系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)是一种复杂的自身免疫疾病,传统治疗在部分重度和难治性患者中效果有限.近期研究显示,嵌合抗原受体(chimeric antigen receptor,CAR)T细胞疗法在SLE治疗中展现出了具有前景的疗效.生物标志物在精准评估治疗效果和安全性方面至关重要,CAR T细胞治疗与安全性评估标志物包括传统标志物和与CAR T细胞疗法相关的标志物.传统的SLE病情监测标志物,仍可用于CAR T细胞治疗基线随访和病情监测,如血清抗双链DNA、抗单链DNA和抗核小体等自身抗体的滴度下降,血清补体水平恢复正常,以及尿蛋白/肌酐比值的改善,均提示病情得到有效控制.CAR T细胞疗效监测标志物分为B细胞和T细胞标志物.输注后,B细胞数量下降,B细胞表型以初始B细胞为主,记忆B细胞和浆母细胞的比例显著降低,表明治疗取得了疗效.输注前,初始T细胞(CD45RA+CD27+)和中央记忆型T细胞(CD45RA-CD62L+CD27+)的高比例则提示更强的抗肿瘤效应;患者的CAR T细胞表达与早期记忆分化相关的转录因子,如T细胞因子7和淋巴增强子结合因子1,提示这些患者对CAR T细胞疗法更为敏感.输注后,CD25、CD69和CD137等T细胞激活标志物,以及CD57、PD-1和Tim-3等耗竭标志物的高表达,提示T细胞的杀伤能力受到限制.CAR T细胞治疗安全性标志物不仅包括CAR T细胞分泌的效应细胞因子(如白细胞介素-2和IFN-γ),还包括单核细胞和巨噬细胞产生的细胞因子(如IL-1和IL-8),其水平可用于评估CAR T细胞疗法最常见的毒副反应[细胞因子释放综合征(cytokine release syn-drome,CRS)和免疫效应细胞相关神经毒性综合征(immune effector cell-associated neurotoxicity syndrome,ICANS)].高水平的血清巨噬细胞炎性蛋白1α对于预测CAR T细胞治疗后发生严重CRS和ICANS的风险具有较高的价值.此外,基线血小板计数和中性粒细胞绝对值可预测血液毒性,由IL-8、IFN-γ和IL-1β组成的感染相关预测模型,能够有效预测患者输注后出现严重感染的风险.CAR受体结构设计、清除淋巴细胞的化疗方式,患者曾接受的治疗选择及自身免疫状态等都会影响CAR T细胞治疗的疗效及安全性.在当前及未来将开启的相关临床研究中,应纳入全面、规范的检测和评估体系,为CAR T细胞疗法在SLE等自身免疫疾病的应用,提供比较标准.

目的:探讨骨髓间充质干细胞(BMMSCs)来源外泌体miR-200a对肾小管间质纤维化的影响及其机制。方法:2019年3月至2020年7月，收集从4周龄SD大鼠(福建医科大学动物实验中心)提取的BMMSCs来源外泌体，与从新西兰兔提取的肾小管上皮细胞共培养，提取BMMSCs来源外泌体，与肾小管上皮细胞共培养，蛋白免疫印迹(Western blot)检测上皮-间充质转化(EMT)标志物E-钙黏蛋白(E-cadherin)、N-钙黏蛋白(N-cadherin)和波形蛋白(Vimentin)蛋白的相对表达水平，明确外泌体对EMT的影响。构建过表达和低表达miR-200a的BMMSCs，分别与肾小管上皮细胞共培养，Western blot检测E-cadherin、N-cadherin和Vimentin蛋白及Wnt/β-连环蛋白(β-catenin)信号通路各标志蛋白的表达水平。双荧光素酶报告实验验证肾小管上皮细胞中miR-200a与β-catenin基因CTNNB1是否直接结合。使用方差分析和独立样本 t检验分析组间差异。 