[目的]采用网络药理学与生物信息预测分析并结合体内与分子实验验证百合抗焦虑抗抑郁的作用机制.[方法]采用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索百合抗焦虑抗抑郁的潜在活性成分;通过治疗靶点数据库(Therapeutic Target Database,TTD)检索活性成分抗焦虑抗抑郁的潜在作用靶标,构建成分与靶标网络;采用REACTOME与g:Profiler软件进行基因本体(gene ontology,GO)分析,京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)、REAC 和 WikiPathways 代谢通路(WikiPathways,WP)富集分析.以行为绝望抑郁悬尾和强迫游泳实验评价百合水提液抗抑郁活性,以酶联免疫吸附试验(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)检测ICR小鼠海马内神经递质含量,以实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time polymerase chain reaction,Real-time PCR)分析抑郁小鼠脑内抑郁相关基因表达水平.[结果]百合通过β-谷甾醇、3-去甲基秋水仙碱与26-O-β-D-吡喃葡萄糖基-3β,26-二羟基胆甾烷-16,22-二氧基-3-0-α-L-鼠李糖基-(1→2)-β-D-吡喃葡萄糖苷等5个潜在活性成分,可通过调控hsa-miR-203和hsa-miR-206等miRNAs与特异性蛋白 1(specificity protein 1,SP1)、RE1沉默转录因子(RE1 silencing transcription factor,REST)和CCCTC 结合因子(CCCTC-binding factor,CTCF)等转录因子的表达,进而共同调控蛋白激酶C epsilon型(protein kinase C epsilon,PRKCE)、γ-氨基丁酸 B 型受体亚基 2(gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2,GABBR2)、γ-氨基丁酸 A 型受体亚基 p2(gamma-aminobutyric acid type A receptor subunit beta 2,GABRB2)和溶质载体家族6 成员 4(solute carrier family 6 member 4,SLC6A4)等基因的表达,可能最终影响了 γ-氨基丁酸通路、5-羟色胺通路、G蛋白偶联受体通路和单胺氧化酶通路等,增加抑郁小鼠脑内神经递质含量,发挥抗焦虑抗抑郁作用.[结论]采用网络药理学、生物信息预测以及实验验证百合抗焦虑抗抑郁的活性成分、潜在靶标和信号通路,为百合抗焦虑抗抑郁研究提供参考.

目的 探讨血清 hsa-miR-34a-3p 及 hsa-miR-206 表达对妊娠合并甲状腺功能减退(简称甲减)患者子代心肌损害的预测价值.方法 选取 2019 年 8 月至 2021 年 8 月宜宾市第二人民医院收治的妊娠合并甲减患者 248 例作为观察组,另选取同期健康体检孕妇 236 例为对照组,均采用实时荧光定量聚合酶链反应法检测血清hsa-miR-34a-3p 及hsa-miR-206 表达情况并进行比较;随访至妊娠结束,观察并比较两组子代心肌损害发生情况;观察组根据子代是否发生心肌损害将妊娠合并甲减患者进一步分为发生组和未发生组,比较此两组血清hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206 水平;采用多因素 Logistic 回归分析法分析妊娠合并甲减患者子代心肌损害的影响因素,受试者工作特征(ROC)曲线分析各血清指标单项及联合对妊娠合并甲减患者子代心肌损害的预测价值.结果 观察组血清hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206 水平高于对照组(P<0.05);随访至妊娠结束,观察组子代心肌损害的发生率为 20.97%(52/248),对照组子代心肌损害的发生率为 1.69%(4/236);发生组血清hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206 水平高于未发生组(P<0.05);多因素 Logistic 回归分析显示血清 hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206、促甲状腺激素(TSH)、游离三碘甲状腺原氨酸(FT3)、游离甲状腺素(FT4)、总三碘甲状腺原氨酸(TT3)、总甲状腺素(TT4)均是影响妊娠合并甲减患者子代心肌损害的影响因素(P<0.05);ROC曲线分析显示,hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206 联合预测妊娠合并甲减患者子代心肌损害的灵敏度均高于单独预测(P<0.05),曲线下面积(AUC)也高于单独预测(P<0.05),特异度与单独预测比较差异无统计学意义(P>0.05).结论 妊娠合并甲减患者血清hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206 水平异常升高,此可能会增加子代心肌损害发生风险,且二者对妊娠合并甲减患者子代心肌损害具有一定的预测价值.

