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胃癌组织miR-23a-3p、miR-361-5p表达与PI3K/AKT/mTOR信号通路和预后的关系研究
编辑人员丨4天前
目的 探讨胃癌组织微小核糖核酸(miR)-23a-3p、miR-361-5p表达与磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路和预后的关系.方法 采用实时荧光定量聚合酶链反应检测120例胃癌患者胃癌组织与癌旁组织中miR-23a-3p、miR-361-5p、PI3K mRNA、AKT mRNA、mTOR mRNA 表达.Pearson 相关分析胃癌组织中 miR-23a-3p、miR-361-5p 表达与 PI3K mRNA、AKT mR-NA、mTOR mRNA表达的相关性,以及分析miR-23a-3p、miR-361-5p表达与胃癌患者临床病理特征的关系.Kaplan-Meier生存分析胃癌组织中不同miR-23a-3p、miR-361-5p表达与胃癌患者生存预后的关系.单因素及多因素COX回归分析影响胃癌患者生存预后因素.结果 相比于癌旁组织,胃癌组织中miR-23a-3p、miR-361-5p表达明显较低,而PI3K mRNA、AKT mRNA、mTOR mRNA表达明显较高,差异有统计学意义(均P<0.05).Pearson 相关分析结果显示,胃癌组织中 miR-23a-3p、miR-361-5p 表达与 PI3K mRNA、AKT mR-NA、mTOR mRNA表达呈负相关(均P<0.05).不同肿瘤TNM分期、肿瘤分化程度、术后辅助化疗及淋巴结转移的胃癌患者胃癌组织中miR-23a-3p、miR-361-5p表达比较,差异有统计学意义(均P<0.05).miR-23a-3p低表达胃癌患者3年总体生存率为46.77%(29/62),低于miR-23a-3p高表达胃癌患者3年总体生存率[81.03%(47/58)],差异有统计学意义(Log-Rank x2=30.243,P<0.001).miR-361-5p 低表达胃癌患者 3 年总体生存率为50.79%(32/63),低于miR-361-5p高表达胃癌患者3年总体生存率[77.19%(44/57)],差异有统计学意义(Log-Rank x2=24.932,P<0.001).单因素及多因素Cox回归分析结果显示,TNM分期Ⅲ期、有淋巴结转移、无术后辅助化疗、miR-23a-3p低表达、miR-361-5p低表达是影响胃癌患者不良预后的独立危险因素(P<0.05).结论 胃癌患者胃癌组织中miR-23a-3p、miR-361-5p表达降低,二者表达与PI3K/AKT/mTOR信号通路有关,是潜在的胃癌预后相关的肿瘤标志物.
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编辑人员丨4天前
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新生儿缺血缺氧性脑病ceRNA调控网络构建分析
编辑人员丨4天前
目的 分析并构建新生儿缺血缺氧性脑病(hypoxic-ischemic encephalopathy,HIE)竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)的调控网络,筛选预测缺血缺氧性脑病诊治的潜在靶点.方法 通过TCGA和GEO数据库获取HIE的非编码RNA高通量测序数据,并进行差异基因分析.根据ceRNA理论构建出circRNA(circular RNA)-miRNA-mRNA网络,进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路和基因本体理论(Gene Ontology,GO)分享,探索和功能注释具有ceRNA潜在功能的circRNA.结果 对GSE121178数据集进行筛选,获得差异circRNAs165个,其中上调59个,下调106个;对GSE181127数据集进行筛选,获得差异miRNAs 63个,其中上调60个,下调3个.用miRecords、miRTarBase、TarBase数据库对获得差异miRNAs进行靶点mRNA预测,并对3个数据库预测结果取交集,共获得11个靶点mRNA(PIK3R1、BACE3、VEGFA、PPP2R2A、LATS2、WDR82、VEZT、TUBA1A、THBS1、SLC7A6、CDK6).经阈值筛选,筛选了10个共表达circRNAs、4个共表达miRNAs和11个共表达mRNAs,构建circRNA-miRNA-mRNA网络.KEGG富集分析显示:HIE涉及的20个交集蛋白在信号通路中,较为靠前的10条信号通路包括T细胞受体信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路、ErbB信号通路、胰岛素抵抗、酪氨酸激酶抑制作用、细胞衰老和细胞周期等靶点.说明这些信号通路或与HIE的发生有关.动物实验表明:模型组大鼠神经功能缺损评分高于空白组(P<0.001).模型组miR-31-5p的mRNA表达水平明显低于空白组(P<0.05),模型组中miR-520g-3p,miR-30a-5p,miR-29a-3p表达水平明显高于空白组(P<0.05);WB显示,模型组中CDK6、THBS1和TUBA1的表达水平明显高于空白组(P<0.05),模型组中VEZT和WDR82的表达水平明显低于空白组(P<0.05).结论 构建了HIE的circRNA-miRNA-mRNA调控网络,找到了疾病的潜在治疗靶点,为HIE的诊治提供了新方向.
