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hsa-miR-422a靶基因在增生性瘢痕中的表达及生物信息分析
编辑人员丨1天前
目的:检测hsa-miR-422a在增生性瘢痕的表达,用生物信息学方法预测其靶基因,并分析其生物学功能。方法:2020年6—12月,上海交通大学医学院附属第九人民医院整复外科收集3份增生性瘢痕组织和3份上睑单睑患者皮肤组织(男3例,女3例,年龄20~42岁,平均28.3岁),分离培养成纤维细胞,用实时定量PCR检测hsa-miR-422a表达;用starBase和TargetScan数据库预测hsa-miR-422a靶向基因及长链非编码RNA(lncRNAs),构建ceRNA网络。对hsa-miR-422a靶基因进行GO功能注释和KEGG通路分析;通过构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络筛选关键基因,并预测其生物学功能。用实时定量PCR检测验证关键靶基因在增生性瘢痕组织的表达。结果:增生性瘢痕组织和成纤维细胞中,hsa-miR-422a表达量明显低于正常皮肤( P<0.05)。starBase和TargetScan数据库预测到hsa-miR-422a靶向的133个基因和1 033个lncRNA,由此构建以hsa-miR-422a为中心的ceRNA网络。靶基因PPI网络分析筛选出MAPK1、GRB2和IGF1R等10个关键基因,其功能主要与蛋白丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活动、泛素蛋白连接酶结合、成纤维细胞生长因子受体通路、肌细胞增殖等相关,且主要富集于FoxO、mTOR、Toll样受体、Ras、MAPK、PI3K-Akt、干细胞调控等通路。关键靶基因MAPK1、GRB2和IGF1R在增生性瘢痕组织中表达明显高于正常皮肤( P<0.05)。 结论:hsa-miR-422a在增生性瘢痕表达较低,可能与MAPK1等关键靶基因构成ceRNA网络,在增生性瘢痕的发生发展中发挥调控作用。
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编辑人员丨1天前
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抑制LINC00958表达调控miR-422a促进结直肠癌细胞凋亡及放射敏感性的机制
编辑人员丨1天前
目的:探讨lncRNA LINC00958对结直肠癌细胞凋亡及放射敏感性的影响以及其作用机制。方法:将pcDNA、pcDNA-LINC00958、si-NC、si-LINC00958、miR-NC和miR-422a质粒分别转染到SW480细胞中,并分别记为pcDNA组、pcDNA-LINC00958组、si-NC组、si-LINC00958组、miR-NC组和miR-422a组;将anti-miR-NC和anti-miR-422a质粒分别与si-LINC00958共转染到SW480细胞中,并分别记为si-LINC00958+anti-miR-NC组和si-LINC00958+anti-miR-422a组;分别将miR-NC和miR-422a分别转染到WT-LINC00958和MUT-LINC00958组细胞中,检测荧光活性;转染均用脂质体法。采用qRT-PCR检测miR-422a和LINC00958的表达;Western blot检测蛋白表达;流式细胞术检测细胞凋亡;细胞克隆形成实验检测对结直肠癌细胞放射敏感性的影响;双荧光素酶报告基因检测实验检测荧光活性。结果:结直肠癌细胞中LINC00958高表达,miR-422a低表达;抑制LINC00958表达和过表达miR-422a,可促进结直肠癌细胞凋亡,并增加细胞放射敏感性。LINC00958可靶向调节miR-422a表达;抑制miR-422a,逆转了抑制LINC00958表达对结直肠癌细胞的放射增敏和细胞凋亡促进的作用。结论:抑制LINC00958表达,增加结直肠癌细胞的放射敏感性,并促细胞凋亡,其机制可能与调控miR-422a有关,将为结直肠癌治疗提供新靶点和新思路。
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编辑人员丨1天前
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微小RNA-422a靶向叉头框蛋白Q1抑制人结直肠癌生长和侵袭能力的研究
编辑人员丨1天前
目的:研究人结直肠癌中微小RNA(miR)-422a的异常表达与肿瘤生物学特征之间的关系,探讨miR-422a对人结直肠癌细胞系HCT15生长和侵袭能力的调控机制。方法:收集2017年8月至2018年1月在武汉大学中南医院实施结直肠癌手术切除标本65例,收取结直肠癌组织及癌旁组织。采用实时定量反转录聚合酶链反应法(RT-qPCR)检测组织中miR-422a及叉头框蛋白Q1(FoxQ1)的mRNA表达水平,蛋白质印迹法(Western blot)分析检测组织中FoxQ1的蛋白表达强度。分析miR-422a与结直肠癌肿瘤生物学特征和FoxQ1 mRNA表达水平的相关性。RT-qPCR检测miR-422a在结直肠癌细胞中的表达,并使用miR-422a模拟物转染人结直肠癌HCT15细胞。采用双荧光素酶活性实验验证miR-422a对FoxQ1的靶向作用。