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单精子测序技术在植入前胚胎染色体结构异常遗传学检测中区分罗氏易位携带者的应用
编辑人员丨6天前
目的:探讨单精子测序技术在植入前胚胎结构异常遗传学检测中区分携带者的应用价值.方法:针对1 例罗氏易位携带者45,XY,der(13;14)(q10;q10)应用单精子分离结合单精子测序技术完成单倍型的构建,用机械制动法分离20 份单精子样本并进行全基因组扩增(WGA),再利用ASA基因芯片对WGA产物进行全基因组183 708个单核苷酸多态性(SNP)位点检测,通过CNV测序检测出与易位相关且可作为单体型推断的单精子,推断亲本正常及携带罗氏易位的染色体单倍型.将 3 份胚胎滋养层细胞活检样本作为对象,在完成全基因组扩增后,通过高通量测序进行检测,判断胚胎携带易位染色体的情况,选取可用囊胚进行移植,于孕 18 周抽取羊水样本,确认胎儿是否携带致病变异.结果:通过单精子测序共筛选出6 037个SNP位点,挑选出30 个可区分正常与易位单体型位点成功构建单体型,植入前单体型分析提示 3 枚胚胎均为不携带罗氏易位染色体的整倍体胚胎,妊娠中期羊水基因检测证实胎儿核型为46,XN,未携带罗氏易位染色体.结论:对于男性罗氏易位携带者,可通过单精子测序筛选SNP位点构建单体型,用于区分正常和罗氏易位携带者胚胎,为胚胎植入前染色体结构遗传学检测胚胎选择提供依据.
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编辑人员丨6天前
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19例22q11.2微重复的产前诊断及遗传咨询
编辑人员丨6天前
目的:分析19例22q11.2微重复胎儿的临床表现及预后,为产前遗传咨询和预后提供支持。方法:对羊水样本进行单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array,SNP array)检测及亲代验证,对妊娠结局及新生儿的表型进行分析,以确定拷贝数变异与表型之间的对应关系。结果:2例羊水样本发现染色体数目异常,所有病例SNP array检测均显示22q11.2区存在468.8 kb~3.4 Mb的重复。除2例亲代拒绝验证外,7例重复被证实为母源性,6例为父源性,4例为新发缺失。3例引产,1例出生后夭折,5例发育迟缓,10例发育正常。结论:22q11.2微重复患者表型高度可变。22q11.2微重复胎儿的孕期表现无特异性,存活子代表型随出生后年龄增加更加多样,需加强专业评估和远期随访。
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编辑人员丨6天前
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七例16p12.2微缺失或微重复胎儿的产前诊断和遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨16p12.2拷贝数变异的产前超声和遗传学诊断。方法:回顾性分析2017年1月至2021年12月在福建医科大学附属福州市第一医院行产前诊断的7例16p12.2微缺失/重复胎儿的产前诊断指征、产前超声表现、染色体核型、遗传学分析、变异溯源、妊娠结局及出生后随访情况等。对数据进行描述性统计分析。结果:3例为产前超声结构异常,包括多发畸形、室间隔缺损及唇腭裂各1例;其余4例为涉及心脏和肾脏的软指标异常。7例胎儿染色体核型分析均未见异常。单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array,SNP array)检测结果显示,4例16p12.2(远端)微缺失病例缺失的片段大小为381.7~542.4 kb,均包含 OTOA、 METTL9和 IGSF6等3个在线人类孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)基因;另3例16p12.2(近端)微缺失/重复的片段大小为484.0~701.7 kb,均包含 UQCRC2、 CDR2、 EEF2K和 POLR3E等4个OMIM基因。7例16p12.2微缺失/重复病例中,5例(例1、2、4、5、6)变异遗传自表型正常的母亲/父亲,其中3例(例2、4、5)足月分娩,出生情况正常;2例(例3、7)拒绝行家系验证。例3足月分娩,3个月行室间隔缺损修补术,随访至18个月未见明显异常。 结论:16p12.2区域微缺失/重复胎儿产前缺乏特异性表型。 OTOA基因是16p12.2远端区域异常关键基因。家系比对有助于减少不必要的主动终止妊娠。
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编辑人员丨6天前
