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第三代测序技术在ATR-X综合征家系胚胎植入前遗传学检测中的应用
编辑人员丨1天前
目的:探讨第三代测序技术在染色体微重复相关ATR-X综合征家系胚胎植入前遗传学检测中的临床应用价值。方法:2022年10月就诊于江西省妇幼保健院辅助生殖中心的1例生育过疑似ATR-X综合征患儿的家系为研究对象。染色体拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-Seq)检测女方携带Xq21.1区域550 kb临床意义不明确的杂合微重复,该重复累及 ATRX基因部分序列。采用第三代长读长测序技术对女方基因组序列进行检测,确定上述重复插入基因组的物理位置,明确该重复的致病性,并获得与上述微重复连锁遗传的单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphism,SNP)单倍型。夫妻双方签署知情同意书后行胚胎植入前遗传学检测(preimplantation genetic testing,PGT)助孕。挑选1枚不携带致病性微重复的整倍体胚胎移植,于孕中期羊水穿刺后进行产前诊断,验证是否与PGT结果一致,跟踪随访胎儿出生后情况。 结果:第三代长读长测序及Sanger测序验证结果显示,女方携带的Xq21.1微重复插入至基因组chrX:76804463-76804464(GRCh37/hg19),为 ATRX基因内串联重复,预测可能导致ATRX蛋白正常功能受损。该家系经PGT治疗,获得27枚卵子,卵胞质内单精子注射(intracytoplasmic sperm injection,ICSI)受精后成功养成13枚囊胚。囊胚活检细胞经遗传学检测显示,2枚胚胎为不携带上述致病微重复的整倍体胚胎。冻融胚胎移植1枚正常胚胎,成功妊娠,孕17周羊水穿刺检测结果未见异常,2023年11月孕39 +5周顺产娩一女活婴,体健。 结论:第三代测序技术凭借其长读长的特点,对临床意义不明确微重复进行PGT检测时有显著优势,不仅能够明确微重复插入基因组的位置,判断其致病性,还能够获得与目标变异连锁遗传的SNP单倍型,为后续胚胎检测做准备。
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编辑人员丨1天前
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《活幼心书》小儿腹泻辨治思路探析
编辑人员丨1天前
通过研读元代医家曾世荣著作《活幼心书》,发现曾氏深谙小儿腹泻病因病机。曾氏认为,小儿腹泻与脾胃功能最为密切,又与小儿功能未全而感受六淫之邪、乳食失宜、易受惊吓等相关,临证细分9种腹泻类型,包括冷泻、热泻、伤食泻、水泻、积泻、惊泻、风泻、脏寒泻、疳积酿泻,基于此创立小儿九泻九治法。但防治本病时,曾氏不拘泥于“九治”,其注重调护脾胃,重视辨证论治、活用方剂,分步治疗并考虑患儿体质差异而附有备选方,还强调乳食调护。在整体把握曾氏学术思想基础上,探析其对于小儿腹泻的辨治思路,可为临床提供参考。
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编辑人员丨1天前
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5p15.33微缺失合并17q25.1q25.3微重复综合征1例
编辑人员丨1天前
男,2岁3个月,2021年5月13日因"少主动言语表达"就诊于青岛大学附属青岛妇女儿童医院康复科,系第1胎,孕40 +3周经剖宫产术娩出,出生体质量3.45 kg,出生后因"吃奶差、声音嘶哑3 h"入外院新生儿重症监护室,住院治疗8 d后好转出院,诊断为"新生儿肺炎、先天性心脏病(房间隔缺损)"。患儿自幼发育落后,其伯祖父有"智力障碍、身材矮小、生活不能自理"等表现。本研究通过了青岛大学附属青岛妇女儿童医院医学伦理委员会的审查(QFELL-YJ-2022-09),患儿父母均签署了知情同意书。
