目的:探讨hsa_circ_0001776与miR-1265在肺鳞状细胞癌（鳞癌）中的作用及机制。方法:收集2020—2022年于唐山市人民医院治疗的肺鳞癌患者血浆和健康人血浆。肺鳞癌组织芯片和癌旁正常组织芯片于2022年购自上海芯超生物科技有限公司。采用实时定量聚合酶链式反应检测hsa_circ_0001776在肺鳞癌血浆、组织及细胞中的表达情况，荧光原位杂交验证hsa_circ_0001776在肺鳞癌细胞NCI-H1703中的定位。体外培养肺鳞癌细胞NCI-H1703、NCI-H226，分为circ-NC组、过表达hsa_circ_0001776组、miR-NC组、miR-1265 mimic组、过表达hsa_circ_0001776+miR-NC组和过表达hsa_circ_0001776+miR-1265 mimic组，采用细胞计数试剂盒8法、细胞克隆形成实验、Transwell实验和划痕实验以及流式细胞术分别检测过表达hsa_circ_0001776、过表达miR-1265以及过表达hsa_circ_0001776和miR-1265 mimic的挽救实验对肺鳞癌细胞NCI-H1703和NCI-H226的增殖、克隆、侵袭、迁移和凋亡的影响。通过circular RNA Interactome网站预测hsa_circ_0001776下游的miR-1265，双荧光素酶报告基因实验确定hsa_circ_0001776、miR-1265之间的相互作用，裸鼠皮下成瘤实验检测稳定过表达hsa_circ_0001776的NCI-H1703细胞对移植瘤生长的影响。结果:荧光原位杂交结果显示，肺鳞癌组织中hsa_circ_0001776的荧光强度低于癌旁组织，肺鳞癌组织中miR-1265荧光强度高于癌旁组织（均 P＜0.05）。肺鳞癌患者血浆中hsa_circ_0001776的表达水平低于健康人血浆，miR-1265表达水平高于健康人血浆（均 P＜0.05）。肺鳞癌细胞NCI-H1703、NCI-H226和SK-MES-1中hsa_circ_0001776的表达水平均低于支气管上皮细胞BEAS-2B（均 P＜0.05），miR-1265在NCI-H1703、NCI-H226中的相对表达水平高于人支气管上皮细胞BEAS-2B（均 P＜0.05）。hsa_circ_0001776低表达与肺鳞癌患者的年龄、淋巴结转移、临床分期以及肿瘤分期有关（均 P＜0.05）。荧光原位杂交结果显示，hsa_circ_0001776主要在细胞质中表达。双荧光素酶报告实验结果表明，miR-1265与hsa_circ_0001776存在互补结合位点。过表达hsa_circ_0001776组NCI-H1703、NCI-H226细胞吸光度值均低于circ-NC组（均 P＜0.05）。过表达hsa_circ_0001776组细胞克隆数为（52±3）个、（53±4）个，迁移细胞数为（476±17）个、（113±7）个，侵袭细胞数为（100±2）个、（184±2）个，细胞迁移率为（25.00±4.36）%、（36.02±5.55）%，均低于circ-NC组［分别为（104±4）个和（106±2）个，（783±29）个和（517±16）个，（657±45）个和（473±9）个，（48.95±8.69）%和（48.70±1.57）%，均 P＜0.05］。过表达hsa_circ_0001776组细胞凋亡率分别为（24.77±2.30）%和（19.67±1.16）%，均高于circ-NC组［分别为（11.83±1.15）%和（9.50±0.66）%，均 P＜0.05］。miR-1265 mimic组NCI-H1703、NCI-H226细胞吸光度值均高于miR-NC组（均 P＜0.05）。miR-1265 mimic组细胞克隆数为（56±13）个和（51±8）个，迁移细胞数为（556±13）个、（405±6）个，侵袭细胞数为（486±6）个、（359±7）个，细胞迁移率为（68.56±5.51）%、（81.74±8.04）%，均高于miR-NC组［分别为（31±4）个和（21±8）个，（154±19）个和（186±5）个，（227±6）个和（176±7）个，（25.83±4.26）%和（53.12±4.14）%，均 P＜0.05］。miR-1265 mimic组细胞凋亡率分别为（11.83±2.55）%、（17.50±1.05）%，均低于miR-NC组［分别为（32.67±4.44）%、（39.90±2.88）%，均 P＜0.05］。过表达hsa_circ_0001776+miR-1265 mimic组中NCI-H1703、NCI-H226吸光度值均高于过表达hsa_circ_0001776+miR-NC组（均 P＜0.05）。过表达hsa_circ_0001776+miR-1265 mimic组细胞克隆数为（128±15）个和（133±8）个，迁移细胞数为（623±10）个和（310±7）个，侵袭细胞数为（643±16）个和（420±7）个，细胞迁移率为（66.39±4.46）%和（68.60±3.53）%，均高于过表达hsa_circ_0001776+miR-NC组［分别为（86±7）个和（80±16）个，（380±11）个和（115±5）个，（152±7）个和（94±4）个，（31.41±5.91）%和（30.94±0.67）%，均 P＜0.05］。过表达hsa_circ_0001776+miR-1265 mimic组细胞凋亡率分别为（19.27±0.15）%和（11.53±0.75）%，均低于过表达hsa_circ_0001776+miR-NC组［分别为（27.77±1.29）%和（18.43±0.71）%，均 P＜0.05］。裸鼠皮下成瘤实验结果显示，过表达hsa_circ_0001776组肿瘤的体积低于circ-NC组（ P＜0.05）。 结论:肺鳞癌中hsa_circ_0001776呈低表达，hsa_circ_0001776通过靶向miR-1265可抑制肺鳞癌的发展。

