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千岛湖外来物种蓝鳃太阳鱼的生活史特征及适应性
编辑人员丨1天前
为研究蓝鳃太阳鱼(Lepomis macrochirus)种群生活史特征及适应性,以千岛湖蓝鳃太阳鱼种群为研究对象,于2021年3月至2023年1月逐月采集样本共3484尾,系统研究了蓝鳃太阳鱼年龄、生长、繁殖和死亡等生活史特征及适应性.结果表明:千岛湖蓝鳃太阳鱼的种群平均体长为(88±0.6)mm,平均体重为(30.42±0.53)g.其种群年龄结构简单,1-2龄的低龄个体占优势(83.97%).通过拟合幂函数方程得到体长与体重关系式为BW=1×10-5SL3.1543(N=3484,R2=0.97).另外,千岛湖蓝鳃太阳鱼具有明显的雌雄异形现象,其繁殖季节为4-9月,绝对繁殖力为(11405±921)粒/尾,相对繁殖力为(282±14)粒/g,平均卵径为(0.74±0.003)mm.最后,利用Pauly 经验公式和长度变换渔获曲线法分别估算出:自然死亡系数(M)为1.05,总死亡系数(Z)为 3.58,捕捞死亡系数(F)为2.53,种群开发率(E)为 0.71.综上,千岛湖蓝鳃太阳鱼的种群呈现出典型的 r 生活史对策,整体种群数量呈上升趋势,种群规模具有进一步扩张的潜在风险,亟需相应的管理和控制.与原产地北美及其他入侵地的种群相比,蓝鳃太阳鱼在繁殖时间及早期生长速度等的改变是其成功入侵千岛湖的关键适应性特征.研究结果补充了国内有关蓝鳃太阳鱼的种群生长特性、年龄结构和繁殖特征等基础资料,揭示了其在千岛湖入侵成功的适应性机制,为我国蓝鳃太阳鱼的入侵防控提供了重要的理论依据.
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编辑人员丨1天前
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我国食品来源金黄色葡萄球菌种群结构分析
编辑人员丨1周前
目的:了解我国食源性金黄色葡萄球菌(金葡菌)的种群结构。方法:通过全基因组测序方法对2006-2020年我国16个省份收集的763株食源性金葡菌进行多位点序列分型、葡萄球菌蛋白A编码基因( spa)和葡萄球菌染色体 mec基因盒(SCC mec)分型,使用BioNumerics 7.5软件创建基于ST类型的最小生成树。国外进口食品分离到的金葡菌31株被纳入基因组系统发育树的构建。 结果:763株金葡菌共鉴定出90个ST型和160个 spa型别,其中20种为新ST型别。72个(72/90,80.0%)ST型属于22个克隆群,其中主要型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25,占82.44%(629/763)。其中优势克隆群中ST型和 spa型别随着时间的变化呈多态性变化。耐甲氧西林金葡菌(MRSA)的阳性率为7.60%,共鉴定出7种SCC mec型别,以ST59-t437-Ⅳa(17.24%,10/58)、ST239-t030-Ⅲ(12.07%,7/58)、ST59-t437-Ⅴb(8.62%,5/58)、ST338-t437-Ⅴb(6.90%,4/58)和ST338-t441-Ⅴb(6.90%,4/58)为主。本研究分离株在系统发育树上被分为2个种群分支,命名为Clade1和Clade2,相同克隆群、ST型和 spa型别的菌株呈聚集分布。Clade1全部为CC7甲氧西林敏感菌株,Clade2中包括21种克隆群和所有MRSA菌株,MRSA菌株按照SCC mec和ST型呈聚集分布。CC398、CC7、CC30、CC12和CC188中的国外分离株与我国分离株进化关系较远。 结论:本研究中食源性菌株主要优势克隆群型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25,与既往报道的我国医院、社区感染和食物中毒的克隆群存在重叠现象,这提示食品作为病原体社区传播和食物中毒的载体,需高度关注。
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编辑人员丨1周前
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《齐民要术》造神曲法对后世六神曲的影响
编辑人员丨1周前
《齐民要术》造神曲法对后世六神曲的影响深远。药物组成方面:面曲延续至今,后世发展了全麸麦曲与麸曲。野蓼的范围逐渐缩小到辣蓼与红蓼。神曲的制作加工工艺方面:诸鲜药由水煮发展为捣汁与水煮并行,小麦由蒸炒生并用简化为仅用生麦。曲饼“溲欲刚”的干湿程度至今仍为业界圭臬。曲饼的成型方法手抟与用模具成型均有传承。覆盖曲饼的材料由麦秸、青蒿扩展到黄荆,并使用麻叶、楮叶、纸等包裹曲饼。对于发酵过程中的翻曲、聚曲、瓮盛的工艺后世没有传承。晾晒的方法由成串曲饼悬挂发展为纸包单独悬挂。罨曲法至今仍为主流,后世扩展了风曲法与造酱黄法。现代神曲的罨曲法与造酱黄法的制作工艺仍不出《齐民要术》这一渊薮,而添加旧曲的 曲法的基础,仍是罨曲法。尚需进一步研究的问题有:青蒿、辣蓼、苍耳的入药方式;曲饼的形制;单一菌种发酵或优势种群发酵研究;风曲法的研究;曲饼包裹与覆盖的材料研究;面曲、全麸麦曲、麸曲的比较。
