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MeCP2诱导的视网膜色素上皮细胞转录组和m6A的改变
编辑人员丨2天前
目的:探讨重组人甲基CpG结合蛋白2(MeCP2)处理的视网膜色素上皮(RPE)细胞中mRNA和N6-甲基腺嘌呤(m6A)改变及其机制。方法:将传代ARPE-19细胞贴壁培养后分为正常对照组和MeCP2组,正常对照组细胞采用正常培养液培养,MeCP2组细胞于含终质量浓度20 ng/ml重组人MeCP2蛋白培养液中,连续培养72 h。提取细胞内总RNA进行转录组测序(RNA-seq)和甲基化免疫共沉淀测序(MeRIP-seq)分析。采用edgeR软件包根据 P<0.05筛选差异表达基因(DEGs)和差异甲基化基因(DMGs)。采用基因本体论(GO)富集分析对差异基因进行生物学功能描述,采用京都基因和基因组百科全书(KEGG)进行通路富集分析。筛选出DEGs与DMGs交集的基因,采用实时荧光定量PCR技术检测各组差异基因mRNA表达水平。 结果:共筛选出DEGs 100个,DMGs 7 441个,富集分析发现DEGs与细胞外基质(ECM)-受体相互作用、细胞分裂、细胞周期和磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路等相关,DMGs与微管细胞骨架、血管生成、表皮生长因子受体(ErbB)信号通路、晚期糖基化终末产物(AGEs)-糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路、Notch信号通路和转化生长因子β(TGF-β)信号通路等相关。DEGs中24个基因表达增加,76个基因表达减少;DMGs中5个基因含有高甲基化峰,7 439个基因含有低甲基化峰,注释峰后,正常对照组有7 626个基因发生m6A甲基化,MeCP2组有8 006个基因发生m6A甲基化,2个组间有7 360个交集基因。正常对照组和MeCP2组的m6A甲基化富集于转录本的CDS、内含子和3'-非翻译区(3'UTR)区域,其甲基化比例分别为23.62%/22.27%、48.53%/48.35%和23.66%/25.28%。联合分析发现2个上皮-间充质转化(EMT)相关基因 CSPG5和 RBP1的mRNA和m6A水平均降低。荧光定量PCR结果显示,MeCP2组 GSPG5、 RBP1、 ZNF484 mRNA相对表达量均明显低于正常对照组,差异均有统计学意义( t=7.885、7.613、7.345,均 P<0.01)。 结论:RPE细胞中MeCP2对EMT的调控机制与m6A甲基化修饰相关。 CSPG5和 RBP1基因可能是m6A甲基化的靶基因,参与MeCP2调控的EMT过程。
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编辑人员丨2天前
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miR-203调控锌指蛋白281表达对黑素瘤细胞增殖、迁移的影响
编辑人员丨2天前
目的:初步探究微小RNA-203(miR-203)调控锌指蛋白281(ZNF281)对黑素瘤细胞增殖、迁移的影响。方法:常规培养人血管内皮细胞系ECV304、人黑素瘤细胞系A375、M14、SK-MEL-28、SK-MEL-2,实时荧光定量PCR检测各细胞系中miR-203表达情况,Western免疫印迹法检测各细胞系中ZNF281蛋白水平。A375、M14细胞分别分为5组:对照组(细胞正常培养)、miR-203模拟物对照组(加入miR-203模拟物阴性对照)、miR-203抑制剂对照组(加入miR-203抑制剂阴性对照)、miR-203模拟物组(加入miR-203模拟物)、miR-203抑制剂组(加入miR-203抑制剂)。实时荧光定量PCR检测各组A375、M14细胞中miR-203的表达,CCK8法检测各组A375、M14细胞增殖活性,Transwell实验检测各组A375、M14细胞迁移数量,Western免疫印迹法检测各组A375、M14细胞中ZNF281蛋白的表达。双荧光素酶验证miR-203与ZNF281的靶向关系。多组比较采用单因素方差分析,两两比较采用SNK- q法。 结果:与血管内皮细胞系ECV304相比,黑素瘤细胞系A375、M14、SK-MEL-28、SK-MEL-2中miR-203表达水平较低(均 P < 0.05),ZNF281蛋白水平较高(均 P < 0.05)。