目的 通过生物信息学方法及实验验证探索抗中性粒细胞胞质抗体(ANCA)相关性血管炎炎症应答候选基因及潜在的分子机制,为治疗ANCA相关性血管炎潜在炎症靶标提供科学的理论依据.方法 从 GEO数据库检索获得GSE108109 芯片数据,利用R语言相关程序包处理、分析并筛选出差异基因.利用DAVID在线网站进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体(GO)富集分析,并通过STRING网站构建炎症候选基因编码蛋白的相互作用网络.进一步通过miRWalk和DIANA-LncBase 数据库预测并构建内源性竞争性RNA(ceRNA)调控网络,并从网络中筛选出关键基因绘制ROC曲线.纳入西南医科大学附属医院确诊并经肾穿刺活检证实的ANCA相关性血管炎患者肾组织标本进行验证,以非ANCA相关性血管炎患者肾组织标本(IgA肾病、微小病变型肾病)为对照组.对收集到的肾组织标本进行免疫组化染色,并通过免疫组化染色半定量分析计算平均光密度,进一步验证生信分析筛选出的关键基因的表达情况,同时将关键基因的平均光密度值与炎症指标进行Pear-son线性相关性分析.结果 共筛选出差异表达基因 846个,其中 444 个基因表达明显上调,402 个基因表达明显下调.通过KEGG和GO富集分析获得了与炎症调控相关的重要差异表达基因,其中CSF1R和TNFRSF1B为首次在AN-CA相关性血管炎中报道的差异基因.同时构建了包括KC-NQ1OT1-hsa-miR-125a-5p-TNFRSF1B在内的多条内源性竞争RNA(ceRNA)调控轴.收集到ANCA相关性血管炎标本15 例,IgA肾病标本 6 例,微小病变型肾标本 3 例.肾穿组织标本的免疫组化结果提示CSF1R、TNFRSF1B在ANCA相关性血管炎肾组织表达较对照组均有升高,对ANCA组患者临床数据做Pearson相关性分析,得出CSF1R的表达量与中性粒细胞计数含量呈正相关(r=0.587),TNFRSF1B的表达量和血清C反应蛋白含量呈正相关(r=0.646).结论 通过生物信息学的方法筛选出CSF1R和TNFRSF1B等参与炎症调节的关键基因,构建了严密的ceRNA调控网络,并通过免疫组化验证了CSF1R和TNFRSF1B在ANCA血管炎中的表达较对照组升高.为深入探究ANCA相关性血管炎发生发展的炎症分子机制及发掘新的炎症治疗靶点提供科学的理论依据.

