目的:对一例表现为发育迟缓、营养不良及特殊面容的患儿进行临床检查和遗传学分析。方法:收集患儿的临床资料，对患儿及其父母进行家系全外显子组测序，对候选变异用Sanger测序进行验证。结果:患儿具有特殊面容，包括鼻翼发育不全、头皮缺损和牙齿畸形，并有胰腺外分泌不足导致的反复腹泻。基因测序显示患儿携带 UBR1基因c.3167C>G(p.S1056X)和c.1911+14C>G复合杂合变异，分别遗传自其父亲和母亲。生物信息学分析显示c.3167C>G为无义变异，既往未见报道；c.1911+14C>G为已知剪接变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南，两个变异分别判断为致病和疑似致病变异。 结论:患儿被确诊为 UBR1基因复合杂合变异导致的Johanson-Blizzard综合征。新发现的变异扩展了 UBR1基因的变异谱，并为该家系的遗传咨询及再生育指导提供了依据。

目的:探讨可变剪接事件及剪接因子对雄激素剥夺疗法（ADT）治疗的前列腺癌患者预后的预测作用。方法:从TCGA数据库下载60例进行ADT治疗的前列腺癌患者相关临床、转录组信息，并获得可变剪接事件信息。通过R语言程序包，使用LASSO、Cox回归模型筛选相关可变剪接事件及剪接因子，建立相关模型，进行独立预后分析及相关调控网络分析。结果:确定前列腺癌患者相关可变剪接事件44 070个，包含可变受体位点（AA）3 525个、可变供体位点（AD）3 101个、可变启动子（AP）9 035个、可变终止子（AT）8 663个、外显子跳跃（ES）16 772个、外显子互斥（ME）228个和内含子保留（RI）2 747个。通过单因素Cox比例风险回归模型确定1 349个可变剪接事件为与ADT相关的疾病进展相关剪接事件（DFS-SE），包括AA事件145个、AD事件102个、AP事件243个、AT事件189个、ES事件557个、ME事件6个和RI事件107个。多因素Cox回归分析显示，加入临床相关信息后，ME事件（ANK3|11852|ME、TCF7L2|151705|ME、UBR2|127390|ME、SLC39A14|140283|ME）可能为预测ADT抵抗的独立预后因子（ HR＝1.398，95% CI 1.156～1.689， P<0.01）。 结论:ME类可变剪接事件结合相关临床数据对预测前列腺癌患者ADT有效性具有一定意义，对探索前列腺癌患者ADT抵抗的研究具有重要作用。

目的:探讨OA发病机制中潜在的Hub基因、关键miRNAs、生物过程及相关信号通路，为OA的发病机制及治疗提供生物信息学依据。方法:从基因表达综合数据库（GEO）下载OA滑膜组织样本的表达谱芯片，鉴定差异表达基因DEGs，并进行功能富集分析。构建蛋白-蛋白相互作用网络（PPI），STRING和Cytoscape进行模块分析，进一步鉴定Hub基因，并对Hub基因进行更深一步的miRNAs挖掘。结果:最终鉴定出与OA进展相关的9个Hub基因[细胞因子信号转导抑制因子（SOCS）3、转导素重复序列包含蛋白（BTRC）、F-框蛋白32（FBXO32）、KLHL22、UBE3A、HUWE1、UBR4、ANAPC5、TRIM50]和2个关键miRNAs（hsa-miR-103a-3P、hsa-miR-107），可能是OA发病机制中的潜在生物标志物。信号转导、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控和蛋白丝氨酸/苏氨酸酶活性与OA的发病机制具有一定的相关性。此外，分析结果表明cAMP信号通路和Rap1信号通路也参与了OA的进展。结论:潜在生物学分子、生物过程及相关通路对于OA的病因研究及治疗研究具有重要的指导意义。