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编辑人员丨1天前
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Hb Santa Ana异常血红蛋白病1例
编辑人员丨1天前
患者,男,8岁,吉林长春人。患儿出生后新生儿期黄疸消退延迟,11月龄出现无明显诱因发热伴尿色加深,血常规:HGB 67 g/L,平均红细胞体积(MCV)92.7 fl,平均血红蛋白含量(MCH)29.0 pg,平均血红蛋白浓度(MCHC)313 g/L,网织红细胞比值13.91%,网织红细胞计数0.037×10 12/L;肝功能:总胆红素(TBIL)19.8 μmol/L,直接胆红素(DBIL)12 μmol/L,间接胆红素(IBIL)7.8 μmol/L。外周血涂片:杆状核粒细胞2%,分叶核粒细胞26%,淋巴细胞62%,单核细胞6%,嗜酸分叶核粒细胞2%,异型淋巴细胞2%,已成熟红细胞大小不一,球形红细胞13%,易见泪滴状、盔甲状、棒状等异形红细胞碎片。血红蛋白电泳:HbA 69.9%,HbA 2 2%,HbF 18.4%,HbE 6.6%,Hb-S/D 3.1%,中国人常见17种β珠蛋白基因点突变检测提示β N/β N。自身免疫性抗体:IgM 14.9 U/ml,抗核抗体弱阳性,其余抗体阴性。骨髓涂片:增生活跃,红系增生旺盛,有核红细胞形态大致正常,偶见双核中幼红细胞,分裂红细胞易见,部分成熟红细胞中心淡染区缩小,部分成熟红细胞中空明显,可见变形,可见H-J小体,点彩红细胞易见。输注洗涤红细胞维持HGB为90~100 g/L,患儿尿色加深症状无改善。患儿4岁时出现肝脾肿大症状,腹部B超:肝右锁骨中线肋缘下2.4 cm,脾左肋缘下2.9 cm;尿常规:尿胆红素(++)。为明确诊断,患儿前来本实验室。签署知情同意书后抽取患儿及其父母外周血进行表型及基因型分析。检测结果提示患儿表现为大细胞性贫血,血常规:HGB 76 g/L,MCV 105.57 fl,MCH 30.08 pg,MCHC 276 g/L;高效液相色谱法行血红蛋白电泳:HbF 18.4%,HbA 2 2.0%,HbS 9.7%,利用本实验室建立的毛细管区带快速电泳法测定α和β珠蛋白链提示患儿有异常血红蛋白。患儿常规的地中海贫血基因检测阴性(3种中国人群常见的缺失型α地贫基因、3种中国人群常见的非缺失型α地贫基因和17种中国人群常见的β地贫基因),为了检测患儿是否存在未知突变,对整个β珠蛋白基因进行了DNA测序,测序结果提示患儿携带β珠蛋白基因的罕见错义突变CD88(T>C)。而患儿父母表现出正常的血液学表型:患儿父亲HGB 161 g/L、HbF 1.1%、HbA 2 3.0%,患儿母亲HGB 136 g/L、HbF 1.0%、HbA 2 2.5%;常规地中海贫血基因检测也均为阴性,且测序发现父母双方都没有携带患儿所携带的罕见的错义突变CD88(T>C)。考虑患儿是由于自发突变引起的HBB基因突变,经查询数据库该突变引起异常血红蛋白Hb Santa Ana,该异常血红蛋白案例在国外有过报道,该突变携带患者多表现出大细胞性贫血伴随异常血红蛋白。对患儿进行随访,目前血红蛋白维持在90~100 g/L,肝脾肿大未有改善。
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编辑人员丨1天前
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合并t(X;9;22)(q27;q34;q11.2)复杂变异易位的慢性髓性白血病1例患者
编辑人员丨1天前
