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不同剂量率 60Co γ射线照射对人外周血辐射敏感基因表达变化的影响
编辑人员丨1天前
目的:探讨不同剂量率 60Co γ射线照射对辐射诱导的基因表达水平改变的影响。 方法:60Co γ射线照射3例正常人离体外周血,剂量率分别为0.2、1.0和2.0 Gy/min,照射剂量为0、1、2、4和6 Gy,照射后24 h收集细胞,实时荧光定量(PCR)法对11个基因(CDKN1A、MDM2、PCNA、FDXR、GADD45A、PHPT1、ASTN2、TNFSF4、POLH、GDF-15和PPM1D)mRNA表达水平进行相对定量检测;逐步回归法构建不同剂量率基因组合表达模型。 结果:不同剂量率0.2、1和2 Gy/min 60Co γ射线照射后,辐射诱导的11个基因的相对表达量随照射剂量增加而升高,具有显著的剂量依赖性( R2=0.744~0.998, P< 0.05);0.2 Gy/min 60Co γ射线照射2 Gy后,CDKN1A、FDXR、PHPT1和TNFSF4基因的表达量明显高于1和2 Gy/min剂量率组,差异具有统计学意义( t=3.73、5.73、2.44、2.77、3.53、2.68、2.43、2.05, P< 0.05);2 Gy/min 60Co γ射线照射6 Gy后,PPM1D基因表达量明显高于其他两个剂量率组( t=3.82、2.54, P< 0.05);不同剂量率基因组合表达模型由2~3个基因组成,回归方程的 R2值为0.951~0.976( P< 0.05)。 结论:在0.2~2 Gy/min剂量率范围内,不同剂量率 60Co γ射线照射可能会影响辐射诱导人外周血基因表达水平的改变。
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编辑人员丨1天前
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PPM1D基因突变致Jansen-de Vries综合征临床表型与基因型特点分析
编辑人员丨1天前
目的:探讨1例Jansen-de Vries综合征患儿的临床表型,明确其基因诊断及遗传学特点,提高临床上对本病的认识。方法:收集郑州大学附属儿童医院2019年10月确诊的1 例Jansen-de Vries综合征患儿的临床资料,采用核心家系全外显子基因组检测(Trio-WES)及染色体拷贝数变异(CNV)分析技术,对患儿及其父母进行基因检测,采用一代Sanger测序法对发现可能存在的致病突变进行家系成员验证,并进行临床和分子遗传学分析。结合PPM1D基因突变智力障碍患者的相关报道进行文献复习。结果:先证者女童,11个月,临床表现为智力障碍,语言及运动发育落后,自闭行为,胃肠功能障碍,身材矮小;鼻梁低平,低位耳,短指综合征。患儿核心家系Trio-WES结果提示:PPM1D基因新生移码杂合突变PPM1D(NM-003620):c.1216delA(p.Thr406Profs *3),染色体核型及染色体CNV分析正常。文献检索目前共报道有18例PPM1D基因突变的智力障碍患者,在在线人类孟德尔遗传数据库中描述为智力发育障碍伴胃肠道功能紊乱和痛觉阈值升高,其年龄分布在7个月至21岁,临床表现为智力障碍、疼痛阈值增高、行为异常、喂养困难、视力障碍、短指综合征、身材矮小、发热或呕吐及先天性发育畸形等相关的一组综合征。 结论:Jansen-de Vries综合征临床主要表现为全面性发育迟缓(智力障碍/运动发育迟缓、语言发育落后、肌张力低下),行为异常(孤独样行为、自闭症),颅面发育畸形(前额宽阔、鼻梁低平、低位耳、上唇薄),短指综合征(短脚、小手指粗短),胃肠功能紊乱(溢奶、喂养困难、便秘)。患儿诊断为PPM1D基因新发移码杂合突变变异,目前的治疗方式以康复训练为主,部分矮小症可予生长激素替代治疗,PPM1D基因[PPM1D(NM-003620):c.1216delA(p.Thr406Profs *3)]是该患儿的遗传学病因。
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编辑人员丨1天前
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成人H3K27变异型弥漫性中线胶质瘤临床病理学分析
编辑人员丨1天前
