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早发性卵巢功能不全的lncRNA-miRNA-mRNA网络的构建和生物信息学分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨lncRNA相关内源竞争RN A(ceRNA)网络在早发性卵巢功能不全中的作用机制.方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中筛选出两个早发性卵巢功能不全患者的数据集,使用R语言"limma"包筛选出差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA.使用Starbase数据库预测与差异lncRNA相互作用的miRNAs,使用TargetScan和miRDB数据库预测与差异miRNAs相互作用的mRNAs,预测的mRNAs与差异mRNAs取交集.根据RNA之间的相互作用关系,建立早发性卵巢功能不全的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络.使用Metascape在线工具对ceRNA调控网络中的mRNA进行GO和KEGG功能分析,通过String数据库建立蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytohubba插件识别PPI网络中的hub基因并构建lncRNA-miRNA-hub基因网络.结果:从早发性卵巢功能不全患者与正常对照组中筛选了 116个差异lncRNAs,22个差异miRNAs和282个差异mRNAs.通过116个差异lncRNAs,利用数据库预测到了 13个差异lncRNAs,7个差异miRNAs和54个差异mR-NAs的相互作用,构建了早发性卵巢功能不全的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络.GO和KEGG富集分析结果显示,调控网络中的mRNA参与早发性卵巢功能不全的生物学过程,包括凋亡信号通路、mRNA的代谢过程和cAMP信号通路.通过PPI 网络筛选了 8 个 hub 基因(EIF4ENIF1、SENP1、RBM5、DYNLL2、AGO2、SRSF1、CAPZB、SRSF10),构建了一个 lncRNA-miR-NA-hub基因网络.结论:12个lncRNA通过参与SRSF1等hub基因的表达,调控影响早发性卵巢功能不全的发生、发展.
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编辑人员丨5天前
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二甲双胍对2型糖尿病患者miRNA表达的影响及作用靶点预测研究
编辑人员丨5天前
目的:研究二甲双胍对2型糖尿病患者微小RNA(miRNA)表达水平的影响,并利用网络药理学进行分析,预测其治疗作用潜在的靶点及途径。方法:筛选本院入院治疗的初发2型糖尿病患者15例,住院期间及出院后均规律服用盐酸二甲双胍片。患者服药6个月后,对比其用药前后血清基质金属蛋白酶(MMP)-9、转化生长因子(TGF)-β1及心肌纤维化相关miRNA的表达水平。对呈现统计学差异表达的miRNA进行基因本体论(GO)和KEGG通路富集分析,并构建差异表达miRNA对应靶基因信使RNA(mRNA)网络图。结果:患者用药后,血清MMP-9水平较用药前明显下降( P<0.05)。二甲双胍可显著下调患者血清人类微小RNA(hsa-miR) 29a-3p、hsa-miR133a-5p、hsa-miR21-5p、hsa-miR30c-5p、hsa-miR1-3p表达水平( P<0.05或 P<0.01)。GO和KEGG分析结果显示,差异表达miRNA主要集中在内质网腔、突触、基膜等细胞组分中,通过胶原分解代谢过程、短时神经元突触可塑性调节、轴突延伸等生物过程来发挥Rho GTP酶(Rho GTPase)结合、参与细胞外基质结构成分等分子功能;其主要富集于糖尿病并发症晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、Wnt信号通路等多种细胞信号转导通路。miRNA-mRNA网络分析结果显示,与差异表达miRNA对应mRNA共230个。 结论:二甲双胍可通过下调相关miRNA表达,参与相关细胞信号通路转导,调控染色质、核酸结合及酶活性过程而发挥其治疗2型糖尿病的作用。
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编辑人员丨5天前
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胃癌细胞外泌体经miRNA触发肝Kupffer细胞M2型极化以促进肝转移前生态位的形成
编辑人员丨5天前
目的:探讨胃癌细胞来源的外泌体与肝Kupffer细胞间的相互作用对胃癌肝转移的影响,并揭示其潜在的作用机制。方法:通过裸鼠模型、病毒转染和流式分选技术,从胃癌细胞株(MKN45)中构建具有高度肝转移潜能的细胞株(MKN45-HL)。超速离心法收集外泌体,并通过纳米流式仪、透射电镜以及Western blot等进行表征和鉴定。构建胃癌细胞外泌体训导的裸鼠肝转移模型,并经活体成像技术监测肝转移灶的发展。通过细胞培养、qRT-PCR和免疫荧光染色等分析胃癌细胞外泌体对巨噬细胞极化的作用。利用外泌体miRNA的组学分析和qRT-PCR筛选验证胃癌外泌体促巨噬细胞M2极化的miRNA分子靶点。结果:胃癌来源的外泌体主要集中在肝脏,大多数被肝内巨噬细胞所摄取,且在体外培养和裸鼠体内都能促进巨噬细胞向M2型极化。MKN45与MKN45-HL外泌体训导的裸鼠经脾脏注射小鼠前胃癌细胞后均出现明显的肝转移灶,且MKN45-HL外泌体表现出更强的促肝脏巨噬细胞M2极化和促胃癌细胞肝转移的能力。两者的miRNA组学分析显示了很多差异性表达的miRNAs。高肝转移潜力的胃癌细胞系和肝转移患者血清外泌体中miR-519a-3p显著升高,可经外泌体被巨噬细胞内化,对胃癌肝转移有预测价值,并与肝转移预后密切相关。结论:胃癌细胞来源的外泌体经miR-519a-3p触发肝Kupffer细胞的M2样极化,推进胃癌的肝转移进程,可能是塑造胃癌肝转移前生态位微环境的重要分子。本研究为揭示胃癌肝转移机制提供了新视角,并为未来的治疗策略提供了潜在靶点。