与对照组、miR-203模拟物对照组、miR-203抑制剂对照组相比,miR-203模拟物组A375、M14细胞中miR-203水平均显著升高( F = 487.632、68.454,均 P < 0.05),细胞迁移数量均显著降低(均 P < 0.05),ZNF281蛋白表达均显著降低(均 P < 0.05);miR-203抑制剂组A375、M14细胞中miR-203表达均显著降低(均 P < 0.05),细胞迁移数量均显著增加(均 P < 0.05),A375细胞中ZNF281蛋白表达显著升高(均 P < 0.05),36、48、60、72 h A375细胞增殖活性显著升高(均 P < 0.05),24、36、48、60、72 h M14细胞增殖活性均显著升高(均 P < 0.05)。miR-203与ZNF281之间存在靶位点。 结论:上调miR-203表达可抑制黑素瘤细胞增殖、迁移,下调miR-203表达可促进黑素瘤细胞增殖、迁移,可能通过调控ZNF281的表达实现。
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编辑人员丨2天前
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产前诊断Xq21.1q21.31微重复1例
编辑人员丨2天前
31岁,G 3P 1,健康状况良好,否认不良接触史、家族遗传病史、传染病史及手术史,系非近亲婚配。12岁时月经初潮,月经周期28~30 d,经期规律。中孕期唐氏血清学筛查提示临界风险,孕19周孕妇无创产前检测提示性染色体异常,于2019年10月24日就诊于吉林大学第一医院。本研究通过了上述医院伦理委员会审查(2021-395),患者及其丈夫签署了知情同意书。孕妇羊水染色体核型为46,X,dup(X)(q21.1q21.3)(图1),羊水染色体微阵列检测提示arr[GRCh37]Xq21.1q21.31(84320022-91308217)×3,即X染色体长臂q21.1q21.31区存在约6.98 Mb重复(图2)。孕妇染色体核型为46,X,dup(X)(q21.1q21.3),丈夫未见异常,提示胎儿X染色体重复区域遗传自胎儿母亲。该重复区域包含 ZNF711、POF1B、CHM等9个OMIM基因,ClinGen数据库显示无基因三倍剂量敏感性证据,DGV数据库、DECIPHER数据库均未收录相似变异的报道,该重复片段致病性判断为临床意义不明。经遗传咨询,夫妇选择继续妊娠,于孕39周娩出1女婴,体质量为3.2 kg,身长50 cm,暂未见先天畸形等异常情况。
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编辑人员丨2天前
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锌指蛋白580过表达对氧糖剥夺SH-SY5Y细胞凋亡的影响及可能机制
编辑人员丨2天前
目的:探讨锌指蛋白580(zinc finger protein 580,ZNF580)在SH-SY5Y细胞系氧糖剥夺(oxygen-glucose deprivation,OGD)模型中的表达情况及其过表达对缺氧缺血神经元凋亡的影响及可能机制。方法:研究分两部分:(1)培养人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞系,分为模型组和对照组,模型组建立OGD模型(95% N 2、5% CO 2、0.1% O 2的三气培养箱37 ℃恒温培养6 h),并于OGD后6、12和24 h提取蛋白,利用蛋白质印迹技术定量检测ZNF580的表达情况。(2)慢病毒转染过表达ZNF580对细胞凋亡及半胱氨酸蛋白酶3的活化形式(cleaved caspase-3)表达的影响:取对照组和模型组OGD后24 h的细胞。过表达组细胞首先通过慢病毒转染技术构建过表达ZNF580细胞,再行OGD处理。采用流式细胞技术检测各组细胞凋亡率,采用蛋白质印迹技术检测cleaved caspase-3的表达。采用两独立样本 t检验、单因素方差分析及LSD- t两两比较进行统计学分析。 结果:(1)与对照组(1.00)相比,模型组OGD后6、12及24 h ZNF580相对表达量分别为1.36±0.05、2.12±0.07和1.69±0.05,均显著升高(LSD- t值分别为9.20、28.26和19.21, P值均<0.001)。(2)对照组、模型组、过表达组细胞凋亡率分别为(1.07±0.56)%、(21.51±1.65)%和(3.42±0.93)%,cleaved caspase-3相对表达量分别为1.00、2.47±0.59和1.70±0.25。与对照组相比,模型组的细胞凋亡率及cleaved caspase-3相对表达量升高(LSD- t值分别为21.98和8.17, P值均为0.001);与模型组相比,过表达组的细胞凋亡率及cleaved caspase-3相对表达量降低(LSD- t=19.45, P=0.001;LSD- t=4.28, P=0.005)。 结论:缺氧缺血可导致ZNF580过表达,ZNF580过表达可能通过抑制cleaved caspase-3表达从而影响其酶解活化来减轻缺氧缺血神经元的凋亡。