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凋亡通路基因的遗传变异与直肠癌患者术后同步放化疗不良反应有关
编辑人员丨6天前
目的:探讨凋亡通路相关基因的遗传变异与直肠癌患者术后同步放化疗不良反应的关系。方法:选择362例接受术后同步放化疗的Ⅱ~Ⅲ期直肠癌患者,同步放化疗前抽取静脉血,采用Sequenom MassARRAY检测凋亡通路中的Fas细胞表面死亡受体(FAS)、Fas配体(FASL)、凋亡蛋白活性因子1(APAF1)、Bcl-2相关X蛋白(BAX)、肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)、肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体受体1(TRAILR1)、肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体受体2(TRAILR2)和半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶7(CASP7)基因共29个标签单核苷酸多态位点(htSNP)的基因型,分析基因型与放化疗不良反应之间的关系。基因型与放化疗不良反应的关联分析采用非条件Logistic回归模型。结果:362例患者接受全直肠系膜切除手术后,行照射总剂量为50 Gy、化疗方案为卡培他滨单药的同步放化疗。106例(29.3%)发生≥2级骨髓抑制,FAS rs1468063 ( OR=1.51,95% CI为1.07~2.15, P=0.020)、APAF1 rs11296996( OR=0.69,95% CI为0.49~0.98, P=0.039)、BAX rs4645904( OR=0.69,95% CI为0.50~0.97, P=0.030)与该不良反应发生有关。161例(44.5%)患者发生≥2级的腹泻,APAF1 rs11296996( OR=1.42,95% CI为1.02~2.00, P=0.040)和rs74619561( OR=2.16,95% CI为1.27~3.68, P=0.005)、CASP7 rs12263370( OR=1.67,95% CI为1.05~2.66, P=0.029)和rs12247479( OR=1.85,95% CI为1.12~3.08, P=0.017)、TRAIL rs112822654 ( OR=0.68,95% CI为0.48~0.96, P=0.027)与该不良反应发生有关。其余位点与直肠癌放化疗不良反应的发生无关(均 P>0.05)。直肠癌患者的性别与中重度骨髓抑制的发生有关( P=0.046);手术方式、病灶距齿状线距离与中重度腹泻的发生有关(均 P<0.001),也与中重度放射性皮炎的发生有关(均 P<0.05)。 结论:凋亡通路相关基因FAS、APAF1、BAX、TRAIL和CASP7遗传变异与直肠癌患者接受术后同步放化疗不良反应的发生有关,可能作为直肠癌个体化治疗的潜在遗传生物标志物。
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编辑人员丨6天前
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胎儿圆锥动脉干畸形的遗传学病因及拷贝数变异测序和全外显子组测序在其中的意义:196例分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨胎儿圆锥动脉干畸形(conotruncal defects,CTDs)的遗传学病因及拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)和全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)在其遗传学病因检测中的意义。方法:回顾性纳入2017年6月至2021年12月于首都医科大学附属北京安贞医院行超声心动图检查诊断为CTDs的胎儿196例。对其小家系(胎儿及其父母)先行CNV-seq筛查染色体异常[非整倍体及拷贝数变异(copy number variation,CNV)],未检出染色体异常的病例行WES。总结不同分型CTDs的遗传学异常(非整倍体+CNV+单核苷酸变异)以及CNV-seq和WES的检出异常情况,采用 χ2检验进行统计学分析。 结果:CNV-seq检出54例胎儿染色体异常(27.6%,54/196),包括非整倍体14例(7.1%,14/196),CNV 39例(19.9%,39/196),非整倍体合并CNV 1例。CNV-seq未检出异常的142例接受WES,检出13例致病性或可能致病单核苷酸变异。196例CTDs胎儿遗传学异常检出率为34.2%(67/196)。WES使CTDs胎儿的遗传学异常检出率提高了9.2%(13/142)。不同分型CTDs遗传学异常检出率差异有统计学意义( χ2=20.31, P=0.002);主动脉弓离断(B型)、肺动脉瓣缺如综合征(法洛四联症型)的遗传学异常检出率较高,分别为9/10和8/12,大动脉转位的遗传学异常检出率最低(12.5%,5/40)。 结论:CTDs的遗传学异常以CNV常见,单核苷酸变异在CTDs遗传学异常中也占一定比例。建议CTDs胎儿均进行遗传学检测,条件允许的情况下可以联合应用CNV-seq和WES,有助于提高遗传学病因的检出率,以指导遗传咨询。
