患儿男，1岁，因“间断发热半个月”入院。查体：腹部膨隆，肝左叶可扪及，剑突下5 cm。实验室检查：ALT 50 U/L，AST 89 U/L，乳酸脱氢酶1 004 U/L，羟丁酸脱氢酶722 U/L；EB病毒IgG阳性，巨细胞病毒IgG阳性，EB病毒核抗原IgG抗体阳性。血液病原微生物监测：洋葱伯克霍尔德菌复合群、EB病毒序列数增加。肿瘤标志物：甲胎蛋白1.22 ng/ml，癌胚抗原0.93 ng/ml。彩超：肝左叶非均质回声，见一大小约56 mm×43 mm低回声区。CT：肝左叶可见稍低密度肿块影，右侧边界欠清，左侧边界清，约38 mm× 42 mm× 51 mm，增强扫描可见轻度不均匀强化（图1）。胸部CT平扫未见异常。超声科会诊后，不建议行“超声引导下肝脏肿物穿刺引流术”，患者反复发热、肝脏占位较前增大，抗感染治疗疗效欠佳。遂行肝左叶肿瘤切除术+肝门淋巴结切除术。术后短期恢复可。病理：EB病毒阳性NK/T细胞增殖性疾病，结合免疫表型及EBER 原位杂交考虑为：（1）结外NK/T 细胞淋巴瘤，鼻型；（2）EB病毒阳性NK/T细胞增殖性疾病肿瘤期（图2）。免疫组化：CD3（+），CD20（-），PAX-5（-），CD5（-），CD2（+），CD7（-），CD56（-），TIA-1（+），GrB（+），Ki-67（约70%+），CD4（±），CD8（+），EBNA-2（-）。原位杂交：EBER（+）。术后淋巴瘤基因重排检测：TCRB Dβ-Jβ 位点存在单克隆重排（+++），提示淋巴瘤可能。患儿病理诊断明确，告知家属NK/T细胞淋巴瘤易并发嗜血细胞综合征，进展快，预后欠佳，建议尽早化疗，家属拒绝继续治疗，术后11 d 出院后失访。

肺炎克雷伯菌是住院患者尤其是老年住院患者肺部感染、血流感染及尿路感染等常见条件致病菌之一。随着碳青霉烯类药物的广泛使用，肺炎克雷伯菌对碳青霉烯的耐药率逐年升高，其所致感染的治疗变得愈发棘手。肺炎克雷伯菌对碳青霉烯耐药的主要机制是产生碳青霉烯酶，我国最常见的碳青霉烯酶为肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶2。碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌存在明显的克隆性传播，不同地区流行的克隆复合群不同，我国主要序列类型(ST)为ST11型肺炎克雷伯菌。分子流行病学特征为制订合理治疗方案提供理论支撑。目前，已有一些抗耐药菌新药研发上市，噬菌体疗法也取得初步成效，肺炎克雷伯菌疫苗研发也在不断探索中，但手卫生等非药物预防仍是关键。

目的 分析碳青霉烯类耐药阴沟肠杆菌复合群(CRECL)的耐药谱和分子流行病学特征,指导临床抗感染治疗.方法 收集丽水市中心医院2012-2022年分离的非重复CRECL菌株,采用VITEK MS全自动快速微生物质谱检测系统进行菌种鉴定,以微量肉汤稀释法检测最小抑菌浓度值(MIC),利用聚合酶链式反应(PCR)扩增bla KPC、bla NDM、bla IMP、bla VIM、bla OXA-48等碳青霉烯酶基因并测序确认.通过接合实验和复制起始子扩增检测分析耐药基因定位及质粒类型;采用多位点序列分析(MLST)确定各菌株ST型,并结合BV-BRC数据库来源的CRECL构建系统发育树和最小生成树,分析CRECL的分子流行病学特征.结果 共收集非重复CRECL菌株22株,分布于14个临床科室,分属于16个ST型;22株菌对美罗培南、头孢他啶、头孢噻肟均100.00％耐药,对左氧氟沙星、氨曲南和多黏菌素的耐药率分别是81.81％、63.63％和31.81％,仅对替加环素100.00％敏感;经测序确认,17株CRECL菌株携带blaNDM基因,占77.27％,且其中15株位于IncX3型质粒,2株位于IncFⅡ型质粒;根据系统发育树和最小生成树分析,CRECL呈散发分布,未发现优势克隆群.结论 CRECL呈散发流行,医院分离菌株主要携带bla NDM基因,IncX3型质粒是介导该基因转移的主要原因.