男,54岁,因"乏力、腹胀半年余"于2022年8月入院。体格检查:轻度贫血貌,皮肤黏膜无黄染及出血点,全身浅表淋巴结无肿大;心、肺听诊无异常;胸骨无压痛,肝肋缘下未触及,巨脾(甲乙线:17 cm,甲丙线:21 cm,丁戊线:+3 cm),质韧,无触痛。血常规:白细胞:116.85 × 10 9/L[(3.50 ~ 9.50)× 10 9/L],中性粒细胞109.51 × 10 9/L[(1.80 ~ 6.30)×10 9/L],血红蛋白:100 g/L(115 ~ 150 g/L),血小板:720 × 10 9/L[(125 ~ 350) × 10 9/L];外周血涂片:白细胞增多,可见各阶段粒系幼稚细胞,血小板增多。骨髓涂片:增生明显活跃,粒系占82.5%,原粒2.5%,早幼粒1%,中性晚幼粒细胞偏多,中性中、晚幼粒无明显核浆分离现象,嗜碱性粒细胞比例增高,中性粒细胞碱性磷酸酶阳性率2%,积分3分,提示为慢性髓性白血病(chronic myeloid leukemia,CML)。骨髓免疫分型:粒系优势增生伴分化成熟欠佳,可见2.35%的髓系原始细胞,另可见5.05%的嗜碱性粒细胞。染色体核型G带+R带分析:46,Y,t(X;9;22)(q27;q34;q11.2)[20](图1)。白血病46种融合基因:检测到 BCR- ABL1融合基因(P210型)。髓系肿瘤相关的19种基因变异及 CALR基因第9外显子变异检测、 JAK2基因V617F变异、 MPL基因W515L/K变异检测结果均为阴性。 BCR- ABL P210融合基因定量:1.11 × 10 6/Copies。 BCR- ABL激酶变异检测:均未见变异。t(9;22) BCR/ ABL融合基因荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)检测:阳性(异常比例:36.75%)(图2)。诊断:CML(慢性期)。本研究通过了本院医学伦理委员会的审查(2023BYEFYLL032),患者及其家属均已签署临床研究知情同意书。
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编辑人员丨1天前
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新生儿葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症筛查及基因突变特征分析
编辑人员丨1个月前
目的:探讨贵阳地区新生儿葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症发病情况和基因突变特点。方法:选择2020年9月1日至2022年6月30日在贵阳市所有助产机构出生,并进行G6PD筛查的89 715例活产新生儿为研究对象。采集其足跟血滤纸干血斑标本(DBS),采用荧光分析法定量初筛G6PD活性。对于G6PD≤27 U/dL的G6PD缺乏症初筛呈阳性新生儿,召回至贵阳市新生儿疾病筛查中心,采集空腹肘静脉血1~2 mL,采用G6PD/6-磷酸葡萄糖脱氢酶(6PGD)比值法与多色探针荧光熔解曲线(MMCA)法基因突变检测,进行新生儿G6PD缺乏症诊断。本研究经贵阳市妇幼保健院伦理委员会批准(科研伦理审查批件2021-56号),并与新生儿监护人签订临床研究知情同意书。结果:本研究89 715例新生儿中,G6PD缺乏症初筛阳性率为1.40%(1 254/89 715),其中男性新生儿的初筛阳性率为1.85%(888/47 983),女性为0.88%(366/41 732),男性新生儿G6PD缺乏症初筛阳性率显著高于女性,并且差异有统计学意义(χ2=153.52,P<0.001)。这1 254例G6PD缺乏症初筛阳性新生儿的召回复查率为74.96%(940/1 254)。940例被召回复查新生儿中,被确诊为G6PD缺乏症者为895例,召回确诊率为95.21%(895/940),其中男性确诊率为98.10%(673/686),女性为87.40%(222/254);经G6PD/6PGD比值法被确诊为G6PD缺乏症者为694例,召回确诊率为73.83%(694/940),其中男性确诊率为82.51%(566/686),显著高于女性的50.39%(128/254),并且差异有统计学意义(χ2=98.94,P<0.001);经MMCA法基因突变检测被确诊为G6PD缺乏症者为846例,召回确诊率为90.00%(846/940),其中男性确诊率为95.48%(655/686),显著高于女性的75.20%(191/254),差异有统计学意义(χ2=84.74,P<0.001)。