细胞计数试剂盒(CCK-8)检测细胞增殖情况,Transwell小室法检测细胞侵袭,Western blot法检测FoxQ1、E-钙黏蛋白(E-cadherin)和波形蛋白(Vimentin)蛋白表达。结果:结直肠癌组织miR-422a的表达水平低于癌旁组织,差异有统计学意义(1.015±0.123比3.910±0.078, P<0.01);结直肠癌组织FoxQ1的表达水平高于癌旁组织,差异有统计学意义(2.398±0.195比1.583±0.174, P<0.01);相关分析显示,FoxQ1表达强度与miR-422a表达水平呈负相关( r=-0.664, P<0.01)。miR-422a的表达水平与肿瘤大小( P< 0.05)、局部浸润( P< 0.05)、淋巴结转移( P< 0.01)、远处转移( P< 0.01)和TNM分期( P< 0.01)有关。miR-422a在HCT15细胞中表达较低,上调HCT15细胞中miR-422a表达水平后,细胞增殖和侵袭能力均受到抑制,差异有统计学意义( P<0.01);FoxQ1及Vimentin蛋白表达水平降低,E-cadherin蛋白表达增高。双荧光素酶报告基因结果提示FoxQ1是miR-422a的靶基因。 结论:miR-422a的表达与结直肠癌的恶性程度相关。上调miR-422a的表达靶向FoxQ1抑制结直肠癌细胞的上皮-间充质转化,从而抑制其增殖和侵袭能力。
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编辑人员丨1天前
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益气固表丸对低去脂肪指数慢性阻塞性肺疾病患者微小RNA的影响
编辑人员丨2023/8/6
目的 观察益气固表丸对低去脂肪质量指数(FFMI)慢性阻塞性肺疾病(COPD)稳定期患者微小RNA(miRNA)及肿瘤坏死因子样微弱凋亡诱导因子(TWEAK)水平的影响.方法 选择低FFMI COPD稳定期肺脾气虚证患者60例,按随机双盲对照原则将患者分为益气固表丸组和安慰剂组.2组均行西医基础治疗,益气固表丸组予益气固表丸,安慰剂组予安慰剂,均每次10粒,每日3次,口服,连续治疗12周.选择既往否认COPD及肌病病史的同龄志愿者30例为对照组.采用生物电阻抗法检测患者治疗前后FFMI及双手握力(HGS),ELISA检测治疗前后TWEAK水平,采用GO、KEGG分析进行靶基因预测,qRT-PCR验证治疗前后外周血miRNA变化.结果 共脱落6例.揭盲后益气固表丸组28例、安慰剂组26例.益气固表丸组ITT数据集总有效率为96.67%(28/30),安慰剂组为86.67%(26/30),2组比较差异有统计学意义(P<0.05).益气固表丸组治疗后中医症状评分下降(P<0.05),FFMI、HGS无变化,安慰剂组FFMI、HGS下降(P<0.05).与对照组比较,2组治疗前TWEAK升高(P<0.05),益气固表丸组治疗后TWEAK下降(P<0.05),安慰剂组治疗后TWEAK无明显变化(P>0.05).通过GO、KEGG富集分析,结合文献查询筛选miR-1-3p、miR-422a、miR-206、miR-145-5p和miR-133b共5个备选基因.qRT-PCR验证后显示,益气固表丸组治疗前miR-422a、miR-145-5p、miR-133b明显下降(P<0.05),治疗后miR-145-5p、miR-133b明显升高(P<0.05).结论 益气固表丸可有效缓解低FFMI COPD稳定期患者临床症状,提高外周血miR-145-5p、miR-133b水平,降低TWEAK水平,减轻患者全身炎症反应.
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编辑人员丨2023/8/6
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miR-422a通过调控SOX6抑制H2O2对PC12细胞的损伤
编辑人员丨2023/8/6
目的:研究微小 RNA-422a(miR-422a)靶向调控人性别决定区 Y框 6(SOX6)对过氧化氢(H2O2)刺激下大鼠肾上腺嗜铬细胞瘤细胞株 PC12(具有神经细胞特性)损伤的作用.方法:采用 real-time PCR检测 H2O2处理后 PC12细胞中 miR-422a表达的变化,在 PC12细胞中转染 miR-422a mimics,MTT法测定细胞活力,试剂盒检测乳酸胱氢酶(LDH)漏出率,流式细胞术测定细胞凋亡水平.靶基因预测软件预测 SOX6可能是 miR-422a的靶基因,萤光素酶报告基因实验鉴定靶向关系.在 PC12细胞中共转染 miR-422a mimics和 SOX6过表达载体,检测过表达 SOX6对 miR-422a mimics调控 H2O2条件下 PC12细胞活力、LDH漏出率和凋亡的影响.结果;H2O2处理后PC12细胞中 miR-422a表达水平降低(P < 0.05).H2O2处理后的 PC12细胞的活力降低,LDH漏出率和细胞凋亡率升高(P < 0.05).miR-422a mimics能够提高 H2O2条件下 PC12细胞活力,降低 LDH漏出率和凋亡率(p <0.05).miR-422a靶向负调控 SOX6表达.SOX6过表达载体可以逆转 miR-422a对 PC12细胞活力提高和 LDH漏出率、细胞凋亡率降低的作用(P <0.05).结论:miR-422a通过靶向抑制 SOX6可降低 H2O2对 PC12细胞的损伤作用.
