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一例外周血染色体核型为单纯型18三体但智力正常女性的遗传学研究
编辑人员丨4天前
目的:分析1例外周血染色体核型为单纯型18三体但智力正常女性的遗传学机制。方法:用G显带染色体核型分析、荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)和单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism microarray,SNP-array)技术对患者的外周血和颊粘膜细胞进行检测。 结果:患者的外周血染色体核型、SNP-array以及FISH检测结果均提示为47,XX,+18;颊粘膜间期细胞FISH检测结果提示为45,X合并低比例的18三体和18单体。结论:胚层染色体嵌合的个体临床表现复杂,遗传学异常所造成的影响取决于相关胚层分化所形成的器官及功能。
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编辑人员丨4天前
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黑素瘤相关DNA甲基化位点的初步筛查及异常甲基化谱的构建
编辑人员丨4天前
目的:运用基因芯片技术筛查与黑素瘤相关的DNA异常甲基化位点,初步构建黑素瘤特异性甲基化谱。方法:采用Illumina Human Methylation 450K全基因组甲基化芯片对6例黑素瘤组织及其瘤旁组织标本进行全基因组DNA检测,得出差异DNA甲基化位点。采用Gene Ontology(GO)富集分析及KEGG_Pathway分析了解基因功能。结果:基因芯片检测结果显示,黑素瘤组织与瘤旁组织存在差异甲基化位点,共27 779个,其中16 673个为高甲基化位点,11 106个低甲基化位点。提高筛选条件为 P < 0.01、︳Δβ︳> 0.2,过滤掉所有单核苷酸多态性相关探针、位于XY染色体上的探针以及交叉反应的探针,共筛选得到4 883个差异甲基化位点,其中1 459(30%)个位于启动子区(包括TSS1500、TSS200、5′UTR、1st Exon)。GO富集分析显示,差异甲基化基因参与的生物学过程主要包括细胞生长、分化、黏附、运动迁移、信号转导及转录调控等。KEGG_Pathway分析显示,差异甲基化基因主要参与黏着斑、癌症通路、转化生长因子β信号通路、磷脂酰肌醇信号通路、黑素生成、趋化因子信号通路、黏合连接、钙信号通路、细胞黏附分子、MAPK信号通路、Wnt信号通路、JAK-STAT信号通路。基于"启动子区高甲基化位点对应的前16个基因、出现甲基化频率最高(CpG位点≥ 7)的基因、具有一定的功能或参与某条信号通路"条件,选出8个基因( KAAG1、 DGKE、 SOCS2、 TFAP2A、 GNMT、 GALNT3、 ANK2、 HOXA9)作为黑素瘤候选生物标志物。 结论:黑素瘤组织存在较多高甲基化基因,8个差异甲基化基因有可能作为黑素瘤的生物标志物。
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编辑人员丨4天前
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8q22区域rs284489多态性与中国四川汉族人群原发性开角型青光眼关联研究
编辑人员丨4天前
目的:研究8q22区域rs284489与中国四川汉族人群原发性开角型青光眼(POAG)的关联。方法:采用病例对照研究设计。收集2015年9月至2017年3月于四川省人民医院就诊的四川省汉族POAG患者894例,同期纳入参加体检的对照者994人。所有受试者无血缘关系,全部为汉族。采集样本外周血各4 ml提取DNA,从NCBI网站得到rs284489位点信息,用Primer 5.0软件设计引物,基因分型使用定制的"中华芯片"对位于8q22区域的rs284489位点进行关联分析,使用卡方检验来计算Hardy-Weinberg平衡(HWE)并分析等位基因及4种基因型频率。Logistic回归校正POAG组与对照组之间的性别和年龄差异。应用PS:Power and Sample Size Calculation(3.1.2版本)评估检验效能。结果:rs284489位点等位基因在POAG组与对照组的分布均符合HWE(均 P>0.05)。rs284489次要等位基因G在POAG组与对照组的频率分布差异无统计学意义(等位基因 P*=0.94,95% CI=0.83~1.23);为进一步分析rs284489与POAG的关系,应用加性模型1(AG vs.AA)、加性模型2(GG vs. AA)、显性模型(GG+AG vs.AA)、隐性模型(GG vs.AG+AA)4个遗传模型,rs284489位点的4个遗传模型在POAG组与对照组频率分布差异均无统计学意义(校正 P#加性模型1=0.26、 P#加性模型2=0.54、 P#显性模型=0.50、 P#隐性模型=0.25);本试验中性别差异与rs284489位点的多态性无关联(校正 P#=1.00,原95% CI=0.88~1.14,校正95% CI=0.87~1.14)。 结论:rs284489位点的多态性与POAG的发生在中国四川汉族人群中无统计学关联。
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编辑人员丨4天前