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编辑人员丨2天前
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长链非编码RNA锌指蛋白667反义RNA1通过下调微小RNA-296表达抑制胶质瘤细胞U87MG侵袭、转移
编辑人员丨2天前
目的:观察长链非编码RNA(lncRNA)锌指蛋白667反义RNA1(ZNF667-AS1)下调微小RNA(miRNA,miR)-296对胶质瘤细胞U87MG侵袭、转移的影响。方法:双荧光素酶鉴定ZNF667-AS1与miR-296的靶向关系。实验分为对照组、空载体质粒组、sh-ZNF667-AS1组、sh-ZNF667-AS1+阴性对照组、sh-ZNF667-AS1+miR-296 mimic组。空载体质粒组转染pEGFPN1空载体,sh-ZNF667-AS1组转染pEGFPN1-sh-ZNF667-AS1,质粒转染成功后,在sh-ZNF667-AS1组基础上,sh-ZNF667-AS1+阴性对照组转染miR-296 mimic NC,sh-ZNF667-AS1+miR-296 mimic组转染miR-296 mimic。实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测细胞中ZNF667-AS1、miR-296水平;细胞计数试剂盒(CCK-8)检测细胞增殖;Transwell检测细胞侵袭和迁移;蛋白质免疫印迹实验检测细胞中迁移侵袭抑制蛋白(MIIP)、高迁移率族蛋白1(HMGB1)蛋白水平。多组间比较行单因素方差分析,进一步两两比较行SNK- q法。 结果:生物信息学软件(Starbase)分析显示ZNF667-AS1序列上存在miR-296潜在结合位点,且经荧光素酶实验验证,miR-296与ZNF667-AS1呈正相关( P<0.05)。0 h各组细胞吸光度( A450)值差异无统计学意义( F=1.071, P>0.05),12、24、36、48 h各组细胞 A450值比较,差异有统计学意义( F=17.238、93.997、48.271、60.646, P<0.05)。细胞处理48 h,对照组、空载体质粒组、sh-ZNF667-AS1组、sh-ZNF667-AS1+阴性对照组、sh-ZNF667-AS1+miR-296 mimic组中ZNF667-AS1水平分别为1.01±0.12、0.98±0.14、0.44±0.09、0.46±0.07、0.76±0.12;miR-296水平分别为1.01±0.14、1.02±0.13、0.39±0.06、0.42±0.05、0.72±0.09;侵袭细胞数量分别为(83.25±6.05)、(84.37±8.76)、(39.49±4.15)、(42.15±7.42)、(63.18±7.13)个;迁移细胞数量分别为(126.60±8.79)、(124.49±9.12)、(76.16±6.48)、(79.44±12.15)、(118.18±6.86)个,且差异有统计学意义( F=36.498、55.130、58.771、47.314, P<0.05)。 结论:降低ZNF667-AS1表达可下调miR-296表达抑制胶质瘤细胞U87MG侵袭、转移,而过表达miR-296可逆转上述过程。
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编辑人员丨2天前
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转录因子ZNF24在肿瘤中的研究进展
编辑人员丨2024/1/20
转录因子 ZNF24(也称 ZNF191 或 KOX17)是类 Krüppel 锌指转录因子家族成员,N 端有富含亮氨酸(Leu)的SCAN 结构域(又称 LeR 结构域),C 端有 4 个连续的典型的类 Krüppel样锌指模体.ZNF24参与激酶转录活性调控、血管增生、发育等,尤其在肿瘤发生或发展中起着重要的作用,是多功能的转录因子.ZNF24通过调控不同靶基因(如VEGF、Wnt8B、Twist1、β-catenin和DGL1等)的转录表达以及竞争性结合蛋白因子(如β-catenin),在肿瘤的发生、发展、侵袭和转移中起着重要复杂的两面性作用(促进和抑制).因此阐明ZNF24在肿瘤中的作用机理,将为肿瘤的治疗提供线索与思路.本文将对ZNF24在肿瘤中的研究进展作一综述.