846例经基因突变检测确诊为G6PD缺乏症新生儿中,G6PD基因单一突变型为13种和复合杂合突变为6种,排名前4位G6PD基因热点突变类型依次为c.1024C>T(235例,占27.78%),c.1388G>A(205例,占24.23%),c.95A>G(163例,占19.27%),c.1376G>T(152例,占17.97%)。结论:贵阳地区新生儿G6PD缺乏症初筛阳性者中,召回复查率较低。该地区G6PD缺乏症新生儿排名前4位的G6PD基因突变类型以c.1024C>T、c.1388G>A、c.95A>G、c.1376G>T为主。开展G6PD活性筛查及相关诊断检测,有利于新生儿G6PD缺乏症的早诊断、早治疗。
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编辑人员丨1个月前
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基于经皮冠状动脉介入治疗术后支架内再狭窄的免疫相关基因及免疫细胞浸润的生物信息学分析
编辑人员丨2024/7/27
目的:筛选支架内再狭窄(ISR)中差异表达的免疫相关基因(DEIRGs),分析ISR中免疫细胞浸润情况,并阐明ISR发生发展的机制.方法:由基因表达数据库(GEO)下载GSE46560数据集样本mRNA基因表达数据,分为ISR组与非ISR(non-ISR)组.采用R软件"Limma"包筛选出差异表达基因(DEGs)并与免疫相关基因(IRGs)交集获得ISR中DEIRGs.采用R软件进行DEIRGs的基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,采用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,以Cytoscape软件可视化并计算核心基因(Hub基因).绘制Hub基因的受试者工作特征(ROC)曲线,计算ROC曲线下面积(AUC),并评价其诊断价值.采用CIBERSORT软件分析ISR中免疫细胞浸润情况,Pearson相关分析法分析免疫细胞间及其与关键基因之间的相关性.结果:共鉴定出331个DEGs(P<0.05,|log2FC|>1),其中176个基因表达上调,155个基因表达下调,获得38个DEIRGs.GO功能富集分析,在生物过程(BP)中DEIRGs主要富集在防御反应、免疫反应和免疫系统;在细胞组分(CC)中DEIRGs主要定位于胞外区和细胞质膜等;在分子功能(MF)中主要参与调控信号受体结合和细胞因子受体活性等.KEGG信号通路富集分析,ISR中DEIRGs主要富集于磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)和转化生长因子β(TGF-β)等信号通路.PPI 网络,前 10位Hub基因中 CD19 具有最高节点.与 non-ISR 组比较,ISR组样本中 CD19 mRNA 表达水平明显升高(P<0.05).CD19 mRNA 表达的 ROC 曲线中 AUC值为 0.92(P<0.05).免疫细胞浸润分析,与non-ISR组比较,ISR组患者滤泡辅助性T淋巴细胞(Tfh)浸润水平升高(P<0.05),初始B淋巴细胞、CD8+T淋巴细胞、幼稚CD4+T淋巴细胞和M0 巨噬细胞等浸润水平升高,但差异无统计学意义(P>0.05),记忆性B淋巴细胞、活化性记忆CD4+T淋巴细胞、调节性T淋巴细胞、静息性自然杀伤(NK)细胞、活化性NK细胞、单核细胞、静息性肥大细胞和中性粒细胞等浸润水平降低,但差异无统计学意义(P>0.05).Tfh与M0巨噬细胞和静息肥大细胞等呈正相关关系(r=0.88,P<0.05;r=0.68,P<0.05),与单核细胞和中性粒细胞呈负相关关系(r=-0.49,P<0.05;r=-0.42,P<0.05).结论:CD19可能通过调控PI3K-AKT信号通路激活影响Tfh和B淋巴细胞,促进ISR的发生发展.CD19可作为诊断ISR的生物标志物.
