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南洋鼠线粒体基因组结构特征及其属级分类关系的分子证据
编辑人员丨1周前
南洋鼠(Chiromyscus langbianis)是亚洲特有的一种树栖鼠类,其属级分类一直存在争议,不同的分类系统将其归入白腹鼠属(Niviventer)或费氏树鼠属(Chiromyscus),影响了对其生物学特性的认识.本研究旨在通过测定和分析南洋鼠的线粒体基因组,探讨其线粒体基因组结构特征,并利用近邻相接法(neighbor-joining method,NJ)和最大似然法(maximum likeli-hood method,ML)构建22个近缘物种线粒体基因组的系统发育树,厘清南洋鼠的属级分类关系.结果表明,南洋鼠线粒体基因组总长度为16 288 bp,包含22个tRNA基因、13个蛋白编码基因、2个rRNA基因和一段非编码区(non-coding region,NCR),线粒体基因组碱基组成为 A 36.6%、T 28.9%、G 15.0%和 C 19.5%,AT 偏斜(AT-skew)为 0.092,GC 偏斜(GC-skew)为-0.337.在22个tRNA基因中,除tRNASer(AGY)缺少D环外,其余的21个tRNA基因均能够折叠成典型的三叶草结构.同时,部分tRNA基因,如tRNAPhe出现了A-A,tRNAVa1、tRNALeu、tRNAI1e出现了C-U等非经典配对,以维持tRNA二级结构的稳定性.基于近邻相接法和最大似然法构建的系统发育树表明,南洋鼠与费氏树鼠属的亲缘关系更近.进一步基于线粒体Cytb和Cox1构建的系统发育树及遗传距离分析结果,均支持南洋鼠划入费氏树鼠属.本研究为南洋鼠的分类地位和系统发育关系提供了分子证据,也为其种群遗传学的研究提供了数据参考.
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编辑人员丨1周前
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鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系的构建及验证
编辑人员丨1周前
目的 建立一种快速、准确、灵敏的多重PCR检测方法,用于同时鉴别6种常见食用肉类(牛、羊、鸡、猪、鹅、鸭),并评估其在肉类食品掺假鉴定中的应用价值.方法 基于GenBank数据库中6个物种的线粒体全基因组序列,筛选具有种内保守性、种间特异性的DNA序列(牛16S rRNA、羊COX-1、鸡Cytb、猪COX-1、鹅NADH2、鸭16S rRNA),并设计物种特异性引物,以此构建一个可同时鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系.对该体系进行种属特异性、灵敏度和重复性研究,并进行模拟混合样品检测.结果 成功构建了一个可同时鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系,该体系在非目标物种的DNA中均未有效扩增;在DNA模板量为0.0625~2 ng/μL时,6个物种的扩增产物均能检见.在鸭肉和牛肉混合比例低至0.5%时,仍能检测到鸭肉成分.结论 本研究构建了一个特异性强、灵敏度高、重复性好的多重PCR检测体系,可准确鉴别6种常见食用肉类食品中的动物源性成分,为我国常见食用肉类及肉制品的掺假鉴定提供了一种简单、实用的检测技术.
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编辑人员丨1周前
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云南省大理白族自治州亚洲带绦虫线粒体Cytb基因遗传多样性分析
编辑人员丨1周前
目的:了解云南省大理白族自治州(简称大理州)亚洲带绦虫线粒体细胞色素b(Cytb)基因的遗传多样性。方法:2019年5月至2021年8月,在大理州血吸虫病防治研究所收治的绦虫病患者中,共采集131份带绦虫样本,涉及大理市(58份),巍山彝族回族自治县(简称巍山县,14份),弥渡县(18份),漾濞彝族自治县(简称漾濞县,24份),洱源县(17份)5个地区(即5个群体)。基于线粒体Cytb基因序列设计引物,采用PCR法扩增Cytb基因部分序列,并进行测序及同源性比对;使用MEGA 7.0、DNASP 5.10.01软件对测得序列进行分析,得到碱基组成、遗传距离、遗传多样性参数、遗传分化指数、基因流等数据。结果:131份带绦虫样本的Cytb基因扩增片段大小均为235 bp,经同源性比对均为亚洲带绦虫,A、T、G、C碱基的平均含量分别为23.8%、42.3%、24.0%、9.9%。131份亚洲带绦虫样本,共定义12个单倍型,单倍型多样性和核酸多样性分别为0.295 9和0.006 0;5个群体间的遗传分化指数和基因流范围分别为- 0.053 00~0.050 40和4.710 31~162.087 66。5个群体间的遗传距离范围为0.003 5~0.009 0,其中弥渡县与巍山县的遗传距离最大,大理市与漾濞县的遗传距离最小。结论:大理州亚洲带绦虫线粒体Cytb基因具有丰富的遗传多样性,各群体间存在频繁的基因交流,未形成显著的遗传分化。
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编辑人员丨1周前
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单体型B与携带线粒体m.1555A>G突变耳聋相关性研究
