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麻疹病毒N蛋白的原核表达、纯化及其兔抗血清的制备
编辑人员丨4天前
目的 原核表达并纯化麻疹病毒(measles virus,MV)核蛋白(N),免疫家兔后制备兔抗MV N抗血清,并鉴定其特异性.方法 以MV-S191疫苗株基因组为模板,PCR扩增N基因3个片段,构建重组表达质粒pGEX-MV-N1、pGEX-MV-N2和pGEX-MV-N3,分别转化至E.coli BL21(DE3)中诱导表达N-末端带有GST标签的融合蛋白GST-MV-N1、GST-MV-N2和GST-MV-N3,纯化后,分别与等体积弗氏完全佐剂(初次免疫)、弗氏不完全佐剂(加强免疫)混合,乳化均匀后各免疫1只雌性家兔,共免疫6次,采集全血,分离血清获得兔抗MV N抗血清,Western blot法及间接免疫荧光试验(indirect immunofluorescence assay,IFA)鉴定其特异性.结果 重组表达质粒 pGEX-MV-N1、pGEX-MV-N2 和pGEX-MV-N3经双酶切、PCR及测序鉴定证明构建正确;表达的GST-MV-N1和GST-MV-N3融合蛋白相对分子质量分别约42 000和39 000,主要以包涵体形式存在,纯度分别为96%和85%,而上清和沉淀中均未见GST-MV-N2融合蛋白的表达;兔抗MVN3抗血清能特异性识别MV-S191感染细胞后表达的N蛋白,且特异性高于兔抗MV-N1抗血清.结论 成功制备了兔抗MV N抗血清,为重组MV疫苗的研发以及MV结构蛋白抗体的制备提供了技术支持.
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编辑人员丨4天前
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健脾解毒汤治疗银屑病的生物信息学作用机制研究
编辑人员丨4天前
目的 通过生物信息学分析,寻找与银屑病发病密切相关的特征基因,并探寻中药复方对其作用机理.方法 利用中药系统药理学数据库(TCMSP)对健脾解毒汤的药物作用靶点进行研究.通过OMIM数据库、GeneCard数据库以及GEO数据库筛选银屑病的病理靶点;使用R包对基因进行功能注释;从NCBI GEO公共数据库下载银屑病数据集GSE13355的基因表达数据;通过Cytoscape建立"活性成分-靶点"网络;采用WGCNA方法,寻找协同表达的基因模块;利用WGCNA-R包构建数据集中基因的共表达网络;采用CIBER-SORT算法推断22种免疫浸润细胞的相对比例,并进行Pearson相关性分析;通过miRcode数据库获得关键基因相关的miRNA.统计分析采用R语言(version4.2.1)进行.结果 最终得到对应药物靶点共132个,将药物靶点与疾病靶点取交集,得43个交集靶点.GO和KEGG富集分析主要涉及cellular response to chemical stress、response to oxidative stress、gland development、HIF-1、Th17 cell differentiation、PI3K-Akt等信号通路.WGC-NA分析共检测到8个基因模块,其中black模块相关性绝对值最高,将black模块中筛选后得到的912个基因与43个交集靶点取交集,结果显示,ABCC1、BIRC5、PCNA这3个基因均有交集,关键基因与多种免疫细胞显著相关.对关键基因和铁死亡相关基因进行相关性分析,关键靶点的表达水平和铁死亡相关基因的表达水平显著相关.结论 ABCC1、BIRC5、PCNA、AIFM2、BECN1和GPX4在银屑病中具有重要的生物学功能,为今后的新药研发奠定基础.
