目的:分析2021年8月北京市一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组特征及变异情况，为疫情防控和风险评估提供参考。方法:收集此次疫情全部50例关联病例的呼吸道标本，使用数字PCR方法对病毒载量进行测定，使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析，对基因组数据拼接整理后进行变异位点分析及系统发生分析。结果:全部50例样本中病毒载量中位数为5.57×10 4拷贝/ml(ORF1ab基因)和5.85×10 4拷贝/ml(N基因)。共测定获得SARS-CoV-2病毒全基因组序列46份，均为Omicron变异株BA.5分支。其中21例与7例形成两个进化簇，内部全基因组核苷酸相似度高于99.993%和99.997%。 结论:该起聚集性疫情可能由两个传播链和其他散在感染共同构成，疫情病毒为境外流行的Omicron变异株BA.5分支。

目的:分析2015—2019年北京市麻疹病毒(measles virus, MV)分子流行病学特征，为消除麻疹提供实验室依据。方法:通过北京市麻疹实验室网络收集2015—2019年麻疹病毒阳性咽拭子标本，提取病毒核酸后采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增麻疹病毒N基因C末端450个核苷酸片段，对扩增产物进行核苷酸序列测定，获得基因序列同WHO麻疹病毒基因型代表株、中国和其他国家D8基因型参考株构建系统进化树，分析核苷酸和氨基酸同源性；对D8和B3基因型麻疹病例进行描述性分析。结果:2015—2019年全市麻疹病毒基因型鉴定株546株，其中H1a基因型531株，疫苗株5株，B3基因型1株，D8基因型9株，其中8株为2019年流行株。本土株H1a基因型MV核苷酸和氨基酸同源性为91.5%～100.0%和73.6%～100.0%。2019年8例D8基因型麻疹病例均为成人，其中2例为一起暴发疫情，其余6例为散发病例。结论:输入性D8基因型成为2019年北京市MV主要流行基因型；2015—2019年随着麻疹发病下降，本土基因型H1a已经不占优势，而其他不同基因型输入，形成混合流行的趋势，建议在消除麻疹工作中，不仅要努力阻断本土麻疹病毒传播，更要防控非本土基因型病毒输入和持续传播，避免其逐渐演化为优势毒株而建立本土传播的风险。

同种异体肾移植术是终末期肾病的有效治疗手段之一，可以改善受者的生活质量和长期生存率，但术后感染依然是其最常见的并发症。人类细小病毒B19(human parvovirus B19，B19V)是一种对骨髓前体红系祖细胞有着特殊嗜性的单链DNA病毒。正常人群感染后会清除，但肾移植受者术后低免疫状态会增加B19V的感染风险，出现纯红细胞再生障碍性贫血(pure red cell aplastic anemia，PRCA)的概率大大增加。本文旨在就B19V的生物学特性、流行病学、传播途径、实验室检查、发病机制以及治疗和预防等方面做深入总结，为肾移植术后B19V所致PRCA的进一步早期识别、预防和规范化诊疗提供理论依据。

目的:探讨乙型肝炎表面抗原(hepatitis B surface antigen，HBsAg)和乙型肝炎e抗原(hepatitis B e antigen，HBeAg)双阳性的乙型肝炎病毒(hepatitis B virus，HBV)携带产妇采用母乳喂养对其所生婴儿HBV感染率的影响。方法:采用前瞻性队列研究方法，纳入2016年2月至2018年5月在浙江大学医学院附属妇产科医院进行产前检查及分娩的HBsAg和HBeAg双阳性携带HBV产妇及其所生的婴儿各323例，将其分为母乳喂养组和人工喂养组。采用化学发光免疫分析法和聚合酶链反应-荧光探针法，分别检测两组婴儿在出生<24 h及7月龄时的血清HBV标志物和HBV DNA的阳性率。统计学方法采用 χ2检验。 结果:最终纳入297例患者，其中母乳喂养组149例，人工喂养组148例。母乳喂养组与人工喂养组婴儿在出生<24 h及7月龄时的HBsAg、抗-HBs、HBeAg、HBV DNA>100 IU/mL的阳性率比较，差异均无统计学意义(均 P>0.05)。母乳喂养组出生<24 h新生儿抗-HBs阳性率为58.39%(87/149)，低于7月龄时的95.97%(143/149)；母乳喂养组出生<24 h新生儿HBeAg阳性率为65.10%(97/149)，高于7月龄时的13.42%(20/149)；差异均有统计学意义( χ2＝59.75、40.49，均 P<0.01)。母乳喂养组出生<24 h新生儿的HBsAg和HBV DNA>100 IU/mL阳性率分别为2.01%(3/149)和2.68%(4/149)，其7月龄时的HBsAg和HBV DNA>100 IU/mL阳性率分别为2.68%(4/149)和2.68%(4/149)，两个时间点比较差异均无统计学意义(均 P>0.05)。人工喂养组出生<24 h新生儿抗-HBs阳性率为47.97%(71/148)，低于7月龄时的95.94%(142/148)；人工喂养组出生<24 h新生儿HBeAg阳性率为55.41%(82/148)，高于7月龄时的19.59%(29/148)；差异均有统计学意义( χ2＝85.37、39.84，均 P<0.01)。人工喂养组出生<24 h新生儿的HBsAg和HBV DNA>100 IU/mL阳性率分别为4.73%(7/148)和1.35%(2/148)，其7月龄时的HBsAg和HBV DNA>100 IU/mL阳性率分别为1.35%(2/148)和1.35%(2/148)，两个时间点比较差异均无统计学意义(均 P>0.05)。 结论:母乳喂养不是增加HBsAg和HBeAg双阳性HBV携带产妇垂直传播风险的决定性因素，建议这类产妇在正规预防的前提下进行母乳喂养。

