目的:评价宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染诊断中的潜在应用价值。方法:回顾性分析青岛市胸科医院脊柱外科2019年1月至12月临床确诊为骨关节感染的37例住院患者临床资料。所有患者均经过穿刺或手术途径获取感染病灶核心部位组织样本，分别对样本进行分枝杆菌、需氧菌和厌氧菌常规培养，结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。采用卡方检验或Fisher确切概率法比较mNGS和常规培养病原体及单纯细菌感染检出率。以临床确诊为金标准，比较常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测对骨关节结核分枝杆菌感染的诊断效能，同时采用受试者工作特征曲线(ROC)评估三种方法在骨关节结核诊断中的价值。采用配对 t检验比较患者抗感染治疗前后白细胞(WBC)计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白。 P<0.05为差异有统计学意义。 结果:37例患者年龄32～90岁。感染部位：31例为脊柱，6例为其他骨关节。入院前症状：12例患者表现为感染部位疼痛和发热，11例表现为疼痛，5例表现为疼痛和活动受限，5例表现为疼痛、发热、乏力及食欲减退，2例表现为疼痛、发热及活动受限，1例表现为疼痛伴体质量减轻，1例表现为疼痛、发热伴腹泻。mNGS共发现3类病原微生物，累计检出频次为42例次，其中细菌39例次(包括10个菌属)，占92.8%(39/42)；真菌2例次，占4.8%(2/42)；柯克斯体1例次，占2.4%(1/42)。37例患者中单纯细菌感染29例，占78.4%(29/37)；单纯真菌感染2例，占5.4%(2/37)；单纯柯克斯体感染1例，占2.7%(1/37)；5例患者同时检测出两种及以上病原体，占13.5%(5/37)。37例患者mNGS和常规培养病原体检出率分别为100.0%(37/37)和67.6%(25/37)，差异有统计学意义( χ2＝13.987， P<0.05)；29例单纯细菌感染患者mNGS和常规培养检出率分别为100.0%(29/29)和69.0%(20/29)，差异有统计学意义( χ2＝16.913， P<0.05)。常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测诊断骨关节结核分枝杆菌感染的ROC曲线下面积分别为0.958(95% CI：0.866～1.000， P<0.05)、1.000(95% CI：1.000～1.000， P<0.05)和0.958(95% CI：0.866～1.000， P<0.05)，诊断效能均较好。37例患者均根据mNGS及常规培养结果进行针对性抗感染药物治疗，其中28例接受手术干预。随访至2020年4月30日，1例患者死亡。随访3个月后患者WBC计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白分别为(5.5±1.5)×10 9/L、(41±38)mm/h和(5.0±4.6)mg/L，均低于抗感染治疗前水平[(8.0±2.9)×10 9/L、(79±42)mm/h和(63±52)mg/L]，差异均有统计学意义( t＝6.536、8.302和6.373， P均<0.05)。 结论:mNGS对于骨关节感染的鉴别诊断可能具有重要临床价值。

