减弱等PD症状;LPIN1组大鼠运动行为及PD症状较模型组改善/减轻.与假手术组相比,模型组大鼠运动总路程缩短、平均速度降低、步长减小、总静止时间延长、步宽增宽、步态变异率增大,差异具有统计学意义(t=6.816,7.026,26.556,7.454,8.503,7.971,均P<0.05);模型组大鼠脑组织中Fe2+含量升高,GSH含量及TH蛋白表达降低,差异具有统计学意义(t=8.305,13.305,7.709,均P<0.05).LPIN1组大鼠行为学评估、各指标水平及脑组织病理改变较模型组明显改善/减轻.6-OHDA呈剂量依赖性降低PC-12细胞活力及TH,LPIN1蛋白水平,升高α-syn蛋白水平,差异具有统计学意义(F=31.023,7.350,9.124,15.841,均 P<0.05).沉默 LPIN1 加剧了 6-OHDA 对 PC-12 细胞活力的抑制作用(t=2.209,P<0.05),过表达LPIN1 则可抵消 6-OHDA 的作用(t=4.989,P<0.05).过表达 LPIN1 降低 IL-1β,IL-6 分泌,升高 SLC47A1 和 GPX4蛋白水平,降低Fe2+,MDA含量和ROS水平,升高GSH含量(t=3.013~11.639,均P<0.05);Erastin可逆转LPIN1过表达对铁死亡的抑制作用,降低PC-12细胞活力(t=3.087~7.581,均P<0.05).LPIN1与PPARA蛋白互作并促进PPARA表达,PPARA与SLC47A1启动子结合并促进SLC47A1转录激活.过表达PPARA可抵消LPIN1沉默对PC-12细胞的影响.结论 过表达LPIN1可能通过抑制PPARA/SLC47A1轴介导的铁死亡,减少神经元细胞凋亡,进而缓解PD模型大鼠的病情进展.
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编辑人员丨3周前
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王不留行黄酮苷通过抑制铁死亡减轻阿米卡星导致的肾小管上皮细胞损伤
编辑人员丨2024/7/6
目的 探讨建立阿米卡星(AKN)体外肾损伤模型的方法,研究在AKN体外肾损伤模型中王不留行黄酮苷(VA)的保护作用及机制.方法 体外培养人肾小管上皮细胞(HK-2),孵育不同浓度的 AKN或 VA,MTT法检测细胞活力,确定药物浓度;采用二氢乙锭(DHE)探针和谷胱甘肽(GSH)、丙二醛(MDA)检测试剂盒检测细胞内氧化应激状态的变化;提取总RNA,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测肾损伤分子-1(KIM-1)和中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白(NGAL)基因表达的变化;提取总蛋白,Western blot检测铁死亡相关的蛋白溶质载体蛋白家族47 成员11(SLC7A11)和谷胱甘肽过氧化物酶 4(GPX4)的水平.结果 高浓度AKN在体外可以显著引起 HK-2 细胞活力的下降,AKN对HK-2 细胞的半数抑制浓度(IC50)为(5.74±0.47)mmol/L.25~100 μmol/L的VA可以提高AKN刺激后的HK-2 细胞活力(P<0.05).AKN(4 mmol/L)处理后,KIM-1 和NGAL的mRNA表达水平显著高于阴性对照(NC)组(P<0.001);VA(50 μmol/L)可以显著降低KIM-1(P<0.01)和NGAL(P<0.05)的mRNA表达水平.AKN处理 3h后DHE染色强度升高但差异无统计学意义,6~24 h后DHE染色强度显著大于0h组(P<0.01).此外,AKN处理6~24h后MDA水平显著上升,GSH水平显著下降,差异均有统计学意义(P<0.05).AKN刺激6~24h后,铁死亡相关蛋白SLC7A11 和GPX4 表达均明显下降(P<0.001).VA同时孵育 24 h,显著逆转DHE染色、GSH和MDA水平的变化及SLC7A11 和GPX4 蛋白的下降(P<0.001).结论 该研究通过高浓度AKN体外刺激HK-2 细胞建立AKN体外肾损伤模型,并发现VA可能通过抑制过氧化应激相关的铁死亡途径减轻AKN导致的肾小管细胞损伤.
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编辑人员丨2024/7/6
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2型糖尿病患者SLC47A1 rs2289669G>A多态性与二甲双胍疗效关系的Meta分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨2型糖尿病患者SLC47A 1rs2289669 G>A多态性与二甲双胍疗效的关系.方法 计算机检索PubMed、Web of Science、Cochrane Library、Embase、Medline、中国知网、万方、维普、中国生物医学文献服务系统等数据库检索SLC47A1 rs2289669G>A多态性与2型糖尿病患者中二甲双胍疗效关系的相关文献.检索时间均从建库至2017年8月11日.采用非随机试验性研究的质量评价表对纳入的研究进行质量评价.Meta分析采用RevMan 5.3软件实现.分别采用显性遗传模型(GA+AA vs.GG)、隐性遗传模型(GA+GG vs.AA)、加性遗传模型(GG vs.AA)、共显性遗传模型(GG vs.GA)、共显性遗传模型(GA vs.AA)进行效应量的合并.结果 共纳入6个研究,880例研究对象.GA和AA基因型的2型糖尿病患者比GG基因型患者使用二甲双胍后糖化血红蛋白(HbA1c)降低值更大[MD=-0.49,95%CI(-0.81,-0.17),P=0.003];AA基因型的2型糖尿病患者比GG和GA基因型患者使用二甲双胍后HbA1c的降低值稍高,但无显著差异[MD=0.31,95%CI (0.00,0.62),P=0.05];AA基因型的2型糖尿病患者比GG基因型患者使用二甲双胍后HbA1c降低值更大[MD=0.51,95%CI (0.29,0.73),P< 0.000 01].亚组分析显示,在高加索人群中,GA基因型的2型糖尿病患者与GG基因型患者相比较使用二甲双胍后HbA1c降低值无显著差异[MD=0.55,95%CI(-0.23,1.33),P=0.17],而在汉族人群中,GA基因型的2型糖尿病患者比GG基因型患者使用二甲双胍后HbA1c降低值更大[MD=0.45,95%CI (0.15,0.76),P=0.004];GA基因型的2型糖尿病患者与AA基因型患者相比较使用二甲双胍后HbA1c降低值无显著差异[MD=0.17,95%CI(-0.25,0.58),P=0.43].结论 基于本研究结果,2型糖尿病患者SLC47A1 rs2289669 G>A基因多态性对二甲双胍的疗效有显著影响.SLC47A1 rs2289669 G>A基因多态性检测可能作为二甲双胍疗效的预测手段.
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编辑人员丨2023/8/6