结果:高剂量外泌体组E-cadherin表达水平较低剂量组更低(0.51±0.09比0.78±0.12， t＝3.115， P<0.05)，而N-cadherin(2.05±0.22比1.40±0.13， t＝6.478， P<0.001)和Vimentin(1.01±0.13比0.75±0.12， t＝2.987， P<0.05)表达水平高于后者。高表达miR-200a外泌体处理组E-cadherin表达水平较低表达miR-200a外泌体处理组降低(0.71±0.09比1.48±0.14， t＝4.751， P<0.05)，而N-cadherin(1.55±0.12比0.75±0.10， t＝11.603， P<0.01)和Vimentin(0.88±0.07比0.37±0.04， t＝6.039， P<0.05)表达水平前者较后者更高。Wnt/β-catenin信号通路标志蛋白糖原合成酶激酶3β(GSK3β)表达量在组间差异无统计学意义(0.89±0.21比0.92±0.15， t＝0.130， P>0.05)，而低表达miR-200a外泌体处理组p-GSK3β、β-catenin和T细胞因子-1(TCF-1)表达水平均高于高表达miR-200a外泌体处理组(1.89±0.17比1.15±0.12， t＝4.125， P<0.05；1.32±0.09比0.74±0.15， t＝4.962， P<0.05；0.96±0.08比0.38±0.05， t＝6.740， P<0.05)。双荧光素酶报告实验显示，野生型β-CTNNB1肾小管上皮细胞中，miR-200a组细胞荧光活性显著低于miR-NC组(0.51±0.07比0.98±0.08， t＝13.251， P<0.01)，差异有统计学意义。而突变型β-CTNNB1的细胞中，miR-200a组细胞荧光活性与miR-NC组差异无统计学意义(0.94±0.05比0.96±0.07， t＝0.247， P>0.05)。 结论:BMMSCs来源外泌体miR-200a通过直接作用β-catenin基因CTNNB1，降低β-catenin表达，抑制Wnt/β-catenin通路激活，从而抑制肾小管上皮细胞EMT过程。

颅缝早闭是一条或多条颅缝过早融合造成的先天性骨骼疾病，根据是否伴随除了颅面部畸形之外的其他器官系统的损害分为综合征型和非综合征型，大约85%的颅缝早闭是非综合征型，综合征型仅占15%，综合征型会导致更加严重的临床症状。颅缝早闭的发生由环境和遗传因素共同影响，其中遗传因素包括单基因突变、染色体异常和基因多态性，常见相关基因包括 FGFR1、 FGFR2、 FGFR3、 TWIST1、 MSX1、 ERF、 TCF12等。综合征型与非综合征型颅缝早闭的遗传致病模式具有差异性，目前绝大部分颅缝早闭遗传学研究集中在欧洲人群。颅缝早闭的分子遗传学研究对疾病的临床诊断、治疗以及遗传咨询有着重要作用。该文通过对颅缝的发育，以及综合征型和非综合征型颅缝早闭的遗传学研究的回顾，对颅缝早闭的致病机制的研究现状和进展进行了综述。

目的:探讨Toll样受体9（TLR9）信号通路激活对肾小管细胞转录组的影响。方法:提取并培养小鼠原代肾小管上皮细胞，在细胞融合度达80%时分为两组，分别加入10 μL磷酸盐缓冲液（PBS，PBS对照组）和终浓度为5 μmol/L的TLR9激活剂胞嘧啶-鸟嘌呤寡脱氧核苷酸（CpG-ODN，CpG-ODN处理组）。提取细胞RNA后在Illumina平台进行测序，使用差异基因分析软件DEGseq分析两组细胞中基因的差异表达情况，通过Goatools和KOBAS在线软件分析差异基因所参与的信号通路，应用Homer软件预测转录因子。结果:与PBS对照组相比，CpG-ODN处理后有584个显著的差异表达基因，其中102个基因表达上调，482个表达下调。差异表达基因富集最显著的基因本体（GO）为β-干扰素响应、病毒响应或防御等炎症反应相关条目；京都基因与基因组百科全书数据库（KEGG）信号通路富集结果显示，富集系数最显著的信号通路包括2'-5'-寡腺苷酸合成酶活性、核糖核酸酶活性的调节、病毒生命周期的负调控、β-干扰素响应和对原生动物的防御反应等。