目的 检测肝癌患者血清中miRNA的表达水平.方法 提取肝癌患者血清中的miRNA进行芯片杂交测序,并用qRT-PCR的方法比较确定患者miRNA与健康对照的表达水平变化,检测手术前手术后肝癌患者血清中相关miRNA的表达水平变化.结果 与健康对照组相比,肝癌患者血清中hsa-miR-206、hsa-miR-20a-3p、hsa-miR-411-5p、hsa-miR-122和has-miR-423水平明显升高,术后hsa-miR-206、hsa-miR-411-5p、hsa-miR-122和has-miR-423水平显著降低;hsa-miR-26a-5p、hsa-miR-455-5p、hsa-miR-30e-3p、hsa-let-7f-5p和hsa-miR-6852水平显著降低,术后hsa-miR-26a-5p和hsa-miR-455-5p水平显著回升.结论 血清miRNA可作为肝癌诊断的依据,并能反映疾病发展过程.

目的 通过生物信息学分析方法筛选滑膜肉瘤组织中关键lncRNA、microRNAs和mRNA,阐述其互相作用机制以及关键信号通路.方法 通过Gene Expression Omnibus (GEO)在线数据库检索并下载人滑膜肉瘤转录组数据,并应用基因本体论分析(Gene Ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)、竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ceRNAs)互作网络分析和蛋白互作网络分析(Protein-Protein Interaction,PPI)对差异表达基因进行深入分析.结果 共4个数据集纳入本项研究包括GSE28866,GSE 18546,GSE2719和GSE42977,包含21个滑膜肉瘤组织和56个正常对照组织,在这些数据集中共获取了12个差异表达的lncRNA,119个差异表达的miRNA和1637个差异表达的mRNA.构建ceRNA调控网络并展示lncRNA-miRNA-mRNA之间的调控作用,发现6个IncRNA(RP11-123K19.1,RP11-261N11.8,MEG3,FOXD2-AS1,CTD-2228K2.7,LINC00982)和7个miRNA(hsa-miR-142-5p,bsa-miR-548c-3p,hsa-miR-1224-5p,hsa-miR-133b,hsa-miR-206,hsa-miR-378-3p,hsa-miR-765)在滑膜肉瘤病变中具有重要作用.KEGG分析示滑膜肉瘤病变与47个信号通路显著相关(P＜0.05),特别是癌症中转录失调的信号通路(P=5.56×10-8).PPI互作网络分析展示了154种蛋白质,6种转录因子和10个信号通路之间的相互作用.结论 通过对在线数据库进行生物信息学分析,滑膜肉瘤的多个关键分子靶点和信号通路被确认,有助于对滑膜肉瘤病变分子发病机制进行深入研究.

目的 预测并初步验证乳腺癌中靶向抑制8号染色体开放阅读框33(C8orf33)基因表达的微小RNA(miRNA).方法 使用癌症基因组图谱(TCGA)高通量数据进行泛癌症分析,首次发现包括乳腺癌在内的多种肿瘤组织中C8orf33基因较正常组织高表达,使用该数据库进一步分析发现C8orf33基因在不同肿瘤组织中表达也有差异性.使用Oncomine对上述结果进行验证,Oncomine分析结果与TCGA高通量数据分析结果相一致.进一步通过starBase V2.0中PITA、clipExpNum和miRmap 3种软件预测可靶向抑制C8orf33基因表达的miRNA,分析结果取交集.使用TCGA RNAseq数据库对分析交集结果进行验证,进一步确定miR-NA与C8orf33基因表达的相关性.结果 TCGA数据分析结果发现C8orf33基因在膀胱癌、乳腺癌、卵巢癌和肺鳞癌组织中表达水平均高于正常组织.Oncomine验证结果发现C8orf33基因在包括乳腺癌在内的多种肿瘤组织中表达水平与正常组织不同,且在多种肿瘤组织中表达水平有差异.PITA、clipExpNum和miRmap软件进行预测并取交集获得9个miRNA,分别为:hsa-miR-370、hsa-miR-501、hsa-miR-502、hsa-miR-6131、hsa-miR-1294、hsa-miR-206、hsa-miR-328、hsa-miR-1321和hsa-miR-1-2.使用LinkedOmics网站访问TCGA数据库,分别验证预测所得的9个miRNA在乳腺癌组织中与C8orf33基因表达的相关性.分析结果发现hsa-miR-370与C8orf33基因表达呈负相关(r=-0.124,P=0.026)、hsa-miR-1294与C8orf33基因表达呈负相关(r=-0.116,P=0.001)、hsa-miR-1-2与C8orf33基因表达呈负相关(r=-0.108,P=0.003),其余miRNA与C8orf33基因表达均无相关性.结论 乳腺癌中hsa-miR-370、hsa-miR-1294和hsa-miR-1-2具有潜在靶向抑制C8orf33基因表达的功能,可为乳腺癌诊断治疗提供新思路.