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编辑人员丨6天前
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干扰素诱导跨膜蛋白3基因rs12252多态性与新型冠状病毒肺炎关联性研究
编辑人员丨6天前
目的:了解干扰素诱导跨膜蛋白3(IFITM3)基因rs12252多态性与新型冠状病毒感染之间的关联。方法:选择2020年1月至2021年1月北京市监测发现的新型冠状病毒肺炎病例及无症状感染者446例和健康对照人群65例。提取呼吸道样本基因组DNA,使用Sanger测序法检测IFITM3基因rs12252多态性。结果:无症状感染者、轻型病例、普通型病例中rs12252基因型分布频率与对照组无显著性差异( P值均>0.05),但重型病例中基因型分布具有显著差异( P<0.05)。60%的重型病例为CC基因型,明显高于其他类型病例、无症状感染者或健康人群。隐性遗传模型显示CC基因型个体比TT基因型和CT基因型个体有更高的风险发展为新冠肺炎重型或危重型( OR=3.546,95% CI:1.084~11.595)。 结论:IFITM3 rs12252CC基因型会导致较高的新冠肺炎重症感染风险。
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编辑人员丨6天前
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DLL1基因遗传变异及表达对乳腺癌新辅助化疗后骨髓抑制的影响
编辑人员丨6天前
目的:本研究旨在探讨Delta-like配体蛋白1(delta-like ligand protein-1,DLL1)基因的两个SNP位点rs2738822(C>T)、rs9459988(T>G)及基因表达对乳腺癌新辅助化疗后骨髓抑制的影响。方法:选择在临沂市人民医院首次就诊并接受新辅助化疗的乳腺癌患者作为研究对象,其中重度骨髓抑制90例,轻度骨髓抑制72例。收集患者的一般人口学特征和实验室检测指标。采用毛细管电泳和片段分析(SNaPshot)技术对DLL1基因的两个SNP位点rs2738822、rs9459988进行基因分型。采用定量实时荧光定量聚合酶链式反应(quantitative reverse transcription polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测法测定DLL1基因mRNA相对表达量。结果:对于DLL1基因rs2738822位点,严重骨髓抑制组和轻度骨髓抑制组的基因型分布差异有统计学意义( χ2=8.622, P=0.013);相对于CC基因型,CT和TT基因型携带者发生严重骨髓抑制的风险均更高, OR值分别为2.746(1.335~6.882)和3.054(1.282~8.143);显性模型结果显示,TT或CT携带者发生严重骨髓抑制的风险显著高于CC基因型患者, OR值为2.976(1.231~4.963)。对于rs9459988位点,严重骨髓抑制组和轻度骨髓抑制组的基因型分布差异无统计学意义( χ2=2.149, P=0.342)。显性模型结果表明,TG或GG携带者发生严重骨髓抑制的风险显著高于TT携带者, OR值为2.046(1.053~5.611)。严重骨髓抑制者DLL1基因mRNA相对表达量为1.15±0.23,显著低于轻度骨髓抑制者2.64±0.51( t=6.381, P<0.001)。对于rs2738822位点,随着T等位基因的增加,DLL1基因mRNA相对表达量逐渐降低( P<0.05);对于rs9459988位点,携带突变等位基因G患者的DLL1基因mRNA相对表达量也显著低于野生型CC携带者( P<0.05)。 结论:DLL1基因rs2738822和rs9459988突变与乳腺癌新辅助化疗后严重骨髓抑制的发生有关,可作为预测乳腺癌患者新辅助化疗骨髓抑制程度的遗传标志。
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编辑人员丨6天前