转录因子预测结果显示，干扰素调节因子3（IRF3）是差异基因启动子序列上富集最显著的转录因子；IRF3是TLR9下游表达差异最显著的转录因子，转录因子21（TCF21）、锌指蛋白135（ZNF135）和阳性调节域4（PRDM4）等转录因子可能是TLR9信号通路的新候选靶标。结论:CpG-ODN激活TLR9信号通路，原代肾小管上皮细胞能直接响应CpG-ODN的刺激并发生转录组学变化，为进一步探究TLR9信号通路在脓毒症相关性急性肾损伤中的分子机制研究提供了基础。

目的:探索转录因子（transcription factors, TFs）和结肠癌预后的联系，通过TCGA和GEO双数据库构建预后模型，从而量化患者的风险并指导临床治疗决策。方法:本研究运用TCGA和GEO数据库中结肠癌的转录组和临床数据，先将转录组数据进行基因注释并计算基因表达量，对TCGA和GEO中TFs行差异性分析（| log2FC| >1，P-Value（Fdr）<0.05）。取双数据交集的差异TFs行相关预后分析（ P<0.01）。利用COX多因素分析计算出预后相关TFs的风险系数和其风险值，应用"survival"和"glmnet"包进行COX模型构建TFs预后模型。绘制出序列集和验证集的生存曲线（ P<0.001）及ROC曲线（AUC>0.75），对风险值的分布进行可视化。按风险值分组后计算GSEA富集分析，构建基因集网格，进行靶基因预测，最后进行GO和KEGG的通路富集分析。 结果:取TCGA和GEO数据库两者交集的387个表达差异的TFs绘制热图，火山图及TFs相关的森林图，按照COX多因素分析构建出结肠癌预后模型=0.310×HSF4+0.137×IRX3-0.127× ATOH1+0.290×OVOL3+0.137×HOXC6+0.155×SIX2+0.092×ZNF556-0.444×CXXC5+0.429×TIGD1+0.413×TCF7L1。通过富集分析，结果显示这些预后因子可能直接或间接作用于癌通路，如基础细胞癌与癌症信号通路、局部组织与细胞黏附及细胞外基质等。结论:构建的TFs对结肠癌预后模型可量化结肠癌预后风险，其高风险组是结肠癌预后的独立风险因素，该模型是一种评估结肠癌预后的新方式。

目的:研究RNA结合蛋白Musashi-2(MSI2)在肝细胞癌(HCC)中的作用及相关机制。方法:获取来自癌症基因组图谱数据库(TCGA)和基因型-组织表达数据库(GTEX)的HCC患者mRNA表达数据及相应的临床信息，在50对匹配的肿瘤/正常HCC样本中，评估MSI2的表达水平。进一步通过蛋白质相互作用网络(PPI)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和RNA互作组百科全书(ENCORI)数据库，探究MSI2如何影响HCC进展。设计3对针对MSI2和β-catenin的短发夹RNA(shRNA)序列，将他们分别克隆到慢病毒载体中，作为敲减质粒分别转染HepG2、MHCC97H和MHCC97L细胞，用于构建MSI2敲减组细胞(HepG2 sh-MSI2组、MHCC97H sh-MSI2组)、β-catenin敲减组细胞(MHCC97L sh-β-catenin组)和各自的阴性对照组细胞(HepG2 sh-Ctrl组、MHCC97H sh-Ctrl组以及MHCC97L sh-Ctrl组)。通过蛋白质印迹法检测MSI2的过表达水平。CCK-8和集落形成实验检测肝癌细胞增殖情况。将HepG2 sh-Ctrl组、HepG2 sh-MSI2组、MHCC97L sh-Ctrl组和MHCC97L sh-β-catenin组细胞悬液分别注射于各组裸鼠的前大腿处皮下，4周后处死裸鼠，取出肿瘤测量体积。 