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循环miR-126-3p在非小细胞肺癌中表达及诊断价值
编辑人员丨1周前
目的 探讨循环微小核糖核酸(miR)-126-3p在非小细胞肺癌(NSCLC)中表达及诊断价值.方法 收集多中心miR芯片及测序数据探讨NSCLC的循环miR-126-3p的表达差异.为了评估循环miR-126-3p综合表达水平,计算标准化均数差(SMD)和综合受试者工作特征(sROC)曲线,分析sROC曲线的曲线下面积(AUC),探讨灵敏度、特异度、阳性阴性似然比,并结合组织进一步综合分析循环miR-126-3p表达.通过miRDB、starBase v2.0和TargetScan 7.1,结合NSCLC中的上调差异基因,利用互补序列方法筛选了循环miR-126-3p潜在靶基因.结果 基于6项循环miR数据集发现循环miR-126-3p表达水平高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05),受试者工作曲线显示循环miR-126-3p有较强的诊断效能(AUC>0.5),而在199例NSCLC组中综合表达低于对照组(SMD=-1.46).sROC曲线显示循环miR-126-3p区分NSCLC组和对照组有高准确性(AUC=0.91),Egger's检验不存在发表偏倚(P>0.05),灵敏度、特异度均≥0.80,阳性似然比、阴性似然比为5.37和0.18.此外,对26个数据集1 320例NSCLC循环和组织综合分析显示,循环miR-126-3p在NSCLC组中表达低于对照组(SMD=-2.07).sROC曲线显示低表达的循环miR-126-3p在区分NSCLC组和对照组有高准确性(AUC=0.97).此外,筛选得到循环miR-126-3p的潜在靶基因ADAM9和SLC7A5在NSCLC组中表达均高于对照组.结论 低表达的循环miR-126-3p可能是NSCLC高准确性筛查的重要生物标志物.
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编辑人员丨1周前
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茱萸丸调控p53/SLC7A11信号通路介导氧化损伤及铁死亡减轻动脉粥样硬化
编辑人员丨1周前
旨在探讨茱萸丸对动脉粥样硬化(AS)的影响及可能的作用机制.采用高脂饲料喂养诱导小鼠AS模型,造模周期为12周.造模成功的50只载脂蛋白E基因敲除(ApoE-/-)小鼠按照随机数字表法分为5组,即模型组,茱萸丸低、中、高剂量组,阿托伐他汀钙组,每组10只;C57BL/6J小鼠10只作为空白组.空白组及模型组给予等体积无菌蒸馏水灌胃,茱萸丸低、中、高剂量组给予130.54、261.08、522.16 mg·kg-1灌胃,阿托伐他汀钙组给予10.40 mg·kg-1灌胃,每日1次,共12周.给药结束后,采用苏木素-伊红(HE)染色观察小鼠主动脉、肝脏、附睾脂肪的病理学变化,并计算主动脉斑块面积占比、附睾脂肪面积、非酒精性脂肪肝活动性积分(NAS);油红O染色、Masson染色观察主动脉脂质及胶原纤维沉积,并计算主动脉红染脂质面积占比、主动脉胶原沉积面积占比;比色法检测血清超氧化物歧化酶(SOD)、丙二醛(MDA)、谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)、铁离子水平;免疫荧光法检测主动脉环氧合酶2(COX2)、铁蛋白重链1(FTH1)、胱氨酸/谷氨酸逆向转运蛋白溶质载体家族7成员11(SLC7A11)、谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)蛋白水平;免疫组化法检测主动脉肿瘤蛋白53(p53)水平;蛋白免疫印迹法检测主动脉p53、SLC7A11蛋白表达;实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time PCR)检测小鼠主动脉p53、SLC7A11、GPX4、FTH1、前列腺素G/H合酶2(PTGS2)、还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶1(NOX1)mRNA表达水平.结果显示,与空白组比较,模型组小鼠主动脉斑块面积明显扩大,胶原纤维沉积增加,肝脏脂质沉积增加,脂滴变多,附睾脂肪细胞体积扩大;血清中铁离子、MDA含量升高,SOD、GSH-Px水平降低;p53、COX2蛋白表达升高;主动脉FTH1、SLC7A11、GPX4蛋白及mRNA表达降低;PTGS2、NOX1 mRNA表达升高.与模型组比较,茱萸丸低、中、高剂量组及阿托伐他汀钙组小鼠主动脉斑块面积明显缩小,胶原沉积减少,肝脏脂质沉积减少,脂滴变少,附睾脂肪细胞体积缩小;血清中铁离子、MDA含量降低,SOD、GSH-Px水平升高;p53、COX2蛋白表达降低;主动脉FTH1、SLC7A11、GPX4蛋白及mRNA表达升高;PTGS2、NOX1 mRNA表达降低.综上所述,茱萸丸对小鼠AS主动脉斑块具有较好的治疗作用,其机制可能与调控p53/SLC7A11信号通路介导的氧化损伤及抑制细胞铁死亡有关.
