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基于囊泡介导的转运相关基因构建透明细胞肾细胞癌预后模型和列线图
编辑人员丨1周前
目的:探讨囊泡介导的转运相关基因(VMTGs)与透明细胞肾细胞癌(ccRCC)预后的关系,构建预后风险评分模型及列线图。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达数据库(GEO)分别获取601例和55例信息完整的ccRCC临床和转录组数据,从Reactome数据库下载722个VMTGs。使用"DEseq2"R包分析得到TCGA中肿瘤和正常样本的差异表达基因(DEGs),与VMTGs取交集得到142个差异表达的VMTGs,其中96个上调基因,46个下调基因。通过单因素Cox分析筛选得到59个预后相关基因。依次通过最小绝对值收敛与选择算子(LASSO)回归、逐步回归分析及多因素Cox分析构建模型。根据模型评分将患者分为高、低风险组,Kaplan-Meier生存曲线分析高、低风险组的生存差异。用GEO数据集对风险评分模型进行验证,分析高、低风险组生存差异。通过单因素和多因素Cox分析评估风险评分模型的预后价值。结合风险模型评分和临床特征构建列线图。结果:通过分析得到7个预后相关的VMTGs[驱动蛋白家族成员18B(KIF18B)、分拣蛋白1(SORT1)、溶质载体家族18成员A3(SLC18A3)、驱动蛋白家族成员13B(KIF13B)、血清淀粉样蛋白A1(SAA1)、锚蛋白3(ANK3)以及缝隙连接蛋白β1(GJB1)],用于构建风险评分模型,低风险组的预后优于高风险组,差异有统计学意义( χ2=57.0, P<0.01)。接受者操作特性曲线(ROC)中1、3、5年曲线下面积(AUC)分别为0.785、0.740、0.739,提示风险评分模型具有良好的预测效能。GEO队列中低风险组的预后优于高风险组,差异有统计学意义( χ2=5.6, P<0.05),且1、3、5年的AUC分别为0.914、0.873、0.763,表明预测预后效能较好。单因素[风险比( HR)=2.718,95%置信区间( CI)=2.253~3.280, P<0.01]和多因素( HR=2.100,95% CI=1.717~2.570, P<0.01)Cox分析结果显示风险评分模型是独立的预后因素。列线图1、3、5年的AUC(分别为0.869、0.812、0.783)表明预测预后效能较好。校准曲线和决策曲线(DCA)显示列线图的预测准确性较好。 结论:基于VMTGs的风险评分模型及列线图可以准确预测ccRCC患者的预后生存,且能对患者进行有效分层。
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编辑人员丨1周前
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胶质瘤相关巨噬细胞恶性转化后脂代谢重塑特征及调控机制
编辑人员丨1周前
目的:观察胶质瘤微环境中发生恶性转化的肿瘤相关巨噬细胞(TAM)脂代谢特征,分析抑制其脂代谢重塑后生物学表型变化及调控机制。方法:实验采用12只6~8周雄性Balb/c小鼠。巨噬细胞(Mφ)来源于小鼠骨髓,恶性转化巨噬细胞(tMφ 1和tMφ 2)为胶质瘤干细胞与巨噬细胞体内外互相作用模型所克隆。检测Mφ、tMφ 1和tMφ 2内脂滴形成和胆固醇含量,qRT-PCR检测脂代谢关键酶固醇调节元件结合蛋白(SREBP)、脂肪酸合成酶(FASN)和3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶(HMG-CoA)的表达水平,并与正常Mφ比较。分析脂代谢抑制药物辛伐他汀(SIM)对相关细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响及胞内胆固醇含量的变化。构建SIM处理前后恶性转化TAM中miRNA的差异表达谱,生物信息学分析筛选并验证与脂代谢重塑相关的miR449a及其靶基因分拣微管连接蛋白17(SNX17)。qRT-PCR和Western 印迹分析上调miR-449a对SNX17表达水平影响,检测上调miR449a对恶性转化TAM生物学表型及胆固醇含量的影响,并检测敲减SNX17后低密度脂蛋白受体(LDLR)表达变化及其对恶性转化TAM胆固醇含量的影响。 结果:tMφ 1和tMφ 2内脂滴数量明显多于Mφ,胆固醇相对含量分别为3.89±0.68、3.56±0.53,显著高于Mφ(1.01±0.21)( P<0.001),脂代谢酶SREBP(4.78±0.60、2.84±0.41)、FASN(4.65±0.70、3.01±0.45)和HMG-CoA(5.74±0.55、2.97±0.34)相对表达量高于Mφ(1.01±0.19、1.02±0.21和0.99±0.18)(均 P<0.001)。