结果:基于TCGA和GTEX数据库的分析显示，MSI2在50对匹配的肿瘤中的表达高于正常样本(2.073±0.767比1.256±0.260)，差异具有统计学差异( P<0.001)。利用PPI、KEGG通路富集以及ENCORI数据库分析MSI2在HCC进展中的潜在机制，结果显示，在HCC中，MSI2与β-catenin( r＝0.455， P<0.001)、转录因子7(TCF7)( r＝0.142， P＝0.006)、淋巴增强因子1(LEF1)( r＝0.246， P<0.001)均呈正相关。与HepG2 sh-Ctrl组相比，HepG2 sh-MSI2组中MSI2、β-catenin、TCF7、LEF1的表达均下调，与MHCC97H sh-Ctrl组相比，MHCC97H sh-MSI2组中MSI2、β-catenin、TCF7、LEF1的表达均下调，差异均具有统计学意义(均 P<0.001)。与MHCC97L sh-Ctrl组相比，MHCC97L sh-β-catenin组中β-catenin的表达下降，差异具有统计学意义( P<0.001)。CCK-8增殖实验结果显示，与HepG2 sh-Ctrl组相比，HepG2 sh-MSI2组肝癌细胞活性降低，与MHCC97H sh-Ctrl组相比，MHCC97H sh-MSI2组肝癌细胞活性降低，与MHCC97L sh-Ctrl组相比，MHCC97L sh-β-catenin组肝癌细胞活性降低，差异均具有统计学意义(均 P<0.001)。集落形成实验结果显示，与HepG2 sh-Ctrl组相比，HepG2 sh-MSI2组肝癌细胞形成集落的能力降低，与MHCC97H sh-Ctrl组相比，MHCC97H sh-MSI2组肝癌细胞形成集落的能力降低，与MHCC97L sh-Ctrl组相比，与MHCC97L sh-β-catenin组肝癌细胞形成集落的能力降低，差异均具有统计学意义(均 P<0.001)。与HepG2 sh-Ctrl组相比，HepG2 sh-MSI2组裸鼠的肿瘤体积减小[(160.19±60.22)mm 3比(480.46±65.28)mm 3]，与MHCC97L sh-Ctrl组相比，MHCC97L sh-β-catenin组裸鼠的肿瘤体积减小[(456.48±38.23)mm 3比(845.67±33.19)mm 3]，差异均具有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:MSI2表达上调通过Wnt/β-catenin信号通路促进肝癌细胞增殖。

目的:鉴定1例难治/复发急性B淋巴细胞白血病(acute B cell lymphoblastic leukemia, B-ALL)患者中具有病理意义的融合基因，并探讨其实验室及临床特点。方法:应用转录组测序分析可能存在的融合基因，并结合实验室检测和临床资料进行分析。结果:经鉴定患者携带 TCF3 exon 17- ZNF384 exon 7型融合基因，对应的染色体易位为隐匿性，不易通过核型分析发现。肿瘤细胞伴髓系抗原CD13和CD33表达。患者虽经多种化疗方案和CD19、CD22为靶点的嵌合抗原受体T细胞免疫治疗，仍多次全面复发。患者最终通过异基因造血干细胞移植(allogenic hemopoietic stem cell transplantation，allo-HSCT)获得完全缓解，微小残留病检测持续阴性。 结论:转录组测序可有效检测白血病中可能存在的具有重要临床意义的融合基因。 TCF3-ZNF384阳性的B-ALL具有独特的实验室和临床特征，可能对化疗和免疫治疗反应不佳，更容易复发，及时行allo-HSCT治疗可帮助这部分患者获得长期无病生存。 TCF3-ZNF384阳性的B-ALL在儿童患者中并不少见，但未被有效鉴定，应被重视和进一步研究。