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编辑人员丨1周前
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新生儿缺血缺氧性脑病ceRNA调控网络构建分析
编辑人员丨1周前
目的 分析并构建新生儿缺血缺氧性脑病(hypoxic-ischemic encephalopathy,HIE)竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)的调控网络,筛选预测缺血缺氧性脑病诊治的潜在靶点.方法 通过TCGA和GEO数据库获取HIE的非编码RNA高通量测序数据,并进行差异基因分析.根据ceRNA理论构建出circRNA(circular RNA)-miRNA-mRNA网络,进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路和基因本体理论(Gene Ontology,GO)分享,探索和功能注释具有ceRNA潜在功能的circRNA.结果 对GSE121178数据集进行筛选,获得差异circRNAs165个,其中上调59个,下调106个;对GSE181127数据集进行筛选,获得差异miRNAs 63个,其中上调60个,下调3个.用miRecords、miRTarBase、TarBase数据库对获得差异miRNAs进行靶点mRNA预测,并对3个数据库预测结果取交集,共获得11个靶点mRNA(PIK3R1、BACE3、VEGFA、PPP2R2A、LATS2、WDR82、VEZT、TUBA1A、THBS1、SLC7A6、CDK6).经阈值筛选,筛选了10个共表达circRNAs、4个共表达miRNAs和11个共表达mRNAs,构建circRNA-miRNA-mRNA网络.KEGG富集分析显示:HIE涉及的20个交集蛋白在信号通路中,较为靠前的10条信号通路包括T细胞受体信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路、ErbB信号通路、胰岛素抵抗、酪氨酸激酶抑制作用、细胞衰老和细胞周期等靶点.说明这些信号通路或与HIE的发生有关.动物实验表明:模型组大鼠神经功能缺损评分高于空白组(P<0.001).模型组miR-31-5p的mRNA表达水平明显低于空白组(P<0.05),模型组中miR-520g-3p,miR-30a-5p,miR-29a-3p表达水平明显高于空白组(P<0.05);WB显示,模型组中CDK6、THBS1和TUBA1的表达水平明显高于空白组(P<0.05),模型组中VEZT和WDR82的表达水平明显低于空白组(P<0.05).结论 构建了HIE的circRNA-miRNA-mRNA调控网络,找到了疾病的潜在治疗靶点,为HIE的诊治提供了新方向.
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编辑人员丨1周前
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基于生物信息学方法筛选并分析影响结直肠腺癌患者预后的铁死亡相关基因
编辑人员丨1周前
目的:利用生物信息学技术筛选并分析影响结直肠腺癌患者预后的铁死亡相关基因(FRG)。方法:使用癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载RNA测序数据,共545例结直肠腺癌患者临床信息,602例数据集。从FerrDb数据库下载FRG基因集。取FRG基因集与TCGA数据库基因集交集,得到FRG表达数据集。使用R软件筛选结直肠腺癌组织与癌旁组织间差异表达FRG和预后相关基因,获得影响结直肠腺癌预后的FRG。通过在线蛋白互作网络工具分析蛋白之间的互作关系及蛋白质表达的相关性。使用LASSO回归分析构建患者5年总生存率的预后风险模型,计算TCGA数据库509例结直肠腺癌样本的风险值,以中位风险值为临界值,将患者分为高风险组(≥中位风险值)、低风险组(<中位风险值),并绘制生存曲线。绘制依据FRG预后模型的风险值预测TCGA数据库中结直肠腺癌患者5年总生存率时间依赖的受试者工作特征(ROC)曲线,使用Cox比例风险模型进行单因素和多因素生存分析,筛选影响预后的因素。基于基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对与结直肠腺癌预后相关的FRG进行通路富集分析。结果:数据库中545例患者临床信息,602个数据集中,通过比较发现199个在结直肠腺癌中差异表达的FRG,28个预后相关的FRG,取交集后发现21个影响结直肠腺癌患者预后的FRG。