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西方蜜蜂AKHR基因的生物信息学及表达模式分析
编辑人员丨1天前
本研究对西方蜜蜂Apis mellifera脂动激素受体(Adipokinetic hormone receptor,AKHR)基因AmAKHR CDS区进行RT-PCR扩增和生物信息学分析,并测定了AmAKHR在工蜂不同组织和不同发育阶段的表达模式,旨在为进一步的功能研究提供参考和基础.通过PCR扩增AmAKHR的CDS,使用相关软件预测AmAKHR蛋白的理化性质、分子特征及蛋白互作网络.采用RT-qPCR技术检测AmAKHR在工蜂不同组织和不同发育阶段的相对表达量.结果表明,AmAKHR基因CDS长度为1 050 bp,编码349个氨基酸;AmAKHR的相对分子量约为40.63 kDa,分子式为C1873H2939N471O484S26,含39个磷酸化位点,7个α-跨膜螺旋结构及8个保守基序,不含信号肽,主要分布于质膜;AmAKHR与小蜜蜂Apis florea的AKHR在进化树上聚为一支;AmAKHR的二级结构包含127个无规则卷曲,124 个α-螺旋,87 条延伸链和11 个β-转角;AmAKHR与卵黄原蛋白和神经肽Corazonin等10个蛋白构成1个互作网络;AmAKHR在西方蜜蜂工蜂的毒腺、中肠、咽下腺、脂肪体、脑和触角等6个组织中差异表达,在脂肪体中的表达量最高,而在中肠中的表达量最低;AmAKHR在西方蜜蜂工蜂 1 日龄幼虫、3 日龄幼虫、5 日龄幼虫、2日龄预蛹、1日龄蛹中均有表达,且表达量随着日龄的增长而持续上调.研究结果揭示AmAKHR为疏水性蛋白和膜蛋白,并与卵黄原蛋白和神经肽等10个蛋白潜在互作,AmAKHR可能在西方蜜蜂工蜂的能量代谢、脂类分解和变态发育中发挥作用.
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编辑人员丨1天前
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基于网络药理学、分子对接及实验验证探讨参附益心颗粒治疗心力衰竭的作用机制
编辑人员丨1天前
目的 基于网络药理学、分子对接及实验验证探讨参附益心颗粒治疗心力衰竭的作用机制.方法 (1)通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索、筛选参附益心颗粒组方中药的有效活性成分;利用PubChem数据库、Swiss Target Prediction平台进行作用靶点预测;通过GeneCards、OMIM数据库检索、筛选心力衰竭疾病相关靶点;通过Venny 2.1.0 平台对参附益心颗粒活性成分作用靶点与心力衰竭疾病相关靶点取交集(共同靶点),即为参附益心颗粒抗心力衰竭的潜在作用靶点.将潜在作用靶点导入STRING数据库,构建蛋白互作(PPI)网络,筛选参附益心颗粒治疗心力衰竭的核心靶点.通过Cytoscape 3.6.1 软件构建"药物-活性成分-疾病-靶点"网络,筛选参附益心颗粒治疗心力衰竭的关键活性成分.利用DAVID数据库对潜在作用靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析.利用AutoDock Vina软件对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证.(2)将SD大鼠随机分为假手术组、模型组、参附益心颗粒组(5.28 g·kg-1)及阳性药组(沙库巴曲缬沙坦组,20.8 mg·kg-1),每组 8 只.采用结扎左冠状动脉前降支的方法复制急性心肌梗死后心力衰竭大鼠模型.灌胃给药,每日 1 次,连续 4 周.采用超声心动图检测大鼠心功能:左室射血分数(LVEF)、左室短轴缩短率(LVFS);HE、Masson染色法观察大鼠心脏组织病理变化;ELISA 法检测血清脑钠素(BNP)、心钠肽(ANP)、醛固酮(ALD)水平;qPCR 及 Western Blot 法检测心脏组织 CAV1、F2、MAPK1 mRNA 及蛋白表达水平.结果 (1)共获得参附益心颗粒的活性成分 210 个,作用靶点 1 196 个,心力衰竭疾病相关靶点 801 个;通过Venny 2.1.0 平台取交集,共得到参附益心颗粒治疗心力衰竭的潜在作用靶点(共同靶点)97 个.通过"药物-活性成分-疾病-靶点"网络分析得到槲皮素、木犀草素、花生四烯酸、山柰酚、丹参醛等关键活性成分.通过潜在作用靶点的PPI网络分析得到MAPK1、F2、CAV1、EDN1、GJA1 等核心靶点.潜在作用靶点主要集中在基因表达的正向调节、心脏发育及对MAPK级联的正向调节等生物过程,涉及MAPK信号通路、HIF-1 信号通路和 PI3K/Akt等关键通路.MAPK1、CAV1、EDN1、F2 与槲皮素、木犀草素、山柰酚、丹参醛以及MAPK1、F2 与花生四烯酸均具有较好的结合活性.(2)与假手术组比较,模型组大鼠的 LVEF、LVFS 显著降低(P<0.01),心脏质量指数明显升高(P<0.05);心肌组织病理损伤明显,间质纤维化程度严重,心脏胶原容积分数显著升高(P<0.01);血清BNP、ANP、ALD水平显著升高(P<0.01);心肌组织中CAV1、F2、MAPK1 mRNA及蛋白表达水平显著升高(P<0.05,P<0.01).与模型组比较,参附益心颗粒组、阳性药组大鼠的LVEF、LVFS 均显著升高(P<0.01),但是心脏质量指数下降不明显(P>0.05);心肌组织病理损伤明显改善,间质纤维化程度明显减轻,心脏胶原容积分数显著降低(P<0.01);血清BNP、ANP、ALD水平显著降低(P<0.01);心肌组织中CAV1、F2、MAPK1 mRNA及蛋白表达水平显著下降(P<0.05,P<0.01).结论 参附益心颗粒可能是通过槲皮素、木犀草素、花生四烯酸、山柰酚、丹参醛等活性成分,作用于MAPK1、F2、CAV-1、EDN1 等靶点,调控MAPK信号通路、PI3K/Akt信号通路等相关通路,从而改善心力衰竭大鼠的心功能及心肌纤维化.