目的 通过全基因组测序对甘肃省市售食品中分离的单增李斯特菌和英诺克李斯特菌基因组特征进行比较分析.方法 收集2021-2022年甘肃省市售食品中分离的25株单增李斯特菌和7株英诺克李斯特菌作为研究对象,对菌株进行全基因组测序,分析其系统发育谱系、克隆复合群(CC)、序列型(ST)、毒力基因、抗性基因及泛基因组.结果 32株李斯特菌分属单增李斯特菌谱系Ⅰ和Ⅱ及英诺克李斯特菌3个群,单增李斯特菌分为10个亚群,英诺克李斯特菌分为5个亚群,与CC型保持一致,核心基因组多位点序列分型能将各谱系中不同CC型的菌株明显分开,谱系Ⅰ与英诺克李斯特菌的进化关系更近.25株单增李斯特菌均携带李斯特菌毒力岛LIPI-1和内化素基因,不携带LIPI-3,有2株ST87型菌株携带LIPI-4;7株英诺克李斯特菌均不携带LIPI-1和内化素基因,均携带LIPI-4,有5株菌携带LIPI-3.单增李斯特菌有16株携带SSI-1、3株携带SSI-2,7株英诺克李斯特菌均不携带SSI-1,有6株携带SSI-2.李斯特菌的泛基因组大小随着测序基因组数目的增加呈现线性增多,25株单增李斯特菌当菌株数量达到15后核心基因数目稳定在2 272个,占泛基因组基因数目的46.2％,25株单增李斯特菌和7株英诺克李斯特菌共同的核心基因1487个,当菌株数量达到10后数目趋于稳定.结论 核心基因组多位点序列分型可将不同谱系不同克隆复合群的李斯特菌进行区分,英诺克李斯特菌与单增李斯特菌生化特性相似与其亲缘关系相近有关,致病性差异与英诺克李斯特菌缺失单增李斯特菌特有的毒力基因相关.

[背景]两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)是专性代谢人体母乳寡糖(human milk oligosaccharides,HMOs)和宿主肠道黏膜上皮黏蛋白聚糖的肠道共栖益生菌,对生命早期健康和发育至关重要,目前对其不同人群来源的群体遗传报道较少.[目的]探究在有限地域内遗传、饮食相近人群来源的B.bifidum菌株集的遗传结构是否具有族群特异的规律性,为开发个性化的益生菌株提供理论基础.[方法]对来自新疆伊宁两个族群(维吾尔族和哈萨克族)学龄儿童队列的肠道两歧双歧杆菌进行分离和鉴定,共获得 115 个菌株,对基于细菌基因组重复序列 PCR(repetitive sequence-PCR,rep-PCR)方法筛选的 53株代表菌株采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)进行群体遗传差异分析.[结果]53 株代表菌株共分为 37 个序列型(sequence type,ST),具有很高的遗传多样性;其中 26 株源自维吾尔族儿童的菌株有 17 个ST,而 20 个ST来自 27 株哈萨克族儿童的菌株,两个族群来源的菌株之间检测到较少的同源基因重组事件.goeBURST 分析显示,来自同一族群的B.bifidum分离株比来自另一族群的菌株更有可能被归入特定的系统发育分支或克隆复合体(clonal complexes,CC).[结论]不同族群来源的B.bifidum分离株显示出较高的遗传多样性,群体遗传结构一定程度上呈现出民族族群来源的特异性,需要更大规模的取样证实.这为进一步开展体内外实验并筛选针对区域族群的特色优良益生菌株提供了理论基础.

目的 对某三甲医院分离的耐碳青霉烯肠杆菌目细菌(CRE)的耐药表型和耐药基因进行检测,并对其进行同源性分析,探讨产生耐药性的原因,为控制院内传播感染提供理论依据.方法 收集2019年1月-2021年9月淄博市第一医院临床标本分离的鉴定为CRE的菌株,通过改良碳青霉烯灭活试验(mCIM)和EDTA改良碳青霉烯灭活试验(eCIM)对CRE菌株进行耐碳青霉烯表型筛选,采用聚合酶链反应(PCR)法对菌株进行耐碳青霉烯相关耐药基因的检测并通过接合实验研究耐药基因的传播能力,多位点序列分型(MLST)分析菌株的同源性关系.结果 CRE菌株中,大肠埃希菌54株,肺炎克雷伯菌15株;耐碳青霉烯大肠埃希菌blaNDM-1阳性38株、blaOXA-23阳性9株、blaOXA-48 阳性7株,耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌blaKPC-gp 阳性3株、blaKPC-qc 阳性 3 株、blaOXA-48阳性9株;接合实验结果证实blaNDM-1和blaKPC-gp可以通过接合实验进行传播;大肠埃希菌的ST类型为ST10、ST23、ST131、ST117型,聚类分析发现其分属于不同的克隆群;肺炎克雷伯菌的ST类型为ST11、ST23和ST342型,聚类分析发现其分属于不同的克隆群.结论 本地区CRE菌株中,bla NDM-1是导致大肠埃希菌耐药的主要基因,blaOXA-48是导致肺炎克雷伯菌耐药主要基因;MLST分型聚类分析发现碳青霉烯类抗菌药物耐药的大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌存在多个克隆复合群的克隆性传播,医院应加强院感防控和监测.