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单绒毛膜双羊膜囊双胎染色体核型不一致的遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:对单绒毛膜双羊膜囊(monochorionic diamniotic, MCDA)双胎染色体核型不一致进行遗传学分析。方法:回顾性分析2016年1月至2019年12月在广西壮族自治区妇幼保健院超声诊断为MCDA双胎并经产前诊断为染色体核型不一致的4例孕妇。所有孕妇均在超声定位下行双羊膜腔穿刺,分别取双胎羊水同时进行染色体核型分析和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)芯片检测,并根据SNP基因型分析确定合子性质。结果:4例MCDA双胎染色体核型不一致,分别为47,XX,+18和46,XX、45,X和46,XX、47,XXY[17]/46,XY[33]和47,XXY、47,XX,+21和46,XX;SNP芯片结果分别为arr(18)×3和arr(1-22,X)×2、arr(X)×1和arr(1-22,X)×2、arr(X)×1~2,(Y)×1和arr(X)×2,(Y)×1、arr(21)×3和arr(21)×2~3。SNP基因型分析证实4例MCDA双胎均为单合子双胎。4例中,3例因胎儿染色体异常选择引产,1例失访。1例再次妊娠生育1子,现体健。结论:临床工作中应警惕MCDA双胎染色体核型不一致情况发生。未来可以积累MCDA双胎染色体核型不一致相关病例并进一步探讨其遗传学机制。
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编辑人员丨4天前
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Dandy-Walker综合征胎儿的遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:对1例B超提示为Dandy-Walker畸形的胎儿进行遗传学分析,探讨其染色体DNA拷贝数变异与表型的相关性。方法:对1例产前诊断Dandy-Walker综合征胎儿行G显带染色体核型分析、单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP array)及荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)检测。胎儿父母行外周血染色体核型分析及FISH检测。 结果:SNP array分析显示患儿染色体6p25.3p25.1存在4266 kb缺失,FISH验证了SNP array的结果。根据父母外周血FISH结果,确认胎儿父亲为隐匿性t(6;14)(p25.1;p13)携带者,而胎儿遗传了其中一条衍生的6号染色体der(6)t(6;14)(p25.1;p13)。结论:成功诊断了Dandy-Walker综合征胎儿的遗传学病因,6p25.3p25.1片段缺失的染色体是由于父亲隐匿性平衡易位产生的不平衡配子所致。
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编辑人员丨4天前
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一个Vici综合征家系的 EPG5基因变异分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨一个Vici综合征家系的遗传学病因,为其遗传咨询和产前诊断提供依据。方法:提取染色体核型和单核苷酸多态性微阵列芯片分析未见明显异常的双侧侧脑室增宽、胼胝体缺如胎儿的脐血及其父母和患病姐姐的外周血样DNA,应用全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)技术进行基因变异检测,针对可疑变异进行Sanger测序验证和生物信息学预测。结果:WES和Sanger证实胎儿和姐姐 EPG5基因均存在c.2427delC (p.T809fs)和c.1886A>T (p.E629V))复合杂合变异,分别遗传自其母亲和父亲,两个变异均为未报道过的新变异。按照美国医学遗传学学会变异分类指南,c.2427delC变异为可能致病变异,c.1886A>T变异为临床意义不明确变异。c.1886A>T变异经PolyPhen-2和PROVEAN软件预测可能为有害变异。 结论:EPG5基因c.2427delC和c.1886A>T变异为该Vici综合征家系的致病原因。上述发现丰富了 EPG5基因变异谱,为家系的产前诊断和再生育提供了指导。
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编辑人员丨4天前
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三例22号染色体异常胎儿的产前遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:应用超声以及多种遗传学检测技术对3例产前筛查提示染色体可能异常的胎儿进行分析,为遗传咨询提供依据。方法:对3例孕妇进行胎儿超声检查、核型分析、单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism-based microarray,SNP-Array)检测,并通过荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)对结果进行验证。 结果:三例胎儿均发现22号染色体存在异常。例1在22q13.2q13.33区存在7.1 Mb的杂合缺失,涉及SHANK3、FBLN1等54个OMIM基因;例2为嵌合体核型,约12%的细胞22q13.31q13.33区存在6.6 Mb的杂合缺失,覆盖SHANK3、PPARA等48个OMIM基因,另有5%的细胞22q11.1q13.2区存在26.1 Mb的拷贝重复,覆盖285个OMIM基因;例3在22q11.1q11.21区存在1.7 Mb的二次重复,涉及CECR1、CECR2、ATP6V1E1等10个OMIM基因。三例胎儿父母的核型及SNP-Array检测结果均未见异常,提示胎儿为新发变异。结论:22号染色体微缺失/微重复所致疾病的严重性不仅与其范围有关,还与染色体结构、基因剂量及环境等密切相关。在产前诊断中综合运用超声和多种遗传学检测技术可以显著提高表型变异较大的遗传学异常的检出率。
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编辑人员丨4天前