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编辑人员丨1周前
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肺炎型肺癌患者支气管肺泡灌洗液微生物菌群特征及其临床意义
编辑人员丨1周前
目的:探讨肺炎型肺癌患者支气管肺泡灌洗液(BALF)中微生物菌群的多样性和群落差异等特征及其临床意义。方法:以回顾性研究方法采集9例肺炎型肺癌、11例结节型(最大径≤3 cm)早期肺癌患者与7例健康人的BALF,提取BALF菌群的总DNA,经通用引物扩增16s rRNA基因,利用高通量测序平台进行细菌16S rRNA基因(V3-V4)区高通量二代测序(NGS)分析后,分析微生物菌群分数量及分布特征,并比较肺炎型、结节型肺癌患者及对照组3组间BALF中微生物菌群差异。采用受试者工作特征曲线(ROC)检测肺炎型肺癌诊断预测价值。结果:肺炎型组患者BALF中中位细菌序列数量为9 235(3 498,30 743),高于对照组[382(98,2 508)]及结节型组[486(96,780)]( P值均=0.001);中位细菌菌种种类肺炎型组[9(6.5,10.5)]高于对照组[2(2,6)]及结节型组[4(2,7)],肺炎型组较对照组和结节型组细菌菌种增多( P=0.015及 P=0.021);肺炎型组中肺炎链球菌属、普雷沃菌属的检出阳性率(9/9,100.0%)、(8/9,88.9%),均高于对照组(3/7,42.9%)、(2/7,28.6%)及结节型组(4/11,36.4%)、(4/11,36.4%)( P值均<0.05);肺炎型组检出占优势菌黑普雷沃菌8例(8/9,88.9%),较结节型组3例(3/11,27.3%)及对照组1例(1/7,14.3%)优势患者占比增高,差异有统计学意义( P值均<0.01);产黑普雷沃菌序列数为2 392(521.3,11 715)高于对照组(219)及结节型组[48(9,498)]( P值均<0.05)。以普雷沃菌属序列数占比为37.3%或产黑普雷沃菌序列数263为临界值,预测肺炎型肺癌诊断的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.84(0.663,1.000, P=0.004 7)和0.92(0.785,1.000, P=0.000 5)。 结论:肺炎型肺癌患者下呼吸道微生物菌属菌种、数量较健康人复杂,微生物菌群种群分布与局部早期肺癌患者及健康对照组存在差异,其中以普雷沃菌属及产黑普雷沃细菌分布较为普遍,占明显优势,普雷沃菌属占比及产黑普雷沃细菌序列数对肺炎型肺癌可能具有一定的诊断预测价值。
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编辑人员丨1周前
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纹带棒状杆菌多位点序列分型及应用
编辑人员丨1周前
目的:建立纹带棒状杆菌的多位点序列分型(MLST)方法,探讨临床分离纹带棒状杆菌的种群结构和遗传进化关系。方法:筛选出7个管家基因( gyrA、 gyrB、 hsp65、 sodA、 secA1、 rpoB、16S rRNA),设计引物并进行PCR扩增和测序,测序所得序列通过SeqMan 软件进行拼接。采用DnaSP 5.10.01软件、Splits tree 4.14.2软件对管家基因的多样性及基因重组特征进行评价;采用MEGA 7.0.14软件基于序列型别(ST)采用M-L法构建系统发育树,采用BioNumerics软件基于ST特征值构建最小生成树,并用eBURST软件分析ST间遗传进化关系。 结果:所选的7个位点在所有试验菌株中均获得了预期的扩增产物;Splits tree表明所有纹带棒状杆菌的聚类一致,提示基因重组是推动纹带棒状杆菌进化的潜在动力;MLST将344株纹带棒状杆菌分成72个STs,85.7%的菌株形成克隆复合体(CC)结构,CC19形成了优势克隆复合体,但包含菌株数最多的ST为该克隆复合体中的ST16。ST具有一定的地域聚集性且与分离年份具有一定的相关性。结论:我国纹带棒状杆菌呈现高度的遗传多样性,CC19为优势克隆复合体。本研究建立的MLST分型方案可用于纹带棒状杆菌的分型,但尚需优化改进。
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编辑人员丨1周前