目的 采用蛋白质组学分析联合生物信息学技术,初步预测慢性阻塞性肺疾病(COPD)相关肺癌(COPD-LC)的生物学机制及其潜在的核心治疗靶点,并进行验证.方法 收集2018年12月至2021年8月新疆医科大学第四临床医学院门诊就诊的COPD、肺癌患者以及体检的健康人员的尿液标本,并进行高通量测序.筛选差异蛋白并构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络图,进行功能富集分析,进一步预测COPD-LC的关键靶点,最后采用基因表达数据库(GEO)对上述分子进行验证.结果 蛋白质组学结果显示,与正常对照组相比,COPD组存在157个差异蛋白,其中上调67个,下调90个;与正常对照组相比,肺癌组存在306个差异蛋白,其中上调132个,下调174个;此外,本研究基于相互作用基因检索工具(STRING)平台,将上述差异蛋白进行PPI分析.基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析结果显示,COPD-LC主要富集在细胞外区域、溶酶体、细胞外空间、淀粉酶活性、蛋白酶抑制剂活性、防御/免疫蛋白活性等方面.在GEO数据库中搜索关于COPD和肺癌患者微阵列数据,最终纳入GSE8581和GSE43346共2个数据集,在GSE8581数据集中共识别出13 605个差异基因,在GSE43346数据集中识别出 3 403个差异基因,进一步分析GSE8581、GSE43346数据集与COPD-LC中差异基因的重叠程度,发现潜在转化生长因子β结合蛋白(LTBP)4、N-乙酰α-D-氨基葡萄糖苷酶(NAGLU)、泛素蛋白连接酶E3成分N-识别蛋白4(UBR4)、DNA损伤结合蛋白1-CULA相关因子(DCAF)5等4个重叠蛋白,最后在GEO数据集中获得验证.结论 本研究初步揭示了 LTBP4、NAGLU、UBR4、DCAF5等4个COPD-LC的潜在治疗靶点,其中靶点NAGLU、UBR4、DCAF5在COPD和肺癌中鲜有报道.上述蛋白在COPD和肺癌中均显著低表达,或可成为COPD-LC的重要诊断与治疗的生物标志物.

Cullin-RING ligases (CRLs) comprise a large group of modular eukaryotic E3 ubiquitin ligases.Within this family,the CRL4 ligase (consisting of the Cullin4[CUL4]scaffold protein,the Rbx1 RING finger domain protein,the DNA damage-binding protein 1[DDB1],and one of many DDB1-associated substrate receptor proteins) has been intensively studied in recent years due to its involvement in regulating various cellular processes,its role in cancer development and progression,and its subversion by viral accessory proteins.Initially discovered as a target for hijacking by the human immunodeficiency virus accessory protein r,the normal targets and function of the CRL4 substrate receptor protein DDB1-Cut4-associated factor 1 (DCAF1;also known as VprBP) had remained elusive,but newer studies have begun to shed light on these questions.Here,we review recent progress in understanding the diverse physiological roles of this DCAF1 in supporting various general and cell type-specific cellular processes in its context with the CRL4 E3 ligase,as well as another HECT-type E3 ligase with which DCAF1 also associates,called EDD/UBR5.We also discuss emerging questions and areas of future study to uncover the dynamic roles of DCAF1 in normal physiology.

目的:探讨以糖尿病为主要表现的Johanson-Blizzard综合征(JBS)患者的临床表型和基因型.方法:收集JBS患者的临床资料、实验室检查、影像学检查,提取相关家庭成员的基因组DNA,使用全外显子组测序及Sanger测序验证.结果:患者以糖尿病为主要表现,伴有眼距增宽,鼻根低平,鼻翼发育不全,发际线低等畸形.基因检测证实UBR1基因存在c.4463T>C(p.Ile1488Thr)纯合错义突变,为新的突变位点,且致病性分析表明该位点为致病性突变.结论:该患者携带新的UBR1基因c.4463T>C纯合突变,提高了临床上对JBS临床表型谱的认识并拓宽了UBR1基因的基因谱.

Neurodevelopmental disorders (NDDs) are a set of complex disorders characterized by diverse and co-occurring clinical symptoms.The genetic contribution in patients with NDDs remains largely unknown.Here,we sequence 519 NDD-related genes in 3,195 Chinese probands with neurodevelopmental pheno-types and identify 2,522 putative functional mutations consisting of 137 de novo mutations (DNMs) in 86 genes and 2,385 rare inherited mutations (RIMs) with 22 X-linked hemizygotes in 13 genes,2 homozygous mutations in 2 genes and 23 compound heterozygous mutations in 10 genes.Furthermore,the DNMs of 16,807 probands with NDDs are retrieved from public datasets and combine in an integrated analysis with the mutation data of our Chinese NDD probands by taking 3,582 in-house controls of Chinese origin as background.We prioritize 26 novel candidate genes.Notably,six of these genes-ITSN1,UBR3,CADM1,RYR3,FLNA,and PLXNA3-preferably contribute to autism spectrum disorders (ASDs),as demonstrated by high co-expression and/or interaction with ASD genes confirmed via rescue experiments in a mouse model.Importantly,these genes are differentially expressed in the ASD cortex in a significant manner and involved in ASD-associated networks.Together,our study expands the genetic spectrum of Chinese NDDs,further facilitating both basic and translational research.