目的 建立类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞(rheumatoid arthritis fibroblast like synoviocytes,RA-FLS)背景特异性的microRNA-靶基因和microRNA-小分子互作网络.方法 利用microRNA PCRArray数据(GSE72564)筛选出RA-FLS和骨关节炎对照样本中差异表达的microRNAs,整合多个microRNA-靶基因互作数据库,构建RA-FLS差异表达microRNA与靶基因的功能调控网络;整合microRNA-小分子互作数据,构建RA-FLS差异表达microRNA-小分子调控网络,计算网络中心性,获得核心调控micmRNA及小分子药物节点.结果 获得RA-FLS差异表达microRNA 63个,建立RA-FLS背景特异性的microRNA-靶基因和microRNA-小分子互作网络,筛选出hsa-let-7b-5p、hsa-mir-15b-5p、hsa-mir-218-5p、hsa-mir-30a-5p、hsa-mir-520d-3p五个关键microRNA,5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil)、glucose、1,2,6-Tri-O-galloyl-beta-D-glucopyranose (TGGP)、糖皮质激素(glucocorticoid)四种与RA-FLS密切相关的活性小分子.结论 RA-FLS背景特异性的microRNA-靶基因和microRNA-小分子互作网络的构建,尤其是中心性microRNA和小分子的筛选,有望成为RA-FLS研究的潜在靶点.

目的 分析甲状腺癌病例的循环miRNA与靶向基因的临床相关性.方法 选取2016年2月15日至2017年5月1日来唐山市工人医院接受治疗的60例甲状腺癌病例作为试验组,同期接受甲状腺病理检查的患者23例作为对照组.观察两组甲状腺组织和外周血中相关miRNA的表达情况,并进行相关因素分析.结果 试验组5个miRNA指标均明显高于对照组,差异有统计学意义(P<0.01),hsa-mir-222的表达最高.一般线性模型分析显示,乳头状瘤、肿瘤浸润、远端转移是hsa-mir-181b-2的独立危险因素;乳头状癌、髓样癌、肿瘤浸润、远端转移及肿瘤直径大于4 cm是hsa-mir-221、hsa-mir-34a、hsa-mir-21表达升高的危险因素;hsa-mir-222在乳头状癌中低表达,髓样癌中高表达,肿瘤浸润、远端转移及肿瘤直径大于4 cm是hsa-mir-222高表达的独立危险因素.结论 hsa-mir-181b-2、hsa-mir-221、hsa-mir-34a、hsa-mir-21、hsa-mir-222均与肿瘤的分化、转移和直径相关.

创新点:本研究比较详细地阐明了与神经轴突再生相关的微小RNA(miRNA)、转录因子和靶基因的相互作用关系,为神经系统疾病的恢复奠定基础.方法:本研究从基因表达综合数据库中获得与轴突再生相关的转录因子和基因数据,利用文献报道及生物信息学数据库预测的方法筛选与轴突再生相关的基因靶向miRNA.利用生物信息学方法分析了三者之间的网络作用关系,预测了在相互作用网络中发挥重要作用的节点.最后对目标基因的基因本体(GO)功能进行了富集.结论:通过分析,初步筛选了与神经轴突再生相关的51个miRNA、27个转录因子和59个靶标基因.进一步分析得到359对前馈环路,在此基础上推测了神经轴突再生过程中发挥重要作用的7个核心基因(Nap1l1、Arhgef12、Sema6d、Akt3、Trim2、Rab11fip2和Rps6ka3),6个miRNA(hsa-miR-204-5p、hsa-miR-124-3p、hsa-miR-26a-5p、hsa-miR-16-5p、hsa-miR-17-5p和hsa-miR-15b-5p)和8个转录因子(Smada2、Fli1、Wt1、Sp6、Sp3、Smad4、Smad5和Creb1).

目的 筛选早期甲状腺乳头状癌(PTC)特征性微小RNA(miRNAs,miR)表达谱,旨在寻找一种无创早期诊断PTC标志物.方法 采用基于实时荧光定量聚合酶反应(PCR)的miRNA芯片分析10例早期PTC特征性miRNAs表达谱,采用10例甲状腺结节组织作对照鉴定和验证PTC特征性标记;同时在100例早期PTC患者术前和术后7d外周血、100例甲状腺结节患者外周血、以及100例健康人外周血标本中进行验证分析.结果 与癌旁正常组织比较,早期甲状腺乳头状癌组织中有20种miRNAs表达存在差异,其中11种miRNAs(hsa-miR-21-5p、hsa-miR-31-5p、miR-34a等)上调、9种miRNAs(hsa-miR-15a-Sp、hsa-miR-16-5p 、hsa-miR-26a-5p等)下调;hsa-miR-181 b-5p在良性甲状腺结节标本中表达上调.hsa-miR-21-5p、hsa-miR-146a-5 p、hsa-miR-155-5p、hsa-miR-221-3p、hsa-miR-222-3p、hsa-miR-181b 6种miRNAs在PTC患者术前血清中的表达显著高于健康对照组(六者在PTC组和健康对照组表达中位数分别为:hsa-miR-21-5p(8.25比3.38)、hsa-miR-146a-5p(13.63比3.42)、hsa-miR-155-5p(10.83比3.49)、hsa-miR-221-3p(18.63比3.82)、hsa-miR-222-3p(22.74比3.92)、hsa-miR-181b(9.52比3.43),均P=0.000.术后7d血清hsa-miR-146a-5p、hsa-miR-221-3 p、hsa-miR-222-3p水平均显著下调(均P=0.000).结论 筛选出hsa-miR-146a-5p、hsa-miR-221-3p、hsa-miR-222-3p 3种miRNAs分子组合作为早期PTC外周血循环miRNAs指纹图谱,有助于PTC早期诊断.