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编辑人员丨4天前
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电针对慢性前列腺炎大鼠TLR4/NF-κB/NLRP3通路蛋白表达的影响
编辑人员丨4天前
目的 观察电针对慢性前列腺炎大鼠前列腺Toll样受体4/核转录因子κB/NOD样受体蛋白3(TLR4/NF-KB/NLRP3)通路的影响,探讨电针治疗慢性前列腺炎的可能机制.方法 将40只SPF级健康雄性SD大鼠随机分为空白组、模型组、电针组、抑制剂组、激动剂组,各8只.除空白组外,其余各组采用前列腺蛋白提取及免疫注射法制备大鼠慢性前列腺模型,于造模后1 d对电针组、抑制剂组及激动剂组大鼠行电针干预,穴取"白环俞""会阳",连续波,频率2 Hz,每日1次,每次20 min,7 d为1个疗程,每疗程后休息1 d,共治疗2个疗程.基于开野实验和糖水消耗实验开展行为学测试;取大鼠前列腺组织,计算前列腺湿重及前列腺指数;HE染色观察大鼠前列腺组织形态学变化;TUNEL法观察前列腺细胞凋亡;Western blot法检测前列腺组织中TLR4、NF-κB、NLRP3蛋白表达.结果 与空白组比较,模型组大鼠水平运动评分、垂直运动评分和糖水消耗量均显著下降(P<0.05);与模型组比较,电针组大鼠水平运动评分、垂直运动评分和糖水消耗量显著增加(P<0.05);与电针组比较,抑制剂组大鼠水平运动评分、垂直运动评分和糖水消耗量显著增加,而激动剂组大鼠水平运动评分、垂直运动评分和糖水消耗量显著下降(P<0.05).与空白组比较,模型组大鼠前列腺湿重和前列腺指数显著升高(P<0.05),前列腺细胞凋亡升高(P<0.05);与模型组比较,电针组大鼠前列腺湿重和前列腺指数显著下降(P<0.05),前列腺细胞凋亡显著下降(P<0.05);与电针组比较,抑制剂组大鼠前列腺湿重和前列腺指数显著下降(P<0.05),而激动剂组大鼠前列腺湿重和前列腺指数显著升高(P<0.05),且抑制剂组大鼠前列腺细胞凋亡进一步下降(P<0.05),而激动剂组大鼠前列腺细胞凋亡升高(P<0.05).与空白组比较,模型组大鼠前列腺组织中TLR4、p-NF-κB/NF-κB、NLRP3蛋白表达显著增加(P<0.05),与模型组比较,电针组大鼠前列腺组织中TLR4、p-NF-κB/NF-κB、NLRP3蛋白表达显著减少(P<0.05);与电针组比较,抑制剂组大鼠前列腺组织中TLR4、p-NF-κB/NF-κB、NLRP3蛋白表达显著下降(P<0.05),而激动剂组大鼠前列腺组织中TLR4、p-NF-κB/NF-κB、NLRP3蛋白表达显著升高(P<0.05).结论 电针白环俞、会阳可明显改善慢性前列腺模型大鼠症状,降低细胞凋亡水平,其机制可能与下调TLR4/NF-κB/NLRP3通路蛋白表达,进而抑制前列腺细胞凋亡有关.
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编辑人员丨4天前
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外阴鳞状细胞癌关键基因的筛选及免疫浸润分析
编辑人员丨4天前
目的:利用生物信息学方法筛选外阴鳞状细胞癌(VSCC)的关键基因及分析免疫浸润特征.方法:从GEO数据库中下载VSCC相关基因表达数据,应用差异表达基因(DEGs)分析和加权基因共表达网络分析筛选出共同的DEGs,对DEGs进行富集分析.采用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络,并通过4种算法筛选出关键基因,进行关键基因GSEA分析.应用CIBERSORT分析VSCC相关免疫细胞浸润特征及关键基因与免疫细胞的相关性.结果:共筛选出182个DEGs,DO富集主要涉及生殖器官良性肿瘤、结缔组织癌等疾病;GO和KEGG富集结果主要与表皮发育、角质化包膜、氧化应激、免疫细胞迁移等有关;PPI网络中有65个节点,90条边,筛选出6个关键基因,S100A7、SPRR2B、SPRR2G、CASP14、CDSN、ESR1,共同富集到了细胞周期、蛋白酶体信号通路.免疫浸润分析结果显示,与对照组相比,VSCC组初始B细胞、静息CD4+T记忆细胞下调(均P<0.05),记忆B细胞、调节性T细胞、活化的NK细胞、巨噬细胞M0型、静息肥大细胞、活化的肥大细胞、嗜酸性粒细胞、中性粒细胞上调(均P<0.05).Spearman相关性分析显示,S100A 7、SPRR2G、CASP14、CDSN均与γδT细胞呈负相关(均P<0.05),与巨噬细胞M0型呈正相关(均P<0.05);ESR1与巨噬细胞M0型呈负相关(P<0.05),与静息CD4+T记忆细胞呈正相关(P<0.05);S100A7、CASP14 与静息 CD4+T 记忆细胞呈负相关(均 P<0.05);SPRR2G、CDSN 与 CD8+T 细胞呈负相关(均 P<0.05).结论:S100A7、SPRR2B、SPRR2G、CASP14、CDSN、ESR1可能是VSCC潜在的生物标志物,长期慢性炎症刺激导致表皮终末分化过程异常可能是VSCC发生、发展的关键因素.