SIM作用后tMφ 1和tMφ 2细胞增殖率分别由(47.06±5.88)%、(45.29±5.64)%下降至(23.53±4.70)%、(18.74±5.76)%(均 P<0.05);迁移细胞数分别由(1 025±138)个、(350±47)个下降至(205±63)个、(99±25)个(均 P<0.001),侵袭细胞数分别由(919±45)个、(527±34)个下降至(220±23)个、(114±21)个(均 P<0.001),胞内胆固醇相对含量分别由1.01±0.14、1.02±0.09下降至0.52±0.08、0.58±0.07(均 P<0.05)。SIM作用tMφ 1后筛选出miR-449a,生信分析并验证其靶基因为SNX17。过表达miR-449a后SNX17表达下调,细胞增殖率、迁移和侵袭数明显减少,胞内胆固醇含量降低;敲减SNX17后LDLR表达下调,胞内胆固醇水平亦相应下降(均 P<0.05)。 结论:胶质瘤干细胞重构的高度免疫抑制性微环境中恶性转化TAM脂代谢水平显著增高。miR-449a通过靶向SNX17调控LDLR从而重塑恶性转化TAM的脂代谢,进而抑制其增殖、迁移和侵袭能力,精准干预miR-449a/SNX17/LDLR轴可为通过代谢干预逆转胶质瘤干细胞重构的以TAM为主的高度利瘤性免疫微环境治疗提供实验依据。
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编辑人员丨1周前
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外周血单个核细胞SORT1基因检测在小儿脓毒血症诊断中的临床意义
编辑人员丨1个月前
目的 探讨分拣蛋白1(sortilin 1,SORT1)基因作为小儿脓毒血症新的诊断生物学标志物的临床应用价值.方法 从GEO数据库中获取了 3个小儿脓毒血症相关的微阵列数据集(GSE13904、GSE26378和GSE26440),分析SORT1基因在正常样本和脓毒血症样本中的表达差异,并利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)在65例临床外周血样本中对其进行验证.使用基因集富集分析(GSEA)探讨SORT1基因相关的分子机制和生物学过程.结果 在GSE13904、GSE26378、GSE26440数据集和临床外周血样本中,SORT1基因在脓毒血症样本中的表达水平均高于正常样本.与常用的炎症指标如降钙素原(PCT)、C反应蛋白(CRP)、白细胞(WBC)和中性粒细胞百分比(Neu%)相比,SORT1基因对小儿脓毒血症具有更高的诊断效能(AUCROC=0.863).此外,SORT1基因可通过TNF-α/NF-κB信号通路参与小儿脓毒血症的发生、发展.结论 SORT1基因对小儿脓毒血症具有一定的诊断价值,但需要在临床工作中进一步证实.
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编辑人员丨1个月前
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SORL1基因敲除小鼠可作为散发性阿尔茨海默病模型
编辑人员丨2023/8/6
目的 通过与正常小鼠、淀粉样前体蛋白(APP)/PSE1双转基因小鼠行为学和病理学的比较,证明SORL1敲除小鼠可作为1种散发性阿尔茨海默病模型.方法 Crispr/Case9技术对小鼠受精卵SORL1基因进行编辑,通过检测小鼠DNA序列和Western blot检测SORL1等方法筛选和鉴定SORL1-/-小鼠.实验分为对照组、SORL1-/-组、APP/PSE1组.Morris水迷宫检测小鼠的学习记忆能力、免疫组化和Western blot分别检测小鼠脑组织中APP、β淀粉样蛋白的表达.结果 SORL1-/-小鼠的DNA测序结果是两条染色体SORL1基因CAAT碱基缺失,而正常小鼠SORL1基因无CAAT碱基的缺失;Western blot检测SORL1-/-组小鼠脑组织无SOLR1表达.在Morris水迷宫的定位航行实验中,与对照组比较,SORL1-/-组和APP/PSE1组小鼠平均逃避潜伏期均明显延长(P<0.05),SORL1-/-组和APP/PSE1组比较,小鼠的平均逃避潜伏期差异无统计学意义(P>0.05);在Morris水迷宫的空间探索实验中,与对照组比较,SORL1-/-组和APP/PSE1组小鼠平均穿越平台次数均减少(P<0.05),SORL1-/-组和APP/PSE1组比较,小鼠平均穿越平台次数差异无统计学意义(P>0.05).免疫组化和Western blot检测结果均显示SORL1-/-组小鼠脑组织中APP和Aβ表达明显较对照组多,SORL1-/-组与APP/PSE1组脑组织的APP和β淀粉样蛋白表达差异无统计学意义.结论 SORL1-/-小鼠可出现APP/PSE1小鼠相似的行为学和病理学的改变,可作为一种散发性阿尔茨海默病模型.