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编辑人员丨5天前
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Identification of lncRNA-miRNA-mRNA networks in late-onset pre-eclampsia
编辑人员丨5天前
Objective::Long non-coding RNAs (lncRNAs) are implicated in multiple pathophysiological processes in placenta-related disorders; however, their expression and function in late-onset pre-eclampsia (LOPE) remain unclear. This study aimed to investigate the expression of lncRNAs in LOPE, construct a competing endogenous RNA (ceRNA) network, and identify the pathways associated with LOPE pathogenesis.Methods::We performed lncRNA and mRNAs microarray profiling to identify the differential expression profiles of lncRNAs and mRNAs in LOPE compared to those in normal pregnancy. Quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR) was performed to validate differentially expressed genes. Subsequently, we generated an interaction network between lncRNAs, (micro-RNAs) miRNAs, and mRNAs based on the Pearson’s correlation coefficient between lncRNAs and mRNAs. Gene ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) enrichment analyses were performed to understand the functional significance of differentially expressed lncRNAs (DElncRNAs) in LOPE.Results::We identified 29 DElncRNAs (25 upregulated and four downregulated) and 212 differentially expressed mRNAs (DEmRNAs; 203 upregulated and nine downregulated) in LOPE placentas. Within them, six lncRNAs and four mRNAs were verified by qRT-PCR. GO and KEGG analyses revealed the potential pathways affected by these mRNAs, such as positive regulation of leukocyte chemotaxis, chemokine signaling pathway, and response to hypoxia. Finally, we constructed a ceRNA network including three DElncRNAs and 124 DEmRNAs, whose competing interactions may be mediated by 17 miRNAs. Two DElncRNAs, ENST00000515376 and ENST00000520544, were found to be hub genes, as they interacted with most miRNAs and mRNAs. ENST00000515376 is most likely related to the metabolic process of arachidonic acid, whereas ENST00000520544 is more likely related to the coagulation system, such as the regulation of blood coagulation and platelet degranulation.Conclusion::Differential expression profile of lncRNAs and the lncRNA-miRNA-mRNA network in LOPE provide potential therapeutic targets for this disease.