DUOX2、NOX4、NOX1、DDIT3、JDP2、ATP6V1G2、ULK1、ATG3与WIPI1基因间可能有相关性;NOX4、NOX5、PLIN4和ATP6V1G2基因表达呈正相关,ULK1与MAPK1、MYB、FANCD2、ATG3、ATP5MC3基因表达呈负相关。使用LASSO回归分析,最终筛选出15个FRG(ATP5MC3、NOX4、NOX5、ALOX12B、ATG3、WIPI1、MAPK1、MYB、AKR1C1、DDIT3、JDP2、ATP6V1G2、DRD4、SLC2A3、PLIN4),构建风险模型,风险值=NOX4×0.139-ATP5M3×0.108+NOX5×1.486+ALOX12B×0.475-ATG3×0.030-WIPI1×0.170-MAPK1×0.271-MYB×0.063+AKR1C1×0.021+DDIT3×0.186+JDP2×0.292+ATP6V1G2×0.777+ DRD4×0.294+SLC2A3×0.059+PLIN4×0.113。高风险组患者总生存较低风险组差( P<0.001),低风险组5年总生存率为76.8%,高风险组5年总生存率为48.2%。多因素生存分析显示年龄和风险值是预后的独立影响因素。使用预后相关FRG构建的风险模型能够较好地预测患者5年总生存率(曲线下面积0.728)。高、低风险组患者中的差异表达基因可能与细胞外基质组成和细胞外结构构成、局部黏附等基因通路有关。 结论:依据筛选的FRG构建的预后风险模型可较好评估结直肠腺癌患者预后,这些FRG有望成为结直肠腺癌预后相关新的候选生物标志物。
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编辑人员丨1周前
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孕前扩展性携带者筛查在中国汉族育龄人群中的应用价值
编辑人员丨1周前
目的:探讨孕前扩展性携带者筛查(preconception expanded carrier screening,PECS)在中国汉族育龄人群中的临床应用价值。方法:回顾性研究2019年9月至2022年5月期间于郑州大学第二附属医院生殖医学中心采用序贯筛查模式进行PECS的不孕不育夫妇的基因检测结果,对单基因病致病基因携带率、高危夫妇携带率及高危夫妇的临床结局进行统计和分析。结果:共有1 565例患者接受PECS,均为汉族人群,其中接受扩展型108种单基因病检测的女性患者420例,男性患者84例,目标基因总体携带率为30.75%(129/420)。检出1对高危夫妇,携带率为1.19 %(1/84),检测基因中携带率较高的分别是 MMACHC[2.58%(13/504)]、 ATP7B[(2.38%(12/504)]、 SLC22A5[2.18%(11/504)]、 GALC[1.79%(9/504)]、 PAH[1.79%(9/504)]、 MLC1[1.19%(6/504)],余下均不足1%。接受脆性X综合征 FMR1基因检测的患者共555例, FMR1基因突变5例,占0.90%,对全突变患者直系亲属进行检测,其母亲为前突变携带者(CGG重复数为105)。接受脊髓型肌萎缩症 SMN1基因携带者筛查的患者共502例,女性阳性携带者14例,男性阳性携带者2例,总体携带率为3.19%。 结论:单基因隐性遗传病在人群中携带率较高,孕前进行筛查可以为患者提供优生优育指导,选择胚胎植入前单基因遗传学检测(preimplantation genetic testing for monogenic/single gene disorders,PGT-M)和产前诊断,可避免患儿的出生。
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编辑人员丨1周前
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帕洛诺司琼对腹腔镜子宫切除术术后恶心呕吐预防效果的遗传相关因素分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨影响预防性使用帕洛诺司琼对腹腔镜子宫切除手术术后恶心呕吐(PONV)效果的遗传相关因素。方法:75例全身麻醉下行腹腔镜子宫切除术的患者,诱导前抽取外周全血,对术后24 h内恶心呕吐进行评分,54例患者术后完全未发生恶心呕吐即为CR组,21例患者出现恶心或呕吐即为NV组。外周全血DNA进行Sanger测序,对SLC6A4 rs1042173,ABCB1 rs1045642和CYP3A5 rs776746 3个位点的等位基因进行分型,使用Fisher确切概率法比较两组患者3个等位基因携带频率,评估遗传位点多态性对使用帕洛诺司琼预防PONV效果的影响。