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编辑人员丨2023/8/6
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接头蛋白复合体AP2B1基因的克隆与分析
编辑人员丨2023/8/6
泽漆 (Euphorbia helioscopia L.) 为大戟科 (Euphorbiaceae) 大戟属 (Euphorbia) 一年生或两年生草本植物, 整棵植株含乳汁.作为一种古老的民间草药, 泽漆的主要药用成分存在于乳汁中.因此, 研究乳汁管的发育可为泽漆乳汁中药用成分的合成、积累和转运提供理论依据.AP-2B1是接头蛋白复合体2 (AP-2) 的beta-型亚基.我们通过前期的研究发现, AP-2B1可能在泽漆乳汁管发育过程溶酶体酶的分拣和转运中有重要的作用.为此, 我们采用RACE技术从泽漆中分离克隆出AP-2B1基因, 序列全长3 176 bp, 命名为Eh AP-2B1 (登录号:KP995937).再利用NCBI网站及生物信息学软件对其进行分析, Eh AP-2B1基因编码903个氨基酸, 蛋白相对分子量为100.37 k D, 等电点为5.10.Eh AP-2B1基因编码的蛋白属于亲水性蛋白, 具有3个保守区域.通过氨基酸序列比对, Eh AP-2B1蛋白与麻风树 (Jatropha carcas) 的AP-2B1蛋白相似度达到100%, 与可可树 (Theobroma cacao) 、甜橙 (Citrus sinensis) 的相似度达到99%.根据系统进化树的分析结果表明, 泽漆AP-2B1蛋白与蓖麻 (Ricinus communis) AP-2B1蛋白的亲缘关系最近, 与麻风树的AP-2B1蛋白平行进化.通过对该蛋白二级结构预测分析显示, 多肽链中α-螺旋 (α-helix) 最多, 占45.63%, 其次为无规则卷曲 (random coil), 占31.56%, 最后为延伸链 (extended strand) 和β-转角 (β-turn), 分别占17.17%和5.65%.此研究结果为后期进行乳汁管发育与调控的研究提供理论依据.
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编辑人员丨2023/8/6
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APOE和SORL1基因联合检测对阿尔兹海默病患者早期诊断的意义
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨载脂蛋白E(APOE)和分拣蛋白相关受体L1基因(SORL1)基因联合检测对阿尔兹海默病(AD)患者早期诊断的临床意义.方法 选择2017年10月-2018年10月我院神经内科收治的AD患者118例作为研究组,另选90例同期健康体检者作为对照组,采用qRT-PCR检测两组外周血白细胞中APOE和SORL1基因相对表达量,比较APOE、SORL1基因对AD联合诊断与单独诊断的效果.结果 对照组APOE基因平均相对表达量明显低于研究组,差异有统计学意义(P<0.05);对照组APOE基因平均相对表达量明显低于研究组,差异有统计学意义(P<0.05);APOE、SORL1基因联合诊断效果明显优于单独诊断效果,差异有统计学意义(P<0.05).结论 APOE和SORL1基因联合检测可互补二者单独应用时的不足,在阿尔兹海默病患者早期诊断中具有较好的应用价值,值得推广.
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编辑人员丨2023/8/6
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CLU基因低频变异与晚发型阿尔茨海默病和轻度认知功能障碍遗传易感性研究
编辑人员丨2023/8/6
目的发现与晚发型阿尔茨海默病(LOAD)发病相关的潜在基因变异,拓展阿尔茨海默病(AD)遗传易感因子谱. 方法对四个参与调节脂代谢的AD风险基因:载脂蛋白E(APOE)、分拣蛋白相关受体(SORL1)、载脂蛋白C1 (APOC1)、载脂蛋白J(CLU)进行靶向测序,分别在LOAD、轻度认知功能障碍(MCI)患者和认知健康对照中对候选变异进行验证,并对其进行生物信息学分析. 结果 携带CLU基因rs117389184变异型等位基因增加LOAD和MCI发病风险[P=0.026,OR(95%CI):3.56(1.08~4.84);P=0.026,OR (95%CI):3.06(0.98~4.03)],提示与认知功能受损存在相关性.该变异可能会干扰转录因子结合,影响基因的表达. 结论 CLU基因rs117389184为新的LOAD和MCI风险变异基因.