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编辑人员丨2023/8/6
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活血荣络方调节自噬治疗阿尔茨海默病的分子机制研究
编辑人员丨2023/8/5
目的:采用生物信息学技术分析活血荣络方调节自噬治疗阿尔茨海默病的分子机制.方法:通过TCMSP数据库收集活血荣络方活性化合物;通过Swiss Target Prediction预测有效活性化合物的潜在靶点,通过GeneCards预测阿尔茨海默病自噬的作用靶点,取交集获得"活血荣络方—阿尔茨海默病—自噬"三者潜在的共同分子靶点.通过String、Cytoscape构建共同分子靶点蛋白互作(PPI)网络.通过WebGestalt对共同分子靶点进行GO、KEGG富集分析.通过WebGestalt、TargetScan对共同分子靶点进行miRNA-mRNA相互作用分析.结果:收集活血荣络方化合物422个,567个药物靶点,286个阿尔茨海默病疾病靶点,4 715个自噬表型靶点,交集出36个"药物-疾病-表型"共同靶点,其中APP、PSEN1、MAPK族、CASP族蛋白相互作用最明显,主要在膜区、神经细胞体、轴突等部分通过AD信号通路、凋亡通路、炎症相关通路调控突触信号传导等生命过程,并且miRNA-302A、miR-513、miR-193等miRNA能调控共同靶点在活血荣络方调节自噬治疗阿尔茨海默病中发挥作用.结论:活血荣络方调节自噬治疗阿尔茨海默病体现了多成分、多靶点、多基因调控的网络化模式,其可能通过调控miRNA-mRNA相互作用,参与AD信号通路,调节突触信号传导,进而治疗阿尔茨海默病.
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编辑人员丨2023/8/5
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miR-422a靶向激肽释放酶-4抑制宫颈癌细胞的增殖、迁移与侵袭
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨miR-422a靶向激肽释放酶-4(KLK4)对宫颈癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响.方法 实时荧光定量PCR法(qPCR)检测人宫颈癌细胞HeLa、SiHa和人正常宫颈上皮细胞H8中miR-422a的表达;将宫颈癌HeLa细胞分为blank组、miR-NC组、miR-422a组、mut miR-422a组、miR-422a+pcDNA组、miR-422a+pcDNA-KLK4组.CCK-8实验和Transwell实验检测各组宫颈癌HeLa细胞增殖、迁移和侵袭的能力;TargetScan软件预测miR-422a可能调控结合的靶基因,双荧光素酶活性实验对靶向关系进行验证.Western blot检测各组细胞KLK4蛋白表达水平.结果 与人正常宫颈上皮细胞H8相比,宫颈癌HeLa、SiHa细胞中miR-422a呈现低表达(P<0.01),选择宫颈癌HeLa细胞进行后续实验;与miR-NC组和blank组相比,miR-422a组培养4、6 d细胞增殖能力降低,培养6、12 h细胞迁移和侵袭数量减少(P<0.05);与miR-422a+pcDNA组相比,miR-422a+pcDNA-KLK4组培养4、6 d细胞增殖能力明显升高,培养6、12 h细胞迁移和侵袭数量增加(P<0.01).TargetScan软件预测发现KLK4基因与miR-422a存在结合位点,并经双荧光素酶报告基因实验验证.与miR-NC组相比,miR-422a组中KLK4蛋白的表达水平降低,与miR-422a组相比,mut miR-422a组中KLK4蛋白的表达水平升高(P<0.01),与miR-422a+pcDNA组相比,miR-422a+pcDNA-KLK4组中KLK4蛋白的表达水平升高(P<0.01).结论 miR-422a可通过靶向KLK4蛋白的表达抑制宫颈癌细胞增殖、迁移和侵袭.