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编辑人员丨4天前
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焦亡相关基因在膀胱癌中的作用鉴定与预后分析研究
编辑人员丨4天前
目的:通过生物信息学的方法分析并确定膀胱癌患者的关键焦亡相关基因(PRGs)表达谱,并阐明其潜在功能.方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载了对应膀胱样本的mRNA表达谱和临床数据,进行功能富集分析,包括基因本体论分析(GO)和京都基因与基因组百科全书的分析(KEGG).构建评估预后的基因模型,计算风险评分,分高、低风险组评估膀胱癌的预后.评估PRGs与肿瘤免疫浸润的相关性,并构建基于它们的共表达和预测目标的竞争性内源性RNA(ceRNA)调控轴.结果:我们选择了 33个PRGs,功能富集分析显示,它们主要参与细胞因子产生、炎症小体复合物、凋亡过程和NOD样受体信号通路的正调控.我们用LAS-SO Cox回归分析筛选6个基因(CASP9、PRKACA、CASP6、TNF、AIM2、GSDMB)构建PRGs模型,KM曲线提示高风险评分的膀胱癌患者的总生存时间概率低于低风险评分患者,差异有统计学意义(P<0.001),列线图表明该模型对预后预测较准确.AIM2、CASP6与免疫细胞浸润显著相关(P<0.05).通过构建ceRNA网络,确定了膀胱癌中的CASP6/hsa-let-7c-5p/MIR29B2CHG调控轴.结论:预后相关的PRGs与膀胱癌患者免疫细胞浸润显著相关.膀胱癌的CeRNA调控轴尚需进一步验证.
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编辑人员丨4天前
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循环微小RNA-1对稳定性冠心病患者发生冠状动脉斑块破裂的早期诊断价值
编辑人员丨4天前
目的:评估循环微小RNA-1(miR-1)对稳定性冠心病(SCAD)患者早期发生冠状动脉(冠脉)斑块破裂的诊断价值。方法:采用前瞻性队列研究方法,纳入苏州大学附属第三医院心血管内科2019年1月至6月收治住院的67例SCAD患者,入选患者均完善冠脉造影(CAG),根据CAG结果进行经皮冠脉介入治疗(PCI)单支架植入或仅行CAG。分别于患者术前(0 h)、术后3 h取静脉血,通过实时定量反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测血浆miR-1表达量,用电化学发光法检测心肌肌钙蛋白I(cTnI)水平。比较PCI或CAG患者术前与术后miR-1、cTnI水平的差异,评估其早期诊断SCAD患者冠脉斑块破裂的潜力,以受试者工作特征曲线(ROC曲线)评价其诊断效能。结果:CAG组38例,PCI组29例。两组患者性别、年龄、既往史(除外高血压史)、心功能基线资料比较差异均无统计学意义。PCI组术后miR-1表达量显著高于术前〔2 -ΔΔCt:2.11(1.56,2.73)比1.26(1.07,1.92), P<0.01〕,术前与术后cTnI水平差异无统计学意义〔μg/L:0.00(0.00,0.02)比0.00(0.00,0.02), P>0.05〕;而CAG组术前与术后miR-1和cTnI水平差异均无统计学意义〔miR-1(2 -ΔΔCt):1.09(1.00,1.40)比1.21(1.00,1.71),cTnI(μg/L):0.00(0.00,0.02)比0.00(0.00,0.02),均 P>0.05〕。ROC曲线分析显示,术后miR-1诊断冠脉斑块破裂的ROC曲线下面积(AUC)和95%可信区间(95% CI)为0.794(0.687~0.900), P<0.01,敏感度为82.8%,特异度为68.4%,最佳截断值为1.51;术前与术后miR-1差值(ΔmiR-1)诊断冠脉斑块破裂的AUC和95% CI为0.704(0.567~0.842), P=0.004,敏感度为62.1%,特异度为84.2%,最佳截断值为0.39;术后miR-1与ΔmiR-1诊断SCAD患者冠脉斑块破裂的能力相当( Z=1.287, P=0.198);而术前miR-1不能预测SCAD患者是否需要行PCI(AUC=0.630, P>0.05)。多因素二元Logistic回归分析显示,术后miR-1表达升高是SCAD患者发生冠脉斑块破裂的独立危险因素〔优势比( OR)=2.887,95% CI为1.044~7.978, P=0.041〕。 结论:循环miR-1可能具备早期诊断SCAD患者冠脉斑块破裂的潜力。
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编辑人员丨4天前
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miR-29a-3p靶向 SGMS2调控PCOS卵巢颗粒细胞慢性炎症的机制研究
编辑人员丨4天前
