目的:探讨来自弗氏枸橼酸杆菌的产碳青霉烯酶的新型不相容群组质粒pNY2385-KPC的耐药机制及基因结构特征。方法:从宁波市医疗中心李惠利医院急诊病房的发热患者尿液样本中获得1株多药耐药菌。采用16S rRNA基因扩增和平均核苷酸一致性（ANI）进行菌种鉴定；采用全自动细菌鉴定及药敏分析系统检测细菌MIC值；通过“三代”测序方法获得基因组序列，然后通过BLASTP/BLASTN、RefSeq、ConservedDomains、ResFinder、Isfinder等对基因功能进行详细注释及比较基因组学分析。结果:弗氏枸橼酸杆菌NY2385携带的质粒pNY2385-KPC为一种新型不相容群组质粒，包含 blaKPC-2，具有接合转移（Ⅳ型分泌系统）基因，可发生接合转移。NCBI中共检索到同型质粒15个，来源于弗氏枸橼酸杆菌、黏质沙雷菌、大肠埃希菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌和植生拉乌尔菌等细菌，为泛宿主质粒。通过对来自弗氏枸橼酸杆菌中6个该新型质粒进行序列比较分析，发现该新型质粒结构具有一定的保守性，具有携带 blaKPC-2的Tn 6296变体结构，而且质粒pCF1807-3同时具有 repApNY2385-KPC和 repAIncX8。 结论:弗氏枸橼酸杆菌中的pNY2385-KPC型质粒均携带 blaKPC-2耐药基因，分为 repApNY2385-KPC单复制子和 repApNY2385-KPC/ repAIncX8双复制子两种亚型，属于泛宿主质粒，作为可移动遗传元件促进了 blaKPC-2的传播。

目的:评估缺氧缺血(HI)自我复苏的新生SD大鼠模型外周血微小RNA(miRNA)指标。方法:3只孕鼠所产幼鼠按窝别分为3组，A组为空白对照组，B组为HI组，C组备用。采用高通量深度测序方法比较对照组和HI组新生4日龄SD大鼠外周血中miRNA的表达谱。应用生物信息学分析研究这些差异表达的miRNA。采用基因本体论(GO)和京都基因与基因组学百科全书(KEGG)分析方法预测相关的细胞信号通路和功能。通过miRBD预测miRNA及与缺氧缺血性脑病(HIBD)相关的靶基因。应用HE染色观察脑组织病理变化。结果:经外周血深度测序后可得到成熟miRNA序列为1 049种。A组miRNA种类为525种；HI组miRNA种类为524种；其中A组有27种miRNA与HI组存在差异，且2组间miRNA种类呈高度相关。HI新生大鼠外周血中有38个miRNA表达异常，并存在显著差异表达(2 -ΔΔCt值>2.5， P< 0.05),其中21个miRNA显著过表达，17个显著低表达。KEGG通路富集分析和GO分析显示这些差异的miRNA与谷氨酸能突触通路、髓鞘脂类代谢、神经活性配体-受体相互作用和血管上皮生长因子(VEGF)信号通路与缺氧/缺血诱导的脑损伤有关，并且过度活化。2组间幼鼠脑组织未见皮质及胼胝体下白质病变、脑室扩大、灰质神经元排列紊乱和明显凋亡。 结论:HI自然复苏模型大鼠外周血中miRNA差异表达提示，miRNA对缺氧缺血有积极的应答。存在高度显著差异的miR-200家族、miR-471家族、miR-429、miR-216和miR-871，与神经系统损伤分子生物学机制有关，有望成为HIBD或HI新的生物学诊断指标，对HI新的治疗靶点的研究探索是有益的。