目的:探讨靶向捕获高深度测序（Panel-seq）及转录组测序（RNA-seq）与传统检测方法在儿童初发急性B淋巴细胞白血病（B-ALL）细胞及分子遗传学分型中的差异及意义。方法:回顾性分析2020年9月至2021年12月在广州市妇女儿童医疗中心新诊断为B-ALL的152例患儿临床资料。患儿除接受包括核型分析、荧光原位杂交以及43种融合基因定量筛查的传统细胞及分子遗传学方法检测外，还进行Panel-seq及RNA-seq检测。Panel-seq覆盖血液系统肿瘤常见变异的600多个基因，同时分析融合基因及基因突变；RNA-seq分析融合基因、基因突变及基因表达情况，推测染色体水平的拷贝数变异，并结合基因表达谱聚类和拷贝数变异预测高二倍体亚型。分析比较各检测方法遗传学分型结果。结果:152例患儿中，男性93例，女性59例，中位年龄4.0岁（0.8~13.0岁），中位原始细胞比例0.855（0.215~0.965）。152例患儿中，传统检测方法鉴定出4例（2.6%）BCR-ABL1、2例（1.3%）CRLF2基因相关融合、27例（17.8%）ETV6-RUNX1、1例（0.7%）iAMP21、5例（3.3%）MLL重排、8例（5.3%）TCF3-PBX1以及22例（14.5%）高二倍体核型；Panel-seq鉴定出4例（2.6%）BCR-ABL1、2例（1.3%）CRLF2基因相关融合、27例（17.8%）ETV6-RUNX1、3例（2.0%）MEF2D基因相关融合、1例（0.7%）MEIS1-FOXO1、5例（3.3%）MLL重排、5例（3.3%）PAX5基因相关融合、8例（5.3%）TCF3-PBX1、4例（2.6%）ZNF384基因相关融合和2例（1.3%）IKZF1 N159Y突变。1例MLL重排患儿因样本质量问题未进行RNA-seq检测，其余151例患儿中，共检出1例（0.7%）ACIN1-NUTM1、4例（2.6%）BCR-ABL1、3例（2.0%）CRLF2基因相关融合、8例（5.3%）DUX4基因相关融合、27例（17.9%）ETV6-RUNX1、3例（2.0%）MEF2D基因相关融合、1例（0.7%）MEIS1-FOXO1、4例（2.6%）MLL重排、5例（3.3%）PAX5基因相关融合、1例（0.7%）ZMIZ1-ABL1、8例（5.3%）TCF3-PBX1、4例（2.6%）ZNF384基因相关融合及61例（40.4%）高二倍体亚型和2例（1.3%）IKZF1 N159Y突变；RNA-seq对融合基因及高二倍体核型检出有明显优势。传统方法、Panel-seq和RNA-seq检测的细胞及分子遗传学分型率分别为45.4%（69/152）、40.1%（61/152）和87.4%（132/151），三者结合可对89.5%（136/152）患儿进行分型。结论:联合应用Panel-seq、RNA-seq技术可提高B-ALL患儿遗传学异常的检出率，从而进行更精确的细胞及分子遗传学分型，为指导治疗及判断预后提供依据。

目的:挖掘中国人群非综合征型颅缝早闭患者的常见致病基因。方法:收集2018年3月至2020年12月复旦大学附属华山医院面向全国招募并入组的非综合征型颅缝早闭患者，设计临床问卷收集患者一般情况信息。在PubMed中输入关键词craniosynostosis、gene panel，提取1995年1月至2017年5月所有相关文献并设计基因面板。基因文库在Illumina HiSeq X平台上进行测序，并进行生物信息学分析及致病分析。结果:在PubMed和Ovid数据库中共查阅得到文献237篇，样本总量为3 375例患者，其中1 822例(54%)检测到相应突变，涉及21个致病基因。以突变检出率不低于0.4%为界，本研究挑选了12个热点基因：FGFR2、TWIST1、FGFR3、EFNB1、FGFR1、SKI、POR、RAB23、TCF12、MSX2、SMAD3和ERF构成基因面板，进行了二代测序。