目的:探究miR-29a-3p/ SGMS2轴对人类卵巢颗粒样肿瘤细胞系(human ovarian granulosa-like tumor cell line,KGN)炎症反应的调控机制。 方法:通过构建并验证过表达和敲低miR-29a-3p及 SGMS2转染KGN细胞模型,双荧光素酶报告基因实验检测 miR-29a-3p与 SGMS2的结合;MTT法检测各组细胞的增殖;免疫荧光法观察增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen,PCNA)和Ki67蛋白荧光强度;流式细胞术检测细胞凋亡;酶联免疫吸附法检测细胞上清液中肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白介素(interleukin,IL)-6、IL-1β和鞘磷脂的表达;Western blotting检测细胞中Caspase-3、cleaved-Caspase-3、 SGMS2和p-p65蛋白表达。 结果:miR-29a-3p与 SGMS2之间存在位点结合,且能够负向调控 SGMS2的表达水平。KGN细胞中过表达 SGMS2能够增高其吸光度值( P=0.007),并增强其PCNA和Ki67蛋白的免疫荧光强度(均 P<0.001);过表达 SGMS2能够降低KGN细胞的凋亡率( P=0.001),升高炎症因子TNF-α、IL-6、IL-1β和鞘磷脂的表达水平(均 P<0.001)。过表达 SGMS2时KGN细胞中cleaved-Caspase-3、p-p65和 SGMS2蛋白表达量升高( P=0.001, P<0.001, P<0.001)。而敲低 SGMS2时,以上结果具有与过表达 SGMS2相反的变化趋势。 结论:miR-29a-3p与 SGMS2之间存在靶向负向调节关系, SGMS2能够促进KGN细胞的炎症反应,可为多囊卵巢综合征等妇科内分泌疾病的治疗提供靶点。
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编辑人员丨4天前
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长链非编码RNA PCNAP1通过调控微小RNA-29a-3p/MCL1轴降低三阴性乳腺癌对紫杉醇的敏感性
编辑人员丨4天前
目的:探讨长链非编码RNA PCNAP1(Lnc PCNAP1)对乳腺癌细胞紫杉醇耐药性的影响及其分子机制。方法:采用实时荧光定量反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测Lnc PCNAP1和微小RNA(miR)-29a-3p的表达。细胞计数试剂盒(CCK-8)检测乳腺癌细胞紫杉醇半数抑制率(IC 50)变化。生物信息学分析和荧光素酶报告基因用于确定Lnc PCNAP1和miR-29a-3p调控关系。组间差异的显著性采用Student’s t检验分析。 结果:RT-PCR分析结果显示Lnc PCNAP1在乳腺癌细胞系(MDA-MB-231、BT549、T47D和BT474)较乳腺正常细胞系(MCF-10A)高表达(3.273±0.335、2.963±0.930、4.683±0.347、3.003±0.672比1.157±0.229, t=7.382, P<0.05),在乳腺癌组织中高于癌旁组织(5.115±1.549比3.053±1.427, t=5.476, P<0.01),差异有统计学意义;下调Lnc PCNAP1的表达,紫杉醇的细胞抑制率值明显高于阴性对照组,24 h紫杉醇细胞IC 50值明显低于对照组(MDA-MB-231,12.904 nmol/L比31.160 nmol/L;BT549,22.987 nmol/L比52.284 nmol/L)。在293T细胞中荧光素酶报告分析显示,miR-29a-3p可以明显抑制Lnc PCNAP1-wt的荧光素酶活性(0.383±0.062比1.000±0.147, t=5.455, P<0.01)。miR-29a-3p抑制MCL1 wt-3’端非编码区(3’UTR)的荧光素酶活性(0.350±0.051比1.000±0.102, t=7.036, P<0.01),差异有统计学意义。随后在共转染si-PCNAP1+si-miR-29a-3p/MCL1后,乳腺癌细胞的IC 50值明显高于si-PCNAP1组。 结论:Lnc PCNAP1通过miR-29a-3p/MCL1信号通路促进乳腺癌细胞紫杉醇耐药性。
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编辑人员丨4天前
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miR-562靶向调控FGFR1对结直肠癌细胞迁移及侵袭的影响
编辑人员丨4天前
目的:探究微小RNA 562(miR-562)调控成纤维细胞生长因子受体1(FGFR1)对结直肠癌细胞迁移及侵袭的影响。方法:选取2019年10月至2020年10月十堰市人民医院(湖北医药学院附属人民医院)25例行手术切除术的结直肠癌患者,获取其结直肠癌组织及肿瘤边缘>5 cm处正常癌旁组织样本。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法检测癌旁组织、结肠癌组织、人正常结直肠细胞(FHC细胞)和人结直肠癌细胞系(SW480、SW620、HT29及HCT116细胞)中miR-562的表达。将SW480细胞分为对照组、miR-NC组、miR-562 mimics组、miR-562 mimics+pcDNA3.1组、miR-562 mimics+pcDNA3.1-FGFR1组。CCK-8法检测SW480细胞增殖;Transwell法检测SW480细胞侵袭迁移;双荧光素酶报告基因检测miR-562和FGFR1靶向关系;Western blot检测SW480细胞中FGFR1、细胞周期蛋白D1(CyclinD1)、基质金属蛋白酶2(MMP2)的表达情况。结果:与癌旁组织相比,结肠癌组织中miR-562表达[(0.59±0.08)vs(1.01±0.10)]显著降低( P<0.05);与FHC细胞(1.00±0.08)相比,SW480、SW620、HT29及HCT116细胞中miR-562表达水平(0.48±0.06)、(0.76±0.14)、(0.70±0.11)、(0.56±0.10)显著降低( P<0.05),且其表达水平在SW480细胞中最低;与对照组相比,miR-562 mimics组miR-562表达水平、增殖抑制率显著增加,FGFR1、CyclinD1表达水平、迁移及侵袭细胞数、MMP2表达水平显著降低( P<0.05);FGFR1是miR-562的潜在靶基因;FGFR1高表达可逆转miR-562过表达对SW480细胞迁移及侵袭的抑制作用。 结论:miR-562过表达可能通过靶向抑制FGFR1表达来抑制SW480细胞的迁移及侵袭。