不同菌株猪源致病性大肠杆菌的致病力有较大差异,通过着重研究菌株基因组中携带的毒力因子种类和数量,以解析猪源大肠杆菌致病的分子机制.利用二代高通量DNA测序技术测定猪源致病性大肠杆菌的基因组DNA序列,通过生物信息学方法,分析不同毒力菌株的基因组结构特征、进化类型、携带的毒力因子基因及其碱基变异,采用PCR方法对候选毒力因子基因进行验证.猪源致病性大肠杆菌不同毒力菌株的基因组全长范围为 4.62-5.3 Mb,含有 3 364-3 557 个编码基因,菌株的系统进化群和多位点序列分型多属于A群和ST10 克隆复合群.6 株菌携带 112-280 个毒力因子基因,强毒菌株的毒力因子基因尤其是毒素基因多于弱毒菌株,且各菌株分泌系统基因的数量变异较大.此外,毒力因子基因中检测到插入缺失、移码突变和无义突变等高影响碱基变异.采用PCR验证了代表性毒力因子基因及其变异.猪源致病性大肠杆菌的毒力与基因组长度、编码基因的数量和变异相关,与GC含量、前噬菌体和CRISPR序列没有必然联系.

为了澄清洛氏角毛藻复合群的物种多样性,并明确洛氏角毛藻和并基角毛藻的种间界限,文章以广东沿海为例,建立了洛氏角毛藻复合群的22个单克隆培养株系,利用光学显微镜和电子显微镜技术,开展了基于生活史的连续形态学观察;结合基于核糖体大亚基编码基因D1-D3区序列的分子系统学分析.结果表明:文章支持近年研究的观点,认为“角毛基部并行融合”不是稳定特征,不宜继续作为并基角毛藻的标志特征;发现洛氏角毛藻形态相似藻株聚类在2个分支上,确认了洛氏角毛藻确实存在隐藏的物种多样性.其中一类与目前认知的洛氏角毛藻最为接近,而另一类在角毛孔纹、休眠孢子上存在明显区别.经过对洛氏角毛藻历史文献的对比研究,发现洛氏角毛藻的物种界定存在混乱和模糊的情况,如休眠孢子形态,及其初生壳面是否具有二叉状分布结构等,均存在相互矛盾或不一致的历史报道.

目的 了解某院皮特不动杆菌、医院不动杆菌感染的临床特点及其同源性.方法 收集2016年1—12月分离自该院临床送检感染标本的335株醋酸钙不动杆菌-鲍曼不动杆菌复合群(ACB)非重复菌株,采用16S-23S rRNA基因间隔区序列分析鉴定到种,比较皮特不动杆菌、医院不动杆菌和鲍曼不动杆菌培养阳性患者的临床资料及实验室检查结果,采用PCR方法检测3种细菌OXA-51基因,并采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术分析皮特不动杆菌和医院不动杆菌的同源性.结果 335株ACB包括皮特不动杆菌18株,医院不动杆菌23株和鲍曼不动杆菌284株,其他不动杆菌10株.鲍曼不动杆菌和皮特不动杆菌/医院不动杆菌分离患者间ICU入住率、侵入性操作情况、肺部感染率、住院期间死亡率比较,差异均有统计学意义(均P<0.05);皮特不动杆菌和医院不动杆菌对大多数抗菌药物的耐药率低于鲍曼不动杆菌.皮特不动杆菌和医院不动杆菌均未见OXA-51基因扩增阳性,284株鲍曼不动杆菌OXA-51基因PCR检测均阳性.RAPD技术将皮特不动杆菌和医院不动杆菌分为4个不同的克隆,同源性分析显示,克隆A和克隆F分别为皮特不动杆菌、医院不动杆菌的流行株.结论 皮特不动杆菌和医院不动杆菌应被视为与鲍曼不动杆菌不同的临床菌株而区分对待,OXA-51基因扩增可以考虑作为一种简便快捷的分子生物学技术用于皮特不动杆菌和医院不动杆菌的快速鉴定.应加强对皮特不动杆菌和医院不动杆菌的监控.

洛氏角毛藻复合群(Chaetoceros lorenzianus complex)指具有与洛氏角毛藻相似形态学特征的物种集合,它们广泛分布于全球近岸水域.近年国际上关于该复合群的分类学研究取得新进展,而我国相关研究仍较为滞后.为了弄清我国沿海洛氏角毛藻复合群的物种多样性,明确物种信息,厘清种间界限,为相关研究提供准确的物种鉴定依据,本研究陆续在中国沿海建立了该复合群的332个单克隆培养株系,利用光学显微镜、扫描电镜和透射电镜进行了较为详尽的形态学研究,基于核糖体大亚基编码基因D1-D3区序列,构建了分子系统学关系.结果 表明其形态聚类与分子系统学结论相一致,显示我国洛氏角毛藻复合群具有较高的物种多样性,共鉴定到5个物种,分别是并基角毛藻(C.decipiens)、优美角毛藻(C.elegans)、平孢角毛藻(C.laevisporus)、曼纳角毛藻(C.mannaii)和稀树角毛藻(C.pauciramosus).研究表明传统认知的光镜下特征,如群体特征、角毛走势等易变化,其分类学价值需谨慎应用.角毛的超微结构,如角毛孔纹的形状、大小、密度等是有效的种间区别特征,休眠孢子亦是重要的物种识别依据.并基角毛藻和平孢角毛藻在我国沿岸的分布范围最为广泛,而稀树角毛藻的分布较为有限.