目的 膀胱癌是最常见的泌尿系统恶性肿瘤,其中90%以上为膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma,BUC).目前寻找新的生物标志物用于BUC的早期诊断已经成为一个热点研究问题.本研究通过从The Cancer Ge-nome Atlas(TCGA)数据库中的BUC组织样本mRNA和miRNA数据中挖掘出对BUC诊断效果较好的mRNA和miRNA,为BUC的早期诊断研究提供重要的参考依据.方法 对TCGA中截至2016-01-28下载的BUC组织样本mR-NA和miRNA表达数据进行差异表达分析、靶基因预测分析、相关性分析和诊断效果评价.结果 hsa-miR-17、hsa-miR-93、hsa-miR-20a、hsa-miR-429、hsa-miR-15a、hsa-miR-92a、hsa-miR-181b和hsa-miR-200c均在BUC中显著高表达,P<0.001;而NR4A3、PID1、DUSP1、BCL2、TP53INP2、RECK、CCND2、CFL2、RBPMS2、ZEB1和ITGA5均在BUC中显著低表达,P<0.001.靶基因预测分析结果显示,hsa-miR-17可能靶基因为CCND2和NR4A3;hsa-miR-93可能靶基因为CCND2、CFL2和NR4A3;hsa-miR-429可能靶基因为ZEB1;hsa-miR-15a可能靶基因为PID1、RECK和CCND2;hsa-miR-200c可能靶基因为DUSP1;hsa-miR-20a可能靶基因为TP53INP2、NR4A3和CFL2;hsa-miR-92a可能靶基因为ITGA5和RBPMS2;hsa-miR-181b可能靶基因为Bcl-2.Spearman等级相关分析结果显示,筛选出的8个miRNA和11个mRNA均与BUC的病理发展过程相关.另外,3个组合标志物hsa-miR-93/NR4A3、hsa-miR-17/NR4A3和hsa-miR-20a/NR4A3的受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积、灵敏度、特异度和约登指数均>0.9.结论 hsa-miR-93/NR4A3、hsa-miR-17/NR4A3和hsa-miR-20a/NR4A3可能是BUC的潜在生物标志物.

目的 初步筛选食管癌高发区食管鳞癌患者血清中差异表达的小分子RNAs(miRNAs).方法 选择52例食管鳞癌患者(观察组)、52名健康查体者(对照组),均抽取空腹静脉血4 mL.采用AgilentTM高通量miRNA微阵列芯片检测二者血清中miRNAs.结果 与对照组比较,观察组26个miRNAs(hsa-let-7b-5 p、hsa-miR-107 、hsa-miR-1207-5p、hsa-miR-1238-3p、hsa-miR-1246、hsa-miR-1290、hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-16-5p、hsa-miR-19b-3p、hsa-miR-223-3p、hsa-miR-25-3p、hsa-miR-320c、hsa-miR-3663-3p、hsa-miR-4281、hsa-miR-4455、hsa-miR-4516、hsa-miR-451a、hsa-miR-4532、hsa-miR-4634、hsa-miR-4687-3p、hsa-miR-4763-3p、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-574-5p、hsa-miR-6090 、hsa-miR-6515-3p 、hsa-miR-92a-3p)的荧光信号强度FC绝对值均＞2,P均＜0.05,FDR均＜0.1.结论 食管鳞癌患者血清中hsa-let-7 b-5p、hsa-miR-107、hsa-miR-1207-5p、hsa-miR-1238-3p、hsa-miR-1246、hsa-miR-1290、hsa-miR-15 a-5p、hsa-miR-16-5p、hsa-miR-19b-3p、hsa-miR-223-3p、hsa-miR-25-3p、hsa-miR-320c、hsa-miR-3663-3p、hsa-miR-4281、hsa-miR-4455、hsa-miR-4516、hsa-miR-451a、hsa-miR-4532、hsa-miR-4634、hsa-miR-4687-3p、hsa-miR-4763-3p、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-574-5p、hsa-miR-6090、hsa-miR-6515-3p、hsa-miR-92a-3p差异表达.26个miRNAs可能与食管鳞癌的发生、发展有关.