目的:探讨创面修复机制研究领域的热点和演化趋势。方法:该研究为文献计量学研究。检索Web of Science数据库核心合集中建库至2023年12月26日发表的符合入选标准的与创面修复机制研究相关的英文文献，统计年度发文量及其引文量并分析变化趋势。根据前述年度发文量再次检索Web of Science数据库核心合集中该领域发文增长迅速转折年份的前5年至2023年12月31日的相关文献，统计发文总量并计算年度发文增长率，并根据年度发文量趋势线预测2024年该领域发文量。采用CiteSpace 6.2.R4软件对第2次检索文献进行可视化分析，包括来源期刊、引用文献及关键词情况，探讨创面修复机制研究现状和热点的演变过程。结果:第1次检索共获取3 992篇创面修复机制研究相关文献，其中2015—2023年，年度发文量及其引文量均增加迅速。第2次检索时限设置为2011年1月1日—2023年12月31日，该时段共发文3 206篇，平均年度发文增长率为13.30%，根据该阶段的发文趋势线预测2024年该领域发文量可达500篇。第2次检索文献发表在717种期刊上，发文量排前10位的期刊［占总发文量的18.75%（601/3 206）］的研究方向主要为创伤、分子、中药药理及干细胞，主要出版国家为英国、美国等，影响因子>5的期刊有7本，属于中国科学院分区Q1区或Q2区的期刊有6本。第2次检索文献的引用文献的关键词共形成906个节点及9大聚类（Q=0.64，S=0.82）。第2次检索文献的引用文献在2006—2015年期间的主要聚类为#2基质金属蛋白酶和#3转化生长因子β 1，在2016—2023年期间的主要聚类为#1巨噬细胞极化、#4间充质干细胞、#6抗菌、#7植物提取。其中，2021—2023年期间，第2次检索文献的引用文献的聚类#1巨噬细胞极化、#4间充质干细胞、#6抗菌和#7植物提取的共现关系最为密切。对被引值、中介中心值及Sigma值排前5位的第2次检索文献的引用文献的分析显示，巨噬细胞及炎症调控对创面修复的影响、成纤维细胞对创面修复的影响以及生长因子和细胞因子对创面修复的影响是主要研究方向。第2次检索文献的关键词共形成636个节点，7个聚类：#0抗菌、#1间充质干细胞、#2细胞迁移、#3创面修复、#4外泌体、#5负压伤口治疗及#6糖尿病足溃疡（Q=0.59，S=0.80）。第2次检索文献在2016—2023年主要聚集于聚类#0抗菌、#1间充质干细胞和#4外泌体，在2015年前主要聚集于聚类#2细胞迁移和#3创面修复。第2次检索文献的关键词共形成110个突现关键词（以下简称突现词），突现强度排前10位的突现词依次为小鼠、基因表达、皮肤损伤、上皮细胞、信号通路、生物材料、外泌体、分子对接、水凝胶、巨噬细胞极化，其开始年和结束年的时限均不同。其中2021—2023年的高强度突现词为水凝胶（属于聚类#0抗菌）、外泌体（属于聚类#1间充质干细胞）、分子对接（属于聚类#0抗菌）、巨噬细胞极化（属于聚类#0抗菌）。 结论:未来，创面修复机制研究的发展仍会处于稳步阶段；该领域研究热点已经从生长因子及创面修复生理过渡到了抗菌及干细胞方向；该领域的未来研究方向可能为利用分子对接技术和网络药理学筛查促创面修复的药物并研究其深层机制、外泌体对巨噬细胞极化的调控以及水凝胶通过抗菌功效促进创面愈合的机制。

目的:探讨1例Jansen-de Vries综合征患儿的临床表型，明确其基因诊断及遗传学特点，提高临床上对本病的认识。方法:收集郑州大学附属儿童医院2019年10月确诊的1 例Jansen-de Vries综合征患儿的临床资料，采用核心家系全外显子基因组检测（Trio-WES）及染色体拷贝数变异（CNV）分析技术，对患儿及其父母进行基因检测，采用一代Sanger测序法对发现可能存在的致病突变进行家系成员验证，并进行临床和分子遗传学分析。结合PPM1D基因突变智力障碍患者的相关报道进行文献复习。结果:先证者女童，11个月，临床表现为智力障碍，语言及运动发育落后，自闭行为，胃肠功能障碍，身材矮小；鼻梁低平，低位耳，短指综合征。患儿核心家系Trio-WES结果提示：PPM1D基因新生移码杂合突变PPM1D（NM-003620）：c.1216delA（p.Thr406Profs *3），染色体核型及染色体CNV分析正常。文献检索目前共报道有18例PPM1D基因突变的智力障碍患者，在在线人类孟德尔遗传数据库中描述为智力发育障碍伴胃肠道功能紊乱和痛觉阈值升高，其年龄分布在7个月至21岁，临床表现为智力障碍、疼痛阈值增高、行为异常、喂养困难、视力障碍、短指综合征、身材矮小、发热或呕吐及先天性发育畸形等相关的一组综合征。 结论:Jansen-de Vries综合征临床主要表现为全面性发育迟缓（智力障碍/运动发育迟缓、语言发育落后、肌张力低下），行为异常（孤独样行为、自闭症），颅面发育畸形（前额宽阔、鼻梁低平、低位耳、上唇薄），短指综合征（短脚、小手指粗短），胃肠功能紊乱（溢奶、喂养困难、便秘）。患儿诊断为PPM1D基因新发移码杂合突变变异，目前的治疗方式以康复训练为主，部分矮小症可予生长激素替代治疗，PPM1D基因［PPM1D（NM-003620）：c.1216delA（p.Thr406Profs *3）］是该患儿的遗传学病因。

