目的:探讨宏基因组学二代测序技术(mNGS)在新生儿疑难感染性疾病中的临床应用。方法:回顾性分析2019年9月至2020年12月于郑州大学第三附属医院新生儿科住院治疗且经脑脊液、肺泡灌洗液或血液病原菌mNGS技术确诊的不明原因发热、抗感染治疗效果欠佳、危重感染患儿的临床资料和病原学mNGS结果。结果:4例新生儿，其中男2例，女2例，起病年龄为生后5 h至26 d。2例患儿为脑炎/脑膜炎，其中例1患儿表现为发热、抽搐、昏迷，例2患儿长期抗生素治疗临床症状不能缓解且脑脊液细胞数不能恢复正常；例3患儿长期发热伴C-反应蛋白增高，例4患儿发热、咳嗽、呼吸窘迫。传统培养均未检出致病微生物，mNGS分别检测出人单纯疱疹病毒2型、微小脲原体、人类疱疹病毒5型、结核分支杆菌复合群。结论:mNGS有助于不明原因发热、治疗效果欠佳、危重感染等新生儿疑难病原体感染的诊断。

目的:探讨第三代测序技术在染色体微重复相关ATR-X综合征家系胚胎植入前遗传学检测中的临床应用价值。方法:2022年10月就诊于江西省妇幼保健院辅助生殖中心的1例生育过疑似ATR-X综合征患儿的家系为研究对象。染色体拷贝数变异测序（copy number variation sequencing，CNV-Seq）检测女方携带Xq21.1区域550 kb临床意义不明确的杂合微重复，该重复累及 ATRX基因部分序列。采用第三代长读长测序技术对女方基因组序列进行检测，确定上述重复插入基因组的物理位置，明确该重复的致病性，并获得与上述微重复连锁遗传的单核苷酸多态性位点（single nucleotide polymorphism，SNP）单倍型。夫妻双方签署知情同意书后行胚胎植入前遗传学检测（preimplantation genetic testing，PGT）助孕。挑选1枚不携带致病性微重复的整倍体胚胎移植，于孕中期羊水穿刺后进行产前诊断，验证是否与PGT结果一致，跟踪随访胎儿出生后情况。 结果:第三代长读长测序及Sanger测序验证结果显示，女方携带的Xq21.1微重复插入至基因组chrX：76804463-76804464（GRCh37/hg19），为 ATRX基因内串联重复，预测可能导致ATRX蛋白正常功能受损。该家系经PGT治疗，获得27枚卵子，卵胞质内单精子注射（intracytoplasmic sperm injection，ICSI）受精后成功养成13枚囊胚。囊胚活检细胞经遗传学检测显示，2枚胚胎为不携带上述致病微重复的整倍体胚胎。冻融胚胎移植1枚正常胚胎，成功妊娠，孕17周羊水穿刺检测结果未见异常，2023年11月孕39 +5周顺产娩一女活婴，体健。 结论:第三代测序技术凭借其长读长的特点，对临床意义不明确微重复进行PGT检测时有显著优势，不仅能够明确微重复插入基因组的位置，判断其致病性，还能够获得与目标变异连锁遗传的SNP单倍型，为后续胚胎检测做准备。