目的 通过GEO基因表达数据库分析比较正常人和急性心肌梗死患者的基因芯片数据,筛选出差异表达基因(DEGs),进而预测治疗心肌梗死的潜在中药.方法 下载GSE66360基因芯片,通过分析获得差异表达的基因信息,对DEGs进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,通过String数据库和Cytoscape软件进一步分析得到关键基因,通过关键基因与医学本体信息检索平台(Coremine Medical)相互映射,筛选出治疗急性心肌梗死的潜在中药.结果 筛选出943个差异表达基因.生物过程主要富集在髓样白细胞活化、细胞因子产生的调节、白细胞趋化性等方面,细胞组成主要集中在分泌颗粒腔、膜面、膜的外在成分等,分子功能主要表现在趋化因子受体结合、模式识别受体活性、细胞因子结合等;KEGG分析显示主要参与的信号通路有肿瘤坏死因子(TNF)、缺氧诱导因子-1(HIF-1)和JAK-STAT信号通路等.筛选的关键基因有FPR2、STAT3、CXCL1、CXCL8、UBR4、JUN、PTAFR、FCER1G、GPR84、PLAU,预测出干预急性心肌梗死的潜在中药有蜈蚣(P=0.00330)、黄丝郁金(P=0.00239)、姜黄(P=0.00240)、重楼(P=0.00248)、丹参(P=0.00272)、平贝母(P=0.00371)、人参(P=0.00159)等.结论 活血化瘀药郁金、补气药人参、止咳平喘药贝母等有明显干预急性心肌梗死作用,其作用机制可能与调节免疫、抗炎通路相关.

目的 构建pCDH-Myc-UBR5重组质粒,并探究泛素蛋白连接酶E3组分N-识别蛋白5(UBR5)在调控血管生成方面的生物学功能.方法 以人乳腺癌细胞(MCF7)的互补DNA(cDNA)为模板,将UBR5基因编码区序列分为前后两段,经聚合酶链式反应(PCR)扩增.两段扩增序列插入到真核表达载体pCDH-Myc中,通过菌液PCR及DNA测序鉴定插入片段.将重组质粒瞬时转染至人胚胎肾细胞(HEK293T)中,通过蛋白质印迹法检测Myc-UBR5蛋白的表达.为了验证UBR5蛋白的功能,通过免疫共沉淀实验检测UBR5与先天性角化不良1(DKC1)蛋白的相互作用.结果 成功构建pCDH-Myc-UBR5重组质粒.经菌液PCR及DNA测序证实UBR5扩增序列成功插入到pCDH-Myc载体中,并在HEK293T中表达.免疫共沉淀实验发现UBR5与DKC1存在相互作用.结论 通过分子克隆技术可成功构建pCDH-Myc-UBR5质粒并在细胞中正确表达.UBR5与血管生成调控蛋白DKC1存在相互作用.

[目的]通过比较球孢白僵菌野生型和ubr1基因缺失菌株分生孢子在同一时间点转录组学和蛋白组学的差异表达基因和蛋白及其所属通路,阐明Ubr1影响球孢白僵菌极性生长的机制,为提高球孢白僵菌生物防治潜能提供理论依据.[方法]通过对转录组学和蛋白组学的KEGG分析,获得差异表达基因和蛋白所在代谢调控通路,利用显微镜拍摄菌株在各萌发培养基(germination medium,GM)衍生板中分生孢子萌发的图像验证双组学分析中显著差异的调控通路对分生孢子极性生长的影响.[结果]ubr1基因缺失使分生孢子萌发受损,形成异常弯曲或钩状的芽管.且不论是以转录组,还是以蛋白质组为核心进行双组学KEGG联合分析,二者都能富集到氮代谢、精氨酸和脯氨酸代谢和醚脂类代谢通路.进一步的验证实验表明,球孢白僵菌中ubr1基因缺失引起的精氨酸代谢异常是分生孢子极性生长紊乱的一个重要原因,而半乳糖和氮代谢异常则会导致分生孢子的萌发速率变慢.[结论]Ubr1的缺失使精氨酸代谢受阻,进而导致分生孢子萌发管极性生长异常;同时,也使半乳糖和氮代谢异常导致分生孢子萌发速率延迟.本研究的发现对于认识极性生长的机制具有一定贡献,也拓展了丝状真菌侵染循环中体壁穿透过程的理论认识.