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编辑人员丨1天前
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Delta样典型Notch配体3基因在脑胶质瘤中的表达及其临床意义
编辑人员丨1天前
目的:研究Delta样典型Notch配体3(DLL3)基因在脑胶质瘤中的表达特征及其临床意义,进而探索其在脑胶质瘤中的生物学功能。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划数据库(CGGA)的两套mRNA测序数据集及其匹配的临床数据,其中数据集1包含325例样本,数据集2包含693例样本。应用R软件分析DLL3在不同世界卫生组织(WHO)分级、不同分子分型脑胶质瘤的表达模式,并应用免疫组织化学染色检测方法验证DLL3蛋白在不同WHO级别脑胶质瘤中的表达水平。通过Kaplan-Meier生存曲线评价DLL3不同表达水平的脑胶质瘤患者的生存差异。采用单因素和多因素Cox回归分析法分析影响脑胶质瘤患者总体生存期的因素。通过Pearson相关性检验分析与DLL3表达相关的基因。采用功能富集分析方法分析与DLL3表达相关基因的生物学功能。结果:在数据集1中,DLL3的表达随着WHO级别的升高而下调,差异有统计学意义( P<0.001);DLL3在异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变型患者中的表达量高于IDH野生型患者( P<0.001);DLL3在IDH野生型患者中的表达量低于IDH突变型且染色体1p/19q共缺失患者和IDH突变型且染色体1p/19q非共缺失患者( P<0.001);DLL3在O 6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化患者中的表达量高于非甲基化患者( P<0.001);通过免疫组织化学染色方法验证DLL3表达随着WHO级别的升高而下调( P<0.01);DLL3的上述结果在数据集2中得到相似结果。在两个数据集中,DLL3高表达组患者的总体生存期均长于低表达组患者(均 P<0.01)。多因素Cox回归分析结果显示,WHO分级(WHO Ⅲ级: HR=2.861,95% CI:1.910~4.287;Ⅳ级: HR=4.655,95% CI:3.010~7.199)、染色体1p/19q共缺失( HR=0.439,95% CI:0.293~0.657)以及DLL3高表达( HR=0.593,95% CI:0.427~0.823)均为脑胶质瘤患者预后的独立影响因素(均 P<0.001)。与DLL3表达相关的基因有661个(| r|≥0.4, P<0.05);生物信息学分析提示,DLL3可能与脑胶质瘤患者的轴突发生、突触组织、负向调控神经系统发育等功能相关。 结论:随着脑胶质瘤病理学级别的升高,DLL3的表达水平下调;DLL3表达水平与脑胶质瘤患者的生存期密切相关,可作为判断脑胶质瘤患者预后的潜在指标和治疗靶点。
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编辑人员丨1天前
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m6A甲基化调控神经系统及相关疾病的功能研究进展
编辑人员丨1天前
在已知的众多发生在信使RNA(mRNA)内部的修饰方式中,N6-甲基腺嘌呤(m6A)修饰是真核生物最常见的一种转录后修饰,占所有RNA甲基化修饰的80%。分子层面上,m6A这种可逆的修饰方式参与调节mRNA的可变剪切、出核、翻译、降解等过程。已有研究揭示了m6A修饰参与调控DNA损伤修复、细胞分化、个体生长发育以及学习记忆和免疫调控等多个生理过程,而这种修饰近年来也成为神经科学领域的一个重要的研究方向。本文围绕m6A的分子调控机制及其在神经系统的发育和相关疾病的发生发展中的作用进展进行综述,以期为开展以m6A为靶向的神经相关研究提供新的思路。
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编辑人员丨1天前
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胎儿弯曲菌龟亚种中国分离株的种群结构、毒力基因及耐药性分析
编辑人员丨1天前
目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种( Campylobacter fetus subsp. testudinum, Cft)的分子流行病学特征。 方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序,结合GenBank公布的全球 Cft基因组数据进行流行病学分析;MLST-GrapeTree分析 Cft的群体遗传结构;核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建 Cft的系统发育树,rhierBAPS确定其种群结构;CARD、ResFinder及VFDB注释 Cft的耐药及毒力基因; E-test法进行药敏试验,并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。 结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析,共纳入全球41株 Cft基因组信息,其中人类来源24株,动物来源13株,未知来源4株。