目的:评价核酸分型定量法HPV检测（BMRT-HPV）用于子宫颈癌筛查的临床价值。方法:采用巢式抽样法，在2016年9月—2018年1月中国子宫颈癌筛查多中心研究（CHIMUST）项目5个筛查点的8 856例妇女中，选取其中医生取样或自取样标本中任一检测方法HPV阳性或HPV阴性但细胞学结果≥低级别鳞状上皮内病变（LSIL）者共1 495例行BMRT-HPV检测，同时按照1∶2比例抽取年龄和参加筛查时间相匹配的HPV与细胞学结果均为阴性的2 990例为对照。CHIMUST项目中对任一HPV阳性妇女回叫行阴道镜下子宫颈病灶四象限定点活检+随机活检+子宫颈管搔刮术方案子宫颈活检，以医生取样标本的基于实时PCR技术的Cobas 4800 HPV检测（Cobas-HPV）、基于第2代基因测序技术的HPV分型检测（SEQ-HPV）为对照，以子宫颈活检病理诊断为“金标准”，分析BMRT-HPV检测的高危型HPV（HR-HPV）亚型与Cobas-HPV、SEQ-HPV检测的一致性，并比较3种HPV检测方法对子宫颈上皮内瘤变（CIN）Ⅱ及以上级别病变（CIN Ⅱ +）、CIN Ⅲ及以上级别病变（CIN Ⅲ +）的筛查效率。 结果:（1）BMRT-HPV检测方法分别与Cobas-HPV、SEQ-HPV检测方法比较，检测HR-HPV亚型整体的一致性分别为94.8%、94.4%，Kappa值分别为0.827、0.814。（2）BMRT-HPV、Cobas-HPV、SEQ-HPV 3种方法对CINⅡ +筛查的敏感度分别为92.62%、94.26%、93.44%，两两比较，差异均无统计学意义（ P>0.05）；特异度分别为84.67%、83.25%、82.76%，BMRT-HPV检测对CINⅡ +筛查的特异度显著高于Cobas-HPV、SEQ-HPV检测（ P<0.01）。3种HPV检测方法对CIN Ⅲ +筛查的敏感度均达到100.00%，BMRT-HPV检测对CIN Ⅲ +筛查的特异度也显著高于Cobas-HPV、SEQ-HPV检测（分别为83.40%、81.95%、81.50%， P<0.01）。检出1例CINⅡ +或CIN Ⅲ +所需要行阴道镜下子宫颈活检病理检查的患者数，BMRT-HPV检测显著少于Cobas-HPV和SEQ-HPV检测（ P<0.01）。Cobas-HPV、SEQ-HPV、BMRT-HPV检测初筛阳性者分别以HPV 16和（或）18型（HPV 16/18型）阳性联合细胞学结果≥未明确诊断意义的不典型鳞状上皮细胞（ASCUS；即为方案一、二、三）进行二次分流，3种筛查方案对CIN Ⅱ +、CIN Ⅲ +筛查的敏感度分别比较均无显著差异（ P>0.05），但方案三（即BMRT-HPV初筛阳性者）筛查CIN Ⅱ +、CIN Ⅲ +的特异度显著高于方案一（即Cobas-HPV初筛阳性者）和方案二（即SEQ-HPV初筛阳性者； P<0.05），而且阴道镜转诊率方案三也显著低于方案一、二（ P<0.05）。 结论:BMRT-HPV检测筛查子宫颈癌具有与Cobas-HPV、SEQ-HPV检测相似的敏感度，但特异度更高，可作为子宫颈癌的初筛方法，值得临床推广使用。

目的:探讨46，XY性发育异常(DSD)患者的分子诊断方法和临床特点，加深对疾病的认识。方法:采用基于多重PCR的AA芯片法和探针捕获法两种靶向二代测序技术，对2009年7月至2021年6月于上海交通大学医学院附属第九人民医院诊治的206例46，XY DSD患者进行基因检测，并对分子诊断明确患者的临床特点进行分析。结果:206例患者中，同时有小阴茎、尿道下裂、隐睾三种表型的患者诊断率最高，可达75.28%。患者均有不同程度外生殖器男性化不全表现，其中小阴茎伴有尿道下裂最为常见(87.25%)。81例(39.32%)患者检测为单一基因突变，104例(50.49%)患者存在多个基因突变，21例(10.19%)患者未检测到基因突变。根据美国医学遗传学和基因组学(ACMG)指南统计致病和可疑致病比例，发现明确分子诊断的有107例，诊断率为51.94%，包括类固醇5α-还原酶2(SRD5A2)突变40例(37.38%)，雄激素受体(AR)突变36例(33.64%)，类固醇生成因子1(NR5A1)突变18例(16.82%)，17β-羟类固醇脱氢酶3(HSD17B3)突变6例(5.61%)，17α-羟化酶/17，20-裂解酶(CYP17A1)、Wilms肿瘤相关基因1(WT1)、GATA结合蛋白4(GATA4)突变各2例(1.87%)，黄体生成素受体(LHCGR)突变1例(0.93%)。在81例青春期后患者中，29例有乳房发育，其中25例(86.21%)为AR突变。结论:46，XY DSD患者的临床表型和分子病因复杂。靶向二代测序具有高通量、高效率、低成本的优势，尤其对遗传异质性较强的46，XY DSD病因诊断具有重要价值。

目的:探讨UBQLN2基因罕见变异与肌萎缩侧索硬化（ALS）发病的相关性。方法:通过二代测序技术对2018年1月至2020年7月就诊于北京大学第三医院神经内科的ALS患者进行基因检测，筛选出UBQLN2基因可能的致病性罕见变异，分别与国际千人基因组计划（1000 Genome Project）2 504个样本及国内全外显子测序健康对照数据库1 812个样本比对分析，进行序列核关联性检验（SKAT）及优化的SKAT（SKAT-O），并分析其致病性罕见变异携带者的临床表型特点。结果:共纳入166例中国ALS患者，家族性病例33例，散发性病例133例，男女比例为1.68∶1，发病年龄（43.8±12.2）岁，球部起病占12.7%，肢体起病占85.5%，5例为ALS合并额颞叶痴呆（FTD）（3.0%）。共筛选出3个UBQLN2基因可能的致病性罕见变异，c.128A>G（p.Lys43Arg）、c.142G>T（p.Val48Leu）及c.1451T>G（p.Val484Gly），均为错义突变，既往未见致病性报道。以1000 Genome Project作为对照，SKAT P=2.49×10 -6，SKAT-O P=9.22×10 -7；以国内全外显子测序健康对照数据库作为对照，SKAT P=1.42×10 -3，SKAT-O P=1.10×10 -3；携带UBQLN2基因罕见变异患者球部起病比例较其他患者高（2/3比19/163， P=0.042）。 结论:UBQLN2基因罕见变异与ALS发病存在相关性，该基因突变可能与球部起病相关。