编辑人员丨1周前
目的:探究单体型B与线粒体m.1555A>G突变致聋的相关性。方法:采集单体型为B且携带m.1555A>G家系(TP023)成员外周血,建立永生化淋巴细胞系作为实验组(D组);选取单体型非B但携带m.1555A>G的永生化淋巴细胞(S组)和单体型为B但不携带m.1555A>G的永生化淋巴细胞(C组)为对照组;分别对三组细胞的线粒体膜电位(mitochondrial membrane potential,MMP)、线粒体蛋白表达、细胞活性氧(reactive oxygen species,ROS)、三磷酸腺苷(adenosine triphosphate,ATP)水平进行检测,评估线粒体功能。结果:相比于C组,D组细胞的MMP下降29.5%( P<0.001),ROS水平上升30.8%( P<0.001),ATP产量下降39.0%( P<0.001),S组细胞MMP下降21.3%( P=0.002),ROS水平上升8.7%( P=0.202),ATP产量下降11.2%( P=0.661);两组细胞的ND4、CytB等蛋白表达均有不同程度的下降。 结论:线粒体单体型B可能是导致m.1555A>G突变携带者的耳聋外显率增高的原因。
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编辑人员丨1周前
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肉制品中牛源性成分芯片数字PCR定量检测方法的建立
编辑人员丨2周前
目的 为了对肉制品中牛肉源性成分进行准确定量,本文采用数字PCR(dPCR)技术对牛肉的线粒体Cytb基因进行定量检测,根据基因拷贝数建立了肉制品中牛肉源性成分PCR的定量检测方法.方法 参照标准设计的牛源性特异性引物、探针,猪源性特异性引物、探针,鸭源性特异性引物、探针以及动物源性成分通用引物、探针,建立了双重数字PCR体系.结果 在一定范围内生鲜牛肉质量与DNA含量、DNA含量与DNA拷贝数之间均呈现明显的线性关系,并以DNA含量为中间值计算出DNA拷贝数(C)与生鲜牛肉质量之间的换算公式:M 牛=0.020 9C+0.676.应用建立的dPCR方法对构建的肉样模型进行检测,结果显示牛肉定量检测值与实际质量基本一致,且受外源物种的干扰小.运用该方法对抽取的10份市售牛肉样品检测,同时通过特异/通用引物扩增的拷贝数之比(%)辅助判断肉制品中是否存在非牛源性的其他动物源性成分掺假,检测出部分样品不符合标签规定.结论 该方法可实现对牛源性成分的量化检测,能够作为区分故意添加和无意污染的依据,为执法监管部门提供有力的技术保障.
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编辑人员丨2周前
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花鲈前脂肪细胞系的建立及油酸诱导分化
编辑人员丨2024/7/27
花鲈(Lateolabrax maculatus)前脂肪细胞系为探索鱼类脂肪细胞分化和脂肪沉积的调控作用及相关分子机制提供了一种新的体外模型.研究将花鲈腹腔脂肪组织用胶原酶消化后原代培养,再以胰酶消化后传代,总共经过150次传代培养后,得到花鲈前脂肪细胞系.进而,染色体核型分析表明该细胞系长期培养仍能保持正常表型,进一步使用线粒体cox1和cytb基因鉴定该细胞系来源于花鲈.用pEGFP-C1质粒转染细胞系,观察到明显的绿色荧光,表明可用于研究外源基因的表达.用不同浓度的油酸培养细胞系,3d后细胞有明显脂滴聚集,7d后脂滴达到最大;油红O染色表明,400 μmol/L油酸诱导7d后细胞即可正常分化成熟.综上所述,实验建立了花鲈前脂肪细胞系,该细胞系形态典型、可正常分化,为后续研究鱼类脂肪细胞分化及脂肪沉积提供了良好的实验材料.
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编辑人员丨2024/7/27
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绿带闭目天蛾和构月天蛾在海南岛及周边大陆的遗传分化
编辑人员丨2024/7/13
海南岛是与周边大陆存在地理隔离的大陆性岛屿,探索该岛屿与邻近大陆上生物的遗传分化有助于理解地理隔离对生物遗传分化的影响.在海南岛及其周边大陆 15 个地点采集两种鳞翅目天蛾科(Lepidoptera:Sphingidae)昆虫(绿带闭目天蛾Callambulyx rubricosa 88 头和构月天蛾Parum colligata 57 头),选择线粒体基因COI、Cytb和核基因 EF-1α作为分子标记开展遗传多样性研究.基于COI-Cytb分析的结果表明,两物种的核苷酸多样性均较低(分别为 0.00434 和 0.00818),且均在广东广西、越南和海南岛群体之间存在明显的谱系地理结构.两个物种在三个群体间均检测出低水平的基因流(Nm分别为0.09-1.22 和0.18-0.57)和高水平的遗传分化(FST分别为 0.29-0.84 和 0.47-0.73).两个物种最高的遗传分化都发生在海南岛与大陆群体之间,且海南岛群体的单倍型数量少于周边大陆群体.Mantel检验结果表明遗传距离与地理距离之间存在显著正相关关系,中性检验结果表明两个物种均未经历显著的种群扩张.综上,研究认为绿带闭目天蛾(C.rubricosa)和构月天蛾(P.colligata)的海南岛群体与邻近大陆群体间的基因交流较少,遗传分化程度较高,推测地理隔离可能是其产生遗传分化的重要原因之一,这一结果将为海南岛生物多样性的保护提供宝贵的建议.