目的:调查云南省4个艾滋病主要流行地区人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1，HIV-1)毒株 gag基因序列的变异特征。 方法:利用完全随机抽样法抽取2019年1月至2020年12月云南省昆明市、德宏傣族景颇族自治州、红河哈尼族彝族自治州和临沧市抗病毒治疗定点机构进行随访治疗的480例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus，HIV)感染/艾滋病患者，收集其流行病学信息，采集血浆标本后送至云南省传染病医院进行分析，采用巢式聚合酶链反应扩增HIV-1 gag基因，并进行基因分型，采用MEGA 6.06软件构建系统进化树，采用VESPA在线分析工具分析特征性氨基酸，采用Distance程序计算 gag，以及gag蛋白不同区段的基质蛋白p17、衣壳蛋白p24、核衣壳蛋白p7及p6蛋白的基因距离。采用SNAP程序分析同义突变频率与非同义突变频率比值(Ks/Ka值)。多组间统计学比较采用方差分析。 结果:404例患者成功获得 gag基因序列，其中以男性居多(250例，61.9%)，年龄为40~59岁者占59.7%(241/404)，传播途径主要为异性性传播(61.4%, 248/404)。主要流行的HIV-1亚型依次为流行重组型(circulating recombinant form, CRF)08_BC 155例(38.4%)，CRF01_AE 74例(18.3%)，独特重组型(unique rebombinant form，URF)52例(12.9%)、CRF07_BC 39例(9.7%)，C亚型34例(8.4%)，其他亚型28例(6.9%)，B亚型22例(5.4%)。构建系统进化树发现，CRF08_BC亚型形成了2个主要传播簇，2个传播簇间共有8个位点的特征性氨基酸分布存在显著差异，分别为第79、93、121、122、151、363、395和396位点。CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC的 gag基因距离分别为0.090±0.004、0.088±0.004和0.078±0.002，差异有统计学意义( F＝118.33， P<0.001)。3种主要亚型中， gag区段的Ks/Ka值分别为4.003±1.309、4.141±0.860和4.514±1.215，差异有统计学意义( F＝1.35， P<0.001)；p17区段的Ks/Ka值分别为2.590±0.186、2.831±0.496和2.936±0.475，差异有统计学意义( F＝1.59， P<0.001)；p24区段的Ks/Ka值分别为12.579±1.116、10.185±0.494和8.522±0.595，差异有统计学意义( F＝1.61， P<0.001)；p7区段的Ks/Ka值分别为10.850±0.711、9.717±0.932和8.522±0.026，差异有统计学意义( F＝4.24， P<0.001)；p6区段的Ks/Ka值分别为3.122±0.134、3.040±1.498和4.841±0.353，差异有统计学意义( F＝10.68， P<0.001)。 结论:云南省4个地区中主要流行的亚型为CRF08_BC亚型，CRF08_BC的不同传播簇形成了不同的氨基酸组成模式，不同亚型 gag基因不同区段的变异程度不同，应加强对HIV变异毒株的监测，控制其流行蔓延。

鼠疫是由鼠疫耶尔森菌（以下简称鼠疫菌）引起的一种烈性传染病，发病急、传播快且病死率极高。历史上发生过3次鼠疫大流行，导致上亿人口死亡。近20年来全球鼠疫疫情呈上升趋势，2000 - 2018年，世界卫生组织（WHO）共收到来自美洲、非洲和亚洲21个国家报告的2万多起鼠疫病例 [1]。我国动物间鼠疫一直较为活跃，且除个别年份外，几乎每年都有人间鼠疫发生。2019年11月，北京市首先出现2例内蒙古自治区输入性肺鼠疫病例，随后内蒙古自治区又报道2例腺鼠疫病例，提示这一甲类传染病仍对人们的生命安全具有极大的潜在威胁 [2,3,4]。链霉素是WHO鼠疫手册 [5]和我国《鼠疫诊疗方案（试行）》（卫办应急发[2011]第18号） [6]中治疗鼠疫的首选药物。但值得注意的是，2021年Dai等 [7]发现国内1株鼠疫菌因编码核糖体蛋白S12的rpsL基因第128 bp位点的碱基发生了突变，从而产生了对链霉素的高度耐药性。为此，本研究应用基于TaqMan-MGB荧光探针的实时荧光PCR法（简称MGB荧光探针法），选取鼠疫流行较为严重的玉树藏族自治州（以下简称玉树州）鼠疫自然疫源地内分离的鼠疫菌，检测链霉素耐药位点rpsL基因第128 bp位点碱基的突变情况，判断当地菌株的耐药情况，为鼠疫疫情的防控提供参考。