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编辑人员丨2024/1/20
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ZNF165基因在食管癌中的表达及其临床意义
编辑人员丨2023/11/25
目的 探索 ZNF165 在食管癌中的表达,分析 ZNF165 表达与食管癌患者临床病理学特征和预后的相关性.方法 通过TCGA和 GEO数据库分析 ZNF165 在食管癌中的表达情况.利用 Logistic 回归分析 ZNF165 表达与食管癌患者临床病理特征的相关性.接着利用 Kaplan-Meier分析、ROC曲线、Cox回归分析 ZNF165 在食管癌患者中的预后价值.通过 TCGA数据库寻找 ZNF165共表达基因,进行 GO生物功能及 KEGG通路富集分析.通过肿瘤免疫评估资源(Tumor Immune Evaluation Resource,TIMER)数据库分析 ZNF165 与食管癌免疫浸润的相关性.最后,通过 qRT-PCR 验证 ZNF165 在人食管癌细胞系和食管癌组织标本中的表达.结果 TCGA和 GEO数据集分析表明,食管癌组织样本中 ZNF165 表达显著高于非肿瘤组织(P<0.05),qRT-PCR 进一步证实了这一点.高表达 ZNF165 的食管癌患者总生存期明显短于 ZNF165 低表达患者(P= 0.024).Cox 回归分析提示,ZNF165 是食管癌患者总生存期的独立预测指标(P=0.005).基于 TNM 分期、组织学分级、年龄和 ZNF165 表达的预测模型能有效预测食管癌患者 1年、3 年及 5 年总生存率.GO生物功能及 KEGG通路富集分析提示,ZNF165 主要参与抗菌体液反应、脂肪消化和吸收、溶质-钠离子共转运活性等生物学过程.免疫相关性分析提示,ZNF165 表达与嗜酸性粒细胞、NK-CD56 bright、Th17 等 24 个免疫细胞具有相关性,与多种免疫细胞表面标志物显著相关.结论 ZNF165 表达与食管癌患者预后及免疫浸润具有相关性,有可能作为食管癌诊断及预后预测的重要生物学靶点.
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编辑人员丨2023/11/25
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伴t(8;17)(p11;q24)易位8p11骨髓增殖综合征一例报告及其受累基因的克隆
编辑人员丨2023/8/6
伴FGFR1异常的髓系和淋巴系肿瘤又称8p11骨髓增殖综合征(EMS),是一种罕见的侵袭性血液肿瘤,其致病机制主要为定位于染色体8p11的FGFR1基因发生断裂重排,与不同的对手基因形成融合,最终导致FGFR1的酪氨酸激酶异常激活,从而使正常造血细胞发生恶性转化[1].2008年,8p11/FGFR1重排被作为特异性分类标志纳入WHO髓系与淋巴组织肿瘤分型.目前,国内外报道的FGFR1对手基因共有15种,最常见的为位于13q12的ZNF198,而MYO18A非常罕见,国内尚未检索到文献报道,国外仅报道1例,且无分子克隆研究[2].现我们报告1例t (8;17) (p11;q23)/MYO18A-FGFR1阳性EMS患者,并对其受累基因进行全长克隆及鉴定.