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中国 ATF6基因相关全色盲一家系分子遗传学和临床特征分析
编辑人员丨6天前
目的:分析中国汉族全色盲一家系的临床特征和致病基因变异。方法:采用家系调查研究方法,收集2010年7月至2019年7月于北京协和医院眼科就诊的中国汉族全色盲一家系,纳入该家系2代5名成员,包括2例患者和3名表型正常者。询问病史并进行详细眼科检查,包括视力、色觉、彩色眼底照相、眼底自发荧光(FAF)、光相干断层扫描(OCT)、视野及视网膜电图(ERG)检查。采集2例患者及家系成员外周血并提取DNA。利用全外显子测序(WES)技术筛选致病基因变异,进行Sanger验证及家系共分离分析。通过1000 Genomes、人类基因突变数据库(HGMD)、ExAC、ClinVar以及OMIM等数据库对变异位点进行注释,判断是否为单核苷酸多态性或已报道变异;根据美国医学遗传学和基因组学(ACMG)遗传变异分类标准与指南进行致病性评估。结果:先证者父母近亲结婚,家系遗传特点符合常染色体隐性遗传。2例患者均为男性,均自幼双眼视力低下伴有畏光和色觉障碍。眼底表现为黄斑中心凹处反光不明显。FAF显示黄斑中心凹处弱荧光。OCT显示未见明显黄斑中心凹结构,且相应区域椭圆体带和交接带缺失。视野检查显示中心暗点伴或不伴周边视野缺损。ERG显示暗适应0.01、3.0及10.0反应波形大致正常;振荡电位振幅下降;明适应3.0及30 Hz闪烁光反应未记录到波形。随诊9年,患者的临床表现显示疾病未见明显进展。测序结果显示2例患者均携带纯合 ATF6基因新发致病变异c.947insA(p.Asn316Lysfs*46),先证者母亲携带杂合变异,未患病的胞兄弟未携带变异,符合家系共分离。ACMG遗传变异分类标准与指南评级为致病性变异。 结论:ATF6基因c.947insA(p.Asn316Lysfs*46)为该全色盲家系的致病基因变异位点,该变异位点为首次报道。
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编辑人员丨6天前
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卡介菌骨炎患者的Toll样受体4基因多态性与血清促炎因子水平较低有关
编辑人员丨6天前
目的:本研究的目的是评估出生时接种卡介苗后Toll样受体4(TLR4)基因多态性与骨炎发生风险及成年后血清细胞因子水平之间的关系。方法:对132例婴幼儿卡介苗性骨炎患者进行TLR4 rs4986790单核苷酸多态性(SNP)检测,并与对照组比较基因型分布和等位基因频率。比较野生型和变异型TLR4 rs4986790基因型的研究对象成年后11种细胞因子的血清学水平。结果:卡介菌性骨炎患者TLR4 rs4986790 SNP的基因型和等位基因频率与对照组无显著差异。变异型受试者的促炎因子,如IL-6、IL-17A和IL-12水平较低,IFN-γ浓度略低,但血清抗炎因子IL-4水平较高。其结果还涉及到TLR4 rs4986791,因为这两个SNP在芬兰人群中是共分离的。结论:TLR4在新生儿卡介苗接种后骨炎的发生中无明显作用,但TLR4基因多态性rs4986790和rs4986791可能影响促炎因子的产生。
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编辑人员丨6天前
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Dandy-Walker综合征胎儿的遗传学分析
编辑人员丨6天前
目的:对1例B超提示为Dandy-Walker畸形的胎儿进行遗传学分析,探讨其染色体DNA拷贝数变异与表型的相关性。方法:对1例产前诊断Dandy-Walker综合征胎儿行G显带染色体核型分析、单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP array)及荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)检测。胎儿父母行外周血染色体核型分析及FISH检测。 结果:SNP array分析显示患儿染色体6p25.3p25.1存在4266 kb缺失,FISH验证了SNP array的结果。根据父母外周血FISH结果,确认胎儿父亲为隐匿性t(6;14)(p25.1;p13)携带者,而胎儿遗传了其中一条衍生的6号染色体der(6)t(6;14)(p25.1;p13)。结论:成功诊断了Dandy-Walker综合征胎儿的遗传学病因,6p25.3p25.1片段缺失的染色体是由于父亲隐匿性平衡易位产生的不平衡配子所致。
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编辑人员丨6天前