流行病学资料显示,24株人类来源菌株中,20株感染对象为黄种人,1例为白种人(配偶是亚裔),其余未知,差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物,包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示,中国分离株以ST46为主要序列型,美国则以ST15为主要序列型;Grapetree显示,中国分离株的遗传多态性高于美国分离株;通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球 Cft构成6个种群,中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切;美国分离株相对较集中(SC3),且以ST15克隆传播为主;毒力基因分析显示,与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在 Cft中携带率为100.00%,而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统 virB4、 virB9、 virD4因子及 tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中;15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明, Cft对环丙沙星耐药率为46.67%,对红霉素敏感性为100.00%。 结论:全球 Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病,其感染可能与食入或接触爬行类动物有关;本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别,应引起我们的关注。
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编辑人员丨1天前
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一起急性出血性结膜炎暴发疫情病原学分子特征分析
编辑人员丨1天前
目的:分析5月份广东省某市一起急性出血性结膜炎(acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)疫情中病原体的进化特征及变异情况,为制定新一轮AHC流行防控措施提供科学依据。方法:采集20份AHC患者眼结膜拭子,采用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qPCR)方法,对其进行肠道病毒(enterovirus,EV)、EV70(human enterovirus 70, HEV70)和CVA24v(coxsackievirus A24 variant,CVA24v)核酸检测,并对CVA24v阳性样本的VP1区和3Cpro区进行序列测定,分析其与国内外流行的CVA24v基因进化关系。结果:20份眼拭子标本中,肠道病毒全部显示EV阳性,CVA24v全部阳性,阳性率100%,EV70全部阴性。其中5份样本的CVA24v的VP1和7份样本的CVA24v的3Cpro区基因组成功测序,基于VP1和3Cpro区的分子特征分析发现,本次疫情流行的CVA24v与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v具有最大的核苷酸相似性。3Cpro区和VP1区的系统发育进化树显示本次疫情CVA24v与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v聚为一簇,具有较高亲缘关系。与2010年广东、2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v相比,本次疫情流行的CVA24v在3Cpro区4个氨基酸位点发生替换,在VP1区有1个氨基酸位点发生替换。结论:引起本次疫情病原体为肠道病毒CVA24v,且与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v具有最高相似性,3Cpro区和VP1区序列均出现新的的氨基酸突变。
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编辑人员丨1天前
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氚β粒子照射对发育中的中枢神经系统的影响及机制研究
编辑人员丨1天前
电离辐射对发育中的中枢神经系统的影响及其机制的研究是国际放射防护委员会和联合国原子辐射效应科学委员会的重要课题。对原子弹爆炸幸存者进行流行病学调查研究的结果是目前评价辐射对人类脑发育和神经行为危险度的主要依据。这些结果是基于对一次性短时间内高剂量率辐射所产生的影响的总结,并不能准确反映氚β粒子在连续长时间内低剂量率辐射情况下所产生的生物效应。特别是中枢神经系统的辐射敏感性随着其发育阶段而变化,这就造成了在不同的照射情况下所产生的辐射危险度的不同。笔者以原卫生部工业卫生实验所(现中国疾病预防控制中心辐射防护与核安全医学所)周湘艳的氚生物效应研究团队从二十世纪八十年代至今的研究成果为主线,概述了中国研究人员在低剂量氚辐射对发育中的中枢神经系统的影响及其机制领域开展的一系列综合系统的研究中所取得的重要成果。研究者对仔鼠的生长发育、神经行为学、脑组织病理学、脑组织神经生物化学、初代培养大鼠大脑组织细胞电生理学和初代培养小鼠中脑细胞形态学和生物化学的变化等方面,使用了总计56项生物学终点作为评价指标,从多层次综合地探讨了低剂量氚β粒子子宫内照射对发育中的中枢神经系统的影响及其机制。该研究在世界上是第一次在同一系列实验系统中,从分子、细胞、器官到整体,从组织结构、神经生化、行为到学习记忆功能,从动物的个体到细胞的离体培养,综合评价了低剂量氚β粒子连续照射对发育中的中枢神经系统的危险度。这些重要的研究成果为全面系统地评价氚β粒子辐射的危险度提供了具有可信度和权威性的科学依据。
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编辑人员丨1天前
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基于纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒的测序鉴定及其基因特征分析