结果:突变型rs1042173 C→A基因型显著富集于CR组,携带等位基因A的术后患者对帕罗诺司琼的完全有效有效率高于野生型,为野生型的11.36倍[比值比( OR)=11.36, P<0.01];突变型rs1045642 G→A基因型显著富集于NV组,野生型G/G的患者对帕罗诺司琼的完全有效有效率高于携带等位基因A的患者,为后者的20.16倍( OR=20.16, P<0.01);突变型rs776746 C→T基因型显著富集于NV组,野生型C/C的患者对帕罗诺司琼的完全有效有效率高于携带等位基因T的患者,为后者的7.91倍( OR=7.91, P<0.01)。 结论:腹腔镜子宫切除术预防性使用帕洛诺司琼的效果受SLC6A4 rs1042173、ABCB1 rs1045642和CYP3A5 rs776746多态性的影响。
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编辑人员丨1周前
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一个Ⅱ型糖尿病合并恶性肿瘤发生家系的基因变异分析
编辑人员丨1周前
目的:对一个Ⅱ型糖尿病(T2DM)合并恶性肿瘤复杂家系进行基因变异分析,筛选其候选致病/易感基因。方法:用全外显子组测序(WES)技术对T2DM合并恶性肿瘤复杂家系的11名成员进行DNA测序,用生物信息学方法筛选候选致病/易感突变,并用Sanger测序对候选突变进行验证。结果:该家系共21人,其中11人诊断为T2DM,7人诊断为乳腺癌、胃癌、胰腺癌或脑瘤。对11名家系成员(7人诊断为T2DM,两人诊断为乳腺癌)进行了WES测序分析,筛选出6个候选糖尿病相关突变,其中功能丢失型(TOF)突变1个为瞬时受体电位阳离子M亚家族成员1(TRPM1) c.G4240T p.E1414X;非LOF突变5个,涉及腺苷酸激酶7(AK7)、CROCC、溶质载体家族15成员1(SLC15A1)、丝氨酸羟甲基转移酶2(SHMT2)、Teashirt锌指同源异型盒2(TSHZ2)基因。同时还筛选得到4个肿瘤相关遗传位点(rs3184504、rs1053338、rs11894115和rs11552449)。结论:TRPM1 c.G4240T变异可能是导致该家系糖尿病合并肿瘤发生的关键候选变异;而rs3184504、rs1053338、rs11894115和rs11552449遗传位点可能为该家系乳腺癌易感性位点。
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编辑人员丨1周前
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SLC25A1基因相关性先天性肌无力综合征二例并文献复习
编辑人员丨1周前
目的:探讨SLC25A1基因相关性先天性肌无力综合征(CMS)的临床及遗传学特征。方法:回顾性分析2015年1月至2019年6月复旦大学附属儿科医院诊治的2例SLC25A1基因相关性CMS患儿的临床资料,并以“SLC25A1”“先天性肌无力综合征”为关键词对万方数据知识服务平台、中国期刊全文数据库(CNKI),以“SLC25A1”“congenital myasthenic syndrome”为关键词,对美国国家生物技术中心(NCBI)、生物医学文献数据库(Pubmed)建库至2020年6月收录的论文进行检索。总结SLC25A1基因相关性CMS的临床表型及基因型特点。结果:2例患儿均为男性,分别为9岁、2岁,发病年龄均在婴儿期,其共同临床表现除典型的CMS症状(波动性肌无力,包括上睑下垂、斜视、咀嚼无力、声音低弱、四肢无力)外,还具有智力障碍、发育迟缓及代谢异常(尿中2-酮戊二酸升高、乳酸升高或者2-羟基戊二酸尿症),家系全外显子测序检测发现存在SLC25A1基因复合杂合变异。文献检索到3篇英文文献共15例患儿,包括本组2例共17例纳入分析,均于2岁以内起病,9例合并轻度智力低下,1例合并发育迟缓;共发现5个SLC25A1基因变异,包括3个错义变异及1个无义变异、1个缺失变异,其中6个家系中12例患儿携带c.740G>A(R247Q)纯合变异,本组2例患儿均有c.145G>A(V49M)变异。结论:SLC25A1基因相关性CMS患儿起病早,多合并智力障碍或者发育迟缓,部分有代谢异常表现,基因型中R247Q和V49M具有重复性。
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编辑人员丨1周前