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编辑人员丨4天前
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规律性有氧运动对大脑中动脉栓塞大鼠NLRP3/caspase-1/GSDMD轴及学习记忆功能的影响
编辑人员丨4天前
目的:研究规律性有氧运动对MCAO/R大鼠学习记忆功能的影响及作用机制.方法:将36只SD大鼠随机分为3组,假手术组(IS组)、有氧运动组(AE组)及模型组(IC组).IC组及AE组大鼠制备MCAO/R模型,IS组进行相同动脉分离即可.成模后AE组大鼠接受14d跑步机训练,IS组、IC组大鼠仅需在相同的持续时间于跑台自由活动.对各组大鼠进行神经功能评分;应用小动物磁共振T2WI扫描观察干预前后各组大鼠脑梗死灶;应用新物体识别实验检测各组大鼠干预前后的识别记忆能力;采用HE染色对缺血侧海马CA1区神经元损害情况进行研究;应用免疫组化检测缺血侧海马CA1区小胶质细胞活化水平;应用Western Blot检测缺血侧海马NOD样受体蛋白 3(NOD-like receptor protein 3,NLRP3)、半胱氨酸蛋白酶-1(cysteinyl aspartate specific proteinase 1,caspase-1)、消皮素D(gasdermin D,GSDMD)蛋白表达情况;应用Elisa法检测缺血侧海马白细胞介素1β(IL-1β)、白细胞介素18(IL-18)水平;应用免疫荧光共标记实验检测缺血侧海马IBA1与NLRP3、caspase-1、GS-DMD的荧光表达及共定位情况.结果:干预前,与IS组相比,IC组神经功能评分显著升高(P<0.05),并可见明显高信号梗死灶(P<0.05),新物体辨别率显著下降(P<0.05),而AE组与IC组神经功能评分、脑梗死体积百分比及新物体辨别率无显著差异(P>0.05);干预14d后,与IC组相比,AE组大鼠神经功能评分显著降低(P<0.05)、脑梗死体积显著减小(P<0.05)、物体辨别能力显著提高(P<0.05)、缺血侧海马CA1区病理情况改善、小胶质细胞活化水平降低(P<0.05)、IL-1β、IL-18含量下降(P<0.05),NLRP3、caspase-1、GSDMD蛋白表达显著减少(P<0.05).除此之外,与IC组相比,AE组大鼠缺血侧海马CA1区NLRP3、GSDMD、CA3区caspase-1累计光密度显著性下降,IBA1、NLRP3与IBA1、GSDMD双阳性细胞数量明显减少.结论:规律有氧运动可提高MCAO/R大鼠的识别记忆功能,其作用机制可能是通过抑制小胶质细胞焦亡和活化来实现的.