编辑人员丨1天前
目的:利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法:对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养,联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件,分析病毒基因特点。结果:系统发育进化树显示,该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支,宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近,与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂,具有明显的遗传多样性。分子特征显示,该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征,倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上,该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论:本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒,分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低,但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。
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编辑人员丨1天前
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甲胎蛋白高表达和低表达肝细胞肝癌的基因表达谱差异分析
编辑人员丨1天前
目的:探讨甲胎蛋白(AFP)高表达和低表达肝细胞肝癌(HCC)中的差异表达基因表达谱,为HCC的分子机制研究及预后判断提供理论依据。方法:从肿瘤基因图谱计划(TCGA)公共数据库获得368例包含完整临床信息的HCC转录组数据,根据组织AFP mRNA表达四分位数将样本分为AFP高表达组和AFP低表达组,每组各92例。应用R软件中的DEseq2包进行差异表达基因分析,应用ClusterProfiler包对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,应用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络,筛选关键基因。采用单样本基因集富集分析方法,通过R软件GSVA包对特征基因进行富集评分,根据得分定义特征基因集表达情况。利用RNAseq数据和实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)进行独立数据集验证和组织验证。结果:TCGA数据分析显示,AFP高表达与HCC低分化、患者人种有关(均 P<0.05)。生物信息学分析共获得1 382个差异表达基因,其中931个基因在AFP高表达组织中表达上调,451个基因表达下调。GO功能分析显示,AFP高表达组织中高表达的基因主要与附属肢体发育、肢体发育、骨架系统发育等过程有关,而低表达基因则与异源物代谢、类固醇代谢、细胞对异生物刺激反应等代谢相关过程有关。KEGG通路分析显示,AFP高表达组织中高表达的基因主要参与原发性免疫缺陷、神经活性配体-受体相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用通路,而低表达基因主要与视黄醇代谢、化学致癌作用、类固醇激素的生物合成等通路相关。鉴定出1个预后相关特征基因集,该基因集包括AURKB、TTK、CENPA、UBE2C、HJURP、KIF15,其高表达与HCC患者的无复发生存和总生存有关,且特征基因集富集分数与AFP表达呈正相关( r=0.475, P<0.001)。RNAseq数据验证结果与TCGA数据分析结果基本一致。RT-qPCR检测结果显示,特征基因集中AURKB、KIF15和UBE2C在AFP高表达HCC组织中显著高表达,其表达虽然与HCC患者的无病生存、总生存无关,但AFP低表达组患者的无病生存曲线和总生存曲线均在AFP高表达组患者之上。 结论:AFP高表达和AFP低表达HCC在基因表达谱上存在较大差异。筛选出的特征基因集可能协同AFP共同促进HCC的发生发展,其对解释不同水平AFP HCC的作用机制有一定作用,并为HCC的预后判断提供了新的思路和依据。
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编辑人员丨1天前
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先天性颅缝早闭症的遗传学研究进展
编辑人员丨1天前
颅缝早闭是一条或多条颅缝过早融合造成的先天性骨骼疾病,根据是否伴随除了颅面部畸形之外的其他器官系统的损害分为综合征型和非综合征型,大约85%的颅缝早闭是非综合征型,综合征型仅占15%,综合征型会导致更加严重的临床症状。颅缝早闭的发生由环境和遗传因素共同影响,其中遗传因素包括单基因突变、染色体异常和基因多态性,常见相关基因包括 FGFR1、 FGFR2、 FGFR3、 TWIST1、 MSX1、 ERF、 TCF12等。综合征型与非综合征型颅缝早闭的遗传致病模式具有差异性,目前绝大部分颅缝早闭遗传学研究集中在欧洲人群。颅缝早闭的分子遗传学研究对疾病的临床诊断、治疗以及遗传咨询有着重要作用。该文通过对颅缝的发育,以及综合征型和非综合征型颅缝早闭的遗传学研究的回顾,对颅缝早闭的致病机制的研究现状和进展进行了综述。
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编辑人员丨1天前