目的:基于中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)和癌症基因组图谱计划(TCGA)数据库分析非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶12基因( PTPN12)在脑胶质瘤中的表达和意义。 方法:回顾性分析CGGA数据库(325例)和TCGA数据库(636例)中脑胶质瘤患者的临床资料和RNA测序数据。分析不同世界卫生组织(WHO)肿瘤级别、四分型亚型、异柠檬酸脱氢酶( IDH)突变状态、O 6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶( MGMT)启动子甲基化状态的患者 PTPN12表达量的差异。根据 PTPN12的表达量将患者分为 PTPN12高表达组和 PTPN12低表达组，采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线，比较两组患者的生存差异。采用单因素和多因素Cox回归分析法判断 PTPN12对脑胶质瘤患者的预后作用。进一步通过基因本体(GO)功能富集分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析获得基因相关的功能以及有关的通路。 结果:两数据库中， PTPN12的表达量均随脑胶质瘤病理级别的升高而升高(均 P<0.01)；与 IDH突变型比较， IDH野生型中 PTPN12表达量升高(均 P<0.01)； MGMT启动子非甲基化者 PTPN12表达量高于 MGMT启动子甲基化者(均 P<0.01)； PTPN12在经典型、间质型、神经元型以及前神经元型中表达量的差异均具有统计学意义，间质型中表达量最高(均 P<0.01)。两数据库中， PTPN12高表达者均比低表达者的生存期短(均 P<0.01)。两个数据库中，多因素Cox回归分析结果均显示， PTPN12表达量为脑胶质瘤患者生存期的独立影响因素(CGGA数据库中， HR＝1.433，95% CI：1.094～1.876， P＝0.009；TCGA数据库中， HR＝1.588，95% CI：1.018～2.477， P＝0.042)。GO分析结果显示， PTPN12表达量正相关的基因更多地富集在增殖、凋亡、黏附、蛋白水解、免疫反应、血管生成、药物反应、缺氧反应、肿瘤细胞G 2/M期的转化、肿瘤细胞G 1/S期的转化等多个与脑胶质瘤恶性进展相关的功能上。KEGG分析结果显示，与 PTPN12表达量呈正相关的基因更多地富集在肿瘤相关通路、PI3K-Akt通路、丝裂原活化蛋白激酶通路、肿瘤坏死因子通路、缺氧诱导因子1通路、p53通路、凋亡通路以及细胞周期通路上。 结论:不同WHO肿瘤级别的脑胶质瘤患者 PTPN12表达量不同， PTPN12表达量可独立用于脑胶质瘤患者的预后判断，且与多个脑胶质瘤恶性进展相关的功能和通路有关。

目的:探讨表皮生长因子受体（EGFR）突变型肺腺癌向小细胞肺癌（SCLC）转化患者的临床和基因组学特点。方法:报道4例EGFR突变的肺腺癌转化为SCLC患者的临床资料、病理形态、免疫组织化学和基因检测结果，结合文献对其进行探讨。结果:EGFR突变型肺腺癌在临床表现和基因组学上具有异质性，患者常以RB1、TP53、PIK3CA等突变为主要特征，但具体转化机制仍不明确，神经元特异性烯醇化酶（NSE）等肿瘤指标对转化的诊断价值不高，转化后即使EGFR突变仍然存在，EGFR酪氨酸激酶抑制剂（EGFR-TKi）治疗也无效。结论:EGFR突变的肺腺癌转化为SCLC是EGFR-TKi耐药的原因之一，是一种特别具有攻击性的靶外耐药机制，预后较差。

目的:基于生物信息学方法分析异氟烷麻醉诱发脑损伤的核心基因及机制。方法:从GPL85生成的GEO数据库中下载异氟烷麻醉数据集GSE358和GSE359配置文件。进行去批次化处理，筛选差异表达基因(DEGs)，进行基因本体(GO)注释及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析，构建和分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络，对PPI网络中寻找到的核心基因绘制基因表达量热图，通过毒物基因组学数据库(CTD)分析找到与核心基因最相关的疾病。结果:共鉴定出500个DEGs。GO分析结果：生物学过程分析中，主要富集在对外源性刺激反应、对缺氧反应、凋亡以及炎症反应过程；细胞组成分析中，主要富集在细胞质、细胞外空间、神经元投射；分子功能分析中，主要富集在蛋白结合、转录调控区序列特异性DNA结合。KEGG分析：主要富集在磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路、神经活性配体-受体相互作用、Toll样受体信号通路、细胞凋亡、环磷酸腺苷信号通路。PPI网络获得了6个核心基因：干扰素γ(IFN-γ)、Toll样受体4(TLR4)、核因子κB抑制因子α(NFKBIA)、白细胞介素-1α(IL-1α)、原癌基因Fos和CCAAT增强子结合蛋白β(CEBPB)。CTD分析发现核心基因与神经系统疾病、脑损伤、痛觉过敏、药物相关的副作用和不良反应、神经变性等有关。推断分数可以反映基因与疾病相关的程度，其中IFN-γ、IL-1α、Fos在脑损伤方面推断分数较高。结论:IFN-γ、IL-1α、Fos、TLR4、NFKBIA和CEBPB是异氟烷麻醉诱发脑损伤有关的6个核心基因，这些基因可能在免疫和炎症反应等方面发挥重要作用。