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编辑人员丨4天前
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维生素D对肺部疾病临床意义的研究进展
编辑人员丨4天前
维生素D(vitamin D)是一种脂溶性的开环固醇类物质[1]。维生素D2(多骨化醇)和维生素D3(胆钙化醇或骨化二醇[25-羟维生素D3,25(OH)D],骨化三醇[1,25-二羟维生素D3,1,25(OH)2D])是维生素D的两种主要形式[2]。维生素D2主要来自植物和真菌,维生素D3主要存在于动物中,或是皮肤经过紫外线照射下自然合成。维生素D的功能包括调节人体钙、磷的稳态和控制骨代谢。维生素D缺乏会影响骨骼健康,还会导致多种慢性疾病,这些疾病通常伴随着炎症增加和免疫系统失调,如糖尿病、哮喘和类风湿性关节炎[3]。维生素D的生物活性形式是1,25-二羟基维生素D[1,25(OH)2D],也被称为"D激素"或"活性维生素D"[1],通过与维生素D受体(vitamin D receptor, VDR)结合并直接调节维生素D靶组织(如肠道、肾脏和骨骼)中的基因表达来发挥作用[4]。根据《维生素D及其类似物临床应用共识》,维生素D摄入不足者的的治疗剂量为:0~1岁400~1 000 IU/d;2~18岁600~1 000 IU/d;19~50岁1 500~2 000 IU/d;50岁以上1 600~2 000 IU/d[1]。
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编辑人员丨4天前
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二十碳五烯酸通过p38 MAPK通路对肥胖大鼠骨骼肌胰岛素抵抗的作用研究
编辑人员丨4天前
目的 探讨二十碳五烯酸(EPA)通过调控p38丝裂原活化蛋白激酶(p38 MAPK)信号通路对肥胖大鼠骨骼肌胰岛素抵抗的改善作用.方法 将50只雄性Wistar大鼠随机分组为对照组、模型组、抑制剂组、EPA组、抑制剂+EPA组,每组10只,共干预6周.造模后抑制剂组灌胃1 mg/kg p38 MAPK抑制剂SB203580,EPA组灌胃70 mg/kg EPA,抑制剂+EPA组灌胃SB203580+EPA,模型组和对照组灌胃等体积生理盐水.测定大鼠空腹血糖、空腹血清胰岛素水平、骨骼肌组织中谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)、超氧化物歧化酶(SOD)活性和丙二醛(MDA)水平,采用腹腔葡萄糖耐量实验(IPGTT)和胰岛素耐受实验(ITT)评价大鼠胰岛素抵抗程度,采用Western blot法和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法测定大鼠骨骼肌组织中磷酸化p38(p-p38)蛋白及p38 mRNA表达情况.结果 与对照组相比,模型组大鼠体重、附睾脂肪湿重、空腹血糖、空腹胰岛素水平、IPGTT血糖水平、ITT血糖水平、MDA水平明显升高,GSH-Px和SOD活性明显降低,骨骼肌组织中p-p38蛋白表达和p38 mRNA表达明显升高(P<0.05).与模型组相比,EPA组和抑制剂+EPA组大鼠的体重和附睾脂肪湿重明显降低,抑制剂组和EPA组大鼠空腹血糖、空腹胰岛素水平、IPGTT血糖水平、ITT血糖水平、MDA水平明显降低,GSH-Px和SOD活性明显升高,骨骼肌组织中p-p38蛋白表达明显降低(P<0.05),但骨骼肌组织中p38 mRNA表达无明显改变(P>0.05).结论 EPA可能是通过抑制p38 MAPK信号通路减轻氧化应激反应,从而改善肥胖大鼠骨骼肌胰岛素抵抗.
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编辑人员丨4天前
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T2DM、Obesity、NASH、PCOS共同致病因素相关的分子机制
编辑人员丨4天前
目的:探讨T2DM、Obesity、NASH、PCOS共同致病基因和潜在分子机制。方法:从GEO数据库下载了GSE20966、GSE17470、GSE88837、GSE34526基因表达谱(DEGs),使用limma包分别进行差异分析,再对4组差异基因取交集,确定并进行功能富集分析,构建蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)。采用CIBERSORT算法对不同患者RNA-seq数据进行分析,用来推断22种免疫浸润细胞的相对比例。采用GSVA算法对每个基因集合进行综合打分,评估不同样本潜在的生物学功能变化。结果:5个交集基因被确定,分别为PTPN3、GBP2、ARL1、NEDD4L、PTPN11。其中PTPN11、NEDD4L、GBP2与胰岛素相关通路相关。进一步通过GSVA验证3个核心基因涉及的具体信号通路,为高表达GBP2与P53 PATHWAY、KRAS SIGNALING、APOPTOSIS等信号通路相关;高表达NEDD4L与G2M CHECKPOINT、TGF BETA SIGNALING、ADIPOGENESIS等信号通路相关;高表达PTPN11与PROTEIN SECRETION、ADIPOGENESIS、FATTY ACID METABOLISM等信号通路相关。结论:新发现2型糖尿病、肥胖、非酒精性脂肪肝/非酒精性脂肪性肝炎、多囊卵巢综合征的共病基因及其代谢相关信号通路,为其治疗及诊断提供了新靶点及生物标志物。