目的 应用生物信息学方法 分析hsa-miR-206序列,并进行靶基因功能富集分析、信号通路富集分析,靶基因编码蛋白相互作用分析,为后续研究其功能提供理论基础.方法 通过miRbase、TargetScan、DIANA-microT、MiRDB据库、VENN在线工具、DAVID在线数据库、STRING数据库及Cytoscape软件等在线工具分析hsa-miR-206序列及保守性,预测其靶基因,对预测的靶基因进行功能富集分析(GO分析)、KEGG通路富集分析,并筛选出关键基因.结果 hsa-miR-206序列在各物种间高度保守,GO分析发现hsa-miR-206靶基因功能主要富集在生物合成调节、有机物代谢过程调节、转录调节等生物学过程,KEGG分析表明主要参与Wnt信号通路、T细胞受体信号通路、癌症通路等.蛋白互作显示编码蛋白间存在复杂的相互作用,与hsa-miR-206关系最密切的蛋白有27个,如天冬氨酸-谷氨酸-丙氨酸-天冬氨酸盒解螺旋酶5(DDX5)、人远端上游原件结合蛋白(FUBP1)、天冬氨酸-谷氨酸-丙氨酸-组氨酸盒解螺旋酶15(DHX15)等.结论 hsa-miR-206可能参与肿瘤发生发展中重要的生物学过程及调控机制,为进一步实验验证提供了线索.

目的 研究OBI患者血浆特征性miRNA表达谱,为进一步明确miRNAs在其发生和发展中相关分子机制奠定基础.方法 收集2017年11月-2018年9月在本站初筛HBsAg-/HBV-DNA+并经随访确诊为OBI的无偿献血者血浆,同时收集年龄、性别相匹配的23名健康献血者血浆.从中分别选取3例应用miRNA测序技术进行miR-NA表达谱分析;随后采用qRT-PCR对有显著差异表达的miRNAs进行验证;最后通过TargetScan7.1和miRDB v5对筛选出的miRNAs的靶基因进行预测,并对靶基因进行KEGG通路和GO功能富集分析.结果 与健康献血者相比,OBI患者血浆中有32个miRNAs表达存在统计学差异(FC≥1.5,P＜0.1,CPM≥1),包括16个上调的hsa-miR-7706,-511-5p,-1299,-3913-5p,-99b-3p,-503-5p,-296-3p,-501-3p,-3158-3p,-3615,-15b-5p,-451a,-486-5p,-25-3p,-106b-3p,-92a-3p,和16个下调的hsa-miR-187-3p,-219a-5p,-491-5p,-514a-3p,-221-5p,-132-5p,-203a-3p,-3168,-206,-218-5p,-1224-5p,-1-3p,-9-5p,-30a-5p,-30c-5p,let-7f-2-3p.生物信息学分析表明,这些差异表达的miRNAs主要参与基因表达和转录、细胞发育和代谢、蛋白修饰和激酶活性调控等相关的多种生物学过程,以及包括PI3K/Akt在内的多条信号通路.最后,qRT-PCR验证结果显示,在OBI患者血浆中hsa-miR-486-5p,-25-3p和-92a-3p表达量显著高于健康献血者,hsa-miR-1-3p显著低于健康献血者(P均＜0.05),与测序结果相符合;尽管hsa-miR-206表达量也低于健康献血者,但无统计学意义.结论 在OBI患者血浆中同样存在特征性miRNA表达谱,其在HBV感染的特定过程中可能起到重要作用,将其筛选鉴定出有助于对OBI的病理机制的阐述和将来在临床辅助筛查诊断中的应用.