目的:探讨胃具有腺和神经内分泌双向分化的癌（AC）的临床病理学特征。方法:收集苏州大学附属第三医院/常州市第一人民医院2019—2020年诊断的胃AC 2例患者的临床资料，观察其组织形态学特征，通过免疫组织化学染色、特殊染色及二代测序等技术分析其免疫表型及分子特征，并复习相关文献。结果:2例患者均为男性。例1，54岁，病变位于胃窦，肿瘤最大径为4 cm；例2，75岁，病变位于贲门，肿瘤最大径为2 cm。镜下观察肿瘤细胞主要呈片状或条索状分布，细胞异型性大，核仁明显，核分裂象多见，肿瘤细胞主要为印戒细胞样，例1可见神经内分泌肿瘤成分，并伴淋巴结转移，例2局灶伴有细胞外黏液，还可见瘤巨细胞。2例肿瘤细胞均弥漫强阳性表达突触素、嗜铬粒素A和CD56，广谱细胞角蛋白、MUC1和MUC4也有表达，不表达MUC2、MUC5AC及MUC6。特殊染色结果：阿辛蓝-过碘酸雪夫（AB-PAS）染色阳性。二代测序结果：例1 RAD51D p.Arg266Cys错义突变，例2 TSC1、SMAD4、PALB2、VEGFA、FGFR3错义突变，TP53无义突变，PTEN剪接位点变异，MYC拷贝数扩增。结论:胃AC是一种同时具有神经内分泌和腺上皮分化特征的罕见肿瘤，结合组织学形态、免疫表型、AB-PAS染色结果及基因变异特点有助于诊断。

目的:应用新一代长读长测序技术精准确定复制缺陷型痘苗病毒天坛株(non-replicating Tiantan strain of vaccinia virus，NTV)全基因组序列及其开放阅读框(ORFs)组成。方法:基于本实验室储备的NTV，在鸡胚成纤维细胞上进行扩增并纯化，提取NTV全长基因组核酸。PacBio HiFi测序从头组装获取NTV全长基因组序列。以同源注释的策略确定其ORF组成，并分析其与已知复制缺陷型痘苗病毒毒株ORF异同。结果:NTV全长共171 729 bp，GC含量为33%，其独特的倒置末端重复(ITR)区域包含发夹结构、两个串联重复区域及3个非重复区域。NTV共有166个ORFs，与第三代天花病毒疫苗改良安卡拉株(MVA-BN)和复制缺陷型哥本哈根株(NYVAC)株相比，主要差异位于ITR及其周围区域，3个毒株共同享有138个ORFs，NTV特有6个编码与病毒逃避宿主抗病毒反应相关的ORFs。结论:通过三代测序技术精准确定NTV全基因组序列及ORFs组成，并揭示其与其他复制缺陷型痘苗病毒毒株的异同，为新一代猴痘疫苗和痘苗病毒载体研发应用提供重要参考。

目的:对1个遗传性多发性骨软骨瘤家系进行基因变异检测，明确其可能的致病原因。方法:提取先证者及其家系成员的外周血基因组DNA，用二代测序技术(next generation sequencing，NGS)筛查先证者 EXT1/ EXT2编码区及邻近内含子序列，对疑似致病变异进行先证者及家系成员Sanger测序和酶切验证。 结果:NGS检测结果显示先证者 EXT1基因第10外显子存在c.1911C>A杂合无义变异，Sanger测序验证家系中先证者及父亲均检测到该变异，而先证者三姐及对照均未携带该变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南，判定 EXT1基因c.1911C>A变异为致病性变异(PVS1+PM2+PP1)。 结论:EXT1基因的c.1911C>A可能是该家系的致病原因，该变异的检出拓展了遗传性多发性骨软骨瘤的基因变异谱。