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编辑人员丨2023/8/6
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糖尿病合并阿尔茨海默病患者中分拣蛋白相关受体-1基因和胰岛素样生长因子-1的表达及其相关性
编辑人员丨2023/8/6
目的:研究分拣蛋白相关受体-1(sortilin-related receptor 1,SORL1)基因和胰岛素样生长因子-1(insulin-like growth factor-1,IGF-1)在老年糖尿病合并阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)患者中的表达及相关性分析.方法:选择30例老年糖尿病AD患者(A组)、30例老年AD不合并糖尿病患者(B组)、30例老年糖尿病不合并AD患者(C组)和30例老年健康人群(D组),采用PCR法检测血清SORL1 mRNA水平,ELISA法检测血清IGF-1和β淀粉样多肽(Aβ)水平,免疫组织化学染色检测微管结合蛋白(Tau)磷酸化水平;比较各组上述指标表达的差异性,分析SORL1 mRNA和IGF-1水平的相关性.结果:A组血清SORL1 mRNA水平最高,B组次之(P<0.05);C组和D组差异无统计学意义(P>0.05).血清IGF-1和Aβ水平、Tau磷酸化阳性率A组>B组>C组>D组,差异有统计学意义(P<0.05).Pearson检验显示:A组SORL1 mRNA与IGF-1水平呈负相关(r=?0.723,P=0.013),其他3组无相关性(P>0.05).结论:SORL1基因和IGF-1在老年糖尿病合并AD患者中异常表达,可影响Aβ和Tau蛋白的形成;结果还需要进一步验证.
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编辑人员丨2023/8/6
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SORL1基因多态性与新疆哈萨克族及汉族阿尔茨海默病的相关性
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨分拣蛋白相关受体L1(SORL1)基因多态性位点rs2070045和rs3824968与新疆哈萨克族及汉族散发性阿尔茨海默病(SAD)的关联性. 方法 运用病例对照研究选择临床确诊SAD患者118名(汉族60例、哈萨克族58例)和同时期年龄性别及教育程度相匹配的139名健康者(汉族60例、哈萨克族79例)为研究对象.采用KASP PCR技术和基因测序法进行SORL1基因多态性位点rs2070045及rs3824968检测,应用SPSS22.0软件进行统计学分析. 结果 SORL1基因rs2070045及rs3824968位点基因型及等位基因分布在病例组和对照组间差异无统计学意义(P>0.05);进行族别分层分析后,新疆汉族SAD及哈族SAD比较差异无统计学意义(P>0.05). 结论 SORL1基因rs2070045、rs3824968位点可能与新疆哈萨克族及汉族SAD无相关性.
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编辑人员丨2023/8/6
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循环胆固醇及其相关基因变异在早发型阿尔茨海默病中的作用及机制
编辑人员丨2023/8/5
早发型阿尔茨海默病(EOAD)是65岁之前发病的以进行性认知障碍及行为异常为特征的神经系统退行性疾病.作为常染色体显性遗传疾病,EOAD的发病机制主要与基因突变有关.研究表明胆固醇及其相关基因变异参与EOAD发病.胆固醇可能通过载脂蛋白E基因ε4等位基因(ApoE ε4)介导促进EOAD发生,也可能是EOAD独立于ApoE£4的危险因素,具体作用机制尚不明确.对EOAD患者进行基因检测发现,与胆固醇代谢相关的载脂蛋白A1(ApoA1)基因、载脂蛋白B(ApoB)基因、载脂蛋白C1(ApoC1)基因、载脂蛋白C2(ApoC2)基因、载脂蛋白D(ApoD)基因、载脂蛋白E(ApoE)基因、三磷酸腺苷结合盒A1转运蛋白(ABCA1)基因、三磷酸腺苷结合盒A2转运蛋白(ABCA2)基因、三磷酸腺苷结合盒A7转运蛋白(ABCA7)基因、3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶(HMGCR)基因、分拣蛋白相关受体1(SORLl)均与EOAD有关.现将胆固醇及相关基因变异在EOAD发病机制中的作用做一综述,旨在为EOAD早期诊断提供临床思路,为EOAD的治疗提供新的靶点.
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编辑人员丨2023/8/5