人类呼吸道定植着微生物群落，近年高通量DNA测序技术颠覆了肺部无菌的传统认识，实际上肺部是有细菌的。随着研究的深入，发现肠道与呼吸道微生物群之间存在着某种联系，称为"肠-肺轴"。肠道微生物群可以影响肺部免疫，肺部炎症可以影响肠道微生物群并引起疾病。对"肠-肺轴"的深入了解，使我们对黏膜免疫有了更深入的认识。呼吸道微生物群可能在宿主呼吸道结构成熟、局部免疫形成和系统发育中发挥重要作用，对儿童呼吸道疾病的发生和发展也有重要影响。近年围绕呼吸道疾病方面，微生物学研究取得了许多成果。人们试图应用微生物导向疗法(包括益生菌、益生元和抗生素甚至疫苗)恢复疾病状态下呼吸道微生物群的健康动态平衡，这可能是未来防治呼吸系统疾病的重要靶点。进一步设想应用"组学"如宏基因组学、代谢组学、宏转录组学和宏蛋白质组学实验研究，更深入认识呼吸道微生物群对呼吸道健康和疾病的影响，更好地了解呼吸道微生物群的功能和因果关系。积极寻找具有抗炎特性的新型益生菌或微生物群将是未来改善呼吸道炎症的潜在候选方法；进一步发现具有免疫调节潜力的新型代谢物，纯化微生物的代谢物(如短链脂肪酸)是治疗呼吸系统疾病的一个有希望的目标，本文就近年取得的研究成果进行综述。

第30届国际肌萎缩侧索硬化-运动神经元病会议于2019年12月4—6日在澳大利亚珀斯召开。本文主要介绍本次会议的临床研究，包括流行病学、非运动症状、辅助检查与生物标志物等，而基础研究包括基因组学与遗传学、蛋白质代谢异常、神经免疫与炎症、突触病理和临床前治疗策略等内容。

玉米是重要的粮食和饲料作物,为畜禽提供必需的代谢能和营养物质,饲料的营养价值与蛋白质及氨基酸组成比例密切相关.玉米籽粒蛋白质中氨基酸组成不平衡,添加豆粕可以补充玉米中缺乏的赖氨酸和色氨酸.然而,含硫氨基酸(半胱氨酸和蛋氨酸)也是大豆中的限制性氨基酸,其中蛋氨酸直接影响畜禽的机体蛋白质合成速率,进而影响肉蛋奶的产量.因此,提高玉米含硫氨基酸特别是蛋氨酸含量对畜牧业发展意义重大.我国玉米种质资源中缺乏高蛋氨酸种质,且育种进程缓慢.近年来,随着人们对植物硫元素的吸收和转运机制的深入研究,初步构建了含硫氨基酸代谢调控网络.本研究概括了近年来关于提高作物含硫氨基酸代谢机制的研究结果,提出将群体遗传学、比较基因组学及分子生物学相结合挖掘候选基因的新策略,并利用现代生物育种技术提高玉米籽粒蛋氨酸含量,为优质蛋白玉米遗传改良提供参考.

丙谷二肽(L-alanyl-L-glutamine,Ala-Gln)是一种重要的二肽,其在体内可分解为L-谷氨酰胺(L-Gln),该氨基酸具有不可替代的生理生化作用.传统化学法合成Ala-Gln存在污染高、转化率低、纯度低等缺点,并伴随有毒副产物产生,这限制了其规模化应用.随着生物学的快速发展,研究者们解析了 Ala-Gin的合成方式,并对菌株进行了定向改造,为绿色高效生产Ala-Gln开启了新纪元.主要对Ala-Gln的应用、传统化学法和生物法合成Ala-Gln的研究进展进行综述,旨在探索如何利用合成生物学、基因组学等学科技术改造Ala-Gln的代谢途径,高效生产Ala-Gin,为Ala-Gln产业化提供理论基础.

小球藻科物种生境范围广,分布于全球各种淡水、海水及陆生环境中,是多种生态系统的重要组成部分,且以其重要的科学和应用价值成为研究热点.由于个体微小及较强的形态可塑性,小球藻科物种能供分辨的形态特征有限,其经典分类学研究和物种鉴定存在诸多困难.随着基于DNA序列的研究方法在分类学研究中的应用,小球藻科历经多次修订,物种组成发生了很大变化,目前,小球藻科包含约48个属258个种.该科分类仍存在许多悬而未决的问题,如有些属、种的分类地位存疑、分类单元的多系起源问题、一些新支系有待进行物种归类.本文系统总结了小球藻科分类学研究历史和现状,并对其中存在的问题及存疑类群进行阐述,探讨了基因组学数据测序情况及其在分类学上的应用前景,以期为小球藻科的系统分类研究和开发利用提供基础参考资料.