Late-onset pre-eclampsia Long non-coding RNAs Competing endogenous RNA network Late-onset pre-eclampsia...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
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子痫前期孕妇胎盘组织中circRNA表达谱及circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络分析
编辑人员丨5天前
目的:通过高通量测序鉴定子痫前期(PE)孕妇胎盘组织中环状RNA(circRNA)的表达谱,构建circRNA-微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)相互作用网络,揭示PE发病的相关通路及调控机制。方法:收集2019年11月至2021年6月在四川大学华西第二医院分娩的42例PE孕妇(PE组)和30例正常妊娠孕妇(对照组)的临床资料并采集其胎盘组织。(1)采用高通量测序技术建立其中5对PE组和对照组孕妇胎盘组织中的差异表达circRNA谱。(2)实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术验证其中6个差异表达circRNA在PE组和对照组胎盘组织中的表达水平。(3)使用生物信息学方法预测靶miRNA和分析共表达mRNA,构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络;并对差异表达circRNA进行基因本体(GO)功能注释分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。(4)采用logistic回归分析、Pearson相关、Kendall tau-b相关分析检验3个差异表达circRNA与PE发生风险、临床特征的相关性。(5)选择circRNA_05393进行后续功能研究,使用小分子干扰RNA、过表达质粒分别敲低或提高滋养细胞系HTR-8/SVneo细胞中circRNA_05393的表达水平,采用穿膜小室(transwell小室)体外实验检测细胞的迁移、侵袭能力,活细胞计数法检测细胞的增殖能力,细胞成管实验检测细胞的成管能力。结果:(1)高通量测序发现了72个差异表达circRNA,其中35个上调,37个下调。(2)qRT-PCR技术检测显示,与对照组比较,PE组孕妇胎盘组织中circRNA_00673(分别为1.306±0.168、2.059±0.242; t=2.356, P=0.021)和circRNA_07796(分别为1.275±0.232、1.954±0.230; t=2.018, P=0.047)的表达水平显著升高,而circRNA_05393(分别为1.846±0.377、0.790±0.094; t=3.138, P=0.002)的表达水平显著降低。(3)circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络中包含3个circRNA、8个miRNA和53个mRNA。GO分析显示,生物过程方面主要富集于铁离子稳态、动作电位膜去极化和神经元动作电位等通路,细胞组分方面主要富集于皮质细胞骨架,质膜成分等,分子功能方面主要富集于电压门控钠通道活性、碱性氨基酸跨膜转运蛋白活性等。KEGG信号通路富集分析显示,相互作用网络中的mRNA主要富集于补体和凝血级联反应、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,p53信号通路,过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路。(4)logistic回归分析结果显示,circRNA_05393表达下调是PE发生的危险因素( OR=0.044,95% CI为0.003~0.596; P=0.019);相关性分析结果显示,circRNA_05393与PE孕妇的收缩压、舒张压显著相关( P均<0.05)。(5)敲低或过表达circRNA_05393显著降低或增加HTR-8/SVneo细胞的迁移、侵袭能力( P均<0.05),但对细胞成管能力、增殖能力无显著影响( P均>0.05)。 结论:胎盘组织中circRNA表达谱的构建、circRNA-miRNA-mRNA相互作用网络的探索为揭示特定circRNA在PE发生中参与的调控机制提供了可能。抑制circRNA_05393可能通过减少滋养细胞的迁移和侵袭来参与PE的进展。
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编辑人员丨5天前
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高通量测序确定肠道病毒A71型感染致宿主细胞miRNA表达谱的改变
编辑人员丨5天前
目的:确定肠道病毒A71型(Enterovirus-A71,EV-A71)感染人扁桃体上皮细胞后miRNA表达谱的改变。方法:EV-A71以感染复数为1感染人扁桃体上皮细胞6 h后,采用Trizol提取总RNA,构建小RNA文库,在Illumina NextSeq 500平台进行高通量测序,处理数据后确定差异表达的已知和新型miRNA种类及其靶基因,进行基因本体和信号途径分析;使用psRNATarget预测具有潜在结合EV-A71基因组的差异表达的miRNA种类。实时定量RT-PCR检测差异表达miRNA的变化倍数。结果:通过高通量测序共鉴定61个已知差异表达的miRNA(下调21个、上调40个)和559个新型miRNA,新型miRNA具有典型的前miRNA的二级发卡结构。实时定量RT-PCR确定hsa-miR-517b-3p和hsa-miR-199a-5p的变化倍数与高通量测序结果基本一致。差异表达miRNA靶基因涉及到不同的生物学过程和信号途径。共鉴定出24个差异表达的miRNA(5个已知miRNA,19个新型miRNA)具有与EV-A71结合的潜在"种子序列"。结论:EV-A71感染人扁桃体上皮细胞后引起miRNA表达谱的显著改变,且差异表达的miRNA可能靶向结合EV-A71基因组进而调控EV-A71复制。