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编辑人员丨2024/7/27
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基于斑马鱼模型和网络药理学研究四方木皮的抗炎作用及其机制
编辑人员丨2024/7/20
通过网络药理学-分子对接的方法,探讨四方木皮抗炎的作用机制,并用斑马鱼炎症模型进行验证.利用网络药理学预测四方木皮抗炎的有效成分、潜在核心靶点和信号通路.用脂多糖(LPS)诱导斑马鱼炎症模型,以细胞凋亡率和活性氧(ROS)生成率等指标来评价四方木皮水提物和 70%乙醇提取物的抗炎活性,用qPCR验证预测的主要靶点.预测发现,四方木皮的潜在抗炎靶点有 121 个,PPI分析显示,四方木皮抗炎主要作用于信号传导和转录激活因子 3(signal transducer and ac-tivator of transcription 3,STAT3)、血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、表皮生长因子(epidermal growth factor,EGF)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、肿瘤蛋白p53(tumor protein p53,TP53)、基质金属蛋白酶9(ma-trix metalloprotein 9,MMP9)、c-fos原癌蛋白(c-fos proto-oncogene protein,FOS)、环状素受体 1(estrogen receptor 1,ESR1)、趋化因子 8(c-x-c motif chemokine ligand 8,CXCL8)、白细胞分化抗原 8(cluster of differentiation 8,CD8)等靶点;基因本体(Gene On-tology,GO)分析显示,生物过程主要作用于抑制细胞凋亡过程、基因表达的正调控、细胞增殖的正向调节;京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析表明,MAPK信号通路、PI3K-Akt信号途径、HIF-1信号通路等可能在四方木皮抗炎中起关键作用;分子对接显示,5 种关键成分与核心靶点均具有较强的结合力.斑马鱼动物实验表明,四方木皮可显著抑制炎症导致的ROS形成,降低幼鱼体内细胞死亡,抑制了组织中炎症反应的增强.此外,与空白组相比,模型组中核因子(nuclear factor,NF)-κB、TP53、FOS、衔接蛋白复合物-1(adaptor protein complex-1,AP-1)、丝裂原活化蛋白激酶P38(mitogen-activated protein kinases P38,P38)的转录水平显著上调;与模型组相比,四方木皮水提物和 70%乙醇提取物组的斑马鱼组织中NF-κB、TP53、FOS、AP-1、P38 的mRNA表达明显下调.四方木皮通过多成分、多靶点发挥抗炎作用,且其抗炎作用可能与抑制MAPK信号通路有关.
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编辑人员丨2024/7/20
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旋毛虫新生幼虫细胞外囊泡的分离鉴定及组学分析
编辑人员丨2024/6/22
目的 分离并鉴定旋毛虫新生幼虫分泌的细胞外囊泡(EV)主要成分,了解新生幼虫EV的功能.方法 消化旋毛虫保种小鼠肌肉,手机旋毛虫肌幼虫,昆明小鼠灌胃感染肌幼虫(2 000条/鼠)后5d取小肠,网筛法收集旋毛虫成虫,成虫置于RPMI 1640培养液中培养48 h后收集新生幼虫.采用差速超速离心法提取旋毛虫新生幼虫培养液中的EV,透射电子显微镜观察EV形态,使用纳米颗粒跟踪分析技术检测EV的粒径,蛋白质免疫印迹(Western blotting)验证EV蛋白.对新生幼虫及其EV进行蛋白组质谱分析和miRNA测序分析,采用t检验比较新生幼虫及其EV之间蛋白和miRNA的表达差异.差异表达蛋白和miRNA靶基因进行基因本体论(GO)功能条目富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.使用WoLFPSORT分析蛋白的亚细胞定位.