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编辑人员丨2023/8/5
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综合微阵列分析揭示软骨损伤患者的关键基因和miRNAs
编辑人员丨2023/8/5
目的 挖掘软骨损伤和再生相关的mRNA和miRNA生物标志物.方法 分析包含来自同一患者的膝关节受损和未受损样本的基因表达数据集(GSE129147).借助R语言软件LIMMA筛选差异表达基因(DEG),结合ClusterProfiler进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书功能富集分析.应用Cytoscape插件、CytoHubba和MCODE筛选蛋白质-蛋白质相互作用网络和中枢基因.结果 共鉴定出422个DEG,涉及骨骼系统发育、骨发育、骨化、间充质发育、间充质细胞分化、结缔组织发育、成骨细胞分化和细胞外基质.筛选30个中枢基因,鉴定了 3个蛋白质-蛋白质相互作用模块.构建了miRNAs与靶标DEG之间的调控网络.结论 中枢基因与基因本体论之间的关系表明WNT5A和COL1A1可能在软骨损伤中起重要作用.MiRNet预测DEG的miRNAs,miRNA-mRNA网络显示一些重要的miRNAs,miR-335-5p、miR-92a-3p和miR-98-5p可能具有损伤软骨再生或修复的潜能.
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编辑人员丨2023/8/5
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凋亡相关蛋白酶Caspase-10在早期妊娠丢失患者蜕膜组织中的表达研究
编辑人员丨2023/8/5
目的 分析凋亡相关蛋白酶Caspase-10在早期妊娠丢失(EPL)患者蜕膜组织中的表达情况.方法 通过生物信息学方法预测EPL患者蜕膜组织中差异表达miRNAs的相关靶基因,对其进行基因功能富集(GO)分析及靶基因信号转导通路富集(KEGG)分析.采用Western blot和免疫组化实验检测EPL患者(EPL组,20例)与正常早孕要求终止妊娠行人工流产者(对照组,20例)的蜕膜组织Caspase-10的表达情况.结果 3个下调差异表达miRNAs(miR-378a-3p、miR-422a、miR-378a-5p)同时靶向凋亡相关蛋白酶Caspase-10.EPL组患者蜕膜组织Caspase-10蛋白表达水平高于对照组(P<0.05).EPL组患者蜕膜组织Caspase-10在蜕膜细胞、腺上皮和腔上皮细胞中强阳性表达,而在对照组中弱阳性表达,并且主要表达在细胞的胞质中.EPL组患者蜕膜组织Caspase-10表达强度较对照组高(P<0.05).结论 凋亡相关蛋白酶Caspase-10在EPL患者蜕膜组织中的表达上调,Caspase-10或参与EPL发生、发展.
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编辑人员丨2023/8/5
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自然杀伤细胞来源外泌体的miR-30e-3p抑制人食管鳞状细胞癌细胞增殖和侵袭
编辑人员丨2023/8/5
目的 研究自然杀伤(NK)细胞来源外泌体的miR-30e-3p对食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞增殖、凋亡和侵袭的影响.方法 从健康供体的外周血中分离和扩增NK细胞,并分离NK细胞外泌体(EXO)进行鉴定.NK细胞外泌体与NEC细胞进行共培养,随机分为Exo1和Exo2组.采用透射电子显微镜观察外泌体形态及大小.Western blot法检测外泌体凋亡相关基因2相互作用蛋白X(ALIX)、抗肿瘤易感基因101(TSG101)、CD81、钙联蛋白(calnexin)表达.将miR-30e-3p模拟物(miR-30e-3p mimic)、miR-30e-3p抑制物(miR-30e-3p inhibitor)及阴性对照(miR-NC)转入NK细胞,并分离相应的外泌体与NEC细胞进行共培养.CCK-8法检测细胞增殖,流式细胞术检测细胞周期,异硫氰酸荧光素标记的膜联素V/碘化丙啶双染法检测细胞凋亡,TranswellTM侵袭实验检测细胞侵袭能力.实时定量PCR检测NCE细胞和外泌体中miR-23b、miR-422a、miR-133b、miR-124、miR-30e-3p和miR-99a的表达.结果 NK细胞中CD56+CD3+细胞比例为(0.071±0.008)%,CD56+CD16+细胞比例为(90.6±10.6)%.从NK细胞分离的外泌体直径为30~150 nm,且表达ALIX、TSG101、CD81,不表达calnexin.NK细胞来源外泌体抑制NEC细胞增殖和侵袭、增加细胞凋亡,降低S期细胞比例并增加G1期细胞比例.过表达miR-30e-3p的NK细胞来源外泌体抑制NEC细胞增殖和侵袭,并阻滞细胞周期和促进细胞凋亡,敲低miR-30e-3p的NK细胞来源外泌体则相反.结论NK细胞来源外泌体miR-30e-3p阻断人ESCC细胞的细胞周期,抑制其增殖和侵袭并诱导其凋亡.
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编辑人员丨2023/8/5