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A族链球菌基因组数据库建设及前噬菌体分布分析
编辑人员丨1周前
目的:通过对已报道的A族链球菌(GAS)全基因组数据进行梳理和生物信息学分析,从基因组大数据中提取前噬菌体信息,并对其在基因组中的存在状态及部分前噬菌体的基因组成进行分析,了解GAS种群内前噬菌体分布特点。方法:回顾性研究。收集下载GenBank数据库中截至2020年5月发布的GAS基因组组装序列,整理菌株重要背景信息建立本地化基因组数据库。利用生物信息学软件构建GAS全基因组系统发生树,进行核心基因组分析,并对基因组中潜在的前噬菌体及其完整性进行预测,获得前噬菌体分布特征。统计数据库中基因型种类、核心基因数量及前噬菌体的数量、长度和携带率。结果:建立了包含2 529株GAS基因组序列的数据库,涵盖140种血清型( emm基因型)。分离地点主要包括东亚、欧洲、美洲、大洋洲19个国家和地区。分离菌株疾病背景主要分为侵袭性感染、非侵袭性感染和免疫继发症3类;共鉴定出1 005个核心基因,这些基因在95%以上菌株中均存在;对其中1 798条序列分析发现,有1 366条序列存在1个或以上完整的前噬菌体,携带率为76.0%。每株菌携带完整前噬菌体的数量范围为0~6个,长度范围为32.8~62.6 kb,主要分布在30~40 kb。中国菌株近些年优势克隆中存在的前噬菌体主要为phiHKUssa、phiHKUvir和phiHKU488,主要携带 speC、spd1和 ssa 3种毒力基因。 结论:前噬菌体在GAS基因组中分布广泛,可能在其种群优势克隆演变和扩张过程中发挥重要作用,进而重塑特定 emm基因型内部种群结构。GAS基因组数据库的建立为GAS病原监测提供了重要数据支撑。
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编辑人员丨1周前
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西藏自治区亚东县自然疫源地特点及蚊虫和蜱虫空间分布特征
编辑人员丨1周前
目的:了解西藏自治区(简称西藏)亚东县自然疫源地特点及蚊虫、蜱虫的空间分布特征。方法:西藏亚东县自然疫源地生态地理特征、人口学信息、农牧业资料收集自亚东县2020年统计年鉴,媒介生物资料收集自亚东县疾病预防控制中心,2010-2021年亚东气象站数据收集自世界天气网站。2021年7月,根据亚东县植被、畜牧分布情况选择蚊虫、蜱虫采样点共20个进行现场调查。采用灯诱法诱集蚊虫,人工检查和布旗法捕捉蜱虫,分析蚊虫和蜱虫的空间分布特征。结果:西藏亚东县自然疫源地地势北高南低,海拔落差约5 000 m;水资源丰富,亚东河平均径流量为20.1 m 3/s;北部气候高寒干燥、南部温和湿润。2010-2021年亚东县年均站点气压为452.8 mmHg(1 mmHg = 0.133 kPa),月均最高气温、降水量及空气相对湿度分别为8.7 ℃、134.5 mm、81.3%,均在7月份。灯诱法共诱集双翅目昆虫6 897只,均为非吸血蚊虫;蚊虫总密度为163.77只/(灯·小时),优势种群为眼蕈蚊科,占89.69%(6 186/6 897)。不同采样地区中,以下亚东乡诱集蚊虫数最多,占67.17%(4 633/6 897);其他依次为亚东县县城和上亚东乡,分别占27.36%(1 887/6 897)、5.47%(377/6 897)。共对2 014只宿主动物进行体表检查,梳检出寄生蜱23只,包括硬蜱属20只、血蜱属3只;各蜱虫采样点均未捕捉到游离蜱。 结论:西藏亚东县自然疫源地气候和生态环境具有明显的垂直梯度;蚊虫和蜱虫有活动但密度不高,蚊虫密度整体呈南高北低的趋势。
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编辑人员丨1周前
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青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌单核苷酸多态性种群结构分析
编辑人员丨1周前