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编辑人员丨2023/8/6
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氧化苦参碱下调ZNF580以抑制LTC-14细胞分泌细胞外基质的分子机制研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨氧化苦参碱(OM)对转化生长因子-β1(TGF-β1)诱导的大鼠胰腺星状细胞LTC-14中细胞外基质(ECM)分泌的影响及其分子机制.方法 取生长良好的LTC-14细胞株,分为对照组(正常培养的LTC-14细胞),TGF-β1组(10μg/L TGF-β1刺激12 h),TGF-β1+OM组(1 g/L OM预处理30 min,再加入10μg/L TGF-β1刺激12 h),TGF-β1+SiZNF850组(LTC-14细胞中瞬时转染ShRNA-ZNF580质粒,24 h后加入10μg/L TGF-β1刺激12 h).实时定量PCR、Western blot检测细胞内Smad2、Smad3、ZNF580、α-肌动蛋白(α-SMA)、基质金属蛋白酶-2(MMP-2)、基质金属蛋白酶组织抑制剂1(TIMP1)的mRNA和蛋白表达情况,酶联免疫吸附试验(ELISA)检测ECM中胶原蛋白-Ⅰ(Col-Ⅰ)、Col-Ⅲ、纤维连接蛋白(FN)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)和白细胞介素-1β(IL-1β)的分泌情况.结果 TGF-β1诱导的LTC-14细胞中Smad2、Smad3、ZNF580和 α-SMA的mRNA和蛋白表达水平均升高(P<0.05),MMP-2/TIMP1比值下降(P<0.05),且Col-Ⅰ、Col-Ⅲ、FN、TNF-α 和IL-1β 的分泌水平升高(P<0.05);而用OM预处理或沉默ZNF580基因后,LTC-14细胞中TGF-β1/Smads通路Smad2、Smad3、α-SMA和ZNF580的mRNA和蛋白表达水平均下调(P<0.05),MMP-2/TIMP1表达比值升高(P<0.05),细胞外基质Col-Ⅰ、Col-Ⅲ、FN、TNF-α和IL-1β分泌水平均降低(P<0.05).结论 OM通过抑制胰腺星状细胞LTC-14中TGF-β1/Smads通路激活,下调ZNF580,阻滞胰腺星状细胞的活化,使ECM分泌减少、降解增多,减轻胰腺纤维化.ZNF580可能是OM作用的分子靶点.
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编辑人员丨2023/8/6
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锌指蛋白ZNF139抑制骨肉瘤细胞增殖和转移的机制研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨锌指蛋白ZNF139在骨肉瘤细胞和组织中表达,及对骨肉瘤细胞143B增殖和转移的影响,并初步探讨其作用机制.方法 通过qRT-PCR和免疫蛋白印迹实验分析ZNF139在骨肉瘤细胞系和组织中的相对表达;转染pcDNA3.1(+)-ZNF139质粒(实验组)和pcDNA3.1(+)-Vector质粒(对照组)至143B细胞系中,免疫蛋白印迹实验验证ZNF139的过表达;通过CCK 8实验和细胞克隆实验分析ZNF139对细胞增殖的影响;transwell细胞迁移和侵袭实验分析ZNF139对细胞迁移和侵袭的影响;流式细胞周期和凋亡实验验证ZNF139过表达对细胞增殖的作用机制;免疫蛋白印迹实验验证ZNF139基因对p53信号通路的影响.结果 与正常成骨细胞和组织相比,ZNF139在骨肉瘤细胞和组织中的表达明显下调(P<0.001),差异具有统计学意义;与对照组相比(100%),转染后24、48、72 h细胞活性受到明显的抑制(P<0.05),实验组细胞克隆形成明显受到抑制(43.44%±5.55%)(P<0.05);过表达ZNF139后细胞迁移和侵袭能力明显受到抑制(P<0.001);流式细胞实验发现,实验组细胞明显阻滞于G1期(P<0.001),同时实验组中细胞凋亡率明显升高(P<0.001);过表达ZNF139后通过促进p53的表达及下游信号转导.结论 ZNF139在人骨肉瘤瘤组织中表达下调,通过促进p53信号通路参与骨肉瘤的进展.
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编辑人员丨2023/8/6