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三例胎儿游离DNA检测提示16-三体高风险孕妇的产前细胞和分子遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨胎儿游离DNA(cell-free fetal DNA,cffDNA)检测对13-、18-和21-三体以外的常染色体非整倍体的检测效能及其产前诊断策略。方法:收集2019年3月至2020年3月在湖南省妇幼保健院医学遗传科就诊的3例cffDNA检测提示16-三体高风险孕妇的病例资料,回顾分析胎儿羊水常规G显带核型分析和单核苷酸多态性微阵列芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP-array)以及胎盘和/或皮肤低深度全基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)技术结果。结果:(1)病例1、2和3 cffDNA检测均提示16-三体高风险( Z值分别为20.57、24.88和17.87)。(2)病例1和2胎儿羊水常规G显带核型分析未见异常,羊水SNP-array检测病例1提示在16p13.3p12.3和16q22.1q24.3区域分别存在19.2和23.0 Mb杂合度丢失,病例2在16q22.3q24.3区域存在16.0 Mb杂合度丢失;病例3胎儿羊水核型为47,XY,+16[3]/46,XY[97],羊水SNP-array未见5 Mb以上杂合度丢失以及拷贝数变异。(3)病例1和2合并胎儿生长受限,病例3胎儿宫内死亡,均引产。3例病例胎盘胎儿面/母体面中心组织CNV-seq检测均提示胎盘为嵌合型16-三体,16号染色体拷贝数分别为2.56/2.70、2.73/2.82、2.80/2.81。病例1和2引产胎儿皮肤组织CNV-seq检测均提示未见拷贝数变异。 结论:cffDNA检测对13-、18-和21-三体以外的16-三体具有一定检测效能;cffDNA检测提示16-三体高风险结果行产前诊断核型分析同时,建议结合SNP-array排除低比例嵌合和杂合度丢失。
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一例生长发育迟缓和智力障碍患儿的遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:明确1例生长发育迟缓、智力障碍患儿的遗传学病因。方法:应用常规G、C和N显带分析患儿外周血染色体,然后用单核苷酸微阵列芯片(single nucleotide polymorphisms array, SNP array)技术进行识别和定位,并应用荧光定量PCR技术验证。结果:患儿染色体核型为46, XX, r(22)(p12q13);SNP array拷贝数变异分析结果提示患儿染色体22q13.33区存在约1.4 Mb片段的拷贝数缺失:arr 22q13.33 (49 802 963~51 197 766)×1,缺失片段中包含已知致病性明确、影响神经系统发育的 SHANK3等基因。荧光定量PCR结果提示患儿 SHANK3基因第7、19和22外显子的拷贝数约为正常对照的1/2,提示患儿携带该片段的杂合性缺失。 结论:22号染色体q13.33区域的微缺失与患儿生长发育迟缓、智障等临床特征相关,遗传学分析为临床诊断提供了依据。
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编辑人员丨4天前
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6q24新生儿暂时性糖尿病的临床特点及分子遗传学研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨6q24新生儿暂时性糖尿病(6q24-related transient neonatal diabetes mellitus, 6q24-TNDM)的临床特征和分子遗传学特点。方法:回顾性分析2017年上海市儿童医院新生儿科收治的2例6q24-TNDM患儿的临床资料。采用焦磷酸测序方法,对6q24区域内甲基化差异修饰区域(differentially methylated region, DMR)中16个胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤二核苷酸(cytidine-phosphate-guanosine, CpG)位点的甲基化水平进行定量分析。结果:2例患儿均为男性,例1为5日龄,例2为11日龄,均为剖宫产娩出。例1胎龄37周 +4,出生体重2 340 g;例2胎龄38周 +2,出生体重2 600 g。2例均为小于胎龄儿,生后均因高血糖入院,体格检查见皮肤弹性略差,皮下脂肪偏少,入院时血糖分别为12.95和8.00 mmol/L,血胰岛素低于正常值(分别为<1.39和3.94 pmol/L),C-肽低于正常值(分别为0.05和0.14 nmol/L),尿糖阳性,尿酮体阴性,血清抗谷氨酸脱羧酶抗体、抗胰岛素抗体、胰岛细胞抗体阴性,胰腺大小正常。皮下注射胰岛素2周余,2例患儿好转出院,分别在生后69和42 d停用胰岛素,糖尿病缓解。2例患儿产前诊断提示染色体核型正常,单核苷酸多态性芯片提示6号染色体单亲二体,入院后二代测序均未检测到明确的致病性点突变。使用焦磷酸测序发现患儿6q24区域DMR中16个CpG位点的甲基化水平均低于10%(健康对照儿童相应位点的甲基化水平约为40%),呈现明显的低甲基化。 结论:对于出生时小于胎龄儿、高血糖时血胰岛素和C-肽水平低的TNDM患儿,采用焦磷酸测序技术对甲基化差异修饰区域中CpG位点的甲基化水平进行定量分析,可以对6q24-TNDM进行快捷直接诊断,有助于指导治疗和评估预后。
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编辑人员丨4天前