目的:了解青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌(简称鼠疫菌)的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)种群结构及地区分布特征。方法:选取1954 - 2020年分离自青藏高原鼠疫自然疫源地的319株代表性鼠疫菌,利用全基因组测序技术,比对全球鼠疫菌系统发育树纳入的2 298个SNP位点;并采用MEGA 6.0软件对319株青藏高原鼠疫菌构建系统发育树,确定该疫源地鼠疫菌的SNP种群结构,描述其地区分布特征。结果:青藏高原鼠疫自然疫源地分离的319株鼠疫菌分布在5个分支中,分别为1.IN、2.ANT、3.ANT、0.PE和2.MED。1.IN分支包含209株(65.52%,209/319)菌株,为青海省鼠疫菌的优势种群,占90.51%(143/158);2.ANT分支包含83株(26.02%,83/319)菌株,为西藏自治区鼠疫菌的优势种群,占67.24%(78/116);3.ANT、0.PE、2.MED分支分别包含12(3.76%,12/319)、9(2.82%,9/319)、6株(1.88%,6/319)菌株,散在分布于青藏高原范围内青海省、甘肃省、四川省、西藏自治区、新疆维吾尔自治区。结论:青藏高原鼠疫自然疫源地鼠疫菌的SNP种群结构较为丰富,菌株分布在1.IN、2.ANT、3.ANT、0.PE和2.MED 5个分支,总体呈现特定地区分布特征。
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编辑人员丨1周前
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贵州省黔东南州消除疟疾前后疫情态势特征分析
编辑人员丨1周前
目的:分析贵州省黔东南州消除疟疾前后疫情特征,为今后当地巩固消除疟疾防治成果制定有效策略和措施提供依据。方法:收集2005-2018年黔东南州16个县(市)的疟疾病例资料,采用描述性流行病学方法,分析消除疟疾前(2005-2011年)、后(2012-2018年)当地居民疟原虫和流动人口疟原虫感染率,疟疾病例人群分布、季节分布、疟原虫种类、传疟媒介种类等特征。结果:消除疟疾前共报告疟疾病例1 412例,其中本地病例1 361例,占总病例数的96.39%;消除疟疾后报告病例17例,均为境外输入性病例。消除疟疾前,18~60岁人员比例为70.54%(996/1 412),消除后的17例病例年龄均为18~60岁;儿童/学生比例由消除前的24.65%(348/1 412)降至消除后的0;消除前疟疾病例发病高峰为6-10月份,且每月均有病例发生;而消除后,输入性病例呈散在发生;消除前疟原虫种类以间日疟为主(98.58%,1 392/1 412),消除后主要为恶性疟输入为主(70.59%,12/17);消除前后,疟疾媒介中华按蚊均为优势种群,2015年以后未发现微小按蚊和嗜人按蚊分布。结论:黔东南州消除疟疾后,存在输入病例引起的本地疟疾病例风险,建议当地相关部门今后应重点做好境外回归人员疑似疟疾病例处置及其媒介监测工作。
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编辑人员丨1周前
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2022—2023年华北地区住院患者鼻咽部携带肺炎克雷伯菌的耐药特征分析
编辑人员丨1周前
目的:分析2022—2023年华北地区住院患者鼻咽部携带肺炎克雷伯菌的耐药特征。方法:于2022 年11月至2023年7月,采集华北理工大学附属医院100例住院患者的鼻咽拭子并进行肺炎克雷伯菌分离培养。同时收集患者的临床资料,包括性别、年龄、科室、临床诊断的疾病类型等。使用全自动细菌药敏系统检测菌株的最低抑菌浓度,通过全基因组测序和数据分析对菌株的耐药基因、ST型、荚膜血清型以及种群结构进行分析。结果:100例住院患者中,共计从55名住院患者鼻咽拭子中分离出肺炎克雷伯菌,占比55.00%。55名鼻咽部携带肺炎克雷伯菌的住院患者中以男性患者为主(70.91%,39/55),年龄分布集中在61~80岁(58.18%,32/55),科室分布集中在重症监护室(50.91%,28/55),患者基础疾病类型以神经系统疾病为主(49.09%,27/55)。药敏结果显示55株肺炎克雷伯菌对头孢菌素类、喹诺酮类、氨曲南、呋喃妥因的不敏感率均>80.00%;共检出碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌28株(50.91%),产超广谱β-内酰胺酶47株(85.45%),多重耐药菌48株(87.27%);共检出碳青霉烯类(携带率76.36%)、超广谱β-内酰胺酶类(携带率96.36%)等11类抗生素耐药基因。55株菌可分为17种ST型别,ST11型最多(25.45%)。55株菌可分为18种荚膜血清型,K102型最多(23.64%)。OXA-1_ST307_K102(21.82%)和KPC-2_ST5492_K125(18.18%)为优势克隆群,分别分布于神经外科和重症监护室。全基因组序列分析显示55株菌中有4个同源性较高的簇,来源于重症监护室的菌株组成2个独立的簇,又分别与神经内科重症监护室和神经外科的菌株各组成1个簇。结论:住院患者鼻咽部肺炎克雷伯菌的携带率较高,菌株耐药情况严重,携带耐药基因种类多。
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编辑人员丨1周前