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不明原因新生儿高胆红素血症331例遗传因素分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨广东地区不明原因新生儿高胆红素血症遗传因素及进行新生儿黄疸相关基因筛查的临床意义。方法:选择2021年7~9月广东地区出生的不明原因高胆红素血症新生儿进行前瞻性研究,采用基于目的基因捕获的高通量测序技术对24个新生儿黄疸相关基因的外显子区域进行检测,对变异致病性进行解读并对检测结果进行统计分析。结果:在331例高胆红素血症新生儿中,筛出阳性患儿139例(42.0%),包含5种疾病,Gilbert综合征65例(19.6%),葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症48例(14.5%),钠牛磺胆酸共转运多肽缺陷病18例(5.4%),Citrin缺乏症4例(1.2%),Dubin-Johnson综合征4例(1.2%)。149例(45.0%)携带1个或多个基因变异位点,43例(13.0%)未检出有临床意义的变异位点。8个高频变异位点(携带率>1%)为UGT1A1基因c.211G>A和c.1091C>T位点、G6PD基因c.1466G>T和c.1478G>A位点、SLC10A1基因c.800C>T位点、SLC25A13基因c.852_855del TATG位点、HBB基因c.126_129delCTTT和c.316-197C>T位点。结论:遗传因素是广东地区不明原因新生儿高胆红素血症发病的重要因素,常见致病基因是UGT1A1基因、G6PD基因、SLC10A1基因和SLC25A13基因,且存在人群高频携带位点,对不明原因高胆红素血症患儿进行基因检测具有重要临床意义。
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编辑人员丨1周前
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硝酸盐对脑胶质瘤细胞生物活性及自噬的影响分析
编辑人员丨1周前
目的:研究饥饿条件下不同浓度硝酸盐对脑胶质瘤C6和U87细胞生物活性的影响以及自噬相关蛋白的变化。方法:将C6和U87细胞分为对照组和饥饿组,对照组给予常规培养基培养,饥饿组给予等体积的Hank′s平衡盐溶液培养。两组细胞分别应用0 mmol/L、0.05 mmol/L、0.20 mmol/L和0.50 mmol/L的硝酸盐处理12 h和24 h,然后采用噻唑蓝比色法检测各组细胞的增殖情况;流式细胞术检测各组细胞的凋亡水平;实时荧光定量PCR实验检测各组p62的表达水平;蛋白质免疫印迹实验检测自噬相关蛋白p62、微管相关蛋白1轻链3(LC3)Ⅱ/Ⅰ及硝酸盐转运蛋白(SLC17A5)的表达水平。结果:与对照组相比,饥饿状态引起C6和U87细胞的增殖能力下降,C6细胞培养12 h和24 h后分别下降了(63.60±2.40)%和(77.10±2.70)%;U87细胞分别下降了(65.60±2.70)%和(86.80±3.20)%(均 P<0.01);给予0.20 mmol/L和0.50 mmol/L的硝酸盐处理后,饥饿组C6和U87细胞的增殖能力与0 mmol/L组比较均明显下降(均 P<0.05),而0.05 mmol/L的硝酸盐浓度对各组细胞的增殖能力均无明显影响(均 P>0.05)。流式细胞术检测显示,C6细胞对照组给予0.20 mmol/L和0.50 mmol/L硝酸盐后,各组膜联蛋白Ⅴ和碘化丙啶的阳性细胞数比较差异均无统计学意义(均 P>0.05);饥饿12 h后,0 mmol/L组膜联蛋白Ⅴ和碘化丙啶的阳性细胞所占比率分别为(13.50±0.71)%和(7.80±0.34)%;0.20 mmol/L组分别为(17.30±0.82)%和(10.30±0.42)%;0.50 mmol/L组分别为(19.40±0.75)%和(12.60±0.75)%,组间比较差异均有统计学意义(均 P<0.05)。U87各组细胞的凋亡水平也呈现相同的变化趋势。实时荧光定量PCR实验显示,对照组给予不同浓度的硝酸盐不影响C6和U87细胞p62 mRNA的表达水平(均 P>0.05);而饥饿组给予不同浓度的硝酸盐后C6和U87细胞p62 mRNA的表达水平均明显上调(均 P<0.05)。蛋白质免疫印迹实验显示,饥饿组给予不同浓度的硝酸盐后LC3Ⅱ/Ⅰ的比值明显下调,而p62和SLC17A5的表达水平明显上调(均 P<0.05)。 结论:硝酸盐可抑制饥饿状态下胶质瘤细胞的增殖能力和细胞内的自噬水平,从而诱导细胞发生凋亡。
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编辑人员丨1周前