结果 透射电子显微镜和纳米颗粒跟踪分析结果显示,旋毛虫新生幼虫分泌的EV为"杯盘"形膜性囊泡,平均粒径为(101.7±1.8)nm.Western blotting结果显示,新生幼虫EV能与旋毛虫感染小鼠血清产生特异性条带,相对分子质量约为65 000.蛋白组质谱分析结果显示,新生幼虫及其EV样品中分别检测到1424和231种蛋白,有220种蛋白在两组样品中均有表达,其中116种表达有差异(在EV中31种表达上调、85种表达下调).蛋白亚细胞定位分析结果显示,差异蛋白主要分布于细胞质(30.2%,35/116)、细胞核(19.0%,22/116)和细胞膜(17.2%,20/116).miRNA测序结果显示,新生幼虫及其EV样品分别检测到183和117种miRNA,有46种miRNA在两组样品中均有表达,其中40种表达有差异(在EV中10种表达上调、30种表达下调).在EV中表达上调的10种miRNA中,let-7-5p表达最高.GO功能条目富集分析结果显示,差异蛋白有57种属于细胞组成、73种具有分子功能、63种参与生物过程,差异miRNA的靶基因主要与自噬相关12基因转移酶活性、胞质泛素连接酶复合物、细胞对紫外线A的响应和钙离子稳态等条目有关.KEGG通路富集分析结果显示,差异蛋白主要富集在代谢途径、内质网中的蛋白质加工等相关通路,差异miRNA的靶基因仅涉及自噬-其他1条途径.结论 本研究分离并鉴定了旋毛虫新生幼虫分泌的EV,检测到新生幼虫及其EV间差异表达的116种蛋白和40种miRNA,主要参与代谢、自噬等途径,推测新生幼虫EV可能在旋毛虫感染早期逃避宿主免疫防御的过程中发挥重要作用.
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编辑人员丨2024/6/22
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血小板CD36缺失个体永生化淋巴母细胞株的建立及验证
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨血小板CD36缺失个体永生化淋巴母细胞株的构建及验证方法.方法 选择2012年1月至2018年1月经相关检测确定为血小板CD36缺失的8例个体为研究对象.其中,6例为于南宁中心血站参与献血的无偿献血者,1例为广西923医院收治的血小板输注无效(PTR)患者,1例为广西壮族自治区妇幼保健院收治的胎儿/新生儿同种免疫血小板减少症(FNAIT)患儿母亲.全部受试者年龄为15~66岁,研究前期经流式细胞术与血小板抗原单克隆抗体特异性免疫固定试验(MAIPA)及CD36基因分型等技术的检测,鉴定为血小板CD36缺失者,其中1例为CD36基因538T>C突变杂合子,3例为380C>T突变杂合子,1例为329-330del突变纯合子,3例为329-330del突变杂合子.采集受试者肝素抗凝血5 mL,并且分离淋巴细胞.采用EB病毒(EBV)与环孢素处理血小板CD36缺失个体的外周血淋巴细胞,获得永生化淋巴母细胞株,稳定传代后冻存,并且对这些细胞株进行复苏活性与支原体检测,同时进行CD36基因的测序验证.本研究遵循的程序符合2013年修订版《世界医学会赫尔辛基宣言》的要求,征得受试者的知情同意,并与之签署知情同意书.结果 ① 受试者外周血淋巴细胞经EBV与环孢素处理后,继续培养7 d后,细胞母细胞化,细胞边缘多刺,部分细胞凝集呈团状.持续更换全培养液约1个月,细胞大量增殖,生长旺盛,肉眼可见较多克隆球形成,成功获得CD36缺失永生化淋巴母细胞株.②CD36缺失永生化淋巴母细胞株传代20代后,冻存于液氮;全部CD36缺失永生化淋巴母细胞株均复苏成功,倒置相差显微镜下观察细胞株生长状态良好.③CD36缺失永生化淋巴母细胞株支原体检测结果示阴性.④ 对CD36缺失永生化淋巴母细胞株DNA进行PCR扩增测序结果显示,其与建株前血小板CD36缺失个体的CD36基因型完全一致,没有发生基因突变.本研究建立的CD36缺失永生化淋巴母细胞株基因类型包括CD36基因538T>C突变杂合子(1例),380C>T突变杂合子(3例),329-330del突变纯合子(1例),329-330del突变杂合子(3例).结论 CD36缺失永生化淋巴母细胞株传代稳定,血小板CD36缺失个体的基因能够稳定地被保存,并且为CD36基因相关的血小板免疫学等方面研究提供永久性实验材料.
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编辑人员丨2023/8/6