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编辑人员丨2024/7/13
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湖南省爬行动物新纪录——华西腹链蛇及其系统发育分析
编辑人员丨2024/6/1
2023年5月24日于湖南省高望界国家级自然保护区(28°41 ′36"N,110°09′30"E;212m)采集到东亚腹链蛇属(Hebius)一雌性物种标本,经形态特征比较,符合华西腹链蛇(Hebius maximus)形态描述;基于线粒体cytb基因构建的东亚腹链蛇属部分物种的贝叶斯系统发育树显示,该标本与华西腹链蛇(H.maximus)聚为一支,其遗传距离为1.7%~2.2%.综合形态数据与系统发育分析,确定此次采集到的标本为华西腹链蛇.同时,根据已有研究对华西腹链蛇在中国分布情况的报道,确定该标本系湖南省分布新纪录.本研究将湖南省东亚腹链蛇属种类提升至8种.
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编辑人员丨2024/6/1
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RPS6亚基肽段抑制S180肿瘤细胞的分子机制
编辑人员丨2024/5/11
为探究核糖体蛋白RPS6 亚基肽段对S180 肿瘤细胞基因表达的影响及抑制肿瘤细胞的关键分子和信号通路,以S180 荷瘤小鼠为模型,用RPS6 亚基肽段处理S180 荷瘤小鼠,对S180 肿瘤细胞进行Illumina测序获得差异表达的基因,并对这些差异基因进行GO和KEGG分析.基因表达结果显示,RPS6 亚基肽段会导致mt-Cytb、mt-Nd1、Rpl13 基因表达降低,阻碍S180 肿瘤细胞的氧化磷酸化过程.GO分析结果显示,RPS6 亚基肽段抑制肿瘤细胞关键门类集中于质膜和质膜外侧组成成分的变化及免疫反应调节和免疫细胞的激活.差异基因结果显示,RPS6亚基肽段通过增强PRL/PRLR信号,上调Uchl1 基因表达,诱导肿瘤细胞周期停滞.KEGG通路富集分析结果显示,穿孔素(PRF1)和颗粒酶B(GZMB)表达诱导细胞凋亡,同时自然杀伤细胞(natural killer cell,NK)介导的细胞毒性与NF-κB信号通路信号增强,IFN-γ和TNF-α表达上调共同参与RPS6 亚基肽段作用下的S180 肿瘤细胞凋亡,抑制S180 肿瘤细胞增殖.RPS6 亚基肽段导致S180 肿瘤细胞细胞周期停滞,并诱导自然杀伤细胞介导的细胞毒性及NF-κB信号通路的上调导致S180 肿瘤细胞凋亡,为RPS6 亚基肽段在抗肿瘤研究的应用提供一定的理论依据.
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编辑人员丨2024/5/11
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中缅边境盈江县微小按蚊嗜血习性调查
编辑人员丨2024/4/27
为了解中缅边境地区疟疾主要传播媒介微小按蚊的嗜血习性,2021年5-7月在云南省盈江县那邦镇采用紫外诱蚊灯法诱捕蚊虫.捕获的蚊虫进行形态学鉴定并记录雌蚊的吸血情况(腹部鲜红色的为饱血雌蚊),提取初步鉴定为微小按蚊的单只蚊虫基因组DNA,PCR扩增细胞色素C氧化酶亚基1(cox1)基因,阳性产物测序后进行序列比对确定蚊种.多重PCR扩增核糖体DNA第二内转录间隔区(ITS2)序列鉴定亚种,扩增线粒体DNA细胞色素b(cytb)基因鉴定饱血雌蚊的胃血源.共捕获蚊虫3 419只,经形态学初步鉴定为微小按蚊的有303只,其中245只蚊的DNA经PCR扩增出500 bp的cox1阳性条带,其序列与微小按蚊(GenBank登录号:GQ259177.1)的序列一致性均在99%以上.ITS2序列多重PCR扩增结果显示,245只微小按蚊均为A型.20份饱血微小按蚊cytb基因的多重PCR扩增结果显示,4份与人血阳性对照一致、14份与猪血阳性对照一致、2份与牛血阳性对照一致,人血指数、猪血指数和牛血指数分别为0.2(4/20)、0.7(14/20)和0.1(2/20).本研究显示,云南省盈江县优势按蚊种群为微小按蚊,其亚种类型均为A型;嗜血习性为人畜兼食,疟疾传播风险较高.
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编辑人员丨2024/4/27