本研究共招募非综合征型颅缝早闭患者109例，其中男性62例，女性47例；入组平均年龄2.1岁；均无家族史；父亲平均生育年龄28.3岁；母亲平均生育年龄26.7岁。在19例患者的基因序列中发现了14个不同的致病或可能致病的突变位点，突变率为17.4%(19/109)。这14个突变位点分布在5个基因上，分别是FGFR2、TWIST1、TCF12、EFNB1、FGFR3。而这14个突变可以被分类为5个错义突变、3个无义突变、1个剪接突变、1个移码突变和4个框内缺失突变，其中有11个位点未见报道。这11个位点，主要集中于TWIST1和TCF12两个基因，突变类型包括：3个功能缺失、4个移码缺失、3个错义突变、1个移码插入，其中7个为新发突变。结论:TWIST1和TCF12两大基因是中国人群非综合征型颅缝早闭患者的常见致病基因。

目的:探讨转录因子7类似物2（transcription factor 7-like 2，TCF7L2）基因多态性及表达在绝经后2型糖尿病（type 2 diabetes mellitus，T2DM）合并骨质疏松（osteoporosis，OP）患者中的作用及相关机制。方法:选择2019年1月至2020年6月在宁波大学医学院附属医院就诊的148例绝经后T2DM女性患者作为研究对象。其中合并OP 86例（T2DM+OP组），未合并OP 62例（T2DM组），并纳入同期在本院进行健康体检的100例自然绝经后健康女性作为对照组。抽取空腹静脉血，检测临床和骨代谢指标；采用毛细管电泳和片段分析（SNaPshot）技术对TCF7L2基因的两个SNP位点rs7901695（T>C）、rs290487（C>T）进行分型；采用实时荧光定量聚合酶链式反应检测法测定TCF7L2基因mRNA的相对表达量。构建过表达和沉默慢病毒载体，探究TCF7L2过表达和沉默对大鼠成骨细胞增殖的影响。结果:对于rs7901695位点，T2DM+OP组、T2DM组和对照组间的TT、TC和CC基因型分布差异有统计学意义（ χ2=12.545， P=0.014），3组间的T、C等位基因频率分布差异有统计学意义（ χ2=17.089， P<0.001）。对于rs290487位点，T2DM+OP组、T2DM组和对照组间的CC、CT和TT基因型分布差异有统计学意义（ χ2=10.500， P=0.033），3组间的C、T等位基因频率分布差异有统计学意义（ χ2=14.665， P=0.001）。对于rs7901695位点，携带CC+TC基因型的T2DM+OP患者FPG、TG水平显著高于携带野生型TT基因型的患者（FPG： t=2.559， P=0.014；TG： t=2.034， P=0.036），而血钙和25OHD3水平显著低于后者（血钙： t=3.889， P<0.001；25OHD： t=4.112， P<0.001）；对于rs290487位点，携带TT+CT基因型的T2DM+OP患者血钙、BGP和25OHD3水平均显著低于携带野生型CC基因型的患者，差异有统计学意义（血钙： t=3.751， P<0.001；BGP： t=2.731， P=0.007；25OHD3： t=3.225， P=0.002）。T2DM+OP患者TCF7L2基因mRNA相对表达量显著低于T2DM组和对照组（ F=5.735， P<0.05）；随着rs7901695位点C等位基因的增加，TCF7L2基因mRNA相对表达量逐渐降低（ F=5.723， P<0.05）。此外，TCF7L2过表达的大鼠成骨细胞增殖率显著升高，而TCF7L2沉默的成骨细胞增殖水平显著下降（ F=7.846， P<0.05）。 结论:在绝经后T2DM女性中，TCF7L2基因变异会导致基因表达水平降低，抑制成骨细胞的增殖，从而参与到OP的发病机制中。