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编辑人员丨4天前
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USP24及其共表达肿瘤代谢基因在肝细胞癌中的诊断和预后预测作用
编辑人员丨4天前
目的:探讨去泛素化酶USP24及其共表达肿瘤代谢基因在肝细胞癌临床诊断和预后预测中的作用。方法:使用TCGA-LIHC队列研究USP24在肝细胞癌中的表达情况。采用生存分析评估USP24在肝细胞癌预后中的作用。采用GSEA软件预测USP24可能调控的肿瘤代谢途径,并通过共表达分析对肿瘤代谢通路主要贡献基因进行筛选。使用差异表达分析和单因素COX分析寻找与USP24相关的肿瘤代谢预后基因,并使用LASSO-COX算法构建预后模型。采用BP神经网络、支持向量机、随机森林和XGBoost算法构建肝细胞癌诊断模型。使用R4.2.2软件进行统计学分析,两组之间的比较使用Wilcoxon检验;生存分析采用Kaplan-Meier法。P<0.05为差异有统计学意义。结果:USP24在肝细胞癌中显著高表达,且USP24高表达组的患者生存率较低。GSEA分析显示USP24与11种肿瘤代谢途径相关。共表达分析、差异表达分析和单因素COX分析筛选出19个USP24相关肿瘤代谢预后基因,LASSO-COX算法选择8个基因用于构建预后模型。生存分析结果提示高风险组的预后较低风险组更差。训练组1年、2年、3年ROC曲线的AUC分别为0.793、0.706、0.696;验证组1年、2年、3年ROC曲线的AUC分别为0.701、0.684、0.728。肝细胞癌诊断模型中XGBoost模型具有较好的诊断能力,验证组ROC曲线的AUC为0.809。结论:USP24与肝细胞癌预后相关,可能是通过肿瘤细胞代谢调控肝细胞癌的进展。基于8个肿瘤代谢基因构建的诊断模型和预后模型可能分别有效诊断肝细胞癌以及预测患者的预后。
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编辑人员丨4天前
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原发性胶质母细胞瘤瘤内细菌特征基因及其功能研究
编辑人员丨4天前
目的 分析原发性胶质母细胞瘤(GBM)患者肿瘤组织中细菌相关特征基因,并研究肿瘤内细菌相关特征基因在GBM中的功能及作用机制.方法 采用基于癌症基因组图谱(TCGA)数据分析得到的原发性GBM瘤内细菌相关特征基因的公开数据,共152例.根据GBM患者总生存时间的中位数,将其分为低生存组(78例)和高生存组(74例).使用秩和检验评估组间α多样性的差异;采用非度量多维尺度(NMDS)分析和主坐标分析(PCoA)评估组间β多样性的差异;采用线性判别分析(LDA)比较两组GBM样本中丰富度存在显著差异的细菌种类.分别根据各差异细菌相关特征基因的相对丰富度将152例患者分为高丰富度组和低丰富度组,采用Kaplan-Meier法分析高丰富度组与低丰富度组患者生存率的差异.对与良好预后相关的高丰富度细菌相关特征基因GBM样本中显著上调的基因进行基因本体论(GO)生物过程功能注释和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过TCGA转录组测序数据集分析肿瘤免疫微环境景观,应用曼特尔检验分析免疫细胞浸润含量与预后相关细菌特征基因的相关性.所有数据分析均采用R软件,以P<0.05为差异有统计学意义.结果 152例GBM组织中共鉴定出252种细菌相关特征基因,其中234种特征基因在低生存组与高生存组均存在,8种仅存在于低生存组,10种仅存在于高生存组.NMDS和PCoA结果显示,两组的β多样性的差异有统计学意义(P<0.05).LDA显示,高生存组与低生存组的肿瘤组织中细菌相关特征基因的丰富度存在差异(P<0.05),其中脆弱拟杆菌相关特征基因在高生存组的丰富度较高(P<0.05),并与患者的总生存期呈正相关(x2=4.13,P<0.05).功能富集分析显示,肿瘤内脆弱拟杆菌相关特征基因丰富度较高的患者肿瘤组织中高表达与免疫途径相关的基因(P<0.05).曼特尔检验分析结果显示,原发性GBM肿瘤组织中脆弱拟杆菌相关特征基因的丰富度与M1巨噬细胞浸润呈正相关(P<0.05).结论 脆弱拟杆菌相关特征基因在高生存原发性GBM患者肿瘤组织中的丰富度较高,并影响肿瘤的免疫微环境.
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编辑人员丨4天前