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编辑人员丨4天前
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二甲双胍对2型糖尿病患者miRNA表达的影响及作用靶点预测研究
编辑人员丨4天前
目的:研究二甲双胍对2型糖尿病患者微小RNA(miRNA)表达水平的影响,并利用网络药理学进行分析,预测其治疗作用潜在的靶点及途径。方法:筛选本院入院治疗的初发2型糖尿病患者15例,住院期间及出院后均规律服用盐酸二甲双胍片。患者服药6个月后,对比其用药前后血清基质金属蛋白酶(MMP)-9、转化生长因子(TGF)-β1及心肌纤维化相关miRNA的表达水平。对呈现统计学差异表达的miRNA进行基因本体论(GO)和KEGG通路富集分析,并构建差异表达miRNA对应靶基因信使RNA(mRNA)网络图。结果:患者用药后,血清MMP-9水平较用药前明显下降( P<0.05)。二甲双胍可显著下调患者血清人类微小RNA(hsa-miR) 29a-3p、hsa-miR133a-5p、hsa-miR21-5p、hsa-miR30c-5p、hsa-miR1-3p表达水平( P<0.05或 P<0.01)。GO和KEGG分析结果显示,差异表达miRNA主要集中在内质网腔、突触、基膜等细胞组分中,通过胶原分解代谢过程、短时神经元突触可塑性调节、轴突延伸等生物过程来发挥Rho GTP酶(Rho GTPase)结合、参与细胞外基质结构成分等分子功能;其主要富集于糖尿病并发症晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、Wnt信号通路等多种细胞信号转导通路。miRNA-mRNA网络分析结果显示,与差异表达miRNA对应mRNA共230个。 结论:二甲双胍可通过下调相关miRNA表达,参与相关细胞信号通路转导,调控染色质、核酸结合及酶活性过程而发挥其治疗2型糖尿病的作用。
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编辑人员丨4天前
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MiR-29a靶向E2F7调控横纹肌肉瘤细胞增殖
编辑人员丨4天前
目的:探讨miR-29a调控横纹肌肉瘤(rhabdomyosarcoma,RMS)细胞A-204增殖的作用及分子机制。方法:人RMS细胞系A-204购自中国医学科学院细胞库。依据转染的DNA将细胞分为对照组、miR-29a组、E2F7组和miR-29a+E2F7组。采用CCK-8实验检测RMS细胞系A-204细胞的增殖活性,生物信息学方法预测miR-29a的潜在靶点,通过荧光素酶报告基因实验验证其靶向作用,反转录实时荧光定量PCR(reverse transcription-real time quantitative PCR,RT-qPCR)实验及蛋白质免疫印迹实验检测靶点分子E2F7的表达,流式细胞术检测细胞周期,细胞体外克隆形成实验检测细胞生长活性。结果:在RMS细胞系A-204细胞中,与对照组相比,miR-29a组的A-204细胞在转染后的48 h和72 h细胞增殖活性显著下降,差异具有统计学意义[(1.97±0.15)比(1.69±0.11)、(4.69±0.32)比(2.73±0.28), t=3.70、7.98, P值均<0.05)]。荧光素酶报告基因实验检测结果表明,与对照组相比,miR-29a组的E2F7荧光素酶活性显著下降,差异具有统计学意义[(44.90±5.62)比(11.67±4.55), t=7.96, P<0.05]。RT-qPCR及Western blot检测结果显示,与对照组相比,miR-29a组E2F7 mRNA及蛋白表达水平显著下调,差异具有统计学意义[(0.95±0.04)比(0.59±0.07),(1.04±0.06)比(0.28±0.02), t=7.73、16.89, P值均<0.05];流式细胞染色结果显示,与对照组相比,E2F7组细胞G1期细胞比例显著下降,G2/M期比例显著升高,差异具有统计学意义[%:(82.60±2.75)比(70.83±1.99)、(18.54±0.73)比(12.66±0.37), t=6.00、12.44, P值均<0.05];细胞克隆形成实验结果表明,与对照组相比,E2F7组细胞克隆数显著下降,差异具有统计学意义[个:(59.70±3.90)比(68.80±4.30), t=3.01, P<0.05]。与miR-29a组相比,miR-29a+E2F7组A-204克隆形成数明显增加,G1期细胞比例显著升高,G2/M期细胞比例显著下降,组间差异具有统计学意义[(32.70±4.20)比(54.70±6.20),(79.59±1.58)%比(90.12±2.34)%、(12.34±0.52)%比(5.59±0.28)%, t=5.09、6.46、19.80, P值均<0.05]。 结论:mi R-29a可以通过下调E2F7的表达阻断RMS细胞有丝分裂,抑制细胞增殖。