目的:探讨成人H3K27变异型弥漫性中线胶质瘤(diffuse midline glioma,DMG)的临床病理特征、病理诊断及预后。方法:收集南京医科大学第一附属医院2017—2022年收治的经病理确诊的20例成人H3K27变异型DMG,对其临床表现、组织学形态、免疫表型及分子遗传学改变进行分析总结,并复习文献。结果:患者男女比例1∶1,发病年龄25~74岁,中位发病年龄为53岁,3例(3/20,15%)位于脑干,17例(17/20,85%)位于非脑干部位(其中胸腰髓3例,松果体1例)。临床表现无特异性,多为头晕头痛、视物模糊、记忆力下降、腰背痛、肢体感觉和/或运动障碍等。光镜下肿瘤呈浸润性生长,组织学分级WHO 2级3例,3级12例,4级5例,多呈星形细胞肿瘤形态,部分病例可见少突胶质细胞样、毛细胞样、上皮样等形态。免疫组织化学:肿瘤细胞均表达胶质纤维酸性蛋白、Olig2及H3K27M,H3K27me3均不同程度表达缺失,4例ATRX表达缺失,11例p53强阳性表达,Ki-67阳性指数5%~70%。分子检测:20例均存在H3F3A基因第1号外显子p.K27M突变,2例存在BRAF突变,分别为V600E和L597Q突变。随访1~58个月,结果示脑干与非脑干部位的病例生存时间(分别为6.0个月和30.4个月)差异具有统计学意义( P<0.05)。 结论:H3K27变异型DMG在各年龄段均可发生,成人较少见,以非脑干部位多见,脊髓病例主要位于胸腰髓段,组织形态学谱系较宽,以星形细胞分化为主,建议中线部位胶质瘤常规行H3K27me3免疫组织化学检测并对可疑病例行分子检测避免漏诊。本文报道1例伴BRAF L597Q突变,松果体区病例伴PPM1D突变。该肿瘤总体预后较差,发生于脑干部位的病例预后更差。
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编辑人员丨1天前
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CHIP相关基因与MPN患者心脑血管事件的风险分析
编辑人员丨2024/3/16
目的:分析骨髓增殖性肿瘤(MPN)患者不确定潜能的克隆性造血(CHIP)相关基因突变谱和临床特征,探讨CHIP相关基因与其心脑血管事件(CCE)的相关性及可能作用机制.方法:回顾性分析2019年8月-2022年7月首都医科大学附属北京安贞医院血液科收治的73例MPN患者的临床资料和二代测序结果,采用Logistic回归分析CHIP相关基因、炎症细胞因子对MPN患者CCE的影响.结果:55例(75.3%)MPN患者检出CHIP相关基因,原发性血小板增多症(ET)和真性红细胞增多症(PV)患者CHIP相关基因各突变频率差异无统计学意义.CHIP相关基因突变以单基因形式为主,检出率从高至低依次为JAK2V617F(63.0%,46/73)、ASXL1(16.4%,12/73)、TET2(11.0%,8/73)、DNMT3A(9.6%,7/73)、SRSF2(6.9%,5/73)、SF3B1(4.1%,3/73)、TP53(1.4%,1/73)和PPMID(1.4%,1/73).年龄>60岁患者CHIP相关基因检出率明显高于≤60岁者[91.7%(33/36)vs 59.5%(22/37)].27例(37.0%)MPN患者伴CCE(MPN/CCE),2次CCE者5例,均为动脉事件.CCE组患者年龄(62.8 ±12.8 vs 53.9±15.8 岁,P=0.015)、IL-1β 水平(17.7±26.0vs4.3±8.6,P=0.012)、IL-8 水平(360.7±598.6 vs 108.3±317.0,P=0.045)、血栓形成史(29.6%vs 2.2%,P=0.020)和 CHIP 相关基因检出率(88.9%vs 67.4%,P=0.040)高于无CCE组.多因素Logistic回归分析结果显示,年龄(OR=0.917,95%CI:0.843-0.999,P=0.047)、血栓形成史(OR=34.148,95%CI:2.392-487.535,P=0.009)、任何 1 个 CHIP 相关基因突变(OR=16.065,95%CT:1.217-212.024,P=0.035)和 IL-1β 水平升高(OR=0.929,95%CI:0.870-0.992,P=0.027)均是MPN/CCE的独立危险因素;CHIP相关单基因突变与MPN/CCE无关,但DNMT3A(OR=88.717,95%CI:2.690-292.482,P=0.012)、ASXL1(OR=7.941,95%CI:1.045-60.353,P=0.045)突变是 PV/CCE 的独立危险因素.结论:MPN患者CHIP相关基因突变率高,尤其是60岁以上患者;高龄、血栓形成史、CHIP相关基因突变和IL-1β水平升高是MPN发生CCE的独立危险因素.DNMT3A、ASXL1单基因突变是PV患者CCE的独立危险因素.CHIP相关基因突变及炎症细胞因子IL-1β升高是MPN新的CCE危险因素.