目的:结合应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析2种方法筛选结肠癌mRNA表达谱中的差异共表达基因，并分析差异共表达基因与预后的关系。方法:基于生物信息学方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库分别下载TCGA结肠腺癌数据集的转录组学数据和GSE68468数据集的芯片表达谱数据，筛选出两者在正常组织与结肠癌组织之间的差异表达基因(DEG)和最显著相关的加权基因模块，通过差异基因和加权基因取交集筛选出结肠癌相关差异共表达基因。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI )网络，利用最大派系中心度(MCC)计算方法筛选出MCC评分排名前10位的核心差异共表达基因，使用TCGA结肠腺癌数据集验证核心基因在正常组织和结肠癌组织中的表达，采用Kaplan-Meier生存分析探索核心基因与患者总生存期和无病生存期之间的关系。使用人类蛋白质图谱(HPA)数据库，对生存相关的差异共表达基因进行免疫组织化学染色验证。结果:TCGA结肠腺癌数据集中DEG共3 481个，GSE68468数据集中DEG共7 275个，共获得237个差异共表达基因。使用PPI网络的MCC计算方法得到10个核心的差异共表达基因，分别为氯离子通道附件1( CLCA1)、 MAPK3、胰高血糖素( GCG)、溶质载体家族26成员3( SLC26 A3)、核受体亚家族1组H成员4( NR1 H4)、脂肪酸结合蛋白1( FABP1)、鸟苷酸环化酶激活因子2A( GUCA2 A)、二磷酸尿苷葡糖醛酸糖基转移酶家族2成员A3( UGT2 A3)、肉碱棕榈酰转移酶2( CPT2)和跨膜4域A12( MS4 A12)。与正常组织相比，TCGA结肠腺癌数据集结肠癌组织的 CLCA1、 GCG、 SLC26 A3、 NR1 H4、 FABP1、 GUCA2 A、 UGT2 A3、 CPT2和 MS4 A12 9个核心基因均下调( P均<0.05)，其中 CLCA1高表达结肠癌患者的总生存期和无病生存期均长于低表达组( P均<0.05)，免疫组织化学染色结果在蛋白质水平也验证了结果的准确性。 结论:CLCA1可能在结肠癌的发展中起关键作用，可作为进一步诊断和治疗的潜在生物标志物。

来自疾病控制、高校科研院所、医疗机构的48位专家于2019年10月24—27日围绕我国传染病监测网络面临的挑战与机遇，病原微生物检测与溯源技术的探索和未来发展需求，以及疫苗研发面临的关键问题等内容展开了深入的讨论，并达成共识：（1）我国传染病监测网络亟须跨部门进行业务和数据整合，建设并完善以人为核心的全生命周期疾病监测与健康管理系统；（2）传统病原分离培养技术仍需进一步规范和加强，病原微生物检测技术亟须发展多靶标、超灵敏、高特异、便捷化和数字化的高中通量的新技术，并发展基于致病共栖菌谱新靶标的疾病诊断新技术；（3）亟须建立基因组学、生物信息学、微生物学等多学科交叉的溯源技术体系；（4）疫苗研发亟须相关基础研究支撑，并需加强疫苗接种策略和上市后评价与评估策略的研究。同时根据以上问题提出了专家建议。

目的:探讨虎杖干预类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的分子作用机制。方法:通过TCMSP筛选虎杖的有效活性成分并预测相关靶点，通过GeneCards数据库预测RA相关靶点，将虎杖药效靶点与RA相关靶点取交集，得到虎杖干预RA的共同靶点，使用Cytoscape 3.7.2构建药物-活性成分-靶点-疾病网络。将获得的共同靶点导入STRING数据库进行蛋白质相互作用分析，经R语言计算筛选出虎杖干预RA的核心靶点。运用DAVID在线数据库及R语言对共同靶点进行GO分子功能富集分析和KEGG通路富集分析。使用AutoDock Vina软件对活性成分和前5位核心靶点进行分子对接。结果:筛选获得10个虎杖有效活性成分和对应的203个药效靶点，检索得到4 424个RA相关靶基因，取交集后得到139个虎杖干预RA的共同靶点，蛋白相互作用网络分析提示，v-akt鼠科胸腺瘤病毒癌基因同源物Ⅰ (v-akt murine thymoma viral oncogene homolog 1, AKT1)基因、肿瘤蛋白p53(tumor protein p53, TP53)基因、JUN、MAPK1、人v-rel禽网状内皮细胞过多症病毒癌基因同源物(AV-Rel Reticuloendotheliosis Viral Oncogene Homolog A, RELA)等为核心靶点。GO富集分析得到虎杖干预RA的分子功能共35个，包括ATP结合、锌离子结合、转录因子活性等。KEGG富集分析得到虎杖干预RA的相关信号通路共117条，包括PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、癌症通路等。分子对接显示，有效成分均与基因AKT1、TP53、JUN、MAPK1、RELA对接良好，其中大黄素甲醚双葡萄糖苷与JUN显示出较好的结合能力。结论:基于网络药理学和分子对接法分析虎杖可多靶点、多通路干预RA，为其药品研发提供参考。