目的 筛选ER阳性乳腺癌中受miRNA调控的关键基因,以此构建乳腺癌中miRNA-mRNA互作网络,进而了解ER阳性乳腺癌的调控机制,为筛选ER阳性乳腺癌诊断预后的生物标志物和治疗靶点打下基础.方法 利用MCF-7细胞系的AGO-IP(HITS-CLIP Protocol for Argonaute)高通测序实验数据,发现miRNA对mRNA的真实调控关系,并以此构建基于RNAs诱导的沉默复合体(RNA-induced silencing complex,RISCs)miRNA-mRNA调控模组.根据调控模组利用蚁群优化算法在基因互作网络中筛选关键基因,构建ER阳性乳腺癌中miRNA调控下的关键基因互作网络,并对关键基因进行功能分析.结果 本研究筛选出106个关键基因,244个调控关键基因的miRNA.根据乳腺癌中miRNA调控的关键基因互作网络识别出了YWHAG、EP300、CHEK1、SMAD2、SMAD1、SYK、FGFR1、PIK3R2、IRS1、TGFBR2、CHUK和CSDE1等12个hub基因;并发现了hsa-miR-940、hsa-miR-545-3p、hsa-miR-3065-5p、hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-181b-5p、hsa-miR-16-5p、hsa-miR-765、hsa-miR-4723-5p、hsa-miR-454-3p、hsa-miR-374a-5p、hsa-miR-34a-5p、hsa-miR-30e-5p、hsa-miR-19a-3p、hsa-miR-15b-5p、hsa-miR-149-5p和hsa-miR-128-3p等16个hub miRNA.这些基因主要对肿瘤细胞的增殖、侵袭、化疗抗性、放疗抗性和耐药性起重要作用.结论 本研究筛选出的关键基因及调控关键基因的miRNA对ER阳性乳腺癌的耐药性、化疗抗性、放疗抗性及肿瘤细胞的增殖、侵袭有重要调控作用,对ER阳性乳腺癌临床治疗及预后起到重要参考作用.

目的 miRNA在骨质疏松症的发生发展过程中发挥重要作用.文中旨在筛选与骨质疏松症密切相关的miR-NA和基因,完成骨质疏松症miRNA-mRNA调控网络的构建.方法 通过GEO数据库查找骨质疏松症的基因芯片表达谱,采用GEO2R进行分析并筛选差异表达基因(DEGs)和差异表达miRNA,采用火山图对差异基因和miRNA进行展示,然后通过David在线数据库完成GO和KEGG通路分析,String在线数据库用于完成PPI蛋白网络分析.采用TargetScan、miRTarBase和miRDB预测靶基因,最后通过Cytoscape软件进行PPI和miRNA-mRNA调控网络可视化.结果 通过筛选得到15个差异miRNA和174个差异表达基因.通过GO和KEGG通路分析得到25条GO功能注释,生物过程包括对药物的反应、血管生成、离子迁移、GTPase介导的信号转导的调控、适应性免疫反应等,KEGG富集分析得到NF-κB信号通路、HIF-1信号通路和谷胱甘肽代谢.通过cytohubba插件得到10个hub基因,分别为:CDH2、POLR2A、KLF4、CCND1、SOX4、NCBP2、VEGFA、PKLR、EP300、HNRNPL.7个miRNA(2个上调的miRNA,5个下调miRNA)分别为:hsa-miR-18b-5p,hsa-miR-194-5p上调,hsa-miR-4768-3p,hsa-miR-4269,hsa-miR-4717-3p,hsa-miR-629-3p,hsa-miR-4793-3p下调.对7个miRNA进行预测得到3065个靶基因,然后与174个DEGs交集得到44个交集基因,最后成功构建miRNA-mRNA网络调控图.hsa-miR-4269和hsa-miR-194-5p与其调控的靶基因表达呈现正相关关系比较多.结论 miR-194-5p在骨质疏松症中显著上调,可能通过调控其靶基因CDH2在骨质疏松症中发挥重要作用,为骨质疏松症的诊断和治疗提供了候选靶点.