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编辑人员丨4天前
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lncRNA TUG1 regulates Smac/DIABLO expression by competitively inhibiting miR-29b and modulates the apoptosis of lens epithelial cells in age-related cataracts
编辑人员丨4天前
Background::As one of the early discovered long non-coding RNAs (lncRNA), taurine upregulation gene 1 ( TUG1) has been widely expressed in a variety of tumors. Moreover, it promotes cell proliferation, differentiation, apoptosis, and migration. However, our understanding of its importance in the pathogenesis of cataracts remains limited. This study aimed to explore the mechanism by which lncRNA TUG1 mediates lens epithelial cell apoptosis in age-related cataracts (ARC) by regulating the microRNAs (miR-29b)/second mitochondria-derived activator of caspases axis, and to identify more non-surgical strategies for cataract treatment. Methods::The messenger RNA expression levels of TUG1, miR-29b, and Smac were detected using quantitative real-time polymerase chain reaction in vivo and in vitro. The expression of the Smac protein was analyzed by Western blotting and immunofluorescence. Flow cytometry and cell counting kit-8 assays were used to detect the cell apoptosis and proliferation rates, respectively. The targeted regulatory relationship between lncRNA TUG1, miR-29b, and Smac was verified by viral vector construction, co-transfection, nuclear and cytoplasmic separation, luciferase reporter assays, and RNA immunoprecipitation. Results::TUG1 and Smac were expressed at high levels in ARC and HLE-B3 cells treated with 200 μmol/L H 2O 2, whereas miR-29b expression was decreased. In vitro cell experiments confirmed that down-regulation of TUG1 could inhibit the apoptosis of lens epithelial cells. Mechanistically, Smac expression was negatively regulated by miR-29b. TUG1 competitively inhibited miR-29b expression and caused greater release of Smac. In addition, miR-29b partially reversed the effects of TUG1 on human lens epithelial cell line cells. Conclusions::lncRNA TUG1 increases Smac expression and promotes apoptosis of lens epithelial cells in ARC by competitively inhibiting miR-29b. This mechanism is the cytological basis for ARC formation. Based on these results, the lncRNA TUG1/miR29b/Smac axis may be a new molecular pathway that regulates ARC development.
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编辑人员丨4天前