目的:探讨D-CAG方案治疗初次诱导缓解失败的急性髓系白血病（AML）的转录组学机制及其临床疗效。方法:以"decitabine"为检索词在基因表达综合（GEO）数据库中检索2021年8月28日前使用地西他滨前后AML细胞转录组数据，使用R语言包对数据进行差异表达分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）和基因本体（GO）富集分析。采用STRING在线分析网站进行蛋白质互作网络（PPI）分析。利用基于逻辑组学理论设计的表观精准治疗预测平台（EpiMed）进行药物-疾病-靶点关联分析。检索并分析2015年10月8日至2018年7月9日在解放军第三○五医院使用标准蒽环类药物和阿糖胞苷方案（"3+7"方案）诱导缓解失败后使用D-CAG方案治疗的18例AML患者临床资料，评价患者疗效，并分析各药物使用剂量和使用时间对疗效的影响。结果:最终选择GPL5188平台GSE40442数据集中地西他滨使用前后AML细胞转录组数据，更新时间为2014年7月10日。共筛选出差异基因366个，其中表达上调的基因201个，表达下调的基因165个。差异基因主要与细胞周期调节，骨髓白细胞迁移、分化，转录调控和骨髓造血等信号通路相关。PPI分析筛选得到ANXA5、IL-10、THBS1、TLR4、JUN和CXCL12等10个核心基因。药物-疾病-靶点分析发现地西他滨对弥漫大B细胞淋巴瘤、血小板减少症、急性T淋巴细胞白血病、再生障碍性贫血、AML等多种血液疾病具有潜在治疗作用。18例患者初次诱导缓解后获得部分缓解（PR）7例（38.8%），未缓解（NR）11例（61.2%）；再次诱导缓解方案1个疗程后完全缓解（CR）9例，PR 5例，NR 4例，总有效率（ORR）77.8%（14/18）。初次诱导获得PR者较NR者在二次诱导时CR率高，分别为85.7%（6/7）和27.3%（3/11），差异具有统计学意义（ P＝0.049）。CR患者阿糖胞苷中位使用时间低于NR患者[10 d（7~14 d）比5 d（2~8 d）， Z＝3.89， P＝0.002]；CR患者骨髓原始细胞数与阿糖胞苷使用时间的比值中位数少于NR患者[2.29（0.89~9.10）比8.10（3.00~38.50）， Z＝-2.19， P＝0.006]；CR患者阿糖胞苷的中位剂量低于NR患者，分别为50 mg·m -2·d -1（30~150 mg·m -2·d -1）和100 mg·m -2·d -1（50~500 mg·m -2·d -1），差异无统计学意义（ Z＝-1.80， P＝0.074）。 结论:初次诱导达PR的初次诱导缓解失败的AML患者使用D-CAG方案治疗可能更易达CR，这种改变可能与地西他滨的表观调控作用相关。

目的:通过RNA测序(RNA-sequencing, RNA-seq)获取表达数据，并通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis，WGCNA)筛选与呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus，RSV)毛细支气管炎患儿疾病严重程度相关的核心基因，为预测RSV感染病情提供参考。方法:将2019年10月1日—2020年2月29日在温州医科大学附属第二医院住院的22例RSV毛细支气管炎患儿作为病例组，根据病情分为轻度组、中度组及重度组，以22例健康儿童作为对照组，收集全血白细胞总RNA进行RNA-seq，比较不同严重程度患儿与对照组的差异表达基因(differentially expressed genes，DEGs)，寻找与疾病严重程度相关的基因共表达模块，筛选能评估疾病严重程度的生物学指标。结果:22例患儿中位年龄3个月，男19例，女3例，对照组中位年龄4个月，男14例，女8例，两组年龄及性别差异无统计学意义。轻度组8例，中度组和重度组各7例。通过显著性分析发现轻度组有416个DEGs，中度组有586个，重度组有846个。根据WGCNA分析发现10个共表达模块，其中棕色模块与疾病严重程度存在明显相关性( r＝0.62， P<0.001)。进一步对棕色模块中的DEGs进行蛋白质互作(protein-protein interaction, PPI)网络构建并根据基因节点的连接度筛选出前30个核心基因，其中关联度较大的为基因 RBX1和 PSMA7。 RBX1、 PSMA7基因在重度组中表达上调，在轻、中度组中的表达与对照组比较差异无统计学意义。 结论:RBX1和 PSMA7基因可能是RSV毛细支气管炎疾病严重度的生物学预测指标。