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编辑人员丨2024/3/16
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阿伐替尼治疗携KIT-D816V突变的侵袭性系统性肥大细胞增多症1例
编辑人员丨2024/2/3
侵袭性系统性肥大细胞增多症(ASM)是一种因异常肥大细胞克隆性增殖、大量的血管活性介质释放从而引起多器官功能障碍的罕见病.2021年8月2日浙江树人大学树兰国际医学院附属树兰杭州医院收治1例系统性肥大细胞增多症(SM)患者,淋巴结标本一代测序检测检出酪氨酸激酶受体(KIT)-D816V阳性,二代测序检测检出KIT、植物同源域指蛋白6(PHF6)、镁/锰依赖性蛋白磷酸酶1D(PPM1D)和tet癌基因家族成员2(TET2)基因突变.诊断为ASM.给予阿伐替尼治疗,患者病情得到有效控制.
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编辑人员丨2024/2/3
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Mg2+依赖性蛋白磷酸酶1δ的生物信息学分析
编辑人员丨2023/8/6
Mg2+依赖性蛋白磷酸酶1δ(protein phosphatase magnesium-dependent 1δ,PPM1D)作为肝癌潜在的预后标志物和治疗靶点,其致癌机制和预后价值仍未完全阐明.为了全面认识PPM1D,使用生物信息学方法,对PPM1D蛋白的序列同源性、组织表达、亚细胞定位、理化性质、 空间结构及蛋白质相互作用网络进行分析.结果表明:人PPM1D基因编码605个氨基酸组成的多肽,与物种进化程度一致,属于PP2C蛋白超家族,是碱性不稳定的亲水蛋白,无信号肽和跨膜区域;PPM1D蛋白主要定位于细胞核内,其主要二级结构为随机卷曲,存在磷酸化、乙酰化、甲基化和泛素化位点,与PPM1D相互作用的蛋白主要是细胞周期检查点蛋白和细胞损伤修复相关蛋白.根据分析结果阐述了PPM1D蛋白与癌症的相关性以及PPM1D蛋白作为癌症标志物的理论基础,为进一步研究该蛋白及其参与的信号通路提供一定的借鉴和参考.
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编辑人员丨2023/8/6
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11C-MET-PET/CT引导下多点转录组学分析脑干胶质瘤的细胞功能异质性
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨在11C-MET正电子发射断层显像(11C-MET-PET)/CT引导下转录组学分析弥散内生型脑桥胶质瘤(DIPG)组织不同区域的细胞功能异质性.方法 前瞻性纳入2017年1-12月首都医科大学附属北京天坛医院神经外科收治的6例DIPG患者,术前均行头颅MRI、11 C-MET-PET/CT检查.将11C-MET-PET/CT图像导入GE AW4.5工作站软件,测量肿瘤的MET标准化最大摄取值(SUVmax),据此将肿瘤区域分为MET高、中、低摄取区,术中对MET高、低摄取区进行活组织检查取材.通过对组织样本进行基因组测序,比较6例患者MET高、低摄取区的差异表达基因,观察热点突变情况,同时进行基因本体(G0)和信号通路富集分析.结果 6例患者的肿瘤组织MET高摄取区较低摄取区表达上调的基因数为296 ~1 768个,表达下调的为558 ~1 476个.6例患者的肿瘤组织MET高、低摄取区常见热点突变的检测结果为,1例BCOR突变,4例H3F3A突变,1例PIK3CA突变,5例TP53突变,1例PPM1D突变(仅11C-MET低摄取区检测到).GO和信号通路富集分析结果显示,与肿瘤组织的MET低摄取区比较,高摄取区表达上调的基因主要富集在肿瘤增殖、侵袭及新生血管生成,而表达下调的基因主要参与免疫细胞趋化、免疫反应及对干扰素反应等生物学过程.结论 DIPG组织内部呈现细胞功能的异质性,MET高摄取区较低摄取区高表达肿瘤恶性生物学行为相关基因,低表达免疫抑制及肿瘤耐药相关基因;且11C-MET-PET/CT对于区分肿瘤细胞生物学功能具有诊断价值.