目的:对上海市一起由新型冠状病毒肺炎（COVID-19）病例在潜伏期传染的聚集性疫情开展流行病学调查，查明感染来源和病例传播链。方法:按照新型冠状病毒感染的肺炎防控方案（第三版）要求，2020年1月采用现场流行病学调查方法，对5例病例开展个案调查，采集鼻咽拭子和痰液等标本，采用real time RT-PCR检测新型冠状病毒核酸，追踪排查密切接触者并采取隔离医学观察，调查病例间的流行病学联系，分析传播链等，并及时落实相关防控措施。结果:病例一于2020年1月20日发病，有与COVID-19确诊病例共同环境的暴露史，2月1日确诊；病例二于1月22日发病，1月27日确诊；病例三于1月25日发病，1月30日确诊；病例四于1月20日发病，2月1日确诊；病例五于1月23日发病，1月31日确诊。5例病例中，除病例二死亡外，其余4例病例病情均得到有效控制。本起疫情中，排除其他的共同暴露因素后，1月19日病例一和病例二及病例三参加了6 h的聚会，病例一在潜伏期内可能造成病例二和病例三的感染，这是流行病学调查的关键节点。结论:COVID-19病例在潜伏内可能具有传染性，这对后面的疫情防控工作带来一定的警示和借鉴作用。

目的:了解深圳市2018年登革热疫情的流行病学特征和流行毒株的基因分型。方法:采用描述性流行病学方法分析2018年深圳市登革热疫情，采集患者血液标本，采用胶体金免疫层析法检测血清特异性IgM、IgG抗体，采用实时荧光定量聚合酶链反应进行病原学检测和基因型别鉴定。采用反转录聚合酶链反应扩增登革病毒 E基因序列，与不同国家和地区的登革热流行毒株进行同源性比较和进化树分析。 结果:2018年1月1日至12月31日，深圳市累计报告登革热234例，发病率为1.87/10万，本地病例144例(61.54%)，输入病例90例(38.46%)，以东南亚国家及深圳市周边城市输入为主。发病时间集中在8月至11月，共202例(86.32%)。以20～50岁中青年患者为主(195例，83.33%)。登革病毒1型(dengue virus type 1，DENV-1)占86.01%(166/193)，登革病毒2型(dengue virus type 2，DENV-2)占10.36%(20/193)，登革病毒3型占2.59%(5/193)，登革病毒4型占1.04%(2/193)，且本地病例均为DENV-1感染。24株DENV-1毒株与HAWAII45毒株 E基因核苷酸同源性为93.0%～94.6%，氨基酸同源性为96.6%～97.2%。其中23株为基因Ⅰ亚型；1株为基因Ⅳ亚型，为深圳市首次报道的输入性病例。6株DENV-2毒株与国际标准株NGC株 E基因核苷酸同源性为93.1%～93.9%，氨基酸同源性为97.0%～97.8%。其中2株为Cosmopolitan亚型；4株为Asian Ⅰ亚型，为深圳市首次报道。 结论:2018年深圳市登革热流行具有本地传播与输入传播并存的特点，主要流行为DENV-1，推测主要流行株由东南亚国家及深圳市周边城市输入，应加强关注出现地方性登革热流行的趋势。

金黄色葡萄球菌是最常见的致病菌，其次为链球菌。金黄色葡萄球菌是人皮肤黏膜的常驻菌群之一，约30%健康人群携带该菌 ［1］，在干燥物体表面生存期较长，如在干燥的脓液、痰液中可存活2~3个月，通过直接接触或污染物感染。耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（methicillin-resistant staphylococcus aureus，MRSA）是大部分急诊科中化脓性皮肤软组织感染的致病菌 ［2］，对多种抗菌药物耐药。化脓性链球菌短暂或长期定居于上呼吸道，在干燥物体表面或尘埃中可生存数月，通过直接接触、污染物或飞沫传播感染。

自2020年4月以来，我国新型冠状病毒肺炎疫情（简称新冠肺炎疫情）进入常态化防控阶段。在经过常态化防控探索阶段后，我国疫情防控进入了全链条精准防控的“动态清零”阶段。“动态清零”策略是在遵循“外防输入、内防反弹”防控策略的前提下，当出现本土新冠肺炎病例时，采取有效的综合性防控措施，“发现一起、扑灭一起”，快速切断疫情传播链，使每一起疫情及时终止，感染者“清零”，实现以最小成本取得最大成效。在大规模核酸检测、大数据追踪等新技术的应用下，“动态清零”策略应运而生，它是新冠疫情防控的中国经验。“动态清零”策略是我国在新冠肺炎疫情常态化防控阶段提出并实施的创新性防控策略，其防控目标、技术手段、工作重点等与传统的传染病“围堵”和“缓疫”策略有所不同。本文就我国新冠肺炎疫情防控的三个阶段、“动态清零”策略及科学内涵、演化过程、理论基础、实施阶段及效果进行了分析与总结，为冬春季疫情防控提供科学依据。