目的:探讨不同的错配修复（MMR）蛋白和微卫星不稳定性（MSI）状态检测方法在子宫内膜癌分子分型中的一致性及差异原因。方法:收集2021年1月至2023年4月北京大学第三医院病理科诊断的214例子宫内膜癌患者，对其MMR蛋白的免疫组化（MMR-IHC）检测结果进行复核，通过二代测序（NGS）技术进行MSI状态（MSI-NGS）及多基因体细胞突变、胚系MMR基因突变检测，计算肿瘤突变负荷（TMB）值。对MMR-IHC检测与MSI-NGS检测结果不相符的患者进一步进行MSI-PCR检测和MLH1基因启动子甲基化检测，并结合TMB值综合评估MMR、MSI状态，明确分子分型。结果:（1）214例子宫内膜癌患者中，POLE突变（POLEmut）型22例，错配修复缺陷（MMR-d）型55例，p53异常（p53abn）型29例，无特殊分子改变（NSMP）型108例。其中，MMR-d型患者的中位确诊年龄为54岁、侵袭性病理亚型（包括子宫内膜样癌G 3和非子宫内膜样癌）的比例为40.0%（22/55），均高于NSMP型［分别为50岁、12.0%（13/108）］，两者分别比较，差异均有统计学意义（ P均<0.05）。（2）214例患者中，MMR-IHC检测显示，153例患者判定为错配修复正常（MMR-p），49例判定为MMR-d，12例患者难以直接判读；MSI-NGS检测显示，164例患者判定为微卫星稳定性（MSS；与MMR-p对应），48例患者判定为高度微卫星不稳定性（MSI-H；与MMR-d对应），2例患者因有效测序深度未满足质控标准而无MSI结果。MMR-IHC检测与MSI-NGS检测结果的一致率为94.3%（200/212），12例不符合患者的MMR-IHC检测结果为MMR-d或亚克隆缺失，但MSI-NGS检测均判定为MSS，其中MLH1和PMS2蛋白表达共缺失或亚克隆缺失10例。12例不符合患者中，3例检出POLE基因致病性突变而归为POLE突变型；另外9例患者中，8例有MSI-PCR检测结果的患者中5例为MSI-H、3例为低度微卫星不稳定性（MSI-L），7例TMB值高于10个突变/Mb，6例检出MLH1基因启动子甲基化，综合分析后9例患者均判定为MMR-d。（3）55例MMR-d型子宫内膜癌患者中，15例（27.3%，15/55）确诊为Lynch综合征。15例Lynch综合征相关MMR-d型子宫内膜癌患者的TMB值［（71.5±20.1）个突变/Mb］显著高于40例散发性MMR-d型子宫内膜癌患者［（41.9±24.3）个突变/Mb； t=3.51， P=0.001］；20例MSH2和（或）MSH6蛋白表达缺失患者的TMB值［（71.0±26.2）个突变/Mb］显著高于35例MLH1和（或）PMS2蛋白表达缺失者［（38.2±19.1）个突变/Mb； t=-4.71， P<0.001］。55例MMR-d型子宫内膜癌患者中，突变率排序前10个的基因是PTEN（85.5%，47/55）、ARID1A（80.0%，44/55）、PIK3CA（69.1%，38/55）、KMT2B（60.0%，33/55）、CTCF（45.5%，25/55）、RNF43（40.0%，22/55）、KRAS（36.4%，20/55）、CREBBP（34.5%，19/55）、LRP1B（32.7%，18/55）、BRCA2（32.7%，18/55）基因，其中PTEN、ARID1A、PIK3CA基因共突变率为50.9%（28/55）。 结论:MMR-IHC检测与MSI-NGS检测结果的—致率较高，两种方法检测结果不一致多见于MLH1基因启动子高甲基化状态导致的MLH1和PMS2蛋白表达共缺失或MMR蛋白亚克隆缺失，必要时应结合MLH1基因甲基化、MSI-PCR、MMR基因胚系突变及TMB值综合评估MMR、MSI状态，为子宫内膜癌患者提供精准的分子分型。

目的:比较悬浮细胞MDCK和贴壁细胞MDCK两种培养体系对流感病毒分离培养的差异，探讨悬浮细胞的应用前景。方法:通过细胞计数记录两种细胞的活细胞密度和细胞特定生长速率，使用WHO推荐疫苗株进行病毒感染实验，连续传代5次后观察血凝效价并对HA和NA基因进行测序，观察基因突变情况。结果:悬浮细胞的24 h、48 h活细胞密度较贴壁细胞更稳定；病毒连续传代培养至第三代时悬浮细胞培养的病毒HA滴度可达1∶256以上，而贴壁细胞则无滴度；悬浮细胞培养的H3N2和BV亚型流感病毒第四代和第五代HA基因各发生1个氨基酸位点突变，贴壁细胞两个代次内未发现基因突变，NA基因均未发现基因突变。结论:悬浮MDCK细胞较贴壁细胞生长更为稳定，且病毒分离培养效率高，连续传代病毒突变率低，在基于细胞培养技术的流感疫苗生产工艺中具备一定的可行性。