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编辑人员丨5天前
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MicroRNA-141在妇科恶性肿瘤中的研究进展
编辑人员丨5天前
微小RNA-141(microRNA-141,miR-141)是miR-200家族成员之一,其编码基因位于12号染色体,miR-141的前体pre-miRNA在胞浆内可加工生成miR-141-3p和miR-141-5p两种成熟miRNA。miR-141可以作为癌基因或抑癌基因,通过调节不同的信号转导通路,在多种恶性肿瘤中异常表达,参与恶性肿瘤的增殖、分化、侵袭和转移。与妇科癌症相关的途径有miRNA失调和mRNA表达,miR-141的过度表达导致卵巢癌细胞系对顺铂的耐药性增强从而促进肿瘤的生长,miR-141-3p促进子宫内膜癌细胞的增殖,在子宫内膜癌的发展中可以作为促癌miRNA,宫颈癌和癌前病变组织中miR-141的高表达增加了宫颈癌细胞增殖、侵袭和上皮-间质转化。本文对miR-141在妇科恶性肿瘤中的相关研究进展进行综述。
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编辑人员丨5天前
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循环miR-143水平在宫颈癌患者同步放化疗后肿瘤残留的早期预测
编辑人员丨5天前
目的:探讨血清miR-143水平结合MRI在预测宫颈癌同步放化疗(CCRT)早期反应的价值。方法:收集85例经病理证实的宫颈癌患者,在CCRT前均行常规MRI、腔内非相干运动扩散加权成像(IVIM-DWI)和动态增强MRI (DCE-MRI),并收集患者的活检组织和血清样品。应用微阵列芯片分析活检组织中miRNA差异性表达。采用qRT-PCR分析血清样品中miR-143水平。根据术后MRI表现,将患者分为非残留肿瘤组和残留肿瘤组。对两组患者术前临床因素、MRI参数和miR-143进行单因素和多因素分析,绘制受试者工作曲线(ROC)曲线,估计治疗后残留肿瘤发生的最佳阈值和预测性能。结果:CCRT完成后1个月,无残留组52例,残留组33例。残留组肿瘤的国际妇产科联合会分期、表观扩散系数、D和V e明显高于非残留组( P<0.05),K trans明显低于非残留组( P<0.001)。miRNA阵列分析显示两组间有16个miRNAs表达差异( P<0.05),其中miR-143的升高在残留组患者中最为显著。与残留组相比,非残留组的血清miR-143表达显著下调( P=0.002)。与Siha细胞相比,SiHa-R细胞的miR-143表达明显上调( P<0.05)。多因素分析显示只有miR-143、D、K trans和V e是独立的预后因素。ROC曲线分析显示MRI-miR-143组合参数的曲线下面积最高(AUC=0.975),敏感性为84.8%,特异性为96.2%。 结论:治疗前MRI参数与血清miR-143的结合进一步提高了CCRT后残留肿瘤的预测性能,有助于宫颈癌的个性化治疗。
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编辑人员丨5天前
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miRNA在子痫前期中的研究进展
编辑人员丨1个月前
子痫前期(PE)是一种产科疾病,可增加孕产妇出现脑出血、肺水肿、急性肾损伤、肝损伤、弥散性血管内凝血、子痫和胎盘早剥等风险,严重危及母儿生命安全.子痫前期的病理生理为多因素导致,研究表明胎盘功能障碍是导致子痫前期的主要原因.miRNA是一种单链非编码小分子RNA,研究证实子痫前期患者的miRNA表达失调,且miRNA在子痫前期中的功能和作用机制正逐渐被揭示.本综述总结了miRNA通过靶向下游靶蛋白在子痫前期中的主要作用,为miRNA在子痫前期预防和治疗中的作用提供证据.
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编辑人员丨1个月前
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精神分裂症患者外周血中mRNA/miRNA网络综合分析
编辑人员丨1个月前
目的 探索精神分裂症患者外周血中mRNA/微小核糖核酸(miRNA)网络综合分析.方法 纳入2022年12月至2023年2月就诊于该院的精神分裂患者6例作为实验组,志愿者4例作为对照组.收集两组人群血液样本,采用RNA-seq技术检测mRNA及miRNA的表达水平.最后利用基因表达综合数据库中GSE145554基因集进行生物信息学验证分析.结果 与对照组相比,实验组中共分析出差异mRNA 2 133个,其中包括上调mRNA 1 410个,下调mRNA 723个;差异miRNA 150个,其中包括上调miRNA 72个,下调miRNA 78个.京都基因与基因组百科全书和基因本体论富集的生物学过程和信号途径主要包括哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT)信号通路、坏死性凋亡及内质网中的蛋白质加工信号通路等.结论 PI3K-AKT、mTOR、坏死性凋亡及内质网中的蛋白质加工信号通路参与精神分裂的发生发展过程,为阐明精神分裂症的预防、诊断及治疗提供新的研究方向.
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编辑人员丨1个月前