目的:分析儿童感染乙型肝炎病毒（HBV）基本核心启动子和前C（BCP/PC）区在不同基因型样本中的突变特征及其临床意义。方法:收集2011年至2018年期间就诊的294例儿童和92例成人慢性HBV感染患者，PCR扩增HBV BCP/PC区并直接测序，比对分析该区段基因突变情况。两样本均数比较采用 t检验，非参数资料的比较采用Wilcoxon-Mann-Whitney检验，两组资料率的比较采用χ 2检验或Fisher精确检验。 结果:儿童和成人患者均以B基因型为主，分别占76.9%、71.7%，C基因型分别占23.1%、28.3%。在儿童组，nt 1679、1721、1753、1757、1758、1762、1764、1775、1856及1858十个核苷酸位点在C基因型样本中的突变率显著高于B基因型样本，如G1721A、C1856T和T1858C突变在C基因型样本中的突变率分别为30.9%、16.2%和30.9%，而在B基因型样本中的突变率则分别为0.4%、0、0， P < 0.001。在成人组，只有nt 1679、1758、1775三个位点在C基因型样本中的突变率显著高于B基因型样本。这些位点多以联合突变的模式被检出，如T1858C突变共检出21例，其中20例为G1721A/A1775G/T1858C三联突变，10例为G1721A/A1775G/C1856T/T1858C四联突变，且这些联合突变模式仅在儿童C基因型样本中被检出，在儿童B基因型及成人样本中均无检出。进一步分析发现，G1721A/A1775G/T1858C三联突变组患者年龄明显低于无突变组患儿[（4.58±2.53）岁对比（6.53±4.02）岁， P = 0.012）]，血清HBV DNA滴度明显高于无突变组患儿[（7.57±2.03）log 10拷贝/ml对比（6.61±2.11）log 10拷贝/ml， P = 0.045）]。 结论:儿童感染HBV BCP/PC区在C基因型样本中的突变频率显著高于B基因型样本；与基因型相关的联合位点突变主要见于C基因型儿童样本，且与较低的患者年龄和较高的HBV DNA滴度相关。

目的:探讨冠状动脉慢血流（SCF）患者与健康人群的差异基因及SCF发病涉及的信号通路和蛋白相互关系。方法:收集2018年住院的SCF患者和同期健康体检者各43例，记录患者一般资料，采集血液测定糖代谢、脂代谢和肾脏代谢相关指标。血液单核细胞中提取RNA，通过RNA测序获得差异基因表达谱。并进行GO功能注释、KEGG通路富集和蛋白相互作用网络分析及表型分析。ELISA检测SCF患者和对照组炎症细胞因子的水平，实时荧光定量PCR（qPCR）验证差异基因。结果:SCF组男性27例（63%），女性16例（37%），年龄（54.3±8.8）岁，对照组男性29例（67%），女性14例（33%），年龄（57.2±8.3）岁。SCF组有吸烟史、空腹血糖异常、血脂异常的比例及体重指数高于对照组（ P<0.05）。SCF组和对照组存在117个差异基因，其中上调基因73个，下调基因44个。GO功能注释和KEGG通路分析发现，差异基因主要与抗原处理和呈递、细胞吞噬、免疫球蛋白A的肠道免疫网络、辅助型T细胞1（Th1）、Th2和Th17细胞分化通路相关。与对照组相比，SCF组炎症细胞因子白细胞介素-6、白细胞介素-10、肿瘤坏死因子-α和干扰素-γ的表达水平升高（ P<0.05）。2组差异最显著的前12个基因中，11个qPCR分析与转录组结果一致，蛋白相互作用网络分析表明甲酰化多肽受体-2（FPR2）和凝血酶致敏因子3（THBS3）蛋白位于整个蛋白作用网络的核心位置。 结论:SCF患者与健康人群的基因存在差异。FPR2和THBS3等基因可能通过抗原处理和呈递以及Th17细胞分化等免疫相关通路影响SCF的发生和发展。