目的 探讨微小型RNA miR-206对卵巢癌细胞CA-OV3生长及运动特性影响及作用机制.方法 生物信息预测miR-206靶向基因,荧光素酶实验验证其靶向关系.细胞分为Control、miR-206 mimic、pc-MAPK1及miR-206 mimic+pc-MAPK1组,qRT-PCR检测miR-206表达,Brdu染色检测细胞生长,Transwell检测细胞侵袭,Western blot法检测促分裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、上皮型钙黏附蛋白(E-cad-herin)、波形蛋白(vimentin)、cAMP反应元件结合蛋白(CREB)、磷酸化CREB(P-CREB)、Ets样转录因子-1(Elk-1)、P-Elk-1、c-Myc、P-c-Myc及血管内皮生长因子(VEGF)表达.建立经或未经miR-206转染的CAOV3细胞裸鼠皮下移植瘤,测量移植瘤体积,qRT-PCR检测miR-206及MAPK1表达水平,Western blot法检测Elk-1、P-Elk-1、原癌基因(c-Myc)及P-c-Myc表达,免疫组化检测Ki67及vimentin表达.结果 miR-206靶向抑制MAPK1;与Control组相比,miR-206 mimic组BrdU阳性细胞百分比、侵袭细胞数降低(t=4.27,P=0.002;t=3.43,P=0.008),E-cadherin表达提高(t=4.13,P=0.003),vimentin表达、P-CREB/CREB、P-Elk-1/Elk-1及P-c-Myc/c-Myc比值下调(t=3.51,P=0.007;t=3.27,P=0.010;t=3.26,P=0.010;t=3.28,P=0.010).miR-206 mimic减小裸鼠皮下CAOV3细胞移植瘤体积(t=6.51,P<0.001),提高移植瘤组织中miR-206表达(t=4.65,P=0.001),降低MAPK1 mRNA水平、VEGF表达、P-Elk-1/Elk-1及P-c-Myc/c-Myc比值(t=3.86,P=0.004;t=3.37,P=0.009;t=3.34,P=0.009;t=3.40,P=0.008),减少Ki67及Vimentin阳性细胞百分比(t=4.45,P=0.002;t=4.22,P=0.002).结论 过表达miR-206可通过阻碍MAPK通路活化抑制卵巢癌CAOV3细胞生长及运动.

基于转录组数据挖掘和生物分子网络分析的整合研究策略,发现雷公藤多苷片治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的候选疗效标志,并构建其疗效预测模型.从临床收集接受雷公藤多苷片治疗的RA患者外周血样本,提取外周血单个核细胞(PBMC),整合全基因组表达谱特征分别获得雷公藤多苷片治疗RA疗效差异mRNA 360个(185个上调,175个下调)、miRNA 24个(7上调,17下调).基于miRanada和TargetScan数据库共获得206个差异miRNA靶基因,建立miRNAs-靶mRNA共表达调控网络及miRNA介导的基因表达调控网络,并通过网络拓扑特征计算,筛选到3个候选疗效标志miRNAs(hsa-miR-4720-5p,hsa-miR-374b-5p,hsa-miR-185-3p).基于上述3个候选标志在RA患者外周血样本中的表达量,采用偏最小二乘法,构建雷公藤多苷片治疗RA药效预测模型.通过5轮的交叉验证,该模型对雷公藤多苷片治疗RA的疗效预测准确率(ACC)分别为100.00％,100.00％,100.00％,66.67％,66.67％,受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)曲线下面积(AUC)均为1.00,表明该模型的预测性能良好且稳定.雷公藤多苷片治疗RA的疗效预测模型有助于临床筛选适用雷公藤多苷片治疗的RA患者,为临床制定RA个体化精准治疗方案提供一种新型、高效且无创的辅助工具.

目的:探索LINC00092在肝性脑病(HE)的发生发展中的作用机制.方法:从基因表达数据库(GEO)下载芯片GSE57193的数据,并使用R-limma包筛选出HE组和健康对照组中的差异表达基因,接着利用R-clusterProfiler包对差异表达基因进行京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析.从miRcode数据库预测差异表达长链非编码RNA(LncRNA)靶向的miRNA,然后使用Targetscan、miRdb和miRTarBase预测miRNA靶向的mRNA,与差异表达mRNA取交集得到目标mRNA,Cytoscape用于构建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络.通过RNA结合蛋白数据库预测LINC00092的结合蛋白,根据表达的相关性和RNA结合蛋白,提出LINC00092在肝性脑病中的机制假说.结果:从正常脑组织中筛选出HE的9个特异的LncRNA和728个特异的mRNA,其中LINC00092相对健康对照组在HE中特异性高表达.差异表达基因的KEGG富集分析显示它们主要集中在脂肪酸降解、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路、矿物质的吸收、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸的降解、β-丙氨酸新陈代谢、脂肪酸代谢通路上.结合ceRNA网络和LINC00092的结合蛋白,LINC00092在HE中可能存在3个调控路径:(1)LINC00092/hsa-miR206/GJA1轴介导谷氨酸的神经兴奋性毒性损伤;(2)LINC00092/hsa-miR184/LRRC8A轴介导星形胶质细胞的溶胀激活和ATP诱导的兴奋性氨基酸释放;(3)LINC00092-A2BP1轴介导的谷氨酸再摄取.结论:LINC00092在HE中特异性高表达,一方面通过半通道和体积调节阴离子通道介导谷氨酸的释放,同时使细胞内线粒体Ca2+超载而造成神经元功能障碍和细胞死亡,另一方面LINC00092-A2BP1轴介导的谷氨酸-谷氨酰胺循环障碍,导致谷氨酸的细胞外蓄积,两方面共同导致神经元的兴奋性毒性.