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编辑人员丨2023/8/6
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恒河猴增龄过程中miR-16-5p及靶基因在外周血白细胞中的表达变化
编辑人员丨2023/8/6
目的 明确衰老相关microRNA与恒河猴增龄的相关性.方法 将猴群参照人类增龄划分为幼年、成年、老年和长寿,提取外周血白细胞的总RNA;用real-time PCR检测外周血白细胞中的microRNA及VEGFA、GHR、TBP、INSR、CLOCK、IKBKB、PIK3R1、LRP2、SSTR3、IGF1R、BCL2、PPM1D、IRS1、MAPK8、ADCY5、APP、NFE2L1、BDNF和PEX5的表达;利用microRNA靶基因预测网站miRwalk、TargetSan、miRecords、miRDB预测miR-16-5p的靶基因,并与人类衰老基因库(http://genomics.senescence.info/)对接.结果 在增龄过程中,恒河猴外周血白细胞中miR-16-5p的表达量随年龄增长而增加(P<0.001);多个网站对miR-16-5p靶基因预测得到539个潜在的靶基因,与人类衰老基因组库对接后有19个基因重合;有10个基因的mRNA在恒河猴增龄过程中存在差异表达,其中,IKBKB、PIK3R1、IRS1的表达随着年龄的增加逐渐下降.结论 在自然衰老恒河猴的外周血白细胞中,miR-16-5p及其靶基因IKBKB、PIK3R1、IRS1能作为外周血衰老候选标志物.
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编辑人员丨2023/8/6
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内侧前额叶皮质DNA甲基化调控大鼠酒精相关行为
编辑人员丨2023/8/6
酒精滥用不仅导致组织器官损伤,还易诱发神经精神疾病.研究表明,DNA甲基化在酒精诱导基因表达和行为改变中发挥重要作用,但具体的神经生物学机制尚未被阐明.为了探索DNA甲基化在酒精滥用中的作用机制,本研究选取健康成年雄性SD大鼠(Rattus norvegicus)32只,随机分为饮水对照组(n=16)和慢性酒精暴露组(n=16),运用双瓶选择实验(two bottle choice test,TBCT)评估大鼠酒精偏爱率(alcohol preference),通过旷场行为(open field test,OFT)评估活动状态并检测血酒精浓度.分离两组大鼠内侧前额叶皮质(medial prefrontal cortex,mPFC),提取总DNA,利用简化代表性重亚硫酸盐测序技术(reduced representation bisulfite sequencing,RRBS)构建mPFC甲基化谱,对差异基因进行功能富集和通路分析,筛选与酒精滥用密切相关的甲基化差异基因,运用qRT-PCR技术检测差异基因的表达,验证DNA甲基化对基因的表达调控;利用qRT-PCR和Western blot检测甲基转移酶(DNA methyltransferases,DNMTs)和甲基化CpG位点结合蛋白2(methyl CpG binding protein 2,MeCP2)的表达;同时,还检测了短期酒精暴露(7 d)对大鼠mPFC内DNMTs和MeCP2的影响(n=8/组).结果表明,慢性酒精暴露大鼠mPFC内基因启动子区甲基化水平显著升高.与酒精滥用密切相关的差异基因中,慢性酒精暴露组Ntf3和Ppm1G启动子区甲基化水平升高,mRNA表达降低;Hap1和DUSP1启动子区甲基化水平降低,mRNA表达升高.慢性酒精暴露使DNMT3B和MeCP2 mRNA和蛋白表达升高,而短期内酒精暴露不影响它们的表达.本研究初步证实DNA甲基化与酒精滥用的发展相关,可能受DNMT3B和MeCP2分子的调控,并发现了与酒精滥用相关的靶基因Ntf3、Ppm1G、Hap1和DUSP1,为研究酒精滥用的神经生物学机制提供了新见解,同时为酒精滥用治疗提供了可能的药理学靶点.
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编辑人员丨2023/8/6
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野生型p53诱导的磷酸酶1在细胞稳态调节中作用的研究进展
编辑人员丨2023/8/6
野生型p53诱导的磷酸酶1(Wip1)是蛋白磷酸酶2c家族中的一员,由PPM1D基因编码,在多种应激反应中发挥了重要的作用.大量前期研究发现Wip1不仅可以作为p53的靶分子,其还与多种转录调节因子之间存在相互作用.比如其与p53,p38/MAPK等构成负反馈环路调节细胞的稳态.因此Wip1在抑制细胞凋亡,调节细胞周期,促进DNA损伤修复以及抑制炎症等方面发挥了重要的作用.本综述将从以上方面对Wip1的作用进行总结.
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编辑人员丨2023/8/6
